Mikrobi in biotehnologija Mikrobi in biofilm Mikrobi in zdravje Mikrobi in protimikrobne učinkovine Mikrobi in okolje Mikrobi in analitika Knjiga povzetkov 9. kongres Slovenskega mikrobiološkega društva 14.–16. februar 2024 9. kongres Slovenskega mikrobiološkega društva 14.–16. februar 2024, Maribor, Slovenija Knjiga povzetkov Urednici: Darja Kušar, Urška Jamnikar Ciglenečki Oblikovanje: Luka Milčinski Izdajatelj: Slovensko mikrobiološko društvo, Gerbičeva 60, Ljubljana, Slovenija Leto izida: 2024 Elektronska objava: Spletna izdaja dosegljiva na www.smd.si Slika na naslovnici: Podroben 3D prikaz bakterijske celice z bički in notranjimi strukturami - ustvarjeno z umetno inteligenco. Kataložni zapis o publikaciji (CIP) pripravili v Narodni in univerzitetni knjižnici v Ljubljani COBISS.SI-ID 184748803 ISBN 978-961-96562-0-4 (PDF) Knjiga povzetkov 9. kongres Slovenskega mikrobiološkega društva 14.–16. februar 2024 024 Kazalo vsebine ruštva - 2 POZDRAVNI NAGOVOR 12 ORGANIZACIJA KONGRESA 13 SPONZORJI 14 PROGRAM KONGRESA 16 PLENARNI PREDAVANJI 19 ikrobiološkega d PTI5 vzdržuje optimalno število bakterij Bacillus subtilis v koloniziranih rastlinah krompirja 20 Tjaša Lukan, Karmen Pogačar, Barbara Kraigher, Katja Stare, Teja Grubar, Maja Zagorščak, Marko Petek, Ines Mandić-Mulec, Kristina Gruden Vode - vir informacij o naravi in družbi 21 Maja Ravnikar, Ion Gutierrez-Aguirre, David Dobnik, Arijana Filipič, Katarina Bačnik, Olivera Maksimović, Nina Prezelj, Alexandra Bogožalec Košir, Ana Vučurović, Mojca Milavec, Anže Županič, Nataša Mehle, Denis Kutnjak VABLJENA SEKCIJSKA PREDAVANJA 23 Mikrobi in biotehnologija Mehanizem adaptivne evolucije avtohtone kvasovke Saccharomyces cerevisiae za fermentacijo ajdove pivine 25 lovenskega m Martina Podgoršek, Maja Paš, Iztok Jože Košir, Neža Čadež Bakterijska nanoceluloza proizvedena na živilskem odpadu: material s široko uporabno vrednostjo 26 Janja Trček, Urška Jančič, Eva Cepec, Maša Hren, Selestina Gorgieva Mikrobi in biofilm Nova analiza prostorske segregacije mikrobov v mešanih biofilmih 28 Iztok Dogša, Maja Bolješić, Barbara Kraigher, Ines Mandić-Mulec ongres S Adhezija bakterije Streptococcus mutans na dentalne materiale 29 Anamarija Zore, Nives Matjaković Mlinarić, Petra Virant, Mirjam Kozmos, Anže Abram, Klemen Bohinc 9. k Vloga mikrobne glikobiologije pri proučevanju razvoja bakterijskih biofilmov 30 Nika Janež, Meta Sterniša, Blaž Jug, Tanja Zupan, Aleksandar Sebastijanović, Milica Perišić Nanut, Katarina Karničar, Ajda Taler-Verčič, Dušan Turk, Anja Klančnik, Janez Štrancar, Jerica Sabotič 024 Mikrobi in protimikrobne učinkovine Pomen sekvenciranja celotnega genoma za spremljanje in obvladovanje širjenja hipervirulentnih sevov Klebsiel a pneumoniae v regionalni bolnišnici 32 Tjaša Žohar Čretnik, Tanja Selič Kurinčič, Alenka Petrovec Koščak, Majda Hrastnik, Sandra Janežič Mikrobi in okolje Vzroki in posledice sorodstvenega razlikovanja pri bakteriji Bacillus subtilis 34 Polonca Štefanič, Manca Mršol, Eva Stare, Katarina Belcijan, Barbara Kraigher, Mojca Krajnc, Katarina Šimunovič, David Stopar, Ulises Nunes da Rocha, Ines Mandić-Mulec ruštva - 2 Mikrobi in analitika Uporaba in omejitve molekularnih metod qPCR, LAMP in dPCR za določanje in kvantifikacijo mikroorganizmov 36 Polona Kogovšek Ugotavljanje virusne kontaminacije živil – je sekvenciranje naslednje generacije res rešitev? 37 Urška Jamnikar-Ciglenečki, Urška Kuhar IZBRANA SEKCIJSKA PREDAVANJA 39 Mikrobi in biotehnologija Nov pristop za izboljšanje produkcije antibiotika oksitetraciklina s tarčno redukcijo genoma bakterije ikrobiološkega d Streptomyces rimosus 41 Alen Pšeničnik, Lucija Slemc, Martina Avbelj, Miha Tome, Martin Šala, Paul Herron, Maksym Shmatkov, Marko Petek, Špela Baebler, Peter Mrak, Daslav Hranueli, Antonio Starcevic, Iain S. Hunter, Hrvoje Petković Genski inženiring vaginalnih laktobacilov in njihova vgradnja v nanovlakna 42 Spase Stojanov, Tina Vida Plavec, Špela Zupančič, Aleš Berlec Razvoj nove metode za detekcijo razgradnje plastike na primeru ekstremotolerantnih gliv 43 Anja Černoša, Antonio Martínez Cortizas, Tjaša Danevčič, Nina Gunde-Cimerman, Cene Gostinčar Mikrobi in biofilm Sorodstveno razlikovanje v biofilmih pri bakteriji Bacillus subtilis 45 Mojca Krajnc, Katarina Šimunović, Ines Mandić-Mulec, David Stopar, Polonca Štefanič lovenskega m Prekinitev bakteriofagnega integracijskega gena povzroči nepričakovane spremembe pri Bacillus subtilis 46 Maja Popović, Anna Dragoš Optodinamsko odstranjevanje biofilmov v modelnih paradontalnih in peri mplantnih žepih 47 Marko Volk, Katja Molan, Dominik Šavli, Matija Jezerše, Saša Terlep, Špela Levičnik-Höfferle, Matjaž Lukač, Mojca Trost, Boris Gašpirc, David Stopar ongres S9. k 024 Mikrobi in zdravje Nacionalno spremljanje nekaterih povzročiteljev zoonoz s sekvenciranjem celotnih genomov 49 Marija Trkov, Tom Koritnik, Verica Mioč, Bojan Papić, Mateja Pirš, Eva Kotnik, Živa Petrovič, Aleksander Todorović, Mateja Ravnik, Samo Jeveric, Anamarija Juriševič Dodič, Ingrid Berce, Eva Grilc, Tjaša Cerar Kišek, Andrej Steyer Sesalski ortoreovirusi iz netopirjev predstavljajo nove možne porajajoče se patogene 50 Tina Mikuletič, Danijela Černe, Peter Hostnik, Tanja Švara, Mitja Gombač, Marko Kolenc, Andrej Steyer Prenosi bakterije Clostridioides difficile med različnimi rezervoarji v Sloveniji: izsledki genomskih primerjav 51 Sandra Janežič, Urška Dobovišek, Maja Rupnik ruštva - 2 Odkrivanje označevalcev za določanje živalskih virov fekalnega onesnaženja vode z analizo gena za 16S rRNA 52 Tanja Žlender, Lucija Brezočnik, Vili Podgorelec, Maja Rupnik Priprava večfunkcionalnih bakterij Lactococcus lactis s terapevtskim potencialom 53 Tina Vida Plavec, Abida Zahirović, Petr Malý, Aleš Berlec Razvoj nanovlaken z vgrajenimi sevi rodu Bacillus za zdravljenje parodontalne bolezni 54 Špela Zupančič, Nina Katarina Grilc, Anže Zidar, Petra Kocbek, Tomaž Rijavec, Teja Colja, Aleš Lapanje, Matjaž Jeras, Martina Gobec, Julijana Kristl Mikrobi in protimikrobne učinkovine Prisotnost večkratno odpornih bakterij v bolnišnični odpadni vodi 56 Leon Marič, Lea Knez, Goran Novak, Maja Rupnik, Sandra Janežič, Andrej Gol e ikrobiološkega d Večkratno odporne po Gramu negativne bakterije v slovenskih sladkovodnih ribogojnicah 57 Lana Senič, Sandra Janežič, Marija Seničar, Rosvita Sitar, Valerija Tkalec Probiotik proti patogenu: boj za obstanek v dobrem in slabem 58 Eli Podnar, Eva Kovačec, Tjaša Danevčič, Bram Lories, Hans Steenackers, Ines Mandić-Mulec Biološka aktivnost izbranih izolatov aktinomicet iz kraških jam ter njihova taksonomska uvrstitev 59 Martina Avbelj, Maja Paš, Nuša Papler, Jernej Jakše, Anja Klančnik, Doroteja Vlaj, Janez Mulec, Hrvoje Petković Razvoj novih zaviralcev bakterijskih topoizomeraz za zdravljenje okužb z rezistentnimi grampozitivnimi bakterijami 60 Martina Hrast Rambaher, Marko Anderluh, Nikola Minovski, Irena Zdovc lovenskega m Mikrobi in okolje Populacijska genomika in razširjanje mikroorganizmov 62 Cene Gostinčar, Anja Černoša, Martina Turk, Polona Zalar, Nina Gunde-Cimerman Odkrivanje in zaznavanje virusov povezanih s tujerodnimi (invazivnimi) vrstami 63 Denis Kutnjak, Katarina Bačnik, Luka Kranjc, Sandra Hudina, Ivana Maguire, Ana Bielen, Dora Pavić, Leticia Botel a, Jiří Patoka, Antonín Kouba ongres S Sorodstveno razlikovanje med sevi Bacillus subtilis lahko vpliva na zmožnost razširjanja surfaktinskih goljufov znotraj populacije 64 Katarina Belcijan Pandur, Barbara Kraigher, Ana Tomac, Jernej Kralj, Zala Vašl, Polonca Štefanič, Ines Mandić Mulec 9. k Mikrobna razgradnja detrita meduz spodbuja rast fitoplanktona v obalnem morskem ekosistemu 65 Tinkara Tinta, Eduard Fadeev, Mauro Celussi, Katja Klun, Vesna Flander-Putrle, Patricija Mozetič, Gerhard J Herndl Epidemiološko spremljanje SARS-CoV-2 v odpadnih vodah v Sloveniji 66 Tom Koritnik, Vid Vedlin, Tea Janko, Maja Bolješić, Verica Mioč, Tatjana Jurša, Boštjan Križanec, Natalija Kranjec, An Galičič, Tjaša Cerar Kišek, Andrej Steyer 024 Mikrobi in analitika Izboljšane analitske metode za varnejša in učinkovitejša genska zdravila 68 Mojca Janc, Kaja Zevnik, Jana Deurič, David Dobnik Oblikovanje in testiranje testov PCR v realnem času za specifično detekcijo bakterij na podlagi genomskih podatkov 69 Aleksander Benčič, Tanja Dreo Spremljanje razširjenosti respiratornega sincicijskega virusa s pristopom epidemiologije odpadnih ruštva - 2 voda (WBE): retrospektivna študija na vzorcih iz nacionalnega spremljanja SARS-CoV-2 70 Nina Prezelj, Ion Gutierrez-Aguirre, Nikita Matović, Živa Lengar, Maja Ferle, Irena Bajde, Mojca Milavec, Alexandra Bogožalec Košir, Olivera Maksimović, Anže Županič, Maja Ravnikar, Denis Kutnjak G-kvadrupleksi v patogenih organizmih 71 Melani Potrč, Irena Drevenšek Olenik, Lea Spindler POSTRI 73 Mikrobi in biotehnologija Hruškov in jabolčno-grozdni kis: vir industrijsko zanimivih sevov iz rodov Acetobacter, Novacetimonas in Komagataeibacter 75 Bernarda Karničnik, Janja Trček Uporaba medgenske regije 16S–23S rDNA za neposredno vrstno identifikacijo sestave ocetnokislinske ikrobiološkega d bakterijske populacije 76 Alja Ribič, Janja Trček Metagenom komposta kot vir encimov za proizvodnjo biogoriv 2. generacije 77 Maša Vodovnik, Viktor Zupančič, Ljubomir Radić, Anna M. Alessi, Neil C. Bruce Mikrobi in biofilm Inovativna metoda za kvantifikacijo bakterij Campylobacter jejuni znotraj biofilma 79 Tjaša Čukajne, Orhan Sahin, Qijing Zhang, Aleš Berlec, Anja Klančnik Vpliv gojišča na tvorbo biofilmov pri encime ESBL-producirajočih sevih Escherichia coli, izoliranih iz spodnjih dihal človeka 80 Katja Hrovat, Jerneja Čremožnik Zupančič, Katja Seme, Jerneja Ambrožič Avguštin lovenskega m Mikroplastika in mikrobiološko tveganje v prehranski verigi 81 Anja Klančnik, Živa Kolenc, Manca Kovač Viršek Sposobnost tvorbe biofilma bakterije Salmonella Infantis na različnih površinah in protimikrobno delovanje izbranih biocidov 82 Katja Kranjc, Jana Avberšek, Neva Šemrov, Darja Barlič Maganja, Olga Zorman Rojs Vpliv mutacij v genih pomembnih pri tvorbi biofilmov bakterij Campylobacter jejuni 83 ongres S Pina Osovnikar, Manca Volk, Anja Klančnik 9. k 024 Tvorba biofilma pri izbranih sevih bakterije Escherichia coli in korelacije z lastnostmi sevov in njihovo patogenostjo 84 Luka Predojević, Mateja Erdani Kreft, Darja Keše, Darja Žgur Bertok, Marjanca Starčič Erjavec Vpliv mutacij v genih pomembnih za tvorbo biofilma na adhezijo in invazijo bakterij Campylobacter jejuni v celicah Caco-2 85 Maja Šikić Pogačar, Tjaša Damijan, Tomaž Langerholc, Manca Volk, Anja Klančnik Biološki procesi vključeni v tvorbo in razvoj biofilma bakterij Campylobacter jejuni 86 Manca Volk, Anja Klančnik ruštva - 2 Mikrobi in zdravje Pilotna študija bakterijskih združb pri bolnikih z rakom sečnega mehurja 88 Tomaž Accetto, Katja Strašek Smrdel, Milena Taskovska, Marjanca Starčič Erjavec, Aleksandar Janev, Tomaž Smrkolj, Katja Seme, Mateja Erdani Kreft Pojavljanje enterovirusa D68 v kliničnih vzorcih testiranih na NLZOH Maribor med leti 2021 in 2023 89 Mojca Cimerman, Nika Volmajer, Nataša Berginc, Katja Soršak, Emina Bešić, Natalia Abramenko, Andrej Gol e Dualistična narava mikroorganizmov: po gramu pozitivne bakterije iz rodu Enterococcus, Streptococcus, Bacillus in Clostridium kot probiotiki in patogeni 90 Sabina Fijan, Andrej Steyer, Mojca Fifer Probiotiki nove generacije – definicije, karakterizacija, mehanizmi delovanja 91 Sabina Fijan, Ana Ungar, Maja Šikić Pogačar ikrobiološkega d Razširjenost in molekularna opredelitev strameopile Blastocystis spp. pri ljudeh in psih 92 Diana Jernej, Andrej Steyer, Tina Triglav, Tina Mikuletič, Barbara Šoba COVID-19: razvoj materialov s protivirusnim delovanjem in testiranje učinkovitosti filtracije zaščitnih mask 93 Tamara Košir, Katja Fric, Arijana Filipić, Maja Ravnikar, Olivija Plohl, Lidija Fras Zemljič, Ivan Jerman, Polona Kogovšek Razširjenost hipervirulentnih sevov bakterije Klebsiel a pneumoniae 94 Dane Lužnik, Vesna Špendal, Nataša Fajfar, Viktorija Tomič Rekombinantna mlečnokislinska bakterija Lactococcus lactis z zmožnostjo izločanja heterolognih endolizinov proti patogeni bakteriji Clostridioides difficile 95 Jure Pohleven, Maruša Bizjak, Maja Rupnik, Krištof Bozovičar, Tomaž Bratkovič, Aleš Berlec Vpliv škroba na sestavo mikrobioma vampa pri ovcah in razvoj subakutne vampove acidoze (SARA) 96 lovenskega m Alen Radolič, Luka Lipoglavšek, Lijana Fanedl, Gorazd Avguštin Ali brakični obalni ekosistemi res predstavljajo nevarnost za nove oblike škodljivih cvetenj alg v Sloveniji? 97 Petra Slavinec, Janja Francé, Patricija Mozetič Genomska analiza prvih slovenskih izolatov bakterije Leptospira spp. 98 Katja Strašek Smrdel, Eva Ružić Sabljić, Andraž Celar Šturm, Tjaša Cerar Kišek ongres S Mikrobi in protimikrobne učinkovine Pojavnost protimikrobne odpornosti indikatorjev fekalnega onesnaženja pri različnih fazah čiščenja v dveh komunalnih čistilnih napravah 100 9. k Eva Mežnar, Aneja Štuhec, Darja Istenič, Karmen Godič Torkar Primerjava genotipov pri encime ESBL-producirajočih sevih Escherichia coli, izoliranih iz spodnjih dihal človeka, v obdobju pred in med pandemijo COVID-19 (2017-2022) 101 Katja Hrovat, Jerneja Čremožnik Zupančič, Katja Seme, Jerneja Ambrožič Avguštin Konsolidacija in integracija genomskih analiz za rutinsko spremljanje večkratno odpornih bakterij 024 v Sloveniji – prvi rezultati projekta SLOSEQ 102 Sandra Janežič, Andrej Gol e, Urška Kramar, Maja Rupnik, Helena Ribič Okužba totalne kolčne endoproteze z večkratno odpornim Acinetobacter baumannii CRAb – CP: predstavitev primera 103 Erika Jerele, Matevž Bajuk Molekularni pristop pri študiju vpliva monoterpenov na bakterijo Campylobacter jejuni 104 Blaž Jug, Dina Jug, Sonja Smole Možina, Anja Klančnik ruštva - 2 Vpliv kombinirane uporabe elektroporacije in antibiotikov na rast bakterij Lactiplantibacil us plantarum 105 Žana Lovšin, Tadej Kotnik, Anja Klančnik Vpliv potencialnega probiotičnega seva ŽP in bakteriofaga AL na uropatogeno Escherichia coli DL82 v in vitro TIM modelih 106 Aleksander Lesar, Carlos Miguel Nobrega Mendonca, Tinkara Šubic, Laura Balta, Tomaž Accetto, Koen Venema, Marjanca Starčič Erjavec Strukturni vpogled v encime sinteze polisaharidnega liganda, ki sidrajo S-plast na površino bakterije Clostridioides difficile 107 Nataša Lindič, Aleksandra Usenik, Jure Loboda, Matej Novak, Marinka Horvat, Tjaša Peternel, Jure Borišek, Nikola Minovski, Janez Mravljak, Martina Hrast Rambaher, Marjana Novič, Robert Vidmar, Dušan Turk Antibakterijska aplikacija nanomaterialov ZnO in CuO, imobiliziranih v polielektrolitne plasti 108 Nives Matijaković Mlinarić, Anamarija Zore, Aleksander Učakar, Anže Abram, Andrijana Sever Škapin, Klemen Bohinc ikrobiološkega d Elektrolizirana oksidativna fiziološka raztopina (EOS) kot nova ustna voda za preprečevanje prenosa virusov, študija in vitro 109 Haris Munjaković, Tina Mikuletič, Naiera Zayed, Snežana Kramar, Tina Triglav, Katja Seme, Wim Teughels, Andrej Steyer, Aleš Fidler, Rok Gašperšič Vpliv pandemije covid-19 na porabo antibiotikov in pojav okužb z bakterijami odpornimi proti antibiotikom 110 Konrad Kranjec, Dominika Vrbnjak, Urška Kramar, Aleksander Šeruga, Sonja Šostar Turk, Urška Rozman Zdravljenje okužb umetnih sklepov s fagno terapijo: ocenjevanje učinkovitosti in varnosti na mišjem modelu 111 Vida Štilec, Monika Marušić, Nikolaja Janež, Helena Motaln, Maša Čater, Rihard Trebše, Andrej Coer, Simon Horvat, Matjaž Peterka Protimikrobno delovanje različnih vrst slovenskega medu 112 Mateja Šuštar, Ajda Kunčič, Nataša Lilek, Andreja Kandolf Borovšak, Sonja Smole Možina lovenskega m Mikrobi in okolje Proti protimikrobnim učinkovinam odporne in patogene bakterije Escherichia coli v kraških izvirih Malenščica pri Planini in Rižana 114 Jerneja Čremožnik Zupančič, Katja Hrovat, Manca Gavez, Eva Grm, Miha Derenčin, Ajda Jaklič, Hana Avguštin, Veronika Bezenšek, Klemen Kramar, Irena Zdovc, Janez Mulec, Andreea Oarga-Mulec, Jerneja Ambrožič Avguštin Sporogene bakterije in njihova protimikrobna aktivnost v čebeljem pelodu 115 Michelle Berra, Anja Štangar, Gordana Glavan, Janko Božič, Damijana Kastelec, Ines Mandić Mulec, Polonca Štefanič, Anna Dragoš ongres S9. k 024 Pajčje mreže: naravna alternativa pasivnim lovilcem trosov gliv na primeru jesenove pecljevke ( Hymenoscyphus fraxineus), povzročiteljice jesenovega ožiga 116 Maja Ferle, Polona Kogovšek, Nikica Ogris, Matjaž Gregorič, Janko Šet, Denis Kutnjak Dokaz norovirusov v pitni vodi ob hidričnem izbruhu 117 Adela Fratnik Steyer, Andrej Steyer, Mojca Cimerman, Nika Volmajer, Mojca Šoštarič, Matjaž Retelj, Tjaša Frangež, Tatjana Rupel, Katja Zelenik Širitev zbirke vampnih Prevotel a: opis Prevotel a communis, nove vrste ovčjega izvora 118 Eva Grabner, Eva Stare, Lijana Fanedl, Maša Zorec, Dakota S. Jones, Christopher D. Johnston, Gorazd Avguštin, Tomaž Accetto ruštva - 2 Spbetavirusi vplivajo na vedenje bakterije Bacillus subtilis v različnih okoljskih pogojih 119 Virginie Grosboillot, Anna Dragoš Izboljšana identifikacija bakterij rodu Xanthomonas izoliranih iz fižola ( Phaseolus vulgaris L.) z določanjem informativnih nukleotidov v črtnih kodah DNA 120 Vladimir Grujić, Manca Pirc, Tanja Dreo, Neža Turnšek, Špela Prijatelj Novak, Janja Matičič, Aleksander Benčič Razširjen vpogled v prisotnost rastlinskih virusov v ekosistemu s pomočjo analize viroma različnih tipov vzorcev 121 Ion Gutiérrez-Aguirre, Mark Paul Selda Rivarez, Olivera Maksimović, Katarina Bačnik, Zala Kogej, Anja Pecman, Živa Lengar, Nataša Mehle, Ana Vučurović, Maja Ravnikar, Denis Kutnjak Vpliv mucinov na interakcije med bakteriofagi in gostiteljsko bakterijo 122 Jaka Jakin Lazar, Katarina Šimunović, Iztok Dogša, Ines Mandić Mulec, Mathias Middelboe, Anna Dragoš Prenos mikrobnih združb z mikroplastiko: vzorci s slovenske obale 123 ikrobiološkega d Živa Kolenc, Manca Kovač Viršek, Nicol Janecko, Anja Klančnik Interakcije med sevi bakterije Bacillus subtilis in vloga genskega lokusa wapAI 124 Barbara Kraigher, Maja Bolješić, Nurten Tetik, Ivona Viduka, Gennaro Velotto, Gaja Panjtar, Nina Puhan, Polonca Štefanič, Ines Mandić-Mulec Preučevanje glivne razgradnje sintetičnih restavratorskih materialov z metodo FTIR-PAS 125 Amela Kujović, Katja Kavkler, Tomaž Skapin, Polona Zalar Viromska analiza antičnih vzorcev oliv 126 Dijana Škorić, Renata Šoštarić, Olivera Maksimović Carvalho Ferreira, Lana Vogrinec, Jurica Bezak, Denis Kutnjak Odtoki umivalnikov kot potencialni rezervoar večkratno odpornih bakterij v bolnišničnem okolju 127 Aleksander Mahnič, Urška Ajd, Sandra Janežič, Marjanca Starčič Erjavec, Maja Rupnik, Andrej Gol e lovenskega m Voda in rastni substrat onesnaženi s tobamovirusi - vir okužbe rastlin 128 Nataša Mehle, Irena Bajde, Jakob Brodarič, Adrian Fox, Miha Kitek, Denis Kutnjak, Maja Ravnikar, Ana Vučurović Raziskovanje transpeptidazne aktivnosti papainu-podobne cisteinske proteaze CrCEP1 iz zelene alge Chlamydomonas reinhardtii 129 Katarina P. van Midden, Pitter Huesgen, Renier A. L. van der Hoorn, Marina Klemenčič Človeška črevesna mikrobiota v domačem okolju 130 ongres S Urša Miklavčič, Sandra Janežič, Maja Rupnik Transkriptomska analiza genskih skupkov za razgradnjo hemiceluloz in pektinov v dveh vampnih 9. k vrstah bakterij Prevotela nakazuje na različne substratne preference 131 Urška Murovec, Tomaž Accetto Zmanjševanje emisij metana pri prežvekovalcih: mikrobiomski pogled v učinkovanje rastlinskih izvlečkov kot alternativa antibiotičnim krmnim dodatkom 132 Alen Radolič, Luka Lipoglavšek, Lijana Fanedl, Gorazd Avguštin Anotacija in pan-genomska analiza visokosorodnih sevov Bacillus subtilis iz nabrežja reke Save 133 024 Eva Stare, Jasna Kovač, Ulisses Nunes da Rocha, Ines Mandić-Mulec, Polonca Štefanič Longitudinalna stabilnost črevesnih profagov pri bakterijski družini Bacteroidaceae 134 Nejc Stopnišek, Stina Hedžet, Maja Rupnik, Tomaž Accetto Učinki in mehanizmi delovanja potencialnega probiotika Bacillus subtilis PS-216 proti patogeni bakteriji Campylobacter jejuni 135 Katarina Šimunović, Polonca Štefanič, Anja Klančnik, Manuela Di Lorenzo, Vida Rezar, Janez Salobir, Tatjana Pirman, Maja Šikić Pogačar, Olga Zorman Rojs, Uroš Krapež, Sonja Smole Možina, Ines Mandić Mulec ruštva - 2 Bakterija Clostridioides difficile v domačih kompostnikih in malih sesalcih 136 Klemen Tršinar, Sabina Mlakar, Franc Janžekovič, Maja Rupnik, Sandra Janežič Virulentni potencial sevov rodu Aeromonas s kože človeške ribice in njenega okolja 137 Lea Becner, Nina Gunde-Cimerman, Martina Turk Novi virusi morskih kremenastih alg iz slovenske obale 138 Timotej Turk Dermastia, Denis Kutnjak, Katarina Bačnik Vpliv lizogenih fagov na genomsko reorganizacijo bakterij na nivoju posameznih celic z uporabo metode CRISPRi-Seq 139 Nina Vesel, Anna Dragoš Raziskovanje viromov makrofitov z uporabo dveh različnih pristopov 140 Lana Vogrinec, Katarina Bačnik, Martina Bačič, Zarja Miović, Denis Kutnjak ikrobiološkega d Množičen pogin leščurjev ( Pinna nobilis) v slovenskem morju v letu 2020 141 Urška Zajc, Mitja Gombač, Bojan Papić, Borut Mavrič, Darja Kušar Mikrobi in analitika Phyllosticta citricarpa povzročiteljica bolezni črna pegavost agrumov: razvoj in validacija metode ter spremljanje njene prisotnosti v sredozemskih nasadih agrumov 143 Tjaša Jakomin, Maja Ferle, Sara Fišer, Maja Ravnikar, Antonio Vicent, Naima Boughal eb-M'Hamdi, Neil Boonham, Polona Kogovšek PCR v realnem času za ugotavljanje klonalnih kompleksov bakterije Listeria monocytogenes v kompleksnih vzorcih DNA 144 Maja Kavalič, Darja Kušar, Jana Avberšek, Benjamin Felix, Bojan Papić lovenskega m Rekonstrukcija fitoplazemskih genomov za epidemiološke raziskave s pomočjo sekvenciranja z nanoporami 145 Nataša Mehle, Zala Kogej Zwitter, Denis Kutnjak Validacija metode PCR v realnem času za kvantifikacijo bakterije Paenibacil us larvae v čebeljem drobirju 146 Urška Zajc, Jana Avberšek, Maja Kavalič, Tina Pirš, Darja Kušar KAZALO AVTORJEV 147 ongres S9. k 024 Pozdravni nagovor ruštva - 2 Spoštovani člani Slovenskega mikrobiološkega društva in vsi drugi, ki so vas mikrobi očarali! V Slovenskem mikrobiološkem društvu smo se v 2023, ko bi sicer minilo tri leta od našega zadnjega kongresa, ki je septembra 2020 potekal kot virtualna konferenca, in je torej bil čas, da organiziramo spet kongres, odločili, da bomo naslednji kongres SMD organizirali v 2024 v zimskem letnem času, da se umaknemo »kongresni septembrski gneči«. Glede na število registracij in poslanih povzetkov za kongres 2024 lahko ocenjujem, da je bila odločitev pravilna in da bi tudi v prihodnje ta letni čas lahko bil primeren za naša kongresna druženja. Ker je v septembru 2020 kongres SMD potekal virtualno, smo takrat prvič pripravili zbornik prispevkov kot e-zbornik. Ker ste člani društva ta e-zbornik sprejeli z odobravanjem, smo tudi ikrobiološkega d zbornik kongresa SMD 2024 pripravili kot e-zbornik. V njem so 104 prispevki, ki zrcalijo novo pridobljene rezultate na področju mikrobiologije v Sloveniji v obdobju 2021–2023. Kot se boste lahko sami prepričali, je bilo to obdobje za slovensko mikrobiologijo zelo plodno in raznoliko. Prispevke smo tako razdelili v naslednje tematske sklope: Mikrobi in biotehnologija, Mikrobi in biofilm, Mikrobi in zdravje, Mikrobi in protimikrobne učinkovine, Mikrobi in okolje ter Mikrobi in analitika. V upanju, da bo vsak izmed vas v e-zborniku našel številne prispevke, ki ga bodo pritegnili, pa tudi navdihnili za nadaljnje delo in sodelovanja med nami, vam želim vse dobro za prihodnost in obilo novih, lepih, zanimivih rezultatov, da se bomo lahko tudi čez tri leta spet srečali in družili na kongresu Slovenskega mikrobiološkega društva, ki bo pokazal razvoj naše stroke, na katerega bomo vsi lahko ponosni. lovenskega m prof. dr. Marjanca Starčič Erjavec Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani ongres S9. k 12 Organizacija 024 kongresa ruštva - 2 SLOVENSKO MIKROBIOLOŠKO DRUŠTVO www.smd.si VODJA PROGRAMSKEGA ODBORA prof. dr. Marjanca Starčič Erjavec Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta VODJA ORGANIZACIJSKEGA ODBORA prof. dr. Maja Rupnik Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Maribor PROGRAMSKI ODBOR ikrobiološkega d Marjanca Starčič Erjavec, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani Tomaž Accetto, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani Jerneja Ambrožič Avguštin, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani Darja Barlič Maganja, Fakulteta za vede o zdravju, Univerza na Primorskem Tjaša Cerar Kišek, Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Ljubljana Iztok Dogša, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani Urška Jamnikar Ciglenečki, Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani Polona Kogovšek, Nacionalni inštitut za biologijo, Ljubljana Polonca Štefanič, Biotehniška fakulteta Valerija Tkalec, Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Maribor Janja Trček, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Univerza v Mariboru lovenskega m Maša Vodovnik, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani Anamarija Zore, Zdravstvena fakulteta, Univerza v Ljubljani ORGANIZACIJSKI ODBOR Sandra Janežič, Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Maribor Maja Rupnik, Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Maribor Nejc Stopnišek, Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Maribor ongres S Urška Jamnikar Ciglenečki, Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani Darja Kušar, Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani 9. k 13 024 Sponzorji SREBRNI ruštva - 2 BRONASTI ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 14 024 ruštva - 2 BISERNI ikrobiološkega d B I O M ED I S lovenskega m SAFIRNI ongres S DONAU LAB Ljubljana Member of LPPgroup 9. k 15 024 Program kongresa ruštva - 2 Sreda, 14. februar, 2024 12:00–14:00 Registracija ikrobiološkega d 14:00–14:15 Otvoritev kongresa 14:15–15:00 PPr PTI5 vzdržuje optimalno število bakterij Bacillus subtilis v Tjaša Lukan koloniziranih rastlinah krompirja 15:00–16:25 S1 Mikrobi in biotehnologija Janja Trček, Maša Vodovnik 15:00–15:20 VPr Mehanizem adaptivne evolucije avtohtone kvasovke Neža Čadež Saccharomyces cerevisiae za fermentacijo ajdove pivine 15:20–15:40 VPr Bakterijska nanoceluloza proizvedena na živilskem odpadu: Janja Trček material s široko uporabno vrednostjo 15:40–15:55 Pr Nov pristop za izboljšanje produkcije antibiotika oksitetraciklina Alen Pšeničnik s tarčno redukcijo genoma bakterije Streptomyces rimosus 15:55–16:10 Pr Genski inženiring vaginalnih laktobacilov in njihova vgradnja v Spase Stojanov lovenskega m nanovlakna 16:10–16:25 Pr Razvoj nove metode za detekcijo razgradnje plastike na Anja Černoša primeru ekstremotolerantnih gliv 16:25–17:30 Odmor za kavo in predstavitev posterjev (S1–S3) 17:30–19:00 S2 Mikrobi in biofilm Anamarija Zore, Iztok Dogša 17:30–17:50 VPr Nova analiza prostorske segregacije mikrobov v mešanih Iztok Dogša biofilmih ongres S 17:50–18:00 Pr Sorodstveno razlikovanje v biofilmih pri bakteriji Bacillus subtilis Mojca Krajnc 18:00–18:10 Pr Prekinitev bakteriofagnega integracijskega gena povzroči Maja Popović 9. k nepričakovane spremembe pri Bacillus subtilis 18:10–18:30 VPr Adhezija bakterij Streptococcus mutans na dentalne materiale Anamarija Zore 16 18:30–18:40 Pr Optodinamsko odstranjevanje biofilmov v modelnih Katja Molan paradontalnih in periimplantnih žepih 18:40–19:00 VPr Vloga mikrobne glikobiologije pri proučevanju razvoja Jerica Sabotič bakterijskih biofilmov 024 19:00–22:00 Sprejem (večerja) Četrtek, 15. februar, 2024 09:00–10:30 S3 Mikrobi in zdravje Darja Barlič Maganja, Tjaša Cerar Kišek 09:00–09:15 Pr Nacionalno spremljanje nekaterih povzročiteljev zoonoz s Marija Trkov sekvenciranjem celotnih genomov 09:15–09:30 Pr Sesalski ortoreovirusi iz netopirjev predstavljajo nove možne Tina Mikuletič ruštva - 2 porajajoče se patogene 09:30–09:45 Pr Prenosi bakterije Clostridioides difficile med različnimi rezervoarji Sandra Janežič v Sloveniji: izsledki genomskih primerjav 09:45–10:00 Pr Odkrivanje označevalcev za določanje živalskih virov fekalnega Tanja Žlender onesnaženja vode z analizo gena za 16S rRNA 10:00–10:15 Pr Priprava večfunkcionalnih bakterij Lactococcus lactis s Aleš Berlec terapevtskim potencialom 10:15–10:30 Pr Razvoj nanovlaken z vgrajenimi sevi rodu Bacillus za zdravljenje Špela Zupančič parodontalne bolezni 10:30–11:30 Odmor za kavo in predstavitev posterjev (S4–S6) 11:30–13:00 S4 Mikrobi in protimikrobne učinkovine Jerneja Ambrožič Avguštin, Valerija Tkalec 11:30–11:50 VPr Pomen sekvenciranja celotnega genoma za spremljanje Tjaša Žohar Čretnik in obvladovanje širjenja hipervirulentnih sevov Klebsiella pneumoniae v regionalni bolnišnici ikrobiološkega d 11:50–12:05 Pr Prisotnost večkratno odpornih bakterij v bolnišnični odpadni Leon Marič vodi 12:05–12:20 Pr Večkratno odporne po Gramu negativne bakterije v slovenskih Valerija Tkalec sladkovodnih ribogojnicah 12:20–12:35 Pr Probiotik proti patogenu: boj za obstanek v dobrem in slabem Eli Podnar 12:35–12:50 Pr Biološka aktivnost izbranih izolatov aktinomicet iz kraških jam Martina Avbelj ter njihova taksonomska uvrstitev 12:50–13:00 Pr Razvoj novih zaviralcev bakterijskih topoizomeraz za zdravljenje Martina Hrast Rambaher okužb z rezistentnimi grampozitivnimi bakterijami 13:00–14:30 Kosilo 14:30–16:00 Okrogla miza: 30 let študija mikrobiologije 16:00–17:00 Občni zbor SMD in odmor za kavo lovenskega m 19:00–22:00 Svečana večerja s podelitvijo priznanj SMD Petek, 16. februar, 2024 09:00–9:45 PPr Vode - vir informacij o naravi in družbi Maja Ravnikar 09:45–11:20 S5 Mikrobi in okolje Polonca Štefanič, Tomaž Accetto 09:45–10:05 VPr Vzroki in posledice sorodstvenega razlikovanja pri bakteriji Polonca Štefanič ongres S Bacillus subtilis 10:05–10:20 Pr Populacijska genomika in razširjanje mikroorganizmov Cene Gostinčar 9. k 17 Denis Kutnjak 024 10:20–10:35 Pr Odkrivanje in zaznavanje virusov povezanih s tujerodnimi (invazivnimi) vrstami 10:35–10:50 Pr Sorodstveno razlikovanje med sevi Bacillus subtilis lahko vpliva Katarina Belcijan na zmožnost razširjanja surfaktinskih goljufov znotraj populacije 10:50–11:05 Pr Mikrobna razgradnja detrita meduz spodbuja rast fitoplanktona Tinkara Tinta v obalnem morskem ekosistemu 11:05–11:20 Pr Epidemiološko spremljanje SARS-CoV-2 v odpadnih vodah v Tom Koritnik Sloveniji 11:20–11:50 Odmor za kavo ruštva - 2 11:50–13:10 S6 Mikrobi in analitika Polona Kogovšek, Urška Jamnikar Ciglenečki 11:50–12:10 VPr Uporaba in omejitve molekularnih metod qPCR, LAMP in dPCR Polona Kogovšek za določanje in kvantifikacijo mikroorganizmov 12:10–12:30 VPr Ugotavljanje virusne kontaminacije živil – je sekvenciranje Urška Jamnikar naslednje generacije res rešitev? Ciglenečki 12:30–12:40 Pr Izboljšane analitske metode za varnejša in učinkovitejša genska Mojca Janc zdravila 12:40–12:50 Pr Oblikovanje in testiranje testov PCR v realnem času za Aleksander Benčič specifično detekcijo bakterij na podlagi genomskih podatkov 12:50–13:00 Pr Spremljanje razširjenosti respiratornega sincicijskega Nina Prezelj virusa s pristopom epidemiologije odpadnih voda (WBE): retrospektivna študija na vzorcih iz nacionalnega spremljanja SARS-CoV-2 13:00–13:10 Pr G-kvadrupleksi v patogenih organizmih Melani Potrč 13:10 Podelitev nagrad za posterje in zaključek kongresa ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 18 Plenarni 024 predavanji ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 19 024 PTI5 vzdržuje optimalno število bakterij Bacillus subtilis v koloniziranih rastlinah krompirja Tjaša Lukan1, Karmen Pogačar1, Barbara Kraigher2, Katja Stare1, Teja Grubar1, Maja Zagorščak1, Marko Petek1, Ines Mandić-Mulec2, Kristina Gruden1 1Nacionalni inštitut za biologijo, Večna pot 121, Ljubljana, Slovenija 2Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za mikrobiologijo, Večna pot 111, Ljubljana, Slovenija tjasa.lukan@nib.si ruštva - 2 Ker je krompir tretja najpomembnejša poljščina na svetu, občutljiva na številne patogene organizme, je preučevanje interakcije med krompirjem in Bacillus subtilis ključnega pomena za zagotovitev učinkovitega in okolju prijaznega sistema zaščite rastlin. Namen raziskave je bil preučiti odziv rastlin krompirja na kolonizacijo z B. subtilis. Spremljali smo izražanje izbranih genov v koloniziranih koreninah in sistemskem tkivu rastlin in pokazali statistično značilno povečanje izražanja genov PTI5 in 13LOX. Rezultati RNA-seq analize z B. subtilis inokuliranih korenin rastlin krompirja in sistemskega tkiva v različnih časovnih točkah so pokazali razlike tako na nivoju procesov (signalizacijska pot kinaz, sekundarni metabolizem, celični transport, itd.) kot na nivoju posameznih genov. Nadalje smo preučevali odziv rastline na interakcijo sorodnih in nesorodnih sevov B. subtilis in pokazali, da interakcije različno uravnavajo transkripcijski odziv rastlin. Da bi raziskali vpliv interakcij na tvorbo biofilma, smo biofilm na koreninah spremljali po inokulaciji z monokulturami in njihovimi kombinacijami. Pri kombinaciji sorodnih sevov ni bilo vidne meje med biofilmoma posameznih sevov, medtem ko smo pri mešanju nesorodnih sevov opazili mejo med biofilmoma in prevlado enega od sevov. Da bi preučili vlogo surfaktina, smo spremljali nastajanje ikrobiološkega d biofilma in transkripcijski odziv v koloniziranem in sistemskem tkivu rastlin po inokulaciji s QS-negativnimi mutantami B. subtilis, ki imajo oslabljeno proizvodnjo surfaktina. Rezultati so pokazali zmanjšano tvorbo biofilma na koreninah mutantov. Poleg tega je bilo izražanje PTI5 in 13-LOX v rastlinah, koloniziranih s QS-negativnimi mutantami, manjše v primerjavi z izražanjem v rastlinah, koloniziranih z divjim tipom. Da bi preučili vlogo PTI5 v interakciji med B. subtilis in krompirjem, smo spremljali nastajanje biofilma in prisotnost B. subtilis v sistemskem tkivu v rastlinah z utišanim PTI5. Medtem, ko PTI5 ni bil vključen v kolonizacijo korenin in nastanek biofilma, pa smo potrdili neposredno povezavo med prisotnostjo B. subtilis in PTI5, saj smo v rastlinah z utišanim PTI5 v sistemskem tkivu zaznali več B. subtilis. Ključne besede: Bacillus subtilis, Solanum tuberosum, prostorsko-časovna transkriptomika lovenskega m ongres S9. k 20 Vode - vir informacij o naravi in družbi Maja Ravnikar, Ion Gutierrez-Aguirre, David Dobnik, Arijana Filipič, Katarina Bačnik, Olivera Maksimović, Nina Prezelj, Alexandra Bogožalec Košir, Ana Vučurović, Mojca Milavec, Anže Županič, Nataša Mehle, Denis Kutnjak 024 Oddelek za biotehnologijo i sistemsko biologijo, Nacionalni inštitut za biologijo, Večna pot 111, 1000 Ljubljana maja.ravnikar@nib.si Kjer je voda, tam je življenje. In prav ta njena značilnost, da je v stiku z živimi agensi in se steka iz ekosistemov v podzemne in nadzemne vire, ter kroži do morja, oblakov in nazaj na zemljo, jo napolni z informacijami o vsem živem, ki ga sreča na poti. Po drugi strani pa so nukleinske kisline, ki tvorijo genome izredno stabilne molekule in lahko preživijo še dolgo po tem, ko je ruštva - 2 organizem, ki so ga ustvarile že mrtev. Do spoznanja kako pomemben vir informacij so vode, nas je vodil razvoj metod koncentriranja in molekularne diagnostike s katerimi smo uspeli razkriti paleto mikroorganizmov in virusov, ki so se z vodnim vzorcem srečali. Za proučevanje virusov v vodi smo razvili različne metode za učinkovito koncentriranje virusov, zaznavanje in določanje količine le-teh s pomočjo kvantitativne ali digitalne PCR ter visoko zmogljivo sekvenciranje (HTS). Ugotovili smo, da razumevanje prisotnosti, raznolikosti in preživetja virusov v vzorcih okolja, kot je voda, pomaga razumeti njihove poti prenosa in njihovo vlogo v ekosistemu. Naše znanje na tem področju je omogočilo hitro vzpostavitev monitoringa za SARS-CoV-2, pa tudi za nove karantenske rastlinske viruse, kot je virus rjave grbančavosti plodov paradižnika (ToBRFV). Analizo vodnega vira lahko uporabimo za sledenje novih rastlinskih, humanih in živalskih virusov, ki jih pri gostiteljih na določenem področju še nismo zasledili in tako dodajamo pomembne informacije k nadzorovanju epidemij človeka, živali in rastlin. Rezultati so pokazali, da je za ponovno uporabo vode potrebna antimikrobna obdelava saj nekateri virusi preživijo celo prehod preko čistilne ikrobiološkega d naprave, zato smo se poglobili v razvoj metod za ne kemično dezinfekcijo okoljskih voda, vključno z odpadnimi vodami. Ključne besede: virusi, epidemiologija, vode, Eno zdravje lovenskega m ongres S9. k 21 024 ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 22 Vabljena 024 sekcijska ruštva - 2 predavanja ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 23 024 Mikrobi in biotehnologija ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 24 Tematski sklop: Mikrobi in biotehnologija Mehanizem adaptivne evolucije avtohtone kvasovke Saccharomyces cerevisiae za fermentacijo ajdove pivine Martina Podgoršek1, Maja Paš1, Iztok Jože Košir2, Neža Čadež1 024 1Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana 2Inštitut za hmeljarstvo in pivovarstvo Slovenije, Cesta Žalskega tabora 2, 3310 Žalec neza.cadez@bf.uni-lj.si Današnje fermentacije novih živil so namenjene predvsem obogatitvi živil z novimi, edinstvenimi okusi in izboljšanju funkcionalnih lastnosti surovin, ter s tem povečanju prepoznavnost izdelka na trgu. V naši raziskavi smo razvili novo, pivu podobno pijačo iz ajde, ki zaradi svojih lastnosti, kot ruštva - 2 so prisotnost polifenolnih spojin in povišane koncentracije mineralov, onemogoča učinkovito fermentacijo ajdove sladice industrijskim sevom pivskih kvasovk. Zato smo izkoristili genetsko pestrost slovenskih avtohtonih kvasovk rodu Saccharomyces, izoliranih iz tradicionalnih spontanih fermentacij. Izmed teh so se najbolje izkazale kvasovke iz koroškega jabolčnega vina, ki so pokazale izboljšane fermentacijske sposobnosti in odpornost na hmelj, etanol in nizke temperature. Vendar je bila njihova zmožnost fermentacije maltoze kot glavnega vira ogljika v ajdovi pivini omejena. Zato smo z adaptivno laboratorijsko evolucijo v 30 zaporednih fermentacijah ajdove pivine pod stresnimi pogoji kvasovko prilagodili na nov substrat. Iz skupne biomase smo izolirali morfološko različne klone, ter s tehnologijama sekvenciranja kratkih in dolgih odčitkov določili genetske spremembe, ki sprožijo fenotipske prilagoditve na nove substrate. Uspelo nam je povezati velike strukturne spremembe na kromosomski ravni in polimorfizme posameznega nukleotida v tehnološko pomembnih genih z novimi fenotipi in njihovim vplivom na tvorbo arome. Rezultat našega pristopa je bila pridobitev novega seva kvasovke, primernega za proizvodnjo ajdovega piva. ikrobiološkega d Ključne besede: kvasovke, fermentirane pijače, adaptivna evolucija, genomika lovenskega m ongres S9. k 25 Tematski sklop: Mikrobi in biotehnologija Bakterijska nanoceluloza proizvedena na živilskem odpadu: material s 024 široko uporabno vrednostjo Janja Trček1,2, Urška Jančič3, Eva Cepec1, Maša Hren3, Selestina Gorgieva3 1Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Univerza v Mariboru, Koroška cesta 160, Maribor 2Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo, Univerza v Mariboru, Smetanova ulica 17, Maribor 3Fakulteta za strojništvo, Univerza v Mariboru, Smetanova ulica 17, Maribor janja.trcek@um.si ruštva - 2 Bakterijska celuloza (BC) je biomaterial z raznovrstno uporabno vrednostjo v medicini, farmaciji, biotehnologiji, kozmetiki, prehrambeni industriji, proizvodnji embalaže, okoljevarstvu in elektroniki. Čeprav mnoge bakterije sintetizirajo BC, so najbolj učinkovite proizvajalke BC nekatere vrste iz rodov Komagataeibacter in Novacetimonas. Te bakterije so splošno prepoznane kot varne, kar poenostavi njihovo uporabo v industrijskih bioprocesih. Sinteza BC je znana predvsem iz raziskav vrste Komagataeibacter xylinus, ki je postala modelni organizem za preučevanje proizvodnje BC na genetskem in molekularnem nivoju. Celuloza je lahko tudi rastlinskega izvora, vendar BC presega njeno čistost. Proizvodnja BC omogoča tudi vgrajevanje molekul med njeno sintezo, s čimer neposredno proizvajamo funkcionaliziran material. Stroškovna učinkovitost proizvodnje BC je tesno povezana z gojiščem za namnoževanje bakterij in sintezo celuloze. Zato smo analizirali možnost uporabe hidrolizata grozdnih tropin, brez encimske obdelave, kot edinega vira hranil za proizvodnjo BC z ocetnokislinskimi bakterijami. Z namenom doseči največjo vsebnost reducirajočih sladkorjev (10,4 g/l) in minimalno vsebnost fenolov (4,8 g/l) smo z metodo centralnega kompozitnega načrta optimizirali postopek priprave hidrolizata. V nadaljevanju smo ikrobiološkega d z laboratorijsko proizvodnjo celuloznih membran analizirali štiri različno pripravljene hidrolizate in 20 sevov ocetnokislinskih bakterij. Bakterije smo gojili štiri dni, pri čemer smo prvi dan steklenice stresali, za tem pa smo jih še tri dni inkubirali statično. Kot najučinkovitejšo proizvajalko BC na tem gojišču smo identificirali nedavno opisano vrsto Komagataeibacter melomenusus AV436T, ki je proizvedla do 1,24 g/L suhe celulozne membrane, temu pa je sledila vrsta Komagataeibacter xylinus LMG 1518 z do 0,98 g/l suhe celulozne membrane. Proizvedene membrane so imele v primerjavi z membranami pridobljenimi na kompleksnem gojišču RAE zmanjšano kristaliničnost, termično stabilnost in trdnost, a so predstavljale primeren nosilni biomaterial za absorbcijo formulacije želatine in nizina. Tako funcionalizirana membrana je imela v difuznem testu protimikrobno aktivnost za bakterijo Staphylococcus aureus. Ključne besede: ocetnokislinske bakterije, nanoceluloza, krožno gospodarstvo lovenskega m ongres S9. k 26 Mikrobi in 024 biofilm ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 27 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Nova analiza prostorske segregacije mikrobov v mešanih biofilmih 024 Iztok Dogša, Maja Bolješić, Barbara Kraigher, Ines Mandić-Mulec Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Oddelek za mikrobiologijo, Večna pot 111, Ljubljana iztok.dogsa@bf.uni-lj.si Mikrobne interakcije, bimodalno gensko izražanje ali kakšen drug prostorsko pogojen proces se pogosto odražajo v prostorski segregaciji mikrobov dveh tipov znotraj istega biofilma. Zato ruštva - 2 je kvantifikacija stopnje prostorske segregacije dveh bakterijskih tipov v mešanih biofilmih pomembna tema v mikrobiologiji. Običajno je informacija o prostorski segregaciji kodirana v digitalni sliki, ki predstavlja binarni sistem, npr. 3D fluorescenčna mikroskopska slika biofilma dveh bakterijskih vrst, kjer je vsaka vrsta označena s svojim fluorokromom. Trenutni pristopi za ekstrakcijo informacije o prostorski segregaciji v biofilmih imajo vrsto pomanjkljivosti: ne upoštevajo prostorske večdimenzionalnosti biofilmov, različnih lokalnih bakterijskih gostot v biofilmih, niso intuitivni, nimajo primerjave s pozitivnimi in negativnimi kontrolami ali ne upoštevajo vpliva različne velikostne skale opazovanja biofilma. Slednje je še posebej zanimivo, saj se lahko zdi, da sta dva seva dobro pomešana, če ju opazujemo od daleč, vendar lahko pogled od blizu razkrije močno ločevanje. Da bi odpravili vse naštete pomanjkljivosti smo razvili nove mere za segregacijo v biofilmih in jih implementirali v prosto dostopni programski opremi, MSSegregation. Nov pristop smo uspešno testirali na sintetičnih binarnih slikah, na nativnih mešanih biofilmih iz dveh sevov ter s sonikacijo prostorsko porušenih biofilmih. S pomočjo novega orodja smo se nato lotili preučevanja prostorske segregacije med različno sorodnimi sevi v mešanih plavajočih ikrobiološkega d biofilmih Bacillus subtilis. Po analizi mikroskopskih slik mešanih biofilmov več parov izogenih, ozko in manj sorodnih sevov PS-216 smo prišli do zaključka, da se sorodstvena diskriminacija odraža na prostorski segregaciji v plavajočih biofilmih. Nova analiza prostorske segregacije pa ni omejena zgolj na slike biofilmov, lahko jo uporabimo v vseh primerih, kjer lahko ločimo med dvema komponentama, ki sestavljata bolj ali manj segregirano mešanico. Ključne besede: segregacijska analiza, biofilm, sorodstvena diskriminacija Viri: Dogsa I, Mandic-Mulec I. Multiscale spatial segregation analysis in digital images of biofilms. Biofilm 2023; 6: 100157 Bolješić M, Kraigher B, Dogsa I, Jerič Kokelj B, Mandic-Mulec I. Kin discrimination modifies strain distribution, spatial segregation, and incorporation of extracel ular matrix polysaccharide mutants of Bacillus subtilis strains into mixed lovenskega m floating biofilms. Appl Environ Microbiol 2022; 88: e0087122 ongres S9. k 28 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Adhezija bakterije Streptococcus mutans na dentalne