pregledni clanek/review
Organizacija in funkcija črevesne flore
(Organization and function of gut microflora)
Martina Babič, AvreLija Cencič, Dušanka Mičetič Turk
Medicinska fakulteta Univerze v Mariboru, Slomškov trg 15,2000 Maribor
Korespondenca/ Correspondence:
Martina Babič, PivoLa 41, 2311 Hoče
Ključne besede:
mikrobiota,
gastrointestinaLni trakt, enterotipi, prehrana
Key words:
microbiota, gastrointestinal tract, enterotypes, diet
Citirajte kot/Cite as:
Zdrav Vestn 2013; 82: 573-9
Prispelo: 20. avg. 2012, Sprejeto: 17. apr. 2013
Izvleček
Črevesna mikrobiota je sestavljena iz 10-100 trilijonov mikrobov s presnovno dejavnostjo, enako nekakemu virtualnemu organu v organu in igra ključno vlogo v vzdrževanju črevesne homeostaze. Sestava črevesne flore se spreminja vzdolž prebavne cevi. Dejavniki, ki vplivajo na kolonizacijo črevesne flore novorojenčkov, so način poroda, vrsta hranjenja dojenčkov, bolezen in nedonošenost. Prehrana igra prevladujočo vlogo glede na ostale okoljske dejavnike. Namen članka je predstaviti dosedanje znanje s področja organiziranosti in vloge črevesne flore.
Abstract
The human intestinal microbiota is composed of 10 to 100 trillion microbes whose metabolic activity equals to a virtual organ within an organ. Gut microflora have a crucial role in the maintenance of intestinal homeostasis. The composition of gut microflora is changing along the gastrointestinal tract. Factors that affect colonization of newborn's gut microbiota are delivery mode, type of feeding, illness and prematurity. Our diet has a dominant role in shaping the microbial composition of the gut over other inviro-mental factors. The aim of this article is to introduce up-to-date knowledge of the organization and function of gut microflora.
Uvod
Prebavna cev predstavlja povezavo med zunanjim okoljem in preostalim telesom. Znotraj prebavne cevi živi kompleksni poli-mikrobni ekosistem, ki komunicira z zunanjim in notranjim okoljem in igra pomembno vlogo pri zdravju in boleznih.1 Naše telo je dom za mikrobno skupnost, ki po številčnosti presega človeške somatske in zarodne celice. Večina teh 10-100 trilijonov mikrobov naseljuje prebavno cev, predvsem distal-ni del črevesa. Njihov genom (mikrobiom) vsebuje vsaj stokrat več genov kot človekov 2,85 bilijonov bazih parov velik genom.2
Mednarodni tim znanstvenikov, ki sta jih vodila Junji Qin in Ruiqiang Li, je ugotovil, da se v črevesju nahaja približno 160 različnih bakterijskih vrst.3
Črevesna mikrobiota ima številne vloge: skrbi za vzdrževanje črevesne homeosta-ze, tvori naravno pregrado pred naselitvijo patogenih bakterij, prebavlja in vpliva na resorpcijo hranil, vpliva na imunski sistem in modulira izražanje genov. Presnovna dejavnost črevesne flore je enaka dejavnosti organa - je nekak virtualni organ v organu/
Večine črevesnih bakterijskih vrst ni mogoče kultivirati. V zadnjih letih je z razvojem sodobnih molekularnih metod, kot je širo-kospektralno sekvencioniranje 16 S riboso-malne RNA s pomnoževanjem bakterijskih nukleinskih kislin, ki jih ekstrahiramo iz blata ali bioptov, mogoče prepoznati in klasificirati bakterije. Dostopnost podatkov o bakterijskih sekvencah je omogočilo razvoj molekularnih sond za fluorescenčno hibri-dizacijo, DNK mikromrež in situ in genskih čipov, ki lahko prepoznavajo in količinsko opredelijo posamezne vrste bakterij.4
Enterotipi
Naše poznavanje vrst in vloge človeškega črevesnega mikrobioma se hitro širi, vendar še vedno temelji na nekaj kohortnih študijah, malo pa je znanega o variacijah po svetu. Mednarodni tim strokovnjakov je v Evropskem laboratoriju za molekularno biologijo (Arumugam, Raes in drugi, 2011) primerjanjal 22 na novo sekvencira-nih fekalnih metagenomov posameznikov iz štirih evropskih držav (Danska, Španija, Francija, Italija) z dotlej objavljenimi podatki. Prepoznali so tri skupine - enterotipe, ki niso nacionalno in kontinentalno specifični (Tabela 1). Enterotipi se razlikujejo po različni vsebnosti enega od treh rodov Bacte-roides (enterotip 1), Prevotella (enterotip 2) in Ruminococcus (enterotip 3). Korelacijske analize Sanger data so pokazale, da prevladujoča vrsta v vzorcu blata močno kolerira z drugimi vrstami, kar kaže na to, da so en-
terotipi skupina bakterij, ki skupaj tvorijo prevladojočo skupnost.5 Te enterotipe so potrdili v dveh že objavljenih velikih kohor-tnih študijah.6'7 Vsak enterotip se razikuje v tvorbi energije, izdelovanju vitaminov in v različni dovzetnosti za posamezne bolezni.
