Oznaka poročila: ARRS-RPROJ-ZP-2013/98 ZAKLJUČNO POROČILO RAZISKOVALNEGA PROJEKTA A. PODATKI O RAZISKOVALNEM PROJEKTU 1.Osnovni podatki o raziskovalnem projektu Šifra projekta Jl-2281 Naslov projekta Razvoj in aplikacija vecskalnih modelskih pristopov za simulacijo mehke snovi Vodja projekta 19037 Matej Praprotnik Tip projekta J Temeljni projekt Obseg raziskovalnih ur 4173 Cenovni razred C Trajanje projekta 05.2009 - 04.2012 Nosilna raziskovalna organizacija 104 Kemijski inštitut Raziskovalne organizacije -soizvajalke Raziskovalno področje po šifrantu ARRS 1 NARAVOSLOVJE 1.07 Računsko intenzivne metode in aplikacije Družbenoekonomski cilj 13 01 Naravoslovne vede - RiR financiran iz drugih virov (ne iz 13.01 SUF) 2.Raziskovalno področje po šifrantu FOS1 Šifra 1.03 -Veda 1 Naravoslovne vede - Področje 1.03 Fizika B. REZULTATI IN DOSEŽKI RAZISKOVALNEGA PROJEKTA 3.Povzetek raziskovalnega projekta2 SLO Relevantna energijska skala v mehki snovi je termična energija kT. Konformacijska entropija je istega reda kot intermolekularna energija in njuna medigra tipično določa relevantne lastnosti snovi. Značilno za mehko snov je zato širok razpon krajevnih in časovnih skal, ki so med seboj prepletene. Večskalni modelski pristopi predstavljajo najučinkovitejši način za premostitev več redov velikosti v krajevnih in časovnih skalah sistema. V tem kontekstu, razvijamo večskalno metodo Adaptive Resolution Scheme (AdResS) za učinkovite hibridne atomistično-mezoskopske simulacije molekulske dinamike. Ključna lastnost te delčne metode je, da dovoljuje dinamično izmenjavo molekularne resolucije s spreminjanjem števila molekularnih prostostnih stopenj v letu, med samim potekom simulacije. Na ta način je vseatomski molekularni sistem v termodinamičnem ravnovesju z močno poenostavljenim grobozrnatim sistemom. Naš pristop, ki istočasno sklaplja atomske in mezoskopske krajevne skale, vodi do koncepta geometrijsko induciranega faznega prehoda in posplošitve ekviparticijskega izreka na necele prostostne stopnje. Do sedaj smo metodo AdResS uporabili na molekularnih tekočinah. Sistem modeliramo v različnih domenah na različni stopnji detajla, medtem ko se molekule prosto gibljejo med regijami. Primeri obravnavanih sistemov so enostavna tekočina tetraedričnih molekul, tekoča voda, in splošna makromolekula v topilu. Cilj predlaganega projekta je razširitev tega pristopa na simulacije večkomponentih tekočin, npr. soli, makromolekul, npr. proteinov, in vključitev kontinuumskega opisa tekočine v model. Naš namen je izvedba triskalnih simulacij molekularnih tekočin, npr. tekoče vode, z istočasno sklopitvijo atomskega, mezoskopskega in kontinuumskega opisa tekočine. Triskalni pristop, ki bo pokrival krajevne skale, raztezajoč se od mikro do makro skale, bo omogočil izvedbo učinkovitih velekanoničnih simulacij molekulske dinamike odprtih molekularnih sistemov. ANG The relevant energy scale in soft matter systems is the thermal energy kT. The conformational entropy is of the same order as the intermolecular energy, and their interplay usually determines the relevant properties. Soft matter is hence characterized by a wide range of length and time scales that are intrinsically interconnected. Multiscale modeling aproaches represent the most efficient way to bridge many orders of magnitude in the spatial and temporal scales involved in these systems. In this context, we have been developing the Adaptive Resolution Scheme (AdResS) for efficient hybrid atomistic/mesoscale molecular dynamics (MD) simulations. The key feature of this particle-based method is that it allows for a dynamical change of molecular resolution by changing the number of molecular degrees of freedom on-the-fly during the course of an MD simulation. In this way an all-atom molecular system is maintained at thermodynamical equilibrium with a far simpler coarse-grained system. Our approach, which concurrently couples the atomic and mesoscopic length scales of the system, leads to a concept of a geometry induced phase transition and a generalization of the equipartition theorem to fractional degrees of freedom. So far, we have applied AdResS to molecular liquids. The system is modeled in different domains at different levels of detail while the liquid molecules move freely between the regions. Examples are a simple liquid of tetrahedral molecules, liquid water, and a generic solvated macromolecule. The goal of the proposed project is to extend the approach to simulations of multicomponent liquids, e.g., salts, macromolecules, e.g., proteins, and to include the continuum description of the liquid in the model. Our purpose is to perform a triple-scale simulation of molecular liquids, e.g., liquid water, by concurrently coupling the atomistic, mesoscopic, and continuum descriptions of the liquid. The triple-scale approach, which will cover the length-scales ranging from the micro- to macro-scale, will open up the possibility to perform efficient grand-canonical MD simulations of truly open molecular liquid systems. 4.Poročilo o realizaciji predloženega programa dela na raziskovalnem projektu3 Veliko procesov v molekularnih tekočinah in mehki snovi vsebuje velik razpon različnih časovnih in krajevnih velikostnih skal, ki so med seboj prepletene. Relevantne lastnosti sistema so tako tipično določene z medigro vpletenih časovnih in krajevnih skal. Vseatomske simulacije, ki zaobjamejo pojave na atomski skali, so pogosto računsko neizvedljive ali celo nezaželene zaradi velikega števila prostostnih stopenj v teh sistemih. Bolj grobozrnati modeli ali kontinuumske simulacije, po drugi strani, lahko pokrijejo veliko daljše časovne in krajevne skale, a ne morejo podati informacije na atomski resoluciji. Večskalne tehnike modeliranja, ki istočasno sklapljajo različne krajevne skale, tako predstavljajo zelo učinkovit način za obravnavo takšnih sistemov z računalniško simulacijo. Z večskalnim pristopom poenostavimo fizikalni