materiale Anamarija Zore1, Nives Matjaković Mlinarić1, Petra Virant2, Mirjam Kozmos3, Anže Abram4, Klemen Bohinc1 1Zdravstvena fakulteta, Univerza v Ljubljani, Zdravstvena pot 5, Ljubljana 024 2Galeta Bio d.o.o., Pod lipami 35, 1218 Komenda 3Zdravstveni dom dr. Adolfa Drolca, Ulica talcev 9, Maribor 4Inštitut Jožef Stefan, Jamova 39, Ljubljana anamarija.zore@zf.uni-lj.si Ustna votlina je kompleksno okolje s slabo izmenjavo snovi in laminarnim tokom. Poseljena je s številnimi raznovrstnimi mikrobi, obdanimi z razkošjem hranil in naravnim gostiteljevim imunskim sistemom. Zunanji faktorji kot obroki hrane, ustna higiena, uporabljeni restavracijski ruštva - 2 ali ortodontski dentalni materiali in žvečenje ob sodelovanju prebavnih encimov ter razgradnjih produktov pripomore k še kompleksnejšim pogojem, ki vplivajo na organiziranje mikrobov v kvorumske združbe in nastajanje biofilma in oralnega zdravja ter bolezni. Pri nastanku kariesa igra pomembno vlogo Streptococcus mutans. Zanimalo nas je, kako dentalni materiali (metali in zlitine, polimeri, keramika, kompoziti), v primerjavi z zobno površino, privlačijo bakterije Streptococcus mutans in kako njihove fizikalne lastnosti (hrapavost, hidrofobnost, naboj) vplivajo na kolonizacijo in adhezijo bakterij, odgovornih za nastanek zobnega kariesa. Fizikalne lastnosti dentalnih materialov smo določali s profilometrom, s površinsko hidrofobnostjo in s pretočnim potencialom. Uporabili smo standardni referenčni sev bakterije Streptococcus mutans ATCC 25175, ki smo ga kultivirali v mediju BHI pri 37°C, da smo dobili prekonočno kulturo. Razredčeno smo nadalje inkubirali z različnimi materiali 10 ur. Adherirane bakterije smo fiksirali in pripravili za SEM. Ugotavljali smo deleže pokritosti opazovanih površin z bakterijami ter ugotavljali vpliv fizikalnih lastnosti posameznega materiala na stopnjo adhezije ikrobiološkega d bakterij. Povprečna hrapavost (R ) je bila najnižja pri polimeru PETG (R =0,09 µm), kromazitu a a (R =0,06 µm), najvišja pa pri zlitini Au-Pt (R =0,356 µm). Hidrofobnost je bila najnižja pri IPS InLine a a keramiki, Cr-Co zlitini in PETG polimeru. Pri vseh materialih smo izmerili negativni pretočni potencial (v mV). Adhezija bakterij je bila najnižja na amalgamu in kromazitu. Na zlitini Au-Pt in IPS keramiki in polimeru PETG pa smo zaznali večjo adhezijo bakterij, vendar še vedno manjšo kot na intaktnem zobu. Rezultati kažejo, da je adhezija bakterij odvisna od hrapavosti, hidrofobnosti in naboja površinin, od lastnosti površine uporabljene bakterije, kar kaže na pomembnost načina priprave površin, da le te čim bolj preprečujejo bakterijsko adhezijo. Ključne besede: zobni biofilmi, fizikalne lastnosti dentalnih materialov, adhezija Streptococcus mutans lovenskega m ongres S9. k 29 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Vloga mikrobne glikobiologije pri proučevanju razvoja bakterijskih 024 biofilmov Nika Janež1, Meta Sterniša2, Blaž Jug2, Tanja Zupan1, Aleksandar Sebastijanović3, Milica Perišić Nanut1, Katarina Karničar4,5, Ajda Taler-Verčič4,5, Dušan Turk4,5, Anja Klančnik2, Janez Štrancar3, Jerica Sabotič1 1Odsek za biotehnologijo, Institut »Jožef Stefan«, Jamova 39, Ljubljana 2Katedra za biotehnologijo, mikrobiologijo in varnost živil, Oddelek za živilstvo, Univerza v Ljubljani, Jamikarjeva 101, Ljubljana 3Odsek za fiziko trdne snovi, Institut »Jožef Stefan«, Jamova 39, Ljubljana 4Odsek za biokemijo, molekularno in strukturno biologijo, Institut »Jožef Stefan«, Jamova 39, Ljubljana 5Center odličnosti za integrirane pristope v kemiji in biologiji proteinov, Jamova 39, Ljubljana ruštva - 2 jerica.sabotic@ijs.si Biofilmi so kompleksne združbe mikroorganizmov in predstavljajo najpogostejšo obliko njihove rasti v naravi. Življenje v biofilmu jim omogoča preživetje in obstojnost v neugodnih okoljskih razmerah, tudi ob izpostavljenosti antibiotikom ter razkužilom. Zato biofilmi postajajo pomemben vidik v klinični in javnozdravstveni mikrobiologiji. Prvi korak v procesu nastajanja biofilma je adhezija planktonskih bakterij na površino. Ta prvi korak posredujejo nespecifične interakcije med površino ter strukturami, ki so prisotne na bakterijski površini. Temu pa sledi delitev adheriranih bakterij, tvorjenje mikrokolonij in velikokrat tudi sinteza zunajceličnih polimernih snovi kot so polisaharidi, eksogena DNA ter proteini. Ker je bakterijska površina prekrita z oligosaharidi in/ali polisaharidi, ti glikani igrajo pomembno, če ne ključno vlogo, pri interakcijah bakterij z različnimi površinami. Lektini (imenovani tudi hemaglutinini ali adhezini) so proteini, ki vežejo glikane z visoko specifičnostjo ne da bi jih spremenili, in so prisotni pri vseh skupinah organizmov. Lektini glikane vežejo preko številnih šibkih interakcij, kar jim omogoča selektivno ikrobiološkega d vezavo tudi kompleksnih glikanov z visoko specifičnostjo, avidnostjo in/ali afiniteto. S pomočjo modelnih sevov iz bakterijskih vrst Listeria monocytogenes in Listeria innocua smo ugotavljali kako z lektini iz gliv lahko vplivamo na razvoj njihovih biofilmov. Testirani lektini so se med seboj razlikovali po izvoru, strukturi ter že opisanih tarčnih glikanih in so proti testiranim sevom delovali protibiofilmsko, ne pa tudi protibakterijsko. Njihovo delovanje je bilo pogosto tarčno proti eni od testiranih bakterijskih vrst. Nekateri med njimi so preprečevali adhezijo, drugi pa so imeli vpliv na zrel biofilm. Pridobljeni rezultati kažejo, da glivni lektini modulirajo interakcije med bakterijami ali med bakterijo in površino, kar bi nam dolgoročno lahko omogočilo, da bi z njimi usmerjali razvoj biofilma ter posledično tudi način kolonizacije površin. To bi lahko predstavljalo še neraziskan vidik preprečevanja kontaminacije površin z bakterijami. Ključne besede: bakterijski glikani, lektini, biofilmi, Listeria lovenskega m ongres S9. k 30 Mikrobi in 024 protimikrobne učinkovine ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 31 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Pomen sekvenciranja celotnega genoma za spremljanje in obvladovanje 024 širjenja hipervirulentnih sevov Klebsiella pneumoniae v regionalni bolnišnici Tjaša Žohar Čretnik1, Tanja Selič Kurinčič2, Alenka Petrovec Koščak2, Majda Hrastnik2, Sandra Janežič3,4 1Oddelek za medicinsko mikrobiologijo Celje, Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Gregorčičeva 5, 3000 Celje 2Splošna bolnišnica Celje, Oblakova 5, 3000 Celje 3Oddelek za mikrobiološke raziskave, Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Prvomajska 1, 2000 Maribor 4Medicinska fakulteta, Univerza v Mariboru, Taborska ulica 8, 2000 Maribor tjasa.zohar.cretnik@nlzoh.si ruštva - 2 Proti karbapenemom odporne enterobakterije (CRE), ki izločajo karbapenemaze (CP) ogrožajo paciente in povečujejo breme okužb povezano z mikrobno odpornostjo tako po svetu, kot v Sloveniji. V zadnjem letu se v Sloveniji eksponentno povečuje število primerov Klebsiel a pneumoniae CRE-CP, ki izločajo zlasti encima OXA-48, ki velja za najpogostejši tip encima med OXA encimi pri K. pneumoniae in NDM-5, ki spada v skupino B karbapenemaz. Gre za večkratno odporne izolate, ki so občutljivi kvečjemu še za kolistin in cefiderokol. Širjenje tega mikroorganizma je kombinirano, in sicer klonalno, ob tem pa se rezistenčni geni prenašajo tako med pripadniki iste vrste, kot med različnimi bakterijskimi vrstami. V Splošni bolnišnici Celje smo od avgusta 2022 do septembra 2023 uporabili sekvenciranje celotnega genoma pri izolatih K. pneumoniae CRE-CP, ki so se zdravili na različnih oddelkih. Genomske primerjave, skupaj z epidemiološkimi podatki so pokazale, da je prišlo v opazovanem ikrobiološkega d času do vsaj 8 neodvisnih vnosov nove genetske linije in še dveh možnih neodvisnih vstopov iste genetske linije. Ob vsakem novem vnosu je šlo za nov sekvenčni tip z zanj specifičnim profilom rezistenčnih mehanizmov proti karbapenemom. Največ izolatov je pripadalo hipervirulentnemu, MLST-sekvenčnemu tipu ST147, vendar pa so se izolati znotraj te skupine razlikovali glede na občutljivost za kolistin, ter glede prisotnosti mutacij genov za porine. Zabeležili smo tri okužbe sečil, eno okužbo mehkih tkiv in eno septično stanje, preostali pacienti so bili s tem mikroorganizmom le kolonizirani. S striktnim izvajanjem ukrepov kontaktne izolacije, obsežnim presejanjem s pomočjo nadzornih kužnin, vzorčenjem iz okolja, izobraževanjem in nadzorom nad izvajanjem ukrepov, smo širjenje vsaj začasno omejili in od konca avgusta 2023 nismo zabeležili novega primera. Sekvenciranje celotnega genoma je pomembno prispevalo k razumevanju poti prenosov in identifikaciji lastnosti povzročitelja. Za namene učinkovitega preprečevanja in obvladovanja bolnišničnih lovenskega m okužb bi morali to metodo izvajati redno in dovolj pogosto. Ključne besede: Klebsiel a pneumoniae, odpornost proti karbapenemom, sekvenciranje celotnega genoma ongres S9. k 32 Mikrobi in 024 okolje ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 33 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Vzroki in posledice sorodstvenega razlikovanja pri bakteriji Bacillus 024 subtilis Polonca Štefanič1, Manca Mršol1, Eva Stare1, Katarina Belcijan1, Barbara Kraigher1, Mojca Krajnc1, Katarina Šimunovič1, David Stopar1, Ulises Nunes da Rocha2, Ines Mandić-Mulec1 1Katedra za mikrobno ekologijo in fiziologijo, Oddelek za mikrobiologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Večna pot 111, Ljubljana 2Oddelek za okoljsko inženirstvo in biotehnologijo, Helmholtz Center za okoljske raziskave, Nemčija polonca.stefanic@bf.uni-lj.si ruštva - 2 Kljub temu, da bakterije nimajo kognitivnih sposobnosti višje razvitih organizmov, so sposobne razlikovati med bolj in manj sorodnimi mikroorganizmi skozi proces, ki se imenuje sorodstveno razlikovanje. Sevi Bacillus subtilis, ki smo jih izolirali iz mikroskale tal so sposobni sorodstvene diskriminacije med rojenjem na poltrdnem gojišču, ki ima za posledico bodisi združevanje rojev visokosorodnih sevov (kin) bodisi tvorbo z očesom vidne linije, ki se tvori med manj sorodnimi roji (non-kin). Na podlagi fenotipa rojenja smo seve razporedili v sorodstvene skupine znotraj omenjene zbirke naravnih izolatov tal. Pokazali smo tudi, da mešanje sevov izrazito vpliva na sobivanje sevov na korenini Arabidopsis thaliana, na povišan prenosa DNA na liniji med non-kin sevi in na sobivanje v peliklih, kjer kin sevi tvorijo mešane kokulture, non-kin sevi pa se izključujejo. V tej študiji je bila opravljena podrobna analiza genomov 40-ih sevov B. subtilis, z namenom iskanja genetskih elementov značilnih za 12 sorodstvenih skupin. Analiza 40 zaključenih genomov B. subtilis, ki je vključevala uporabo orodij za anotacijo genomov, kot so Prokka, PGAP, PredicTF in BioAutoML, ter ročno urejanje lokusa za zaznavanje celične gostote comQXP, je pripomogla k ustvarjanju novega podatkovnega seta z binarnimi podatki. Ta nabor podatkov je omogočil ikrobiološkega d odkritje posebnih genetskih označevalcev, ki so edinstveni za vsako sorodstveno skupino, in s tem razkril raznoliko genetsko sestavo B. subtilis. Identificirani genetski elementi so bili večinoma povezani s sintezo celične stene, odzivom na stres in antibiotičnimi/antimikrobnimi lastnostmi. V študiji so bili poleg tega uporabljeni algoritmi strojnega učenja in analiza povprečne identitete nukleotidov (ANI). Ugotovili smo, da trenutno ANI v učinkovitosti razvrščanja sevov v kin skupine prekaša metodologijo strojnega učenja, vendar pa so za potrditev ustreznosti obeh pristopov pri uvrščanju sevov iz baz podatkov na podlagi genomov in z neznanim fenotipom rojenja v kin skupine nujne dodatne laboratorijske raziskave. Ključne besede: Bacillus subtilis, sorodstveno razlikovanje, strojno učenje lovenskega m ongres S9. k 34 Mikrobi in 024 analitika ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 35 Tematski sklop: Mikrobi in analitika Uporaba in omejitve molekularnih metod qPCR, LAMP in dPCR za 024 določanje in kvantifikacijo mikroorganizmov Polona Kogovšek Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Nacionalni inštitut za biologijo, Večna pot 121, Ljubljana polona.kogovsek@nib.si Molekularne metode so zelo razširjene na področju diagnostike patogenih mikroorganizmov saj ruštva - 2 omogočajo določanje tarčnih nukleinskih kislin (NK) v različnih tipih vzorcev, obenem pa lahko z njimi določimo tudi količino, t.j. število kopij, tarčnih NK. Metode, ki temeljijo na pomnoževanju NK so tako uporabljene za hitro določanje NK bakterij, virusov in gliv v vzorcih hrane, rastlinskih, živalskih in humanih vzorcih ter okoljskih vzorcih. PCR v realnem času (qPCR), znan kot zlati standard molekularnih metod, omogoča izredno občutljivo in visoko specifično določanje tarčnih NK. Tako smo za določanje spor fitopatogene glive Phyllosticta citricarpa razvili visokospecifičen qPCR test, ki na osnovi posameznih mutacij omogoča razlikovanje te karantenske glive od njene bližnje sorodnice P. paracitricarpa. Obenem smo uvedli širokospecifičen qPCR test za potrjevanje prisotnosti širše populacije gliv v vzorcih zraka. Vendar pa za analizo vzorcev z metodo qPCR potrebujemo relativno dobro očiščene NK. Izotermalno pomnoževanje z metodo LAMP ni občutljivo na inhibitorne spojine v vzorcih, in lahko za analizo uporabimo grobe neprečiščene vzorce. Ker je aparatura za izvedbo LAMP enostavna in prenosna, lahko analizo izvedemo tudi na terenu. Tako smo preverjali prisotnost fitoplazme zlata trsna rumenica (FD) in rumenice počrnelosti lesa (BN) v homogenatih listov vinske trte v vinogradih in preverjali prisotnost ikrobiološkega d bakterij Escherichia coli, patogenih za perutnino, v brisih kloake piščancev na piščančjih farmah. Metodo LAMP smo uporabili tudi za določanje prisotnost SARS-CoV-2 v vzorcih sline. Za razvoj in validacijo molekularnih metod pa so potrebni referenčni materiali, s katerimi ocenimo delovanje in občutljivost metode. Ker ti materiali niso vedno na voljo, se poslužujemo lastnih materialov, ki jih okarakteriziramo z digitalnim PCR, ki omogoča absolutno kvantifikacijo NK v vzorcu. Metoda je manj občutljiva na inhibitorne spojine v vzorcih in je še posebej zanimiva za kvantifikacijo virusnih vektorjev, npr. AAV, in lahko služi kot ena izmed metod potrebnih za karakterizacijo končnega produkta za gensko terapijo. Ključne besede: nukleinske kisline, testiranje na terenu, referenčni material, inhibicija lovenskega m ongres S9. k 36 Tematski sklop: Mikrobi in analitika Ugotavljanje virusne kontaminacije živil – je sekvenciranje naslednje generacije res rešitev? Urška Jamnikar-Ciglenečki, Urška Kuhar 024 Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva 60, Ljubljana urska.jamnikar@vf.uni-lj.si Virusi so pogosti povzročitelji bolezni, ki se prenašajo z živili. Ker virusi za svoje razmnoževanje potrebujejo žive celice, se v živilih ne razmnožujejo, zato se njihovo število v kontaminiranih živilih s časom ne povečuje. To bi sicer lahko bila tudi prednost, v primerjavi z detekcijo bakterijske kontaminacije živil, a težava je, da je za okužbo ljudi potrebna že zelo nizka infekcijska doza, po ruštva - 2 drugi strani pa okužene osebe oz. živali izločajo ogromne količine virusnih delcev, kar poveča verjetnost za kontaminacijo živil. Virusi v živilih ne povzročijo organoleptičnih sprememb, to pomeni, da živilo na videz nima spremenjenega vonja, okusa in konsistence, zato je virusno kontaminacijo živil praktično nemogoče prepoznati s prostim očesom. Tako je zelo pomembo, da imamo za ugotavljanje prisotnosti virusov vzpostavljeno specifično in dovolj občutljivo diagnostiko, ki nam omogoča analizo virusov tako v živili, kot tudi že prej pri samih živalih. Virusi, ki se najpogosteje prenašajo z živili so enterični virusi in virusi, ki povzročajo hepatitise. Mednje spadajo norovirusi, rotavirusi, virus hepatitisa A, virus hepatitisa E, astrovirusi, sapovirusi, adenovirusi, aichivirusi in drugi. Gre za viruse, ki jih s klasičnimi virološkimi metodami ne moremo dokazati, saj večinoma ne rastejo na celičnih kulturah, zato za njihovo dokazovanje potrebujemo molekularne metode. V zadnjih nekaj letih je močno napredoval razvoj na področju tehnologij sekvenciranja naslednje generacije (NGS), od katerih smo si raziskovalci, ki delujemo na področju živil, veliko obetali. Pomembna prednost NGS je namreč ta, da ni omejeno s predhodno poznanim ikrobiološkega d nukleotidnim zaporedjem nukleinske kisline mikroorganizmov in tako omogoča neposredno odkrivanje neznanih mikroorganizmov ter hkratno odkrivanje več mikroorganizmov v vzorcih. A dosedanje raziskave so pokazale, da ima NGS prenizko občutljivost za uporabo v diagnostiki virusov v živilih, saj je količina virusov v živilih pogosto prenizka. Zato so v razvoju različne izpeljanke NGS, za katere si želimo, da nam bodo v prihodnje na področju diagnostike virusov, ki se prenašajo z živili v veliko pomoč. Ključne besede: živilo, virus, NGS lovenskega m ongres S9. k 37 024 ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 38 Izbrana sekcijska 024 predavanja ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 39 024 Mikrobi in biotehnologija ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 40 Tematski sklop: Mikrobi in biotehnologija Nov pristop za izboljšanje produkcije antibiotika oksitetraciklina s tarčno redukcijo genoma bakterije Streptomyces rimosus Alen Pšeničnik1, Lucija Slemc1, Martina Avbelj1, Miha Tome1,2, Martin Šala3, Paul Herron4, Maksym Shmatkov5,7, Marko 024 Petek2, Špela Baebler2, Peter Mrak6, Daslav Hranueli5, Antonio Starcevic5, Iain S. Hunter4, Hrvoje Petković1 1Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana 2Nacionalni inštitut za biologijo, Večna pot 111, Ljubljana 3Kemijski inštitut, Hajdrihova ulica 19, Ljubljana 4University of Strathclyde, Glasgow, UK. 5University of Zagreb, Zagreb 6Sandoz, Anti nfektivi, Mengeš, Slovenia 7Taras Shevchenko National University of Kyiv, Ukraine alen.psenicnik@bf.uni-lj.si, hrvoje.petkovic@bf.uni-lj.si ruštva - 2 Večina gruč biosinteznih genov (GBG), ki kodirajo biosintezo mikrobnih sekundarnih metabolitov, kot so antibiotiki, se slabo izraža (tihe GBG). Industrijsko pomembni mikroorganizmi ki se uporabljajo v bioprocesih in močno izražajo različne GBG, so skoraj izključno pridobljeni z dolgotrajnimi postopki selekcije in mutageneze. Zato je za aktivacijo tihih GBG in odkrivanje novih učinkovin ter njihovo stabilno proizvodnjo potrebno razviti nove pristope za hitro izboljšavo sevov. V predstavljeni študiji smo na podlagi primerjalne analize genoma tipskega seva Streptomyces rimosus ATCC 10970 in dveh industrijskih producentov oksitetraciklina (OTC) izvedli racionalno modifikacijo genoma tipskega seva in dosegli presenetljivo visoko produkcijo antibiotika oksitetraciklina. S sekvenciranjem genomov dveh industrijskih sevov M4018 in R6-500 razvitih iz skupnega prednika (ATCC 10970), smo identificirali večje rearanžmane na koncih kromosomov, ki so se zgodile približno na istem mestu pri obeh industrijskih sevih. Na podlagi teh informacij smo v tipskem sevu s metodo CRISPR-Cas9 ustvarili redukcije genoma. Na ta način, nam je v enem samem koraku uspelo v tipskem sevu povzročiti izjemno visoko produkcijo OTC, ki je primerljiva ikrobiološkega d s titri industrijskih sevov, za katerimi je več kot 30 let intenzivne selekcije. Transkriptomska analiza ustvarjenih mutant podpira hipotezo, da je glavni razlog za takšno povečanje biosinteze OTC močno povečanje izražanja otc BGC. Poleg tega smo v mutantah opazili tudi spremembe v izražanju drugih tihih BGC, ki smo jih s uporabo 3D-MS metode tudi uspešno zaznali. Ta popolnoma nov pristop redukcije genoma k izboljšanju seva kaže velik potencial kot hitra in vsestranska tehnologija za povečanje titra ciljnega sekundarnega metabolita in aktivacijo tihih genskih skupin, ki predstavljajo izjemen vir še neraziskanih naravnih proizvodov s potencialno medicinsko in industrijsko vrednostjo. Ključne besede: antibiotik, redukcija genoma, tihe genske skupine lovenskega m ongres S9. k 41 Tematski sklop: Mikrobi in biotehnologija Genski inženiring vaginalnih laktobacilov in njihova vgradnja v 024 nanovlakna Spase Stojanov1, Tina Vida Plavec1,2, Špela Zupančič2, Aleš Berlec1,2 1Odsek za biotehnologijo, Institut Jožef Stefan, Jamova cesta 39, 1000 Ljubljana, Slovenija 2Fakulteta za farmacijo, Univerza v Ljubljani, Aškerčeva cesta 7, 1000 Ljubljana, Slovenija spase.stojanov@ijs.si ruštva - 2 Bakterije iz rodu Lactobacilus prevladujejo v zdravi človeški vagini in so odgovorne za vzdrževanje normalne homeostaze. Preprečujejo prekomerno rast oportunističnih patogenov, kot so Gardnerella vaginalis, Candida albicans in Trichomonas vaginalis, tako da proizvajajo mlečno kislino, vodikov peroksid in bakteriocine. Uporaba vaginalnih laktobacilov kot probiotikov lahko obnovi normalno vaginalno mikrobioto in prepreči napredovanje vaginalnih okužb. V naši raziskavi smo naslovili dve pomanjkljivosti vaginalnih probiotikov, in sicer pomanjkanje optimalne farmacevtske oblike in pomanjkanje orodij za njihovo spremljanje po sproščanju. Uporabljali smo tri različne vaginalne laktobacile, in sicer L. crispatus, L. gasseri in L. jensenii, medtem ko je Lactiplantibacil us plantarum služil kot kontrolni sev. Seve smo gensko spremenili tako, da so izražali fluorescentne proteine z različnimi spektralnimi lastnostmi (IRFP, GFP, mCherry in mTagBFP2) ali encim luciferazo (Nluc), ki omogoča bioluminiscenčno detekcijo. Gensko spremenjene seve smo vgradili v nanovlakna pripravljena z elektrostatskim sukanjem iz polimerne raztopine pri visoki napetosti. Pri pripravi nanovlaken smo uporabili polietilen oksid kot nosilni polimer ter različne pomožne snovi za izboljšanje preživetja bakterij. Laktobacili so preživeli elektrostatsko ikrobiološkega d sukanje in večmesečno shranjevanje, kar kaže na to, da so nanovlakna ustrezna kot dostavni sistem za vaginalne laktobacile. Laktobacili so ohranili fluorescenco in luminiscenco po vključitvi v in po sprostitvi iz nanovlaken. To nam je omogočilo določitev kinetike njihovega sproščanja iz nanovlaken, pri čemer se je večina bakterij v celoti sprostila v 30 min. S pomočjo fluorescence in luminiscence smo potrdili in ovrednotili adhezijo laktobacilov na površino epitelijskih celic Caco-2, kar kaže, da se bakterije lahko zadržijo na mestu aplikacije. Poleg tega nanovlakna z laktobacili po inkubaciji s Caco-2 celicami niso zmanjšala živosti epitelijskih celic, kar potrjuje njihovo varnost. Rezultati raziskave predstavljajo korak k razvoju novega dostavnega sistema za vaginalne probiotike in izboljšanju sedanjega zdravljenja vaginalnih okužb. lovenskega m Ključne besede: vaginalni laktobacili, nanovlakna, vaginalne infekcije, dostavni sistem, genski inžiniring ongres S9. k 42 Tematski sklop: Mikrobi in biotehnologija Razvoj nove metode za detekcijo razgradnje plastike na primeru ekstremotolerantnih gliv Anja Černoša1,2, Antonio Martínez Cortizas3, Tjaša Danevčič4, Nina Gunde-Cimerman1, Cene Gostinčar1 024 1Oddelek za biologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana 2InnoRenew CoE, Livade 6a, 6310 Izola, Slovenia 3CRETUS, Departamento de Edafoloxía e Química Agrícola, Faculty of Biology, Universidade de Santiago de Compostela, 15782 Santiago de Compostela, Spain 4Oddelek za mikrobiologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana anja.cernosa@innorenew.eu Plastični polimeri so zaradi svoje vsestranskosti in trpežnosti v vsesplošni uporabi, vendar je ruštva - 2 njihova obstojnost tudi razlog za kopičenje odpadne plastike v naravi. V naravi nakopičena plastika pod vplivom različnih okoljskih dejavnikov razpade na manjše delce, znane tudi kot mikroplastika. Mikroplastika se lahko kopiči v prehranjevalni verigi ter posledično vpliva na zdravje živali in ljudi. Kljub tehnološkemu napredku poznamo le malo učinkovitih načinov ravnanja s plastičnimi odpadki. Biorazgradnja plastike s pomočjo mikroorganizmov tako postaja pomembna raziskovalna tema, ki se je različni raziskovalci lotevajo z zelo različnimi in pogosto slabo definiranimi metodološkimi pristopi. V okviru raziskave smo najprej razvili novo presejalno metodo, ki s pomočjo plinske kromatografije zasleduje proizvodnjo ogljikovega dioksida v prisotnosti različnih tipov plastike (poliamid, polietilen, polietilen tereftalat, polipropilen in poliuretan) kot edinega vira ogljika. Delovanje te metode smo dodatno potrdili z infrardečo spektroskopijo s Fourierjevo transformacijo (FTIR). V raziskavo smo vključili več sto sevov gliv iz okolij onesnaženih z dolgoverižnimi ali aromatskimi ogljikovodiki, iz zelo hladnih in/ali zelo slanih oligotrofnih okolij. Preizkusili smo zlasti poliekstremotolerantne ikrobiološkega d glive, ki jih pogosto odlikuje sposobnost razgradnje velikega števila kompleksnih substratov. Med testiranimi glivami najbolj obetavni potencialni razgrajevalci plastike izvirajo iz okolij, onesnaženih z dolgoverižnimi ali aromatskimi ogljikovodiki. Identificirali smo več sevov različnih vrst, ki so v prisotnosti različnih testiranih plastičnih polimerov proizvedli značilno večje količine ogljikovega dioksida v primerjavi s kontrolnimi gojišči. Z metodo FTIR smo te rezultate potrdili ter pokazali, da je prišlo do značilnih sprememb v različnih kovalentnih vezeh plastičnih polimerov. V opisani študiji smo tako identificirali več gliv, katerih uporabnost v biorazgradnji plastičnih polimerov bo predmet nadaljnjih raziskav, hkrati smo uspešno ovrednotili metodo presejanja in s tem prispevali k standardizaciji postopkov pri iskanju najboljših mikrobnih razgrajevalcev. Ključne besede: biorazgradnja, plastika, glive lovenskega m ongres S9. k 43 024 Mikrobi in biofilm ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 44 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Sorodstveno razlikovanje v biofilmih pri bakteriji Bacillus subtilis Mojca Krajnc, Katarina Šimunović, Ines Mandić-Mulec, David Stopar, Polonca Štefanič Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Večna pot 111, Ljubljana 024 mojca.krajnc@bf.uni-lj.si Študije kažejo, da po Gramu pozitivna modelna bakterija, Bacillus subtilis, lahko razlikuje med sevi z visoko in nizko genetsko podobnostjo. Vendar pa ni jasno ali sorodstveno razlikovanje sevov vpliva na nastanek in razvoj biofilmov. V tem delu smo v kokulturah gojili biofilme genetsko bolj in manj podobnih sevov B. subtilis in določili spremembe mehanskih lastnosti nastalih biofilmov. Pokazali smo, da v kombinacijah manj sorodnih sevov dominantni sev lahko pri začetnem razmerju ruštva - 2 1:1 popolnoma zavre rast in razvoj manj sorodnega seva. Dozoreli biofilm je po svojih mehanskih lastnostih enak dominantnemu sevu v monokulturi. Z gojenjem v mikropretočni napravi smo na nivoju posameznih celic pokazali, da se najprej oblikujejo prostorsko razpršeni agregati manj sorodnih sevov do zapolnitve prostora mikrokomore, nato dominantni sev postopno zmanjša gostoto celične populacije manj sorodnega seva in ga izloči. S spreminjanjem začetnega deleža dominantnega seva smo pokazali, da izid interakcije ni enostavno napovedljiv. V kompeticiji za prostor lahko prevlada en ali drugi sev. Za razliko od nesorodnih sevov je izid interakcije pri bolj sorodnih sevih lažje napovedljiv, saj prihaja do mešanja celic in njihove dolgotrajne koeksistence v biofilmu. Ključne besede: Bacillus subtilis, biofilm, sorodstveno razlikovanje ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 45 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Prekinitev bakteriofagnega integracijskega gena povzroči nepričakovane 024 spremembe pri Bacillus subtilis Maja Popović, Anna Dragoš Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana maja.popovic@bf.uni-lj.si Določeni temperatni bakteriofagi uporabljajo funkcionalne genske lokuse za integracijo v ruštva - 2 bakterijske kromosome, kar lahko vodi v inaktivacijo genov in potencialno spremembo fenotipa bakterije. Bakteriofag SPβ, katerega gostitelj je bakterija Bacillus subtilis, se integrira v gen spsM. Gre za gen, ki sodeluje pri tvorbi spor in je povezan tudi s tvorbo biofilma. Integracija SPβ v gen povezan s tvorbo biofilma ima lahko zanimive posledice za prenos bakteriofagov med gostitelji in za interakcije med fagom in gostiteljem, saj biofilmi bakteriofagom lahko predstavljajo oviro pri okužbi gostitelja. Za boljše razumevanje vpliva prekinitve gena spsM na biofilm in njegovo morfologijo smo med seboj primerjali biofilme sevov divjega tipa in sevov z prekinjenim genom spsM. V skladu z prejšnjimi raziskavami je prekinitev gena spsM pri kliničnem izolatu B. subtilis privedla do znatnih sprememb v morfologiji biofilma. Medtem ko pri B. subtilis izolatu iz tal je prekinitev gena spsM vodila v manj izrazite spremembe morfologije biofilma. Komplementacija prekinjenega gena spsM je povrnila morfologijo divjega tipa samo pri kliničnem izolatu. Pri B. subtilis izolatu iz tal smo opazili, da prekinitev spsM gena povzročila tudi spontano diverzifikacijo makrokolonij. ikrobiološkega d Sekvenciranje celotnega genoma in nadaljnje gensko inženirstvo sta razkrila, da opažena raznolikost izhaja iz premika bralnega okvirja, ki vodi v inaktivacijo gena nujnega za bakterijsko rojenje. Tako spontana mutacija gena kot namenska prekinitev gena sta pri B. subtilis izolatu iz tal vodili v popolno izgubo sposobnosti rojenja in zmanjšano spodobnost plavanja. V laboratorijskih pogojih smo dokazali, da mutacija v genu poveča fitnes v primerjavi z divjim tipom istega seva in tako v laboratorijskem okolju predstavlja prednost. Prikazali smo, da ima prekinitev bakteriofagnega integracijskega gena različne posledice za razvoj in evolucijo gostitelja v odvisnosti od genetskega ozadja gostitelja. Poleg nabora novih genov, profagi vplivajo tudi na fiziologijo in evolucijo gostitelja preko prekinitve funkcionalnih lokusov. Ključne besede: Bacillus subtilis, biofilm, gen spsM, spontana diverzifikacija lovenskega m ongres S9. k 46 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Optodinamsko odstranjevanje biofilmov v modelnih paradontalnih in periimplantnih žepih Marko Volk1, Katja Molan1, Dominik Šavli2, Matija Jezeršek2, Saša Terlep3, Špela Levičnik-Höfferle3, Matjaž Lukač3,5,6, 024 Mojca Trost4, Boris Gašpirc4, David Stopar1 1Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Večna pot 111, Ljubljana 2Fakulteta za strojništvo, Aškerčeva cesta 6, 1000 Ljubljana 3Fotona d.o.o., Stegne 7, 1000 Ljubljana 4Medicinska fakulteta, Vrazov trg 2, Ljubljana 5Inštitut Jožef Stefan, Jamova 39, Ljubljana 6Fakulteta za matematiko in fiziko, Jadranska 19, Ljubljana katja.molan@bf.uni-lj.si ruštva - 2 Biofilmi na zobeh in zobnih vsadkih predstavljajo resen zdravstveni problem, ki se iz leta v leto povečuje. Ker je odstranjevanje biofilmov iz apikalne regije parodontalnega ali peri mplantatnega žepa z mehanskimi instrumenti težavno, smo v tem delu preizkusili novo metodo odstranjevanja biofilmov s fotoakustično inducirano kavitacijo. Izdelali smo kompozitni modelni sistem mehkega obzobnega žepka s titanom in PDMS. Na modelnem sistemu zdravega in vnetega tkiva smo z lasersko modaliteto Er:YAG USP odstranjevali biofilme Pseudomonas aeruginosa, Rothia dentocariosa in Enterococcus faecalis. Uporabili smo različne energije laserja, položaje vlakenskih konic in trajanje laserskega tretiranja. Postopek čiščenja smo spremljali tudi v realnem času z uporabo hitre kamere po posameznih laserskih bliskih v modelu s transparentno trdno površino. Pridobljeni rezultati kažejo, da je učinkovitost čiščenja biofilma v apikalni regiji parodontalnega in peri mplantatnega modelnega žepa neposredno povezana z nastankom sekundarnih kavitacijskih mehurčkov. Pri zdravem tkivu je sekundarna kavitacija enako učinkovita kot direktna laserska ablacija biofilma. Pri vnetem tkivu pa pride do akustične impedance, kar zmanjša učinkovitost fotoakustičnega pretakanja tekočin in indukcije sekundarne kavitacije, vendar lahko z večanjem laserske moči ikrobiološkega d učinek čiščenja signifikantno izboljšamo. Prednost fotoakustične kavitacije v primerjavi z drugimi metodami odstranjevanja biofilmov je v tem, da lasersko sprožena sekundarna kavitacija omogoča odstranjevanje biofilma na oddaljenih lokacijah, ki niso v direktnem kontaktu s konico laserskega vlakna. Ključne besede: odstranjevanje biofilmov, fotoakustično pretakanje tekočin, modelni obzobni žepi lovenskega m ongres S9. k 47 024 Mikrobi in zdravje ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 48 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Nacionalno spremljanje nekaterih povzročiteljev zoonoz s sekvenciranjem celotnih genomov Marija Trkov1, Tom Koritnik1, Verica Mioč1, Bojan Papić2, Mateja Pirš3, Eva Kotnik4, Živa Petrovič4, Aleksander 024 Todorović4, Mateja Ravnik4, Samo Jeverica4, Anamarija Juriševič Dodič4, Ingrid Berce4, Eva Grilc5, Tjaša Cerar Kišek1, Andrej Steyer1 1Oddelek za javnozdravstveno mikrobiologijo, Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Grablovičeva 44, 1000 Ljubljana 2Inštitut za mikrobiologijo in parazitologijo, Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva 60, 1000 Ljubljana 3Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo, Medicinska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Zaloška 4, 1000 Ljubljana 4Center za medicinsko mikrobiologijo, NLZOH, Celje, Maribor, Murska Sobota, Kranj, Koper, Novo mesto, Nova Gorica 5Nacionalni inštitut za javno zdravje, Trubarjeva 2, 1000 Ljubljana marija.trkov@nlzoh.si ruštva - 2 Okužbe s kampilobaktri, salmonelami, Escherichia coli in listerijami so med najpogostejšimi bakterijskimi okužbami, ki se prenašajo s hrano. V zadnjih letih na Oddelku za javnozdravstveno mikrobiologijo (OJM NLZOH) za njihovo tipizacijo uporabljamo sekvenciranje celotnih genomov (WGS). Okužbe z bakterijo Campylobacter jejuni so v številnih državah EU na prvem mestu že od leta 2005. Zapleti zaradi okužb z verocitotoksigenimi E. coli (STEC) so nevarni predvsem za otroke, medtem ko zaradi invazivnih okužb z listerijami zbolevajo predvsem starejši in imunsko oslabeli. Salmonele, zlasti serotipa Enteritidis in Typhimurium, so najpogostejše povzročiteljice izbruhov zaradi uživanja kontaminirane hrane. V tem prispevku kot primer opisujemo mikrobiološko obravnavo izbruha s S. Enteritidis, do katerega je prišlo jeseni leta 2022 na območju skoraj celotne države. Epidemiološka preiskava je postavila sum na okužbo, ki se prenaša s hrano. Z WGS smo tipizirali 87 humanih izolatov S. Enteritidis in 7 izolatov S. Enteritidis iz živil, ki so jih osamili in identificirali laboratoriji Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano, Inštituta za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske ikrobiološkega d fakultete v Ljubljani in Nacionalnega veterinarskega inštituta Veterinarske fakultete. Izvedli smo tipizacijo na osnovi zaporedij več lokusov (MLST) in na osnovi lokusov osrednjega genoma (cgMLST). Analiza genomskih zaporedij je pokazala, da je bilo 84 humanih izolatov ozko genetsko sorodnih s štirimi izolati iz vzorcev biftka in so se razvrstili v isto gručo 1. En humani izolat je bil ozko genetsko soroden z dvema izolatoma iz vzorca mesa race (gruča 2). Dva humana izolata in en izolat iz vzorca mesa race niso bili ozko sorodni niti z gručo 1 niti z gručo 2. Opisani primer potrjuje, da WGS-tipizacija bakterijskih izolatov v kombinaciji z izčrpnimi epidemiološkimi podatki omogoča učinkovito ugotavljanje virov okužb pri ljudeh in je tako ključni del molekularno-epidemiološkega spremljanja in preiskav izbruhov. Poleg tega ima WGS potencial, da nadomesti nekatere klasične tipizacijske metode, kot sta serotipizacija in MLST. lovenskega m Ključne besede: zoonoze, spremljanje, sekvenciranje celotnih genomov, Salmonella Enteritidis ongres S9. k 49 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Sesalski ortoreovirusi iz netopirjev predstavljajo nove možne porajajoče 024 se patogene Tina Mikuletič1, Danijela Černe3, Peter Hostnik3, Tanja Švara4, Mitja Gombač4, Marko Kolenc1, Andrej Steyer1,2 1Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo, Medicinska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Zaloška 4, Ljubljana 2Oddelek za javnozdravstveno mikrobiologijo, Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Grablovičeva 44, Ljubljana 3Inštitut za mikrobiologijo in parazitologijo, Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva ulica 60, Ljubljana 4Inštitut za patologijo, divjad, ribe in čebele, Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva ulica 60, Ljubljana tina.mikuletic@mf.uni-lj.si ruštva - 2 Pred kratkim so bili sesalski ortoreovirusi (MRV) prvič odkriti pri evropskih netopirjih. Istočasno smo v Sloveniji pri otroku s hudo drisko osamili sev SI-MRV01 serotipa 3 in ugotovili, da je na novo odkritim netopirskim MRV genetsko soroden. Naš cilj je bil ugotoviti razširjenost MRV pri netopirjih, psih in hospitaliziranih otrocih z drisko v Sloveniji ter ugotoviti pojavnost in genetsko variabilnost teh virusov. Uporabili smo širokospektralni PCR in PCR v realnem času za dokazovanje različice SI-MRV01. Viruse smo pomnožili v celični kulturi LLC-MK2 in celotne genome analizirali s tehnologijo NGS. Poleg tega smo pri psih in otrocih raziskali seroprevalenco MRV z virus-nevtralizacijskim testom. Poseben poudarek naših raziskav je bil namenjen pojavnosti različic SI-MRV01 v ciljnih populacijah. Želeli smo pojasniti tudi patogenetski potencial seva SI-MRV01 in z virusi peroralno inokulirali neonatalne miši BALB/c. Ugotovili smo, da je nova različica netopirskih MRV z 99-odstotno nukleotidno podobnostjo celotnega genoma z izolatom SI-MRV01 prisotna pri slovenskih netopirjih. Poleg tega smo v ikrobiološkega d celični kulturi iz arhivskih vzorcev netopirskega gvana uspešno osamili pet neodvisnih sevov. Poleg različice SI-MRV01 smo dokazali še štiri genetsko bolj oddaljene različice netopirskih MRV. Nevtralizacijska protitelesa proti SI-MRV01 smo dokazali pri 7,5 % otroških serumov in 81,3 % pasjih serumov. Rezultati raziskave patogenosti v poskusnih živalih so potrdili, da se SI-MRV01 širi iz prebavil v druge organe. Elektronska mikroskopija ultratankih rezin je pokazala razpršene virusne delce v možganih, srcu in pljučih. Najbolj prizadeti organ osem dni po okužbi so bili možgani, kar nakazuje na virusni nevrotropizem. MRV so v Sloveniji pri netopirjih pogosto prisotni, kar nakazuje, da so netopirji lahko možen rezervoar krožečih MRV. Serološka analiza pasjih serumov nakazuje možen način okužbe ljudi preko hišnih ljubljenčkov. Ključne besede: sesalski ortoreovirusi (MRV), analiza NGS, seroprevalenca, patogeneza lovenskega m ongres S9. k 50 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Prenosi bakterije Clostridioides difficile med različnimi rezervoarji v Sloveniji: izsledki genomskih primerjav Sandra Janežič1,2, Urška Dobovišek1, Maja Rupnik1,2 024 1Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Prvomajska ulica 1, 2000 Maribor 2Medicinska fakulteta, Univerza v Mariboru, Taborska ulica 8, 2000 Maribor sandra.janezic@nlzoh.si Bakterija Clostridioides difficile je črevesna patogena bakterija, ki povzroča okužbe pri ljudeh in tudi številnih živalih. Okužbe s C. difficile pri ljudeh se je dolgo povezovalo predvsem z bolnišničnim okoljem, ki še vedno velja za pomemben rezervoar bakterije, vendar pa številne novejše študije ruštva - 2 pričajo o vse večjem pomenu zunajbolnišničnega okolja. Tudi incidenca okužb s C. difficile pridobljenih v domačem okolju narašča. Naravni rezervoar bakterije je črevesje ljudi in živali, spore bakterije C. difficile pa so ubikvitarne, najdemo jih tudi v različnih okoljih (prst, kompost, površinske vode, sedimenti, javne površine, gospodinjstva. .) in hrani (meso in mesni izdelki in zelenjava). Na Oddelku za mikrobiološke raziskave, NLZOH, imamo obsežno zbirko izolatov C. difficile iz vseh treh glavnih rezervoarjev (ljudi, živali in okolja) in hrane v Sloveniji. Vse izolate tudi tipiziramo s PCR ribotipizacijo. V zadnji primerjavi smo 6220 izolatov, osamljenih med leti 2008 in 2022, uvrstili v 230 različnih PCR ribotipov (RT), od teh pa je bilo 91 RT (40 %) prisotnih v vsaj dveh rezervoarjih, 34 (15 %) pa je bilo skupnih vsem trem rezervoarjem. Isti RT še ne pomeni nujno, da gre za sorodne izolate, izolati istega RT so skupina tako genetsko sorodnih kot tudi nesorodnih izolatov. Da bi boljše razumeli pomen različni rezervoarjev in virov C. difficile za okužbe ljudi, izbrane izolate, prevalentnih RT, ki jih najdemo v različnih rezervoarjih, primerjamo tudi s sekvenciranjem in analizo genomskih zaporedij. Z genomskimi primerjavami smo pokazali, da so nekateri izolati RT023 (n=107), RT255/258 (n=86), RT033 (n=19) in RT150 (n=89), izolirani iz ljudi, ikrobiološkega d živali, okolja in tudi hrane klonalni. Klonalni izolati niso nujno časovno niti prostorsko povezani, kar kaže na obstoj nekega stalnega in razpršenega rezervoarja in virov C. difficile. Dobro poznavanje rezervoarjev in prenosov je nujno za obvladovanje in preprečevanje prenosov C. difficile ter za zmanjševanje števila okužb. Ključne besede: Clostridioides difficile, Eno zdravje, genomske primerjave lovenskega m ongres S9. k 51 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Odkrivanje označevalcev za določanje živalskih virov fekalnega 024 onesnaženja vode z analizo gena za 16S rRNA Tanja Žlender1,2, Lucija Brezočnik3, Vili Podgorelec3, Maja Rupnik1,2 1Oddelek za mikrobiološke raziskave, Center za medicinsko mikrobiologijo, Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Prvomajska ulica 1, Maribor 2Medicinska fakulteta, Univerza v Mariboru, Taborska ulica 8, Maribor 3Fakulteta za elektrotehniko, računalništvo in informatiko, Univerza v Mariboru, Koroška cesta 46, Maribor tanja.zlender@nlzoh.si ruštva - 2 Fekalno onesnaženje voda prestavlja tveganje za zdravje ljudi ter okoljevarstveni problem. Za uspešno sanacijo in boljšo oceno tveganja za zdravje je potrebno ugotoviti vir fekalnega onesnaženja. Eden od pristopov za ugotavljanje vira fekalnega onesnaženja detekcija označevalcev, ki so izključno ali močno povezani z njegovim gostiteljem (npr. s človekom, prašičem, govedom ali divjimi živalmi). Tovrstne označevalce lahko najdemo tudi v bakterijskem genu za 16S rRNA. Kljub temu, da se to področje razvija že 20 let, se v glavnem osredotoča na fekalno onesnaženje, ki izhaja iz ljudi. Označevalcev, ki bi dokazovali živalske vire onesnaženja je bistveno manj, sploh kadar govorimo o divjih živalih. Poleg tega so označevalci pogosto geografsko specifični, kar otežuje njihovo uporabo na drugih geografskih območjih. V okviru naše raziskave smo pripravili zbirko 716 vzorcev ne-humanih fecesov, ki vključuje 29 vrst sesalcev in 23 vrst ptic ter 52 vzorcev goveje in prašičje gnojevke. S sekvenciranjem V3-V4 variabilne regije gena za 16S rRNA smo pridobili zaporedja pomnožkov, dolgih približno 450 bp. ikrobiološkega d S primerjalno analizo smo poiskali zaporedja z visoko specifičnostjo za gostitelja, ki bi jih lahko uporabili kot mesta za naleganje začetnih oligonukleotidov v reakciji PCR. Za izračun specifičnosti smo v analizo vključili tudi zaporedja iz baze humanih črevesnih mikrobiot, s katero razpolaga Oddelek za mikrobiološke raziskave (NLZOH). Z odkritjem novih označevalcev bi lahko v večji meri določali vire onesnaženja, kot lahko to storimo z obstoječimi testi. Z analizo na lokalni zbirki fecesov bodo markerji, ki so sicer pogosto geografsko specifični primerni za uporabo na območju Slovenije. Ključne besede: fekalno onesnaženje, 16S rRNA, markerji lovenskega m ongres S9. k 52 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Priprava večfunkcionalnih bakterij Lactococcus lactis s terapevtskim potencialom Tina Vida Plavec1,2, Abida Zahirović1, Petr Malý3, Aleš Berlec1,2 024 1Odsek za biotehnologijo, Institut Jožef Stefan, Jamova 39, Ljubljana, Slovenija 2Univerza v Ljubljani, Fakulteta za farmacijo, Aškerčeva 7, Ljubljana, Slovenija 3Laboratory of Ligand Engineering, Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences, v. v. i., BIOCEV Research Center, Průmyslová 595, 252 50 Vestec, Czech Republic ales.berlec@ijs.si Varno mlečnokislinsko bakterijo Lactococcus lactis z uporabo genskega inženiringa razvijajo kot vektor za dostavo terapevtskih proteinov pri vnetni črevesni bolezni, okužbah, alergijah, ruštva - 2 sladkorni bolezni in raku, pri čemer so nekateri primeri že v kliničnih študijah. V raziskavi smo razvili plazmide za hkratno izražanje več proteinov in jih uporabili za izražanje vezalcev citokinov, citokinskih receptorjev in tumorskih antigenov z namenom ciljane dostave protivnetnih vezalcev in morebiten sinergijski učinek. Večfunkcionalne bakterije L. lactis smo pripravili z uporabo plazmida za dvojno izražanje pNZDual in z uvedbo kloniranja