Structure elucidation of transmembrane proteins using public-available databases and experimental data on competitive inhibition - Roy Choudhury, Amrita (Acta chimica slovenica, 2011)
Predstavljen je pristop k analizi kemijske strukture bilitranslokaze, membranskega proteina, ki prenaša bilirubin iz krvi v jetrne celice. Zaporedje aminokislin in informacije o sekundarni strukturi transmembranskih segmentov proteinov s poznano 3D strukturo uporabimo za napovedovanje transmembranskih domen strukturno nerešenih proteinov. S pomočjo poznanih struktur kodiramo transmembranske in ostale domene proteinov na tak način, da jih lahko s pomočjo računalniških programov grupiramo glede na njihove podstrukturne karakteristike in da lahko zgradimo model za napovedovanje transmembranskih segmentov. Prikazan model za napovedovanje transmembranski segmentov identificira štiri transmembranske alfa vijačnice, od katerih vsaka vsebuje okoli 20 aminokislin. Ta rezultat je delno potrjen z eksperimentalnimi študijami uporabe določenih protiteles, ki ustrezajo delom aminokislinskega zaporedja bilitranslokaze. Da bi razjasnili transportni mehanizem bilitranslokaze, smo testirali tudi niz strukturno raznolikih spojin za določitev njihove kompetitivne konstante inhibicije v preiskovanem sistemu protein-substrat. Informacija o kemijski strukturi majhnih molekul, ki ali prehajajo ali blokirajo transmembransko pot preko bilitranslokaze, nam pomaga graditi hipotezo o transportnem mehanizmu študiranega biološkega sistema.
Keywords: podatkovne zbirke; proteini; strukturna kemija