Opis
Za učinkovito diagnostiko bakterijskih okužb in zdravljenje je potrebna hitra in natančna identifikacija bakterije. Običajen postopek je fenotipska identifikacija, ki je pogosto zahtevna in nenatančna za atipične izolate. V naši študiji smo predpostavili, da je možno identificirati bakterije s primerjavo delnih nukleotidnih zaporedij genov, ki kodirajo 16S ribosomsko RNKs primerjavo z nukleotidnimi zaporedji v javno dostopnih podatkovnih bazah za zaporedja DNK: EMBL, GenBank, DDBJ in RDP-II. Še posebej nas je zanimala možnost identifikacije enterobakterij, saj mnogi avtorji navajajo, da te skupine bakterij ni moč ločiti na osnovi zaporedij genov 16S ribosomske RNK. Za izvedbo študije smo pridobili 15 tipskih sevov in dva klinična izolata iz zbirke Zavoda za zdravstveno varstvo Maribor, katerih rutinska fenotipska identifikacija je težavna. Iz bakterij smo izolirali DNK ter z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) pomnožili variabilen odsek gena za 16S ribosomsko RNK. Pridelke PCR smo očistili in poslali na sekveniranje s prednjim začetnim oligonukleotidom v podjetje Macrogen, Koreja (www.macrogen.com). Pridobljena nukleotidna zaporedja DNK smo nato z dvema iskalnima algoritmoma; BLAST, v bazah GeneBank/EMBL/DDBJ, ter z algoritmom Sequence match v bazi RDP-II primerjali z vloženimi nukleotidnimi zaporedji, za morebitno identifikacijo vrste. Specifično smo uspeli identificirati vrste: Staphylococcus epidermidis,Bacteroides fragilis, Clostridium perfringens, Peptostreptococcus anaerobius, Eggerthella lenta, Enterobacter cloacae, Yersinia enterocolitica, Proteus mirabilis, Streptococcus pyogenes, Enterococcus faecalis. Medtem ko Escherichia coli, Serratia marcescens, Shigella flexneri, Klebsiella pneumoniae, Citrobacter freundii nismo uspeli nedvoumno identificirati, čeprav je klinično nujno. Vendar menimo, da je opisan genotipski pristop za identifikacijo vrste bakterije učinkovito dopolnilo fenotipski identifikaciji, še posebno pri identifikaciji atipičnih izolatov.