Sestava črevesne flore vzdolž prebavnga trakta
Sestava črevesne flore je odraz naravne selekcije na ravni gostitelja in na mikrobiološki ravni. Kisline v želodcu, žolč in pan-kreatični encimi preprečujejo koloniziranje želodca in proksimalnega tankega črevesa z večino bakterij.8 Gostota bakterij v želodcu in proksimalnem delu tankega črevesa doseže koncentracijo 103-104/ml tekočine, odvisno od sestave zaužite hrane. Epitel tankega črevesa pri zdravem človeku ni koloniziran. Bakterije v tem predelu ne tvorijo konglomeratov, prav tako so od sluznice ločene s slojem mukusa.9 V distalnem delu tankega črevesa in v debelem črevesu dosežejo bakterije koncentracijo 1011-1012 na gram vsebine črevesa, kar predstavlja 60 % fekalne mase. V debelem črevesu bakterije z razgradnjo neprebavljivih ostankov hrane tvorijo vitamine in kratkoverižne maščobne kisline in črevesne pline/0 Poleg tega, da obstajajo variacije v sestavi flore vzdolž črevesa, obstajajo tudi različne mikrobiološke populacije, ki so v svetlini, in tiste, ki se držijo površine črevesja. Razmerje anaerobov proti ae-robom je manjše na površini sluznice kot v svetlini.11
Tabela 1: Enterotipi5
	Enterotip 1	Enterotip 2	Enterotip 3
Prevladujoče bakterije	Bacteroides	Prevotella	Ruminococcus
Ostale bakterije	Parabacteroides, Clostridiales, Lactobacillus, Alkaliphilus, Geobacter, Slackia, Methanobrevibacter, Cantenibacterium	Desulfovibrio, Rhodospirillum, Escherichia, Shigella, Holdemania, Peptostreptococcaceae, Staphylococcus, Leuconostoc, Helicobacter, Veillonella, Akkermansia, Ruminocoocaceae, Eggerthella.	Staphylococcus, Dialister, Ruminococcaceae, Marvinbryantia, Symbiobacterium, Sphingobacterium, Akkermansia, Gordonibacter.
