Pregledni članek / Review article 204 | Slovenska pediatrija 2023; 30(4) Izvleček Prirojene nepravilnosti sečil vključujejo širok spekter malformacij, ki so posledica neustreznega embrionalnega razvoja sečil in se pogosto se pojavljajo v sklopu sindromov. Čeprav je etiologija prirojenih napak sečil v večini primerov verjetno multifaktorska, je v redkih primerih razvoj nepra­ vilnosti sečil povezan z monogenskimi ali kromosomski­ mi vzroki, in sicer s patogenimi različicami v posameznem genu ali kromosomu. Verjetnost genetske etiologije je več­ ja pri kompleksnih kliničnih slikah, kot je obojestranska parenhimska prizadetost ledvic, in ob pozitivni družinski anamnezi prirojenih nepravilnosti sečil in/ali sindromskega stanja. Pri diagnosticiranju prirojenih nepravilnosti sečil vse pogosteje uporabljamo genetske preiskave, ki temeljijo na metodi sekvenciranja naslednje generacije, pri pridruženih razvojnih nepravilnostih več organskih sistemov ter razvoj­ nem zaostanku in/ali dizmorfnih znakih pa tudi molekularno kariotipizacijo. Ključne besede: prirojene napake sečil, genetsko testiranje, sekvenciranja nasednje generacije. Abstract Congenital anomalies of the kidney and urinary tract repre­ sent a wide range of malformations that result from inade ­ quate embryonic development and can often present as part of a syndrome. Although the aetiology of anomalies appears to be multifactoral in the majority of cases, a small propor­ tion can be associated with monogenic or chromosomic var­ iation, such as mutations in a specific gene or chromosome. A higher diagnostic yield of genetic testing is associated with severe anomalies affecting both renal parenchymas, a fam­ ily history of kidney disease, and the presence of extrarenal features. Next-generation sequencing is increasingly being recognized as an important method in diagnosing congen­ ital anomalies of the kidney and urinary tract. When there are concomitant multiple congenital malformations, devel­ opment delay and/or dysmorphic features, microarray based genetic testing is advised. Keywords: congenital anomalies of the kidney and urinary tract, genetic testing, next-generation sequencing. Genetsko diagnosticiranje prirojenih nepravilnosti sečil Genetic approach in the diagnosis of congenital anomalies of the kidney and urinary tract Katja Jarc Georgiev, Matjaž Kopač, Sara Bertok Slovenska pediatrija 4/2023.indd 204 08/11/2023 14:24 Slovenska pediatrija 2023 | 205 Uvod Prirojene nepravilnosti sečil (angl. congenital anomalies of the kidney and urinary tract, CAKUT) vključujejo širok spekter malformacij, ki so pos­ ledica neustreznega embrionalnega razvoja ledvic in sečil. Klinično se lah­ ko izražajo z različno stopnjo okvare ledvičnega parenhima (npr. agenezi­ ja, hipoplazija ledvic ali multicistična displazija ledvic). Lahko gre za nepra­ vilnost v področju zgornjih ali spodnjih sečil, npr. ureteropelvično obstrukci­ jo, megaureter, vezikoureterni refluks, posteriorno valvulo sečnice (1–3). CAKUT glede na dostopno literaturo predstavljajo 20–30 % vseh prirojenih malformacij z ocenjeno razširjenostjo 3–6 na 1.000 rojstev (3–5). So vzrok kro­ nične ledvične bolezni pri približno 30 % pediatrične populacije (3, 6, 7). Najpo ­ gosteje se pojavljajo izolirano, v prib­ ližno 25 % pa so povezane z