PCR primers comparisons for a successful Tuber spp. DNA region amplification in routine identifications - Unuk Nahberger, Tina (Folia biologica et geologica, 2020)
Od konca 20. stoletja je določanje nukleotidnega zaporedja DNA postalo ena izmed pogosteje uporabljenih metod za določanje vrst. ITS regija je edina izmed uradnih glivnih DNA markerjev, čeprav lahko določanje nukleotidnega zaporedja le-te, v nekaterih primerih, predvsem zaradi napačne določitve, označevanja oziroma napak v nomenklaturi v javnih bazah podatkov, privede do napačne oziroma nenatančne določitve vrst, kar je trenutno težava pri določitvi vrst iz rodu Tuber. Namen te študije je bil testirati kateri pari ITS začetnih oligonukleotidov so najbolj primerni in optimalni za pomnoževanje DNA regij gliv iz rodu Tuber. S tem namenom smo v študiji (1) primerjali uspešnost pomnoževanja DNA regije različnih vrst iz rodu Tuber, z uporabo glivno specifičnih začetnih oligonukleotidov ITS1f in ITS4 ter hkrati (2) primerjali uspešnost pomnoževanja DNA regije vrste Tuber aestivum z uporabo različnih ITS začetnih oligonukleotidov. Na podlagi rezultatov ugotavljamo, da je vrsta T. aestivum izmed vseh analiziranih gliv iz rodu Tuber, bila najtežavnejša vrsta v naši študiji, saj je v večini primerov pomnoževanje DNA regije te vrste z uporabo glivno specifičnih začetnih oligonukleotidov ITS1f in ITS4 bilo neuspešno. Po primerjavi uspešnosti pomnoževanja z različnimi ITS začetnimi oligonukelotidi ugotavljamo, da sta bila v naši študiji ITS začetna oligonukleotida ITS5 in ITS7 najprimernejša za pomnoževanje DNA regije vrste T. aestiv um, saj je bila uspešnost pomnoževanja iz ektomikoriznih vršičkov v tem primeru največja. Na podlagi T. aestivum nukleotidnih zaporedij pridobljenih iz javnih podatkovnih baz ugotavljamo, da je za začetna oligonukleotida ITS1f in ITS6 značilno neujemanje s tarčnim nukleotidnim zaporedjem (T. aestivum) v enem baznem paru, kar se lahko odraža bodisi v slabšem pomnoževalnem uspehu ali v nepomnoževanju na splošno. Kljub temu, da v naši študiji ugotavljamo, da sta začetna oligonukleotida ITS5 in ITS7 najprimernejša za pomnoževanje DNA regije glive T. aestivum, so potrebne nadaljnje analize, s katerimi bi potrdili splošno primernost omenjenega para ITS5/ITS7 za pomnoževanje DNA regije ne samo vrst iz rodu Tuber, temveč za določanje ektomikoriznih glivnih združb na splošno.
Keywords: DNA; ektomikorizne glive; glivne združbe; ITS regija; ITS začetni oligonukleotidi; PCR pomnoževanje; Tuber spp.