Značilnost	►	širok saharolitski potencial, ►	encimi za razgradnjo galaktozidaze, heksoaminidaze in proteaze	► razgrajujejo glikoproteine mucina v mukoznem sloju črevesja	► bogate v membranskem transportu za večino sladkorjev
Sprva so raziskovalci mislili, da se imunski sistem odziva na patogene črevesne bakterije in tolerira komenzialne bakterije. Vendar to ne drži. Bakterije ne moremo enostavno razdeliti na patogene ali nepato-gene. Veliko avtohtonih bakterij je namreč znanih patogenov; npr. E. coli povzroča sepso, Bacteroides povzroča abscese, Entero-cocci povzročajo endokarditis, Clostridium histolyticum povzroča plinsko gangreno. Te bakterije so prisotne v črevesni flori zdravih ljudi. Analiza mukozne flore FISH je pokazala, da gostitelj sicer ne tolerira lastne mi-krobiote, ampak jo loči, da ne bi prišlo do stika s sluznico. V črevesnih kriptah se bakterije pri zdravih ljudeh ne pojavljajo.12
Kolonizacija prebavnega trakta novorojenčkov
Za sestavo črevesne mikrobiote v odrasli dobi so zelo pomembna prva tri leta življenja/3 Prevladujoča črevesna mikrobiota in mikrobiom naj bi bil med družinskimi člani podoben.14 Pri novorojenčkih so bakterije v črevesju ključne za razvoj črevesne mukoze in limfnega tkiva vzdolž črevesja po rojstvu/5 Prebavni trakt novorojenčka naj bi bila ob rojstvu večinoma sterilna. S pomočjo naprednih molekularnih analiz so pred kratkim odkrili bakterije v amnijski tekočini in mekoniju, kar nakazuje možnost izpostavljenosti bakterijam že pred rojstvom. Signi-fikantna in hitra kolonizacija se zgodi namreč nekaj ur po rojstvu. Prve bakterije, ki ga kolonizirajo, imajo veliko prostora in prehrane. Kolonizacija iz aerobnih v anaerobne bakterije naj bi zgodila med prvim in drugim tednom življenja/6 Znotraj prvih dni življenja so aerobne in fakultativno anaerobne bakterije prve, ki naj bi kolonizirale spodnji del prebavnega trakta (iz rodu Escherihia in Gram pozitivne bakterije rodov: Streptococcus, Staphylococcus in Lactobacillus). Te aerobne bakterije naj bi v prvih dneh življenja porabile kisik v spodnjem delu črevesja in ga pripravile za kolonizacijo dobrimi anaerobnimi bakterijami. Približno 99 % bakterij črevesne flore je anaerobov. Te so večinoma iz rodov Bacteroides, Bifidobacterium, Enterobacter, Proteus, Lactobacillus.17
Znani dejavniki, ki vplivajo na kolonizacijo novorojenčkove prebavne cevi, so: način poroda, vrsta hranjenja dojenčkov, zdravljenje z antibiotiki in nedonošenost/8
Glavni dejavnik v kolonizaciji črevesa z bakterijami je način poroda. Novorojenčki, rojeni vaginalno, so kolonizirani z bakterijami iz materine vagine, kože in blata, torej z enterobakterijami in laktobacili. Prebavila novorojenčkov, rojenih s carskim rezom, naseljujejo bakterije iz okolja, posebno iz rodov Staphylococcus in Clostriduim. Pri teh otrocih nastopi kolonizacija z esencialnimi anaerobnimi bakterijami iz rodov Bifidobac-terium in Bacteriodes kasneje. 19
Način hranjenja, dojenje ali mlečna formula, je naslednji pomembni dejavnik, ki vpliva na črevesno floro novorojenčka. Bifidobacterium breve je prevladujoča bi-fidobakterija v materinem mleku in blatu dojenih otrok/0 Je kritično pomembna v imunološkem dogajanju po rojstvu in je prevladojoča bakterija pri 2-3 mesece starih dojenčkih, ki so dojeni. 18 Med laktobacili, ki so jih osamili iz črevesne flore dojenih otrok, se najpogosteje pojavlja L. acidophilus.20 Dojenčki, hranjeni z mlečno formulo, imajo bolj raznovrstno floro, v večji meri so prisotne po Gramu negativne bakterije: enterobakterije in bakteroides, v manjši meri pa so prisotne bifidobakterije. Obstaja več dejavnikov, ki pospešujejo kolonizacijo črevesja dojenih otrok z bifidobakterijami. Oligosaharidi v materinem mleku delujejo imunomodulacijsko z inhibicijo patogenih bakterij ter spodbujanjem kolonizacije z dobrimi bakterijami tako, da zagotavljajo hrano za rast bifidobakterij. Tudi samo materino mleko naj bi vsebovalo bifidobakterije in laktobacile.21