model do najvecje možne stopnje, pri čemer pa zadržimo vse pomembne podrobnosti v tistih delih sistema, kjer je to potrebno. Pred začetkom financiranja tega projekta smo nekaj let razvijali večskalno metodo za simulacijo molekulske dinamike, ki istočasno sklaplja atomske in mezoskopske krajevne skale. Pri tem v letu spreminjamo stopnjo krajevne resolucije med atomsko in mezoskopsko krajevno skalo znotraj ene same simulacije molekulske dinamike. Metodo smo do začetka financiranje tega projekta uporabili le za simulacijo enostavnih molekularnih tekočin, npr. vode, sestavljenih iz molekul ene same vrste. Nadaljna omejitev tega pristopa je bila v tem, da smo lahko te simulacije izvajali le s konstantnim številom molekul v sistemu. V okviru projekta smo dosegli: 1. Uporabnost metode AdResS za večskalno simulacijo molekulske dinamike smo razširili na makromolekule, kjer se lahko makromolekula razteza čez več območij z različno resolucijo. Do sedaj je bila metoda AdResS omejena na uporabo za sisteme tekočin manjših molekul, kjer se molekule raztezajo znotraj ene domene z določeno resolucijo. Da preprečimo umetno raztezanje in krčenje makromolekule, moramo v razširjenem pristopu poenotiti dinamiko in strukturo makromolekule v območjih z različno resolucijo. To storimo z uporabo za v ta namen razvitega termostata in termodinamske sile, ki je definirana kot negativni gradient kemijskega potenciala. Makromolekula potem prosto prehaja čez mejo območij z različno resolucijo, brez kakršnih koli deformacij, ki bi bile posledica sklopitve opisov na različnih krajevnih skalah. Delo je objavljeno v: J. stat. phys., 2011, vol. 145, no. 4, 946-966 str., ilustr., doi: 10.1007/s10955-011-0312-x. [COBISS.SI-ID 47641861 2. Razvili smo posplošeno metodo AdResS z vključitvijo termodinamske sile v opis interakcij. Praktična izvedba simulacije z adaptivno resolucijo zahteva ne le termodinamskega ravnovesja med grobozrnatim in finozrnatim režimom ampak tudi odsotnost barier v medfaznem območju. Slednje omogoča prosto izmenjavo molekul čez območja z različno resolucijo, kar je potrebno za pravilen opis fluktuacij v sistemu. V idealnem primeru to dosežemo, če je enačba stanja enaka po vsem sistemu. To pa je praktično nedosegljivo. Z uvedbo termodinamske sile, ki je definirana kot negativni gradient presežnega kemijskega potenciala, rešimo ta problem in dosežemo želeni ravni gostotni profil čez ves sistem. Na osnovi tako izboljšane originalne sheme smo uporabo naše metodologije razširili na zmesi različnih molekularnih vrst kot tudi polimernih zmesi. Delo je bilo objavljeno v: J. chem. phys., 2010, vol. 132, str. 114101-1114101-7. [COBISS.SI-ID 43791621 3. Razvili smo večskalni model soli (NaCl). V ta namen smo razvili grobozrnat model soli, ki ga preko metode AdResS sklopimo z atomističnim modelom. Elektrostatične interakcije opišemo s posplošeno metodo reakcijskega polja, kjer do določene oddaljenosti od določene molekule sosede opišemo eksplicitno, za večje razdalje pa uporabimo kontinuumski opis, kjer sol opišemo z dielektrično konstanto. Tako razviti model soli bomo uporabili za učinkovite simulacije biomolekularnih sistemov, npr. sistema molekul DNK v heksagonalni in ortorombski fazi. Članek je v pripravi. 4. Metodo AdResS smo z našimi partnerji na Max Planck Institute for Polymer Research, Mainz, Nemčija vgradili v simulacijski paket Espresso++ za simulacijo molekulske dinamike molekularnih tekočin in mehke snovi. Metodo smo paralelizirali, tako da se simulacija z adaptivno resolucijo istočasno izvaja na številnih procesorjih. Na ta način znatno pohitrimo simulacijo z adaptivno resolucijo in tako povečamo njen doseg in uporabnost, obenem pa z vgradnjo metode v Espresso++ omogočimo dostop do uporabe metode širokemu krogu uporabnikov. Z programskim paketom Espresso++ bo možno izvajati simulacije adaptivne resolucije na realističnih biomolekularnih sistemih, npr. proteini v vodi, Delo je bilo objavljeno v: Comput. phys. commun.. [Print ed.], 2013, vol. 184, issue 4, str. 1129-1149. [COBISS.SI-ID 51640581 5. Razvili smo tudi triskalni model tekoče vode, ki pokriva krajevne skale z razponom od mikro do makroskale. Triskalni model vode predstavlja nadaljnji razvoj našega triskalnega pristopa AdResS-HybridMD, katerega uporaba je bila doslej omejena na nepolarne tekočine. Naš triskalni pristop je kombinacija dveh dvoskalnih pristopov: delčne AdResS in hibridne sheme Hybrid MD. Slednja temelji na izmenjavi tokov med delčno domeno, ki jo obravnavamo s simulacijo molekulske dinamike, in kontinuumom opisanim z Navier-Stokesovo enačbo. V triskalni simulaciji smo pokazali, da je triskalna hibridna metoda robustna glede na podrobnosti grobozrnatega modela vode, kar je posledica ohranjanja gibalne količine, ki jo zagotavlja AdResS. Naša triskalna hibridna metoda omogoča vstavljanje relativno kompleksnih molekul v gosto vseatomsko tekocino (kjer je vstavljanje otežavljeno zaradi steričnih ovir) preko grobozrnate domene z mehkimi medmolekularnimi interakcijami. Pomemben rezultat našega pristopa je, da je delčna domena odprta in izmenjuje molekule s kontinuumom. Naša metoda zato kot prva omogoča izvedbo velekanoničnih simulacij molekulske dinamike, v katerih število molekul sistema ni konstantno. V naših simulacijah smo z uporabo novega pristopa pokazali, da se masne fluktuacije v triskalni shemi ujemajo s teoretičnimi napovedi velekanoničnega ansambla. Naš pristop prav tako omogoča izvedbo simulacij molekulske dinamike pod neravnovesimi pogoji. Pokazali smo, da se hitrostni profil Couettevega in Stokesovega toka v triskalnem modelu ujema s teoretično napovedjo kontinuumskega opisa tekočine z Navier-Stokesovo enačbo. Delo je objavljeno v: J. chem. phys., 2009, vol. 131, no. 24, str. 244107-1244107-6., doi: 10.1063/1.3272265. [COBISS.SI-ID 43297541 6. S sodelavci iz Medicinske fakultete v Ljubljani, UL smo razvili smo spletno aplikacijo ENZO (http://enzo.cmm.ki.si) za enostavno izpeljavo kinetičnih modelov encimskih reakcij. ENZO sestoji iz grafičnega vmesnika, s katerim narišemo reakcijsko shemo. ENZO avtomatsko generira pripadajoče diferencialne enačbe in njihovo numerično rešitev prilega k eksperimentalnim krivuljam. Na ta način lahko hitro in učinkovito določimo pripadajoč kinetični model določeni encimski reakciji, ki jo eksperimentalno študiramo. Rezultate smo objavili v članku PloS one, jul. 2011, vol. 6, iss. 7, str. e22265, ilustr., doi: 10.1371/iournal.pone.0022265. [COBISS.SI-ID 47280901. 