razvojnimi nepravilnostmi drugih organskih siste­ mov. Nepravilnosti sečil se pojavljajo v sklopu približno 300 sindromov in 35 % vseh kromosomskih nepravilnosti (3, 8). Genetika prirojenih nepravilnosti sečil Etiologija razvoja CAKUT je kompleksna in še ni povsem pojasnjena. V večini pri­ merov CAKUT je etiologija multifaktor­ ska z zapleteno interakcijo genov ter okoljskih in epigenetskih dejavnikov (3, 9). V redkih primerih je vzrok razvo ­ ja CAKUT prisotnost patogene različice v enem genu, točkovne različice, tj. raz­ ličice na ravni posameznega nukleotida (angl. single nucleotide variants, SNV), manjše insercije in delecije (angl. indels) ali patogene različice v številu kopij (angl. copy number variation, CNV). SNV so zamenjave enega nukleotida, ki lah­ ko vodijo v nastanek sinonimnih oz. tihih sprememb (spremenjeni kodon kodira isto aminokislino (angl. silent variant), nesinonimnih sprememb (spremenjen kodon kodira drugo aminokislino (angl. missense variant) ali nesmiselnih spre­ memb (nastanek prezgodnjega stop kodona (angl. nonsense variant). Če se SNV nahaja v nekodirajočem področju DNK (npr. intronskem zaporedju), lahko vodi v nepravilno izrezovanje intronov (angl. splicing variant). Predvsem nesi­ nonimne in nesmiselne spremembe lah­ ko vplivajo na končni proteinski produkt in njegovo funkcijo (10, 15). Pri indels gre za vrivanje (insercija) ali izgubo (delecija) manjšega števila nukleotidov (1–49 bp), kar lahko vodi v premik bralnega okvir­ ja (angl. frame shift) s spremembo tran­ slacije zaporedja DNK med začetnim in končnim kodonom v primerjavi z refe­ renčnim zaporedjem. CNV so skupina strukturnih sprememb, pri katerih se večji odseki DNK (več kot 50 bp) poja­ vijo v različnem številu kopij kot izgube genetskega materiala (delecije) ali pom­ nožitve (duplikacije/triplikacije) in lahko vsebujejo več genov oz. alelov (3, 10, 16). CAKUT kot posledica patogene različi­ ce v posameznem genu (SNV, indels) se pojavljajo v 10–15 % primerov. Do sedaj je opisanih več kot 50 genov, ki lahko vodijo v nastanek izolirane ali sindrom­ ske CAKUT, med njimi so patogene raz­ ličice največkrat v genih PAX2, HNF1B in EYA1 (1, 3). Najpogosteje opisan način dedovanja je avtosomno dominanten, redkeje avtosomno recesiven ali vezan na x-kromosom. Večina patogenih raz­ ličic nastane de novo, tj. ni podedovana od staršev (3, 11). CAKUT kot posle­ dica CNV naj bi se pojavljale v približ­ no 5–10 % primerov CAKUT. Verbitsky s kolegi je v raziskavi, ki je vključevala 2824 bolnikov s CAKUT, ugotavljal, da le 6 lokusov, tj. določenih odsekov ali mest na kromosomu oziroma mole­ kuli DNK, predstavlja večino, kar 65% primerov CAKUT kot posledice CNV. Najpogosteje so bile opisane CNV – tako delecije kot duplikacije – lokusa 22q11.2 in lokusa 17q12. Dodatno so v raziskavi prikazali, da je tip CNV na šestih loku­ sih povezan z večjo verjetnostjo razvo­ ja določenega podtipa CAKUT; delecije so bile pogosteje povezane z nepravil­ nostmi v razvoju ledvic, duplikacije pa z nepravilnostmi v razvoju iztočnega trakta in spodnjih sečil (3, 11, 12, 17, 18). Fenotipsko izražanje je v obeh skupinah tako znotraj iste družine kot med posa­ mezniki z enako patogeno različico ali CNV različno. Tako se lahko enake pato­ gene različice izražajo kot različni pod­ tipi CAKUT, na