Calculation of PrP genotype and NSP type probabilities in Slovenian sheep
Izračun verjetnosti genotipov PrP in skupin NSP pri ovcah v Sloveniji

angleški

2008

letnik 92, številka 2

ovce   genetika    genotip    verjetnost    Slovenija 

Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta
(Obvezni izvod spletne publikacije)

Izračunali smo verjetnosti genotipov PrP za negenotipizirane ovce v Sloveniji. V analizo smo zajeli 36 083 ovc in ovnov različnih pasem. Genotip PrP je bil znan za 10 504 živalih. V podatkih je bilo prisotnih pet različnih alelov PrP. Struktura porekla in podatkov o genotipu PrP se je med pasmami razlikovala. Z metodo alelnega lupljenja in modelom nepopolne penetrance, smo na podlagi genotipa sorodnikov iterativno izračunali verjetnosti genotipov PrP za vse živali. Analize smo opravili za vsako pasmo posebej. Iz verjetnosti genotipov smo preračunali verjetnosti za skupine NSP (National Scrapie Plan) ter iz teh povprečno vrednost NSP. Rezultate smo predstavili le na živih živalih. Prav nobeni živali nismo uspeli z gotovostjo dodatno določiti genotipa PrP ali skupine NSP. Za 0,0 do 5,7 % živali različnih pasem smo lahko dodatno določili genotip PrP s 95 % verjetnostjo, medtem ko smo lahko z enako verjetnostjo dodatno določili skupino NSP za 0,0 do 34,9 % živali različnih pasem. Menimo, da so vzroki za majhno število dodatnih določitev genotipa PrP sledeči: veliko število alelov, intermediarne frekvence alelov, struktura podatkov, uniformna apriorna verjetnost in uporaba modela nepopolne penetrance. Dodatne določitve genotipa PrP in skupine NSP predstavljajo prihranek za rejski program. Zaradi majhnega števila dodatnih določitev metod a ni uporabna za selekcijo celotnih populacij na odpornost proti praskavcu. V ta namen lahko uporabimo povprečno vrednost NSP, saj ta parameter združuje vse verjetnosti genotipov PrP in ga lahko izračunamo za vse živali.

07.12.2010