7. Izvedli smo simulacijo tridimenzionalnega tekočinskega toka vode mimo molekule fulerena. V ta namen smo razvili novo hibridno atomistično/kontinuumsko metodo za simulacijo tridimenzionalnih tekočinskih tokov mimo molekule fulerena. Nova metoda sklaplja simulacijo molekulske dinamike z Navier-Stokesovo enačbo z uporabo tridimenzionalne medfaze in omogoča študij tekočinskih tokov na nanoskali, ki so izven dosega tako simulacije molekulske dinamike kot tudi kontinuumskega opisa tekočine. Z novo razvito metodo smo določili neznane robne pogoje za tekočinski tok na površini molekule in določili njen hidrodinamski radij. 8. Naše raziskovalno delo smo predstavili v obliki vabljenih predavanj na mednarodnih konferencah. Pri našem raziskovalnem delu smo sodelovali s skupinami iz Max Planck for Polymer Research, Mainz, Nemčija in Universidad Autonoma de Madrid, Madrid, Španija in ETH Zurich, Švica. S.Ocena stopnje realizacije programa dela na raziskovalnem projektu in zastavljenih raziskovalnih ciljev4 Cilji projekta so bili : a) Uporaba večskalne metode AdResS za simulacijo molekulske dinamike, ki istočasno sklaplja atomistično in mezoskopsko krajevni skali, za večkomponentne tekočine, npr. soli. b) Razširitev uporabnosti sheme na makromolekule, kjer bomo različne dele makromolekule modelirali na različnih stopnjah detajla. Npr., blizu vezavnega mesta na proteinu, kjer igra kemijska specifičnost pomembno vlogo, bomo protein opisali na atomski skali, bolj oddaljene dele proteina pa bomo modelirali z bolj grobozrnatim opisom. c) Vključitev makroskopske krajevne skale v model, t.j., kontinuumski opis tekočine z Navier-Stokesovo enačbo. Triskalni pristop bo omogočil simulacijo odprtih sistemov v velekanoničnem ansamblu. Končni cilj projekta je bila izvedba večskalnih simulacij, ki bodo omogočale doseg eksperimentalnih krajevnih in časovnih velikostnih skal biofizikalno relevantnih sistemov (npr. proteinov in lipidnih membran). Iz točke 4. je razvidno, da smo realizirali vse zastavljene raziskovalne cilje projekta: a) Naše metode smo združili z opisom elektrostatike s posplošeno metodo reakcijskega polja in vključitvijo termodinamske sile, kar omogoča izvajanje simulacij večkomponentnih tekočin, npr. soli. b) Uporabo metod smo razširili na makromolekule, ki se raztezajo cez več domen z različno resolucijo. To omogoča študij interakcij proteinov s stenami (npr. metalnimi površinami), kjer potrebujemo podroben opis proteina blizu stene, daleč stran pa zadošča bolj grobozrnat opis. c) Izvedli smo triskalno simulacijo tekoče vode kot najpomembnejšega topila v naravi, v kateri smo istočasno sklopili atomski, mezoskopski, in kontinuumski opis tekočine. Naš pristop omogoča odprte simulacije molekularnih tekočin, razširitev na kompleksne tekočine (talina zvezdastih polimerov) pa je že v teku. Tridimenzionalna simulacija tekočinskega toka vode mimo molekule fullerena že predstavlja prvo simulacijo realističnega kompleksnega sistema. Večskalna metoda je petnajstkrat hitrejša od vseatomske simulacije, kar omogoča doseg za red velikosti večjih krajevnih in časovnih skal. Rezultati te simulacije imajo pomen za uporabo v farmaciji za ciljno dostavo zdravil. V teku pa so tudi že večskalne simulacije biomolekularnih sistemov, kot npr. sistem molekul DNK in protein v večskalnem topilu. Razvili in objavili pa smo tudi spletno aplikacijo ENZO za obravnavo encimskih katalitskih reakcij. 6.Utemeljitev morebitnih sprememb programa raziskovalnega projekta oziroma sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave projektne skupine5 Ni bilo sprememb programa raziskovalnega projekta. V zadnjem letu tudi ni bilo sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave projektne skupine. 7.Najpomembnejši znanstveni rezultati projektne skupine6 Znanstveni dosežek 1. COBISS ID 4764186 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Problemi statistične fizike v računalniških simulacijah s prilagodljivo resolucijo kompleksnih tekočin ANG Statistical physics problems in adaptive resolution computer simulations of complex fluids Opis SLO Simuliranje kompleksnih tekočin oziroma v splošnem kompleksnih molekularnih sistemov zahteva modelske pristope, ki pokrivajo širok razpon časovnih in krajevnih skal. Tega ponavadi ne moremo doseči z enim simulacijskim modelom. Preko let so razvili vrsto različnih metod in modelov od dokaj splošnih modelov, ki predvsem opišejo splošne statistične lastnosti npr. polimerov, do vseatomskih modelov ali celo kvantnih pristopov. Medtem ko le-ti dovoljujejo vrsto pomembnih znanstvenih študij, samo kombinacija oziroma bližnja povezava med pristopi na različnih velikostnih skalah dovoljuje resnično kvantitativen opis materialov in procesov. V tem prispevku obravnavamo metodo adaptivne resolucije, v kateri različne krajevne skala obravnavamo v isti simulaciji, pri čemer molekule prosto prehajajo med različnimi domenami, v katerih interagirajo z različnimi interakcijskimi potenciali. ANG Simulating complex fluids or in general complex molecular systems requires approaches covering decades of time and length scales. This usually cannot be achieved within one simulation model. Over the years many different methods and models have been developed ranging from rather generic models, representing most efficiently the universal statistical mechanical properties of e.g. polymers, to all atom models and even quantum