primer enaka patogena različica v genu PAX2, ki je povezana z razvojem ledvičnega – kolobom sin­ droma (OMIM:120330), lahko povzroči hipoplazijo/agenezijo ledvic pri enem bolniku, pri drugem pa se izraža kot vezikoureterni refluks. Po drugi strani pa se patogene različice v različnih genih lahko izrazijo kot enak fenotip; na pri­ mer, patogene različice v genih PAX2 in EYA1 lahko vodijo v razvoj hipoplastične ledvice. Prav tako je med posamezniki z enako različico zunajledvična prizade­ tost izražena variabilno (t. i. penetran­ ca), kar je stopnja izražanja genotipa, ki je pri CAKUT znižana (3, 5, 13, 14). Klinično-genetski pristop pri otroku s prirojeno nepravilnsotjo sečil Večino CAKUT (60–85 %) bi lahko dia­ gnosticirali že prenatalno, zlasti če bi ultrazvočni pregled (UZ) sečil opravljen v tretjem trimesečju nosečnosti (19). Preostale primere CAKUT klinično opre­ delimo ob obravnavi otroka ob obreme ­ nilni družinski anamnezi, akutni okužbi sečil, odsotnosti odvajanja urina v prvih 24 urah po rojstvu, zunajledvičnih simp­ tomov ali kasneje v adolescenci oziro­ ma zgodnji odrasli dobi, ob razvoju kronične bolezni ledvic in/ali zgodnjega razvoja arterijske hipertenzije (5, 9, 19). Genetsko obravnava CAKUT se glede na dostopno literaturo svetuje v prime­ ru hujše klinične slike (obojestranska parenhimska prizadetost ledvic s prid­ ruženo anomalijo sečil ali brez nje) ob pozitivni družinski anamnezi in/ali sin­ dromskih simptomih (11), ko so pato­ gene različice (SNV , indels, CNV) tudi najpogosteje opredeljene. Genetsko svetovanje (angl. genetic counselling) je proces podpore posa ­ mezniku pri razumevanju in prilaga­ janju na medicinske, psihološke in reproduktivne posledice genetskega vidika bolezni. Proces zajema tolmače­ Slovenska pediatrija 4/2023.indd 205 08/11/2023 14:24 206 | Slovenska pediatrija 2023; 30(4) nje družinske in osebne anamneze za oceno tveganja pojava bolezni ali nje­ ne ponovitve, razlago o načinu dedo­ vanja, možnosti testiranja, preventive in zdravljenja ter potekajoče raziskave in svetovanje za sprejemanje informira­ nih odločitev in prilagajanje na tvega­ nje oziroma bolezen (20). Tako v sklopu genetskega svetovanja glede otroka s CAKUT izrišemo rodovnik, ki obsega vsaj tri generacije, z vprašanji in klinič­ nim pregledom usmerjenimi v: • družinsko anamnezo (CAKUT ali druge bolezni urogenitalnega trak­ ta pri drugih družinskih članih, pri­ rojene anomalije drugih organskih sistemov, mrtvorojenost, nevropsi­ hiatrične bolezni, konsangvinost); • bolezni matere (npr. sladkorna bole­ zen in podhranjenost matere, ki sta povezani z manjšim številom nefro­ nov); • antenatalno anamnezo (oplodi­ tev z biomedicinsko pomočjo – višja pojavnost CAKUT; pomanjkanje fola­ ta/vitamina A; izpostavljenost tera­ togenom – alkohol, inhibitorji ACE, alkohol, kokain; prenatalni ultrazvoč­ ni pregledi – parenhimske spremem­ be ledvic, cistične/»svetle« ledvice, oligohidramnij, razširitev votlega sis­ tema (hidronefroza)); • perinatalno anamnezo (nizka porodna teža – zmanjšano števi­ lo nefronov; velik novorojenček za nosečnostno starost/hipoglikemi­ ja/makroglosija – Beckwith- Wiede­ mannov sindrom (OMIM:130650); odvajanje urina v prvih 24 urah); • osebno anamnezo (klinična pre­ zentacija CAKUT, starost ob diagno­ zi CAKUT, podtip CAKUT – verjetnost genetske etiologije je višja pri paren­ himskih okvarah ledvic, enostran­ ska/obojestranska prizadetost – pri genetski etiologiji je pogostejša obo­ jestranska prizadetost); • klinični pregled in prizadetost dru- gih organskih sistemov – najpogo­ steje razvojne nepravilnosti srca, oči, kože, senzorinevralna nagluš­ nost, nepravilnosti zunanjega ušesa, nevrorazvojni simptomi in anoma­ lije udov. V nadaljevanju so oprede ­ ljeni pogostejši sindromi, povezani s C AKUT: ­ prirojene nepravilnosti srca (konot­ runkalne), aplazija timusa, razcep neba/ in dizmorfni znaki – 22q11.2 mikrode ­ lecijski sindrom (OMIM: 611287); ­ kolobom mrežnice – renalni kolobom sindrom (OMIM:120330); ­ kriptoftalmus in sindaktilija – Fraser­ jev sindrom (OMIM:219000, 617666, 617667); ­ gluhost in nepravilnosti zunanjega ušesa – branhiootorenalni sindrom (OMIM:113650, 610896); • izvidi opravljenih preiskav (labo­ ratorijske preiskave, radiološke preiskave, funkcijske raziskave, pred­ hodne genetske preiskave, morebi­ tni UZ sečil pri družinskih članih) (5, 8, 11, 19). Pogosto sledi svetovanje glede mož­ nosti genetskega testiranja otroka, pri čemer nas o smiselnosti in izbiri TABELA 1. NEKATERE GENETSKE MUTACIJE, POVEZANE Z RAZVOJEM CAKUT (27). Legenda: VUR – vezikoureterni refluks. TABLE 1. SOME GENETIC MUTATIONS RELATED TO CAKUT (27). Primarna bolezen Okvarjen gen Fenotip ledvic renalni kolobom sindrom PAx 2 hipoplazija, VUR branhio-oto-renalni sndrom (BOR) EYA1, SIx 1, SIx 5 enostranska/obojestranska agenezija/displazija, anomalije votlega sistema Sindrom ledvične ciste in diabetes HNF1b, TCF2 displazija, hipoplazija Alagillov sindrom JAGGED1, NOTCH2 cistična displazija Bardet­ Biedlov sindrom BBS1 cistična displazija Beckwith-Wiedemannov sindrom disregulacija v »imprintingu« v kromosomu 11p15.5 medularna displazija Fraserjev sindrom FRAS1, FREM2, GRIP1 agenezija, displazija Rubinstein-Taybijev sindrom CREBBP agenezija, hipoplazija Townes­ Brockov sindrom SALL1 hipoplazija, displazija, VUR Zellweggerjev sindrom PEx1 cistična displazija Smith-Lemli-Opitzov sindrom DHCR7 ledvična hipoplazija, ciste, aplazija Okihiro sindrom SALL4 enostranska agenezija, VUR, malrotacija, navzkrižna ektopija Slovenska pediatrija 4/2023.indd 206 08/11/2023 14:24 Slovenska pediatrija 2023 | 207 ustreznega genetskega testa vodi bol­ nikova klinična slika. Pomembna je raz ­ laga prednosti, omejitev in potencialnih izzidov genetskega testiranja, da lahko starši/skrbniki sprejmejo informirano odločitev o testiranju otroka. Predvsem pri uporabi testov, ki temeljijo na meto ­ di sekvenciranja naslednje generacije, je ključno, da poudarimo možnost opre­ delitve različice z nejasnim pomenom (angl. variant of uncertain significan­ ce, VUS), tj. različica, katere kliničnega pomena trenutno še ne moremo opre­ deliti, ali naključne najdbe (angl. inci­ dental findings), tj. patogene različica v genu, ki ni povezana s klinično sliko/ sindromom, zaradi katere je bil preisko­ vanec napoten na genetsko testiranje (11). Čeprav vzročnega zdravljenja še ne poznamo, je opredelitev patogene razli­ čice za posameznika s CAKUT in njego­ vo družino pomembna, saj postavimo konkretno diagnozo in opredelimo vzrok posameznikovih težav ter opus­ timo izvajanje dodatnih diagnostičnih preiskav. Poleg tega