BglBrick za enostavno sestavljanje do treh genskih kaset. Gene za vezalce citokinov IL-6, IL-8, IL-17A in IL-23, citokinskih receptorjev IL-17R in IL-23R ter tumorskih antigenov EpCAM in HER2 smo združili v dvojne ali trojne genske konstrukte. Infrardeči fluorescenčni protein ali fluorescenčni protein mCherry smo sočasno izrazili za lažje spremljanje bakterij. Izražanje vseh proteinov smo potrdili s specifičnimi protitelesi, vezavo ustreznih tarč pa smo ovrednotili z metodo ELISA in pretočno citometrijo. Sposobnost rekombinantnih bakterij L. lactis za odstranjevanje citokinov ali vezavo na celice preko tumorskih antigenov smo potrdili na celicah človeškega adenokarcinoma debelega črevesa Caco-2 in HT-29, monocitom podobnih celicah THP-1 in U-937, ikrobiološkega d celicah HEK293, transfeciranih za prekomerno izražanje receptorjev EpCAM ali HER2, in celicah HEK-Blue IL-17. Rekombinantne bakterije L. lactis so vezale IL-8 in IL-6 iz človeških celic, pri čemer so iz supernatanta celic Caco-2 in HT-29 odstranile > 65 % IL-8, medtem ko je bilo odstranjevanje IL-6 še učinkovitejše (do 94 % IL-6). Poleg statičnih pogojev smo sposobnost ciljanja rekombinantnih bakterij L. lactis pokazali tudi pri pogojih stalnega pretoka v mikrofluidnem sistemu. S hkratnim izražanjem različnih terapevtsko relevantnih proteinov smo pridobili večfunkcionalne bakterije L. lactis s terapevtskim potencialom. Aktivnost rekombinantnih bakterij smo potrdili na različnih celičnih modelih, s čimer smo predstavili novo strategijo za zdravljenje vnetnih črevesnih bolezni in raka debelega črevesa. Ključne besede: Lactococcus lactis, genski inženiring, vezalci citokinov, kronična vnetna črevesna lovenskega m bolezen, rak debelega črevesa ongres S9. k 53 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Razvoj nanovlaken z vgrajenimi sevi rodu Bacillus za zdravljenje 024 parodontalne bolezni Špela Zupančič1, Nina Katarina Grilc1, Anže Zidar1, Petra Kocbek1, Tomaž Rijavec2, Teja Colja2, Aleš Lapanje2, Matjaž Jeras1, Martina Gobec1, Julijana Kristl1 1Fakulteta za farmacijo, Univerza v Ljubljani, Aškerčeva 7, Ljubljana 2Odsek za znanosti o okolju, Inštitut Jožef Stefan, Jamova cesta 39, Ljubljana spela.zupancic@ffa.uni-lj.si ruštva - 2 Parodontalna bolezen je kronična vnetna bolezen obzobnega tkiva, ki nastane zaradi disbioze biofilma in posledičnega disreguliranega imunskega odziva gostitelja. Mehansko odstranjevanje biofilma in antibiotično zdravljenje predstavljata konvencionalna terapevtska pristopa, ki pogosto vodita le do začasnega izboljšanega stanja. Ker so za učinkovitejše zdravljenje potrebni novi pristopi, smo razvili membrano na osnovi nanovlaken z vgrajenima potencialno probiotičnima sevoma. Preučevali smo dva avtohtona bakterijska seva rodu Bacil us (27.3.Z in 25.2.M), ki smo ju izolirali iz ustne votline zdravih prostovoljcev. S sekvenciranjem celotnih genomov smo identificirali gene za metabolite s protibakterijskim in imunomodulatornim delovanjem ter genotipsko potrdili varnost uporabe obeh sevov s preverjanjem odsotnosti genov za virulenčne dejavnike in prenosljivost odpornosti na antibiotike. Protibakterijsko učinkovitost in imunomodulatorno delovanje smo potrdili tudi in vitro. Metaboliti obeh sevov so zavirali rast parodontopatogenih bakterij Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivalis in Fusobacterium ikrobiološkega d nucleatum. Imunomodulatorno delovanje pa smo dokazali z zmanjšanjem proliferacije poliklonsko aktiviranih limfocitov T in sproščanja vnetnih citokinov v kulturi mononuklearnih celic periferne krvi in vitro. Spore obeh preučevanih sevov smo v kombinaciji uspešno vgradili v nanovlakna na osnovi polietilen oksida in alginata ter ugotovili, da v dostavnem sistemu ohranjajo živost vsaj šest mesecev. Membrane iz polimernih nanovlaken so izkazovale sposobnost nabrekanja, ki preprečuje takojšnje sproščanje spor in s tem zmanjša verjetnost spiranja bakterij z mesta dajanja. Razvita nanovlakna s sevoma 27.3.Z in 25.2.M izkazujejo veliko verjetnost za vzpostavitev uravnotežene mikrobiote in zaviranje destruktivnega prekomernega vnetnega odziva. Razvit nanodostavni sistem tako predstavlja potencial za učinkovitejše zdravljenje parodontalne bolezni. Ključne besede: probiotiki, parodontitis, nanovlakna lovenskega m ongres S9. k 54 Mikrobi in 024 protimikrobne učinkovine ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 55 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Prisotnost večkratno odpornih bakterij v bolnišnični odpadni vodi 024 Leon Marič1, Lea Knez2, Goran Novak2, Maja Rupnik1,3, Sandra Janežič1,3, Andrej Golle1 1Center za medicinsko mikrobiologijo, Nacionalni laboratorij za zdravje okolje in hrano (NLZOH), Prvomajska ulica 1, 2000 Maribor 2Enota za obvladovanje bolnišničnih okužb (EOBO), Univerzitetni klinični center Maribor, Ljubljanska ulica 5, 2000 Maribor 3Medicinska fakulteta, Univerza v Mariboru, Taborska ulica 8, 2000 Maribor leon.maric@nlzoh.si Bolnišnične odpadne vode so lahko pomemben dejavnik pri prenosu odpornih sevov v okolje in ruštva - 2 lahko predstavljajo pomemben vir za sledenje proti antibiotikom odpornih bakterij. V naši študiji smo na primeru velike učne bolnišnice raziskali katere proti antibiotikom odporne bakterijske vrste so najpogostejše v bolnišnični odpadni vodi ter jih primerjali z izolati, ki smo jih s standardnimi postopki osamili pri bolnikih v isti bolnišnici. V nadaljevanju raziskave smo se omejili na primerjavo dveh pogostejših bakterijskih vrst v bolnišničnih vodah pri bolnikih in sicer Klebsiel a pneumoniae in Escherichia coli. K temu smo pristopili z metodo sekvenciranja celotnih genomov, kar nam je omogočilo, da smo uvrstili izolate v sekvenčne tipe (ST), naredili natančno primerjavo genotipov in podrobno raziskali genske zapise, ki bakteriji omogočajo odpornost proti različnim skupinam antibiotikov. V analizo primerjave genotipov bakterije K. pneumoniae smo vključili 55 izolatov (20 izolatov iz bolnišnične odpadne vode in 35 izolatov iz bolnikov) in jih uvrstili v 10 sekvenčnih tipov, med katerimi je prevladoval ST147. Vsi izolati ST147 so se uvrščali v skupno klonalno gručo, tako izolati bolnišnične odpadne vode kot tudi izolati iz bolnikov, kar potrjuje, da lahko bolnišnična odpadna voda predstavlja pomembno pot prenosa odpornih sevov K. pneumoniae v okolje. Pri izolatih K. pneuomniae smo najpogosteje potrdili prisotnost betalaktamaz bla , bla , CTX-M-15 OXA-48 ikrobiološkega d bla , bla in bla . V analizo smo vključili tudi 75 izolatov bakterije E. coli, od tega 14 NDM-5 SHV-11 TEM-1 izolatov iz odpadne bolnišnične vode in 61 izolatov iz bolnikov. Izolati bolnikov in izolati odpadne bolnišnične vode se v tem primeru niso uvrščali v večjo skupno klonalno gručo. Najpogosteje smo potrdili prisotnost E. coli ST131. Med betalaktamazami je prevladovala betalaktamaza bla , CTX-M-15 pogosto v kombinaciji z genom bla in bla in tudi betalaktamaza bla . Bolnišnične OXA-1 TEM-1 CTX-M-27 odpadne vode so lahko eden od načinov za spremljanje trendov pojavljanja odpornih bakterij, vendar ne pokažejo celotne slike genotipov, ki jih najdemo v bolnišnici. Ključne besede: odpornost proti antibiotikom, odpadne bolnišnične vode, sekvenciranje celotnega genoma lovenskega m ongres S9. k 56 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Večkratno odporne po Gramu negativne bakterije v slovenskih sladkovodnih ribogojnicah Lana Senič1, Sandra Janežič1, Marija Seničar3, Rosvita Sitar3, Valerija Tkalec1,2 024 1Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Prvomajska 1, Maribor 2Medicinska fakulteta v Mariboru, Univerza v Mariboru, Taborska ul.8, Maribor 3Veterinarska fakulteta v Ljubljani, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva 60, Ljubljana valerija.tkalec@nlzoh.si Ribogojstvo je ena najhitreje rastočih industrij na svetu. Z rastjo ribogojstva se povečuje tudi uporaba antibiotikov za zdravljenje rib.. Posledično tovrstna vodna okolja lahko predstavljajo ruštva - 2 pomemben rezervoar mikrobne odpornosti. V Sloveniji imamo okrog 100 sladkovodnih ribogojnic; od tega 80 hladnovodnih ribogojnic za vzrejo postrvi, 20 ribnikov za toplovodne vrste in 3 ribogojnice zaprtega tipa za vzrejo afriškega soma. Poleg tega imamo več ribnikov namenjenih rekreacijskemu ribolovu. Namen naše raziskave je bilo testiranje vode ter sedimentov iz različnih slovenskih sladkovodnih ribogojnic in ribnikov namenjenih športnemu ribolovu na klinično pomembne po Gramu negativne bakterije, ki izločajo beta-laktamaze z razširjenim spektrom delovanja (ESBL) in proti karbapenemom odporne po Gramu negativne bakterije, ki izločajo karbapenemaze (CR-CP). Teh podatkov za slovenske ribogojnice zaenkrat še nimamo. Po različnih slovenskih regijah smo od maja do oktobra 2023 vzorčili sedimente ter vodo na vtoku in iztoku v dveh hladnovodnih ribogojnicah, treh toplovodnih ribogojnicah ter dveh ribnikih na katerih poteka športni ribolov. Vzorce smo gojili na selektivnih gojiščih, ki se v klinične namene uporabljajo za določanje bakterij ESBL in CR-CP. Skupno smo osamili čez 400 bakterijskih izolatov. ikrobiološkega d Več kot polovica identificiranih bakterij se je uvrščala v rod Pseudomonas, sledili so predstavniki iz rodov Serratia, Stenotrophomonas, Aeromonas in Escherichia. S presejalnimi testi, ki so osnovani na disk difuzijskem antibiogramu smo iz vzorcev toplovodnih ribogojnic in ribnikov osamili 9 izolatov Serratia fonticola z ESBL in en izolat Escherichia coli z ESBL. Fenotipsko določene mehanizme odpornosti smo potrdili še na osnovi analize genomskih zaporedij ter jih primerjali s kliničnimi izolati iz naše obsežne zbirke večkratno odpornih bakterij iz istega obdobja. Naša raziskava nakazuje, da v vodnih okoljih povezanih z ribogojstvom in ribolovom lahko odkrijemo po Gramu negativne bakterije z ESBL, vendar je prisotnost teh bakterij odvisna od vrste ribogojnice. Ključne besede: ribogojnice, ribolov, večkratno odporne bakterije, ESBL, karbapenemaze lovenskega m ongres S9. k 57 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Probiotik proti patogenu: boj za obstanek v dobrem in slabem 024 Eli Podnar1, Eva Kovačec1, Tjaša Danevčič1, Bram Lories2, Hans Steenackers2, Ines Mandić-Mulec1 1Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Večna pot 111, Ljubljana 2Faculty of Bioscience Engineering, Catholic University of Leuven, Kasteelpark Arenberg 20, Leuven, Belgium eli.podnar@bf.uni-lj.si Bakterija Salmonel a enterica serovar Typhimurium je eden najpogostejših patogenov pri ljudeh ruštva - 2 in živalih, ki se prenaša s hrano. Bakterije iz rodu Salmonella so vseprisotne in lahko prebivajo v okoljih zunaj gostitelja, ki so revna s hranili. Razvoj odpornosti proti antibiotikom je pogost med sevi bakterije Salmonella, zato so potrebni alternativni pristopi za omejevanje okužb. Probiotične bakterije, kot je bakterija Bacillus subtilis, so obetavna nova strategija za boj proti patogenom, ki se prenašajo s hrano. Interakcije med bakterijama B. subtilis in Salmonella so do sedaj večinoma preučevali in vivo na živalih in niso obravnavali mehanizmov, ki usmerjajo kompeticijo med bakterijama. V tej raziskavi smo preučevali interakcije med bakterijama B. subtilis PS-216 in S. Typhimurium SL1344 v okoljih z različno vsebnostjo hranil. Rezultati kažejo, da v pogojih obilja bakterija B. subtilis PS-216 zavira rast bakterije S. Typhimurium SL1344, zmanjša njeno adhezijo in debelino biofilma. Mutanta B. subtilis Δpks, ki ne sintetizira poliketidnega antibiotika bacilena, ne zavira rasti patogena. V kokulturi je bakterija S. Typhimurium sprožila aktivacijo promotorja P pksC odgovornega za sintezo bacilena pri bakteriji B . subtilis. To kaže, da bakterija B. subtilis zaznava in se odziva na prisotnost patogena. Ugotovili smo tudi, da ob pomanjkanju hranil bakterija B. subtilis izgubi antagonistični učinek proti bakteriji S. Typhimurium in tvori manj spor v kokulturi kot v monokulturi. Inhibicija sporulacije je povezana s pomanjkanjem železa in s stresnim odzivom ikrobiološkega d bakterije B. subtilis, ki ga uravnava sigma B (SigB). Inhibicija sporulacije je tudi pogojena z direktnim celičnim stikom obeh vrst in s sistemom za izločanje tipa VI (T6SS) bakterije S. Typhimurium. Delo razkriva nove molekularne determinante kompeticije med probiotikom in patogenom ter izpostavi vpliva okoljskih pogojev in tesnih medceličnih interakcij na izid kompeticije. Razkriva tudi pomen vrednotenja probiotičnih sevov proti patogenom pod pogoji, ki ustrezajo predvideni uporabi, kar je pomembno za izboljšanje kontrole patogenov s probiotiki. Ključne besede: probiotik, patogen, mikrobne interakcije lovenskega m ongres S9. k 58 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Biološka aktivnost izbranih izolatov aktinomicet iz kraških jam ter njihova taksonomska uvrstitev Martina Avbelj1, Maja Paš1, Nuša Papler1, Jernej Jakše1, Anja Klančnik1, Doroteja Vlaj1, Janez Mulec2, Hrvoje Petković1 024 1Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana, Slovenija 2Inštitut za raziskovanje krasa, Znanstvenoraziskovalni center Slovenske akademije znanosti in umetnosti, Titov trg 2, 6230 Postojna, Slovenija martina.avbelj@bf.uni-lj.si Problematika vse večje pojavnosti bakterij odpornih proti antibiotikom predstavlja veliko grožnjo javnemu zdravstvu, zato je iskanje novih protimikrobnih učinkovin neizogibno. Mikrobi ruštva - 2 ekstremnih okolij predstavljajo pomemben vir novih bioaktivnih učinkovin. Eno takih okolij predstavljajo kraške jame, kjer specifične karakteristike jamskih sistemov, kot so tema, visoka vlažnost, nizke temperature in pomanjkanje hranil vplivajo na produkcijo različnih bioaktivnih spojin v mikroorganizmih. Aktinobakterije, med katere spadajo tudi aktinomicete, so glavni vir bioaktivnih spojin. Proizvajajo dve tretjini vseh antibiotikov, ki so dostopni na trgu. Sodobni načini sekvenciranja so pokazali, da vsebujejo genomi aktinomicet mnogo genskih biosinteznih gruč (GBG), ki so v običajnih laboratorijskih razmerah tihe oziroma slabo izražene. Ena od strategij za aktivacijo teh GBG je spreminjanje parametrov gojenja. S spreminjanjem parametrov gojenja, v našem primeru sestave gojišča in pH smo aktinomicetne seve spodbudili k proizvodnji protimikrobnih spojin. Aktinomicetne seve izolirane iz izbranih kraških jam smo gojili v različnih produkcijskih gojiščih iz katerih smo pripravili ekstrakte sekundarnih metabolitov. Protimikrobno aktivnost ekstraktov sekundarnih metabolitov smo testirali proti bakterijam Micrococcus luteus, Staphylococcus aureus, E scherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, ter glivam Saccharomyces cerevisiae in Candida albicans. Uporabili smo metodo difuzije v trdnem gojišču z merjenjem con ikrobiološkega d inhibicije. Od sedemintridesetih testiranih ekstraktov sekundarnih metabolitov aktinomicetnih sevov smo v sedemindvajsetih zaznali protibakterijsko in/ali protiglivno delovanje. Na podlagi analize zaporedja gena za 16S rRNK smo aktinomicetne seve tudi taksonomsko razvrstili. Izbranim sevom smo s pomočjo bioinformatske analize ovrednotili biosintetski potencial. Ključne besede: aktinomicete, slovenske kraške jame, protimikrobna aktivnost, taksonomska uvrstitev, gruče biosinteznih genov, sekundarni metaboliti, bioinformacijska analiza lovenskega m ongres S9. k 59 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Razvoj novih zaviralcev bakterijskih topoizomeraz za zdravljenje okužb z 024 rezistentnimi grampozitivnimi bakterijami Martina Hrast Rambaher1, Marko Anderluh1, Nikola Minovski2, Irena Zdovc3 1Katedra za farmacevtsko kemijo, Fakulteta za farmacijo, Univerza v Ljubljani, Aškerčeva 7, Ljubljana 2Teoretični odsek, Kemijski inštitut, Hajdrihova 19, Ljubljana 3Inštitut za mikrobiologijo in parazitologijo, Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva 60, Ljubljana martina.hrast-rambaher@ffa.uni-lj.si ruštva - 2 Odpornost bakterij na antibiotike predstavlja enega izmed desetih največjih svetovnih zdravstvenih problemov, povezanih z zaskrbljujočim povečanjem števila bakterijskih okužb, ki jih ni več mogoče zdraviti z razpoložljivimi protibakterijskimi zdravili. Zato je nujno potrebno, da razvijamo nove protibakterijske učinkovine. Na Fakulteti za farmacijo v sodelovanju s Kemijskim inštitutom in Veterinarsko fakulteto razvijamo nove zaviralce bakterijskih topoizomeraz tipa II (NBTI). K bakterijskim topoizomerazam tipa II uvrščamo encima DNA girazo in topoizomerazo IV, ki igrata ključno vlogo pri cepitvi in pravilnem zvitju molekule DNA in sta za preživetje bakterij ključna. Oba encima sta si strukturno zelo podobna, kar nam omogoča načrtovanje majhnih molekul, ki se lahko istočasno vežejo na oba encima hkrati v isti ali različnih bakterijah, zaradi česar je možnost za razvoj rezistence na te spojine bistveno manjši kot pri klasičnih antibiotikih. Z razvojem in optimizacijo naših spojin smo identificirali spojine, ki izjemno močno zavirajo delovanje obeh topoizomeraz, DNA giraze in topoizomeraze IV hkrati, ter izkazujejo močno protibakterijsko delovanje na širok spekter bakterij. Zelo močno protibakterijsko delovanje ikrobiološkega d imajo na po Gramu pozitivne bakterije, poleg tega pa zavirajo rast tudi po Gramu negativnih bakterij, kot so Klebsiel a pneumoniae, Acinetobacter baumanni , Pseudomonas aeruginosa in vrste iz rodu Enterobacter. Izjemno učinkovito zavirajo rast na meticilin odpornih Staphylococcus aureus (MRSA), ki so glavni povzročitelj bolnišničnih okužb, ter na meticilin odpornih Staphylococcus pseudintermedius. Najbolj perspektive spojine so se izkazale kot varne in učinkovite tudi v in vivo modelih zebra ribic in v nevtropeničnem modelu okužbe stegen pri miših. Inovativne spojine so učinkovitejše od vseh znanih konkurenčnih učinkovin iz iste terapevtsko-kemijske skupine in bi lahko pripomogle k uspešnejšemu zdravljenju bakterijskih okužb ter omogočile tudi zdravljenje okužb z bakterijami, ki so proti večini znanih učinkovin že odporne. Ključne besede: novi zaviralci bakterijskih topoizomeraz (NBTI), bakterijska odpornost, protibakterijske spojine lovenskega m ongres S9. k 60 Mikrobi in 024 okolje ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 61 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Populacijska genomika in razširjanje mikroorganizmov 024 Cene Gostinčar, Anja Černoša, Martina Turk, Polona Zalar, Nina Gunde-Cimerman Oddelek za biologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana cene.gostincar@bf.uni-lj.si Mnoga vprašanja o sposobnostih in mehanizmih razširjanja mikroorganizmov ostajajo neodgovorjena. Veljavnost odkritij rastlinske in živalske biogeografije na področju mikrogliv je ruštva - 2 močno vprašljiva, zlasti pri razumevanju povezave med razširjanjem in izjemno raznovrstnimi strategijami razmnoževanja, opaženimi pri različnih vrstah gliv. Posebej zanimiv primer so ekstremotolerantne in ekstremofilne glive, ki naseljujejo raznolike habitate, med katerimi najdemo zelo fragmentirane, na primer slana jezera in geotermalne izvire, pa tudi obsežna in sklenjena območja, kot so puščave in polarni ledeni pokrovi. V kolikšni meri so mikroorganizmi sposobni potovati med razdrobljenimi habitati? Kako enakomerna je njihova razširjenost v sklenjenih habitatih? Kako na razširjanje vpliva njihova sposobnost uspevanja v zmernih razmerah? Neposredno opazovanje migracij mikroorganizmov je v večini primerov nemogoče. Metode populacijske genomike nam zato nudijo edinstven vpogled v sposobnosti razširjanja posameznih vrst, pa tudi v velike razlike med njimi. Poliekstremotolerantna črna kvasovka Aureobasidium pullulans na primer oblikuje globalno mešano populacijo, v kateri poteka intenzivna rekombinacija, kar je v popolnem nasprotju z njeno bližnjo sorodnico Aureobasidium subglaciale, ki se razmnožuje nespolno in je pri svojem razširjanju močno omejena. Črni kvasovki Aureobasidium melanogenum ikrobiološkega d in Hortaea wernecki, še dve vrsti z izključno nespolnim razmnoževanjem, občasno tvorita stabilne diploidne hibride, ki so sposobni prepotovati presenetljive razdalje. Splošno razširjena bazidiomicetna gliva Wallemia mellicola kaže omejeno rekombinacijo, presenetljivo pa enako opazimo tudi pri njeni halofilni sorodnici, izjemno redki vrsti Wal emia ichthyophaga, ki v zmernih razmerah ne more uspevati. Zdi se, da se raznolikost sposobnosti širjenja med ekstremofilnimi in ekstremotolerantnimi glivami ujema z raznolikostjo njihovih razmnoževalnih strategij. Četudi marsikaj o razširjanju mikroorganizmov ostaja neznano, opisane ugotovitve orisujejo nepričakovano kompleksno sliko, ki je bistvena za razumevanje povezav med mehanizmi razširjanja in edinstvenimi prilagoditvami glivnih združb ekstremnih okolij ter za razumevanje razširjanja gliv v okolju nasploh. Ključne besede: mikroorganizmi, razširjanje, populacijska genomika lovenskega m ongres S9. k 62 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Odkrivanje in zaznavanje virusov povezanih s tujerodnimi (invazivnimi) vrstami Denis Kutnjak1, Katarina Bačnik1, Luka Kranjc1, Sandra Hudina2, Ivana Maguire2, Ana Bielen3, Dora Pavić3, Leticia 024 Botella4, Jiří Patoka5, Antonín Kouba6 1Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Nacionalni inštitut za biologijo, Ljubljana 2Department of Biology, Faculty of Science, University of Zagreb, Zagreb, Croatia 3Department for Biochemical Engineering, Faculty of Food Technology and Biotechnology, University of Zagreb, Zagreb, Croatia 4Department of Forest Protection and Wildlife Management, Faculty of Forestry and Wood Technology, Mendel University in Brno, Brno, Czech Republic 5Department of Zoology and Fisheries, Faculty of Agrobiology, Food and Natural Resources, Prague – Suchdol, Czech Republic 6South Bohemian Research Centre of Aquaculture and Biodiversity of Hydrocenoses, Faculty of Fisheries and Protection of Waters, University of South Bohemia in České Budějovice, Vodňany, Czech Republic denis.kutnjak@nib.si ruštva - 2 Z gostiteljem povezane mikrobne združbe imajo lahko pomemben vpliv na uspeh kolonizacije tujerodnih vrst. Prenosi predstavnikov mikrobnih združb med domorodnimi in tujerodnimi vrstami pa lahko vplivajo na dinamiko odnosov med gostitelji in patogeni, kar se odraža v povečanem epidemiološkem tveganju, z vplivom na kmetijstvo, akvakulturo, ekosisteme in zdravje človeka. Tveganja in posledice vnosa znanih in neznanih mikrobnih patogenov s tujerodnimi vrstami so slabo raziskani, postopki in metode njihovega odkrivanja pa pomanjkljivi. S pomočjo metagenomskih pristopov, ki temeljijo na uporabi visokozmogljivega sekvenciranja, lahko zaznamo širok spekter mikrobov v različnih tipih vzorcev. V sklopu pretekle študije smo na ta način karakterizirali virom ene izmed najbolj uspešnih sladkovodnih invazivnih vrst nevretenčarjev v Evropi – signalnega raka ( Pacifastacus leniusculus). Odkrili smo prisotnost novih divergentnih s signalnim rakom povezanih RNA virusov, ki smo jih zaznali v različnih vzorcih iz območja invazije signalnega raka. Nato smo se osredotočili na tri priljubljene vrste eksotičnih rakov, katerih uvoz ikrobiološkega d v Evropo poteka preko trgovine z domačimi živalmi. Trgovina z domačimi živalmi predstavlja eno izmed glavnih poti vnosa invazivnih tujerodnih vrst, a so tveganja, povezana s hkratnim vnosom povzročiteljev bolezni, še vedno slabo raziskana. V testiranih vzorcih eksotičnih rakov smo zaznali več znanih in novih DNA in RNA virusov, med njimi tudi znane povzročitelje bolezni. Predstavljene raziskave opozarjajo na skrita tveganja prenosov virusov s tujerodnimi vrstami in vzpostavljajo nove možnosti uporabe sodobnih pristopov za zaznavanje morebitnih mikrobnih tveganj povezanih s takimi organizmi. Ključne besede: tujerodne vrste, viskozmogljivo sekvenciranje, virusi, raki lovenskega m ongres S9. k 63 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Sorodstveno razlikovanje med sevi Bacillus subtilis lahko vpliva na 024 zmožnost razširjanja surfaktinskih goljufov znotraj populacije Katarina Belcijan Pandur, Barbara Kraigher, Ana Tomac, Jernej Kralj, Zala Vašl, Polonca Štefanič, Ines Mandić Mulec Katedra za mikrobno ekologijo in fiziologijo, Oddelek za mikrobiologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Večna pot 111, Ljubljana katarina.pandurbelcijan@bf.uni-lj.si Bacillus subtilis je zmožen kooperativnega rojenja po površini, za katerega je ključna sinteza ruštva - 2 surfaktina. Surfaktin lahko izkoriščajo tudi goljufi, ki surfaktina ne proizvajajo in pridobijo prednost pred producenti. Raziskave kažejo, da v skupnem roju seva PS-216, ki proizvaja surfaktin, in izogene mutante, ki ni zmožna tvorbe surfaktina, pride do izkoriščanja surfaktina in posledično do prevlade surfaktinske mutante. Pokazali smo, da prevlada surfaktinske mutante v roju z divjim tipom s časom vodi v kolaps rojenja. Predhodne raziskave nakazujejo, da lahko sorodstveno razlikovanje stabilizira sodelovanje in prepreči izkoriščanje skupnih dobrin. Sorodstvenega razlikovanja so tekom rojenja zmožni tudi sevi B. subtilis, pri čemer visoko sorodni (kin) sevi lahko tvorijo skupni roj, manj sorodni (non-kin) sevi te vrste pa izključijo drugega iz skupnega roja ter ob stiku z manj sorodnim rojem tvorijo mejno linijo. Skladno s teorijo smo v mešani kulturi divjega tipa in surfaktinske mutante opazili, da antagonistične interakcije z non-kin rojem zmanjšajo zmožnost razširjanja surfaktinske mutante znotraj mešane populacije in so skladni z rezultati eksperimentalne evolucije seva PS-216. Tega smo periodično (20 ciklov) izpostavljali stiku z bolj ali manj sorodnimi roji in nato 20. populacijo ikrobiološkega d testirali za prisotnost mutant z okvaro rojenja. V evolviranih populacijah, ki so bile periodično izpostavljene stikom z manj sorodnim rojem je bilo mutant z okvaro rojenja manj kot v tistih, ki smo jih izpostavili bližnjim sorodnikom. Dokazali smo tudi, da mutante z okvaro v rojenju najbolj pogosto nosijo mutacije v genih za sintezo surfaktina. Naši rezultati prvič potrdijo, da antagonistične interakcije upočasnjujejo prevlado in evolucijo »goljufov«, ki izkoriščajo skupne dobrine, kar je pomembno za razumevanje stabilnosti kooperativnega vedenja v bioloških sistemih. Ključne besede: Bacillus subtilis, sorodstveno razlikovanje, rojenje, surfaktin, eksperimentalna evolucija lovenskega m ongres S9. k 64 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Mikrobna razgradnja detrita meduz spodbuja rast fitoplanktona v obalnem morskem ekosistemu Tinkara Tinta1, Eduard Fadeev2, Mauro Celussi3, Katja Klun1, Vesna Flander-Putrle1, Patricija Mozetič1, Gerhard J 024 Herndl2 1Morska biološka postaja Piran, Nacionalni Inštitut za Biologijo, Piran, Slovenia 2Department of Functional and Evolutionary Ecology, University of Vienna, Vienna, Austria 3Oceanography Division, OGS (Istituto Nazionale di Oceanografia e di Geofisica Sperimentale), Trieste, Italy tinkara.tinta@nib.si Želatinozni zooplankton ali ‘meduze’ so prisotni v različnih morskih ekosistemih, zaradi značilne presnove in življenjskega cikla pa se lahko nekatere vrste pojavljajo množično. Ko tako številčne ruštva - 2 populacije odmrejo se v okolico naenkrat sprosti velika količina labilne, pretežno beljakovinske, organske snovi meduznega izvora, ki je potencialno dostopna mikroorganizmom v vodnem stolpcu. Da bi razumeli odziv naravne mikrobne združbe na meduzni detrit in posledice mikrobne razgradnje le-tega za delovanje morskega ekosistema, smo v dvostopenjskem mikrokozm eksperimentu simulirali scenarij razpada množične populacije invazivne rebrače Mnemiopsis leiydi v obalnem morju. V prvi fazi našega poskusa je meduzni detrit omogočil hitro rast oportunističnih bakterij z visoko učinkovitostjo rasti. Razgradnja meduznega detrita je bila večinoma povezana s povečano aktivnostjo bakterijske levcin aminopeptidaze, različnih glikozil hidrolaz in alkalne fosfataze. Posledično smo zabeležili kopičenje anorganskih hranil (zlasti amonija) v morski vodi. Naše metagenomske in metaproteomske analize so pokazale, da je v mikrobnem konzorciju, ki razgrajuje meduzni detrit, močno prevladovala populacija Pseudoalteromonasa z visoko produkcijo proteolitičnih eksoencimov in povečano presnovno aktivnost. V drugi fazi poskusa smo inkubirali razgrajeni detrit meduz (t.j. 0,2 µm filtriran končni produkt mikrobne razgradnje v prvi fazi) s svežo vzorčeno naravno združbo mikrobnega planktona. Po treh dneh smo opazili ikrobiološkega d znatno povečanje primarne produkcije in biomase fitoplanktona, ki je dosegla vrednosti, podobne tistim, opaženim in situ med sezonskimi viški fitoplanktonske biomase v obalnem ekosistemu severnega Jadrana. Naše eksperimentalne ugotovitve smo dodatno potrdili z in situ meritvami in tako pokazali, da mikrobna razgradnja meduznega detrita spodbuja rast fitoplanktona v obalnem morju. Množično pojavljanje meduz torej lahko pomeni pomemben, a večinoma spregledan, vir organske in anorganske snovi, ki lahko spodbudi cvetenje fitoplanktona. Rezultati naše študije kažejo na velik pomen meduz v kroženju ogljika v morju in nujnost vključitve te komponente v morske biogeokemične modele, sploh glede na napovedi, da naj bi se želatinozni zooplankton uspešno prilagodil na napovedane spremembe morskih ekosistemov v prihodnje. Ključne besede: morska mikrobna združba, meduze, cvetenje fitoplanktona lovenskega m ongres S9. k 65 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Epidemiološko spremljanje SARS-CoV-2 v odpadnih vodah v Sloveniji 024 Tom Koritnik1, Vid Vedlin1, Tea Janko1, Maja Bolješić1, Verica Mioč1, Tatjana Jurša1, Boštjan Križanec1, Natalija Kranjec2, An Galičič2, Tjaša Cerar Kišek1, Andrej Steyer1 1Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano 2Nacionalni inštitut za javno zdravje tom.koritnik@nlzoh.si Epidemiološko spremljanje SARS-CoV-2 v odpadnih vodah omogoča določitev ocenjenega ruštva - 2 števila okuženih oseb in spremljanje razširjenosti različic virusa v opazovani populaciji in obdobju. V monitoring je vključenih 16 komunalnih čistilnih napravah (KČN) v 12 statističnih regijah, s čimer zajamemo 34,2 % slovenske populacije. Vzorčenje je potekalo v obdobju september 2022 - november 2023. Z uporabo časovno sorazmernega vzorčevalnika smo odvzeli 24-urne vzorce vtoka odpadne vode, ter zabeležili podatke o času vzorčenja, pretoku in temperaturi vode. Postopek določitve koncentracije SARS-CoV-2 je obsegal koncentracijo vzorca, osamitev nukleinske kisline in kvantitativno določitev genomskih kopij. Za ocenitev števila okuženih oseb s SARS-CoV-2 na 100.000 prebivalcev, smo virusno breme normalizirali na kvantificirane vrednosti kemijske potrebe po kisiku, normalizirano vrednost pa s pomočjo pretvorbenega faktorja pretvorili v ocenjeno število okuženih osebFaktor je bil opredeljen v pilotnem obdobju (sep 2022-jan 2023) vzpostavitve sistema, s prileganjem virusnega bremena aktivnim primerom okužb. Za ikrobiološkega d to obdobje je bilo ocenjeno, da so podatki testiranja okuženih in zbolelih za klinične namene še prikazovali reprezentativno stanje okužb v populaciji. V vseh testiranih vzorcih smo s sekveniranjem in bioinformatsko obdelavo podatkov (orodje Freyja) izvedli določanje mutacij genoma SARS-CoV-2, značilne za posamezne različice. Testiranih je bilo 880 vzorcev odpadne vode. Ocenjeno število okuženih oseb s SARS-CoV-2 na 100.000 prebivalcev se je gibalo med 0 in 1832, v povprečju je bilo okuženih 245 oseb na 100.000 prebivalcev. Rezultati za posamezno KČN v različnih časovnih točkah so javno dostopni preko spletne strani NIJZ. Ocenjeno število okuženih oseb s SARS-CoV-2, ki temelji na analizi odpadnih vod, je praviloma večje od števila okuženih oseb, ki izvira iz podatkov o kliničnem testiranju. Iz podatkov o različicah virusa je razvidno, da je v začetnem obdobju prevladovala različica BA.5, lovenskega m kasneje sta se pojavili različici BQ.1 in BA.2.75. Zatem so se pojavile še različice XBB.1.5, XBB.1.9, EG.5 in BA.2.86. Ključne besede: SARS-CoV-2, odpadna voda, epidemiologija ongres S9. k 66 Mikrobi in 024 analitika ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 67 Tematski sklop: Mikrobi in analitika Izboljšane analitske metode za varnejša in učinkovitejša genska zdravila 024 Mojca Janc1,2, Kaja Zevnik1, Jana Deurič1, David Dobnik1,3 1Nacionalni inštitut za biologijo, Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Večna pot 111, 1000 Ljubljana 2Mednarodna podiplomska šola Jožefa Stefana, Jamova 39, 1000 Ljubljana 3Niba Labs Ltd., Litostrojska 52, 1000 Ljubljana mojca.janc@nib.si Na svetovnem trgu iz leta v leto narašča količina genskih zdravil, s čimer narašča tudi skrb za njihovo ruštva - 2 učinkovitost in varnost. Omenjena zdravila pogosto vsebujejo virusne vektorji, med katerimi so se uveljavili z adenovirusi povezani virusi (ang. adeno-associated viruses AAV). Trenutno veliko skrb vzbuja pomanjkanje standardiziranih analitskih metod, s katerimi bi lahko natančno ovrednotili celovitost pripravljenih vektorskih genomov. V naši raziskavi smo se osredotočili na dva tipa AAV9 vektorjev (enoverižno in samokomplementarno obliko), ki so bili proizvedeni v HEK293T celicah in očiščeni z ultracentrifugiranjem v CsCl gradientu. AAV vzorce smo v prvem delu študije podrobno ovrednotili s serijo uveljavljenih analitskih metod (npr. qPCR in dPCR za oceno genomskega titra, ELISA za oceno kapsidnega titra in oceno ostankov gostiteljskih beljakovin, TEM, AUC in SEC-MALS za oceno prisotnosti polnih, delno polnih in praznih virusnih delcev, virusnih agregatov ter drugih nečistoč ter HTS za ovrednotenje prisotnosti neželenih nukleinskih kislin). V drugem delu študije smo se nato osredotočili na izboljšanje obstoječih metod, hkrati pa smo želeli razvijati tudi nove analitske pristope (npr. uporabo cryoEM za podrobnejše in avtomatizirano razlikovanje med polnimi, praznimi in delno polnimi kapsidami, ikrobiološkega d NANOPORE sekvenciranje za podrobnejšo analizo genske vsebine ter večtarčni dPCR za oceno integritete vektorskih genomov). V prvem delu študije smo pokazali, da ni ene najbolj informativna metode, ki bi hkrati dobro ocenila več parametrov, in da je kombiniranje metod nujno za celostno razumevanje AAV vektorjev. V drugem delu študije smo pokazali, da na uspešnost novo razvitih metod v veliki meri vpliva koncentracija virusnih delcev v vzorcih. Večja kot je koncentracija virusnih delcev, lažja in uspešnejša je priprava knjižnice za sekvenciranje oziroma mrežic za cryoEM, ter analiza pridobljenih rezultatov. Omenjeni metodi zato kažeta potencial v uporabnosti v sklopu analitskega testiranja končnih produktov, za razliko od večtarčnega dPCR-ja, ki kaže potencial za uporabo tudi v začetnih korakih proizvodnje. Ključne besede: genska terapija, z adenovirusi pridruženi virusi, analitske metode lovenskega m ongres S9. k 68 Tematski sklop: Mikrobi in analitika Oblikovanje in testiranje testov PCR v realnem času za specifično detekcijo bakterij na podlagi genomskih podatkov Aleksander Benčič1,2, Tanja Dreo1 024 1National Institute of Biology, Department of Biotechnology and Systems Biology, Večna pot 111, Ljubljana, Slovenia 2Jožef Stefan International Postgraduate School, Jamova 39, Ljubljana 1000, Slovenia aleksander.bencic@nib.si Molekularne metode kot je verižna reakcija s polimerazo v realnem času (qPCR) imajo številne prednosti pri detekciji različnih mikroorganizmov (MO). Ta omogoča hitro in zanesljivo detekcijo MO pri kateri ni potrebna izolacija v čisti kulturi in ga je mogoče prilagoditi za detekcijo praktično ruštva - 2 vseh MO. Hkrati je bliskovit razvoj visokopretočnega sekvenciranja v zadnjih letih privedel do generiranja velikih količin genomskih podatkov, ki so javno dostopni v bazah podatkov kot sta GenBank in RefSeq. Te podatke lahko uporabimo za določitev nukleotidnih zaporedij značilnih za določen takson, ki se lahko uporabijo za načrtovanje specifičnega PCR testa. Na začetku bioinformatske analize je potrebno najprej določiti tarčne genome MO, ki jih želimo s testom zaznati in netarčne genome, ki jih s testom ne želimo zaznati in najpogosteje pripadajo sorodnim MO. Programe kot je RUCS ( rapid identification of PCR primers for unique core sequences) uporabimo za identifikacijo zaporedij edinstvenih za tarčne MO. Ta zaporedja uporabimo za načrtovanje začetnih oligonukletidov in sonde, za kar uporabimo programe kot je PrimerExpress2. Po zaključenem in silico načrtovanju se izvede labortorijsko testiranje. Pri tem je velikega pomena, da so materiali, ki se uporabljajo za preverjanje delovanje qPCR testov ustrezno ovrednoteni. Za določitev koncentracij MO se pogosto uporablja več metod kot so turbidimetrija, štetje kolonij na ploščah in digitalni PCR. Rezultate testiranja se primerja z rezultati dobljenimi z že uveljavljenimi ikrobiološkega d testi. V prvem koraku testiranja ugotavljamo učinkovitosti pomnoževanja več različnih qPCR testov za kar se lahko uporabi visokopretočne sisteme kot je Fluidigm. V naslednjem koraku se qPCR testom določi specifičnost in občutljivost. Za določitev specifičnosti se preizkušan qPCR test uporabi za določanje tarčnih MO in netarčnih MO, ki utegnejo navzkrižno reagirati.. Za določitev občutljivosti se pripravi serijo vzorcev s padajočimi koncentracijami MO na katerih se izvede qPCR teste. Na podlagi teh rezultatov se pripravi izbor najprimernejših testov, ki se jih testira še na realnih vzorcih in pošlje v preverjanje v druge laboratorije. Zanesljivost rezultatov je ključnega pomena v diagnostiki zato morejo biti nove metode pred uvedbo v rutinsko uporabo temeljito ovrednotene in temeljiti na modernih znanstvenih metodah saj to omogoča njihovo dolgotrajno uporabo. Ključne besede: PCR v realnem času, genomski podatki, detekcija mikroorganizmov lovenskega m ongres S9. k 69 Tematski sklop: Mikrobi in analitika Spremljanje razširjenosti respiratornega sincicijskega virusa s pristopom 024 epidemiologije odpadnih voda (WBE): retrospektivna študija na vzorcih iz nacionalnega spremljanja SARS-CoV-2 Nina Prezelj1, Ion Gutierrez-Aguirre1, Nikita Matović2, Živa Lengar1, Maja Ferle1, Irena Bajde1, Mojca Milavec1, Alexandra Bogožalec Košir1, Olivera Maksimović1,3, Anže Županič1, Maja Ravnikar1, Denis Kutnjak1 1Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Nacionalni inštitut za biologijo, Večna pot 111, 1000 Ljubljana 2Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana 3Mednarodna podiplomska šola Jožefa Stefana, Jamova 39, Ljubljana nina.prezelj@nib.si ruštva - 2 Epidemiologija odpadnih voda (Wastewater based epidemiology, WBE) se je med pandemijo COVID-19 ponovno izkazala kot pomembno orodje epidemiološkega nadzora. Uspešno izvajanje monitoringa ter pozitivne izkušnje spremljanja SARS-CoV-2 v odpadnih vodah v številnih državah po vsem svetu odpirajo vrata za spremljanje epidemiološko pomembnih respiratornih in drugih skrb vzbujajočih virusov v odpadnih vodah. Pristop bi epidemiologom pomagal pri napovedovanju vrhuncev sezonskih bolezni in s tem pravočasni administraciji cepiv. Respiratorni sincicijski virus (RSV) je eden od pomembnih sezonskih povzročiteljev bolezni. RSV povzroča okužbo dihalnih poti (bronhiolitis), ki je lahko kritična pri dojenčkih in drugih ogroženih skupinah prebivalstva. Veliko okužb z RSV ni identificiranih, saj ljudje običajno ne potrebujejo zdravniške pomoči, testiranje pa se ne izvaja vedno, kar otežuje delo epidemiologov. V tej raziskavi smo izkoristili shranjene izolate RNA iz vzorcev slovenskega nacionalnega monitoringa odpadnih voda za SARS-CoV-2, vzorčenih v obdobju od januarja 2021 do marca 2023 v eni od slovenskih čistilnih ikrobiološkega d naprav (Velenje-Šoštanj). Izolirane vzorce RNA smo ponovno analizirali s kvantitativnim testom PCR, specifičnim za RSV, pri čemer smo kot korektor fekalne obremenitve uporabili virus blage lisavosti paprike (PMMoV). V vzorcih zbranih v prvi polovici leta 2021, ko so zaradi COVID-19 še vedno veljali strogi previdnostni ukrepi in vladne uredbe, RSV v odpadnih vodah nismo zaznali. V vzorcih zbranih po sprostitvi omejitev smo zaznali sledove RSV pod mejo kvantifikacije. V vzorcih zbranih od oktobra 2022 do marca 2023 smo opazili jesensko-zimski vrh koncentracije RSV z vrednostmi znotraj območja kvantifikacije testa. V raziskavi smo ocenjevali tudi možnost uporabe drugega virusa, to je virusa mozaika paradižnika (ToMV), kot korektorja fekalne obremenitve in potencialno alternativo PMMoV. Ključne besede: respiratorni sincicijski virus (RSV), epidemiologija odpadnih voda, fekalni indikator lovenskega m ongres S9. k 70 Tematski sklop: Mikrobi in analitika G-kvadrupleksi v patogenih organizmih Melani Potrč1,2, Irena Drevenšek Olenik3,2, Lea Spindler4,2 1Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Univerza v Mariboru, Koroška 160, Maribor 024 2Odsek za kompleksne snovi, Institut Jožef Stefan, Jamova 39, Ljubljana 3Fakulteta za matematiko in fiziko, Univerza v Ljubljani, Jadranska 19, Ljubljana 4Fakulteta za strojništvo, Univerza v Mariboru, Smetanova 17, Maribor melani.potrc1@um.si Nukleinske kisline, ki imajo z gvaninom (G) bogata območja, lahko tvorijo štirivijačne strukture, imenovane G-kvadrupleksi. Njihova osnovna enota je G-kvartet, ki ga tvorijo štiri z vodikovimi vezmi povezane molekule gvanina. G-kvadrupleksi sodelujejo v številnih celičnih procesih, ruštva - 2 kot so transkripcija, replikacija in rekombinacija, najdemo pa jih tako v celicah prokariontov kot evkariontov in v virusih. G-kvadrupleksi imajo pomembno vlogo v procesih virulence pri več mikrobnih patogenih. Bolezni bakterijskega izvora, povezane z nastankom kvadrupleksnih struktur, so gonoreja (bakterija Neisseria gonorrhoease), meningokokni meningitis (meningokok Neisseria meningitidis) in borelioza. Prav tako sta s kvadrupleksi povezana tudi virus človeške imunske pomanjkljivosti (HIV) in virus Epstein-Barr (EBV), ki povzroča bolezen infekcijsko mononukleozo. Pri omenjenih patogenih je bilo ugotovljeno, da uporabljajo kvadruplekse za nadzor dinamike DNK ali RNK, slednje pa je podlaga za skupne fenotipe virulence. Pri našem raziskovalnem delu smo proučevali vpliv zamenjave enega nukleotida pri virusu herpesa simpleksa (HSV-1), ki ima številne d(G T ) in d(G TC) ponovitve, na nastanek kvadrupleksnih 4 2 n 4 n struktur. V ta namen smo proučili tri zaporedja: d(G C ), d(G C ) in d(G C ) . Meritve smo izvedli 4 2 4 2 2 4 2 4 ikrobiološkega d s tehniko dinamičnega sipanja svetlobe. Ugotovili smo, da imajo vsa tri zaporedja sposobnost tvorbe G-kvadrupleksov. Zaporedje d(G C ) tvori izjemno dolge agregate, z dolžinami več kot 80 4 2 nm. Pri zaporedju d(G C ) gre za dva kratka naložena G-kvadrupleksa velikosti ≈ 3 nm. Zaporedje 4 2 2 d(G C )4 tvori srednje dolge agregate, z dolžino približno 10 nm, kar ustreza približno sedmim 4 2 naloženim monomolekularnim kvadrupleksom. Prav tako preliminarne raziskave zgoščenih raztopin za vsa tri zaporedja nakazujejo, da tvorijo tekočekristalne faze. G-kvadrupleksi v patogenih organizmih so še zmeraj slabo raziskani, še manj pa je znana njihova povezava z nastankom bolezni. V prihodnje bo zato smiselno temu področju posvetiti več pozornosti, saj bo podrobno razumevanje teh struktur omogočalo hitrejšo diagnozo bolezni, iskanje terapevtskih možnosti in razvoj ustreznih zdravil. Ključne besede: G-kvadrupleksi, patogeni organizmi, dinamično sipanje svetlobe lovenskega m ongres S9. k 71 024 ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 72 Postri 024 ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 73 024 Mikrobi in biotehnologija ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 74 Tematski sklop: Mikrobi in biotehnologija Hruškov in jabolčno-grozdni kis: vir industrijsko zanimivih sevov iz rodov Acetobacter, Novacetimonas in Komagataeibacter Bernarda Karničnik1, Janja Trček1,2 024 1Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Univerza v Mariboru, Koroška cesta 160, Maribor 2Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo, Univerza v Mariboru, Smetanova ulica 17, Maribor bernarda.karnicnik@student.um.si Bakterijske vrste iz rodov Acetobacter, Novacetimonas in Komagataeibacter imajo številne industrijsko zanimive lastnosti, npr. učinkovito proizvajajo nanocelulozo, vodotopne zunajcelične heteropolisaharide iz skupine acetanov ter različne kisline. Bakterijska nanoceluloza je biomaterial ruštva - 2 s široko uporabno vrednostjo v medicini, kozmetologiji, živilstvu in okoljevarstvu, acetani so zaradi svojih edinstvenih viskoelastičnih lastnosti uporabni kot zgoščevalci in emulgatorji v živilstvu in farmaciji, prisotnost ustreznih kislin pa je pomembna v živilski industriji za proizvodnjo kombuče, kisa in posebnih vrst piva. Industrija se vedno bolj zateka k naravnim virom ter išče nove seve, z optimalnimi lastnostmi za posamezne proizvode. Vsled temu so izolacija, karakterizacija in