Uživanje antibiotikov v novorojenčkov-em obdobju pomembno vpliva na razvoj mikrobiote. V prospektivni študiji22 so novorojenčki, ki so dalj časa bivali v bolnišnici, imeli večji odstotek koloniziranosti z Clostridium difficile ter manjši odstotek koloni-ziranosti z bifidobakterijami. Antibiotično zdravljenje pomembno spremeni floro novorojenčkove prebavnega trakta, zmanjša komenzialne bakterije in poveča tveganje za bakterijsko prevlado C.difficile.23
Pri nedonošenčkih v primerjavi z novorojenčki, rojenimi ob roku, nastopi kolonizacija prebavnega trakta statistično značilno pozneje, še posebaj z laktobacili in bifidobakterijami. Pri dojenčkih, starih manj kot 35 tednov gestacije, je kolonizacija močno povezana z gestacijsko starostjo otroka in ne toliko z načinom poroda ali vrsto hranjenja.24 Čeprav se prebavni trakt nedonošenčka sčasoma kolonizira s podobnimi bakterijami, kot jih najdemo pri zdravih novorojenčkih, rojenih ob roku, je razmerje med deležem različnih bakterij drugačno. Stafilokoki so predstavljali 57 % mikrobiote pri nedonošenčkih in komaj 1,2 % so predstavljale bifidobakterije/5 To je povsem drugače kot pri dominanci bifido-bakterij pri dojenčkih, rojenih ob terminu. Dejavniki, ki naj bi prispevali k zamudni in neravnovesni kolonizaciji črevesja pri nedonošenčkih, so: nezreli prebavni trakt, ente-ralno prehranjevanje, manjši stik z materjo (kožo, prsi) in pogosto antibiotično zdravljenje. Črevesje nedonošenčka ob rojstvu še ni doseglo popolne dolžine in površine. Podaljšana izpostavljenost hospitalnim bakterijam poveča tudi tveganje za kolonizacijo s sevi, ki so specifični za bolnišnično floro, posebaj iz rodu Klebsiella in Enterobakter.26 Mikrobiota nedonošenčkov ni tako raznolika, kar naj bi negativno vplivalo na prehranjenost in vsesplošno zdravje otrok. Majhna raznolikost bakterijskih vrst je povezana s povečanim tveganjem za prehransko intole-ranco, slabšim pridobivanjem na telesni teži in gastrointestinalnimi boleznimi (npr. ne-krozantnim enterokolitisom - NEC)/7 Specifičnega patološkega mikroorganizma, ki bi povzročal NEC, niso ugotovili, zato prevladuje mnenje, da je za preprečevanje te bolezni ključno vzpostaviti ravnovesje zdrave mikroflore in povečati kolonizacijo črevesja z dobrimi bakterijami. Probiotiki naj bi te pomanjkljivosti nadomestili. V letu 2010 so 3 metaanalize,27'28'29 opravljene pri nedonošenčkih, ki so jim dodajali probiotike, pokazale, da se z uporabo probiotikov zmanjšta incidenca NEC in splošna umrljivost, zato so predlagali rutinsko uporabo probiotikov pri nedonošenčkih. Nedavna metaanaliza2® je proučevala razliko v učinkovitosti večsev-nih proti enosevnim probiotiokom. Ugoto-
vili so, da so večsevni probiotiki bolj učinkoviti.
Ostali dejavniki, ki vplivajo na sestavo črevesne flore
Na sestavo črevesne flore vplivajo številni in raznoliki dejavniki, tako fiziološki (starost, okolje) kot tudi zunanji dejavniki (prehrana, antibiotiki, probiotiki).30