opredelitev pato­ gene različice omogoča bolj ustrezno in ciljano medicinsko obravnavo (iska­ nje zunajledvičnih simptomov, aktivno ciljano spremljanje (npr. patogena razli­ čica v genu HNF1B je povezana z večjim tveganjem razvoja sladkorne bolezni, različice v genu EYA1 pa z motnjo sluha). Specifična diagnoza omogoči genetsko svetovanje in oceno tveganja za ponovi­ tev težav pri sorojencih ali v širši družini ter v primeru presaditve ledvice sorod­ nika, potencialnega dajalca. S ciljano genetsko preiskavo izključimo priso­ tnost iste patogene različice kot pri bol­ niku (11, 21). Pri diagnosticiranju CAKUT najpogo­ steje omenjamo dve skupini testov: i) tese, ki temeljijo na metodi sekvenci­ ranja naslednje generacije, in ii) teste za odkrivanje CNV. Sekvenciranje naslednje generaci­ je (angl. next generation sequencing, NGS) je visoko zmogljiva tehnologija, ki omogoča hkratno določanje nuk­ leotidnega zaporedja (sekvenciranja) več segmentov DNK v vzorcu, ki jih primerjamo z referenčnim genomom. NGS lahko uporabljamo za določitev nukleotidnega zaporedja celotne DNA − genoma (angl. whole genome sequ­ encing, WGS) ali soza sekvenciranje izolirani le posamezni segmenti DNK, to je lahko nukleotidno zaporedje vseh kodirajočih regij DNK – eksoma (angl. whole exome sequencing, WES) ali le določenih regij DNK (genov), ki so zbra­ ni v naborih, t. i. panelih genov (10, 22). Panele genov običajno uporabljamo, ko lahko različice v več genih povzroči­ jo podobno klinično sliko preiskovanca ali ko se vzročni geni nahajajo na različ­ nih lokusih in so lahko del skupnih poti za razvoj bolezni (11, 22). Do nedavne­ ga je bilo možno sekvencirati le pred ­ hodno določen panel genov za določen fenotip (angl. phenotype associated gene panels), z napredkom tehnologije pa danes pogosto opravimo WES, nato pa z bioinformacijskimi orodji analizi­ ramo in tolmačimo le gene, povezane s kliničnim fenotipom preiskovanca (angl. targeted exome sequencing – virtual gene panels). Pristop, ki temelji na predhodnem WES, omogoča labo­ ratoriju večjo dinamičnost, saj je za morebitno opredelitev vzročnosti ob novem, potencialno vzročnem genu, potrebna le ponovna bioinformacijska analiza obstoječih podatkov. Prednosti panelov pred WES in WGS so odsotnost naključnih najdb, nižja cena in hitrejši rezultati. Poleg tega se v primeru na WES temelječih panelih v odsotnosti patogene različice na panelu lahko za analizo »odpre« sekvencirane podat­ ke celotnega WES (22). WES priporo­ čamo pri diagnosticiranju bolezni kot metodo prve izbire, ko je klinični feno­ tip preiskovanca nespecifičen, oziroma kot metoda druge izbire, če s panelnim testiranjem vzroka klinične slike pre­ i s k o v a n c a n e o p r e d e l i m o . Z W ES s e poveča tveganje naključnih najdb in VUS; pokritost posameznih regij pa je slabša (11). S paneli in WES lahko opre­ delimo predvsem SNV in indels; možno je tudi odkritje mozaicizma in neka­ terih CNV (11, 22). WGS, najobsežnejši genetski test, ki je trenutno na voljo, omogoča sekvenciranje kodirajočih in nekodirajočih področij genoma ter tako lahko poleg SNV in indels oprede­ li tudi patogene različice v intronskih in regulatornih področjih ali prepoz­ na nove vzročne gene. V primerjavi z WES lahko opredeli tudi strukturne kromosomske nepravilnosti. Glavna