mechanical treatments. While these allow for scientifically very important studies in their own right, only a combination and close link between models of different levels allows for a truly quantitative description of materials and processes. In the present contribution we discuss an adaptive resolution approach where different levels of detail are treated within one simulation and the molecules are free to diffuse between different regions in space, where the molecules interact with different interaction potentials. Objavljeno v Plenum Press.; Journal of statistical physics; 2011; Vol. 145, no. 4; 946966 str.; Impact Factor: 1.397;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 1.271; WoS: UR; Avtorji / Authors: Praprotnik Matej, Poblete Simon, Kremer Kurt Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 2. COBISS ID 4728090 Vir: COBISS.SI Naslov SLO ENZO: mrežno orodje za izpeljavo in izračun kinetičnih modelov za encimske katalitske reakcije ANG ENZO: a web tool for derivation and evaluation of kinetic models of enzyme catalyzed reactions Opis SLO Opisali smo mrežno orodje ENZO, t.j. grafični vmesnik za izgradnjo kinetičnih modelov encimskih katalitskih reakcij. ENZO avtomatično generira pripadajoče diferencialne enacbe iz encimske reakcijske sheme. Te diferencialne enačbe numerično rešimo in neznane koeficiente določimo s prileganjem k eksperimentalnim podatkom. ENZO dovoljuje hitro ovrednotenje in primerjavo različnih reakcijskih shem. Zato ga lahko uporabljamo za rutinske teste v encimski kinematiki. Prosto dostopen je na http://enzo.cmm.ki.si. ANG We describe a web tool ENZO (Enzyme Kinetics), a graphical interface for building kinetic models of enzyme catalyzed reactions. ENZO automatically generates the corresponding differential equations from a stipulated enzyme reaction scheme. These differential equations are processed by a numerical solver and a regression algorithm which fits the coefficients of differential equations to experimentally observed time course curves. ENZO allows rapid evaluation of rival reaction schemes and can be used for routine tests in enzyme kinetics. It is freely available as a web tool, at http://enzo.cmm.ki.si. Objavljeno v Public Library of Science; PloS one; 2011; Vol. 6, iss. 7; str. e22265; Impact Factor: 4.092;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 2.096; A': 1; WoS: CU; Avtorji / Authors: Bevc Staš, Konc Janez, Stojan Jure, Hodošček Milan, Penca Matej, Praprotnik Matej, Janežič Dušanka Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 3. COBISS ID 4329754 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Sklopitev atomistične in kontinuumske hidrodinamike preko mezoskopskega modela: Uporaba na tekoči vodi ANG Coupling atomistic and continuum hydrodynamics through a mesoscopic model Opis SLO Izvedli smo triskalno simulacijo tekoče vode, kjer smo istocasno sklopili atomstične, mezoskopske in kontinuumske modele tekočine. Triskalna hidrodinamska metoda za molekularne tekočine omogoča vstavljanje velikih molekul v atomistično domeno preko mezoskopske regije. Nas večskalni pristop je namenjen simulaciji molekulske dinamike odprtih sistemov z relativno velikimi molekulami v bodisi velekanoničnem ansamblu ali pod neravnovesnimi pogoji. ANG We have conducted a triple-scale simulation of liquid water by concurrently coupling atomistic, mesoscopic, and continuum models of the liquid. The triple-scale hydrodynamic solver for molecular liquids enables the insertion of large molecules into the atomistic domain through a mesoscopic region. Our multiscale approach is designed for molecular simulations of open domains with relatively large molecules, either in the grand canonical ensemble or under non-equilibrium conditions. Objavljeno v American Institute of physics; The Journal of chemical physics; 2009; Vol. 131, no. 24; str. 244107-1-244107-6; Impact Factor: 3.093;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 2.096; A': 1; WoS: UH; Avtorji / Authors: Delgado-Buscalioni Rafael, Kremer Kurt, Praprotnik Matej Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 4. COBISS ID 4379162 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Sklopitev različnih stopenj resolucije v molekularnih simulacijah ANG Coupling different levels of resolution in molecular simulations Opis SLO Vpeljali razširitev metode AdResS, ki omogoča spremembo krajevne resolucije med samim potekom molekulske dinamike. Razširitev, ki je osnovana na termodinamskih argumentih, omogoča termodinamsko ravnovesje med molekulami različnih reprezentacij. Robustnost algoritma smo testirali na dveh primerih, t.j., tekočini tetraedričnih molekul in binarni zmesi tetraedričnih in sfericnih molekul. ANG Simulation schemes for liquids or strongly fluctuating systems that allow to change the molecular representation in a subvolume of the simulation box while preserving the equilibrium with the surroundings introduce conceptual problems of thermodynamic consistency. In this work we present a general scheme based on thermodynamic arguments which ensures a thermodynamic equilibrium among molecules of different representations. The robustness of the algorithm is tested for two examples, namely, an adaptive resolution simulation, atomistic/coarse grained, for a liquid of tetrahedral molecules, and an adaptive resolution simulation of a binary mixture of tetrahedral molecules and spherical solutes. Objavljeno v American Institute of physics; The Journal of chemical physics; 2010; Vol. 132; str. 114101-1-114101-7; Impact Factor: 2.920;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 1.977; A': 1; WoS: UH; Avtorji / Authors: Poblete Simon, Praprotnik Matej, Kremer Kurt, Delle Site Luigi Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 5. COBISS ID 4760602 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Komentar na "Adaptivno večskalno molekularno dinamiko makromolekularnih tekočin" ANG Comment on "Adaptive