Način prehrane je eden glavnih dejavnikov, ki prispevajo k sestavi črevesne mikrobiote. De Filippo3! je primerjal črevesno floro 14 otrok iz male vasice v Burkini Faso (BF) s 15 otroki iz urbanega področja Firenc v Italiji (EU). Prehrana afriških otrok je bogata z vlakninami, škrobom in rastlinskimi polisaharidi, revna pa z maščobami, živalskimi beljakovinami, torej je pretežno vegetarijanska. Otroci se povprečno dojijo do drugega leta starosti. Otroci iz urbanega področja Firenc jedo t. i. »zahodno« prehrano, bogato z živalskimi beljakovinami, sladkorjem, škrobom in maščobami, ter revno z vlakninami. Statistične analize so med obema skupinama otrok pokazale statistično značilno razliko v prisotnosti bakterij iz debel Firmicutes in Bacteroidetes. Otroci iz EU so imeli floro, bogato z bakterijami Firmicutes in Proteobacteria. Otroci iz BF so imeli floro, bogato z bakterijami Bacteroidetes, manj pa je bilo Firmicutes, imeli pa so tudi edinstvene bakterije, ki v flori otrok iz EU niso bile prisotne: Prevotella spp. in rod Xylanibac-ter, ki ju najdemo v riževi rastlini. Nasprotno pa so opažali podobno črevesno floro pri otrocih iz BF in EU v starosti, ko so bili oboji dojeni. Ti otroci so imeli floro, bogato z aktinobakterijami, večinoma iz rodu Bifi-dobacterium, ki je značilen rod pri dojenih otrocih.32 Ti rezultati kažejo na prevladujočo vlogo prehrane pri oblikovanju črevesne flore glede na ostale okoljske dejavnike. Ko dojenje zamenja mešana prehrana, se pojavijo razlike v črevesni flori obeh populacij, kar je posledica različne prehrane in okolja. Primerjali so tudi mikrobno bogastvo med obema populacijama otrok. Izpostavljenost raznolikim okoljskim mikrobom v kombinaciji s hrano, bogato z vlakninami, poveča raznolikost bakterijskih vrst in s tem bogati mikrobiom. Tudi zmanjšanje v mikrobni
pestrosti je eden neželenih učinkov globali-zacije in hranjenja z generično, neokuženo hrano, bogato z nutrienti. V zahodnem in razvijajočem se svetu je prehrana, bogata z maščobami, proteini in sladkorjem ter revna z vlakninami, povezana z naraščanjem incidence neinfekcijskih črevesnih bolezni.31 Varovalno vlogo pred pojavom teh bolezni naj bi imele bakterije, ki tvorijo kratkoveri-žne maščobne kisline (KVMK), ki so v veliki meri prisotne v blatu otrok iz BF.33
Tudi starost človeka je dejavnik, ki vpliva na sestavo črevesne flore. Mariat in sod. (34) so pregledali zastopanost bakterijskih skupin Clostridium leptum, Clostridium co-ccoides, Bacteroides, Bifidobacterium, Lactobacillus, Escherichia coli v blatu dojenčkov (3-10 mescev), odraslih (25-45 let) in starejših ljudi (70-90 let). Za črevesno mikro-bioto dojenčkov je značilno prevladovanje bifidobakterij ter tudi bakterij iz vrste E.coli; pri odraslih so prevladovali firmikuti in bak-teroidete, pri starejših ljudeh pa se je spet povečal delež E. Coli.
Intravenska ali oralna antibiotična terapija pomembno zmanjša bakterijsko maso v prebavnem traktu dojenčkov35 in starejših ljudi36. Druge študije pa pravijo, da se po uporabi antibiotika spremeni samo sestava, skupna biomasa bakterij pa ostane enaka/7
Na sestavo črevesne flore pri ljudeh vpliva tudi dodajanje probiotikov (živi mikroorganizmi, ki povzročajo pozitivne učinke na zdravje gostitelja, če jih uživamo v zadostnih količinah, FAO/WHO, 2002), prebiotikov (nerazgradljive sestavine hrane, ki spodbujajo rast in/ali aktivnost zdravju koristnih bakterij) ali simbiotikov (kombinacija prebi-otikov in probiotikov). Natančnih podatkov, v kolikšni meri dodatek specifičnega probio-tika sprememeni črevesno floro, še ni na voljo. Potrebne so dobro kontrolirane klinične študije, ki bodo bolje opredelile mehanizme, ki se skrivajo za probiotičnem delovanjem in njihovim vplivom na ravnovesje kompleksnega ekosistema prebavnega trakta/8
Vloga črevesne mikrobiote
Črevesna mikrobiota igra ključno vlogo pri vzdrževanju intestinalne homeostaze, vključno s prebavo in absorbcijo nutrientov