pomanjkljivost WGS je velika količina pridobljenih podatkov, velika verje­ tnost naključnih najdb in VUS, tehnič­ na zahtevnost preiskave, visoka cena in trajanje preiskave. Za potrditev CNV moramo opraviti dodatne genetske preiskave (molekularno kariotipizaci­ jo), določene regije pa težko sekvenci­ ramo (repetitivne regije) (10, 11, 22–24). Za diagnosticiranje CNV najpogoste­ je uporabljamo molekularno karioti­ pizacijo (kromosomske mikromreže; angl. cromosomal microarray«). Mole­ kularna kariotipizacija, ki jo uporablja­ mo v klinični praksi, temelji na metodi primerjalne genomske hibiridizacije z uporabo mikromrež (angl. array-based comparative genomic hybridization, aCGH). S preiskavo je možna hkratna analiza CNV v celotnem genomu posa­ meznika. Metoda temelji na kratkih oligonukleotidnih zaporedjih DNK, ki predstavljajo točno določene segmen­ te genoma. Oligonukleotidi so imobi­ lizirani na objektnem stekelcu, kamor hkrati hibridiziramo preiskovančevo in referenčno DNK, vsako označeno s svo­ jim barvilom; CNV zaznamo kot razliko v intezivnosti signala obeh DNK (21, 22, 25). V splošnem aCGH v pediatrični populaciji svetujejo kot prvo metodo izbire pri posamezniku z idiopatskim razvojnim zaostankom, intelektualno manjzmožnostjo, dizmorfnimi znaki ali prirojenimi nepravilnostmi večjih organskih sistemov in pri fenotipih, pogostih v sklopu sindromov, katerih del je tudi CAKUT (11, 21, 26). Z omenje­ no metodo lahko opredelimo trisomije/ monosomije, večje delecije/duplika­ cije, mikrodelecije/mikroduplikacije (izguba/podvojitev dednega materila, ki jih s klasičnimi citogenetskimi prei­ skavami ne zaznamo, običajno < 5 Mb), ter neuravnotežene strukturne spre­ membe (translokacije) (22). Glavne pomanjkljivosti metode so nezmožnost zaznavanja uravnoteženih kromosom­ skih sprememb (inverzije, uravnoteže­ ne translokacije), možnost odkrivanja genomske različice nejasnega pome­ Slovenska pediatrija 4/2023.indd 207 08/11/2023 14:24 208 | Slovenska pediatrija 2023; 30(4) na in omejeno odkrivanje mozaicizma (slabše zaznavanje nizkostopenjskih mozaikov, meja 10–20 %) (21). Vloga sekvenciranja po Sangerju v dia­ gnosticiranju CAKUT je predvsem v ugo­ tavljanju prisotnosti znane družinske različice pri preiskovancu s klinično sliko CAKUT. Sekvenciranje po Sangerju omo ­ goča sekvenciranje kratkih fragmen­ tov izbranega gena. Metoda temelji na uporabi kemijsko modificiranih fluo­ rescenčno označenih nukleotidov, ki ob vezavi zaustavijo sintezo DNK in tako generirajo različno dolge fragmente tarčne regije (gena). Fragmenti, ozna­ čeni s fluorescentnim barvilom, so ana­ lizirani z laserjem, ki zazna intezivnost fluorescence in jo vizualno prikaže. S to metodo lahko zaznamo SNV, indels in t. i. splicing različice. Možno je tudi zazna­ vanje mozaicizma za patogeno različico do 20 % celic, a so za natančnejšo kvan­ tifikacijo mozaicizma potrebne druge preiskave. Glavna omejitev preiskave je možnost analize le posameznega gena naenkrat (21). V Tabeli 1 prikazujemo nekatere genetske mutacije, povezane z razvojem CAKUT (27). Zaključek CAKUT so pomemben vzrok kronič­ ne ledvične bolezni in končne ledvič ­ ne odpovedi v pediatrični populaciji. Čeprav je pri večini CAKUT etiologija multifaktorska, smo v prispevku pou­ darili možnost genetske etiologije pri­ rojenih