ohranjanje novih sevov ocetnokislinskih bakterij pomembni za oblikovanje ustreznih zbirk tovrstnih industrijsko pomembnih bakterij. V tej raziskavi smo z metagenomsko analizo pomnožkov medgenskih regij 16S–23S rDNA preiskali dve do sedaj še neraziskani vrsti kisa, t.j. hruškov in jabolčno-grozdni kis. Poleg že znanih vrst ocetnokislinskih bakterij, kot so Komagataeibacter sucrofermentans, Acetobacter lovaniensis, Acetobacter syzygi , Gluconacetobacter liquefaciens, Gluconobacter albidus in Komagataeibacter europaeus, ki so bile zastopane v več kot 0,1% deležu, smo v obeh vrstah odkrili več potencialno novih vrst, največ iz rodu Acetobacter. Zastopanost posamezne potencialno nove vrste je bila do 28,9%. Da bi te nove vrste izolirali, smo pripravili redčine kisa, jih nacepili na kompleksno gojišče RAE ter iz morfološko različnih kolonij ikrobiološkega d pridobili več izolatov. V nadaljevanju smo se osredotočili na karakterizacijo treh novih sevov: Komagataeibacter sp. Hr1, Acetobacter sp. Hr2 in Novacetimonas sp. Jurk4. Sevom smo preiskali genome s tehnologijo Il umina in Nanopore ter okarakterizirali njihov potencial za sintezo celuloze in acetanov, rastne karakteristike v kompleksnih gojiščih ter rezistenco proti klinično relevantnim antibiotikom. Predstavljena bo struktura genoma preiskanih sevov, zgradba njihovih operonov za sintezo celuloze in acetanov, primerjava hitrosti rasti pri 30°C in 37°C v kompleksnih gojiščih in laboratorijskih bioreaktorjih, donos laboratorijske proizvodnje celuloze in acetanov ter odpornost proti izbranim antibiotikom. Ključne besede: hruškov kis, jabolčno-jurkin kis, nove vrste ocetnokislinskih bakterij lovenskega m ongres S9. k 75 Tematski sklop: Mikrobi in biotehnologija Uporaba medgenske regije 16S–23S rDNA za neposredno vrstno 024 identifikacijo sestave ocetnokislinske bakterijske populacije Alja Ribič1, Janja Trček1,2 1Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Univerza v Mariboru, Koroška cesta 160, Maribor 2Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo, Univerza v Mariboru, Smetanova ulica 17, Maribor alja.ribic@student.um.si ruštva - 2 Ocetnokislinske bakterije vodijo različne procese v prehrambeni industriji (npr. proizvodnja kisa, kombuče, specialnih vrst piva, kefirja) in kemijski industriji (proizvodnja glukonskih kislin, sorbitola, specifičnih enantiomer sladkorjev idr.). V takšnih bioprocesih nastopajo kot monokulture ali kot mikrobne združbe, ki prispevajo k tipičnim karakteristikam končnega izdelka. V živilski industriji vodijo proces oksidacije sladkorjev in alkohola v različne presnovne produkte, rezultat tega pa sta specifičen okus in vonj končnih izdelkov. Za spremljanje mikrobiološkega razvoja bioprocesov je nujna uporaba neposrednih metod, brez predhodne izolacije bakterij. V ta namen se uporablja metagenomska analiza pomnožkov genov za 16S rRNA. Nukleotidno zaporedje tega gena pa je v skupini ocetnokislinskih bakterij zelo ohranjeno, kar nam omogoča identifikacijo le do nivoja rodu. V naši raziskavi smo oblikovali začetne oligonukleotide za amplifikacijo približno polovice regije 16S–23S rDNA ITS za pripravo knjižnic in sekvenciranja s tehnologijo Il umina. Konstruirane začetne oligonukleotide smo testirali za kvalitativno in kvantitativno analizo ocetnokislinske mikrobiote z znano vrstno sestavo. Izmed dveh parov začetnih oligonukleotidov in dveh komercialnih kompletov za izolacijo DNA smo izbrali kombinacijo, ki je v laboratorijsko pripravljeni združbi v celoti kvalitativno in kvantitativno identificirala sestavo združbe. Nadaljnja uporaba te ikrobiološkega d metode za analizo vrstne sestave ocetnokislinske mikrobiote v različnih vzorcih kisa in kombuč je pokazala, da je tak pristop primeren za preiskavo združb, v katerih so ocetnokislinske bakterije prevladujoči del mikrobiote. Ključne besede: ocetnokislinske bakterije, 16S–23S rDNA ITS, Il umina lovenskega m ongres S9. k 76 Tematski sklop: Mikrobi in biotehnologija Metagenom komposta kot vir encimov za proizvodnjo biogoriv 2. generacije Maša Vodovnik1, Viktor Zupančič1,2, Ljubomir Radić1,2, Anna M. Alessi3,4, Neil C. Bruce4 024 1Chair of Microbial Diversity, Microbiomics and Biotechnology, Dept. of Microbiology, Biotechnical Faculty, University of Ljubljana, Domžale, Slovenia 2ACIES BIO, Ljubljana 3Biorenewables Development Centre, York, UK 4Centre for novel agricultural products, University of York, UK masa.vodovnik@bf.uni-lj.si Proizvodnja biogoriv 2. generacije se sooča s pomanjkanjem učinkovitih in stroškovno učinkovitih ruštva - 2 hidrolitičnih encimov, ki so ključni za predobdelavo lignoceluloznih substratov. Ti encimi imajo prav tako potencial v tekstilni, papirni in kemični industriji kot okolju prijaznejša alternativa škodljivim kemikalijam. Okolja, kjer naravno poteka učinkovita razgradnja lignoceluloze predstavljajo idealen vir teh biokatalizatorjev, saj se hidroliza polisaharidov tam pojavlja naravno in poteka s sinergijskim delovanjem večjega števila proteinov. Metagenomika predstavlja obetaven pristop za raziskovanje raznolikosti in potenciala mikrobnih skupnosti v takih okoljih ter identifikacijo novih zapisov za encime, ki jih s tradicionalnimi metodami morda ne zaznamo. V predstaljeni študiji smo uporabili kombinacijo bioinformatičnih in eksperimentalnih pristopov za karakterizacijo tarčnih » in silico« napovedanih encimov za razgradnjo ogljikovih hidratov (CAZymes), ter ocenili njihov potencial za predobdelavo lignoceluloze v primerjavi s komercialno dostopnimi encimi. Od 96 ciljnih genov, ki smo jih klonirali in izrazili, smo uspešno izolirali in karakterizirali 12 novih termofilnih ksilanaz. Eden od njih je bil približno 40 kD protein s katalitično domeno GH10, ki je aktivno razgrajeval ksilan in arabinoxilan. ikrobiološkega d Encim je optimalno aktiven pri 50 °C in pH=8. Njegova ksilanolitična aktivnost je bila povečana v prisotnosti 5 mM Co2+, Fe3+, Mn2+ ali Ca2+ ionov ter reducirajočih sredstev, kot so 2 mM DTT ali 10 mM ß-merkaptoetanol. Poleg stabilnosti v različnih okoljskih pogojih je ciljni encim učinkovito razgrajeval naravne substrate, bogate z hemicelulozo, kot so pšenični in ječmenovi otrobi. Prav tako je pokazal odpornost v prisotnosti najpogostejših kemikalij, uporabljenih v predobdelavah lignoceluloze, kar kaže na obetaven potencial za uporabo v industrijskih aplikacijah, kot na primer pri proizvodnji bioplina in bioetanola. Ključne besede: encimi, metagenom, (hemi)celuloza, 2. generacija biogoriv lovenskega m ongres S9. k 77 024 Mikrobi in biofilm ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 78 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Inovativna metoda za kvantifikacijo bakterij Campylobacter jejuni znotraj biofilma Tjaša Čukajne1, Orhan Sahin2, Qijing Zhang3, Aleš Berlec4,5, Anja Klančnik1 024 1Oddelek za živilstvo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva ulica 101, Ljubljana 2Department of Veterinary Diagnostic and Production Animal Medicine, Iowa State University, Ames IA, United States 3Department of Veterinary Microbiology and Preventive Medicine, Iowa State University, Ames IA, United States 4Odsek za biotehnologijo, Inštitut “Jožef Stefan”, Jamova cesta 39, Ljubljana 5Katedra za farmacevtsko biologijo, Fakulteta za farmacijo, Univerza v Ljubljani, Aškerčeva cesta 7, Ljubljana tjasa.cukajne@bf.uni-lj.si Velik izziv v živilsko predelovalni industriji predstavljajo biofilmi mikroorganizmov, ki posameznim ruštva - 2 bakterijam omogočajo zaščito, preživetje in večjo odpornost. Posledično predstavljajo tveganje za širjenje patogenih bakterij v prehranjevalni verigi in izbruhe bolezni. Črevesna patogena bakterija Campylobacter jejuni, glavna povzročiteljica bakterijskega gastroenteritisa pri ljudeh, v neugodnih razmerah strukture biofilma ostane živa in aktivna, a preide v nekultivabilno obliko VBNC (angl. viable but not culturable). Zato je zelo aktualen razvoj metod, ki slonijo na novih principih in omogočijo odkrivanje in kvantifikacijo živih ter aktivnih bakterij v biofilmih. V naši raziskavi smo vpeljali in validirali metodo kvantifikacije bakterij v biofilmu, ki je osnovana na reporterskem proteinu luciferazi NanoLuc. S pomočjo inovativne metode smo uspešno kvantificirali adherirane in biofilmske celice na dveh različnih površinah. Vpeljano metodo smo primerjali z obstoječimi metodami kvantifikacije: ovrednotenjem kultivabilnosti celic preko štetja kolonijskih enot, metodo kvantifikacije živih celic z resazurinom in barvanjem biomase biofilma s kristal vijoličnim. Specifičnost vpeljane metode smo dokazali v mešani kulturi s sevom Salmonella enterica, uporabnost pa v razmerah in vitro v piščančjem soku kot modelu živila. Razvito metodo določanja adhezivnosti ter filmotvornosti smo uporabili po tretiranju celic z antibiotikom ikrobiološkega d ciprofloksacinom in tremi naravnimi protiadhezivnimi snovmi. Pokazali smo, da vpeljana metoda predstavlja pomemben korak pri hitrejši in bolj celoviti kvantifikaciji adheriranih celic C. jejuni na površini in v biofilmu. Pri tem največje prednosti metode predstavljajo zaznavanje vseh vrst celic, med katere spadajo tudi celice v živi, vendar ne kultivabilni obliki, tehnična nezahtevnost metode, specifičnost, hitra izvedba in možnost kvantifikacije intaktnega biofilma brez fizične manipulacije celic. Ključne besede: Campylobacter jejuni, biofilmi, kvantifikacija bakterij, bioluminiscenca, stanje VBNC Zahvala: Delo je bilo narejeno v okviru projektov ARIS J4-3088, J4-4548, J7-4420 in P4-0116, BI-US/22-24-073. lovenskega m ongres S9. k 79 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Vpliv gojišča na tvorbo biofilmov pri encime ESBL-producirajočih sevih 024 Escherichia coli, izoliranih iz spodnjih dihal človeka Katja Hrovat1, Jerneja Čremožnik Zupančič1, Katja Seme2, Jerneja Ambrožič Avguštin1 1Oddelek za Biologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Večna pot 111, Ljubljana 2Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo, Medicinska fakulteta, Zaloška 4, Ljubljana katja.hrovat@bf.uni-lj.si ruštva - 2 Po oceni študije, objavljene v reviji Lancet (2022), naj bi zaradi okužb spodnjega dihalnega trakta z odpornimi bakterijami v letu 2019 umrlo kar 1,5 milijona ljudi po svetu. Med glavne patogene bakterije, povezane s smrtnostjo zaradi neučinkovitosti antibiotikov, sodijo tudi sevi bakterije Escherichia coli, ki proizvajajo β-laktamaze z razširjenim spektrom delovanja (ESBL-EC) in so v večini primerov hkrati odporni tudi proti fluorokinolonom. Poleg tega imajo lahko tudi različen nabor genov za dejavnike virulence (VAG) ter sposobnost tvorbe biofilma. Namen naše raziskave je bil ugotoviti, ali je sposobnost tvorbe biofilma na različnih gojiščih povezana z genotipom kliničnih izolatov ESBL-EC iz spodnjih dihalnih poti, izoliranih med 2018 in 2022. 116 izbranih izolatov ESBL-EC smo uvrstili v filogenetske, sekvenčne in klonalne skupine ter z metodo PCR preverili tudi prisotnost genov za izbrane VAG ter gene za odpornost proti protimikrobnim učinkovinam. Sposobnost tvorbe biofilmov smo spremljali z gojenjem izolatov v mikrotitrni plošči (angl. Calgary biofilm device). Po 24 ali 48-ih urah smo biofilme, ki so se razvili v dveh različnih gojiščih, spektrofotometrično ovrednotili. Po 24-urni inkubaciji smo opazili močno tvorbo biofilma pri 18,1 % izolatih ESBL-EC v gojišču Luria-Bertani (LB) in pri 51,7 % v minimalnem gojišču z 0,02 % glukoze (MG-glc). S Spermanovim koeficientom korelacije smo zaznali statistično značilno pozitivno ikrobiološkega d povezavo med močno tvorbo biofilma v MG-glc po 24 urah inkubacije, sekvenčno skupino ST131, filogenetsko skupino B2, geni za odpornost proti protimikrobnim učinkovinam ( bla CTX-M-9 in emrE) in VAG afa/dra, fyuA, iha, iroN, irp2, kpsMTI , sat in usp. Rezultati naše raziskave kažejo na to, da so zunajčrevesni izolati ESBL-EC iz sekvenčne skupine ST131 sposobni tvorbe biofilmov, še posebej med pomanjkanjem hranil v gojišču, ter da je biofilmotvornost lahko povezana tudi z nekaterimi dejavniki virulence. S temi rezultati smo prikazali enega izmed možnih razlogov za uspešno globalno širjenje ST131, zlasti v kliničnih okoljih. Ključne besede: Escherichia coli, spodnje dihalne poti, biofilmi, ST131, virulenca lovenskega m ongres S9. k 80 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Mikroplastika in mikrobiološko tveganje v prehranski verigi Anja Klančnik1, Živa Kolenc1, Manca Kovač Viršek2 1Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana 024 2Inštitut za vode Republike Slovenije, Einspielerjeva 6, Ljubljana anja.klancnik@bf.uni-lj.si Mikroplastika se v okolju prenaša med ekosistemi, v človeško telo pa prehaja z vdihavanjem, zaužitjem ali preko kože in sluznic. Mikroplastiko se opredeljuje kot zelo majhne koščke plastike, ki so manjši od pet milimetrov. V letu 2022 je Svetovna zdravstvena organizacija izpostavila možne poti prenosa in vnosa delcev mikroplastike v človeško telo, in sicer prenos preko zraka in kože; ter ruštva - 2 tudi preko hrane in pitne vode. Skrb vzbujajoče je predvsem dejstvo, da se mikrodelci plastike pojavljajo v prehranjevalni verigi različnih morskih in sladkovodnih organizmov, preko katerih dosežejo človeško telo. Mikroplastiko so dokazali v številnih živalih in tudi v različnih živilih. Zaradi pomanjkanja standardiziranih analitičnih metod raziskovalci sami vpeljujejo metode za izolacijo, detekcijo in karakterizacijo mikroplastike morskega in zemeljskega ekosistema, izmed katerih je le nekaj usmerjenih na področje hrane. Na Oddelku za živilstvo Biotehniške fakultete Univerze v Ljubljani je naš cilj najprej razviti zanesljive in natančne metode, ki bodo omogočale detekcijo in kvantifikacijo mikroplastike, da bi lahko ovrednotili njeno prisotnost v prehranski verigi, določili vire ter izpostavljenost človeka mikroplastiki v živilih. Prisotnost mikroplastike v prehranski verigi lahko vpliva na kemijsko in mikrobiološko varnost živil. Zaradi svoje organske sestave mikroplastika omogoča pritrjevanje ostankov hrane ter različnih organskih in anorganskih delcev. To še posebej velja v okolju proizvodnje hrane, kjer mikroplastika ikrobiološkega d povečuje površino za naseljevanje mikrobnih biofilmov, saj prisotni delci hrane nudijo ugodno okolje za njihovo rast. Biofilmi, ki se oblikujejo na mikroplastiki, lahko postanejo vektorji za prenos mikrobnih kontaminacij in okužb. Tako mikroplastika predstavlja potencialno tveganje za mikrobiološko varnost in je lahko vir mikrobnih kontaminacij in okužb v živilski industriji. Ključne besede: mikroplastika, prehranska veriga, biofilm, mikrobiološko tveganje Zahvala: Delo sta omogočila projekt ARIS J4-4548 in program P4-0116. lovenskega m ongres S9. k 81 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Sposobnost tvorbe biofilma bakterije Salmonella Infantis na različnih 024 površinah in protimikrobno delovanje izbranih biocidov Katja Kranjc1, Jana Avberšek2, Neva Šemrov3, Darja Barlič Maganja1, Olga Zorman Rojs4 1Fakulteta za vede o zdravju Izola, Univerza na Primorskem, Polje 42, Izola 2Inštitut za mikrobiologijo in parazitologijo, Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva 60, Ljubljana 3VETERINARSTVO, VET.AM. JATA, d.o.o., Slomškova ulica 30, 1230 Domžale 4Inštitut za perutnino, ptice, male sesalce in plazilce, Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva 60, Ljubljana katja.kranjc@fvz.upr.si ruštva - 2 Salmonella Infantis je najpogosteje izoliran serotip salmonel pri piščancih in v piščančjem mesu, na območju Evropske unije. Ponavljajoča se prisotnost S. Infantis na istih gospodarstvih kaže na izjemno obstojnost in sposobnost širjenja tega serotipa v okolju. Namen naše študije je bil določiti sposobnost adhezije predhodno okarakteriziranega izolata S. Infantis na različne površine in testirati protimikrobni ter protiadhezivni učinek izbranih biocidov. Uporabljen sev S. Infantis 323/19 je izolat iz fecesa piščanca, z določenim rezistotipom ( tet(A), aac(6')-Iaa, aadA1, sul1, parC (T57S), gyrA (S83Y), nfsA (NS159)) in prisotnostjo plazmida pESI (angl. plasmid of emerging S. Infantis). Sposobnost tvorbe biofilma izolata S. Infantis 323/19 smo določali na treh površinah, ki se pogosto uporabljajo v reji in klavnici (plastika, jeklo AISI 304 in AISI 316). Število celic v biofilmu smo določali po 24 in 48 urah inkubacije pri temperaturi 20 °C. Za določitev protimikrobne učinkovitosti biocidov in vitro smo uporabili metodo mikrodilucije v hranilnem mediju. Testirali smo Virocid®, Calgonit sterizid P12 DES, DioksiLEK®, Interkokask® in aktivno/ionizirano vodo. Za določanje ikrobiološkega d protiadhezivnega učinka biocidov smo slednje uporabili v subinhibitorni koncentraciji (1/8 MIC) in po inkubaciji količino nastalega biofilma določili z metodo barvanja s kristal vijoličnim. Z biocidi smo tretirali tudi že nastali biofilm S. Infantis 323/19. Uporabili smo MIK vrednosti biocidov in po 15 min kontaktnem času določili število živih celic v biofilmu. Rezultati so pokazali, da je bilo število bakterij (CFU/cm2) na jeklu AISI 316 statistično značilno nižje kot na ostalima testiranima površinama. V primeru testiranja protiadhezivnega učinka se je ta pokazal ob uporabi biocida Interkokask® in samo po krajšem inkubacijskem času (24 ur). Slednji je bil prav tako najbolj učinkovit pri tretiranju biofilma, v katerem je znižal živost za 12 %. Rezultati naše študije kažejo, da lahko tudi različne površine ali ostanki biocidov pomembno vplivajo na preživetje in zadrževanje salmonele izven gostitelja. lovenskega m Ključne besede: Salmonella Infantis, biofilm, biocidi ongres S9. k 82 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Vpliv mutacij v genih pomembnih pri tvorbi biofilmov bakterij Campylobacter jejuni Pina Osovnikar, Manca Volk, Anja Klančnik 024 Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana pina.osovnikar@gmail.com, anja.klancnik@bf.uni-lj.si Bakterije Campylobacter jejuni so glavni vzrok bakterijskih gastrointestinalnih okužb v EU. Kljub občutljivosti na zunanje dejavnike, bakterije C. jejuni ostajajo zdravstveni problem, delno zaradi sposobnosti tvorbe biofilmov. Razumevanje mehanizmov pritrjevanja in tvorbe biofilmov ter vpliv mutacij na te procese je ključno za razvoj novih metod nadzora nad temi patogeni. ruštva - 2 V naši raziskavi smo se osredotočili na ključne gene bakterij C. jejuni, ki vplivajo na tvorbo biofilmov, vključno z geni, povezanimi z medceličnim signaliziranjem, sintezo polisaharidne kapsule, transportom preko membrane, odzivom na oksidativni stres in globalnimi regulatorji. Preučevali smo mutante v genih luxS, kpsM, omp50, rrpA, rrpB in csrA, da bi razumeli njihov vpliv na pritrjevanje in tvorbo biofilmov. Rezultati so pokazali, da mutacije lahko pozitivno ali negativno vplivajo na sposobnost tvorbe biofilmov. Na primer, mutacija v genu luxS je zmanjšala sposobnost pritrjevanja in tvorbo biofilmov, kar kaže na njegovo vlogo pri prilagajanju metabolizma in prehodu iz planktonskega na obliko biofilma. Po drugi strani pa so mutacije v genih kpsM, rrpA in rrpB izboljšale sposobnost pritrjevanja in tvorbe biofilmov, kar lahko kaže na zaščito celic pred stresom in spremembe v odzivu na oksidativni stres. ikrobiološkega d Zanimivo je bilo tudi odkritje, da mutacije v genu csrA zmanjšajo sposobnost tvorbe biofilmov, kar nasprotuje njegovi znani vlogi pri drugih bakterijah. To kaže, da bi lahko bil gen csrA vpleten v pozitivno regulacijo tvorbe biofilmov pri bakterijah C. jejuni. Skratka, tvorba biofilmov pri bakterijah C. jejuni je kompleksen proces, odvisen od več genov in regulatornih poti. Naša študija je poudarila pomembnost genov, kot so luxS, csrA in kpsM, za razvoj novih strategij nadzora nad temi patogeni. Ključne besede: Campylobacter jejuni, mehanizmi tvorbe biofilma, geni Zahvala: Delo sta omogočila projekta ARIS J4-3088 in J4-4548 ter program P4-0116. lovenskega m ongres S9. k 83 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Tvorba biofilma pri izbranih sevih bakterije Escherichia coli in korelacije z 024 lastnostmi sevov in njihovo patogenostjo Luka Predojević1, Mateja Erdani Kreft2, Darja Keše3, Darja Žgur Bertok1, Marjanca Starčič Erjavec1 1Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana 2Inštitut za biologijo celice, Medicinska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Vrazov trg 2, Ljubljana 3Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo, Medicinska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Zaloška 4, Ljubljana marjanca.starcic.erjavec@bf.uni-lj.si ruštva - 2 Bakterija Escherichia coli ( E. coli) je znana po svoji veliki pestrosti, saj njene seve najdemo tako med komenzalnimi kot patogenimi bakterijami. Sevi E. coli, ki so sposobni tvorbe biofilma, lahko tvorijo biofilm tako na biotski kot abiotski površini, kot so npr. urinarni katetri, kar je velik zdravstveni problem. Biofilm omogoča težje odstranjevanje bakterij, lažjo kolonizacijo gostitelja in tudi zaščito pred gostiteljevo obrambo ter protimikrobnimi učinkovinami. V naših poskusih smo na zmožnost tvorbe biofilma testirali nabor različnih človeških sevov E. coli, izoliranih bodisi iz urina bolnikov bodisi iz blata zdravih ljudi ter laboratorijski sev MG1655. Pripravljene bakterijske suspenzije sevov smo inkubirali v večprekatnih plastičnih ploščah ter nastalo biomaso biofilma obarvali s kristal vijoličnim ter zmerili optično gostoto v etanolu ekstrahiranega barvila pri OD . Rezultate sposobnosti tvorbe biofilma smo primerjali s prej 570 izvedeno genotipizacijo sevov (filogenetska skupina, genski zapisi z virulenco povezanih dejavnikov, serotip, tip oligosaharida sredice LPS) profilom LPS ter patogenostjo seva, kot smo jo ugotovili v poskusih na biomimetičnem in vitro modelu prašičjega urotelija (Predojević in sod., ikrobiološkega d 2022a) in ocenitvijo jakosti citokinskega odgovora, kot smo jo ugotovili s komercialnim kompletom Cytokine & Chemokine 9-Plex Porcine ProcartaPlex™ Panel 1, na aparaturi MAGPIX® (Predojević in sod., 2022b). Primerjave vseh podatkov smo izvedli s pomočjo računalniško posredovanega Fischerjevega eksaktnega testa z naknadno Bonferronijevo korekcijo. Testirani sevi E. coli so se med sabo zelo razlikovali po zmožnosti tvorbe biofilma. Povprečne vrednosti OD so se tako znotraj skupin sevov s podobno patogenostjo in jakostjo citokinskega 570 odgovora razlikovale, a razlika ni bila statistično značilna. Tudi statistična analiza s Fischerjevim eksaktnim testom in Bonferronijevo korekcijo ni razkrila statistično značilnih korelacij med oblikovanimi skupinami sevov glede na njihovo zmožnost tvorbe biofilma in rezultati genotipizacije ter profiliranja LPS. Naša raziskava tako nakazuje, da stopnja sposobnosti tvorbe biofilma ni napovednik patogenosti lovenskega m seva E. coli in jakosti citokinskega imunskega odgovora. Ključne besede: Escherichia coli, biofilm, patogenost Viri: Predojević L, Keše D, Žgur Bertok D, Železnik Ramuta T, Veranič P, Erdani Kreft M, Starčič Erjavec M. A biomimetic porcine urothelial model for assessing Escherichia coli pathogenicity. Microorganisms 2022a; 10: 783, https://doi: ongres S 10.3390/microorganisms10040783 Predojević L, Keše D, Žgur Bertok D, Korva M, Erdani Kreft M, Starčič Erjavec M. Cytokine response of the biomimetic porcine urothelial model to different Escherichia coli strains. Applied Sciences 2022b; 12: 8567, https://doi.org/10.3390/ 9. k app12178567 84 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Vpliv mutacij v genih pomembnih za tvorbo biofilma na adhezijo in invazijo bakterij Campylobacter jejuni v celicah Caco-2 Maja Šikić Pogačar1, Tjaša Damijan2, Tomaž Langerholc2, Manca Volk3, Anja Klančnik3 024 1Medicinska fakulteta, Univerza v Mariboru, Taborska ulica 8, 2000 Maribor 2Fakulteta za kmetijstvo in biosistemske vede, Univerza v Mariboru, Pivola 10, 2311 Hoče 3Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva ulica 101, 1000 Ljubljana maja.sikic@um.si Mikroaerofilne bakterije Campylobacter jejuni so kljub zahtevnim pogojem rasti razširjeni mikroorganizmi in najpogostejši povzročitelji akutnega bakterijskega gastroenteritisa pri ljudeh. ruštva - 2 Predpostavljajo, da ima pri preživetju v naravnem okolju pomembno vlogo tvorba biofilma. Ključni korak, potreben za uspešno tvorbo biofilma, je adhezija bakterij na površino. Sposobnost bakterij C. jejuni, da tvorijo biofilm, je bila dokazana na različnih abiotskih površinah (npr. polistiren, steklo in nerjavno jeklo), ki se uporabljajo v živilski proizvodno-distribucijski verigi. Na celičnem modelu humanih črevesnih celic Caco-2 smo opredelili vpliv mutacij izbranih genov, ki so v že opravljenih poskusih pomembno vplivali na adhezijo tega patogena na abiotsko površino. V raziskavo so bili vključeni referenčni sev C. jejuni NCTC 11168 in njegovi mutanti z mutacijami v genih chuA (prevzem hemina in hemoglobina), csrA (regulacija gibljivosti in odzivov na oksidativni stres), kpsM (sinteza polisaharidne kapsule), luxS (sinteza signalnih molekul v medcelični komunikaciji), omp50 (fosforilacija membranskih proteinov in zaščita pred ROS), rrpA (uravnavanje odziva na aerobni in oksidativni stres), rrpB (uravnavanje odziva na aerobni in oksidativni stres), trpE (vključenost v sistem medcelične komunikacije) in Cj1191c (vključenost v signalno transdukcijo). Vpliv mutacij v izbranih genih na sposobnost adhezije in invazije bakterij Campylobacter jejuni je bil ovrednoten z metodo štetja kolonij (CFU/ml). Pred tem je bil ovrednoten vpliv mutantov na ikrobiološkega d metabolno aktivnost celic Caco-2 s kolorimetričnim testom MTT. Ugotovili smo, da mutacije v genih chuA, csrA, luxS, omp50 in rrpB statistično značilno zmanjšajo sposobnost adhezije bakterij Campylobacter jejuni na celice Caco-2. Mutacije v genih kpsM, trpE in Cj1191c so statistično značilno povečale sposobnost adhezije bakterij Campylobacter jejuni na celice Caco-2. Sposobnost invazije v celice Caco-2 sta imela samo mutanta z mutacijo v genu rrpB in genu luxS. Ostali mutanti niso invadirali v celice Caco-2. Potrebne so nadaljnje raziskave za razvoj strategij, ki omejujejo število okužb in omogočajo nadzor bakterij v živilih. Ključne besede: Campylobacter jejuni, tvorba biofilma, adhezija, invazija, celice Caco-2 Zahvala: Delo so omogočil projekti ARIS J4-3088, J4-4548 in J4-2542 ter program P4-0116. lovenskega m ongres S9. k 85 Tematski sklop: Mikrobi in biofilm Biološki procesi vključeni v tvorbo in razvoj biofilma bakterij 024 Campylobacter jejuni Manca Volk, Anja Klančnik Katedra za biotehnologijo mikrobiologijo in varnost živil, Oddelek za živilstvo, Biotehniška Fakulteta, Ljubljana manca.volk@bf.uni-lj.si Bakterije Campylobacter jejuni so po Gramu negativne, mikroaerofilne bakterije, prisotne v črevesju ruštva - 2 perutnine in drugih živali. So glavni vzrok zoonoz v Evropski Uniji, saj predstavljajo 62 % prijavljenih primerov. Bakterije C. jejuni potrebujejo za rast specifične pogoje, vendar so kljub občutljivosti vsesplošno razširjene v okolju. Preživetje ter zaščito pred neugodnimi dejavniki jim omogočajo prilagoditveni mehanizmi, med katerimi je tudi tvorba biofilma. Molekularna regulacija tvorbe biofilma pri bakterijah C. jejuni ostaja neraziskana. Namen raziskave je bil z metodo sekvenciranja RNA pridobiti vpogled v gene, ki se različno izražajo med biofilmom in planktonsko kulturo ter kako se to izražanje spreminja skozi različne faze razvoja biofilma. Bakterije smo gojili v različnih časovnih točkah (16 h, 24 h, 48 h ter 72 h), sledila je izolacija in sekvenciranje RNA. Za diferencialno izražene gene smo izbrali tiste z absolutno vrednostjo log ≥ 1 in prilagojeno vrednost p ≤ 0,05. Ugotovili smo, da je bilo pri 16 h biofilmu 2 224 diferencialno izraženih genov, v 24 h biofilmu 443 genov, v 48 h biofilmu 374 genov in v 72 h biofilmu 369 genov. Največji delež diferencialno izraženih genov je bil pri 24 h biofilmu (29,5 %), najmanjši pri 16 h biofilmu (14,9 %). Funkcijska analiza diferencialno izraženih genov je ikrobiološkega d razkrila njihovo vključenost v biološke procese in funkcije. Pri 24 h biofilmu smo opazili največje spremembe pri genih vključenih v različne metabolne procese (metabolizem kofaktorjev in vitaminov, ogljikovih hidratov in aminokislin) in translacije. Pri 48 h in 72 h biofilmu smo zabeležili povišano izražanje genov povezanih z gibljivostjo in translacijo . Z uporabo metode RNA sekvenciranja smo raziskali biološke procese, ki se odvijajo med nastajanjem in razvojem biofilma. Razumevanje teh procesov je bistveno za razvoj novih tarčnih alternativnih strategij nadzora in preprečevanja nastajanja biofilmov patogenih bakterij C. jejuni. To je še posebej pomembno v kontekstu zagotavljanja varnosti hrane v proizvodnih procesih. Ključne besede: Campylobacter jejuni, razvoj biofilma, sekvenciranje RNA, izražanje genov Zahvala: Delo so omogočili projekti ARIS MR VOLK, J4-3088 in J4-4548 ter program P4-0116. lovenskega m ongres S9. k 86 Mikrobi in 024 zdravje ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 87 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Pilotna študija bakterijskih združb pri bolnikih z rakom sečnega mehurja 024 Tomaž Accetto1, Katja Strašek Smrdel2, Milena Taskovska3,4, Marjanca Starčič Erjavec1, Aleksandar Janev5, Tomaž Smrkolj3,4, Katja Seme2, Mateja Erdani Kreft5 1Oddelek za mikrobiologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani 2Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo, Medicinska fakulteta, Univerza v Ljubljani 3Oddelek za urologijo, Univerzitetni klinični center Ljubljana 4Katedra za kirurgijo, Medicinska fakulteta, Univerza v Ljubljani 5Inštitut za biologijo celice, Medicinska fakulteta, Univerza v Ljubljani tomaz.accetto@bf.uni-lj.si ruštva - 2 Urin zdravih ljudi je dolgo veljal za sterilnega, a so študije, ki so uporabljale amplikonsko sekvenciranje gena za 16S ribosomsko RNA, v zadnjih desetih letih dokazale prisotnost mikrobnih združb v urinu. Temu je sledil razvoj gojitvenega pristopa, ki je potrdil obstoj mikrobnih združb urina, ki so sicer dokaj redke, s povprečno 105 bakterijami/ml urina. Te združbe so precej različne med posamezniki, a z malo raznolikostjo vrst v enem vzorcu. Še največ je znanega o mikrobioti urina zdravih žensk, v kateri pogosto prevladujejo rodovi Lactobacil us, Gardnerella in Streptococcus, veliko pa je tudi vzorcev, v katerih noben rod ne prevladuje. Povezava med bakterijsko združbo urina, njeno dnevno dinamiko in življenjskim slogom, vključno z uživanjem tekočin, prehrano in gibanjem, ni znana. Rak sečnega mehurja je drugi najpogostejši rak urinarnega trakta in je pomemben javno zdravstveni problem. Do sedaj je že nekaj študij proučevalo mikrobioto rakavega tkiva in urina rakavih bolnikov. Študije rakavega tkiva so pokazale na nekaj rodov, ki naj bi bili obogateni, vendar se ti med študijami niso ujemali. Združbe urina bolnikov z rakom sečnega mehurja se v preteklih študijah niso razlikovale od združb zdravih niti na ordinatnih diagramih, ikrobiološkega d kot tudi ne s statističnimi testi. Vendarle pa so te študije pokazale na različno prisotnost nekaterih rodov v vzorcih bolnikov v primerjavi z zdravimi, a so bili med študijami ti rezultati protislovni. V pričujoči študiji smo s kvantitativnim pristopom najprej ovrednotili bakterijsko obremenitev urina in nato s sekvenciranjem gena 16S še raznolikost urinskih združb bolnikov z rakom sečnega mehurja, zdravih prostovoljcev in bolnikov z infekcijo urinarnega trakta. Rezultati kažejo na značilno nižjo gostoto bakterijske združbe v bolnikih z rakom glede na ostali skupini in da najbrž ni le enega, za rak značilnega stanja, urinske mikrobiote. Ključne besede: urin, bakterije, združba, rak sečnega mehurja, sekvenciranje 16S lovenskega m ongres S9. k 88 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Pojavljanje enterovirusa D68 v kliničnih vzorcih testiranih na NLZOH Maribor med leti 2021 in 2023 Mojca Cimerman1, Nika Volmajer1, Nataša Berginc2, Katja Soršak1, Emina Bešić1, Natalia Abramenko1, Andrej Golle1 024 1NLZOH, Prvomajska ulica 1, Maribor 2NLZOH, Grablovičeva ulica 44, Ljubljana mojca.cimerman@nlzoh.si Enterovirus D68 uvrščamo v rod enterovirusov, soroden je rinovirusom in se prenaša kapljično. Bolezen običajno poteka z znaki blagega prehlada, vendar lahko enterovirusi povzročajo širok spekter simptomov. Enterovirus D68 (EV-D68) so prvič opisali leta 1962, ponovno so ga zaznali ruštva - 2 leta 2010, pojavlja se večinoma pozno poleti in zgodaj jeseni ter lahko povzroča izbruhe. Povzroča lahko respiratorne in nevrološke simptome ter lahko vodi do akutne ohlapne ohromelosti, podobne otroški paralizi, ki jo povzročajo poliovirusi. Leta 2014 je med avgustom in oktobrom potekal večji izbruh EV-D68 v ZDA in v Kanadi, povečano kroženje pa smo takrat zaznali tudi v Evropi. V Laboratoriju za klinično molekularno diagnostiko na NLZOH v Mariboru smo v arhivskih vzorcih dihal, prejetih v mesecih avgust, september in oktober 2021, 2022 in 2023, iskali enterovirus EV-D68. V vzorcih smo predhodno dokazali skupino rinovirus/enterovirus, ki je v našem vsakodnevnem testiranju ne razlikujemo. V študijo smo vključili 187 vzorcev iz leta 2021, 249 vzorcev iz leta 2022 in 340 vzorcev iz leta 2023. Izvedli smo molekularni test za potrditev enterovirusov. V vzorcih, kjer smo našli enteroviruse, smo iskali EV-D68. Ugotovili smo, da v vzorcih iz leta 2021, med 42 enterovirusi, nismo potrdili EV-D68. V vzorcih iz leta 2022 smo med 61 enterovirusi našli 36 EV-D68 (59,0 %), od tega 28 (77,7 %) med otroci do 15 leta starosti. V letu 2023 smo med 45 enterovirusi ikrobiološkega d našli 18 EV-D68 (40 %), od tega 6 pri otrocih (33,3 %). Rezultati kažejo, da se tudi v našem naboru vzorcev pojavlja EV-D68, ki lahko zlasti pri otrocih, povzroča težje poteke bolezni. Zaradi kapljičnega prenosa virusa je potreben hiter odziv pri odkrivanju prvih primerov bolezni, saj lahko tako preprečimo nadaljnje širjenje virusa v populaciji. Prav tako bi bilo smiselno redno spremljanje pojavljanja EV-D68 in tudi drugih tipov enterovirusov. Ključne besede: enterovirusi, EV-D68, okužbe dihal lovenskega m ongres S9. k 89 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Dualistična narava mikroorganizmov: po gramu pozitivne bakterije iz 024 rodu Enterococcus, Streptococcus, Bacillus in Clostridium kot probiotiki in patogeni Sabina Fijan1, Andrej Steyer2, Mojca Fifer3 1Fakulteta za zdravstvene vede, Univerza v Mariboru, Žitna ulica 15, Maribor 2Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Oddelek za javnozdravstveno mikrobiologijo, Grablovičeva 44, 1000 Ljubljana 3Wohn- und Pflegezentrum Stockberg, Stockbergstrasse 9, 8854 Siebnen, Švica sabina.fijan@um.si ruštva - 2 Poznamo patogene, komenzalne, oportunistične in koristne seve mikroorganizmov. Posebna koristna skupina mikroorganizmov so probiotiki, ki so po definiciji 'živi mikroorganizmi, ki pozitivno učinkujejo na zdravje gostitelja, kadar jih apliciramo v zadostnem številu'. Probiotični, oportunistični in patogeni sevi mikroorganizmov se razlikujejo v koristnih učinkih in virulenčnih dejavnikih, ki jih izražajo. S pregledom literature smo analizirali nabor sevov probiotičnih in patogenih mikroorganizmov. Bakterije iz rodu Enterococcus in Streptococcus so po gramu pozitivni koki, bakterije iz rodu Bacil us in Clostridium so po gramu pozitivni, sporogeni bacili. Slednja rodova sta se nedavno razdelila na več rodov. Med probiotične seve iz rodu Enterococcus in Streptococcus spadajo sevi kot so Enterococcus faecium CECT 4515, NCIMB 10415 (SF68), LAC7.2, AL41, DSM 7134, ST651ea, ST7319ea, 669, Enterococcus lactis YY1, Enterococcus faecalis Symbioflor 1, Enterococcus durans A8–1, HS03, Streptococcus salivarius K12, DB-B5, APC151. Po drugi strani so med patogenimi sevi znani proti vankomicinu odporni enterokoki (VRE), Enterococcus faecalis OG1RF, Streptococcus pyogenes emm3/ST15, Streptococcus agalactiae LGMAI_St_08, S13 in drugi. ikrobiološkega d Med probiotične seve spadajo sevi Bacilus amyloliquefaciens CGMCC 9384, CECT 5940, sev Bacilus cereus A 05, sevi Bacil us (po novem Alkalihalobacillus) clausii SC109, UBBC-07, SNZ 1971, sevi Bacil us (po novem Weizmannia) coagulans SC208, DSM 17654, MY01, MTCC 5856, VHProbi C08, Unique IS2, GBI-30, SNZ 1969, sev Bacillus licheniformis SL307, sevi Bacillus subtilis Fa17.2, ANSB060, KD1, PS-216, C-3120, KN-42, R0179, LS 1–2, HU58, MY02, DE111, CU1, SNZ 1972, PB6, sev Bacil us indicus HU36 in seva Clostridium butyricum FERM-BP 2789 in MIYAIRI 588 (CBM588). Patogeni sevi vključujejo Bacil us cereus G9241, 03BB87, 03BB102, Elc2, FL2013, LA2007, LA4726, ATCC 14579, Bacillus anthracis Ames, Clostridioides difficile NAP1/BI/027, non-27, Clostridium perfringenes SM101 in druge. Na podlagi rezultatov ugotavljamo, da ne moremo kategorizirat taksonomskih vrst na patogene ali probiotične mikroorganizme, zato je potrebno nujno poznati značilnosti posameznih sevov mikroorganizmov. lovenskega m Ključne besede: probiotiki patogeni, Enterococcus, Streptococcus, Bacilus, Clostridioides, Escherichia ongres S9. k 90 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Probiotiki nove generacije – definicije, karakterizacija, mehanizmi delovanja Sabina Fijan1, Ana Ungar2, Maja Šikić Pogačar3 024 1Fakulteta za zdravstvene vede, Univerza v Mariboru, Žitna ulica 15, Maribor 2Univerzitetni klinični center Maribor, Urgentni center, Ljubljanska ulica 5, Maribor 3Medicinska fakulteta, Univerza v Mariboru, Taborska ulica 8, Maribor sabina.fijan@um.si Med probiotike nove generacije spadajo posamezni predstavniki črevesne mikrobiote s potencialnim pozitivnim učinkom na zdravje. Sicer ustrezajo definiciji probiotikov, vendar med ruštva - 2 njimi uvrščamo tiste mikroorganizme, ki se do sedaj še niso uporabljali za promocijo zdravja ljudi. Za njihovo bodočo uporabo mora zanje veljati, da imajo status GRAS (splošno priznani kot varni) za področje ZDA in status kvalificirane domneve o varnosti (QPS) za področje Evrope s strani Evropske agencije za varnost hrane (EFSA). Drug izraz, ki se zanje uporablja so živi bioterapevtski produkti, ki predstavljajo medicinske produkte, ki vsebujejo žive mikroorganizme (bakterije ali kvasovke) za humano uporabo. Med najbolj obetavnimi bodočimi probiotiki nove generacije so bakterije iz vrst Faecalibacterium prausnitzi , Akkermansia muciniphila, Clostridium butyricum, Bacteroides xylanisolvens, Bacteroides fragilis, Bacteroides thetaiotaomicron, Eubacterium hallii, Prevotella copri, Christensenella minuta, Parabacteroides goldsteini . Zelo pomembne so natančne informacije o teh potencialnih probiotikih in njihovih metabolitih, pridobljene s sodobnimi molekularnimi metodami sekveniranja, izboljšanimi klasičnimi metodami kultivacije, uporabo proteomike. Najbolj pomembne so s placebom kontrolirane randomizirane klinične študije na ljudeh, ki pokažejo statistično značilno razliko v prid probiotikom nove generacije. Iz dosedanjih in vitro raziskav ter raziskav na živalih ugotavljajo, da bakterije nove generacije izločajo metabolite, ikrobiološkega d ki uravnavajo fiziologijo gostitelja, delujejo protivnetno in imunomodulatorno. Tako nekateri predstavniki probiotikov nove generacije stimulirajo sproščanje kratkoverižnih maščobnih kislin, kot so butirat, acetat in propionat ter protivnetnih proteinov in glikoproteinov kot so mucini in protivnetni citokini (Il-10, Il-4 idr.). Predstavniki probiotikov nove generacije tudi zmanjšuje vnetje z inhibiranjem sproščanja vnetnih citokinov, kot so TNF-α, IFN-γ, NF-κB. Prav tako na splošno zmanjšujejo disbiozo in s tem zmanjšujejo pojavnost nekaterih bolezni. Med različnimi strategijami, kjer so prehranski in terapevtski posegi v kombinaciji, so tako probiotiki nove generacije opredeljeni kot obetavna rešitev, tako v preventivnem kot terapevtskem smislu. Kot probiotik nove generacije se na tržišču že prodaja sev Clostridium butyricum MIYAIRI 588. Ključne besede: probiotiki nove generacije, Akkermansia muciniphila, Faecalibacterium prausnitzi , Clostridium butyricum lovenskega m ongres S9. k 91 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Razširjenost in molekularna opredelitev strameopile Blastocystis spp. pri 024 ljudeh in psih Diana Jernej1, Andrej Steyer2, Tina Triglav1, Tina Mikuletič1, Barbara Šoba1 1Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo, Medicinska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Zaloška 4, 1000 Ljubljana 2Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Grablovičeva 44, 1000 Ljubljana dj8785@student.uni-lj.si ruštva - 2 Blastocystis je pri ljudeh in živalih eden najbolj razširjenih črevesnih mikrobnih evkariontov z izredno genetsko raznolikostjo. Na osnovi gena za malo ribosomsko podenoto (SSU rRNA) ga delimo na vsaj 30 podtipov. Pri ljudeh so najpogostejši podtipi ST1-ST4. Mnenja o patogenosti tega evkarionta so deljena, saj se pojavlja tako pri bolnikih z gastroenteritisom kot tudi pri zdravi populaciji. Za ugotavljanje razširjenosti Blastocystis spp. pri bolnikih z drisko v Sloveniji smo v raziskavo vključili 249 vzorcev blata bolnikov, ki so bili januarja in februarja letos testirani na povzročitelje gastroenteritisov na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo, MF, UL. Da bi ugotovili razlike v razširjenosti Blastocystis spp. med bolno in zdravo populacijo, smo uporabili 379 izolatov DNK iz blata enakega števila otrok, starih od 0 do 6 let, od tega 292 vzorcev otrok z drisko in 87 vzorcev zdravih otrok brez driske, ki so predstavljali kontrolno skupino. Vzorce smo pridobili med oktobrom 2011 in oktobrom 2012. Razširjenost Blastocystis spp. pri psih smo ugotavljali z analizo 79 vzorcev blata psov z drisko. Blastocystis spp. smo dokazovali s PCR v realnem času, pri čemer smo pomnoževali specifični del gena za SSU rRNA, podtipe pa opredelili z analizo nukleotidnih ikrobiološkega d zaporedij. Blastocystis spp. smo dokazali v blatu 20 (8,0 %) bolnikov z drisko iz začetka letošnjega leta. Od teh smo podtipe uspešno opredelili pri 11 (ST2-ST4). Od 379 vzorcev otrok je bilo pozitivnih devet (3,1 %) vzorcev otrok z drisko in šest (6,9 %) vzorcev otrok iz kontrolne skupine, razlika ni statistično značilna (p=0.11). Pri treh otrocih z drisko smo uspešno opredelili podtipe ST2-ST4, pri petih otrocih iz kontrolne skupine pa podtipe ST2, ST3 in ST7. Blastocystis spp. smo ugotovili pri sedmih (8,9 %) psih, podtipov pa ni bilo mogoče opredeliti. Ključne besede: Blastocystis, ljudje, psi, pojavnost, podtipi lovenskega m ongres S9. k 92 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje COVID-19: razvoj materialov s protivirusnim delovanjem in testiranje učinkovitosti filtracije zaščitnih mask Tamara Košir1, Katja Fric1, Arijana Filipić1, Maja Ravnikar1, Olivija Plohl2, Lidija Fras Zemljič2, Ivan Jerman3, Polona 024 Kogovšek1 1Nacionalni inštitut za biologijo, Večna pot 121, Ljubljana 2Fakulteta za strojništvo, Univerza v Mariboru, Smetanova ulica 17, Maribor 3Kemijski inštitut, Hajdrihova ulica 19, Ljubljana polona.kogovsek@nib.si Na začetku pandemije COVID-19 smo bili soočeni z velikim pomanjkanjem zaščitnih mask, ki so predstavljale ključno linijo obrambe pred razširjanjem virusa SARS-CoV-2. Kot odgovor ruštva - 2 na povišane potrebe so se na trgu pojavili novi proizvajalci mask, respiratorjev in materialov, namenjenih proizvodnji zaščitne opreme, kar je vodilo v potrebo po določanju njihove kakovosti in učinkovitosti. V ta namen smo razvili postopek testiranja učinkovitosti bakterijske (BFE) in virusne filtracije (VFE) zaščitnih mask in materialov, v skladu z evropskim standardom EN 14683:2019. Pri tem smo uporabili bakterijo S. aureus in bakteriofag MS2, ki je nekoliko manjši od virusa SARS-CoV-2. Izvedli smo primerjalne študije na skupno skoraj 400 vzorcih mask in materialov, v katere smo vključili tudi vzorce slovenskih proizvajalcev in uvoznikov. Približno polovica mask in materialov, katerim smo določili BFE je imela visoko filtracijsko učinkovitost, nad 98%. Za izbrane zaščitne maske in respiratorje smo določili tudi VFE, ki je bil nad 99%, medtem ko je VFE materialov znašal 98% in več. Tekom testiranja VFE smo uporabili različne eksperimentalne postavitve in med njimi dokazali enako ponovljive in s tem zanesljive rezultate. Obenem smo razvijali protivirusne spojine, ki se lahko nanesejo na materiale, in preverili njihovo delovanje proti bakteriofagu phi6, modelnemu virusu za SARS-CoV-2. Tako smo ocenili, da imajo nekatere naravne spojine dobro protivirusno delovanje, in sicer lahko hitozani z visoko in nizko molekularno maso pri ustreznih ikrobiološkega d pogojih inaktivirajo več kot 6 logaritmov virusa. Ob aplikaciji spojine na material se učinkovitost inaktivacije zmanjša in pri hitozanu z visoko molekularno maso dosega 1 logaritem. Poleg naravnih spojin smo preučili tudi protivirusno