in imunološkimi mehanizmi. Bakterije v črevesju tvorijo naravno obrambno bariero in imajo zelo veliko protektivnih, strukturnih in metabolnih učinkov na črevesnem epiteliju. Med njene dodatne funkcije štejemo še regulacijo metabolizma in biološke dostopnosti zdravil, razgradnjo toksinov, obnovo epitelnih celic, razvoj in aktivacijo imunskega sistema.39 Njihov vpliv na fiziologijo črevesja so raziskovali v primerjalnih študijah na živalih brez črevesnih bakterij in koloniziranih živalih. Živali brez črevesnih bakterij imajo zmanjšano vaskularnost, zmanjšano dejavnost prebavnih encimov, tanjšo mišično steno, manjšo tvorbo citoki-nov in raven serumskih imunoglubulinov, manjše Peyerjeve otočke in manj intraepi-telnih limfocitov. Zaradi naštetih vplivov črevesne mikrobiote na samega gostitelja večkrat poimenujemo črevesno floro kot metabolni organ, ki opravlja funkcije, ki jih sesalci med evolucijo nismo razvili.40
Črevesne bakterije v debelem črevesu razgrajujejo kompleksne ogljikove hidrate do kratkoverižnih maščobnih kislin (KVMK); v glavnem do ocetne, maslene in propionske kisline/1 KVMK predstavljajo glavne anione v črevesni vsebini in znižujejo pH vrednost vsebine debelega črevesa ter tako pomagajo vzdrževati kolonizacijo z dobrimi bakterijami in preprečujejo naselitev patogenih. Stimulirajo tudi absorpcijo vode in natrija iz črevesja ter vplivajo na morfologijo in funkcijo črevesa. KVMK pozitivno vplivajo na diferenciacijo in proliferacijo epitelnih celic. Normalne celice epitela debelega črevesa pridobijo 60-70 % energije iz KVMK, še posebaj iz maslene kisline/2 Nizke koncentracije maslene kisline vplivajo na citokinski odgovor Th celic in tako spodbujajo črevesno epitelno integiteto, ki pomaga omejiti izpostavljenost bakterij mukoznemu imunskemu sistemu in preprečuje prekomeren vnetni odgovor. Nedavno so v študiji potrdili pomembno vlogo tvorjenja ocetne kisline pri preprečevanju infekcije z entero-patogeno Escherihia coli (oi57:H7). Ocetna kislina namreč vzdržuje funkcijo črevesne pregrade.43 Le ta vstopi v periferno cirkulacijo, metabolizira se v perifernih tkivih ter je substrat za sintezo holesterola.44 Proprion-ska kislina se v veliki meri absorbira v jetrih
in je dober prekurzor za glukoneogenezo, liponeogenezo in sintezo proteinov. Fekalne KVMK predstavljajo kompleksno interakcijo med vrsto in količino zaužite hrane, encimov povezanih z gostiteljem, mikrofloro v različnih razdelkih in njihovo sposobnostjo, da razgradijo hrano.45
Zaključek
Za sestavo črevesne flore v odrasli dobi so zelo pomembna prva tri leta življenja. Način
Literatura
1.	Kuramitsu HK, He X, Lux R, Anderson MH, Shi W. Interspecies interactions within oral microbial communities. Microbiol Mol Biol Rev 2007; 71: 653.
2.	Gill SR, Pop M, DeBoy RT, Eckburg PB, Turnba-ugh PJ, Samuel BS et al. Metagenomic analysis of the human Distal Gut Microbiome. Science 2006;
312: 1355
3.	Qin J, Li R, Reas J, Arumugam M, Burgdorf KS, Manichanh C et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature 2010; 464: 59-65
4.	Amann R, Fuchs BM. Single-cell identification in microbial communities by improved fluorescence in situ hybridization techniques. Nat Rev Microbiol 2008; 6: 339.
5.	Arumugam M, Raes J, Pelletier E, Le Paslier D, Yamada T, Mende D.R. Enterotypes of the human gut microbiome. Nature 2011; 473: 174-180.
6.	Gill SR, Pop M, Deboy RT, Eckburg PB, Turnba-ugh PJ, Samuel BS et al. Metagenomic analysis of human distal gut microbiome. Science 2006; 312:
1355-1359
7.	Kurokawa K., Itoh T, Kuwahara T, Oshima K, Toh H, Toyoda A et al. Comparative metagenomics revealed commonly enriched gene sets in human gut microbiomes. DNA Res 2007; 14: 169-181
8.	Eckburg PB, Bik EM, Bernstein CN, Purdom E, Dethlefsen L, Sargent M at al. Diversity of the human intestinal microbial flora. Science; 2007 308: 1635-1638
9.	Swidsinski A, Weber J, Loening-Baucke V, Hale LP, Lochs H. Spatial organization and composition of mucosal flora in patients with inflammatory bowel disease. J Clin Microbiol 2005; 43: 3380.
