Binding-sites prediction assisting protein-protein docking

angleški

2011

letnik 58, številka 3

biokemija   proteini   proteinsko sidranje   struktura

Slovensko kemijsko društvo
(Obvezni izvod spletne publikacije)

Biološka funkcija proteinov, med drugim sposobnost tvorjenja medsebojnih interakcij, je odvisna predvsem od tridimenzionalne strukture njihovih vezavnih mest. Le-ta so se skozi evolucijo razvila tako, da učinkovito vežejo molekule, in so pogosto evolucijsko ohranjena. Identifikacija proteinskih vezavnih mest na proteinu za katerega vemo, da vstopa v interakcije z drugimi proteini, pomagajo predvsem pri odkrivanju njegove funkcije, lahko pa jih uporabimo tudi za izboljšanje proteinskega sidranja. Pri zadnjem pristopu poznavanje vezavnih mest zmanjša iskalni prostor algoritma za sidranje, s čimer se pospeši iskanje nativne konformacije proteinskega kompleksa. Razvili smo algoritem za iskanje lokalnih strukturnih podobnosti med proteinom in bazoneredundančnih proteinskih struktur, z namenom iskanja ohranjenih vezavnih mest na proteinih. Ta algoritem smo uporabili za odkrivanje ohranjenih mest na površini proteinskih struktur, ki smo jih označili kot proteinska vezavna mesta. Nato smo spremenili AutoDock program tako, da se pri sidranju osredotoča samo na napovedana proteinska vezavna mesta, s čimer smo pohitrili in izboljšali postopek proteinskega sidranja. Spletni program, ki to omogoča, je na voljo na http://probis.cmm.ki.si.

13.07.2012