delovanje posebne kombinacije bakra in grafena, ki smo jo nanesli na materiale za izdelavo mask. Pokazali smo močno protivirusno delovanje, saj smo inaktivirali več kot 5 logaritmov virusa. Ključne besede: virusna inaktivacija, protivirusne spojine, maske, BFE, VFE lovenskega m ongres S9. k 93 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Razširjenost hipervirulentnih sevov bakterije Klebsiella pneumoniae 024 Dane Lužnik, Vesna Špendal, Nataša Fajfar, Viktorija Tomič Univerzitetna klinika za pljučne bolezni in alergijo Golnik, Golnik 36, Golnik dane.luznik@klinika-golnik.si Pojav hipervirulentnih sevov bakterije Klebsiel a pneumoniae (hvKp) predstavlja resen zdravstveni problem, saj so sevi hvKp bolj virulentni kot običajna K. pneumoniae in zato zmožni povzročiti ruštva - 2 okužbe tudi v zdravih posameznikih. Gene hipervirulence najdemo na velikih virulenčnih plazmidih kot tudi na kromosomskih mobilnih genetskih elementih, ki jih lahko uporabimo kot biomarkerje za določitev hvKp. Ti virulenčni faktorji so štiri sideroforni sistemi za privzem železa (enterobaktin ( ent), yersinabaktin ( ybt), aerobaktin (iuc), salmohelin ( iro) , toksin kolibaktin in geni za uravnavanje tvorbe sluzi ( rpmA). S pilotno raziskavo smo želeli ugotoviti razširjenost hvKP pri izolatih K. pneumonaie, izoliranih na Univerzitetni kliniki Golnik (UKG). Iz zbirke sevov smo izbrali 20 CRE-CPE in ESBL+ sevov bakterije K. pneumoniae, izoliranih med leti 2013 in 2023. Na aparatu Genie II (OptiGene, VB) smo izvedli test eazyplex hv- K. pneumoniae (AmplexDiagnostics, Nemčija), ki deluje na principu LAMP (ang. Loop-mediated amplification) in zaznava gene za virulenčne faktorje, povezane s hipervirulenco K. pneumoniae. Testirali smo 10 sevov bakterije K. pneumoniae CRE-CPE. Štirje izolati iz let 2022 in 2023 imajo prisotne gene za različne virulenčne dejavnike hipervirulence ( ybt, rmpA, iucC). Dva izolata iz istega ikrobiološkega d obdobja imata prisoten samo gen ybt. En izolat z leta 2021 nima prisotnega nobenega iskanega gena za virulenco. Starejši izolati (2013-2018) imajo prisoten samo gen ybt. Od 10 testiranih sevov bakterije K. pneumoniae ESBL+ smo pri 5 sevih zaznali gen ybt, pri ostalih 5 sevih nismo zaznali nobenega iskanega gena. Rezultati so pokazali, da so zadnja leta sevi hvKp prisotni tudi pri bolnikih na UKG čeprav bi bilo treba za boljše podatke o razširjenosti izvesti večjo študijo z večjim številom testiranih sevov. Še posebej zaskrbljujoč je visok delež hvKp med sevi, odpornimi na karbapeneme. Z nevarnostjo, ki jo hipervirulentni sevi predstavljajo za bolnike, bi morali biti zdravstveni delavci bolje seznanjeni in testiranje za hipervirulenco in antibiotično odpornost izvedeno pogosteje. Ključne besede: hipervirulenca, Klebsiel a pneumoniae, LAMP lovenskega m ongres S9. k 94 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Rekombinantna mlečnokislinska bakterija Lactococcus lactis z zmožnostjo izločanja heterolognih endolizinov proti patogeni bakteriji Clostridioides difficile 024 Jure Pohleven1, Maruša Bizjak1, Maja Rupnik2,3, Krištof Bozovičar4, Tomaž Bratkovič4, Aleš Berlec1,4 1Institut "Jožef Stefan", Jamova cesta 39, Ljubljana 2Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Prvomajska ulica 1, Maribor 3Medicinska fakulteta, Univerza v Mariboru, Taborska ulica 8, Maribor 4Fakulteta za farmacijo, Univerza v Ljubljani, Aškerčeva cesta 7, Ljubljana ales.berlec@ijs.si Clostridioides difficile je patogena črevesna bakterija, ki lahko povzroča smrtno nevarne črevesne ruštva - 2 okužbe, po drugi strani pa je mlečnokislinska bakterija Lactococcus lactis del normalne črevesne mikrobiote, ki preprečuje rast patogenih bakterij. Poleg tega se je gensko spremenjena bakterija L. lactis izkazala kot obetaven peroralni dostavni sistem, ki lahko izraža heterologne proteine za zdravljenje različnih bolezni. Cilj te raziskave je združiti koristi potencialnih probiotičnih lastnosti bakterije L. lactis s protimikrobnim delovanjem gensko spremenjene bakterije L. lactis, ki izloča heterologne endolizine, specifične za patogeno bakterijo C. difficile. Endolizini so bakteriofagni encimi, ki z razgradnjo celične stene lizirajo in uničijo bakterijske celice ter tako omogočijo sprostitev novonastalih bakteriofagov. Zato so učinkovit in obetaven razred protibakterijskih učinkovin, specifičnih za določeno vrsto bakterij in tako ne vplivajo na gostiteljevo normalno črevesno mikrobioto, poleg tega pa niso podvrženi bakterijski odpornosti. Ti proteini so navadno modularni, zgrajeni iz dveh domen – encimsko aktivne domene (EAD) in domene, ki veže celično steno (CBD). Endolizini so prisotni tudi v profagih, bakteriofagnih genomih vključenih v bakterijsko DNA. ikrobiološkega d Da bi našli nove endolizine, specifične za C. difficile, smo izvedli bioinformacijsko študijo ter tako identificirali in raziskali domnevne profagne endolizine iz 151 genomov različnih sevov C. difficile. Pri tem smo uporabili različna orodja, kot so PHASTER za identifikacijo profagov, InterPro za napoved domen EAD in CBD in paket EMBOSS za primerjavo aminokislinskih zaporedij z algoritmom Needleman–Wunsch ter na podlagi tega s programom Orange najdene domene endolizinov razvrstili v skupine in jih vizualno predstavili. Našli smo 77 novih domnevnih fagnih endolizinov, sestavljenih iz domen EAD in CBD. Na podlagi zaporedja najdenih endolizinov smo na koncu izbrali dva, poimenovana Endo1 in Endo2, ki smo ju klonirali in heterologno izrazili v bakterijskih sistemih za izražanje ter ugotavljali njuno specifično litično aktivnost proti bakterijam, vključno s C. difficile. lovenskega m Ključne besede: Lactococcus lactis, Clostridioides difficile, endolizini, litična aktivnost ongres S9. k 95 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Vpliv škroba na sestavo mikrobioma vampa pri ovcah in razvoj subakutne 024 vampove acidoze (SARA) Alen Radolič, Luka Lipoglavšek, Lijana Fanedl, Gorazd Avguštin UL, Biotehniška fakulteta, Oddelek za mikrobiologijo, Katedra za mikrobno diverziteto, mikrobiomiko in biotehnologijo, Groblje 3, Domžale gorazd.avgustin@bf.uni-lj.si Subakutna vampova acidoza (SARA) je pogost pojav prehranske motnje pri prežvekovalcih, ki je ruštva - 2 posledica sestave krme s povečano vsebnostjo lahko razgradljivih ogljikovih hidratov, običajno škroba. V predmikrobiomski dobi so za povzročitelja označili bakterijo Streptococcus bovis, ki na škrobu izjemno hitro raste in zaradi fermentacijske proizvodnje mlečne kisline zakisa vamp. Tako omogoči razrast laktobacilov, ki ta proces nadaljujejo do pojava vampove acidoze, ki lahko vodi tudi v smrt živali. Prve mikrobiomske raziskave niso enoznačno potrdile omenjene razlage. V naši raziskavi smo uporabili šaržni anaerobni bioreaktorski sistem Gas Endeavour®, s katerim smo simulirali razmere v vampu ovac in tako in vitro preučevali ter primerjali vpliv različnih vrst škroba (krompirjev, koruzni škrob) in različnih koncentracij škroba. Spremembe smo spremljali na nivoju aktivnosti mikrobioma (proizvodnjo plinov in kratkoverižnih maščobnih kislin (KMK), ter posledično spremembe pH) in na nivoju sestave bakterijskega in arhejskega dela mikrobioma. Z molekularnimi mikrobiomskimi metodami in bioinformacijsko analizo pa smo preučevali vpliv teh učinkovin na sestavo bakterijskega in arhejskega dela vampovega mikrobioma. Ugotovili smo, da se pH zaradi naraščajoče koncentracije škroba v gojišču po zaključku procesa ne spremeni značilno vse dokler koncentracija škroba ne doseže 0,8 (ut.%), ko pride do značilnega padca pH pod 5. ikrobiološkega d Sestava KMK se postopoma spreminja z naraščajočo koncentracijo škroba, največja je prav tako pri najvišji koncentraciji škroba (0,8 %). Naraščajoča koncentracija škroba povzroči povečevanje produkcije CO , sočasno pa zmanjševanje produkcije metana, ki ga v poskusu z 0,8 % škroba v 2 gojišču nismo več zasledili, se je pa pojavil vodik. Sestava bakterijskega dela mikrobioma se z naraščajočo koncentracijo škroba v gojišču vedno bolj spreminja, na arhejski del mikrobioma pa škrob v gojišču nima vpliva vse do koncentracije 0,8 %, ki povzroči opazne spremembe. Ključne besede: SARA, škrob, prežvekovalci, vamp, mikrobiom lovenskega m ongres S9. k 96 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Ali brakični obalni ekosistemi res predstavljajo nevarnost za nove oblike škodljivih cvetenj alg v Sloveniji? Petra Slavinec1,2, Janja Francé1, Patricija Mozetič1 024 1Morska biološka postaja, Nacionalni inštitut za biologijo, Fornače 41, Piran 2Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana petra.slavinec@nib.si Globalni pojav škodljivih cvetenj alg (HAB) povezujemo s strupenimi in škodljivimi vrstami mikroalg, ki povzročajo različne zastrupitve z morsko hrano pri ljudeh, pogine morskih organizmov in druge negativne posledice v vodnih ekosistemih, povečini morskih.V slovenskem morju se ruštva - 2 redno pojavlja 12 vrst dinoflagelatov, ki so povzročitelji diarejogene in (potencialno) paralitične zastrupitve s školjkami, kot tudi diatomej iz rodu Pseudo-nitzschia, v katerem prav tako najdemo potencialno toksične vrste za amnezijsko zastrupitev s školjkami. V študiji, ki je potekala med leti 2018 in 2022, smo popisali diverziteto mikroalg brakičnih in antropogeno spremenjenih okolij vzdolž slovenske obale (Luka Koper, Škocjanski zatok in Stjuža), ki so lahko recipientsko okolje za tujerodne vrste, smo identificirali 28 HAB taksonov, od tega smo tri opazili prvič. Novo opaženi organizmi predstavljajo potencialno nevarnost za nove vrste zastrupitev. Za Coolio monotis, pri nas prvič opaženega dinoflagelata, je značilna proizvodnja cooliotoksinov, kateri lahko povzročajo nevrotoksične zastrupitve. Isti tip zastrupitve lahko povzročijo tudi nekatere cianobakterije iz (v morju) prvič opaženega rodu Anabaena, ki proizvajajo nekaj različnih toksinov, vključno z anatoksinom in mikrocistinom, ki pa lahko hkrati povzročajo tudi gastrointestinalne težave. Drugi rod cianobakterij, ki smo ga med študijo opazili prvič, Lyngbya, pa predstavlja nevarnost za nov tip zastrupitev, saj nekateri predstavniki rodu proizvajajo lyngbyatoksine, ki so dermatotoksični. ikrobiološkega d Ključne besede: mikroalge, HAB, toksini lovenskega m ongres S9. k 97 Tematski sklop: Mikrobi in zdravje Genomska analiza prvih slovenskih izolatov bakterije Leptospira spp. 024 Katja Strašek Smrdel1, Eva Ružić Sabljić1, Andraž Celar Šturm1, Tjaša Cerar Kišek2 1Medicinska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Zaloška 4, Ljubljana 2NLZOH, Grablovičeva, Ljubljana katja.strasek@mf.uni-lj.si Rod Leptospira vsebuje številne patogene in nepatogene vrste. Patogene vrste so prisotne pri ruštva - 2 številnih domačih in divjih živalih, ki izločajo bakterije preko urina ter tako onesnažijo vodo, travnike in polja. Človek se okuži preko kontaminiranega okolja ali okuženih živali. Prvi primer leptospiroze v Sloveniji je bil poročan leta 1938 v Murski Soboti, povprečna letna incidenca leptospiroze v zadnjih desetih letih pa je znašala 0,89/100.000 prebivalcev, kar predstavlja tretjo najvišjo incidenco v državah EU. Za mikrobiološko potrditev okužbe se v večini uporabljajo serološke metode, bakterijo lahko osamimo iz bolnikove krvi, likvorja ali urina, vendar je metoda nizko občutljiva, zahtevna in dolgotrajna. V obdobju 2004-2023 smo bakterijo osamili iz krvi 12 bolnikov. Sekvenciranje celotnega genoma je bilo opravljeno pri 9 slovenskih izolatih leptospir. Nukleinsko kislino smo osamili s kompletom DNeasy Blood&Tissue (Qiagen), za pripravo knjižnic smo uporabili komplet Nextera XT(Il umina) in sekvencirali z NextSeq550(Il umina). Kvaliteto odčitkov smo preverili z orodjem FastQC in jih sestavili v genome s programom SPAdes. Identifikacijo vrste smo opravili s spletnim orodjem KmerFinder. Z analizo MLST smo izolatom določili sekvenčni tip po shemah MLST#1/2 v podatkovni bazi PubMLST. Filogenetsko sorodnost smo preverili s shemo ikrobiološkega d cgMLST Leptospira Institut Pasteur, ki temelji na 545 dobro ohranjenih genih pri rodu Leptospira. Sorodstveno drevo smo izrisali glede na alelne razlike med izolati z orodjem Seqsphere+ (Ridom). Prvim slovenskim izolatom smo določili naslednje vrste: Leptospira interrogans in L. borgpeterseni (po trije izolati), L. kirschneri (dva izolata), L. santarosai (en izolat). Sekvenčne tipe po shemah MLST#1 in #2 smo uspešno določili osmim izolatom, le izolat L. santarosai je imel nedoločljiv ST. Pri večini izolatov smo uspešno določili sekvenčni tip (cgST). Pri izolatu L. santarosai tudi z analizo cgMLST nismo uspeli določiti cgST. Po podrobnem pregledu odčitkov tega izolata z orodjem Kraken2 smo ugotovili, da večina odčitkov sicer pripada vrsti L. santarosai, a je prisotno tudi nekaj odčitkov, ki pripadajo vrstama L. noguchi in L. interrogans. Izolat smo osamili iz krvi bolnika, ki je potoval preko številnih celin. Predpostavljamo, da je imel bolnik mešano okužbo ali pa je prišlo do kontaminacije med postopkom osamitve borelije. lovenskega m Ključne besede: Leptospira spp, WGS, Slovenija ongres S9. k 98 Mikrobi in 024 protimikrobne učinkovine ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 99 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Pojavnost protimikrobne odpornosti indikatorjev fekalnega onesnaženja 024 pri različnih fazah čiščenja v dveh komunalnih čistilnih napravah Eva Mežnar, Aneja Štuhec, Darja Istenič, Karmen Godič Torkar Zdravstvena fakulteta, Univerza v Ljubljani, Zdravstvena pot 5, Ljubljana karmen.torkar@zf.uni-lj.si Protimikrobna odpornost je zaradi prekomerne uporabe protimikrobnih sredstev v humani ruštva - 2 medicini in veterini resen globalni problem. Odpadne vode iz zdravstvenih ustanov, farmacevtske industrije, komunalnih sistemov pogosto vsebujejo visoke vsebnosti protimikrobnih sredstev in tudi proti njim odpornih mikroorganizmov. V dveh izbranih komunalnih čistilnih napravah smo na različnih stopnjah čiščenja ugotavljali prisotnost koliformnih bakterij vključno z bakterijami Escherichia coli ter pri 120 sevih določili njihovo protimikrobno odpornost in prisotnost nukleotidnih zaporedij za nekatere najpogostejše tipe β-laktamaz. Zmanjšanje koncentracije koliformnih bakterij se je v prvi čistilni napravi znižalo iz 8 × 105 CFU/mL vode v vtoku, do 7 × 103 CFU/100 mL vode v iztoku, medtem ko se je v drugi čistilni napravi število znižalo le za 1 log do končnih 2 × 106 CFU/100 mL v iztoku. Največ sevov je bilo odpornih proti azitromicinu (81 %) in ampicilinu (78 %), najmanj pa proti trimetoprimu v kombinaciji s sulfometazolom (28,3 %) in tetraciklinu (21,7 %). Čeprav značilnih razlik v odpornosti med sevi, osamljenimi iz obeh čistilnih naprav v povprečju ni bilo, pa je bil delež odpornosti proti gentamicinu, ciprofloksacinu in tetraciklinu pri sevih iz ene čistilne naprave občutno nižji, kot pri sevih iz druge. Izmed genov za β-laktamaze razširjenega spektra (ESβL) sta bila v povprečju najbolj pogosta tipa CTX-M 9 (44,55 % sevov) in CTX-M 25 ikrobiološkega d (30,91 % sevov). Najpogostejša gena za karbapenemaze sta bila SPM (38,17 % sevov) in SIM (19,09 % sevov). Med geni tipa OXA sta bila najbolj razširjena OXA-51 (15,45 % sevov) in OXA-23 (11,82 % sevov). Med sevi, pridobljenimi iz obeh čistilnih naprav, so bile v pogostosti in vrstah genov za β-laktamaze opazne značilne razlike. Klasičen postopek čiščenja brez terciarne faze v biološki čistilni napravi ni znižal koncentracije bakterij fekalnega onesnaženja v vodi do te mere, da bi bila primerna za izpust v okolje. Na ta način je omogočen tudi vnos in širjenje odpornih bakterij in genov za odpornost proti protimikrobnim sredstvom v okolju. Ključne besede: protimikrobna odpornost, čiščenje odpadne vode, ESβL, karbapenemaze, β-laktamaze AmpC lovenskega m ongres S9. k 100 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Primerjava genotipov pri encime ESBL-producirajočih sevih Escherichia coli, izoliranih iz spodnjih dihal človeka, v obdobju pred in med pandemijo COVID-19 (2017-2022) 024 Katja Hrovat1, Jerneja Čremožnik Zupančič1, Katja Seme2, Jerneja Ambrožič Avguštin1 1Oddelek za Biologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Večna pot 111, Ljubljana 2Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo, Medicinska fakulteta, Zaloška 4, Ljubljana katja.hrovat@bf.uni-lj.si Okužbe spodnjih dihal so pogoste v sistemih dolgotrajne oskrbe in v bolnišnicah, posebej v enotah intenzivne nege, ter predstavljajo četrti najpogostejši razlog za smrt na svetu. Pri sicer ruštva - 2 zdravih ljudeh je bakterija Escherichia coli ( E. coli) redek povzročitelj pljučnice, z izjemo bolnikov s kroničnimi obolenji ali kot posledica bakteremij ter vdora bakterij iz prebavil. Zdravljenje tovrstnih okužb je težavno, predvsem pri E. coli, ki sintetizirajo β-laktamaze z razširjenim spektrom delovanja (ESBL-EC) ter so običajno odporne še proti drugim skupinam protimikrobnih učinkovin. Osrednji cilj naše retrospektivne raziskave je bil primerjati genotipe pred (pre-COV; 2017–2019) in med (COV; 2020–2022) obdobjem pandemije COVID-19 pri izolatih ESBL-EC iz spodnjih dihalnih poti. Primerjava izolatov pred (n = 114) ter med (n = 86) pandemijo COVID-19 je pokazala podobno povprečno starost pacientov, izolati pa so bili v obeh obdobjih največkrat izolirani iz aspiratov trahej. Z uporabo metode ERIC-PCR smo zaznali večjo raznolikost izolatov v obdobju COV, nekatere klonalne skupine pa so smo zaznali samo v enem ali drugem obdobju. Primerjava filogenetskih skupin ni pokazala statističnih razlik med obdobjema, večina izolatov pa je bila uvrščena v skupino B2 in sekvenčno skupino ST131. Med geni, ki posredujejo odpornost proti antibiotikom, smo zaznali visok delež bla (pre-COV 86% in COV 74,4%) ter nižji delež bla (pre-COV 11,4% CTX-M-1 CTX-M-9 in COV 19,8%). Plazmidno zapisane gene za odpornost proti kinolonom smo potrdili pri skupno ikrobiološkega d sedmih izolatih, medtem ko je bil delež genov aac(6’)-Ib-cr višji (pre-COV 39,5% in COV 24,4%). Prisotnost genov za dejavnike virulence med obema obdobjema je bil primerljiv, razen v primeru genov afa/dra, sat in tsh. V raziskavi smo potrdili višjo klonalno raznolikost ter statistične razlike za dejavnike virulence afa/dra, sat in tsh v obdobju med pandemijo. V obdobju pred pandemijo smo zaznali statistično značilno povečan delež genov za odpornost proti protimikrobnim učinkovinam ( aac(6’)-Ib-cr, bla , bla , qacEΔ1). CTX-M-1 TEM Ključne besede: Escherichia coli, dejavniki virulence, rezistenca, pandemija COVID-19 lovenskega m ongres S9. k 101 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Konsolidacija in integracija genomskih analiz za rutinsko spremljanje 024 večkratno odpornih bakterij v Sloveniji – prvi rezultati projekta SLOSEQ Sandra Janežič1,2, Andrej Golle1, Urška Kramar1, Maja Rupnik1,2, Helena Ribič1 1Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Prvomajska ulica 1, 2000 Maribor 2Medicinska fakulteta, Univerza v Mariboru, Taborska ulica 8, 2000 Maribor sandra.janezic@nlzoh.si ruštva - 2 Odpornost bakterij proti antibiotikom ostaja pomemben javnozdravstveni in klinični problem, tako v Sloveniji kot tudi globalno. Breme okužb z večkratno odpornimi bakterijami (VOB; bakterije ki so odporne proti vsaj trem različnim skupinam antibiotikov) se kaže v večji smrtnosti, podaljšanem bolnišničnem zdravljenju, večjem številu zapletov in višjih stroških zdravljenja. Odpornost mikroorganizmov pa ni problem samo pri ljudeh, ampak sega tudi na področje veterine, rastlin, hrane in okolja, kar pomeni, da se morajo ukrepi za zmanjševanje odpornosti mikroorganizmov obravnavati medsektorsko. Na nacionalnem nivoju je zato bila tudi sprejeta Državna strategija »eno zdravje« za obvladovanje odpornosti mikrobov, ki naslavlja te ukrepe. V okviru evropskega projekta »SLOSEQ – Konsolidacija in integracija sekvenciranja celotnega genoma v rutinski monitoring v Sloveniji«, naslavljamo vprašanja širjenja večkratno odpornih bakterij v humani medicini s pristopi sekvenciranja in analizami genomskih zaporedij. V okviru projekta bomo vzpostavili in optimizirali postopke in protokole za izvajanje sekvenciranja, za potrebe nacionalnega spremljanja, s čemer bomo prispevali k boljši pripravljenosti in odzivanju na grožnje, povezane z javnim zdravjem. ikrobiološkega d V prvi šestih mesecih trajanja projekta smo vzpostavili protokole za zbiranje izolatov, pripravo knjižnic in sekvenciranje na platformi NextSeq2000 (Il umina), ter sekvencirali in analizirali genomska zaporedja 550 izolatov bakterij, ki izločajo karbapenemaze in/ali ESBL, iz vrst Klebsiel a pneumoniae, Escherichia coli, Acinteobacter baumanni in Pseudomonas aeruginosa, osamljenih v letih 2022 in 2023. Proti karbapenemom odporne po Gramu negativne bakterije je Svetovna zdravstvena organizacija uvrstila med bakterije s kritično prioriteto. Pri vseh vrstah, razen E. coli, je opazno klonalno razširjanje, tako znotraj posameznih zdravstvenih ustanov kot tudi med ustanovami. Poleg spremljanja genotipov in njihovega širjenja, spremljamo tudi genetske mehanizme, ki so odgovorni za odpornost proti različnim skupinam antibiotikov. Med geni, ki posredujejo odpornosti proti karbapenemom, so najpogostejši bla NDM-5/blaOXA-48 pri K. pneumoniae, bla OXA-48 pri E. coli, bla VIM-2 pri P. aeruginosa in bla OXA-23 pri A. baumannii. lovenskega m Ključne besede: SLOSEQ, odpornost mikroorganizmov, genomske analize ongres S9. k 102 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Okužba totalne kolčne endoproteze z večkratno odpornim Acinetobacter baumannii CRAb – CP: predstavitev primera Erika Jerele, Matevž Bajuk 024 Ortopedski oddelek, Splošna bolnišnica Novo mesto, Šmihelska cesta 1, 8000 Novo mesto jerele.erika@gmail.com Okužba endoproteze je pomemben vzrok obolevnosti in umrljivosti. Pojavi se pri 1 – 2% pacientov po primarni endoprotezi kolka ali kolena. Izziv predstavlja predvsem zdravljenje okužb, ki jih povzročajo večkratno odporne bakterije. Acinectobacter baumanni ima sposobnost hitrega pridobivanja odpornosti proti številnim antibiotikom. Povzroča okužbe dihal, ran, opeklin in sečil. ruštva - 2 Pojavlja se po invazivnih posegih, operacijah in v enotah za intenzivno terapijo. Predstavljava primer pacientke z omajanjem totalne endoproteze desnega kolka, pri kateri smo s punkcijo izolirali večkratno odporen A. baumannii. Vse od primarne operacije je imela gospa v kolku občasne bolečine. 5 let po operaciji je opravila scintigrafijo skeleta, ki je pokazala omajanje femoralne komponente endoproteze. Desni kolk smo punktirali. Iz punktata je bil izoliran: A. baumannii CRAb – CP, s prisotno karbapenemazo tip OXA – 24, odporen na imipenem, meropenem, ciprofloksacin, levofloksacin, amikacin, gentamicin in trimetoprim - sulfometoksazol. Citološka analiza punktata je pokazala zvišano število levkocitov z 89% nevtrofilcev. Pri gospe smo odstranili vse komponente endoproteze in vstavili antibiotični distančnik s kolistinom. Iz odvzetih vzorcev med operacijo in sonikacije, z BR – PCR in kultivacijo, bakterij nismo dokazali. Histopatološka analiza tkiva je pokazala zmerno infiltracijo vezivnega tkiva z limfociti in nevtrofilnimi granulociti (gostota več kot 5/HPF), kar je govorilo za odloženo (low grade) okužbo endoproteze. 20 dni po odstranitvi endoproteze je bila gospa ponovno operirana. Odstranjen je bil distančnik ikrobiološkega d in implantirana totalna kolčna endoproteza. Iz tkivnih vzorcev, odvzetih med drugo revizijsko operacijo, bakterije niso porastle. Izvid histopatološke analize ni govoril za okužbo sklepne proteze. Pokazal je granulacijsko tkivo s pomnoženimi limfociti in zgolj posameznimi nevtrofilci ob nekrozi. Do končnega izvida kultur je gospa prejemala antibiotično zaščito s trimetoprim – sulfometoksazolom. Po prejemu negativnega izvida smo antibiotično terapijo ukinili. Gospa je 2 leti po revizijski operaciji brez bolečin. Ključne besede: okužba endoproteze, večkratno odporne bakterije, antibiotično zdravljenje lovenskega m ongres S9. k 103 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Molekularni pristop pri študiju vpliva monoterpenov na bakterijo 024 Campylobacter jejuni Blaž Jug, Dina Jug, Sonja Smole Možina, Anja Klančnik Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana blaz.jug@bf.uni-lj.si Patogena bakterija Campylobacter jejuni je pogost povzročitelj bakterijskega gastroenteritisa in se ruštva - 2 običajno nahaja v prebavnem traktu perutnine. Ta bakterija lahko v prireji živali in celotni verigi proizvodnje in preskrbe s hrano kontaminira abiotske površine in živila, kar je pogosto posledica neustrezne higiene. Dodaten izziv predstavlja njena naraščajoča odpornost proti antibiotikom in biocidom, ki se redno uporabljajo v živilski industriji. V naši študiji smo raziskali učinke sub-inhibitornih koncentracij monoterpenov linalola in linalil acetata na transkriptom in proteom bakterije C. jejuni. Posebno pozornost smo namenili genu luxS, ki ima pomembno vlogo pri filmotvornosti te bakterije. V ta namen smo analizirali vpliv monoterpenov tudi na sev C. jejuni ΔluxS. Vpliv monoterpenov na bakterijo C. jejuni in mutanto C. jejuni ΔluxS smo testirali na ravni transkriptoma, kjer smo ovrednotili spremembe v izražanju genov, medtem ko smo na ravni proteoma preučevali sintezo proteinov po eno-urnem tretiranju. Pri tem smo uporabili RNA sekveniranje (RNA-seq) in analizo transkriptoma ter izolacijo celokupnih proteinov, po kateri smo z metodo MALDI-TOF MS identificirali in kvantificirali profile znotrajceličnih proteinov. Analiza ikrobiološkega d transkriptoma ter profila proteinov je razkrila povečano izražanje genov, vključenih v aktivni membranski transport, mehanizme popravljanja DNA, sintezo celične stene in kemotakso, ter zmanjšano izražanje genov, povezanih s flagelarnim kompleksom in stresnim odzivom pri mutanti C. jejuniΔluxS. Gen luxS je vpleten v raznolike odzive bakterije C. jejuni na neugodne okoljske dejavnike. Presenetljivo njegova odsotnost ne omeji, ampak izboljša stresni odziv po tretiranju s testiranimi monoterpeni. Molekularne metode kažejo na širokospektralen odziv, ki bi lahko prispeval k večji odpornosti bakterije C. jejuniΔluxS na stresne razmere v okolju. Ključne besede: Campylobacter jejuni, Lavandula, gen luxS, transkriptomika, proteomika lovenskega m Zahvala: Delo so omogočili projekti ARIS J4-3088, J4-4548 in J4-2542 ter program P4-0116. ongres S9. k 104 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Vpliv kombinirane uporabe elektroporacije in antibiotikov na rast bakterij Lactiplantibacillus plantarum Žana Lovšin1, Tadej Kotnik1, Anja Klančnik2 024 1Fakutleta za elektrotehniko, Univerza v Ljubljani, Tržaška cesta 25, Ljubljana 2Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana anja.klancnik@bf.uni-lj.si Elektroporacija se vse bolj uporablja kot dopolnilna metoda za inaktivacijo bakterij, tudi v kombinaciji s protimikrobnimi spojinami (1). Kratki električni pulzi zadostne jakosti povzročijo povečano permeabilnost bakterijskih membran, kar olajša transport molekul v in iz celice (2). ruštva - 2 Večina raziskav se osredotoča na snovi, uporabne v prehrambeni industriji, manj pa na klinične antibiotike, saj je njihova uporaba omejena na čiščenje odpadnih voda iz bolnišnic. Predhodne raziskave so pokazale, da se z uporabo kombiniranega pristopa lahko poveča nivo inaktivacije bakterij in da je potenciacija učinka antibiotika odvisna od njegovega mehanizma delovanja in lokacije tarče. Pri Gram-negativnih bakterijah Escherichia coli smo dosegli največjo potenciacijo z ampicilinom (inhibicija sinteze peptidoglikana), pri Gram-pozitivnem bakterijiah Lactiplantibacillus plantarum pa s tetraciklinom (inhibicija sinteze proteinov) (3). Naš cilj je bil določiti vpliv mehanizma delovanja antibiotika na okrevanje in rast bakterij L. plantarum po elektroporaciji pri sobni temperaturi. Uporabili smo ampicilin, ki deluje na celično steno (zunajcelična tarča), in tetraciklin, ki deluje na sintezo proteinov (znotrajcelična tarča). Elektroporacija sama je povzročila začetno umiranje bakterij in zamik rastne faze preživelih. Naraščanje jakosti električnega polja je povečalo učinek obeh antibiotikov. Elektroporacija sama ni vplivala na hitrost rasti, a je bila končna gostota bakterij po 24 urah pri sobni temperaturi nižja ikrobiološkega d kot v kontrolnih vzorcih. Prisotnost antibiotika pred in po elektroporaciji je povzročila delno ali popolno inhibicijo rasti. Tetraciklin je imel večji vpliv na rast, pri ampicilinu pa so bile potrebne višje koncentracije ali večja jakost električnega polja za popolno inhibicijo rasti. Ključne besede: elektroporacija, antibiotiki, Lactiplantibacil us plantarum, Zahvala: Delo sta omogočila projekta ARIS J2-50064 in MR ŽL 53516 ter program P4-0116. Viri: (1) Garner AL. 2019; https://doi.org/10.1007/s00253-019-10067-y (2) Kotnik T in sod. 2019; https://doi.org/10.1146/annurev-biophys-052118-115451 (3) Lovšin Ž in sod. 2021; https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.722232 lovenskega m ongres S9. k 105 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Vpliv potencialnega probiotičnega seva ŽP in bakteriofaga AL na 024 uropatogeno Escherichia coli DL82 v in vitro TIM modelih Aleksander Lesar1, Carlos Miguel Nobrega Mendonca2, Tinkara Šubic1, Laura Balta1, Tomaž Accetto1, Koen Venema2, Marjanca Starčič Erjavec1 1Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana 2Department of Human Biology, University of Maastricht, Campus Venlo, Venlo, Netherlands aleksander.lesar@gmail.com ruštva - 2 Porast bakterijske odpornosti proti antibiotikom predstavlja resen globalni izziv za zdravje in prizadevanj v boju proti proti antibiotikom odpornim bakterijam je vse več, med drugim vključujejo tudi iskanje alternative antibiotikom. Cilj te študije je bil proučiti vpliv potencialnega probiotičnega seva ŽP in bakteriofaga AL na proti ampicilinu odporno uropatogeno bakterijo Escherichia coli DL82 v in vitro TNO intestinalnih modelih (TIM-1 in TIM-2) v različnih razmerah. Sev ŽP je potencialni probiotični sev E. coli Nissle 1917, ki vsebuje konjugativni plazmid pOX38a:Cm z genom za kolicin E7 ter zapisom za odpornost proti kloramfenikolu, v svojem kromosomu zapis pa ima za imunski protein kolicina E7, ki kolicin inhibira, in tudi gen za odpornost proti gentamicinu. Plazmid pOX38a:Cm se iz sev ŽP prenese s konjugacijo v tarčno recipientsko celico, kjer nato nastane kolicin E7, ki s svojo DNazno aktivnostjo vodi v propad tarčne celice. Bakteriofag AL je bil z namenom možne uporabe v bakteriofagnih terapijah izoliran iz odpadnih vod in je specifičen za E. coli. TIM-1 simulira razmere v zgornjem prebavnem traktu in sicer želodec in tri dele tankega črevesja, TIM-2 pa simulira razmere v debelem črevesju in vsebuje tudi človeško mikrobioto. Konjugacija v TIM-1 modelu je sicer bila uspešna, a je bila sama frekvenca konjugacije prenizka, ikrobiološkega d da bi zavrla rast DL82. V TIM-2 modelu, kjer eksperiment traja 4 dni, ni prišlo do konjugacije, saj so anaerobne razmere drastično zmanjšale frekvenco konjugacije. Bakteriofag AL se je izkazal kot neučinkovit tako v TIM-1 kot v TIM-2. V raziskavi smo primerjali tudi rastne krivulje sevov v različnih kombinacijah, pa tudi vpliv na sestavo mikrobiote v TIM-2 tako s sekvenciranjem kot z analizo kratkih maščobnih kislin. Da povzamemo, kljub kislini HCl, prebavnim encimom, žolču, sevu ŽP in bakteriofagu AL je bilo zmanjšanje oz. zaustavitev rasti DL82 neuspešna, kar kaže na njegovo zmožnost prilagajanja razmeram v črevesju. Ključne besede: probiotik, bakteriofag, uropatogena Escherichia coli lovenskega m ongres S9. k 106 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Strukturni vpogled v encime sinteze polisaharidnega liganda, ki sidrajo S-plast na površino bakterije Clostridioides difficile Nataša Lindič1, Aleksandra Usenik1,2, Jure Loboda1, Matej Novak1, Marinka Horvat1,2, Tjaša Peternel1, Jure Borišek3, 024 Nikola Minovski3, Janez Mravljak4, Martina Hrast Rambaher4, Marjana Novič3, Robert Vidmar1, Dušan Turk1,2 1Odsek za biokemijo, molekularno in strukturno biologijo, Institut “Jožef Stefan”, Jamova cesta 39, 1000 Ljubljana, Slovenija 2Center odličnosti za integrirane pristope v kemiji in biologiji proteinov, Jamova cesta 39, 1000 Ljubljana, Slovenija 3Kemijski inštitut, Hajdrihova ulica 19, 1000, Ljubljana, Slovenija 4Fakulteta za farmacijo, Univerza v Ljubljani, Aškerčeva cesta 7, 1000 Ljubljana, Slovenija natasa.lindic@ijs.si Dolgotrajna uporaba antibiotikov širokega spektra vodi do pojava patogenih bakterijskih ruštva - 2 sevov, odpornih proti več antibiotikom. Primer take nevarne bakterije je sporogen bolnišnični enteropatogen Clostridioides difficile. Vegetativna celica C. difficile je obdana s površinsko (S-) plastjo, t.j. v dvodimenzionalno mrežo urejenih proteinov, ki so pomembni virulenčni faktorji in predstavljajo prvi kontakt bakterijske celice z gostiteljsko celico. S-plast je na bakterijsko celico vsidrana preko nekovalentne vezave na sekundarne polisaharide (PSI ), ki izraščajo iz peptidoglikana. Insercijska inaktivacija genov za encime, ki sodelujejo pri sintezi PSI , je bila do sedaj neuspešna, kar kaže na njihovo esencialno vlogo pri viabilnosti celice. Utišanje izražanja genov za te encime pa vodi do napak v rasti in difuznosti celične stene, sprememb v sidranju, izločanju in odlaganju PSI , ter sprememb v morfologiji in sestavljanju S-plasti in končno do sprememb v tvorbi biofilmov in v virulenci bakterije. Naš cilj je bil strukturno in biokemijsko okarakterizirati proteine, vključene v sintezo PSI , in jih ovrednotiti kot potencialne tarče za specifično zdravljenje okužb s C. difficile. Z uporabo rentgenske kristalografije smo določili strukturo enega predstavnika iz vsake skupine encimov, ki sodelujejo pri sintezi PSI : glikoziltransferaz (od Mg2+-odvisna glikoziltransferaza 27760), ikrobiološkega d encimov za pretvorbo manoze (alfa-D-fosfoheksamutaza Pgm2) in encimov, ki pripenjajo PSII na peptidoglikan (fosfotransferaza LcpB). Rešene strukture so razkrile podobnosti v organizaciji domen teh encimov z njihovimi homologi iz sorodnih bakterij in ohranjenost mest za vezavo kationov/ligandov. Prav tako pa smo identificirali razlike, ki bi nam lahko omogočile bolj specifično ciljanje bakterije C. difficile. Naše študije smo dopolnili z molekularnimi simulacijami načrtovanja specifičnih ligandov/inhibitorjev za posamezen encim in pojasnjevanja mehanizmov njihove encimske aktivnosti. Naši rezultati nakazujejo možne načine specifičnega zdravljenja okužb s C. difficile, predstavljajo pa tudi osnovo za razvoj inhibitorjev homolognih proteinov iz drugih po Gramu pozitivnih bakterij. Ključne besede: Clostridioides difficile, S-plast, biosinteza sekundarnih polisaharidov, encimi lovenskega m ongres S9. k 107 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Antibakterijska aplikacija nanomaterialov ZnO in CuO, imobiliziranih v 024 polielektrolitne plasti Nives Matijaković Mlinarić1, Anamarija Zore1, Aleksander Učakar2, Anže Abram2, Andrijana Sever Škapin3, Klemen Bohinc1 1Zdravstvena fakulteta, Univerza v Ljubljani, Zdravstvena pot 5, Ljubljana 2Institut Jožef Stefan, Jamova cesta 39, Ljubljana 3Zavod za gradbeništvo Slovenije, Dimčeva ulica 12, Ljubljana nives.matijakovic@zf.uni-lj.si ruštva - 2 Bakterije so resen javnozdravstveni problem. Zaradi svojih strukturnih lastnosti se lahko vežejo na površine tkanin (najlon, poliester, bombaž), plastičnih in kovinskih materialov. Pred okužbami, ki se prenašajo s tkaninami in površinami, lahko prebivalstvo zaščitimo z ukrepi za preprečevanje širjenja bakterij, pri čemer je najbolj optimalen način še potrebno poiskati. Veliko tkanin namreč ni mogoče prati pri visokih temperaturah, ki omogočajo dezinfekcijo. Prenos bakterij v bolnišnicah, trgovinah in zgradbah preko površin omogočajo nezadostno razkužene površine. Eno od možnih rešitev za preprečevanje širjenja bakterij predstavlja uporaba kovinskih nanodelcev (NP). Zaradi dobrih lastnosti, kot so vzdržljivost, nizka citotoksičnost in dobra stabilnost, so kovinski NP odlični za uporabo kot antibakterijsko in antivirusno sredstvo. Trenutno so NP iz CuO in ZnO v središču raziskav za antibakterijsko delovanje, hkrati sta Cu in Zn mikroelementa v človeškem telesu in so delci biokompatibilni terzanimivi za vsakodnevno uporabo. Nanodelci CuO in ZnO različnih velikosti in morfologij izkazujejo različne površinske lastnosti, ikrobiološkega d spreminjajo lastnosti obdelanih površin (tkanine, teflon in nerjavno jeklo) in kot del polielektrolitnih večslojev kažejo obetavno antibakterijsko delovanje proti bakteriji Escherichia coli. Pripravili smo NP, ki so imeli kosmičasto, sferično in paličasto morfologijo ter njim določili velikost nanodelcev. Polielektrolitski večsloji so bili pripravljeni z zaporedno adsorpcijo polianiona (alginata), polikationa (polialilamin hidroklorida) in NP, tako da je nastalo 6 plasti, znotraj katerih so bili vključeni NP. Premazi z različnimi NP so pokazali obetavno antibakterijsko delovanje proti bakteriji Escherichia coli. Naši rezultati dokazujejo, da imajo velikost, morfologija in vrsta površinskega materiala pomembno vlogo pri antibakterijskem delovanju. Rezultati tudi nakazujejo na najboljši način pristopa pri obdelavi površin za dobre dezinfekcijske učinke s sproščanjem ionov iz polielektrolitskih večslojev. Zaključki raziskave dajejo osnovo za razvoj nove metode dezinfekcije z napraševanjem trdih površin ter namakanjem tkanin v suspenzijo polielektrolitov in nanodelcev. Ključne besede: nanodelci CuO, nanodelci ZnO, polielektroliti, antibakterijska uporaba lovenskega m ongres S9. k 108 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Elektrolizirana oksidativna fiziološka raztopina (EOS) kot nova ustna voda za preprečevanje prenosa virusov, študija in vitro Haris Munjaković1, Tina Mikuletič3, Naiera Zayed4, Snežana Kramar3, Tina Triglav3, Katja Seme3, Wim Teughels4, 024 Andrej Steyer5, Aleš Fidler6,7, Rok Gašperšič1,2 1Center za ustne bolezni in parodontologijo, Stomatološka klinika, UKC, Zaloška 2, Ljubljana 2Katedra za ustne bolezni in parodontologijo, Medicinska fakulteta, UL, Hrvatski trg 6, Ljubljana 3Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo, Medicinska fakulteta, UL, Zaloška 4, Ljubljana 4Department of Oral Health Science, University of Lueven KU Leuven, Leuven, Belgium 5Oddelek za javnozdravstveno mikrobiologijo, NLZOH, Grablovičeva 44, Ljubljana 6Center za zobne bolezni in endodontijo, Stomatološka klinika, UKC, Zaloška 2, Ljubljana 7Katedra za zobne bolezni in normalno morfologijo zobnega organa, Medicinska fakulteta, UL, Hrvatski trg 6, Ljubljana tina.mikuletic@mf.uni-lj.si ruštva - 2 Zaradi vloge ustnih vod pri preprečevanju prenosa virusov, zlasti med izzivom COVID-19 v zobozdravstvu, se je pojavila potreba po raziskavi protivirusnih lastnosti ustnih vod ter njihovega vpliva na zmanjšanje virusov v ustih in omejitev širjenja virusov z aerosolom. Z oceno protivirusne učinkovitosti različnih aktivnih sestavin ustnih vod smo želeli pridobiti uporabne podatke za pripravo protokola uporabe ustnih vod v zobozdravstvu. To bi prispevalo k večji varnosti tako pacientov kot zobozdravstvenih izvajalcev. V tej raziskavi smo preučili elektrolizirano oksidativno fiziološko raztopino (EOS) kot novo sredstvo za izpiranje ust. Oceno vpliva učinkovin na virusno infektivnost smo določali s testom pomnoževanja virusov v celični kulturi za modelne viruse z ovojnico in viruse brez ovojnice. V poskusu smo uporabili virus Herpes simplex 1 (HSV-1) in človeški adenovirus (HAdV) v standardnih pogojih in pogojih z umetno slino, ki je simulirala naravno okolje v ustih. Ocenili smo učinkovitost aktivnih sestavin ustne vode, vključno s klorheksidinom (CHX), cetilpiridinijevim kloridom (CPC), etanolom (EtOH), ikrobiološkega d vodikovim peroksidom (H O ), natrijevim hipokloritom (NaOCl) in EOS ter ustrezno negativno 2 2 kontrolo. Poleg tega smo morebitno citotoksičnost ustnih vod testirali na celični liniji človeških ustnih keratinocitov (HOK). EOS je v primerjavi z drugimi testiranimi ustnimi vodami v pogojih in vitro absolutno preprečila okužbe s HSV-1 in HAdV v klinično relevantnemu 1-minutnem času izpostavljenosti, hkrati pa ni bila citotoksična za HOK. Vse druge ustne vode, z izjemo EtOH, so bile učinkovite proti virusu z ovojnico (HSV-1), medtem ko so se le ustne vode na osnovi klora (NaOCl in EOS) izkazale kot učinkovite proti stabilnejšemu virusu brez ovojnice (HAdV). Rezultati so pokazali, da so vse ustne vode, z izjemo EOS, za celice citotoksične. EOS se je v pogojih in vitro izkazala za obetavno ustno vodo pri preprečevanju prenosa virusov in nima toksičnih učinkov na človeške celice. Načrtujemo dodatne raziskave za klinično uporabo lovenskega m te nove ustne vode. Ključne besede: elektrolizirana oksidativna fiziološka raztopina (EOS), ustna voda, preprečevanje prenosa virusov ongres S9. k 109 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Vpliv pandemije covid-19 na porabo antibiotikov in pojav okužb z 024 bakterijami odpornimi proti antibiotikom Konrad Kranjec1, Dominika Vrbnjak1, Urška Kramar2, Aleksander Šeruga3, Sonja Šostar Turk1, Urška Rozman1 1Univerza v Mariboru, Fakulteta za zdravstvene vede, Žitna ul. 15, 2000 Maribor 2Nacionalni laboratorij za zdravje okolje in hrano, Oddelek za medicinsko mikrobiologijo Maribor, Prvomajska ulica 1, 2000 Maribor 3Splošna bolnišnica dr. Jožeta Potrča Ptuj, Potrčeva cesta 23, 2250 Ptuj konrad.kranjec@student.um.si, urska.rozman@um.si ruštva - 2 Pandemija covida-19 je vplivala na celotni zdravstveni sistem s potrebo po spremembi organizacije dela. Poslabšala je razmere v bolnišnicah z vidika pojava bolnišničnih okužb, kolonizacij in njihovega prenosa. Pandemija je zahtevala dodatne prostore za kapljično izolacijo, dodatne prostore za kolonizirane bolnike z odpornimi mikroorganizmi, za bolnike z drugo patologijo, povečano potrebo po zdravstvenem osebju in dodatnih znanjih. Pri sočasni okužbi z virusom SARS-CoV2 se je zaradi sekundarne bakterijske okužbe uvajala antibiotična terapija. Vse to je pospešilo razširjanje bolnišničnih okužb kot globalni izziv za ves svet. Z raziskavo, ki je temeljila na kvantitativni metodologiji smo proučevali vpliv pandemije covida-19 na porabo antibiotikov in pojav bolnišničnih okužb. Za vzorec smo uporabili zdravstveni zavod na sekundarni ravni v severovzhodni Sloveniji. Podatke smo spremljali v časovnem obdobju pred pandemijo covida-19 (2018, 2019) in med pandemijo covida-19 (2020, 2021), ter jih statistično obdelali z uporabo Mann-Whitney U Testa in Spearmanovega korelacijskega testa. ikrobiološkega d V času pandemije covida-19 se je povečala poraba antibiotikov in pojav bolnišničnih okužb, vendar razlika ni statistično pomembna. Poraba antibiotikov v letu 2018 je znašala 49,400 DDD/100 BOD, leta 2019 je 47,965 DDD/100 BOD, leta 2020 je 51,020 DDD/100 BOD in leta 2021 je poraba antibiotikov na letni ravni v katerem so vključeni vsi oddelki bolnišnice znašali 54,705 DDD/100 BOD. Statistično nepomembno razliko pripisujemo precejšnjemu upadu porabe nekaterih osnovnih antibiotikov ter hkrati povečani porabi rezervnih antibiotikov med pandemijo, kar je izničilo razlike v porabi med leti. Podobno velja za pojav bolnišničnih okužb in kolonizacije z večkratno odpornimi bakterijami, kjer so zajeti vsi prvi izolati (iz kliničnih vzorcev in nadzornih kužnin) pri posameznem bolniku. Povečala se je pojavnost ESBL za 13,85 %, VRE za 108 %, CRE in CPE za 50 %, CRAb za 106 % in premo sorazmerno zmanjšala pojavnost bolnišničnih okužb z MRSA za 41,67 %, CRPs in CP za 37,93 %. Pomankanje rezervnih skupin antibiotikov in vse večji porast bolnišničnih okužb postaja vedno lovenskega m večji izziv. Stroka v klinični praksi bo morala posvečati večjo pozornost nad izdajo in premišljeno uporabo antibiotikov ter z večjim vplivom delovati na preventivni dejavnosti bolnišničnih okužb. Ključne besede: Covid-19, antibiotiki, bolnišnične okužbe ongres S9. k 110 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Zdravljenje okužb umetnih sklepov s fagno terapijo: ocenjevanje učinkovitosti in varnosti na mišjem modelu Vida Štilec1, Monika Marušić1, Nikolaja Janež1, Helena Motaln1, Maša Čater2, Rihard Trebše3, Andrej Coer3, Simon 024 Horvat2, Matjaž Peterka1 1COBIK, Ajdovščina 2Oddelek za zootehniko, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Domžale 3Ortopedska bolnišnica Valdoltra, Ankaran vida.stilec@cobik.si Naraščajoča odpornost bakterij proti antibiotikom je resna grožnja javnemu zdravju, saj poslabšuje nadzor nad bakterijami, še posebej, če te rastejo v obliki biofilma. Okužbe s tovrstnimi bakterijami ruštva - 2 pogosto povzročajo kronične okužbe, npr. okužbe umetnih sklepov (OUS), ki imajo za pacienta lahko dolgotrajne posledice. V