10.	Harmsen HJ, Raangs GC, He T, Degener JE, Welling GW. Extensive set of 16 S rRNA-based probes for detection of bacteria in human feces. Appl Environ Microbiol 2002; 68: 2982.
11.	Swidsinski A, Loening-Baucke V, Lochs H, Hale LP. Spatial organization of bacterial flora in normal and inflamed intestine: a fluorescence in situ hybridization study in mice. World J Gastroente-rol 2005; 11: 1131
12.	Swidsinski A, Sydora BC, Doerffel Y, Loening-Ba-ucke V, Vaneechoutte M, Lupicki M et al. Viscosity gradient within the mucus layer determines the mucosal barrier function and the spatial organiza-
prehrane igra ključno vlogo pri oblikovanju črevesne flore. Veliko je še neodkritega na področju, kaj pomenijo določeni enterotipi za človeka. Prav tako še ni natančno opredeljen pojem zdrave mikrobiote. Je lahko posameznik zaradi specifične sestave črevesne flore nagnjen k določenim boleznim? Veliko raziskav se ukvarja z vprašanjem, kako bi s pomočjo aktivnega spreminjanja mikrobi-ote, kot npr. z uporabo probiotikov, lahko dosegli boljše zdravje v prihodnosti.
tion of the intestinal microbiota. Inflamm Bowel Dis 2007; 13: 963
13.	Koenig JE, Spor A, Scalfone N, Fricker AD, Stom-baugh J, Knight R, Angenent LT et al. Succession of microbial consortia in the developing infant gut microbiome. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2011; 108: 4578-4585.
14.	Turnbaugh P.J. Hamady M, Yatsunenko T, Canta-rel BL, Duncan A, Ley RE et al. A core gut micro-biome in obese and lean twins. Nature 2009; 457: 480-484.
15.	Roundl JL, Mazmanian SK. The gut microbiota shapes intestinal immune responses during health and disease. Nat Rev Imunol. 2009; 9: 313-323
16.	Dominguez-Bello M, Blaser MJ, Ley RF, Knight R. Development of the human gastrointestinal microbiota and insights from high-throughput sequencing. Gastroenterology. 2011; 140: 1713-1719
17.	Morelli L. Postnatal development of intestinal microflora as influenced by infant nutrition. J Nutr. 2008; 138: 1791S-1795S.
18.	Moore T A, Hanson C K, Anderson-Berry A. Colonization of the gastrointestinal tract in neonates; ICAN: infant, Child & Adolescent Nutrition 2011;
3: 291-294.
19.	Dominguez-Bello M, Costello EK, Contreras M, Magris M, Hidalgo G, Fierer N, Knight R. Delivery mode shapes the acquisition and structure of the initial microbiota across multiple body habitats in newborns. Proc Natl Acad Sci U.S.A. 2010;
107: 11971-11975.
20.	Krajnik K. Proučevanje populacij bifidobakterij in laktobacilov v materinem mleku in blatu dojenčka. Dipl.delo, Ljubljana, Biotehniška fakulteta; 2009.
21.	Palmer C, Bik EM, DiGiulio DB, Relman DA, Brown PO. Development of the human infant intestinal microbiota. PloS Biol 2007; 5:e177
22.	Penders J, Thijs C, Vink C, Stelma FF, Snijders B, Kummeling et al. Factors influencing the composition of the intestinal microbiota in early infancy. Pediatrics. 2006; 118: 511-521
23.	Savino F, Roana J, Mandras N, Tarasco V, Locatelli E, Tullio V. Faecal microbiota in breast-fed infants after antibiotic therapy. Acta paediatr. 2011; 100:
75-78.
