Beta - trefoil protease inhibitors unique to higher fungi - Sabotič, Jerica (Acta chimica slovenica, 2019)
Ambrozija je pomemben vzrok sezonskih alergij. Do sedaj imamo zelo malo informacij o IgE vezavnih mestih na glavnem alergenu iz cvetnega prahu ambrozije, Amb a 1. Afinitetna selekcija peptidov iz bioloških knjižnic z uporabo specifičnih protiteles proti alergenu je uporabna laboratorijska metoda za določevanje epitopov. V tej raziskavi smo s pomočjo mimotopov, kratkih peptidov, ki posnemajo epitope, izoliranih iz bakteriofagnih knjižnic naključnih peptidov, določali IgE epitope Amb a 1. Izbrani peptidi so se le šibko ujemali s primarnim zaporedjem Amb a 1, kar je nakazovalo, da so epitopi konformacijski. Da bi jih določili, smo izdelali homologni model tridimenzionalne strukture Amb a 1, na katerega smo prilegali izbrane peptide. S pomočjo programa EpiSearch smo identificirali štiri potencialne epitope na površini alergena okoli aminokislinskih ostankov K104, S110, H214 in W312. Peptidni mimetiki predvidenih epitopov so se specifično vezali na IgE iz zmesi serumov za ambrozijo alergičnih pacientov in tako predstavljajo mimetike IgE epitopov Amb a 1. Poznavanje IgE epitopov je predpogoj za racionalno načrtovanje molekularnih pristopov v diagnostiki in imunoterapiji alergijskih bolezni.
Keywords: Alergeni; Amb a 1; ambrozijske alergije; bakteriofagne knjižnice; epitope mapping; IgE epitopi; mimotopes; mimotopi; phage display; ragweed allergy