multiscale molecular dynamics of macromolecular fluids" Opis SLO Pokažemo, da je simulacija molekulske dinamike s spreminjanjem prostostnih stopenj možna le z uporabo termostata. ANG We show that the MD simulation with fluctuating number of degrees of freedom is feasible only with the application of a thermostat. Objavljeno v American Physical Society.; Physical review letters; 2011; Vol. 107, iss. 9; str. 099801-1-099801-2; Impact Factor: 7.370;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 2.404; A'': 1;A': 1; WoS: UI; Avtorji / Authors: Praprotnik Matej, Poblete Simon, Delle Site Luigi, Kremer Kurt Tipologija 1.03 Kratki znanstveni prispevek S.Najpomembnejši družbeno-ekonomski rezultati projektne skupine7 Družbeno-ekonomski dosežek 1. COBISS ID 4179482 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Simulacija molekulske dinamike z adaptivno resolucijo ANG Adaptive resolution molecular dynamics simulation Opis SLO Vabljeno predavanje na EPSRC Symposium Workshop on Molecular Dynamics. Warwick, Velika Britanija: Univerza v Warwicku, Matematični inštitut, Junij 1-5, 2009. ANG Invited talk presented at EPSRC Symposium Workshop on Molecular Dynamics. Warwick, United Kingdom: University of Warwick, Mathematics Institute, June 1-5, 2009. Šifra B.04 Vabljeno predavanje Objavljeno v University of Warwick, Mathematics Institute; 2009; Avtorji / Authors: Praprotnik Matej Tipologija 3.16 Vabljeno predavanje na konferenci brez natisa 2. COBISS ID 4446746 Vir: COBISS.SI Naslov SLO AdResS: istočasna sklopitev različnih stopenj resolucije v molekularnih simulacijah. ANG AdResS : concurrent coupling of different levels of resolution in molecular simulations Opis SLO Vabljeno predavanje na mednarodni konferenci "Multiscale molecular modelling. Edinburg, Velika Britanija, Junij 30-Julij 3 2010." ANG Invited lecture at "Multiscale molecular modelling. Edinburg, UK, June 30-July 3 2010." Šifra B.04 Vabljeno predavanje Objavljeno v 2010; Avtorji / Authors: Praprotnik Matej Tipologija 3.16 Vabljeno predavanje na konferenci brez natisa 3. COBISS ID 4514586 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Povezava atomistične in kontinuumske hidrodinamike ANG Linking atomistic and continuum hydrodynamics Opis SLO Vabljeno predavanje na "International workshop: Novel simulation approaches to soft matter systems. Dresden, 20-24 September 2010." ANG Invited lecture at "International workshop: Novel simulation approaches to soft matter systems. Dresden, 20-24 September 2010." Šifra B.04 Vabljeno predavanje Objavljeno v 2010; Avtorji / Authors: Praprotnik Matej Tipologija 3.16 Vabljeno predavanje na konferenci brez natisa 4. COBISS ID 4651546 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Večskalne simulacijske metode za tekočine ANG Multiscale simulation methods for liquids Opis SLO Vabljeno predavanje na 3rd Edinburgh-Cambridge Workshop, Univerza Cambridge, Department of chemistry, Cambridge, 26. April, 2011 ANG Invited lecture on 3rd Edinburgh-Cambridge Workshop, University of Cambridge, Department of chemistry, Cambridge, 26th April, 2011 Šifra B.04 Vabljeno predavanje Objavljeno v Kemijski inštitut; 2011; Avtorji / Authors: Praprotnik Matej Tipologija 3.16 Vabljeno predavanje na konferenci brez natisa 5. COBISS ID 4648730 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Večskalne simulacije tekočin ANG Multiscale simulations of fluids Opis SLO Vabljeno predavanje na INRIA, ^ Grenoble, Francija. ANG Invited talk at INRIA (Institut national de recherche en informatique et en automatique), 20. april 2011, Grenoble, France. Šifra B.04 Vabljeno predavanje Objavljeno v Institut national de recherche en informatique et en automatique; 2011; Avtorji / Authors: Praprotnik Matej Tipologija 3.14 Predavanje na tuji univerzi 9.Drugi pomembni rezultati projetne skupine8 1. Doc. dr. Matej Praprotnik je bil v letih 2009-2010 6 mesecev akademski gost na Chair of Computational Science, ETH Zurich, Zurich, Švica. 2. Doc. dr. Matej Praprotnik je prejel nagrado za najboljši prispevek "Triple-scale simulation of liquid water" na 3rd Monte Verita Conference on Multiscale Modeling Materials: Unsolved Problems and Challenges, 4- 9.9.2009, Ascona, Švica. 3. Doc. Dr. Matej Praprotnik je bil ocenjevalec projekta za Swiss National Science Foundation (SNSF). 4. Doc. Dr. Matej Praprotnik je bil ocenjevalec projekta za ETH Zurich Research Commission, Švica. 5. Doc. Dr. Matej Praprotnik je postal član izvršilnega odbora Društva biofizikov Slovenije. 6. Staš Bevc je postal uradni razvijalec programskega paketa Espresso++ za simulacije mehke snovi. lO.Pomen raziskovalnih rezultatov projektne skupine9 10.1.Pomen za razvoj znanosti10 SLO Povezava med atomsko strukturo in materialnimi lastnostmi in funkcijo je osnovnega pomena za moderno znanost mehke snovi. To zahteva globoko razumevanje obilice krajevnih (in časovnih skal), od atomskih do makroskopskih. Na tej točki igrajo računalniške simulacije vse pomembnejšo, če ne celo vodilno vlogo. Tradicionalno delimo simulacije v dve glavni skupini, namreč na poenostavljene modele, ki opišejo splošne vidike molekularnih sistemov in na simulacije, ki uporabljajo klasična polja sil z vsemi atomskimi podrobnostmi. Še vedno pa ne moremo obravnavati problemov, ki zahtevajo ogromne sisteme in/ali dolge karakteristične časovne skale v kombinaciji s kemično specifičnimi modeli, s posameznimi metodami iz ene ali druge skupine. Z razvojem večskalnih metod pa različne pristope združimo v močno orodje, ki znatno pohitri računalniške simulacije. To nam omogoča doseg eksperimentalnih časovnih in krajevnih skal z uporabo računalniške simulacije. Pomen novo razvitih numeričnih pristopov za razvoj znanosti pa se kaže tudi v veliki odmevnosti objavljenih del, kar je razvidno iz velikega števila citatov in vabljenih predavanj na mednarodnih konferencah v zdanjih letih. ANG The relation between atomistic structure and material properties