24.	Butel MJ, Suau A, Campeotto F, Magne F, Aires J, Ferraris L et al. Conditions of bifidobacteria! colo-
nization in preterm infants: a prospective analysis. J Pediatr Gastroenterol Nutr. 2007; 44: 577-582
25.	Jacquot A, Neveu D, Aujoulat F, Mercier G, Mar-chandin H, Jumas-Bilak E, Picaud JC. Dynamics and clinical evolution of bacterial gut microflora in extremly premature patients. J Pediatr. 2011; 158: 390-396
26.	Feigin RD, Cherry JD, Demmler GJ, Kaplan SL. Feigin & Cherry's textbook of pediatric infectious diseases. 6th ed. Philadelphia, PA: Saunders/Elsvi-er, 2009
27.	Alfaleh K, Anabrees J, Bassler D. Probiotics reduce the risk of necrotizing enterocolitis in preterm infants: a meta-analysis. Neonatology. 2010; 97:
93-99
28.	Deshpande G, Rao S, Patole S, Bulsara M. Updated meta-analysis of probiotics for preventing necroti-zing enterocolitis in preterm neonates. Pediatrics. 2010; 125: 921-930.
29.	Guthmann F, Kluthe C, Buhrer C. Probiotics for prevention of necrotising enterocolitis: an updated meta-analysis. Klin Pediatr. 2010; 222: 284-290
30.	Lagier JC, Million M, Hugon P, Armougom F, Ra-oult D. Human gut microbiota: repertoire and variations. Front Cell Infect Microbiol. 2012; 2: 136.
31.	De Filippo C, Cavalieri D, Di Paola M, Ramazzotti M, Poullet JB, Massart S et al. Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe in rural Africa. Proc Natl Acad Sci USA; 2010 107: 14691-6
32.	Ley RE, Turnbaugh PJ, Klein S, Gordon JI. Microbial ecology: Human gut microbes associated with obesity. Nature 2006; 444: 1022-1023
33.	Rook GAW, Brunet LR. Microbes, immunoregulation and the gut. Gut, 2005; 54: 317-320.
34.	Mariat D, Firmesse O, Levenez F, Guimaraes VD, Sokol H, Dore J et al. The Firmicutes/Bacteroide-tes ratio of the human microbiota changes with age. BMC Microbiology, 2009; 123-128.
35.	Palmer C, Bik EM, Di Giulio DB, Relman DA, Brown PO. Development of the human infant intestinal microbiota. Plos Biol., 2007; e177.
36.	Bartosch S, Fite A, Macfarlane GT, McMurdo ME. Characterization of bacterial communities in feces from healthy elderly volunteers and hospitalized elderly patients by using real time PCR and effects of antibiotic treatment on the fecal micro-biota. Appl. Environ. Microbiol; 2004, 3575-81.
37.	Sekirov I, Tam NN, Jogova M, Robertson ML, Li Y, Lupp C et al. Antibiotic-induced perturbations of the intstinal microbiota alter host susceptibility to enteric infection. Infec. Immun., 2008; 4726-36.
38.	Penna FJ, Peret LA, Vieira LQ, Nicoli JR. Probio-tics and mucosal barrier in children. Curr Opin Clin Nutr Metab Care, 2008; 640-4
39.	Turnbaugh PJ, Ley RE, Hamady M, Fraser-Liggett CM, Knight R, Gordon JI. The Human Microbio-me Project. Nature, 2007; 804-810
40.	Shanahan F. The host-microbe interface within the gut. Best Pract Res Clin Gatroenterol 2002; 16:
915-931.
41.	Pomare EW, Branch WJ, Cummings JH. Carbohydrate fermentation in the human colon and its relation to acetate concentrations in venous blood. J Clin Invest. 1985; 1448-54.
42.	Scheppach W. Effects of short chain fatty acids on gut morphology and function. Gut, 1994; S35-38
43.	Fukada S, Toh H, Hase K, Oshima K, Nakanishi Y, Yoshimura K et al. Bifidobacteria can protect from enteropathogenic infection through production of acetate. Nature 2011; 469: 543-547.
44.	Wolever TM, Brighenti F, Royall D, Jenkins AL, Jenkins DJ. Effect of rectal infusion of short chain fatty acids in human subject. Am J Gastroeneterol.
1989; 84: 1027-1033.
45.	Wolever TM, Spadafora P, Eshuis H. Interaction between colonic acetate and propionate in humans. Am J Clin Nutr 1991; 53: 682-687.