okviru razvoja novih protibakterijskih strategij se razvija tudi fagna terapija bodisi kot samostojna metoda zdravljenja bodisi v kombinaciji z antibiotiki. Kljub velikim obetom uporaba fagne terapije v kliniki še vedno ni odobrena v zahodnih državah zaradi pomanjkanja podatkov o učinkovitosti. Staphylococcus epidermidis je po Gramu pozitivna bakterija, sposobna tvorbe biofilma na medicinskih vsadkih. Da bi preverili varnost in učinkovitost fagne terapije proti tej bakteriji, smo na mišji liniji C57BL/6_OlaHsd razvili model s S. epidermidis povzročene kronične OUS. Bakterijski sev za razvoj modela smo izbrali iz zbirke kliničnih sevov na podlagi rezultatov presejanja glede na sposobnost tvorbe biofilma in odpornost proti antibiotikom. Nato smo izbrali še primeren vsadek ter eksperimentalno ugotovili najučinkovitejši način inokulacije testnega seva. Iz zbirke fagov, primernih za terapevtsko zdravljenje (COBIK, Ajdovščina), smo izbrali fag COP-80B ter preučili njegovo protibakterijsko in protibiofilmsko aktivnost na izbranem modelnem sevu in vitro. ikrobiološkega d Z genetskimi analizami smo potrdili odsotnost problematičnih genov in s tem potrdili ustreznost za njegovo uporabo in vivo. Učinkovitost faga COP-80B smo preizkušali na razvitem mišjem modelu in jo primerjali z učinkovitostjo tretmaja z antibiotikom vankomicinom, ter kombinacijo antibiotika in faga. Kot najučinkovitejša se je izkazala kombinacija vankomicina in faga. Neželenih učinkov nismo opazili pri nobeni od navedenih terapij. Rezultati kažejo, da je razviti model kronične okužbe s S. epidermidis primeren za testiranje varnosti in učinkovitosti fagne terapije. Pridobljeni rezultati in model bodo koristili pri načrtovanju nadaljnjih študij ter pri oblikovanju smernic za zdravljenje OUS s fagi. Ključne besede: fagna terapija, Staphylococcus epidermidis, okužbe umetnih sklepov lovenskega m ongres S9. k 111 Tematski sklop: Mikrobi in protimikrobne učinkovine Protimikrobno delovanje različnih vrst slovenskega medu 024 Mateja Šuštar1, Ajda Kunčič1, Nataša Lilek2, Andreja Kandolf Borovšak2, Sonja Smole Možina1 1Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana 2Čebelarska zveza Slovenije, Brdo pri Lukovici 8, 1225 Lukovica mateja.sustar@bf.uni-lj.si Med je naravno živilo, ki ga medonosne čebele pridelujejo iz nektarja ali iz rastlinske mane. ruštva - 2 Slovenski med mora po sestavi in lastnostih izpolnjevati merila, ki jih določa Pravilnik o medu in sicer mu ni dovoljeno dodati nobene snovi, niti mu ni dovoljeno odvzeti sestavin, značilnih za to živilo. Med se zaradi svojih funkcionalnih lastnosti že od nekdaj uporablja v prehrani, uporaben pa je tudi v preventivne in terapevtske namene. Pri tem je ključnega pomena tudi protimikrobno delovanje medu, kjer izkazuje dobro aktivnost proti širokemu spektru mikroorganizmov. V okviru aplikativne raziskave karakterizacije čebeljih pridelkov v obdobju 2020 do 2022 smo vključili 118 vzorcev iz 12 statističnih regij Slovenije z različnim botaničnim poreklom. Z metodo razredčevanja v mikrotitrski ploščici in določitvijo vrednosti CFU/ml na trdnem gojišču smo določili minimalno inhibitorno (MIK) in baktericidno (MBK) koncentracijo medov proti šestim bakterijskim vrstam ( Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes, Bacillus cereus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Campylobacter jejuni). Temnejši medovi so pokazali statistično značilno boljšo protimikrobno aktivnost v primerjavi s svetlejšimi. Najboljšo protimikrobno aktivnost je pokazal hojev med, sledijo mu drugi temni (kostanjev, gozdni, ajdov) med in med oljne ogrščice, medtem ko so drugi svetli (več cvetlični, lipov, akacijev) medovi pokazali manjšo aktivnost. Najboljše protimikrobno delovanje smo potrdili proti bakteriji Campylobacter jejuni, najslabše pa ikrobiološkega d proti Bacilus cereus. Slovenija je z dolgo tradicijo in dobrimi pogoji za čebelarstvo, visoko biotsko raznovrstnostjo in edinstveno naravo idealna za pridelavo medu z visoko bioaktivnostjo in širokim spektrom uporabe. Ključne besede: protimikrobno delovanje, med, funkcionalne lastnosti Zahvala: Doseženi rezultati so nastali v okviru Programa ukrepov na področju čebelarstva v Republiki Sloveniji v letih 2020-2022, ki je bil financiran iz sredstev državnega proračuna in proračuna Evropske unije. lovenskega m ongres S9. k 112 Mikrobi in 024 okolje ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 113 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Proti protimikrobnim učinkovinam odporne in patogene bakterije 024 Escherichia coli v kraških izvirih Malenščica pri Planini in Rižana Jerneja Čremožnik Zupančič1, Katja Hrovat1, Manca Gavez1, Eva Grm1, Miha Derenčin1, Ajda Jaklič1, Hana Avguštin2, Veronika Bezenšek2, Klemen Kramar1, Irena Zdovc2, Janez Mulec3, Andreea Oarga-Mulec4, Jerneja Ambrožič Avguštin1 1Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana 2Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva 60, Ljubljana 3ZRC SAZU Inštitut za raziskovanje krasa, Titov trg 2, Postojna 4Univerza v Novi Gorici, Vipavska 13, 5000 Nova Gorica ruštva - 2 jerneja.zupancic@bf.uni-lj.si Kraški vodonosniki predstavljajo pomemben vir pitne vode in ker so hkrati tudi habitat za številne ogrožene vrste organizmov, je njihovo varovanje izrednega pomena, k čemer lahko veliko doprinese tudi redno spremljanje pojavnosti patogenih in/ali proti protimikrobnim učinkovinam (PMU) odpornih bakterij. V sklopu študentskega projekta za trajnostni razvoj smo analizirali raznovrstnost bakterij Escherichia coli, njihovo potencialno patogenost in odpornost proti PMU, v dveh pomembnih kraških vodnih izvirih, Rižani in Malnih, v sušnem obdobju in po intenzivnih padavinah, junija in avgusta 2023. Med vsemi izolati smo z metodo ERIC-PCR identificirali neklonalne izolate, ki smo jih uvrstili v filogenetske skupine in analizirali za prisotnost genov za 20 dejavnikov virulence (VAG), bla , bla , bla , bla in allele qnr. Pri vseh izolatih smo ugotavljali CTX TEM SHV OXA tudi fenotipsko odpornost proti 9 PMU. Ugotovili smo, da se sevi, izolirani junija in avgusta uvrščajo predvsem v filogenetski skupini A oziroma B1, vendar je bil delež le-teh različen, prisotnost sevov iz skupine A pa se je na obeh lokacijah znižala po intenzivnih padavinah. Delež sevov iz skupin B2 ikrobiološkega d in D je bil razmeroma nizek, v Rižani stalen, v Malnih pa se je povečal po intenzivnih padavinah. V Malnih je presenetil tudi visok delež sevov iz skupin F (20% v sušnem obdobju) in skupine E (24% po padavinah). Slednja je bila pri človeških izolatih redko opisana v visokem deležu. Vsi sevi so bili zelo občutljivi za PMU, največkrat smo potrdili odpornost proti tetraciklinu in proti ampicilinu. Potrdili smo prisotnost genov bla, alelov qnr nismo zaznali. Sevi so imeli povprečno število genov za VAG med 1 in 5, izstopali so nekateri z do 11 geni, izolirani v izviru Malni, po padavinah. Na podlagi naših rezultatov sklepamo, da analizirana izvira v obdobju odvzema vzorcev nista bila obremenjena z odpornimi sevi E. coli, je bilo pa potrjenih nekaj potencialno patogenih, zlasti po obilnih padavinah. Ključne besede: Escherichia coli; kraški vodonosniki; geni za dejavnike rezistence in virulence; lovenskega m ongres S9. k 114 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Sporogene bakterije in njihova protimikrobna aktivnost v čebeljem pelodu Michelle Berra1, Anja Štangar1, Gordana Glavan2, Janko Božič2, Damijana Kastelec3, Ines Mandić Mulec1, Polonca 024 Štefanič1, Anna Dragoš1 1Oddelek za mikrobiologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana 2Oddelek za biologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana 3Oddelek za agronomijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana mb3339@student.uni-lj.si, anja.stangar@bf.uni-lj.si Nekatere izmed sporogenih bakterij, kot je Bacillus subtilis, ugodno vplivajo na zdravje čebel, medtem ko je okužba s Paenibacil us larvae usodna za celotno čebeljo družino. Zaradi razširjenosti ruštva - 2 antagonističnih interakcij med mikrobi imajo izolati peloda lahko protimikrobne učinke proti probiotičnim ali patogenim vrstam. Vzorce peloda (30) smo pridobili iz petih različnih lokacij po Sloveniji, ki smo jih vzorčili v treh letnih časih. Število sporogenih bakterij v vzorcih se je gibalo med 55 in 1900 CFU /g peloda. 991 izoliranih kolonij smo testirali za protimikrobno aktivnost (PMA) proti B. subtilis Δ6 in patogeni bakteriji P. larvae ATCC 9545. PMA proti obema bakterijama smo odkrili v večini vzorcev (27), in je znašalo 82 % vseh izoliranih bakterij. PMA na izključno B. subtilis je kazalo 7 % sevov, medtem ko je PMA proti izključno P. larvae kazalo 43 % izolatov. V enajstih vzorcih je vsaj 50 % sevov kazalo PMA izključno proti patogeni P. larvae, medtem ko je bila največja izmerjena aktivnost proti izključno B. subtilis v vzorcih 28%. Izmed 815 sevov, ki so pokazali PMA, smo petdesetim sevom z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) pomnožili gen za 16S rRNA in gyrA gen. Sevi so pripadli osmim vrstam iz rodu Bacil us, en ikrobiološkega d sev pa smo identificirali kot Paenibacil us woosnogensis. Posamezno bakterijsko vrsto smo povezali z morfologijo sevov na ChromoSelect gojišču in na podlagi morfologije poizkušali razvrstiti preostale shranjene seve (678). Ugotovili smo, da jih med 26 pregledanimi vzorci 14 vsebuje veliko raznolikih morfologij (6-10 morfologij), 2 vzorca pa sta vsebovala največ 3 morfološke tipe. V nadaljevanju želimo protimikrobno aktivnost in vrste bakterij v pelodu povezati z njegovo sestavo, geografsko lego in letnim časom nastanka. Predvsem se želimo osredotočiti na prisotnost bakterij B. subtilis in na izolacijo fagov ter njihovo aktivnost proti B. subtilis in P. larvae inducirano z mitomicinom C. Ključne besede: čebelji pelod, protimikrobna aktivnost, Paenibacil us larvae, Bacillus subtilis, bakteriofagi lovenskega m ongres S9. k 115 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Pajčje mreže: naravna alternativa pasivnim lovilcem trosov gliv na 024 primeru jesenove pecljevke ( Hymenoscyphus fraxineus), povzročiteljice jesenovega ožiga Maja Ferle1, Polona Kogovšek1, Nikica Ogris2, Matjaž Gregorič3, Janko Šet3, Denis Kutnjak1 1Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Nacionalni inštitut za biologijo, Večna pot 111, Ljubljana 2Oddelek za varstvo gozdov, Gozdarski inštitut Slovenije, Večna pot 2, 1000 Ljubljana 3Biološki inštitut Jovana Hadžija ZRC SAZU, Novi trg 2, 1000 Ljubljana maja.ferle@nib.si ruštva - 2 Jesenova pecljevka ( Hymenoscyphus fraxineus) je zaprtotrosnica, ki je za Slovenijo in Evropo invazivna tujerodna vrsta. Povzroča bolezen jesenov ožig, ki je za jesene pogubna, najbolj sta za okužbo dovzetni vrsti poljski ( Fraxinus angustifolia) in veliki jesen ( Fraxinus excelsior). Gliva je bila v Evropo vnesena iz vzhodne Azije. Okuži lahko tako mlada kot stara drevesa, povzroča venenje in nekroze listov, postopoma začnejo odmirati tudi poganjki, veje in debla. Na odpadlih jesenovih listnih pecljih gliva tvori apotecije, ki so glavni vir širjenja bolezni. Askospore, ki se sproščajo iz apotecijev, se na daljše razdalje širijo z vetrom. Zaradi širjenja bolezni je populacija jesenov v Evropi ogrožena. Tudi v Sloveniji je gliva že razširjena. Njeno prisotnost lahko ugotavljamo z vzorčenjem apotecijev ali z lovilci trosov. Aktivni lovilci trosov (na primer Burkardov lovilec trosov) so učinkoviti, a potrebujejo vir električne energije in več napora za vzpostavitev kot pasivni lovilci trosov. Pasivni lovilci trosov (na primer objektna stekelca, premazana z vazelinom, filter papir v petrijevki) pa so občutljivi na vremenske razmere. ikrobiološkega d Pajčje mreže poleg žuželk dobro lovijo glivne trose, cvetni prah in drug rastlinski material, kljubujejo tudi vremenu. V našem poskusu smo želeli ugotoviti, ali so pajčje mreže učinkoviti naravni pasivni lovilci askospor H. fraxineus in trosov drugih gliv ter njihovo učinkovitost primerjali z drugimi pasivnimi lovilci trosov. Prisotnost trosov smo ugotavljali s splošnim qPCR testom za glive (FungiQuant) in s specifičnim qPCR testom za H. fraxineus. V vzorcih pajčjih mrež, pobranih v mešanem sestoju velikega jesena in črne jelše ( Alnus glutinosa) in v več časovnih točkah, smo potrdili prisotnost H. fraxineus, kar nakazuje, da pajčje mreže lahko služijo kot pasivni lovilci glivnih trosov. V nadaljevanju bomo primerjali učinkovitost lepljivih (kolesastih) in nelepljivih (baldahinastih) pajčjih mrež, ki jih najpogosteje najdemo v tem okolju. Ključne besede: Hymenoscyphus fraxineus, pajčje mreže, jesenov ožig, vzorčevalniki trosov, lovilci trosov lovenskega m ongres S9. k 116 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Dokaz norovirusov v pitni vodi ob hidričnem izbruhu Adela Fratnik Steyer, Andrej Steyer, Mojca Cimerman, Nika Volmajer, Mojca Šoštarič, Matjaž Retelj, Tjaša Frangež, Tatjana Rupel, Katja Zelenik 024 Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Prvomajska ulica 1, 2000 Maribor adela.fratnik.steyer@nlzoh.si V Sloveniji nadziramo mikrobiološko zdravstveno ustreznost pitnih vod po Uredbi o pitni vodi z dokazovanjem indikatorskih bakterij, ki nakažejo fekalno onesnaženje. V primeru onesnaženja vode je ključno določanje vira, ki ga lahko odkrijemo z genetsko diagnostiko fekalnega onesnaženja (GFPD) in tako dokažemo, katere živalske vrste so onesnaženje prispevale. Enteričnih ruštva - 2 virusov v pitni vodi rutinsko ne določamo, lahko pa epidemiološko indicirane patogene viruse dokazujemo z molekularnimi tehnikami. V lanskem letu smo ob sumu na hidrični izbruh, povezan z lokalnim vodovodnim sistemom, prejeli dva vzorca pitne vode odvzeta na različnih točkah vodovoda. Poleg analiz na fekalne indikatorske bakterije smo, zaradi epidemioloških indikacij, vzorca testirali tudi na noroviruse genskih skupin I in II (GGI in GGI ) z RT-PCR v realnem času. Po sanaciji in izvedbi preventivnih ukrepov na vodovodnem sistemu, smo v analizo prejeli dodatnih 16 kontrolnih vzorcev, tako neobdelane, kot pripravljene pitne vode. Za ugotavljanje vira fekalnega onesnaženja pitne vode smo na obeh vzorcih pred izvedbo ukrepov in nekaterih kontrolnih vzorcih izvedli GFPD z digitalnim PCR. V enem od dveh vzorcev pitne vode smo dokazali norovirus GGI , kar je prvi dokaz norovirusov ob hidričnem izbruhu neposredno v vzorcu vode pri nas. V obeh vzorcih so bile fekalne indikatorske bakterije prisotne v nizkih koncentracijah, prav tako smo v njih dokazali prisotnost genetskih ikrobiološkega d označevalcev fekalnega onesnaženja človeškega vira. Ti so bili dokazani tudi v nekaterih kontrolnih vzorcih neobdelane vode. Izkazalo se je, da je v pitni vodi ob epidemiološki indikaciji pomembno preveriti tudi enterične viruse. Ob čemer je pri sumu na hidrični izbruh priporočljivo čimprej odvzeti zadostno količino in število vzorcev ter izvesti najširši nabor preiskav. Kot dober pokazatelj vira onesnaženja pitne vode, ki ima nizke koncentracije fekalnih indikatorskih bakterij, se dokazuje tudi novo uvedena metoda GFPD. Ključne besede: norovirus, hidrični izbruh, pitna voda, RT-PCR v realnem času, GFPD lovenskega m ongres S9. k 117 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Širitev zbirke vampnih Prevotella: opis Prevotella communis, nove vrste 024 ovčjega izvora Eva Grabner1, Eva Stare1, Lijana Fanedl1, Maša Zorec1, Dakota S. Jones2, Christopher D. Johnston2, Gorazd Avguštin1, Tomaž Accetto1 1Oddelek za mikrobiologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Groblje 3, 1230 Domžale 2Vaccine and Infectious Disease Division, Fred Hutchinson Cancer Research Center, 1100 Fairview Ave N., Seattle, WA 98109-4433, USA eva.grabner@bf.uni-lj.si ruštva - 2 Karakterizirali smo 11 bakterijskih sevov, izoliranih iz ovčjega vampa v obdobju osmih tednov v letu 2020. Preučevani sevi so striktno anaerobni in se uvrščajo v rod Prevotel a (deblo Bacteroidota). V rodu predstavljajo šest novih vrst, kar smo ugotovili preko primerjave njihovih celotnih genomov z vsemi znanimi genomi vampnih in črevesnih sevov Prevotel a. Najbolj zastopano vrsto smo formalno opisali in poimenovali Prevotella communis, s tipskim sevom E1-9. V to vrsto se uvršča šest novih preučevanih sevov in dva seva, izolirana iz ovčjega vampa na Japonskem. Preučevani sevi znotraj vrste oblikujejo različne razvojne linije, z izjemo dveh sevov, ki sta identična. Sevi nove vrste so saharolitični, kot je značilno za vrste rodu Prevotel a v prebavilih. Rastejo na manjšem naboru polisaharidov v primerjavi z drugimi sorodnimi vampnimi vrstami, kot sta Prevotel a bryantii in Prevotella ruminicola, nabor polisaharidov se razlikuje tudi od preostalih novih preučevanih sevov. Sevi P. communis za rast uporabljajo predvsem rastlinske ksilane in pektine in ne razgrajujejo škroba, kar je za prebavne Prevotel a nepričakovana lastnost. Eden izmed sevov je izgubil zmožnost razgradnje inulina, kar smo lahko potrdili tudi na genomski ravni. ikrobiološkega d Sevi P. communis imajo za rod Prevotela značilne lastnosti: fermentativno proizvajajo sukcinat in ocetno kislino in ob prisotnosti žolčnih kislin v gojišču ne rastejo. Poleg saharolitičnosti imajo sevi več diferencialnih označevalcev, ki P. communis ločijo od ostalih vrst rodu: opisali smo jih z uporabo testov API in analizo membranskih dolgoverižnih maščobnih kislin. P. communis je razširjena: pogosto se pojavi v metagenomskih podatkih iz vzorcev vampov goveda in ovc iz Škotske in Nove Zelandije. Tako gre za univerzalno bakterijo domačih prežvekovalcev, ki se specializira za razgradnjo nekoliko omejenega nabora komponent rastlinskih celičnih sten. Ključne besede: Prevotel a, primerjalna genomika, lokusi za privzem polisaharidov lovenskega m ongres S9. k 118 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Spbetavirusi vplivajo na vedenje bakterije Bacillus subtilis v različnih okoljskih pogojih Virginie Grosboillot, Anna Dragoš 024 Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Večna pot 101, Ljubljana virginie.grosboillot@bf.uni-lj.si Spbetavirusi imajo velike genome, približno 130 000 bp, in se integrirajo v funkcionalne gene bakterije Bacillus subtilis, kot je spsM. Ti virusi so sposobni ti. reverzibilne aktivne lizogenije, kar pomeni, da aktivno preklapljajo med znotraj- in zunaj-kromosomsko obliko, ne da bi lizirali gostitelja, in tako vplivajo na vedenje gostitelja z regulacijo bakterijskih tarčnih genov. Vendar pa ruštva - 2 je o sprožilcih in načinu regulacije bakterijskega obnašanja s fagi, znanega le malo, prav tako je večina funkcij genov Spß še vedno neznana. Da bi dobili vpogled v interakcije med profagi in gostitelji, smo najprej razvili bioinformacijski program za izdelavo grafične sintenije v skupini sorodnih profagov, ki omogoča identifikacijo ohranjenih genov ali genskih skupin. Nato smo analizirali javno dostopne transkriptomske podatke, da bi ocenili, kateri okoljski pogoji vplivajo na profil izražanja genov profagov znotraj gostiteljskega kromosoma in kateri geni oziroma pogoji bi bili lahko ključni za nadzor gostitelja in izrezovanje profagov. Opazili smo, da bolj ohranjeni geni globalno predstavljajo manjše nihanje stopnje izražanja v različnih pogojih, čeprav večina profagnih genov kaže povečano izražanje v določenih stresnih pogojih. Poleg tega smo opazili, da je izražanje nekaterih genov pod določenimi pogoji močno povečano ali znižano, kar nakazuje na morebiten vpliv teh fagnih genov na vedenje gostitelja v določenih okoljskih pogojih. ikrobiološkega d Ti podatki kažejo, kateri okoljski pogoji znatno vplivajo na profil izražanja profagnih genov in ali je lahko, glede na ohranjenost teh genov, podobno razmerje mogoče pričakovati tudi pri drugih sorodnih profagih. Raziskava poudarja povezavo med profagnimi geni, njihovo funkcijo in vplivom na gostitelja in nas lahko sčasoma pripelje do razvozlavanja funkcij številnih neznanih fagnih genov. Ključne besede: Spbetavirusi, Bacillus subtilis, interakcije med gostiteljem in virusom lovenskega m ongres S9. k 119 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Izboljšana identifikacija bakterij rodu Xanthomonas izoliranih iz fižola 024 ( Phaseolus vulgaris L.) z določanjem informativnih nukleotidov v črtnih kodah DNA Vladimir Grujić, Manca Pirc, Tanja Dreo, Neža Turnšek, Špela Prijatelj Novak, Janja Matičič, Aleksander Benčič Nacionalni Inštitut za Biologijo, Večna pot 121, SI-1000 Ljubljana, Slovenia vladimir.grujic@nib.si ruštva - 2 Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli (XANTPH) in Xanthomonas citri pv. fuscans (XANFF) so karantenske bakterije, ki povzročajo navadno bakterijsko pegavost fižola. Njihova identifikacija temelji na izolaciji bakterij iz semena fižola, kateri sledi kultivacija bakterij na semi-selektivnem gojišču in končna identifikacija čistih kultur na osnovi morfologije kolonij in uporabe identifikacijskih metod kot so MALDI-TOF, PCR v realnem času ali metoda DNA črtnih kod. Veliko laboratorijev uporablja metodo DNA črtnih kod genov gyrB in avrBs2, ki je priporočena s strani Evropske organizacije za varstvo rastlin (EPPO). Bakterije XANPH in XANTFF identificiramo s primerjavo dobljenih sekvenc s sekvencami v bazi EPPO-Q-Bank (EPPO Bul etin, 2021). Najbolj relevantni podatki za identifikacijo bakterij so % prekrivanja in % podobnosti med sekvencami. Poglobljen način primerjave sekvenc izolatov in referenčnih sekvenc iz EPPO-Q-Bank baze, predstavlja primerjava informativnih nukleotidov. Za namen te raziskave smo identificirali informativne nukleotide v referenčnih črtnih kodah gyrB in avrBs2 bakterij rodu Xanthomonas iz EPPO-Q-Bank baze. Identifikacija bakterij XANTPH in XANTF temelji na enem nukleotidu v gyrB in petih nukleotidih v avrBs2 črtni kodi. Informativnost pozicij je bila preverjena na 45 tarčnih in netarčnih izolatih rodu ikrobiološkega d Xanthomonas, izoliranih iz 16 vzorcev semena fižola. Od 45 Xanthomonas izolatov jih je na osnovi metode informativnih nukleotidov, bilo 35 identificiranih kot XANTPH, 4 kot XANTPH/XANFF, za 6 izolatov identifikacija ni bila možna. Pristop identifikacije XANTPH-XANFF bakterij, izboljšuje zanesljivost tipizacije bakterij, omogoča bolje definiramo avtomatizacijo identifikacije in s tem visoko zmogljivostni pristop. Za naprej so načrtovane dodatne analize za identifikacijo drugih informativnih nukleotidov ali črtnih kod, ki bi bile primerne za zanesljivo ločevanje XANTPH in bolj virulentnih XANFF izolatov. Ključne besede: DNA črtne kode, informativni nukleotidi, Xanthomonas, fižol lovenskega m ongres S9. k 120 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Razširjen vpogled v prisotnost rastlinskih virusov v ekosistemu s pomočjo analize viroma različnih tipov vzorcev Ion Gutiérrez-Aguirre1, Mark Paul Selda Rivarez1,2, Olivera Maksimović1,2, Katarina Bačnik1,2, Zala Kogej1,2, Anja 024 Pecman1,2, Živa Lengar1, Nataša Mehle1,3, Ana Vučurović1, Maja Ravnikar1, Denis Kutnjak1 1Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Nacionalni inštitut za biologijo, Večna pot 101, 1000 Ljubljana 2Mednarodna podiplomska šola Jožefa Stefana, Jamova 39, Ljubljana 3Fakulteta za vinogradništvo in vinarstvo, Univerza v Novi Gorici, Dvorec Lanthieri, Glavni trg 8, 5271 Vipava ion.gutierrez@nib.si Pristopi visokozmogljivega sekvenciranja omogočajo analize viromov širokega spektra tipov vzorcev, od gostiteljskih tkiv, do okoljskih vzorcev. Da bi dobili razširjen vpogled v virome izbranih ruštva - 2 kmetijskih ekosistemov, povezanih s pridelavo paradižnika, smo analizirali virome paradižnika, divjih in samoniklih rastlin, ki rastejo v bližini paradižnika, ter virov namakalne vode, ki se uporabljajo za namakanje pridelkov na analiziranih območjih. V dveh letih smo zbrali več kot 400 vzorcev rastlin in 24 vzorcev vode. Iz vzorcev smo izolirali celokupno RNA in vsako vrsto vzorca ustrezno pripravili za netarčno sekvenciranje na platformi Il umina. Po poglobljeni bioinformatski analizi pridobljenih podatkov smo v različnih vrstah vzorcev zaznali številne poznane viruse in še večje število novih virusov. Večino doslej neznanih virusov smo odkrili v divjih rastlinah, nekaj pa smo jih odkrili tudi v vzorcih paradižnika in vode. Nekatere stabilne rastlinske viruse (npr. tobamoviruse) smo zaznali v različnih tipih vzorcev. Dopolnitev informacij pridobljenih z analizo rastlin, z analizo vodnih vzorcev, je omogočila izrazito povečanje znanja o razširjenosti in raznolikosti nekaterih novo odkritih virusov v analiziranih ekosistemih. Razsikava viromov v več različnih vrstah vzorcev prinaša redek vpogled v epidemiološke povezave med rastlinami in okoljskimi vodami ter pomaga bolje razumeti morebitne prihodnje pojave virusnih bolezni na paradižniku in drugih kulturnih rastlinah. ikrobiološkega d Ključne besede: analiza viroma, visokozmogljivo sekvenciranje, HTS, rastlinski virusi lovenskega m ongres S9. k 121 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Vpliv mucinov na interakcije med bakteriofagi in gostiteljsko bakterijo 024 Jaka Jakin Lazar1, Katarina Šimunović1, Iztok Dogša1, Ines Mandić Mulec1, Mathias Middelboe2, Anna Dragoš1 1Oddelek za Mikrobiologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana 2Department of Biology, University of Copenhagen, Nørregade 10, 1172 København, Denmark jaka.jakinlazar@bf.uni-lj.si Mucini so glikoproteini in predstavljajo največji delež mukusa. Ta se nahaja v prebavnem traktu in na ruštva - 2 površini nekaterih organov, kjer služi kot prva obramba pred toksini ter patogenimi mikroorganizmi in zato je v tem okolju veliko interakcij med različnimi mikrobi. Predhodnje raziskave so pokazale, da se na mucine pritrjujejo tako bakteriofagi, kot bakterije in s tem vplivajo na mikrobno sestavo mukusa. Trenutno ni veliko znanega o mikrobnih interakcijah v mukoznih okoljih. Ta raziskava se je osredotočila na vpliv mucinov na interakcije med bakteriofagi in gostiteljsko bakterijo, in sicer na primerih koristne bakterije Bacillus subtilis in patogene bakterije Vibrio anguillarium. Rezultati so pokazali, da se litični Bacil us fagi v primerjavi s kontrolnimi površinami, bistveno bolj pritrjujejo na površine, prekrite z mucini. Poleg tega, se je na površine, prekrite z mucini, v primerjavi z agarjem, povečala pritrditev celic B. subtilis in V. anguillarum. Pritrjevanje celic V. anguillarum na mucin se je ob prisotnosti fagov zmanjšalo, v nasprotju z bakterijo B. subtilis, kjer se je pozitivni učinek mucinov na pritrditev bakterije ohranil tudi ob prisotnosti fagov. Povišano pritrjevanje na mucine je bilo podprto tudi s povečano metabolno aktivnostjo pritrjene bakterijske biomase, merjeno s hitrostjo porabe kisika. Poleg tega so biofilmi B. subtilis, nastali na površinah, prevlečenih z mucini, imeli bolj kompleksno 3D-strukturo v primerjavi s površinami, prevlečenimi samo s fagi, tudi ob prisotnosti mucinov. Delo podpira prejšnje ugotovitve modela pritrjevanja bakteriofagov na mukus (BAM: ikrobiološkega d Bacteriophage Adherence to Mucus) in ga razširja na nove koristne in patogene bakterijske vrste. Razkriva tudi, da imajo mucini v različnih sistemih fag-gostitelj različne učinke na interakcije med fagom in gostiteljem, kar lahko vpliva na strategije zdravljenja s fagi ali probiotičnimi zdravili. Ključne besede: bakteriofagi, interakcije bakteriofagi-gostitelj, mucini, Bacillus subtilis, Vibrio anguillarum lovenskega m ongres S9. k 122 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Prenos mikrobnih združb z mikroplastiko: vzorci s slovenske obale Živa Kolenc1, Manca Kovač Viršek2, Nicol Janecko3, Anja Klančnik1 1Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana 024 2Inštitut za vode Republike Slovenije, Einspielerjeva 6, Ljubljana 3Quadram institute, Rosalind Franklin Road, Norwich Research Park, United Kingdom ziva.kolenc@bf.uni-lj.si Obalne morske vode se nahajajo na preseku človeškega in naravnega sveta, zato so močno podvržene vplivom antropogenih aktivnosti. Vnos sintetičnih delcev, med katere spada mikroplastika, predstavlja obremenitev za takšna okolja tako s fizikalnega, kot tudi s kemijskega in ruštva - 2 mikrobiološkega vidika. Na območju školjčišča na Debelem rtiču, Slovenija, smo pridobili vzorce obalnih morskih voda (n=3) in užitnih klapavic Mytilus galloprovincialis (n=226), namenjenih prehrani. Iz vzorcev 3 m3 vode smo s filtracijo na terenu osamili trdne delce, klapavice pa razdelili na dve skupini. Prvo skupino klapavic (n=100) smo ločili od lupine, kemijsko razgradili in filtrirali, medtem ko smo drugi skupini klapavic (n=126) pregledali mehka tkiva za prisotnost mikroplastike pod stereomikroskopom. Med pridobljenimi trdnimi delci iz morske vode in klapavic smo z vizualno analizo poiskali delce mikroplastike in jih razporedili glede na morfološki razred, velikost, barvo in prosojnost. Iz fragmentov mikroplastike, izoliranih iz morske vode in druge skupine školjk, smo izolirali celotno DNA, pripravili knjižnico DNA in sekvencirali regijo 16S V3-V4. Po končani izolaciji DNA smo fragmentom z ATR-FTIR spektrometrijo določili kemijsko sestavo. V vzorcih morske vode, razgrajenih in svežih klapavicah smo skupno identificirali n=71 delcev mikroplastike, med katerimi so bili filamenti (n=39), fragmenti (n=31) in film (n=1). Po kemijski strukturi smo med fragmenti največkrat določili PVC, ostali identificirani materiali so bili ABS, PP, PE, PET, PVA, najlon in PEMA. Izolacija DNA je bila uspešna pri šestih fragmentih, pri katerih smo z ikrobiološkega d bioinformacijskimi analizami določili relativno obilnost posameznih mikroorganizmov v vzorcih. V vseh vzorcih smo zaznali mikroorganizme rodov Pseudomonas in Serratia, v enem izmed njih je bil z najvišjo relativno obilnostjo prisoten morski rod Pseudoalteromonas, in v enem smo z >30% gostoto celotne populacije zaznali potencialno patogeni rod Campylobacter. Pokazali smo, da so mikrobne združbe na proučevanih delcih raznolike znotraj vsakega vzorca in med vzorci, ter da mikroplastika ni zgolj onesnažilo, temveč tudi vektor za prenos mikroorganizmov. Ključne besede: metataksonomika, mikroplastika, plastisfera Zahvala: Delo sta omogočila projekt ARIS J4-4548 in program P4-0116. lovenskega m ongres S9. k 123 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Interakcije med sevi bakterije Bacillus subtilis in vloga genskega lokusa 024 wapAI Barbara Kraigher, Maja Bolješić, Nurten Tetik, Ivona Viduka, Gennaro Velotto, Gaja Panjtar, Nina Puhan, Polonca Štefanič, Ines Mandić-Mulec Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Večna pot 111, Ljubljana barbara.kraigher@bf.uni-lj.si ruštva - 2 Mikrobne interakcije odločilno vplivajo na preživetje in diverziteto mikrobov v okolju, pristopi za njihovo proučevanje pa so lahko zelo različni. Bakterijsko rojenje je kolektivno premikanje po površini in predstavlja odličen model za raziskave sodelovalnih in tekmovalnih odnosov med bakterijami. Pokazali smo, da pride med manj sorodnimi talnimi izolati bakterije Bacillus subtilis do antagonističnih interakcij na meji med rojema in do kompeticijskega izključevanja pri zasedanju površin z rojenjem, medtem ko je izključevanje med sevi v plavajočem biofilmu manj izrazito. Kompeticija med sevi lahko poteka s pomočjo protimikrobnih spojin, ki jih bakterije izločajo v okolje, ali pa s pobijanjem sosednjih celic, za kar je potreben neposreden kontakt med celicami (npr. encim tRNAza WapA). Rezultati kažejo, da genski lokus wapAI vpliva na prepoznavanje med roji sevov, na medsebojno izključevanje iz skupnega roja in tudi na distribucijo sevov v plavajočih biofilmih. Inaktivacja tega lokusa povzroči pojav mejne linije s svojim starševskim rojem oz. s sorodnim sevom in vpliva na izključevanje med sevoma pri zasedanju skupne površine in pri tvorbi plavajočega biofilma. Lokus wapAI pa ni edina determinanta sorodstvene diskriminacije med manj sorodnimi sevi, saj se mejne linije med sevi ohranijo kljub inaktiviranemu lokusu v ikrobiološkega d enem ali obeh sevih. Nukleotidna zaporedja genov wapA so pri bolj sorodnih sevih identična, medtem ko se pri manj sorodnih sevih razlikujejo. S testiranjem antagonizma na mehkem agarju smo pokazali, da se različno intenzivne cone lize pojavijo okoli manj sorodnih testnih sevov, medtem ko cona lize ob inaktivaciji lokusa wapAI ni bila opazna, kar nakazuje na manj intenzivne antagonistične interakcije. Naše raziskave kažejo, da je potrebno interakcije med sevi proučevati v različnih modelnih sistemih, saj so posledice teh interakcij lahko odvisne od eksperimentalnih pogojev. Prostorska strukturiranost bakterij in nehomogeno okolje imajo v naravi ključno vlogo pri kompeticiji, izbira modelnega sistema pa lahko pomembno vpliva na razumevanje ekologije in evolucije bakterij. Ključne besede: Bacillus subtilis, kompeticija, wapAI lovenskega m ongres S9. k 124 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Preučevanje glivne razgradnje sintetičnih restavratorskih materialov z metodo FTIR-PAS Amela Kujović1, Katja Kavkler2, Tomaž Skapin3, Polona Zalar1 024 1Katedra za molekularno genetiko in biologijo mikroorganizmov, Oddelek za biologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Večna pot 111, Ljubljana 2Restavratorski center, Zavod za varstvo kulturne dediščine Slovenije, Poljanska c. 40, Ljubljana 3Institut Jožef Stefan, Jamova cesta 39, Ljubljana amela.kujovic@bf.uni-lj.si Od leta 1930, ko se je razmahnila proizvodnja sintetičnih materialov, se ti v veliki meri uporabljajo tudi pri konservatorstvu-restavriranju objektov kulturne dediščine. Novi materiali imajo prednosti, ruštva - 2 vendar se kemično in tehnično razlikujejo od osnovnih materialov, kot so les, kamen, steklo in kovina. Vpliv sintetičnih materialov na umetniške predmete so preučevali v zadnjih desetletjih, vendar njihova kompatibilnost in dolgoročni vpliv še nista povsem razumljena. Poleg morebitnih praktičnih prednosti, kot je npr. stabilnost, uporaba plastika pri restavriranju postavlja pomembno vprašanje o etičnem odnosu do kulturne dediščine, ki mora ostati materialno nedotakljiva. Glive povzročajo vidne ali/in strukturne poškodbe na umetniških predmetih, predvsem zaradi svoje sposobnosti rasti pri nizki relativni vlažnosti (RH) in proizvodnje različnih encimov in organskih kislin. Naša raziskava se je osredotočila na glivne izolate s slik na platnu. Testirane sintetične materiale (Lascaux Acrylic Glue 303 HV in 498 HV, Acrylharz P550, Laropal A81, Beva 371, Regalrez 1094) smo nanesli na objektna stekla, jih avtoklavirali, ter inokulirali z izbranimi glivam. Inkubirali smo jih v atmosferi 50, 70 in 90% relativne vlage pri temperaturi 22 °C od 2 do 7 mesecev. Testirali smo sveže nanešene materiale in tudi umetno starane (300 ur, UV-A in UV-B svetloba, 22 °C). Rast gliv smo ugotavljali pod stereomikroskopom; glive smo ponovno izolirali ikrobiološkega d in potrdili njihovo identiteto s sekvenciranjem izbranih genetskih markerjev (β-tubulin). Kemijske spremembe proučevanih materialov smo ocenili s FT-IR fotoakustično spektroskopijo (PAS), ki je pokazala nekatere spremembe v molekulski strukturi analiziranih materialov, predvsem vidne kot pojav pasu med 3100 in 3500 cm-1, značilnega za O-H vibracije, pojav pasu med 1700 in 1550 cm-1, ki je značilen za nihanje vode ali nenasičene verige in pojav ali spremembe nihanja karbonilnega pasu. Vse te spremembe razkrivajo hidrolitične in oksidativne procese v sintetičnih materialih, ki jih povzročajo glive. Ključne besede: glive, sintetični materiali, slike na platnu lovenskega m ongres S9. k 125 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Viromska analiza antičnih vzorcev oliv 024 Dijana Škorić1, Renata Šoštarić1, Olivera Maksimović Carvalho Ferreira2, Lana Vogrinec2, Jurica Bezak3, Denis Kutnjak2 1Department of Biology, Faculty of Science, University of Zagreb, Zagreb, Croatia 2Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Nacionalni inštitut za biologijo, Ljubljana 3Croatian Conservation Institute, Zagreb, Croatia denis.kutnjak@nib.si Olive ( Olea europaea L.) in njihovi divji sorodniki so del mediteranske diete in trgovskih izmenjav ruštva - 2 že iz antičnih časov. V jadranskem morju, v bližini otoka Palagruža (Hrvaška), so arheologi odkrili vzorce oliv v dveh amforah v ladijskih razbitinah iz rimskih časov. Z radiokarbonskim datiranjem ocenjena starost izjemno dobro ohranjenih vzorcev je 2200 let. Iz vzorcev oliv smo izolirali celokupne nukleinske kisline, ki smo jih tretirali z DNAzo. Preostalo RNA smo naključno pomnožili, nato pa pomnožke sekvencirali s pomočjo visokozmogljivega sekvenciranja. S pomočjo bioinformatskih analiz smo v pridobljenih podatkovnih setih poiskali virusom podobna zaporedja. Pridobili smo skoraj popolno zaporedje prej neznanega virusa, ki ga lahko najverjetneje uvrstimo v rod alfakarmovirusov. Primerjava zaporedja od RNA odvisne RNA polimeraze tega virusa s poznanimi virusnimi zaporedji je pokazala, da je novo odkriti virus najbolj podoben virusu cikorije 1 (62% identiteta) in virusu obročkaste pegavosti kovačnika (61% identiteta). Filogenetske analize so potrdile uvrstitev virusa v rod Alphacarmovirus, družina Tombusviridae. S pomočjo na novo izdelanih tarčnih testov smo potrdili prisotnost virusa v izolatih RNA iz več arheoloških vzorcev oliv. Z nadaljnjimi testi želimo potrditi starodavni izvor virusne RNA, kar bo prineslo doslej neznan vpogled v zdravstveno stanje oliv v antičnem času in potrditev odkritja zaporedja enega izmed ikrobiološkega d najstarejših zaznanih rastlinskih virusov. Ključne besede: olive, virom, viskozmogljivo sekvenciranje, arheološki vzorci lovenskega m ongres S9. k 126 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Odtoki umivalnikov kot potencialni rezervoar večkratno odpornih bakterij v bolnišničnem okolju Aleksander Mahnič1,2, Urška Ajd3, Sandra Janežič1,2, Marjanca Starčič Erjavec4, Maja Rupnik1,2, Andrej Golle1 024 1Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Prvomajska 1, Maribor 2Medicinska fakulteta, Univerza v Mariboru, Taborska ulica 8, Maribor 3Univerzitetni klinični center Maribor, Ljubljanska ulica 5, Maribor 4Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva ulica 101, Ljubljana aleksander.mahnic@nlzoh.si Bolnišnice predstavljajo pomemben rezervoar večkratno odpornih bakterij (VOB). V tej študiji smo preučili odtoke umivalnikov kot možen vir VOB v bolnišničnem okolju. Testirali smo biofilme ruštva - 2 pridobljene iz skupno 25 kolen odtokov umivalnikov iz petih različnih oddelkov na UKC Maribor. Brise smo gojili na naboru selektivnih in diferencialnih gojišč, iz katerih smo uspešno osamili 361 izolatov, ki so pripadali 39 različnim bakterijskim vrstam iz 21 rodov. Skupno 97 izolatom smo s tarčnim PCR določili prisotnost genov, povezanih z determinantami odpornosti proti antibiotikom (VIM, OXA, NDM, KPC, MDS in CTX). Sorodnost izolatov Pseudomonas aeruginosa, ki so bili izolirani v največjem številu, smo preverili s pulzno gelsko elektroforezo (PFGE). Dodatno smo celokupno taksonomsko sestavo bakterijskih združb v brisih določili s sekvenciranjem pomnožka variabilne regije V3-V4 gena za 16S rRNA. V odtokih smo dokazali visoko pojavnost bakterije Stenotrophomonas maltophilia (60 % odtokov) in Pseudomonas aeruginosa (52 % odtokov). Izolati Pseudomonas aeruginosa so se glede na profil PFGE razlikovali med odtoki, v določenih primerih pa smo znotraj enega odtoka zaznali tudi več različnih profilov PFGE. V vsaj 20 % odtokov smo zaznali še različne vrste iz rodov Enterobacter, Klebsiel a, Acinetobacter in Enterococcus. Med testiranimi izolati smo pri 12,4% dokazali prisotnost ikrobiološkega d metalo-beta-laktamaze VIM-1 ( Citrobacter freundii, Pseudomonas mendocina, Pseudomonas mosseli in Pseudomonas putida), pri 31,0% prisotnost metalo-beta-laktamaze VIM-2 ( Pseudomonas aeruginosa) ter pri 2,1% prisotnost beta-laktamaze CTX-M9 ( Klebsiel a pneumoniae in Escherichia coli). S sekvenciranjem smo pokazali, da v odtokih prevladujejo proteobakterije, ki so v povprečju predstavljale > 80% celokupne združbe, sledili so predstavniki iz debel Firmicutes, Bacteroidetes in Actinobacteria v povprečno manj kot 10% deležu. Tako po relativni zastopanosti kot genetski pestrosti so skladno z rezultati kultivacije prevladovali predstavniki rodov Pseudomonas, Stenotrophomonas in Acinetobacter, medtem ko celokupna sestava bakterijske združbe ni bila značilno povezana s prisotnostjo VOB. Ključne besede: večkratno odporne bakterije, bolnišnično okolje, odtoki umivalnikov lovenskega m ongres S9. k 127 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Voda in rastni substrat onesnaženi s tobamovirusi - vir okužbe rastlin 024 Nataša Mehle1,2, Irena Bajde1, Jakob Brodarič1, Adrian Fox3,4, Miha Kitek5, Denis Kutnjak1, Maja Ravnikar1, Ana Vučurović1 1Nacionalni inštitut za biologijo, Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Večna pot 111, Ljubljana 2Univerza v Novi Gorici, Fakulteta za vinogradništvo in vinarstvo, Dvorec Lanthieri, Glavni trg 8, Vipava 3Fera Science Ltd, Sand Hutton, York, YO41 1LZ United Kingdom 4School of Natural and Environmental Sciences, Newcastle University, Agriculture Building, King’s Road, Newcastle upon Tyne NE1 7RU, United Kingdom 5Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana natasa.mehle@nib.si ruštva - 2 Nedavno odkrita virus rjave grbančavosti plodov paradižnika (tomato brown rugose fruit virus; ToBRFV) in virus lisavosti in mozaika paradižnika (tomato mottle mosaic virus; ToMMV) predstavljata veliko grožnjo svetovni pridelavi paradižnika in paprike. Oba virusa uvrščamo med tobamoviruse, ki so sposobni dolgotrajnega preživetja na različnih površinah in pod različnimi okoljskimi pogoji. Prenašajo se predvsem z okuženimi semeni, sadilnim materialom in mehansko. Naš cilj pa je bil preveriti ali je možna pot prenosa teh dveh tobamovirusov na rastline tudi preko vode ali rastnega substrata. Rezultati naše študije kažejo, da lahko ToBRFV v vodi, shranjeni pri sobni temperaturi, preživi do štiri tedne, njegovo RNA pa je mogoče v vodi zaznati vsaj štiri mesece. Pokazali smo, da lahko s ToBRFV okužena voda, ki se uporablja za namakanje, okuži rastline paradižnika prek korenin po enem do šestih mesecih izpostavljenosti. Poleg tega smo potrdili, da je s ToBRFV ali ToMMV ikrobiološkega d kontaminiran rastni substrat lahko vir inokuluma za posajene sadike paradižnika in sadike, vzgojene iz semen. Ti rezultati kažejo na novo epidemiološko pot ToBRFV in ToMMV prek vode in rastnega substrata. Rezultati zapolnjujejo obstoječe vrzeli v znanju in kažejo na potrebo po nadzoru prisotnosti novih tobamovirusov ter razkuževanju namakalne vode in rastnega substrata v pridelavi paradižnika in paprike, če pride do okužbe. Ključne besede: tobamovirusi, voda, rastni substrat, vir okužbe lovenskega m ongres S9. k 128 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Raziskovanje transpeptidazne aktivnosti papainu-podobne cisteinske proteaze CrCEP1 iz zelene alge Chlamydomonas reinhardtii Katarina P. van Midden1, Pitter Huesgen2, Renier A. L. van der Hoorn3, Marina Klemenčič1 024 1Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo, Univerza v Ljubljani, Večna pot 113, Ljubljana 2Department for Electronics and Analytics, Central Institute for Engineering, Forschungszentrum Jülich, Wilhelm-Johnen-Str, Jülich, Germany 3The Plant Chemetics Laboratory, Department of Biology, University of Oxford, South Park Road, Oxford OX1 3RB, UK katarinapetra.vanmidden@fkkt.uni-lj.si Proteaze se uveljavljajo kot ključni regulatorji odziva na stres pri rastlinah. Kljub temu njihove funkcije v tem procesu ostajajo nepojasnjene. Zelena alga Chlamydomonas reinhardti je dober ruštva - 2 modelni organizem za študij funkcije teh proteaz, saj vsebuje predstavnike glavnih proteaznih družin, povezanih s tem procesom. Z uporabo sond na osnovi aktivnosti (ang. activity-based probes) smo tako želeli podrobneje raziskati aktivnosti proteaz v Chlamydomonas reinhardti med oksidativnim stresom, sproženim z vodikovim peroksidom. V nasprotju s pričakovanji so se uporabljene tetrapeptidne sonde močno vezale na tri ne proteolitične proteine - PsbO, PsbP in PsbQ – ki so sestavni del kisik-sproščujočega kompleksa (ang. oxygen-evolving complex, OEC) fotosistema II. Z nadaljnjimi biokemičnimi analizami in eksperimenti z masno spektrometrijo smo odkrili vlogo CrCEP1, prej neraziskane papainu-podobne cisteinske proteaze, pri katalizi te reakcije. Z dodatnimi poskusi z rekombinantno pripravljenimi proteini CrCEP1 in PsbO, smo reakcijo izvedli tudi in vitro. Naši rezultati razkrivajo, da ima endopeptidaza CrCEP1 poleg proteolizne tudi transpeptidazno aktivnost, ki omogoča prenos sond in peptidov na N-konce proteinov Psb. Doslej neznana transpeptidazna aktivnost CrCEP1, razkriva kompleksne in vsestranske vloge proteaz v celičnih procesih med