and function is a basic concern of modern soft matter science. This implies a thorough understanding on many length and correspondingly time scales ranging from atomic to macroscopic. At this point computer simulations are playing an increasingly important, if not the central role. Traditionally simulations have been separated in two main groups, namely, into simplified models to deal with generic or universal aspects of molecular systems and those employing classical force field simulations with all atomistic detail. Still characteristic problems, which require huge systems and/or long times in combination with a chemistry specific model, cannot be tackled by these methods alone. More recently with the development of scale-bridging or multiscale simulation techniques, these different approaches have been combined into an emerging rather powerful tool, which will enable us to reach the experimental length and time scales using computer simulation. 10.2.Pomen za razvoj Slovenije11 SLO Cilj projekta je bil razvoj, izboljšava in analiza numeričnih metod za večskalne simulacije mehke snovi in molekularnih tekočin. Pomemben del projekta je tudi to, da nam je s tem omogočeno sodelovanje z vodilnimi laboratoriji v svetu na tem področju. Z znanstvenimi rezultati tega projekta smo v Slovenijo kot prvi uvedli večskalne simulacije molekulske dinamike mehke snovi in molekularnih tekočin. Večskalno modeliranje in simulacije so izredno aktualno področje znotraj računske fizike/kemije. Zato je udejstvovanje slovenskih raziskovalcev na tem področju. kar je ta projekt omogočil, velikega pomena za razvoj slovenske znanosti. Razvite metode uporabljamo tudi v pedagoške namene in popularizacijo raziskovalnega in študijskega področja. Rezultate raziskav smo objavili v mednarodnih znanstvenih revijah in jih predstavili na mednarodnih in domačih znanstvenih konferencah. Člani projektne skupine smo bili tudi mentorji/somentorji pri različnih doktorskih disertacijah s področij: fizika, računalništvo, farmacija in kemija. Pri raziskavah, ki jih izvajamo v okviru našega raziskovalnega dela, razvijamo in uporabljamo metode molekularnega modeliranja, s katerimi imamo veliko dobrih izkušenj in dobrih rezultatov. Izgradili smo tudi več računalniških sistemov imenovanih VRANA. VRANA je kratica za Vzporedni Računalnik za Akceleracijo Numeričnih Algoritmov. To so multiračunalniški sistemi sestavljeni iz osebnih računalnikov povezanih s hitro vzporedno mrežo. Te računalniške sisteme uporabljajo poleg članov naše programske skupine tudi kolegi iz drugih programskih skupin in laboratorijev na Kemijskem institutu in tudi kolegi iz drugih inštitucij, kot npr. iz Instituta Jožef Stefan, Medicinske fakultete, Fakultete za matematiko in fiziko, Biotehnične fakultete, Fakultete za farmacijo, Fakultete za računalništvo in informatiko in drugih. Na teh računalniških sistemih opravimo tudi obveznosti, ki so vezane na računalniško modeliranje in drugo računanje vezano na pogodbe z industrijo, npr. Lek, Krka in druge. Nadalje, poleg zgoraj naštetega, vsakemu od izvajalcev in uporabnikov nudimo dodatno asistenco, ki je vezana od pomoči pri inštalaciji in uporabi programov za molekularno modeliranje do inštalacije računalnikov in skrbi za lokalno računalniško mrežo in drugo. ANG The purpose of the project was to develop, improve, and apply the multiscale methods for molecular dynamics simulations in the study of biologically and technologically relevant soft matter systems. The project focused on specific problems in the research area, on code development and application. An important component of the project will involve close collaboration with the leading laboratories in this research field. We collaborate also with groups from the IJS, MF, FMF, BF, FF, FRI ( UL), PU. We have introduced a field of multiscale molecular dynamics simulation of soft matter and molecular liquids to Slovenia. The multiscale modeling and simulation is a very hot topic within computational physics/chemistry. The active participation of slovenian researchers in this field, which was made possible by this project, is therefore of animportance for the development of computational science in Slovenia. Newly developed methods for computer simulations of soft matter and molecular liquids are used to teaching and science popularization. Members of project team also supervised several graduate students in the field of physics, computer science, pharmacy and chemistry. The results of this research were published in international scientific journals and were presented at international scientific meetings. With our scientific quality and other international activity, i.e., invited lectures at scientific meetings and collaborations with top international groups in the field we increase our country's international recognition as well as sustain and enhance its national identity. ll.Samo za aplikativne projekte in podoktorske projekte iz gospodarstva! Označite, katerega od navedenih ciljev ste si zastavili pri projektu, katere konkretne rezultate ste dosegli in v kakšni meri so doseženi rezultati uporabljeni Cilj F.01 Pridobitev novih praktičnih znanj, informacij in veščin Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.03 Večja usposobljenost raziskovalno-razvojnega osebja Zastavljen cilj o da o ne Rezultat I d Uporaba rezultatov F.04 Dvig tehnološke ravni Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.05 Sposobnost za začetek novega tehnološkega razvoja Zastavljen cilj o da o ne Rezultat I d Uporaba rezultatov 1 d F.06 Razvoj novega izdelka Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.07 Izboljšanje obstoječega izdelka Zastavljen cilj o da o ne Rezultat Uporaba rezultatov d F.08 Razvoj in izdelava prototipa Zastavljen cilj o DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.09 Razvoj novega tehnološkega procesa oz. tehnologije Zastavljen cilj o da o ne Rezultat I d Uporaba rezultatov 1 d