Competition of some minor groove binders for a single DNA binding site - Lah, Jurij (Acta chimica slovenica, 2006)
Za karakterizacijo vezave netropsina (NET) in distamicina A (DST) na lasnico (D), ki se tvori iz oligonukleotida 5-CGAATTGACGTCTCCGTCAATTCG-3 smo uporabili cirkularni dikroizem (CD) in izotermno titracijsko kalorimetrijo (ITC). S prilagajanjem primernih modelnih funkcij k CD titracijskim krivuljam, ki popisujejo vezavo NET in DST na lasnico D in ITC titracijskim krivuljam, ki popisujejo izpodrivanje na lasnico vezanega NET z dodanim DST in obratno, smo uspeli določiti ustrezne konstante vezanja in izpodrivanja pri 25 °C. Konstanta izpodrivanja K12 določena za proces 2DST + NET-D - DST2-D + NET se dobro ujema z vrednostjo K12 izračunano s pomočjo konstant vezanja doloeenih za ustrezna posamična vezanja (NET + D -NET-D, k1 = 1.6 106 M-1 DST+ D -DST-D, k1 = 1.0 107 M-1 and DST + DST-D -DST2-D, k2 = 0.9 104 M-1). ITC rezultati pokažejo, da vodi prosta entalpija izpodrivanja G12° = -29 kJ mol-1 v kombinaciji z entalpijo izpodrivanja H12° = -74 kJ mol-1 do ustreznega entropijskega prispevka TS12° = -45 kJ mol-1, kar pomeni, da je izpodrivanje 2DST + NET-D -DST2-D + NET močno entalpijsko voden proces. Rezultat tega dela, ki se nam zdi se posebej pomemben je ugotovitev, da NET popolnoma izpodrine DST iz ene polovice njegovih 1 : 1 kompleksov z lasnico kljub temu, da je 1 : 1 konstanta vezanja za NET približno za en velikostni red nizja od ustrezne 1 : 1 konstante vezanja za DST. Razlaga, ki jo predlagamo je, da je gonilna sila omenjenega izpodrivanja močno vezanje prostih molekul DST določenih s celotnim NET-DST-D ravnotezjem na DST:D = 1 : 1 komplekse prisotne v raztopini.
Keywords: biokemija; cirkularni dikroizem; distamicin; DNA; fizikalna kemija; interakcije; izotermna titracijska kalorimetrija; karakterizacija; makromolekule; netropsin; termodinamika