An integrated map of cattle candidate genes for mastitis
Integrirana karta kandidatnih genov za mastitis pri govedu : a step foward to new genetic markers : korak naprej pri razvoju novih genetskih označevalcev

angleški

2008

govedo   kandidatni geni   kvantitativni lokusi   molekularna genetika

Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta
(Obvezni izvod spletne publikacije)

Pri iskanju kandidatnih genov ya mastitis smo s pomočjo petih različnih študijskih pristopov (QTL-i, asociacijske študije, ekspresijski eksperimenti, miRNA, AFLP študije in epigenetski faktorji) pregledali 233 lokusov. Da bi sestavili podatke iz različnih virov v smiselno celoto in razkrili prekrivajoče se regije, smo rezultate predstavili v obliki genske karte. Zbrani podatki predstavljajo genetsko ozadje za lastnosti povezane z mastitisom pri govedu. Trideset najbolj obetavnih kandidatov (povezanih z mastitisom v različnih študijskih pristopih ali z vsaj dvema neodvisnima študijama ali/in ležeče v regijah prekrivajočih se s QTL-i) smo izbrali iz podatkovne zbirke in uporabili za in silico iskanje potencialnih, z mastitisom povezanih, molekularnih markerjev in domnevnih tarčnih mest za miRNAv 3' neprevedenih regijah. (3'UTR). V domnevni promotorski/5'UTR (2kb navzgor od začetka prevajanja) smo našli 31 SNP-jev v osmih kandidatnih genih. Analiza z Matinspectorjem je pokazala, da bi nekateri SNP-ji v promotorskih regijah lahko povzročili izgubo/pridobitev vezavnih mest za transkripcijske faktorje. Nekateri SNP-ji v domnevni promotorski regiji povzročajo tudi izgubo/pridobitev CpG mest. V desetih kandidatnih genih smo našli 56 SNP-jev v eksonih, med katerimi je bilo 21 zamenjav ne-sinonimnih. Poleg tega smo našli 23 SNP-jev v intronskih regijah in 21 SNP-jev v 3'UTR. Analiza tarč za miRNA je razkrila 89 domnevnih vezavnih mest za miRNA v 18 kandidatnih genih. V tarčnih zaporedjih za miRNA nismo našli SNP-jev. Za SNP-je z domnevno regulatorno vlogo v kandidatnih genih predlagamo funkcionalne analize in asociacijske študije, ki bi omogočile odkrivanje alel za odpornost oz. dovzetnost za mastitis in prispevale k razumevanju regulatornih poti pri mastitisu.

16.10.2023