F.10 Izboljšanje obstoječega tehnološkega procesa oz. tehnologije Zastavljen cilj O da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.11 Razvoj nove storitve Zastavljen cilj O da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.12 Izboljšanje obstoječe storitve Zastavljen cilj O da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.13 Razvoj novih proizvodnih metod in instrumentov oz. proizvodnih procesov Zastavljen cilj o da o ne Rezultat Uporaba rezultatov d F.14 Izboljšanje obstoječih proizvodnih metod in instrumentov oz. proizvodnih procesov Zastavljen cilj O da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.15 Razvoj novega informacijskega sistema/podatkovnih baz Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.16 Izboljšanje obstoječega informacijskega sistema/podatkovnih baz Zastavljen cilj O da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.17 Prenos obstoječih tehnologij, znanj, metod in postopkov v prakso Zastavljen cilj O da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference) Zastavljen cilj O da o ne Rezultat I d Uporaba rezultatov d F.19 Znanje, ki vodi k ustanovitvi novega podjetja ("spin off") Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.20 Ustanovitev novega podjetja ("spin off") Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.21 Razvoj novih zdravstvenih/diagnostičnih metod/postopkov Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.22 Izboljšanje obstoječih zdravstvenih/diagnostičnih metod/postopkov Zastavljen cilj o da o ne Rezultat Uporaba rezultatov d F.23 Razvoj novih sistemskih, normativnih, programskih in metodoloških rešitev Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.24 Izboljšanje obstoječih sistemskih, normativnih, programskih in metodoloških rešitev Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.25 Razvoj novih organizacijskih in upravljavskih rešitev Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.26 Izboljšanje obstoječih organizacijskih in upravljavskih rešitev Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov 1 d F.27 Prispevek k ohranjanju/varovanje naravne in kulturne dediščine Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.28 Priprava/organizacija razstave Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.29 Prispevek k razvoju nacionalne kulturne identitete Zastavljen cilj o da o ne Rezultat I d Uporaba rezultatov F.30 Strokovna ocena stanja Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.31 Razvoj standardov Zastavljen cilj o da o ne Rezultat I d Uporaba rezultatov 1 d F.32 Mednarodni patent Zastavljen cilj o da o ne Rezultat d Uporaba rezultatov d F.33 Patent v Sloveniji Zastavljen cilj o da o ne Rezultat Uporaba rezultatov d F.34 Svetovalna dejavnost Zastavljen cilj o DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.35 Drugo Zastavljen cilj o da o ne Rezultat I d Uporaba rezultatov 1 d Komentar 12.Samo za aplikativne projekte in podoktorske projekte iz gospodarstva! Označite potencialne vplive oziroma učinke vaših rezultatov na navedena področja Vpliv Ni vpliva Majhen vpliv Srednji vpliv Velik vpliv G.01 Razvoj visokošolskega izobraževanja G.01.01. Razvoj dodiplomskega izobraževanja O o o o G.01.02. Razvoj podiplomskega izobraževanja o o o o G.01.03. Drugo: o o o o G.02 Gospodarski razvoj G.02.01 Razširitev ponudbe novih izdelkov/storitev na trgu o o o o G.02.02. Širitev obstoječih trgov o o o o G.02.03. Znižanje stroškov proizvodnje o o o o G.02.04. Zmanjšanje porabe materialov in energije o o o o G.02.05. Razširitev področja dejavnosti o o o o G.02.06. Večja konkurenčna sposobnost o o o o G.02.07. Večji delež izvoza o o o o G.02.08. Povečanje dobička o o o o G.02.09. Nova delovna mesta o o o o G.02.10. Dvig izobrazbene strukture zaposlenih o o o o G.02.11. Nov investicijski zagon o o o o G.02.12. Drugo: o o o o G.03 Tehnološki razvoj G.03.01. Tehnološka razširitev/posodobitev dejavnosti o o o o G.03.02. Tehnološko prestrukturiranje dejavnosti o o o o G.03.03. Uvajanje novih tehnologij o o o o G.03.04. Drugo: o o o o G.04 Družbeni razvoj G.04.01 Dvig kvalitete življenja o o o o G.04.02. Izboljšanje vodenja in upravljanja o o o o G.04.03. Izboljšanje delovanja administracije in javne uprave o o o o G.04.04. Razvoj socialnih dejavnosti o o o o G.04.05. Razvoj civilne družbe o o o o G.04.06. Drugo: o o o o G.05. Ohranjanje in razvoj nacionalne naravne in kulturne dediščine in o o o o identitete G.06. Varovanje okolja in trajnostni razvoj O o o o G.07 Razvoj družbene infrastrukture G.07.01. Informacijsko-komunikacijska infrastruktura o o o o G.07.02. Prometna infrastruktura o o o o G.07.03. Energetska infrastruktura o o o o G.07.04. Drugo: o o o o G.08. Varovanje zdravja in razvoj zdravstvenega varstva o o o o G.09. Drugo: o o o o Komentar 13.Pomen raziskovanja za sofinancerje12 Sofinancer 1. Naziv Naslov Vrednost sofinanciranja za celotno obdobje trajanja projekta je znašala: EUR Odstotek od utemeljenih stroškov projekta: % Najpomembnejši rezultati raziskovanja za sofinancerja Šifra 1. 2. 3. 4. 5. Komentar Ocena 14.Izjemni dosežek v letu 201213 14.1. Izjemni znanstveni dosežek Kot prvi na svetu smo s sodelavci iz ETH Zurich izvedli večskalno simulacijo toka vode mimo molekule fulerena s polno 3D sklopitvijo med mikro in makroskopskim opisom tekočine. Uporabili smo Schwarzovo metodo, ki sklaplja simulacijo molekulske dinamike (MD) tekoče vode okrog C540 molekule z Lattice-Boltzmann (LB ) opisom Navier-Stokesovih enačb. Predstavljena metoda implicitno ohranja toka mase in gibalne količine in premošča algoritme osnovane na ohranitvi tokov in prekrivalne algoritme Schwarzovega tipa. Novi pristop uporabimo za določitev robnih pogojev na površini molekule fulerena. Z našim večskalnim pristopom lahko simuliramo tekočinske tokove okrog nanoobjektov, kar je izrednega pomena za hidrodinamiko v ograjenih geometrijah (npr. ciljni dostavi zdravil), kjer robni pogoji znatno vplivajo na tekočinski tok. Članek je bil objavljen v: J. comput. phys., 2012, vol. 231, iss. 7, str. 2677-2681. 