nepravilnosti sečil, ki je bolj verjetna v primeru družinske anamne­ ze CAKUT, konsangvinosti, prisotnosti sindromskih simptomov in obojestran­ ske parenhimske prizadetosti ledvic. V sklopu genetskega diagnosticiranja imajo vse večjo vlogo preiskave, ki teme ­ ljijo na sekvenciranju naslednje genera­ cije (paneli, WES, WGS), med katerimi bo predvidoma predvsem WGS ob večji dostopnosti, nižji ceni in izboljšani teh­ niki pripomogel k opredelitvi dodatnih patoloških različic, udeleženih v razvoju CAKUT, predvsem tistih, ki so v področju nekodirajočega dela genoma. Literatura 1. Kolvenbach CM, Shril S, Hildebrandt F. The genet - ics and pathogenesis of CAKUT. Nat Rev Nephrol. 2023;19(11):709-720. 2. Kopač M. Prirojene napake sečil. Slov Pediatr 2015; 22: 183-91. 3. Knoers NVAM. The term CAKUT has outlived its usefulness: the case for the defense. Pediatr Nephrol. 2022;37(11):2793-2798. 4. Queisser-Luft A, Stolz G, Wiesel A, Schleafer K, Spranger K. Malformations in newborn: results based on 30,940 infants and fetuses from the Mainz congen- ital birth defect monitoring system (1990–1998). Arch Gynecol Obstet 2002; 266: 163–7. 5. Sanna-Cherchi S, Caridi G, Weng PL, Scolari F, Per - fumo F, Gharavi AG, et al. Genetic approaches to human renal/agenesis/ hypoplasia and dysplasia. Pediatr Nephrol 2007; 22: 1675–84. 6. Bassanese G, Wlodkowski T, Servais A, Heidet L, Roccatello D, Emma Francesca et al. The European Rare Kidney Disease Registry (ERKReg): objectives, design and initial results. Orphanet J Rare Dis 2021; 16: 251. 7. Harambat J, Bonthuis M, Groothoff JW, Schaefer F, Tizard EJ, Verrina E, et al. Lessons learned from the ESPN/ERA-EDTA Registry. Pediatr Nephrol 2016; 31: 2055–64. 8. Firth HV, Hurst JA. Oxford Desk Reference Clinical Genetics and Genomics. 2nd ed. Oxford: Oxford Univer - sity Press, 2017: 796-9. 9. Chevalier RL. CAKUT: A Pediatric and Evolution- ary Perspective on the Leading Cause of CKD in Child- hood. Pediatr Rep. 2023;15(1):143-153 10. Slavec L, Geršak K, Karas Kuželiški N, Trebušak Podkrajšek K. Humane genetske spremembe in njihovo določanje: trenutno stanje in obeti za prihodnost. Slov Pediatr 2020; 27(4): 163−71. 11. Knoers N, Antignac C, Bergmann C, Dahan K, Giglio S, Heidet L, et al. Genetic testing in the diagnosis of chronic kidney disease: recommendations for clinical practice. Nephrol Dial Transplant 2022; 37: 239–54. 12. Siomou E, Mitsioni AG, Giapros V, Bouba I, Nout- sopoulos D, Georgiou I. Copy-number variation anal- ysis in familial nonsyndromic congenital anomalies of the kidney and urinary tract: evidence for the causative role of a transposable element-associated genomic rearrangement. Mol Med Rep 2017; 15: 3631–36. 13. Vivante A, Mann N, Yonath H, Weiss AC, Getwan M, Kaminski MM, et al. A dominant mutation in nuclear receptor interacting protein 1 causes urinary tract mal - formations via dysregulation of retinoic acid signaling. J Am Soc Nephrol 2017; 28: 2364–76. 14. Rasmussen M, Nielsen ML, Manak JR, Manak JR, Mogensen H, Lildballe DL. PAX2 variant associated with bilateral kidney agenesis and broad intrafamilial dis- ease variability. Clin Kidney J 2020; 14: 704–6. 15. Jackson M, Marks L, May GHW, Wilson JB. The genet- ic basis of disease. Essays Biochem 2018; 62(5): 643−723. 