odzivi na stres. ikrobiološkega d Ključne besede: zelene alge, proteoliza, sonde na osnovi aktivnosti, papainu-podobne cisteinske proteaze, transpeptidacija lovenskega m ongres S9. k 129 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Človeška črevesna mikrobiota v domačem okolju 024 Urša Miklavčič1, Sandra Janežič1,2, Maja Rupnik1,2 1Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Prvomajska 1, Maribor 2Medicinska fakulteta, Univerza v Mariboru, Taborska ulica 8, Maribor ursa.miklavcic@nlzoh.si Črevesna mikrobiota človeka opravlja številne naloge, kot so presnova neprebavljivih vlaknin, ruštva - 2 učenje in regulacija imunskega sistema, zaščita pred kolonizacijo s patogenimi mikroorganizmi ter produkcija sekundarnih metabolitov, ki vzdržujejo tesnost črevesnega epitela in vplivajo na različne organske sisteme. V tej združbi prevladujejo bakterije debel Bacteriodota ( Bacteroidetes) in Bacil ota ( Firmicutes), medtem ko so v manjši meri zastopane tudi bakterije debel Pseudomonadota ( Proteobacteria), Actinomycetota ( Actinobacteria), Verrucomicrobia in Fusobacteria. Čeprav je veliko raziskav narejenih na populacijah z različnimi boleznimi, so tudi raziskave na zdravih prostovoljcih pomembne za razumevanje sestave in dinamike črevesne mikrobiote v domačem okolju. Podatki vključeni v analizo izhajajo iz dveh študij. Oba seta podatkov sta bila pridobljena s sekvenciranjem V3-V4 variabilne regije gena za 16S rRNA na platformi Il umina. Odčitke smo združili, filtrirali in zmanjšali šum s programom USEARCH ter pridobili predvidena pravilna biološka zaporedja (ZOTU, ang. zero-radious operational taxonomic unit) nadaljnja analiza in vizualizacija je bila narejena v RStudiu. V prvi študiji smo spremljali devet posameznikov v obdobju šestih mesecev, vsaka dva tedna so prostovoljci prispevali vzorec blata in odgovorili na osnovna vprašanja o prehrani, stresu in aktivnosti. Ko primerjamo diverziteto črevesne mikrobiote enega ikrobiološkega d posameznika se ta v času spreminja glede na zunanje okoliščine, kot so prehrana, aktivnost, zdravila in predvsem antibiotiki, ki povzročijo začasno porušenje ravnovesja, vendar so vse te razlike znotraj šest mesečnega obdobja veliko manjše kot razlike med posamezniki. V drugo študijo so bili vključeni pari, ki bivajo skupaj. Ljudje si v povprečju delimo 10 do 20% bakterijskih vrst črevesne mikrobiote, ta delež je večji, če primerjamo skupaj živeče partnerje. Ključne besede: črevesna mikrobiota, longitudinalne spremembe, kohabitacija, prenosi lovenskega m ongres S9. k 130 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Transkriptomska analiza genskih skupkov za razgradnjo hemiceluloz in pektinov v dveh vampnih vrstah bakterij Prevotella nakazuje na različne substratne preference 024 Urška Murovec, Tomaž Accetto Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana urska.murovec@bf.uni-lj.si Bakterije iz rodu Prevotel a so ena najbolj dominantnih skupin v mikrobioti vampa. Njihova glavna funkcija je razgradnja hemiceluloz in pektinov rastlinske celične stene ter založnih polisaharidov. Te substrate razgrajajo do končnih produktov s pestrim naborom encimov, ki so kodirani v ruštva - 2 skupkih odgovornih za razgradnjo polisaharidov (angl. Polysaccharide Utilisation Loci – PULs). To so lokusi ko-lokaliziranih in ko-reguliranih genov, katerih produkti zaznavajo, vežejo, prenašajo in encimsko razgrajajo kompleksne ogljikove hidrate. PUL se aktivira ob zaznavi substrata, katerega produkti so sposobni njegove razgradnje. Bioinformacijske analize vrst Prevotel a so pokazale, da vsebujejo raznolik nabor PULov v svojih genomih, transkriptomski in genetski pristopi pa so napovedi potrdili na omejenem številu substratov. V tej študiji smo transkriptomsko identificirali različne PULe v dveh vrstah Prevotel a, Prevotella ruminicola KHP1 in Prevotel a bryantii TF1-3, da bi preiskali raznolikost PULov, ki bi lahko bila prisotna v tem heterogenem rodu. Poleg tega smo preverili substratne preference in ocenili, da specifična hitrost rasti in količina biomase, ki jo sev lahko pridobi na določenem substratu vplivata na izbiro substratov za rast. Preferenca je bolj očitna pri P. ruminicola KHP1, medtem ko P. brynatii TF1-3 lahko razgraja določene hemiceluloze tudi istočasno. Ključne besede: Prevotel a, vamp, prežvekovalci, PULs, hemiceluloze, pektini ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 131 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Zmanjševanje emisij metana pri prežvekovalcih: mikrobiomski pogled v 024 učinkovanje rastlinskih izvlečkov kot alternativa antibiotičnim krmnim dodatkom Alen Radolič, Luka Lipoglavšek, Lijana Fanedl, Gorazd Avguštin UL, Biotehniška fakulteta, Oddelek za mikrobiologijo, Katedra za mikrobno diverziteto, mikrobiomiko in biotehnologijo, Groblje 3, Domžale gorazd.avgustin@bf.uni-lj.si ruštva - 2 Prežvekovalci so pomemben vir emisij metana v ozračje, kjer ima ta negativen vpliv na globalno segrevanje. Preverjen in učinkovit način zmanjšanja emisij metana predstavljajo antibiotični krmni dodatki, katerih uporaba je v Evropski skupnosti od l. 2006 prepovedana, zato iščemo alternativo, med drugim v izvlečkih nekaterih rastlin. V raziskavi smo uporabili šaržni anaerobni bioreaktorski sistem Gas Endeavour®, s katerim smo simulirali razmere v vampu ovac in tako in vitro preučevali in primerjali vpliv izvlečkov česna, hmelja, kostanjevih taninov in ionofornega antibiotika monenzina na proizvodnjo plinov in kratkoverižnih maščobnih kislin. Z molekularnimi mikrobiomskimi metodami in bioinformacijsko analizo pa smo preučevali vpliv teh učinkovin na sestavo bakterijskega in arhejskega dela vampovega mikrobioma. Pričakovano smo ugotovili, da imajo dodatki izbranih rastlinskih izvlečkov v večini statistično značilen učinek na celotno proizvodnjo plina kot tudi proizvodnjo metana. Največji učinek sta imela dodatek česnovega olja in beta kislin iz hmelja, in ob dodatku višje koncentracije, sta bila celo učinkovitejša od monezina. Dodatek monenzina, česnovega olja in beta kislin iz hmelja je povzročil kopičenje vodika namesto metana, predvidoma zaradi inhibicije metanogeneze. Analiza kratkoverižnih maščobnih kislin ikrobiološkega d je pokazala, da je dodatek izbranih rastlinskih izvlečkov povzročil zmanjšanje koncentracije le-teh, z izjemo česnovega ekstrakta dialil disulfida (DADS), ki je povzročil povečanje celokupne koncentracije KMK. Analiza profilov bakterijskega dela mikrobiomov je presenetljivo pokazala veliko podobnost mikrobiomov iz vzorcev z dodanimi rastlinskimi učinkovinami in vzorcev pozitivnih kontrol, medtem ko je dodatek monenzina bakterijski del mikrobiomov močno spremenil. Drugačna razporeditev je značilna za arhejski del mikrobiomov, na katere je najbolj vplival dodatek dialil disulfida. Ključne besede: globalno segrevanje, metan, prežvekovalci, vamp, mikrobiom lovenskega m ongres S9. k 132 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Anotacija in pan-genomska analiza visokosorodnih sevov Bacillus subtilis iz nabrežja reke Save Eva Stare1, Jasna Kovač2, Ulisses Nunes da Rocha3, Ines Mandić-Mulec1, Polonca Štefanič1 024 1Katedra za mikrobno ekologijo in fiziologijo, Oddelek za mikrobiologijo, Biotehniška Fakulteta, Univerza v Ljubljani, Ljubljana, Slovenija 2Department of Food Science, The Pennsylvania State University, University Park, Pennysylvania, USA 3Department of Environmental Microbiology, Helmholtz Centre for Environmental Research – UFZ, Leipzig, Germany eva.stare@bf.uni-lj.si V letu 2009 sta Štefanič in Mandić-Mulec izolirali 40 visokosorodnih sevov Bacillus subtilis iz vzorcev tal peščenega nabrežja reke Save. Sevi so bili med socialnim premikanjem po poltrdnem agarju ruštva - 2 sposobni razlikovati med bolj in manj sorodnimi sevi, pri čimer je med bolj sorodnimi sevi prišlo do zlitja rojev, med manj sorodnimi pa do tvorbe mejne linije. Izkaže se, da pri tej vrsti sorodstveno razlikovanje ni pogojeno z variacijami v eni sami skupini genov, temveč s širokim naborom genov, ki kodirajo predvsem sekundarne metabolite ali komponente celične površine. Da bi pridobili vpogled v genomske razlike in identificirali gene, vključene v sorodstveno razlikovanje, potrebujemo visoko genomsko resolucijo izolatov, zato smo le-te sekvencirali z kombinacijo sekvenciranja kratkih kot in dolgih odčitkov. Sestavljene genome smo anotirali z tremi orodji za mikrobno anotacijo tj. Prokka, Bakta in PGAP in primerjali razmerje med hitrostjo, enostavnostjo uporabe, deležem hipotetičnih proteinov in deležem uspešno anotiranih genov z izbranimi orodji. Po anotaciji smo uporabili orodje za pan-genomsko analizo bakterijskih genomov, Roary, da bi identificirali sestavo pan-genoma naših simpatričnih sevov B. subtilis. Primerjali smo ga s pan-genomom, ki je bil ustvarjen na podlagi obsežnega nabora javno dostopnih in visokokakovostnih ikrobiološkega d genomov B. subtilis, izoliranih po vsem svetu. Primerjava pan-genomov nam omogoči ugotavljanje, ali obstajajo posebnosti naše simpatrične populacije glede na globalno raznolikost vrste. Ključne besede: Bacillus subtilis, primerjalna genomika, pan-genom, anotacija lovenskega m ongres S9. k 133 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Longitudinalna stabilnost črevesnih profagov pri bakterijski družini 024 Bacteroidaceae Nejc Stopnišek1, Stina Hedžet1, Maja Rupnik1,2, Tomaž Accetto3 1Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Prvomajska ulica 1, 2000 Maribor, Slovenija 2Katedra za mikrobiologijo, Medicinska fakulteta, Univerza v Mariboru, Taborska ulica 8, 2000 Maribor, Slovenija 3Katedra za mikrobno diverziteto, mikrobiomiko in biotehnologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Groblje 3, 1230 Domžale, Slovenija nejc.stopnisek@nlzoh.si ruštva - 2 Bacteroidaceae je pomembna družina črevesnih bakterij, ki igrajo ključno vlogo pri ohranjanju zdravja črevesja. Te bakterije pomagajo pri razgradnji zapletenih ogljikovih hidratov, proizvajajo vitamine in druga hranila ter ščitijo pred patogeni. Profagi so virusi, ki lahko okužijo bakterije in vgradijo svoj genetski material v bakterijsko genom. V nekaterih primerih lahko profagi koristijo bakterijam gostiteljicam tako da povečajo virulentnost ali odpornost proti antibiotikom. Vendar pa lahko profagi povzočijo tudi lizo bakterijskih gostiteljev. V tej študiji smo preučevali stabilnost profagov v črevesnih bakterijah Bacteroidaceae v daljšem časovnem obdobju. Izolirali smo člane družine Bacteroidaceae iz fekalnih vzorcev, pridobljenih iz dveh zdravih posameznikov v dveh časovnih točkah, eno ali dve leti narazen (skupno 74 izolatov). Ugotovili smo, da so bili profagi v teh bakterijah zelo specifični za posameznika, kar pomeni, da so bili najdeni samo pri enem posamezniku in nikoli pri obeh. Ena tretjina identificiranih profagov je bila prisotna v obeh časovnih točkah, kar kaže, da je večina profagov časovno specifičnih in so nestabilni. Identificirali smo tudi tri profage, ki so imeli širok razpon gostiteljev in niso bili specifični za določen sev. Te ikrobiološkega d profage smo našli pri različnih vrstah bakterij Bacteroidaceae, kar kaže, da lahko okužijo več sevov črevesnih bakterij. Nekateri od teh profagov so nosili tudi funkcionalne gene gostitelja, kar kaže, da imajo lahko pomemben vpliv na fiziologijo bakterij gostiteljev. Uporabili smo tudi metagenomske podatke iz prejšnje študije, da bi ugotovili, ali so ti profagi aktivirani in potencialno prisotni pri katerem drugem gostitelju. Ugotovili smo, da so bili ti profagi aktivirani, do 9% metagenomskih odčitkov pa je bilo mogoče preslikati nazaj na regije profaga. To kaže, da lahko ti profagi igrajo aktivno vlogo v črevesnem okolju. Na splošno ta študija zagotavlja nove vpoglede v raznolikost in stabilnost profagov v črevesnih bakterijah Bacteroidaceae. Ugotovitve kažejo, da imajo profagi lahko bolj dinamično vlogo v črevesnem okolju, kot smo sprva predvidevali. A potrebne so nadaljnje raziskave, da bi razumeli polni vpliv profagov na zdravje črevesja. lovenskega m Ključne besede: črevesje, bakteroidete, profagi, longitudinalna študija, sekvenciranje, bioinformatika ongres S9. k 134 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Učinki in mehanizmi delovanja potencialnega probiotika Bacillus subtilis PS-216 proti patogeni bakteriji Campylobacter jejuni Katarina Šimunović1, Polonca Štefanič1, Anja Klančnik1, Manuela Di Lorenzo1, Vida Rezar1, Janez Salobir1, Tatjana 024 Pirman1, Maja Šikić Pogačar2, Olga Zorman Rojs3, Uroš Krapež3, Sonja Smole Možina1, Ines Mandić Mulec1 1Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana, Slovenija 2Medicinka fakulteta, Univerza v Mariboru, Taborska ulica 8, 2000 Maribor, Slovenija 3Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva 60, Ljubljana, Slovenija katarina.simunovic@bf.uni-lj.si Odpornost na antibiotike in širjenje bakterij Campylobacter sp. v verigi proizvodnje in preskrbe s perutninskim mesom je vse večji problem, ki povzroča ogromne gospodarske izgube. ruštva - 2 Strogi predpisi o uporabi antibiotikov ter zdravstveni in ekonomski pomisleki so odprli vrata intenzivnejšim raziskavam alternativnih rešitev tega problema, kot je uporaba probiotikov za kontrolo patogenih bakterij. Osredotočili smo se na raziskave medvrstnih interakcij bakterij Campylobacter jejuni in potencialnega probiotika Bacillus subtilis za kontrolo patogenih bakterij C. jejuni pri piščancih. Z in vitro presejalnimi testi smo izbrali sev B. subtilis PS-216 z najboljšim inhibitornim delovanjem proti bakterijam C. jejuni. Z mikroaerofilno ko-kultivacijo smo z B. subtilis PS-216 zavrli rast sevov C. jejuni različnega izvora (N=20, 1,5 - 6,5 log redukcije) ter določili dinamiko interakcije teh dveh vrst v različnih pogojih. Potrdili smo, da sta v mehanizem delovanja B. subtilis PS-216 proti C. jejuni vključeni protimikrobni spojini bacilizin in plipastatin. Med mehanizmi odpornosti sevov C. jejuni proti B. subtilis smo identificirali delovanje izlivnih črpalk in sekrecijskega sistema tipa 6. ikrobiološkega d Učinkovitost B. subtilis PS-216 za zatiranje C. jejuni smo potrdili in vivo pri pitovnih piščancih starih do 21 dni. Potrdili smo značilno zmanjšanje ravni C. jejuni v slepem črevesju piščancev (1,4 log, p<0,05), ki so prejemali spore B. subtilis PS-216 v vodi v koncentraciji 106 spor/mL. Pri pitovnih piščancih starih do 43 dni, ki so prejemali spore B. subtilis PS-216 v vodi (106 spor/mL), v manjši koncentraciji v krmi (106 spor/kg) ter večji koncentraciji v krmi (109 spor/kg krme) ugotovili povečanje telesne mase, učinkovitejše izkoriščanje krme ter povečanje mase timusa, kar kaže na močan pozitiven vpliv dodatka spor na samega gostitelja. Sklepamo, da ima B. subtilis PS-216 močan probiotični potencial, ki izboljšuje zdravstveno stanje živali, ekonomičnost prireje in končno tudi varnost in kakovost mesa. Ključne besede: probiotik Bacillus subtilis PS-216, Campylobacter jejuni, pitovni piščanci lovenskega m ongres S9. k 135 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Bakterija Clostridioides difficile v domačih kompostnikih in malih sesalcih 024 Klemen Tršinar1,2, Sabina Mlakar1,3, Franc Janžekovič2, Maja Rupnik1,3, Sandra Janežič1,3 1Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Prvomajska ulica 1, Maribor, 2Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Univerza v Mariboru, Koroška cesta 160, Maribor 3Medicinska fakulteta, Univerza v Maribor, Taborska ulica 8, Maribor klemen.trsinar@student.um.si Clostridioides difficile je po Gramu pozitivna bakterija, ki raste striktno anaerobno, in ob neugodnih ruštva - 2 razmerah tvori spore. Toksigeni sevi tako pri ljudeh kot pri številnih živalih povzročajo črevesne okužbe. Čeprav je glavni rezervoar bakterije C. difficile najpogosteje bolnišnično okolje, jo lahko najdemo tudi drugod. Bolnišnično okolje je bilo z obsežnimi študijami že dobro raziskano, medtem ko so podatki o prisotnosti C. difficile v drugih rezervoarjih še vedno precej skopi. Ker v zadnjih letih narašča število okužb v izven bolnišničnem okolju, je pomembno poiskati tudi druge možne vire bakterije C. difficile. V tej študiji smo raziskali pogostnost C. difficile v domačih kompostnikih in iztrebkih malih sesalcev, ulovljenih ob kompostnikih. Vključili smo kompostnike treh različnih gospodinjstev in iz vsakega odvzeli po tri vzorce komposta. Pri vsakem kompostniku smo nastavili 6-10 živolovnih pasti za male sesalce. Ulovljene male sesalce smo popisali in za nadaljnjo analizo uporabili le njihove iztrebke. Za osamitev C. difficile smo uporabili bogatitvena in selektivna gojišča. Izolate smo identificirali z MALDI-TOF ter jih podrobneje okarakterizirali s PCR ribotipizacijo in toksinotipizacijo. Ugotovili smo, da je bil C. difficile prisoten v vseh treh kompostnikih, medtem ko sta bila od 16 vzorcev iztrebkov malih sesalcev na C. difficile pozitivna samo dva (13 %). Iz kompostnikov smo osamili 91, iz iztrebkov malih sesalcev pa 16 izolatov. S ikrobiološkega d PCR ribotipizacijo smo izolate uvrstili v 9 različnih PCR ribotipov, in sicer 8 netoksigenih ter enega toksigenega (toksinotip 0). Od 9 PCR ribotipov so bili štirje že opisani pri človeku. Oba PCR ribotipa, izolirana iz malih sesalcev, sta bila najdena tudi v vzorcih komposta. V enem primeru smo isti PCR ribotip našli v iztrebku malega sesalca in komposta, kar nakazuje na možen prenos C. difficile med kompostom in malimi sesalci. Ali gre res za klonalna izolata pa bomo potrdili s sekvenciranjem in analizo genomskih zaporedij. Ključne besede: Clostridioides difficile, kompost, mali sesalci, PCR-ribotipizacija, rezervoarji lovenskega m ongres S9. k 136 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Virulentni potencial sevov rodu Aeromonas s kože človeške ribice in njenega okolja Lea Becner, Nina Gunde-Cimerman, Martina Turk 024 Oddelek za biologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva 101, Ljubljana martina.turk@bf.uni-lj.si Obstoj človeške ribice ( Proteus anguinus), največje obligatno jamske živali ter edinega jamskega vretenčarja v Evropi, je ogrožen zaradi onesnaževanja njenega vodnega okolja kot posledice človeške dejavnosti. Raziskave mikrobioma kože človeških ribic in njihovega okolja (kraške ter akvarijske vode) so potrdile prisotnost za dvoživke potencialno patogenih sevov bakterij rodu ruštva - 2 Aeromonas, povzročiteljev t.i. sindroma rdečih nog. Izolirane seve tega rodu smo do vrste natančno identificirali s filogenetsko analizo na podlagi konkateniranih nukleotidnih zaporedij hišnih genov dnaJ, dnaX, gyrB, recA in rpoD ter gena za 16S rRNA. Na podlagi gena za 16S rRNA prepoznane izolate najbolj patogene vrste A. hydrophila smo identificirali kot A. media, potrdili pa smo prisotnost za ribe in druge vodne živali potencialno patogeni vrsti A. salmonicida in A. veroni . Vrstna raznolikost aeromonasov v kožni mikrobioti zdravih človeških ribic je bila večja v primerjavi z bolnimi. Dokazovali smo prisotnost genov za virulentne dejavnike act, alt, ast, aerA, ahpA, epr, hlyA in GCAT ter s povprečno 2,13 omenjenih genov na sev rodu Aeromonas potrdili nizek virulentni potencial izoliranih sevov. Kljub temu smo odkrili 2 potencialno citotoksična seva z genotipom act+/alt+/aerA+/hlyA+, 19 potencialno citotoksičnih sevov genotipa act+/alt+/aerA+ in 4 potencialno zelo virulentne seve genotipa alt+/aerA+/hlyA+. Kar 93 % sevov je bilo odpornih proti vsaj enemu testiranemu antibiotiku, proti gentamicinu (93,49 % sevov), imipenemu (49,11 % sevov), eritromicinu (34,91 % sevov), ceftriaksonu (34,32 % sevov), aztreonamu (2,96 % sevov) in enrofloksacinu (2,96 % sevov). Seve z največjim povprečnim številom antibiotikov, proti katerim so bili odporni, smo ikrobiološkega d izolirali iz lokacije, kjer je v preteklosti prišlo do onesnaženja s težkimi kovinami, kar se sklada s konceptom navzkrižne odpornosti. Ugotovitve nakazujejo na verjetno onesnaženje kraških vod z odpadnimi vodami, živinorejo in človeškimi fekalijami ter posledično širjenje genskega materiala, ki vsebuje zapise za mehanizme odpornosti in virulence med bakterijami. Ključne besede: dejavniki virulence, Proteus anguinus, voda, Aeromonas lovenskega m ongres S9. k 137 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Novi virusi morskih kremenastih alg iz slovenske obale 024 Timotej Turk Dermastia1, Denis Kutnjak2, Katarina Bačnik2 1Morska biološka postaja Piran, Nacionalni inštitut za biologijo, Fornače 41, 6330 Piran 2Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Nacionalni inštitut za biologijo, Večna pot 111, 1000 Ljubljana. timotej.turkdermastia@nib.si Kremenaste alge (diatomeje) so skupina enoceličnih mikroalg, ki je v svetovnih oceanih ruštva - 2 odgovorna za približno 40% primarne produkcije. Tvorijo silikatne celične stene, ki delujejo kot balast in so zato tudi pomembne pri kroženju tako silicija kot ogljika. Pomembno vlogo pri kroženju snovi in mikrobiološki zanki v morjih imajo virusi, ki okužujejo (in lizirajo) diatomejske celice ter vplivajo na razgradljivost raztopljene organske snovi. Le nekaj virusov diatomej je bilo izoliranih in okarakteriziranih. V tej raziskavi smo se lotili iskanja novih diatomejskih virusov predvsem rodu Pseudo-nitzschia, ki je eden najbolj razširjenih diatomejskih rodov in je znan tudi po tem da tvori škodljiva cvetenja alg, nevarna tudi človeku ob zaužitju kontaminiranih školjk. Do zdaj virusi tega rodu niso bili poznani. Iz koncentriranega vzorca morske vode iz Tržaškega zaliva smo izolirali več novih diatomejski virusov. Virus PnGalRNAV, je nov virus, ki okužuje diatomeje vrste Pseudo-nitzschia galaxiae, zelo razširjene v Tržaškem zalivu. Virus smo s pomočjo metagenomskih metod in transmisijske elektronske mikroskopije okarakterizirali kot enoverižni RNA virus, podoben pikornavirusom (»picorna-like«), ki okužujejo tudi druge diatomejske vrste. Virus smo nato iskali še v javno dostopnih zbirkah metagenomskih podatkov, da bi poskušali ugotoviti, če je bil tak ali podoben virus že kdaj prej zaznan. Našli smo podobne viruse še vsaj iz dveh lokacij - Sredozemlja in Kitajske. Poleg PnGalRNAV smo uspeli izolirati še virus, ki okužuje ikrobiološkega d diatomejo Chaetoceros tenuissimus. Gre za enoverižni DNA virus iz družine Bacilladnaviridae. Virus sodi, glede na podobnost replikaznega proteina, v isto vrsto kot že opisan virus ChTenDNAV type-II iz Japonske, vendar je glede na celotno genomsko zaporedje precej drugačen in lahko govorimo o novem genotipu tega virusa. Gre sploh za prvi diatomejski virus, ki je bil izoliran na dveh različnih lokacijah. Z izolacijo novih vrst in lokalnih sevov diatomejskih virusov se odpirajo vrata v raziskovanje interakcij med diatomejami, bakterijami in virusi in vplivom teh na kroženje snovi v morju. Ključne besede: virusi, diatomeje, kroženje snovi, morje, Pseudo-nitzschia lovenskega m ongres S9. k 138 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Vpliv lizogenih fagov na genomsko reorganizacijo bakterij na nivoju posameznih celic z uporabo metode CRISPRi-Seq Nina Vesel, Anna Dragoš 024 Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Jamnikarjeva ulica 101, Ljubljana nina.vesel@bf.uni-lj.si Bakteriofagi ali fagi so obvezni bakterijski paraziti in eno glavnih gonil bakterijske evolucije. Fagi ponavadi sledijo litičnemu ali lizogenemu ciklu. Medtem ko litični cikel povzroči lizo bakterijskih celic, se fag med lizogenim ciklom vključi v bakterijski kromosom in podvojuje skupaj z bakterijsko DNK. Poleg konvencionalnega litičnega in lizogenega cikla, pa je malo znanega o alternativnih ruštva - 2 življenjskih slogih fagov. Lizogene fage, ki so se zmožni izrezati (in ponovno vključiti) iz njihovih tarčnih genov na strogo nadzorovan način in pod določenimi okolijskimi pogoji, imenujemo fagna regulatorna stikala, njihov življenjski cikel pa aktivna lizogenija. Takšni fagi lahko uravnavajo ekspresijo tarčnih genov in nadzirajo različna bakterijska vedenja, kot so sporulacija, razvoj biofilma, patogenost itd. Natančna regulacija fagnih regulatornih stikal na molekularnem nivoju pa je zaenkrat še večinoma neraziskana. Za sledenje dinamiki preklapljanja med intra- in ekstra-kromosomsko obliko faga SPβ v bakteriji Bacillus subtilis trenutno razvijamo fluorescenčni reporterski sev, ki nam bo omogočil vizualizacijo fagnega ekstra-kromosomskega stanja. Takšen reporterski sev nam bo v prihodnje omogočil identifikacijo okolijskih pogojev, potrebnih za preklapljanje fagov, in raziskovanje tega procesa na ravni posameznih celic z uporabo konfokalne fluorescenčne mikroskopije. CRISPRi-Seq metoda na reporterskem sevu nam bo omogočila identifikacijo nujnih genetskih bakterijskih in fagnih komponent, ki so potrebne za fagno preklapljanje. ikrobiološkega d Ker fagna regulatorna stikala regulirajo bakterijske preživitvene strategije, kot so pobeg iz fagosomov, sporulacija, tvorba biofilma itd., so pogosto povezana z bakterijsko patogenezo. Boljše razumevanje fagnih regulatornih stikal na molekularnem nivoju bo zato pomembno doprineslo tudi k nadzorovanju bakterij na medicinskih in biotehnoloških področjih. Ključne besede: lizogeni fagi, bakterijsko vedenje, konfokalna mikroskopija, CRISPRi-seq, molekularni mehanizmi lovenskega m ongres S9. k 139 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Raziskovanje viromov makrofitov z uporabo dveh različnih pristopov 024 Lana Vogrinec1,2, Katarina Bačnik1, Martina Bačič3, Zarja Miović1, Denis Kutnjak1 1Nacionalni inštitut za biologijo, Večna pot 111, 1000 Ljubljana 2Mednarodna podiplomska šola Jožefa Štefana, Jamova cesta 39, 1000, Ljubljana 3Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Večna pot 111, 1000 Ljubljana lana.vogrinec@nib.si Makrofiti so taksonomsko raznolika skupina vodnih rastlin, vidnih s prostim očesom, ki naseljujejo ruštva - 2 različne sladkovodne in morske ekosisteme. Zaradi svoje raznovrstnosti in razširjenosti bi lahko bili pomembni virusni rezervoarji, zlasti zato, ker so neposredno povezani z vodnimi telesi, ki imajo potencial za prenos virusnih delcev na daljše razdalje. To je še posebej zaskrbljujoče pri združbah makrofitov, ki rastejo v bližini kmetijskih površin ali vodnih virov, ki se uporabljajo za namakanje. Kljub njihovi možni vlogi pri kopičenju in prenosu patogenih rastlinskih virusov, so viromi makrofitov slabo raziskani. Namen te raziskave je bil razširiti trenutno omejeno znanje o virusih makrofitov z uporabo dveh različnih pristopov: (1) s podatkovnim rudarjenjem smo poiskali virusna zaporedja v javno dostopnih podatkih iz zbirke tisočih transkriptomov rastlin, pri čemer smo analizirali 81 različnih vrst,(2) z visokozmogljivim sekvenciranjem RNA smo določili prisotnost virusnih nukleinskih kislin v rastlinskem materialu različnih vrst makrofitov, ki smo jih dobili iz različnih virov (lastna zbirka, akvaristične trgovine). ikrobiološkega d Z obema metodama smo v številnih analiziranih vodnih rastlinah zaznali zaporedja znanih rastlinskih virusov. Nekatere izmed teh pripadajo virusom, ki okužujejo gospodarsko pomembne rastline, med drugim so to virusi iz rodov Crinivirus (virus kloroze solate, LCV), Cucumovirus (virus mozaika kumare, CMV), Ilarvirus (virus progavosti tobaka, TSV) in Polerovirus (virus rumenice repe, TuYV). Poleg tega smo odkrili veliko zaporedij, ki bi glede na zmerno podobnost z znanim rastlinskih virusi lahko pripadale novim virusnim vrstam. Primer je zaporedje skoraj celotnega genoma virusa, ki je najbolj podobno članom rodu Potyvirus. Ta virus smo zaznali tako s podatkovnih rudarjenjem v podatkovnem setu povezanem z rastlino Sagittaria latifolia, kot tudi s sekvenciranjem pri sorodni vrsti Sagittaria subulata. Ključne besede: makrofiti, rastlinski virusi, podatkovno rudarjenje, visokozmogljivo sekvenciranje lovenskega m ongres S9. k 140 Tematski sklop: Mikrobi in okolje Množičen pogin leščurjev ( Pinna nobilis) v slovenskem morju v letu 2020 Urška Zajc1, Mitja Gombač1, Bojan Papić1, Borut Mavrič2, Darja Kušar1 1Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva 60, Ljubljana 024 2Nacionalni inštitut za biologijo, Morska biološka postaja Piran, Fornače 41, Piran urska.zajc@vf.uni-lj.si Veliki leščur ( Pinna nobilis) je največja mediteranska morska školjka in endemit Sredozemskega morja. V slovenskem morju živi pretežno na morskih travnikih in sodi med zaščitene vrste. Zaradi masovnih poginov, ki so se v Sredozemlju začeli leta 2016, je leščur uvrščen med kritično ogrožene vrste. Masovne pogine navadno pripisujemo protozojskemu parazitu Haplosporidium ruštva - 2 pinnae, vendar so lahko sočasno prisotni tudi drugi patogeni. V avgustu 2020 smo v slovenskem morju prvič opazili množičen pogin leščurjev, ki je do konca leta privedel do skoraj 100-odstotne smrtnosti populacije. V laboratoriju smo analizirali devet poginjenih leščurjev. S histopatološko preiskavo smo ugotovili močno invazijo s posledično nekrozo tubulov prebavnih žlez in gonad ter blago invazijo vezivnega tkiva leščurjev s haplosporidiji različnih razvojnih stopenj. Z metodo PCR in sekvenciranjem po Sangerju (gen za SSU rRNA) smo potrdili prisotnost parazita H. pinnae. Predvsem v vezivnem tkivu plašča, prebavnih žlez in gonad smo ugotovili tudi številne makrofage, ki so vsebovali acidorezistentne bacile. Slednje smo z gojiščno metodo in barvanjem po Ziehl-Neelsenu ter identifikacijo z metodo MALDI-TOF potrdili kot Mycobacterium sp. Sekvenciranje celotnega genoma enega izolata je pokazalo, da ta pripada kandidatni novi vrsti mikobakterij, ki je najsorodnejša vrsti M. peregrinum. Veliki leščur je v slovenskem morju še vedno prisoten. Populacija je sicer majhna, vendar je še vedno sposobna razmnoževanja, na kar kažejo majhni, juvenilni osebki odkriti v letih 2022 in 2023. Njihova smrtnost je precejšnja, kar je posledica plenjenja, v nekaterih poginulih primerkih pa smo potrdili tudi prisotnost parazita H. pinnae. To ikrobiološkega d kaže, da je še naprej potrebno spremljati stanje populacije samih leščurjev kot tudi prisotnosti parazitov in patogenov. Ključne besede: veliki leščur ( Pinna nobilis), Haplosporidium pinnae, Mycobacterium sp. lovenskega m ongres S9. k 141 024 Mikrobi in analitika ruštva - 2 ikrobiološkega d lovenskega m ongres S9. k 142 Tematski sklop: Mikrobi in analitika Phyllosticta citricarpa povzročiteljica bolezni črna pegavost agrumov: razvoj in validacija metode ter spremljanje njene prisotnosti v sredozemskih nasadih agrumov 024 Tjaša Jakomin1, Maja Ferle1, Sara Fišer1, Maja Ravnikar1, Antonio Vicent2, Naima Boughal eb-M'Hamdi3, Neil Boonham4, Polona Kogovšek1 1Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Nacionalni inštitut za biologijo, Večna pot 121, Ljubljana 2Centre de Protecció Vegetal i Biotecnologia, Institut Valencià d'Investigacions Agràries (IVIA), Moncada, Valencia, Španija 3Department of Biological Sciences and Plant Protection, Institut Supérieur Agronomique de Chott-Mariem, Sousse, Tunizija 4School of Natural and Environmental Sciences, Newcastle University, Newcastle upon Tyne, VB tjasa.jakomin@nib.si ruštva - 2 Okužba z ascomicetno glivo Phyllosticta citricarpa povzroča razvoj bolezni črna pegavost agrumov ki vodi v veliko gospodarsko škodo, saj okuženi agrumi niso primerni za prodajo. Bolezen je najbolj razširjena v vlažnih geografskih območjih, to je v Avstraliji, Braziliji, na Kitajskem, v južni Afriki, vendar so pred nekaj leti prisotnost P. citricarpa potrdili tudi v bližnji Tuniziji. Slednje je zelo zaskrbljujoče za sredozemske države Evropske unije, saj je bilo do sedaj razumljeno, da podnebni pogoji v Sredozemlju niso primerni za širjenje te glive. Za zanesljivo spremljanje prisotnosti te glive na agrumih, ki so uvoženi v države članice EU, je nujna uporaba specifičnih in občutljivih metod. Razvili in validirali smo metodo qPCR, ki omogoča specifično določanje te karantenske glive in temelji na genu za TEF-1. Delovanje te metode (Pc-TEF1) in metode Pc, ki temelji na regiji ITS, smo ovrednotili v okviru testa usposobljenosti laboratorijev (TPS). Najprej smo preverili in zagotovili homogenost in stabilnost vzorcev DNA gliv (tarčnih in ne-tarčnih), ki smo jo dodali v DNA izolirano iz olupka agrumov (pomaranča, limona, pomelo). V TPS je sodelovalo 13 laboratorijev iz držav članic EU, Brazilije in Tunizije. Rezultati so pokazali izredno visoko diagnostično občutljivost (99%) in specifičnost (>98%) obeh qPCR metod. Obe metodi sta dosegli visoko ponovljivost ikrobiološkega d znotraj laboratorija (repeatability, >95%) in med laboratoriji (reproducibility, >98%), in sta tako primerni za uporabo v diagnostičnih laboratorijih, ki določajo P. citricarpa v simptomatičnih in ne-simptomatičnih vzorcih agrumov. Metodi sta uporabljeni tudi v študiji epidemiologije P. citricarpa, kjer analiziramo vzorce zraka in deževnice zbrane v nasadih simptomatičnih limonovcev v Tuniziji. Z dosedanjo analizo smo pokazali časovno variabilnost v relativni količini P. citricarpa spor, ki je odvisna od temperature in relativne vlažnosti zraka. Študija epidemiologije bo omogočila boljše razumevanje širjenja glive po sredozemskem prostoru in s tem pravočasno ukrepanje v primeru izbruha bolezni v Evropskih nasadih. Ključne besede: Phyllosticta citricarpa, qPCR TEF-1, test usposobljenosti laboratorijev lovenskega m ongres S9. k 143 Tematski sklop: Mikrobi in analitika PCR v realnem času za ugotavljanje klonalnih kompleksov bakterije 024 Listeria monocytogenes v kompleksnih vzorcih DNA Maja Kavalič1, Darja Kušar1, Jana Avberšek1, Benjamin Felix2, Bojan Papić1 1Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva 60, Ljubljana 2EURL Listeria monocytogenes, Anses, 14 rue Pierre et Marie Curie, 94700 Maisons-Alfort, Francija maja.kavalic@vf.uni-lj.si ruštva - 2 Bakterija Listeria monocytogenes se prenaša s hrano in povzroča listeriozo, ki je resno obolenje ljudi in živali z visoko smrtnostjo. Incidenca bolezni pri ljudeh je nizka, vendar v zadnjih letih narašča. Ker se posamezni klonalni kompleksi (CC) L. monocytogenes razlikujejo glede na virulenco in tropizem, je sestavni del epidemiološkega spremljanja listerioze tudi genotipizacija bakterije. Pred kratkim je EURL za L. monocytogenes razvil metodo GenoListeria, ki temelji na določanju 30 najpogostejših L. monocytogenes CC iz prehranske verige v Evropi z metodo PCR v realnem času (qPCR). Metoda omogoča hitro tipizacijo izolatov, zlasti na visoko zmogljivih platformah qPCR. V našem laboratoriju smo preskusili uporabnost metode GenoListeria za določanje CC v vzorcih DNA, ki smo jo izolirali iz kompleksnih (kliničnih) vzorcev. Kot matriks smo uporabili homogenizat abortiranega tkiva goveda, ki smo ga umetno kontaminirali z mešanico šestih sevov L. monocytogenes (CC1, 2, 5, 6, 9 in 11) v osmih različnih koncentracijah in petih bioloških ponovitvah. Po izolaciji DNA smo izvedli qPCR za ugotavljanje tarčnih CC (4× triplex qPCR, 8 tarč) po protokolu EURL GenoListeria. Meja zaznavnosti (LOD) se je gibala med 4000 (CC2) in 40 CFU/ qPCR (ostali CC). S tem smo dokazali, da metoda GenoListeria omogoča zanesljivo in občutljivo ugotavljanje L. monocytogenes CC v kompleksnih vzorcih. V nadaljevanju bomo metodo preskusili ikrobiološkega d še na naravno kontaminiranih kliničnih vzorcih. Dve dodatni potencialni aplikaciji metode sta tudi ugotavljanje mešane kontaminacije živil z različnimi L. monocytogenes CC in presejalno testiranje izolatov pred njihovo tipizacijo po konvencionalni poti (pridobitev izolatov in sekvenciranje celotnih genomov). Ključne besede: Listeria monocytogenes, klonalni kompleks (CC), PCR v realnem času (qPCR) lovenskega m ongres S9. k 144 Tematski sklop: Mikrobi in analitika Rekonstrukcija fitoplazemskih genomov za epidemiološke raziskave s pomočjo sekvenciranja z nanoporami Nataša Mehle1,2, Zala Kogej Zwitter1,3, Denis Kutnjak1 024 1Nacionalni inštitut za biologijo, Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Večna pot 111, Ljubljana 2Univerza v Novi Gorici, Fakulteta za vinogradništvo in vinarstvo, Dvorec Lanthieri, Glavni trg 8, Vipava 3Mednarodna podiplomska šola Jožefa Štefana, Jamova cesta 39, Ljubljana natasa.mehle@nib.si Tehnologija sekvenciranja z nanoporami (Oxford Nanopore Technologies) se v zadnjih nekaj letih hitro razvija in kaže velik potencial za ekonomično uporabo visokozmogljivega sekvenciranja (HTS), ruštva - 2 tako z vidika časa kot denarja. Poleg tega sekvenciranje z nanoporami, v nasprotju z večino drugih trenutno najpogosteje uporabljenih platform HTS, omogoča sekvenciranje dolgih fragmentov genoma. Sekvenciranje z nanoporami, v kombinaciji s sekvenciranjem na platformi Il umina, smo uporabili tudi za reševanje epidemioloških težav v patologiji rastlin. Kot primer smo uporabili nedavno odkrite fitoplazme v leskah ( Corylus avellana), ki smo jih primerjali s fitoplazmami, ki povzročajo zlato trsno rumenico. Za sekvenciranje potrebujemo primerno čisto DNA fitoplazem v zadostni količini. Primerjava različnih ekstrakcij DNA iz vzorcev listnih žil vinske trte je pokazala, da najbolj obogatimo DNA fitoplazem (v primerjavi z gostiteljsko DNA), če pred ekstrakcijo s CTAB postopkom fitoplazme obogatimo z diferencialnim centrifugiranjem. Protokol smo nadgradili še s korakom obogatitve mikrobioma, ki poteka na podlagi razlike v metilaciji med gostiteljsko rastlinsko DNA in ne-metilirano DNA fitoplazem. Z namenom, da pridobimo zadostno količino DNA, ki je potrebna za sekvenciranje z nanoporami, smo uvedli še korak v katerem pomnožimo vse prisotne nukleinske kisline v vzorcu. S kombinacijo sekvenciranja z nanoporami in na platformi Il umina smo uspeli ikrobiološkega d pridobiti obsežne genomske podatke o fitoplazmah skupine 16SrV odkritih na leskah in vinski trti. Nadaljnja primerjava delov genoma fitoplazme iz različnih vzorcev vinske trte in lesk pa nam je omogočila boljši vpogled v pestrost izolatov fitoplazem, ki okužujejo vinsko trto in leske. Ključne besede: sekvenciranje z nanoporami, visokozmogljivo sekvenciranje, fitoplazme, vinska trta, leska lovenskega m ongres S9. k 145 Tematski sklop: Mikrobi in analitika Validacija metode PCR v realnem času za kvantifikacijo bakterije 024 Paenibacillus larvae v čebeljem drobirju Urška Zajc, Jana Avberšek, Maja Kavalič, Tina Pirš, Darja Kušar Veterinarska fakulteta, Univerza v Ljubljani, Gerbičeva 60, Ljubljana urska.zajc@vf.uni-lj.si Preiskave v imenovanih in akreditiranih diagnostičnih laboratorijih morajo biti primerne za ruštva - 2 namen, za katerega se uporabljajo (angl. fit-for-purpose). Laboratorij to dokazuje z validacijo ali z verifikacijo metod. Validacija je testiranje metode za dokazovanje, da karakteristike metode kot so merilno območje, pravilnost, natančnost, meja zaznavnosti [LOD] in druge ustrezajo zahtevam glede na predvideno uporabo. Verifikacija je postopek za dokazovanje, da laboratorij določeno standardizirano ali že veljavno validirano metodo ustrezno izvaja. Pri postopkih je potrebno upoštevati tudi namembnost metode, tj. uporabo metode za merjenje količine tarče ali samo za dokazovanje njene prisotnosti. Metoda PCR v realnem času (qPCR) običajno omogoča relativno kvantifikacijo tarče, v diagnostične namene pa je lahko potrebna tudi absolutna kvantifikacija, kar pomeni spremembo statusa metode iz kvalitativne v kvantitativno. V tem primeru je potrebno metodo qPCR umeriti z neko metodo, ki omogoča zanesljivo štetje tarče. Kot najbolj zanesljiva metoda, ki temelji na enakem principu kot qPCR, se je izkazala metoda digitalni PCR (dPCR). V našem laboratoriju smo tako umerjanje uporabili že za več tipov vzorcev, tudi za štetje spor bakterije Paenibacil us larvae v čebeljem drobirju. Za namen izvajanja metode kot akreditirane po standardu ISO 17025 je potrebno umerjanje qPCR izvajati z metodo, ki je dokazano zanesljiva. ikrobiološkega d Vrzel smo premostili s pomočjo Nacionalnega inštituta za biologijo, ki je nosilec nacionalnega etalona za področje množina snovi/bioanalize nukleinskih kislin. Inštitut je z dPCR določil število spor P. larvae v izbranem čebeljem drobirju, ki nam je nato služil kot kontrolni material za pripravo standardne krivulje pri validaciji qPCR. Z umerjeno metodo qPCR v laboratoriju sedaj lahko vrednosti Cq prevajamo v število spor na vzorec, kar nam omogoča opredelitev panjev/ čebelnjakov, ki zahtevajo poostren nadzor. Ključne besede: Paenibacil us larvae, PCR v realnem času (qPCR), digitalni PCR (dPCR), množina snovi, validacija lovenskega m ongres S9. k 146 Kazalo 024 avtorjev ruštva - 2 A Botella, Leticia 63 Boughal eb-M'Hamdi, Naima 143 Abram, Anže 29 , 108 Bozovičar, Krištof 95 Abramenko, Natalia 89 Božič, Janko 115 Accetto, Tomaž 88 , 106 , 118 , 131 , 134 Bratkovič, Tomaž 95 Ajd, Urška 127 Brezočnik, Lucija 52 Alessi, Anna M. 77 Brodarič, Jakob 128 Ambrožič Avguštin, Jerneja 80 , 101 , 114 Bruce, Neil C. 77 Anderluh, Marko 60 Avbelj, Martina 41 , 59 Avberšek, Jana 82 , 144 , 146 C Avguštin, Gorazd 96 , 118 , 132 Celar Šturm, Andraž 98 Avguštin, Hana 114 Celussi, Mauro 65 Cepec, Eva 26 ikrobiološkega d B Cerar Kišek, Tjaša 49 , 66 , 98 Cimerman, Mojca 89 , 117 Bačič, Martina 140 Coer, Andrej 111 Bačnik, Katarina 21 , 63 , 121 , 138 , 140 Colja, Teja 54 Baebler, Špela 41 Bajde, Irena 70 , 128 Bajuk, Matevž 103 Č Balta, Laura 106 Čadež, Neža 25 Barlič Maganja, Darja 82 Čater, Maša 111 Becner, Lea 137 Černe, Danijela 50 Belcijan, Katarina 34 Černoša, Anja 43 , 62 Belcijan Pandur, Katarina 64 Čremožnik Zupančič, Jerneja 80 , 101 , 114 Benčič, Aleksander 69 , 120 Čukajne, Tjaša 79 Berce, Ingrid 49 Berginc, Nataša 89 lovenskega m Berlec, Aleš 42 , 53 , 79 , 95 D Berra, Michelle 115 Damijan, Tjaša 85 Bešić, Emina 89 Danevčič, Tjaša 43 , 58 Bezak, Jurica 126 Derenčin, Miha 114 Bezenšek, Veronika 114 Deurič, Jana 68 Bielen, Ana 63 Di Lorenzo, Manuela 135 Bizjak, Maruša 95 Dobnik, David 21 , 68 Bogožalec Košir, Alexandra 21 , 70 Dobovišek, Urška 51 Bohinc, Klemen 29 , 108 ongres S Dogša, Iztok 28 , 122 Bolješić, Maja 28 , 66 , 124 Dragoš, Anna 46 , 115 , 119 , 122 , 139 Boonham, Neil 143 Dreo, Tanja 69 , 120 Borišek, Jure 107 9. k 147 Horvat, Marinka 107 Horvat, Simon 111 024 Drevenšek Olenik, Irena 71 E Hostnik, Peter 50 Hranueli, Daslav 41 Erdani Kreft, Mateja 84 , 88 Hrastnik, Majda 32 Hrast Rambaher, Martina 60 , 107 F Hren, Maša 26 Hrovat, Katja 80 , 101 , 114 Fadeev, Eduard 65 Hudina, Sandra 63 Fajfar, Nataša 94 Huesgen, Pitter 129 Fanedl, Lijana 96 , 118 , 132 Hunter, Iain S. 41 ruštva - 2 Felix, Benjamin 144 Ferle, Maja 70 , 116 , 143 I Fidler, Aleš 109 Fifer, Mojca 90 Istenič, Darja 100 Fijan, Sabina 90 , 91 Filipić, Arijana 21 , 93 J Fišer, Sara 143 Flander-Putrle, Vesna 65 Jakin Lazar, Jaka 122 Fox, Adrian 128 Jaklič, Ajda 114 Francé, Janja 97 Jakomin, Tjaša 143 Frangež, Tjaša 117 Jakše, Jernej 59 Fras Zemljič, Lidija 93 Jamnikar-Ciglenečki, Urška 37 Fratnik Steyer, Adela 117 Janc, Mojca 68 Fric, Katja 93 Jančič, Urška 26 Janecko, Nicol 123 G Janev, Aleksandar 88 Janežič, Sandra 32 , 51 , 56 , 57 , 102 , 127 , 130 , 136 ikrobiološkega d Galičič, An 66 Janež, Nika 30 Gašperšič, Rok 109 Janež, Nikolaja 111 Gašpirc, Boris 47 Janko, Tea 66 Gavez, Manca 114 Janžekovič, Franc 136 Glavan, Gordana 115 Jeras, Matjaž 54 Gobec, Martina 54 Jerele, Erika 103 Godič Torkar, Karmen 100 Jerman, Ivan 93 Golle, Andrej 56 , 89 , 102 , 127 Jernej, Diana 92 Gombač, Mitja 50 , 141 Jeverica, Samo 49 Gorgieva, Selestina 26 Jezeršek, Matija 47 Gostinčar, Cene 43 , 62 Johnston, Christopher D. 118 Grabner, Eva 118 Jones, Dakota S. 118 Gregorič, Matjaž 116 Jug, Blaž 30 , 104 Grilc, Eva 49 Jug, Dina 104 lovenskega m Grilc, Nina Katarina 54 Juriševič Dodič, Anamarija 49 Grm, Eva 114 Jurša, Tatjana 66 Grosboillot, Virginie 119 Grubar, Teja 20 K Gruden, Kristina 20 Grujić, Vladimir 120 Kandolf Borovšak, Andreja 112 Gunde-Cimerman, Nina 43 , 62 , 137 Karničar, Katarina 30 Gutiérrez-Aguirre, Ion 21 , 70 , 121 Karničnik, Bernarda 75 Kastelec, Damijana 115 ongres S H Kavalič, Maja 144 , 146 Kavkler, Katja 125 Hedžet, Stina 134 Keše, Darja 84 9. k Herndl, Gerhard J 65 Kitek, Miha 128 Herron, Paul 41 Klančnik, Anja 30 , 59 , 79 , 81 , 83 , 85 , 86 , 104 , 105 , 123 , 135 Hoorn, Renier A. L. van der 129 Klemenčič, Marina 129 148 Klun, Katja 65 Mahnič, Aleksander 127 Knez, Lea 56 Maksimović Carvalho Ferreira, Olivera 126 Kocbek, Petra 54 Maksimović, Olivera 21 , 70 , 121 Kogej, Zala 121 Malý, Petr 53 Kogej Zwitter, Zala 145 Mandić-Mulec, Ines 20 , 28 , 34 , 45 , 58 , 64 , 115 , 122 , 124 , 024 Kogovšek, Polona 36 , 93 , 116 , 143 133 , 135 Kolenc, Marko 50 Marič, Leon 56 Kolenc, Živa 81 , 123 Martínez Cortizas, Antonio 43 Koritnik, Tom 49 , 66 Marušić, Monika 111 Košir, Iztok Jože 25 Matičič, Janja 120 Košir, Tamara 93 Matijaković Mlinarić, Nives 29 , 108 Kotnik, Eva 49 Matović, Nikita 70 Kotnik, Tadej 105 Mavrič, Borut 141 Kouba, Antonín 63 Mehle, Nataša 21 , 121 , 128 , 145 ruštva - 2 Kovačec, Eva 58 Mežnar, Eva 