14.2. Izjemni družbeno-ekonomski dosežek Doc. Dr. Matej Praprotnik je bil 2 meseca član "The Kavli Institute for Theoretical Physics (KITP), University of California, Santa Barbara, ZDA" na programu "Physical Principles of Multiscale Modeling, Analysis and Simulation in Soft Condensed Matter". KITP je prestižni raziskovalni inštitut na University of California, Santa Barbara. Je eden izmed vodilnih inštitutov za teoretično fiziko na svetu. Programi, ki jih organizira, združujejo teoretične fizike v skupinskem delu na temah, ki so v samem vrhu teoretične znanosti. Financiran je pretežno preko The National Science Foundation odkar je bil ustanovljen kot the Institute for Theoretical Physics v 1979. V članku iz 2007 obljavljenem v Proceedings of the National Academy of Science so KITP uvrstili na prvo mesto po vplivu pri primerjavi nebiomedicinskih raziskovalnih ustanov v ZDA. C. IZJAVE Podpisani izjavljam/o, da: • so vsi podatki, ki jih navajamo v poročilu, resnični in točni • se strinjamo z obdelavo podatkov v skladu z zakonodajo o varstvu osebnih podatkov za potrebe ocenjevanja ter obdelavo teh podatkov za evidence ARRS • so vsi podatki v obrazcu v elektronski obliki identični podatkom v obrazcu v pisni obliki • so z vsebino zaključnega poročila seznanjeni in se strinjajo vsi soizvajalci projekta Podpisi: zastopnik oz. pooblaščena oseba raziskovalne organizacije: in vodja raziskovalnega projekta: Kemijski inštitut Matej Praprotnik ZIG Kraj in datum: Ljubljana |11.3.2013 Oznaka prijave: ARRS-RPROJ-ZP-2013/98 1 Opredelite raziskovalno področje po klasifikaciji FOS 2007 (Fields of Science). Prevajalna tabela med raziskovalnimi področji po klasifikaciji ARRS ter po klasifikaciji FOS 2007 (Fields of Science) s kategorijami WOS (Web of Science) kot podpodročji je dostopna na spletni strani agencije (http://www.arrs.gov.si/sl/gradivo/sifranti/preslik-vpp-fos-wos.asp). Nazaj 2 Napišite povzetek raziskovalnega projekta (največ 3.000 znakov v slovenskem in angleškem jeziku) Nazaj 3 Napišite kratko vsebinsko poročilo, kjer boste predstavili raziskovalno hipotezo in opis raziskovanja. Navedite ključne ugotovitve, znanstvena spoznanja, rezultate in učinke raziskovalnega projekta in njihovo uporabo ter sodelovanje s tujimi partnerji. Največ 12.000 znakov vključno s presledki (približno dve strani, velikost pisave 11). Nazaj 4 Realizacija raziskovalne hipoteze. Največ 3.000 znakov vključno s presledki (približno pol strani, velikost pisave 11) Nazaj 5 V primeru bistvenih odstopanj in sprememb od predvidenega programa raziskovalnega projekta, kot je bil zapisan v predlogu raziskovalnega projekta oziroma v primeru sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave projektne skupine v zadnjem letu izvajanja projekta, napišite obrazložitev. V primeru, da sprememb ni bilo, to navedite. Največ 6.000 znakov vključno s presledki (približno ena stran, velikost pisave 11). Nazaj 6 Navedite znanstvene dosežke, ki so nastali v okviru tega projekta. Raziskovalni dosežek iz obdobja izvajanja projekta (do oddaje zaključnega poročila) vpišete tako, da izpolnite COBISS kodo dosežka - sistem nato sam izpolni naslov objave, naziv, iF in srednjo vrednost revije, naziv FOS področja ter podatek, ali je dosežek uvrščen v A'' ali A'. Nazaj 7 Navedite družbeno-ekonomske dosežke, ki so nastali v okviru tega projekta. Družbeno-ekonomski rezultat iz obdobja izvajanja projekta (do oddaje zaključnega poročila) vpišete tako, da izpolnite COBISS kodo dosežka - sistem nato sam izpolni naslov objave, naziv, IF in srednjo vrednost revije, naziv FOS področja ter podatek, ali je dosežek uvrščen v A'' ali A'. Družbeno-ekonomski dosežek je po svoji strukturi drugačen kot znanstveni dosežek. Povzetek znanstvenega dosežka je praviloma povzetek bibliografske enote (članka, knjige), v kateri je dosežek objavljen. Povzetek družbeno-ekonomskega dosežka praviloma ni povzetek bibliografske enote, ki ta dosežek dokumentira, ker je dosežek sklop več rezultatov raziskovanja, ki je lahko dokumentiran v različnih bibliografskih enotah. COBISS Id zato ni enoznačen, izjemoma pa ga lahko tudi ni (npr. prehod mlajših sodelavcev v gospodarstvo na pomembnih raziskovalnih nalogah, ali ustanovitev podjetja kot rezultat projekta _ - v obeh primerih ni COBISS ID). Nazaj 8 Navedite rezultate raziskovalnega projekta iz obdobja izvajanja projekta (do oddaje zaključnega poročila) v primeru, da katerega od rezultatov ni mogoče navesti v točkah 7 in 8 (npr. ker se ga v sistemu COBISS ne vodi). Največ 2.000 znakov, vključno s presledki. Nazaj 9 Pomen raziskovalnih rezultatov za razvoj znanosti in za razvoj Slovenije bo objavljen na spletni strani: http://sicris.izum.si/ za posamezen projekt, ki je predmet poročanja Nazaj 10 Največ 4.000 znakov, vključno s presledki Nazaj 11 Največ 4.000 znakov, vključno s presledki Nazaj 12 Rubrike izpolnite / prepišite skladno z obrazcem "izjava sofinancerja" http://www.arrs.gov.si/sl/progproj/rproj/gradivo/, ki ga mora izpolniti sofinancer. Podpisan obrazec "Izjava sofinancerja" pridobi in hrani nosilna raziskovalna organizacija - izvajalka projekta. Nazaj 13 Navedite en izjemni znanstveni dosežek in/ali en izjemni družbeno-ekonomski dosežek raziskovalnega projekta v letu 2012 (največ 1000 znakov, vključno s presledki). Za dosežek pripravite diapozitiv, ki vsebuje sliko ali drugo slikovno gradivo v zvezi z izjemnim dosežkom (velikost pisave najmanj 16, približno pol strani) in opis izjemnega dosežka (velikost pisave 12, približno pol strani). Diapozitiv/-a priložite kot priponko/-i k temu poročilu. Vzorec diapozitiva je objavljen na spletni strani ARRS http://www.arrs.gov.si/sl/gradivo/, predstavitve dosežkov za pretekla leta pa so objavljena na spletni strani http://www.arrs.gov.si/sl/analize/dosez/. Nazaj Obrazec: ARRS-RPROJ-ZP/2013 v1.00 24-D7-AC-3A-94-D4-5E-AE-92-DA-32-9B-09-40-29-0D-A3-D0-15-6F