16. Stankiewicz P, Lupski JR. Structural Variation in the Human Genome and its Role in Disease. Annu Rev Med. Annual Reviews; 2010; 61(1): 437−55. 17. Kohl S, Habbig S, Weber LT, Liebau MC. Molecular causes of congenital anomalies of the kidney and uri - nary tract (CAKUT). Mol Cell Pediatr. 2021;8(1) 18. Verbitsky M, Westland R, Perez A, Kiryluk K, Liu Q, Krithivasan P, et al. The copy number variation land- scape of congenital anomalies of the kidney and uri- nary tract. Nat Genet 2019; 51(1):117-27. 19. Murugapoopathy V, Gupta IR. A Primer on Con- genital Anomalies of the Kidneys and Urinary Tracts (CAKUT). Clin J Am Soc Nephrol. 2020;15(5):723-731. 20. National Society of Genetic Counselors‘ Defini- tion Task Force, Resta R, Biesecker BB, et al. A new definition of Genetic Counseling: National Society of Genetic Counselors‘ Task Force report. J Genet Couns. 2006;15(2):77-83 21. Lovrecic L, Peterlin B. Uporaba molekularne kar - iotipizacije v klinični genetiki. Zdrav Vestn 2013; 82: 669–76. 22. Gomes, Alicia & Korf, Bruce. Pediatric Cancer Genetics. 1st ed. Missouri: Elsevier, 2018: 47-64 23. Prior-de Castro C, Gómez-González C, Rodríguez- López R, Macher HC; Prenatal Diagnosis Commission and the Genetics Commission of the Spanish Society of Laboratory Medicine. Prenatal genetic diagnosis of monogenic diseases. Adv Lab Med. 2023;4(1):28-51. 24. Snoek R, van Jaarsveld RH, Nguyen TQ, Peters EDJ, Elferink MG, Ernst RF, et al. Genetics-first approach improves diagnostics of ESKD patients <50 years old. Nephrol Dial Transplant. 2022;37(2):349-357. 25. Riggs ER, Andersen EF, Cherry AM, Kantarci S, Kear - ney H, Patel A, et al. Technical standards for the inter - pretation and reporting of constitutional copy-number variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) and the Clinical Genome Resource (ClinG- en). Genet Med. 2020;22(2):245-257. 26. Miller DT, Adam MP, Aradhya S, Biesecker LG, Brotham AR, Carter NP, et al. Consensus statement: chromosomal microarray is a first-tier clinical diag- nostic test for individuals with developmental dis- abilities or congenital anomalies. Am J Hum Genet. 2010;86(5):749-764. 27. Rosenblum ND. Overview of congenital anom- alies of the kidney and urinary tract (CAKUT). UpTo- Date.2023. Dosegljivo na: https://www.uptodate. com/contents/overview-of-congenital-anom- alies-of-the-kidney-and-urinary-tract-cakut?c- si=db3cea39-2ef2-471d-8379-4a7744e4bc9c&- source=contentShare. Katja Jarc Georgiev, dr. med. Klinični oddelek za endokrinologijo, diabetes in presnovne bolezni, Pediatrična klinika, Univerzitetni klinični center Ljubljana, Ljubljana, Slovenija doc. dr. Matjaž Kopač, dr. med. Klinični oddelek za nefrologijo, Pediatrična klinika, Univerzitetni klinični center Ljubljana, Ljubljana, Slovenija asist. dr. Sara Bertok, dr. med. (kontaktna oseba / contact person) Klinični oddelek za endokrinologijo, diabetes in presnovne bolezni, Pediatrična klinika, Univerzitetni klinični center Ljubljana, Ljubljana, Slovenija sara.bertok@kclj.si prispelo / received: 29. 9. 2023 sprejeto / accepted: 16. 10. 2023 Jarc Georgiev K, Kopač M, Bertok B. Genetsko diag - nosticiranje prirojenih nepravilnosti sečil. Slov Pedi- atr 2023; 30(4): 204-208. https://doi.org/10.38031/ slovpediatr-2023-4-08. Slovenska pediatrija 4/2023.indd 208 08/11/2023 14:24