100 Kovač, Jasna 133 Middelboe, Mathias 122 Kovač Viršek, Manca 81 , 123 Midden, Katarina P. van 129 Kozmos, Mirjam 29 Miklavčič, Urša 130 Kraigher, Barbara 20 , 28 , 34 , 64 , 124 Mikuletič, Tina 50 , 92 , 109 Krajnc, Mojca 34 , 45 Milavec, Mojca 21 , 70 Kralj, Jernej 64 Minovski, Nikola 60 , 107 Kramar, Klemen 114 Mioč, Verica 49 , 66 Kramar, Snežana 109 Miović, Zarja 140 Kramar, Urška 102 , 110 Mlakar, Sabina 136 Kranjc, Katja 82 Molan, Katja 47 Kranjc, Luka 63 Motaln, Helena 111 Kranjec, Konrad 110 Mozetič, Patricija 65 , 97 Kranjec, Natalija 66 Mrak, Peter 41 Krapež, Uroš 135 Mravljak, Janez 107 Kristl, Julijana 54 Mršol, Manca 34 Križanec, Boštjan 66 Mulec, Janez 59 , 114 ikrobiološkega d Kuhar, Urška 37 Munjaković, Haris 109 Kujović, Amela 125 Murovec, Urška 131 Kunčič, Ajda 112 Kušar, Darja 141 , 144 , 146 N Kutnjak, Denis 21 , 63 , 70 , 116 , 121 , 126 , 128 , 138 , 140 , 145 Nobrega Mendonca, Carlos Miguel 106 L Novak, Goran 56 Novak, Matej 107 Langerholc, Tomaž 85 Novič, Marjana 107 Lapanje, Aleš 54 Lengar, Živa 70 , 121 O Lesar, Aleksander 106 Levičnik-Höfferle, Špela 47 Oarga-Mulec, Andreea 114 Lilek, Nataša 112 Ogris, Nikica 116 Lindič, Nataša 107 lovenskega m Osovnikar, Pina 83 Lipoglavšek, Luka 96 , 132 Loboda, Jure 107 Lories, Bram 58 P Lovšin, Žana 105 Panjtar, Gaja 124 Lukač, Matjaž 47 Papić, Bojan 49 , 141 , 144 Lukan, Tjaša 20 Papler, Nuša 59 Lužnik, Dane 94 Paš, Maja 25 , 59 Patoka, Jiří 63 ongres S M Pavić, Dora 63 Pecman, Anja 121 Maguire, Ivana 63 Perišić Nanut, Milica 30 9. k 149 Slavinec, Petra 97 Slemc, Lucija 41 024 Petek, Marko 20 , 41 Peterka, Matjaž 111 Peternel, Tjaša 107 Smole Možina, Sonja 104 , 112 , 135 Petković, Hrvoje 41 , 59 Smrkolj, Tomaž 88 Petrovec Koščak, Alenka 32 Soršak, Katja 89 Petrovič, Živa 49 Spindler, Lea 71 Pirc, Manca 120 Starcevic, Antonio 41 Pirman, Tatjana 135 Starčič Erjavec, Marjanca 84 , 88 , 106 , 127 Pirš, Mateja 49 Stare, Eva 34 , 118 , 133 Pirš, Tina 146 Stare, Katja 20 Plavec, Tina Vida 42 , 53 Steenackers, Hans 58 ruštva - 2 Plohl, Olivija 93 Sterniša, Meta 30 Podgorelec, Vili 52 Steyer, Andrej 49 , 50 , 66 , 90 , 92 , 109 , 117 Podgoršek, Martina 25 Stojanov, Spase 42 Podnar, Eli 58 Stopar, David 34 , 45 , 47 Pogačar, Karmen 20 Stopnišek, Nejc 134 Pohleven, Jure 95 Strašek Smrdel, Katja 88 , 98 Popović, Maja 46 Potrč, Melani 71 Š Predojević, Luka 84 Prezelj, Nina 21 , 70 Šala, Martin 41 Prijatelj Novak, Špela 120 Šavli, Dominik 47 Pšeničnik, Alen 41 Šemrov, Neva 82 Puhan, Nina 124 Šeruga, Aleksander 110 Šet, Janko 116 R Šikić Pogačar, Maja 85 , 91 , 135 Šimunović, Katarina 34 , 45 , 122 , 135 Radić, Ljubomir 77 Škorić, Dijana 126 ikrobiološkega d Radolič, Alen 96 , 132 Šoba, Barbara 92 Ravnikar, Maja 21 , 70 , 93 , 121 , 128 , 143 Šostar Turk, Sonja 110 Ravnik, Mateja 49 Šoštarič, Mojca 117 Retelj, Matjaž 117 Šoštarić, Renata 126 Rezar, Vida 135 Špendal, Vesna 94 Ribič, Alja 76 Štangar, Anja 115 Ribič, Helena 102 Štefanič, Polonca 34 , 45 , 64 , 115 , 124 , 133 , 135 Rijavec, Tomaž 54 Štilec, Vida 111 Rocha, Ulisses Nunes da 34 , 133 Štrancar, Janez 30 Rozman, Urška 110 Štuhec, Aneja 100 Rupel, Tatjana 117 Šubic, Tinkara 106 Rupnik, Maja 51 , 52 , 56 , 95 , 102 , 127 , 130 , 134 , 136 Šuštar, Mateja 112 Ružić Sabljić, Eva 98 Švara, Tanja 50 lovenskega m S T Sabotič, Jerica 30 Sahin, Orhan 79 Taler-Verčič, Ajda 30 Salobir, Janez 135 Taskovska, Milena 88 Sebastijanović, Aleksandar 30 Terlep, Saša 47 Selda Rivarez, Mark Paul 121 Tetik, Nurten 124 Selič Kurinčič, Tanja 32 Teughels, Wim 109 Seme, Katja 80 , 88 , 101 , 109 Tinta, Tinkara 65 ongres S Seničar, Marija 57 Tkalec, Valerija 57 Senič, Lana 57 Todorović, Aleksander 49 Sever Škapin, Andrijana 108 Tomac, Ana 64 Shmatkov, Maksym 41 Tome, Miha 41 9. k Sitar, Rosvita 57 Tomič, Viktorija 94 Skapin, Tomaž 125 Trček, Janja 26 , 75 , 76 150 Trebše, Rihard 111 Ž Triglav, Tina 92 , 109 Trkov, Marija 49 Žgur Bertok, Darja 84 Trost, Mojca 47 Žlender, Tanja 52 Tršinar, Klemen 136 Žohar Čretnik, Tjaša 32 Turk Dermastia, Timotej 138 Županič, Anže 21 , 70 Turk, Dušan 30 , 107 Turk, Martina 62 , 137 Turnšek, Neža 120 U Učakar, Aleksander 108 Ungar, Ana 91 Usenik, Aleksandra 107 V Vašl, Zala 64 Vedlin, Vid 66 Velotto, Gennaro 124 Venema, Koen 106 Vesel, Nina 139 Vicent, Antonio 143 Vidmar, Robert 107 Viduka, Ivona 124 Virant, Petra 29 Vlaj, Doroteja 59 Vodovnik, Maša 77 Vogrinec, Lana 126 , 140 Volk, Manca 83 , 85 , 86 Volk, Marko 47 Volmajer, Nika 89 , 117 Vrbnjak, Dominika 110 Vučurović, Ana 21 , 121 , 128 Z Zagorščak, Maja 20 Zahirović, Abida 53 Zajc, Urška 141 , 146 Zalar, Polona 62 , 125 Zayed, Naiera 109 Zdovc, Irena 60 , 114 Zelenik, Katja 117 Zevnik, Kaja 68 Zhang, Qijing 79 Zidar, Anže 54 Zore, Anamarija 29 , 108 Zorec, Maša 118 Zorman Rojs, Olga 82 , 135 Zupančič, Špela 42 , 54 Zupančič, Viktor 77 Zupan, Tanja 30 THE SCIENCE CORNER www.bia.si TRUSTED LAB PARTNER Creating an impact in science OUR STORY Kemomed d.o.o. Kemomed is an innovative company that Our accredited calibration laboratoy is has been offering solutions in the field of ISO17025 and ISO 13485 certificates holder biomedicine and analytical chemistry for that takes care of the accuracy of your 25 years. volumetric devices. The KEMOMIND science platform for Currently Kemomed offers products from sharing knowledge is one of the region’s the fields of genetics, biotechnology, most creative and interactive educational molecular biology, cel bioloy & 3D platforms. One of the current open projects bioprinting, in-vitro diagnostics, genom- is COLIBRY, which supports Slovenian edithing, biobanking, smal lab inventory scientists in sequencing within Slovenia. and equipment, analytical chemistry instruments and consumables. More info about COLIBRY project : www.bia.si sales@bia.si Cesta v Gorice 34, 1000 Ljubljana www.bia.si TRUSTED LAB PARTNER OUR STORY www.bia.si sales@bia.si Cesta v Gorice 34, 1000 Ljubljana MetaHIT the DNBSEQ DNBSEQ Sequencing Service Specification 2008 Ten thousand ways functional genes mation advantages gun sequencing sity. NGS from Metagenomics Service Description genome Metagenomic Sequencing DNBSEQ metagenome project 《 Human 2009 microbial BGI’s metagenomics technology and envir Nature cover not Metagenomics g 》 ut gene resour 2010 onmental BGI Enterotypes P Research only of sequencing red Assembly iction M has Gene high OC TM studies • • • Turnaround Sequencing • • • Sequencing Ser AT: 2011 Tool , on species of as and gene differ BGI Expedited tance to filtered raw Typical Guaranteed Available Data 150bp Paired-End sequencing extensive Human k SERVICE OVERVIEW it throughput and DNA a T2D microbiota samples, Human g ce method for specialis obesity 2012 mar ut output, standard system. Sur m k isolated of icrobial er mining g with ut survey service 1 experience genetic 8 data vey 2013 Time Quality reference Human ences compos ser working days from sample QC accep microbiome in human gut catalog Integrated assembly have ≥ 80% of bases t vices are Sequencing vice gut for storage from for genes the explor of 2014 g enome bioactive products between samples, high material details Standard for Your Samples metagenome C ition benefitted mouse atalog envir data and microbiota with metagenomics Human o gut f the cover available, and 2015 RA and applies onmental samples, and alterations in g ation availability ser bioinformatics ut Our Experience Gut that with quality scor cus after weight-loss microbiome abundance, age. vices Gut greatly th 2017 treatment. antid microbiota whole of tom obesity is It iabetic microbial contact your local are projects can directly recov data composition fi R nitrogen wi eld oot 2019 . metabolic path from executed -grown rice m functional cultivated 1,52 genome icrobiota provide applications analysis use 0 reference but and in microbiomeanalyses advanced human enable biodiver relationships also with e ≥Q30 Mend metabolites and analyses support causal genomes from 2022 gut infor shot with e microbiome lian rand bacteria ered - the on betw - - - - ANALYTICAL EQUIPMENT o the een b miza gut t lood ion your quality enced through We Project Workflow S REAGENTS RA AM BIOINFORM CON care W results. SE PL ANA D procedur labor QU AT ST L E to IBRA P for LY A E R the result RE NCIN atory UCTIO OUT SI RY P your AT A S R es ICS P G AT professiona UT N to samples IO repor N ens ure ting. Sequencing Delivery Library QC Sample the integr ls from Highly exper Data follow strict the QC MOLECULAR MOLECULAR QC QC ity QC start of i- BIOLOGY SPECTROSCOPY r count otherwise with any legal process, regulation, registration, or usage in the country of your origin. awa c m Copyright For U Cambridg One Broadwa BGI Americas CLINICAL e BGI Offices www.bgi.com info@bgi.com specific Cont Request for Information or Quotation • • • • • • • • • array DNB The and DNA Nanoballs ( Valley. DNBSEQ DNBSEQ Sequencing System o s n a S Metagenomic Sequencing er re that we t t A Principal component Quantitative Species CARD Functional Prophage Non-redundant Metagenomic Alignment Data v a e Research e ries i r act combination n ia technology is s DIAGNOSTICS p l c the r or r project your filtering contr The o informed, o Ⓒ e is d regi n BGI 202 , MA 02142, u compos ight of t do c a Use Only. system an y t i , 14th Floor BGI transpos olled in ons. n d not take any s annotation e requir and STANDARD innovative i t final a n account gene catalogue De provides of Plea c il f e s o 3. All trade differ ition and diver interpretat r r Not for Novo linear is o m ement such a DNB™) t able element se a r power a i n information t analysis get io ential s repr e r n based assembly amplification high- optimal in q esponsibil o use in dia s or for exper way technology, ed REOLOGY u n marks are the pr esent touch e ion. p n analysis ANALYSIS by throughput c r Poland 02-230 Warszawa, Jutrzenki 12 A, BGI Europe that e o sity on combinator r otherwise d with s ative prediction sequencing u gnostic proc ity for acc a c analysis KEGG, only n ts a d t of and t for followed repr s a advice on exper e r gene abundance one DNB sequencing q g n the DNB esentati u e CAZy, o e essing s t operty of ial t e n a d edures ( accur most c c t technology Probe- MASS in c by high- o g e ve s a eggNOG is r uch inform s acy e i w BGI affordable for regional a b except bound per solution, SPECTROMETRY g le Anchor id e and n o e or th iment resolution t r r s Guangdong Province, Yant Building N valid BGI Asia , a as specific incr reduces are n ation, w g e eir respe ian District Shenzhen, des Synthes avail rates in o eases developed active no y f gener variety We technical your Further t o a ign, from sample to bioinf a u O.7, digital imaging. SAMPLE the ability. hich may v r u ally noted in Regular d a c ctive ow can flow i o ie the l BGI Park, al unique site is er a u n ( b n c requir of cus ror cPA by The le t e indus proces cell on r CHROMATOGRAPHY y s repr in n . a rate BGI’s P c ot ne ). envir tomization Intact genomic DNA ≥ the S) n China project ompany sele l CUSTOMIZED ANALYSIS utilization. ements e d Unless comply rs. try concentration ≥ 8 ng/µL SAMPLE esentative. , linear a c s DNBSEQ while s DNA onmental samples cted e o This CONCENTRATION Complete and u your be ld is AMOUNT : enhancing isother to available. of extracted genomic DNA discus Que Roa L6, CBCRC, 300 He BGI Australia ormatics. REQUIREMENTS flow bioinfor Genomics mal We Sequence, You Discover BGI Genomics AND ensland 4006, Aus d, H cell. s 200 erston, Brisba how Please the Rolling- matics ng This signal. we with subs dens SAMPLE VOLUME contact Circle info@kobis.si can analysis idiary BGI_Genomics rston MINIMUM the The ely meet 15 μL ne, tralia Replication following your patterned size in from to www.kobis.si your Silicon of BGI suit the a MetaHIT the DNBSEQ DNBSEQ Sequencing Service Specification 2008 Ten thousand ways functional genes mation advantages gun sequencing sity. NGS from Metagenomics Service Description genome Metagenomic Sequencing DNBSEQ metagenome project 《 Human 2009 microbial BGI’s metagenomics technology and envir Nature cover not Metagenomics g 》 ut gene resour 2010 onmental BGI Enterotypes P Research only of sequencing red Assembly iction M has Gene high OC TM studies • • • Turnaround Sequencing • • • Sequencing Ser AT: 2011 Tool , on species of as and gene differ BGI Expedited tance to filtered raw Typical Guaranteed Available Data 150bp Paired-End sequencing extensive Human k SERVICE OVERVIEW it throughput and DNA a T2D microbiota samples, Human g ce method for specialis obesity 2012 mar ut output, standard system. Sur m k isolated of icrobial er mining g with ut survey service 1 experience genetic 8 data vey 2013 Time Quality reference Human ences compos ser working days from sample QC accep microbiome in human gut catalog Integrated assembly have ≥ 80% of bases t vices are Sequencing vice gut for storage from for genes the explor of 2014 g enome bioactive products between samples, high material details Standard for Your Samples metagenome C ition benefitted mouse atalog envir data and microbiota with metagenomics Human o gut f the cover available, and 2015 RA and applies onmental samples, and alterations in g ation availability ser bioinformatics ut Our Experience Gut that with quality scor cus after weight-loss microbiome abundance, age. vices Gut greatly th 2017 treatment. antid microbiota whole of tom obesity is It iabetic microbial contact your local are projects can directly recov data composition fi R nitrogen wi eld oot 2019 . metabolic path from executed -grown rice m functional cultivated 1,52 genome icrobiota provide applications analysis use 0 reference but and in microbiomeanalyses advanced human enable biodiver relationships also with e ≥Q30 Mend metabolites and analyses support causal genomes from 2022 gut infor shot with e microbiome lian rand bacteria ered - the on betw - - - - ANALYTICAL EQUIPMENT o the een b miza gut t lood ion your quality enced through We Project Workflow S REAGENTS RA AM BIOINFORM CON care W results. SE PL ANA D procedur labor QU AT ST L E to IBRA P for LY A E R the result RE NCIN atory UCTIO OUT SI RY P your AT A S R es ICS P G AT professiona UT N to samples IO repor N ens ure ting. Sequencing Delivery Library QC Sample the integr ls from Highly exper Data follow strict the QC MOLECULAR MOLECULAR QC QC ity QC start of i- BIOLOGY SPECTROSCOPY CLINICAL DIAGNOSTICS REOLOGY MASS SPECTROMETRY CHROMATOGRAPHY info@kobis.si www.kobis.si Ko pomislite na merjenje, pomislite na LOTRIČ Metrology. NADZORNI SISTEMI PO MERI Za 100 % nadzor in avtomatizacijo proizvodnih procesov. Akreditacija po ISO 9001. PRESKUŠANJA Pet preskusnih laboratorijev z najsodobnejšo opremo. Odobreni s strani koncerna VW. ZASTOPSTVA Več kot 30 ponudnikov vrhunske merilne opreme za področje industrije, laboratorijev, farmacije, medicine, lekarn, mobilnosti. UGOTAVLJANJE SKLADNOSTI Ugotavljanje skladnosti s predpisi nacionalne in evropske zakonodaje, s harmoniziranimi in drugimi standardi ter z zahtevami proizvajalcev. KALIBRACIJE 464 metod, od tega 225 akreditiranih. Akreditacija po ISO/IEC 17025. CERTIFICIRANJE Priglašen organ (NB) 2897 za področje osebne varovalne opreme. Že več kot 30 let se kot družinsko podjetje ukvarjamo z razvojem in izvedbo meroslovnih rešitev. Zrasli smo v evropsko skupino LOTRIČ Metrology, ki združuje več kot 190 strokovnjakov s področja meroslovja, zaposlenih v 10 podjetjih v 8 državah. Oglas A4 Združenje Manager - MQ.indd 1 13. 10. 2023 08:45:14 Prodaja in servis specializirane laboratorijske opreme, potrošnih materialov in diagnostičnih reagentov. • Mikrobiologija • Molekularna biologija • Celična biologija • Analitika • Laboratorijska diagnostika • Sekvenciranje naslednje generacije (NGS) • Avtomatizacija • Bioinformacijske rešitve ... www.mediline.si Mediline, mešana trgovska družba, d.o.o., Perovo 30, p.p. 5, SI-1241 Kamnik, Slovenija T +386 (0)1 830 80 40, F +386 (0)1 830 80 70/63, info@mediline.si Looking for the Right Laboratory System? Our GEP Recommendation Can Help Our team of experts will guide you through a few simple questions to provide a customized recommendation specific to your requirements. With GEP-R, we provide: • Tailored system recommendation • Risk-based routine testing plan • Corresponding service plan Request your customized GEP Recommendation All in one concise design qualification document. www.mt.com/GEP nalytical arCom A ab / M H L arketing p 0876596, M, 3O LEDO ETTLER T 4/2023 M ® 0 Že mikr skor obiologij aj • Mikrobiologija 30 le - Predpripravljena in dehidrirana gojišča t e, ponujamo - Selektivni dodatki in obogatitve farmacije, - Mikrobiološka filtracija r - Membranski filtri ešitv imunologije, - Vzorčevalniki zraka ena - Diluterji podr - onk Sistemi za anaerobe očju ologije, kemije, f • Laboratorijski aparati in oprema or molek enzik • Dozirna tehnika e ularne • Kemikalije in reagenti in diagnos • Diagnostika biolo • Čisti prostori (Cleanroom) t gi ik je e • Izdelki za varno delo v in laboratoriju www.sanolabor.com • Mikrobiologija - Predpripravljena in dehidrirana gojišča - Selektivni dodatki in obogatitve - Mikrobiološka filtracija - Membranski filtri - Vzorčevalniki zraka - Diluterji - Sistemi za anaerobe • Laboratorijski aparati in oprema • Dozirna tehnika • Kemikalije in reagenti • Diagnostika • Čisti prostori (Cleanroom) • Izdelki za varno delo v laboratoriju www.sanolabor.com SERVIS MEDICINSKE IN LABORATORIJSKE TEHNIKE PRODAJA MEDICINSKE IN LABORATORIJSKE TEHNIKE ČISTILNIH IN DEZINFEKCIJSKIH SREDSTEV 059 025 910 051 385 888 059 025 910 031 511 241 051 385 888 031 511 241 info@semlab.si Peruzzijeva ulica 50, 1000 Ljubljana SERVIS www.aciesbio.com MEDICINSKE IN LABORATORIJSKE TEHNIKE BIOTEHNOLOŠKE INOVACIJE ZA TRAJNOSTNO PRIHODNOST PRODAJA MEDICINSKE IN LABORATORIJSKE TEHNIKE ČISTILNIH IN DEZINFEKCIJSKIH SREDSTEV 059 025 910 051 385 888 059 025 910 031 511 241 051 385 888 031 511 241 info@semlab.si Peruzzijeva ulica 50, 1000 Ljubljana Avantor offe rs a wide range of solutions for microbiological control, from sample preparation to final identification of microorganisms, dedicated to the industrial market sector. CONTACT: inbound.slovenia@avantorsciences.com MORE: Visit page Microbiology I VWR Izboljšajte homogenizacijo biopsiijskih vzorcev: ProbeAX Evolution Nov namizni sistem za homogenizacijo tkivnih vzorcev. Izboljšana diagnostika v epruvetah za enkratno uporabo. Edinstvena visokokakovostna rešitev Zmanjšajte možnost kontaminacije Homogenizacija z mletjem vzorca z Vzorec tkiva se homogenizira nepo- veliko hitrostjo sprosti bakterije, glive sredno v vzorčni epruveti, brez dodatne in biofilme s tkiv. Primerno za subkulti- obdelave, ni nevarnosti kontaminacije. viranje in molekularno diagnostiko. Enostavna uporaba Prihranite stroške in čas Nizka raven hrupa med homogenizacijo. Epruvete za enkratno uporabo, hitra Dodatna varnostna funkcija safety lock obdelava vzorcev, ni potrebe po med obdelavo. čiščenju epruvet ali posod. axonlab.com Izboljšajte homogenizacijo Sepsa – urgentno stanje z možnimi resnimi zapleti Axonlab ponuja, širok nabor potrošnega materiala, biopsiijskih vzorcev: za varen odvzem vzorca, vse do visokotehnoloških ProbeAX Evolution diagnostičnih metod za mikrobiološke laboratorije. Nov namizni sistem za homogenizacijo tkivnih vzorcev. Izboljšana diagnostika v Inovativna diagnostika lahko epruvetah za enkratno uporabo. skrajša čas od odvzetja vzorca do rezultata.To lahko pripomore k izboljšanju preživetja in rešuje živlenja! Diagnostika iz polne krvi Hiter antibiogram iz pozitivne hemokulture Molekularna detekcija bakterij, MIC v 4-6 urah gliv in rezistentnih genov Edinstvena visokokakovostna rešitev Zmanjšajte možnost kontaminacije Homogenizacija z mletjem vzorca z Vzorec tkiva se homogenizira nepo- veliko hitrostjo sprosti bakterije, glive sredno v vzorčni epruveti, brez dodatne in biofilme s tkiv. Primerno za subkulti- obdelave, ni nevarnosti kontaminacije. viranje in molekularno diagnostiko. Cube Dx HYBORG s tehnologijo HYBCELL QuantaMatrix dRastTM Inovativni cilindrični microrray za detekcijo do Hiter, popolnoma avtomatiziran MIC skladen z Enostavna uporaba Prihranite stroške in čas 100 mikroorganizmov in rezistentnih genov v EUCAST. Randomiziran dostop z do 12 vzorci. Nizka raven hrupa med homogenizacijo. Epruvete za enkratno uporabo, hitra treh urah iz samo 0,5ml polne krvi. Resnična Na voljo panel za gram pozitivne in gram Dodatna varnostna funkcija safety lock obdelava vzorcev, ni potrebe po inovativnost v diagnostiki sepse. negativne bakterije. med obdelavo. čiščenju epruvet ali posod. axonlab.com axonlab.com Bodi radoveden www.jafral.com Bodi radoveden Bodi vztrajen www.jafral.com www.jafral.com The CliniMACS Prodigy® Mastering the complexity of cell processing • A single closed system from starting • Integrated electroporation system material to final cellular product for non-viral gene delivery • Full automation of complex • Multiple sampling pouches for procedures, including manufacturing convenient IPC/QC of gene-engineered T cells miltenyibiotec.com The promise of cell and gene therapy is great, but not without its challenges. Complex processes, such as CAR T cell manufacturing, often require multiple steps that are performed across several devices. With the introduction of hands-on manipulations like cell transfer between vessels, the risk of contamination, human error, and cell loss increases. The CliniMACS Prodigy® automates cell processing from starting material to final cellular product in a single benchtop instrument. All major cell manufacturing steps are automated and standardized for increased reproducibility in a closed system to enable the production of GMP- compliant cell products. Figure 2: Critical steps in the cell manufacturing process, including electroporation, are performed in the closed system of the CliniMACS Prodigy. A variety of cell manufacturing procedures are made Starting material possible by the CliniMACS Prodigy, including: • Automated generation of CAR T cells Selection – Verified workflow with MACS® GMP Products – Enrichment step for the generation of CD4+/CD8+ Activation or CD62L+ cells – Easy sample collection for IPC/QC Gene delivery CliniMACS Prodigy • Ex vivo GMP-compliant antigen loading of DCs Expansion • Automated manufacturing of antigen-specific T cells • Custom processes Formulation – Density gradient centrifugation – Volume reduction – Buffer exchange Cryopreservation – Selection and cultivation of hematopoietic stem cells and induced pluripotent stem cells Figure 1: The CliniMACS Prodigy TCT Process for the manufacturing of gene-engineered T cells integrates and automates critical steps of the procedure. The CliniMACS Prodigy also enables the translation of individual cell product manufacturing procedures into automated GMP-compliant processes through Miltenyi Biotec’s customized programming service. Ask your local Miltenyi Biotec representative for more information or visit www.miltenyibiotec.com/prodigy Miltenyi Biotec GmbH | Friedrich-Ebert-Straße 68 | 51429 Bergisch Gladbach | Germany | Phone +49 2204 8306-0 | Fax +49 2204 85197 macs@miltenyibiotec.de | www.miltenyibiotec.com Miltenyi Biotec provides products and services worldwide. Visit www.miltenyibiotec.com/local to find your nearest Miltenyi Biotec contact. Unless otherwise specifically indicated, Miltenyi Biotec products and services are for research use only and not for therapeutic or diagnostic use. MACS® GMP Products are for research use and ex vivo cell culture processing only, and are not intended for human in vivo applications. For regulatory status in the USA, please contact your local representative. MACS GMP Products are manufactured and tested under a quality system certified to ISO 13485 and are in compliance with relevant GMP guidelines. They are designed following the recommendations of USP <1043> on ancillary materials. The CliniMACS® System components, including Reagents, Tubing Sets, Instruments, and PBS/EDTA Buffer, are designed, manufactured and tested under a quality system certified to ISO 13485. In the EU, the CliniMACS System components are available as CE-marked medical devices for their respective intended use, unless otherwise stated. The CliniMACS Reagents and Biotin Conjugates are intended for in vitro use only and are not designated for therapeutic use or direct infusion into patients. The CliniMACS Reagents in combination with the CliniMACS System are intended to separate human cells. Miltenyi Biotec as the manufacturer of the CliniMACS System does not give any recommendations regarding the use of separated cells for therapeutic purposes and does not make any claims regarding a clinical benefit. For the manufacturing and use of target cells in humans the national legislation and regulations – e.g. for the EU the Directive 2004/23/EC (“human tissues and cells”), or the Directive 2002/98/EC (“human blood and blood components”) – must be followed. Thus, any clinical application of the target cells is exclusively within the responsibility of the user of a CliniMACS System. In the US, the CliniMACS CD34 Reagent System, including the CliniMACS Plus Instrument, CliniMACS CD34 Reagent, CliniMACS Tubing Sets TS and LS, and the .07 CliniMACS PBS/EDTA Buffer, is FDA approved; all other products of the CliniMACS Product Line are available for use only under an approved Investigational New Drug (IND) application or Investigational Device Exemption (IDE). In the US, the CliniMACS Prodigy® T Cell Transduction Process is available for research use only. CliniMACS MicroBeads are for research use only and not for human therapeutic or diagnostic use. CliniMACS, CliniMACS Prodigy, MACS, and the MACS logo are registered trademarks or trademarks of Miltenyi Biotec GmbH and/or its affiliates in various countries worldwide. Copyright © 2018 Miltenyi Biotec GmbH and/or its affiliates. All rights reserved. 130-096-333 ANALITIKA Agilent Technologies ponuja širok nabor plinskih in tekočinskih kromatografov, masno selektivnih detektorjev ter z GLP skladno kromatografsko programsko opremo. Kjerkoli so potrebni zanesljivi in ponovljivi rezultati, kot jih zahtevajo najnovejši analitski standardi, lahko računate na odlične inštrumente z zanesljivo storitveno podporo. BIO PROGRAM Široka ponudba Agilent mikromrež, NGS panelov za selektivno bogatenje tarč, velik izbor zanesljivih reagentov - (Q)PCR, kloniranje CRISPR / Cas, mutageneza - inovativni inštrumenti ter napredna programska oprema omogočajo fleksibilnost in specifičnost bioloških ter genetskih raziskav od genske ekspresije, strukture in funkcije proteinov, pa vse do spremljanja metabolizma živih celic. PATOLOGIJA Agilent Dako integrirane rešitve s področja patologije za IHC, H&E, specialna barvanja in FISH zagotavljajo zanesljive diagnostične rezultate. Preverjeni reagenti, protitelesa in barvalci gradijo na zaupanju in prepričanju v to kar vidite. Razvoj molekularne genetike za patologijo vam omogoča ostati v središču ter brez težav slediti najnovejšim trendom s področja PDL-1 in uporabe NGS v patologiji. Premikajte meje mogočega že danes! www.chemass.si Chemass d.o.o. • Baznikova ulica 2 • 1000 Ljubljana • info@chemass.si • T 01 4277 560 Globoki zamrzovalniki serija UF V -90°C UF V 350 UF V 500 UF V 700 Donau Lab d.o.o., Ljubljana Tbilisijska 85 SI-1000 Ljubljana www.donaulab.si office-si@donaulab.com Document Outline Pozdravni nagovor Organizacija kongresa Sponzorji Program kongresa Plenarni predavanji PTI5 vzdržuje optimalno število bakterij Bacillus subtilis v koloniziranih rastlinah krompirja Tjaša Lukan1, Karmen Pogačar1, Barbara Kraigher2, Katja Stare1, Teja Grubar1, Maja Zagorščak1, Marko Petek1, Ines Mandić-Mulec2, Kristina Gruden1 Vode - vir informacij o naravi in družbi Maja Ravnikar, Ion Gutierrez-Aguirre, David Dobnik, Arijana Filipič, Katarina Bačnik, Olivera Maksimović, Nina Prezelj, Alexandra Bogožalec Košir, Ana Vučurović, Mojca Milavec, Anže Županič, Nataša Mehle, Denis Kutnjak Vabljena sekcijska predavanja Mikrobi in biotehnologija Mehanizem adaptivne evolucije avtohtone kvasovke Saccharomyces cerevisiae za fermentacijo ajdove pivine Martina Podgoršek1, Maja Paš1, Iztok Jože Košir2, Neža Čadež1 Bakterijska nanoceluloza proizvedena na živilskem odpadu: material s široko uporabno vrednostjo Janja Trček1,2, Urška Jančič3, Eva Cepec1, Maša Hren3, Selestina Gorgieva3 Mikrobi in biofilm Nova analiza prostorske segregacije mikrobov v mešanih biofilmih Iztok Dogša, Maja Bolješić, Barbara Kraigher, Ines Mandić-Mulec Adhezija bakterije Streptococcus mutans na dentalne materiale Anamarija Zore1, Nives Matjaković Mlinarić1, Petra Virant2, Mirjam Kozmos3, Anže Abram4, Klemen Bohinc1 Vloga mikrobne glikobiologije pri proučevanju razvoja bakterijskih biofilmov Nika Janež1, Meta Sterniša2, Blaž Jug2, Tanja Zupan1, Aleksandar Sebastijanović3, Milica Perišić Nanut1, Katarina Karničar4,5, Ajda Taler-Verčič4,5, Dušan Turk4,5, Anja Klančnik2, Janez Štrancar3, Jerica Sabotič1 Mikrobi in protimikrobne učinkovine Pomen sekvenciranja celotnega genoma za spremljanje in obvladovanje širjenja hipervirulentnih sevov Klebsiella pneumoniae v regionalni bolnišnici Tjaša Žohar Čretnik1, Tanja Selič Kurinčič2, Alenka Petrovec Koščak2, Majda Hrastnik2, Sandra Janežič3,4 Mikrobi in okolje Vzroki in posledice sorodstvenega razlikovanja pri bakteriji Bacillus subtilis Polonca Štefanič1, Manca Mršol1, Eva Stare1, Katarina Belcijan1, Barbara Kraigher1, Mojca Krajnc1, Katarina Šimunovič1, David Stopar1, Ulises Nunes da Rocha2, Ines Mandić-Mulec1 Mikrobi in analitika Uporaba in omejitve molekularnih metod qPCR, LAMP in dPCR za določanje in kvantifikacijo mikroorganizmov Polona Kogovšek Ugotavljanje virusne kontaminacije živil – je sekvenciranje naslednje generacije res rešitev? Urška Jamnikar-Ciglenečki, Urška Kuhar Izbrana sekcijska predavanja Mikrobi in biotehnologija Nov pristop za izboljšanje produkcije antibiotika oksitetraciklina s tarčno redukcijo genoma bakterije Streptomyces rimosus Alen Pšeničnik1, Lucija Slemc1, Martina Avbelj1, Miha Tome1,2, Martin Šala3, Paul Herron4, Maksym Shmatkov5,7, Marko Petek2, Špela Baebler2, Peter Mrak6, Daslav Hranueli5, Antonio Starcevic5, Iain S. Hunter4, Hrvoje Petković1 Genski inženiring vaginalnih laktobacilov in njihova vgradnja v nanovlakna Spase Stojanov1, Tina Vida Plavec1,2, Špela Zupančič2, Aleš Berlec1,2 Razvoj nove metode za detekcijo razgradnje plastike na primeru ekstremotolerantnih gliv Anja Černoša1,2, Antonio Martínez Cortizas3, Tjaša Danevčič4, Nina Gunde-Cimerman1, Cene Gostinčar1 Mikrobi in biofilm Sorodstveno razlikovanje v biofilmih pri bakteriji Bacillus subtilis Mojca Krajnc, Katarina Šimunović, Ines Mandić-Mulec, David Stopar, Polonca Štefanič Prekinitev bakteriofagnega integracijskega gena povzroči nepričakovane spremembe pri Bacillus subtilis Maja Popović, Anna Dragoš Optodinamsko odstranjevanje biofilmov v modelnih paradontalnih in periimplantnih žepih Marko Volk1, Katja Molan1, Dominik Šavli2, Matija Jezeršek2, Saša Terlep3, Špela Levičnik-Höfferle3, Matjaž Lukač3,5,6, Mojca Trost4, Boris Gašpirc4, David Stopar1 Mikrobi in zdravje Nacionalno spremljanje nekaterih povzročiteljev zoonoz s sekvenciranjem celotnih genomov Marija Trkov1, Tom Koritnik1, Verica Mioč1, Bojan Papić2, Mateja Pirš3, Eva Kotnik4, Živa Petrovič4, Aleksander Todorović4, Mateja Ravnik4, Samo Jeverica4, Anamarija Juriševič Dodič4, Ingrid Berce4, Eva Grilc5, Tjaša Cerar Kišek1, Andrej Steyer1 Sesalski ortoreovirusi iz netopirjev predstavljajo nove možne porajajoče se patogene Tina Mikuletič1, Danijela Černe3, Peter Hostnik3, Tanja Švara4, Mitja Gombač4, Marko Kolenc1, Andrej Steyer1,2 Prenosi bakterije Clostridioides difficile med različnimi rezervoarji v Sloveniji: izsledki genomskih primerjav Sandra Janežič1,2, Urška Dobovišek1, Maja Rupnik1,2 Odkrivanje označevalcev za določanje živalskih virov fekalnega onesnaženja vode z analizo gena za 16S rRNA Tanja Žlender1,2, Lucija Brezočnik3, Vili Podgorelec3, Maja Rupnik1,2 Priprava večfunkcionalnih bakterij Lactococcus lactis s terapevtskim potencialom Tina Vida Plavec1,2, Abida Zahirović1, Petr Malý3, Aleš Berlec1,2 Razvoj nanovlaken z vgrajenimi sevi rodu Bacillus za zdravljenje parodontalne bolezni Špela Zupančič1, Nina Katarina Grilc1, Anže Zidar1, Petra Kocbek1, Tomaž Rijavec2, Teja Colja2, Aleš Lapanje2, Matjaž Jeras1, Martina Gobec1, Julijana Kristl1 Mikrobi in protimikrobne učinkovine Prisotnost večkratno odpornih bakterij v bolnišnični odpadni vodi Leon Marič1, Lea Knez2, Goran Novak2, Maja Rupnik1,3, Sandra Janežič1,3, Andrej Golle1 Večkratno odporne po Gramu negativne bakterije v slovenskih sladkovodnih ribogojnicah Lana Senič1, Sandra Janežič1, Marija Seničar3, Rosvita Sitar3, Valerija Tkalec1,2 Probiotik proti patogenu: boj za obstanek v dobrem in slabem Eli Podnar1, Eva Kovačec1, Tjaša Danevčič1, Bram Lories2, Hans Steenackers2, Ines Mandić-Mulec1 Biološka aktivnost izbranih izolatov aktinomicet iz kraških jam ter njihova taksonomska uvrstitev Martina Avbelj1, Maja Paš1, Nuša Papler1, Jernej Jakše1, Anja Klančnik1, Doroteja Vlaj1, Janez Mulec2, Hrvoje Petković1 Razvoj novih zaviralcev bakterijskih topoizomeraz za zdravljenje okužb z rezistentnimi grampozitivnimi bakterijami Martina Hrast Rambaher1, Marko Anderluh1, Nikola Minovski2, Irena Zdovc3 Mikrobi in okolje Populacijska genomika in razširjanje mikroorganizmov Cene Gostinčar, Anja Černoša, Martina Turk, Polona Zalar, Nina Gunde-Cimerman Odkrivanje in zaznavanje virusov povezanih s tujerodnimi (invazivnimi) vrstami Denis Kutnjak1, Katarina Bačnik1, Luka Kranjc1, Sandra Hudina2, Ivana Maguire2, Ana Bielen3, Dora Pavić3, Leticia Botella4, Jiří Patoka5, Antonín Kouba6 Sorodstveno razlikovanje med sevi Bacillus subtilis lahko vpliva na zmožnost razširjanja surfaktinskih goljufov znotraj populacije Katarina Belcijan Pandur, Barbara Kraigher, Ana Tomac, Jernej Kralj, Zala Vašl, Polonca Štefanič, Ines Mandić Mulec Mikrobna razgradnja detrita meduz spodbuja rast fitoplanktona v obalnem morskem ekosistemu Tinkara Tinta1, Eduard Fadeev2, Mauro Celussi3, Katja Klun1, Vesna Flander-Putrle1, Patricija Mozetič1, Gerhard J Herndl2 Epidemiološko spremljanje SARS-CoV-2 v odpadnih vodah v Sloveniji Tom Koritnik1, Vid Vedlin1, Tea Janko1, Maja Bolješić1, Verica Mioč1, Tatjana Jurša1, Boštjan Križanec1, Natalija Kranjec2, An Galičič2, Tjaša Cerar Kišek1, Andrej Steyer1 Mikrobi in analitika Izboljšane analitske metode za varnejša in učinkovitejša genska zdravila Mojca Janc1,2, Kaja Zevnik1, Jana Deurič1, David Dobnik1,3 Oblikovanje in testiranje testov PCR v realnem času za specifično detekcijo bakterij na podlagi genomskih podatkov Aleksander Benčič1,2, Tanja Dreo1 Spremljanje razširjenosti respiratornega sincicijskega virusa s pristopom epidemiologije odpadnih voda (WBE): retrospektivna študija na vzorcih iz nacionalnega spremljanja SARS-CoV-2 Nina Prezelj1, Ion Gutierrez-Aguirre1, Nikita Matović2, Živa Lengar1, Maja Ferle1, Irena Bajde1, Mojca Milavec1, Alexandra Bogožalec Košir1, Olivera Maksimović1,3, Anže Županič1, Maja Ravnikar1, Denis Kutnjak1 G-kvadrupleksi v patogenih organizmih Melani Potrč1,2, Irena Drevenšek Olenik3,2, Lea Spindler4,2 Postri Mikrobi in biotehnologija Hruškov in jabolčno-grozdni kis: vir industrijsko zanimivih sevov iz rodov Acetobacter, Novacetimonas in Komagataeibacter Bernarda Karničnik1, Janja Trček1,2 Uporaba medgenske regije 16S–23S rDNA za neposredno vrstno identifikacijo sestave ocetnokislinske bakterijske populacije Alja Ribič1, Janja Trček1,2 Metagenom komposta kot vir encimov za proizvodnjo biogoriv 2. generacije Maša Vodovnik1, Viktor Zupančič1,2, Ljubomir Radić1,2, Anna M. Alessi3,4, Neil C. Bruce4 Mikrobi in biofilm Inovativna metoda za kvantifikacijo bakterij Campylobacter jejuni znotraj biofilma Tjaša Čukajne1, Orhan Sahin2, Qijing Zhang3, Aleš Berlec4,5, Anja Klančnik1 Vpliv gojišča na tvorbo biofilmov pri encime ESBL-producirajočih sevih Escherichia coli, izoliranih iz spodnjih dihal človeka Katja Hrovat1, Jerneja Čremožnik Zupančič1, Katja Seme2, Jerneja Ambrožič Avguštin1 Mikroplastika in mikrobiološko tveganje v prehranski verigi Anja Klančnik1, Živa Kolenc1, Manca Kovač Viršek2 Sposobnost tvorbe biofilma bakterije Salmonella Infantis na različnih površinah in protimikrobno delovanje izbranih biocidov Katja Kranjc1, Jana Avberšek2, Neva Šemrov3, Darja Barlič Maganja1, Olga Zorman Rojs4 Vpliv mutacij v genih pomembnih pri tvorbi biofilmov bakterij Campylobacter jejuni Pina Osovnikar, Manca Volk, Anja Klančnik Tvorba biofilma pri izbranih sevih bakterije Escherichia coli in korelacije z lastnostmi sevov in njihovo patogenostjo Luka Predojević1, Mateja Erdani Kreft2, Darja Keše3, Darja Žgur Bertok1, Marjanca Starčič Erjavec1 Vpliv mutacij v genih pomembnih za tvorbo biofilma na adhezijo in invazijo bakterij Campylobacter jejuni v celicah Caco-2 Maja Šikić Pogačar1, Tjaša Damijan2, Tomaž Langerholc2, Manca Volk3, Anja Klančnik3 Biološki procesi vključeni v tvorbo in razvoj biofilma bakterij Campylobacter jejuni Manca Volk, Anja Klančnik Mikrobi in zdravje Pilotna študija bakterijskih združb pri bolnikih z rakom sečnega mehurja Tomaž Accetto1, Katja Strašek Smrdel2, Milena Taskovska3,4, Marjanca Starčič Erjavec1, Aleksandar Janev5, Tomaž Smrkolj3,4, Katja Seme2, Mateja Erdani Kreft5 Pojavljanje enterovirusa D68 v kliničnih vzorcih testiranih na NLZOH Maribor med leti 2021 in 2023 Mojca Cimerman1, Nika Volmajer1, Nataša Berginc2, Katja Soršak1, Emina Bešić1, Natalia Abramenko1, Andrej Golle1 Dualistična narava mikroorganizmov: po gramu pozitivne bakterije iz rodu Enterococcus, Streptococcus, Bacillus in Clostridium kot probiotiki in patogeni Sabina Fijan1, Andrej Steyer2, Mojca Fifer3 Probiotiki nove generacije – definicije, karakterizacija, mehanizmi delovanja Sabina Fijan1, Ana Ungar2, Maja Šikić Pogačar3 Razširjenost in molekularna opredelitev strameopile Blastocystis spp. pri ljudeh in psih Diana Jernej1, Andrej Steyer2, Tina Triglav1, Tina Mikuletič1, Barbara Šoba1 COVID-19: razvoj materialov s protivirusnim delovanjem in testiranje učinkovitosti filtracije zaščitnih mask Tamara Košir1, Katja Fric1, Arijana Filipić1, Maja Ravnikar1, Olivija Plohl2, Lidija Fras Zemljič2, Ivan Jerman3, Polona Kogovšek1 Razširjenost hipervirulentnih sevov bakterije Klebsiella pneumoniae Dane Lužnik, Vesna Špendal, Nataša Fajfar, Viktorija Tomič Rekombinantna mlečnokislinska bakterija Lactococcus lactis z zmožnostjo izločanja heterolognih endolizinov proti patogeni bakteriji Clostridioides difficile Jure Pohleven1, Maruša Bizjak1, Maja Rupnik2,3, Krištof Bozovičar4, Tomaž Bratkovič4, Aleš Berlec1,4 Vpliv škroba na sestavo mikrobioma vampa pri ovcah in razvoj subakutne vampove acidoze (SARA) Alen Radolič, Luka Lipoglavšek, Lijana Fanedl, Gorazd Avguštin Ali brakični obalni ekosistemi res predstavljajo nevarnost za nove oblike škodljivih cvetenj alg v Sloveniji? Petra Slavinec1,2, Janja Francé1, Patricija Mozetič1 Genomska analiza prvih slovenskih izolatov bakterije Leptospira spp. Katja Strašek Smrdel1, Eva Ružić Sabljić1, Andraž Celar Šturm1, Tjaša Cerar Kišek2 Mikrobi in protimikrobne učinkovine Pojavnost protimikrobne odpornosti indikatorjev fekalnega onesnaženja pri različnih fazah čiščenja v dveh komunalnih čistilnih napravah Eva Mežnar, Aneja Štuhec, Darja Istenič, Karmen Godič Torkar Primerjava genotipov pri encime ESBL-producirajočih sevih Escherichia coli, izoliranih iz spodnjih dihal človeka, v obdobju pred in med pandemijo COVID-19 (2017-2022) Katja Hrovat1, Jerneja Čremožnik Zupančič1, Katja Seme2, Jerneja Ambrožič Avguštin1 Konsolidacija in integracija genomskih analiz za rutinsko spremljanje večkratno odpornih bakterij v Sloveniji – prvi rezultati projekta SLOSEQ Sandra Janežič1,2, Andrej Golle1, Urška Kramar1, Maja Rupnik1,2, Helena Ribič1 Okužba totalne kolčne endoproteze z večkratno odpornim Acinetobacter baumannii CRAb – CP: predstavitev primera Erika Jerele, Matevž Bajuk Molekularni pristop pri študiju vpliva monoterpenov na bakterijo Campylobacter jejuni Blaž Jug, Dina Jug, Sonja Smole Možina, Anja Klančnik Vpliv kombinirane uporabe elektroporacije in antibiotikov na rast bakterij Lactiplantibacillus plantarum Žana Lovšin1, Tadej Kotnik1, Anja Klančnik2 Vpliv potencialnega probiotičnega seva ŽP in bakteriofaga AL na uropatogeno Escherichia coli DL82 v in vitro TIM modelih Aleksander Lesar1, Carlos Miguel Nobrega Mendonca2, Tinkara Šubic1, Laura Balta1, Tomaž Accetto1, Koen Venema2, Marjanca Starčič Erjavec1 Strukturni vpogled v encime sinteze polisaharidnega liganda, ki sidrajo S-plast na površino bakterije Clostridioides difficile Nataša Lindič1, Aleksandra Usenik1,2, Jure Loboda1, Matej Novak1, Marinka Horvat1,2, Tjaša Peternel1, Jure Borišek3, Nikola Minovski3, Janez Mravljak4, Martina Hrast Rambaher4, Marjana Novič3, Robert Vidmar1, Dušan Turk1,2 Antibakterijska aplikacija nanomaterialov ZnO in CuO, imobiliziranih v polielektrolitne plasti Nives Matijaković Mlinarić1, Anamarija Zore1, Aleksander Učakar2, Anže Abram2, Andrijana Sever Škapin3, Klemen Bohinc1 Elektrolizirana oksidativna fiziološka raztopina (EOS) kot nova ustna voda za preprečevanje prenosa virusov, študija in vitro Haris Munjaković1, Tina Mikuletič3, Naiera Zayed4, Snežana Kramar3, Tina Triglav3, Katja Seme3, Wim Teughels4, Andrej Steyer5, Aleš Fidler6,7, Rok Gašperšič1,2 Vpliv pandemije covid-19 na porabo antibiotikov in pojav okužb z bakterijami odpornimi proti antibiotikom Konrad Kranjec1, Dominika Vrbnjak1, Urška Kramar2, Aleksander Šeruga3, Sonja Šostar Turk1, Urška Rozman1 Zdravljenje okužb umetnih sklepov s fagno terapijo: ocenjevanje učinkovitosti in varnosti na mišjem modelu Vida Štilec1, Monika Marušić1, Nikolaja Janež1, Helena Motaln1, Maša Čater2, Rihard Trebše3, Andrej Coer3, Simon Horvat2, Matjaž Peterka1 Protimikrobno delovanje različnih vrst slovenskega medu Mateja Šuštar1, Ajda Kunčič1, Nataša Lilek2, Andreja Kandolf Borovšak2, Sonja Smole Možina1 Mikrobi in okolje Proti protimikrobnim učinkovinam odporne in patogene bakterije Escherichia coli v kraških izvirih Malenščica pri Planini in Rižana Jerneja Čremožnik Zupančič1, Katja Hrovat1, Manca Gavez1, Eva Grm1, Miha Derenčin1, Ajda Jaklič1, Hana Avguštin2, Veronika Bezenšek2, Klemen Kramar1, Irena Zdovc2, Janez Mulec3, Andreea Oarga-Mulec4, Jerneja Ambrožič Avguštin1 Sporogene bakterije in njihova protimikrobna aktivnost v čebeljem pelodu Michelle Berra1, Anja Štangar1, Gordana Glavan2, Janko Božič2, Damijana Kastelec3, Ines Mandić Mulec1, Polonca Štefanič1, Anna Dragoš1 Pajčje mreže: naravna alternativa pasivnim lovilcem trosov gliv na primeru jesenove pecljevke (Hymenoscyphus fraxineus), povzročiteljice jesenovega ožiga Maja Ferle1, Polona Kogovšek1, Nikica Ogris2, Matjaž Gregorič3, Janko Šet3, Denis Kutnjak1 Dokaz norovirusov v pitni vodi ob hidričnem izbruhu Adela Fratnik Steyer, Andrej Steyer, Mojca Cimerman, Nika Volmajer, Mojca Šoštarič, Matjaž Retelj, Tjaša Frangež, Tatjana Rupel, Katja Zelenik Širitev zbirke vampnih Prevotella: opis Prevotella communis, nove vrste ovčjega izvora Eva Grabner1, Eva Stare1, Lijana Fanedl1, Maša Zorec1, Dakota S. Jones2, Christopher D. Johnston2, Gorazd Avguštin1, Tomaž Accetto1 Spbetavirusi vplivajo na vedenje bakterije Bacillus subtilis v različnih okoljskih pogojih Virginie Grosboillot, Anna Dragoš Izboljšana identifikacija bakterij rodu Xanthomonas izoliranih iz fižola (Phaseolus vulgaris L.) z določanjem informativnih nukleotidov v črtnih kodah DNA Vladimir Grujić, Manca Pirc, Tanja Dreo, Neža Turnšek, Špela Prijatelj Novak, Janja Matičič, Aleksander Benčič Razširjen vpogled v prisotnost rastlinskih virusov v ekosistemu s pomočjo analize viroma različnih tipov vzorcev Ion Gutiérrez-Aguirre1, Mark Paul Selda Rivarez1,2, Olivera Maksimović1,2, Katarina Bačnik1,2, Zala Kogej1,2, Anja Pecman1,2, Živa Lengar1, Nataša Mehle1,3, Ana Vučurović1, Maja Ravnikar1, Denis Kutnjak1 Vpliv mucinov na interakcije med bakteriofagi in gostiteljsko bakterijo Jaka Jakin Lazar1, Katarina Šimunović1, Iztok Dogša1, Ines Mandić Mulec1, Mathias Middelboe2, Anna Dragoš1 Prenos mikrobnih združb z mikroplastiko: vzorci s slovenske obale Živa Kolenc1, Manca Kovač Viršek2, Nicol Janecko3, Anja Klančnik1 Interakcije med sevi bakterije Bacillus subtilis in vloga genskega lokusa wapAI Barbara Kraigher, Maja Bolješić, Nurten Tetik, Ivona Viduka, Gennaro Velotto, Gaja Panjtar, Nina Puhan, Polonca Štefanič, Ines Mandić-Mulec Preučevanje glivne razgradnje sintetičnih restavratorskih materialov z metodo FTIR-PAS Amela Kujović1, Katja Kavkler2, Tomaž Skapin3, Polona Zalar1 Viromska analiza antičnih vzorcev oliv Dijana Škorić1, Renata Šoštarić1, Olivera Maksimović Carvalho Ferreira2, Lana Vogrinec2, Jurica Bezak3, Denis Kutnjak2 Odtoki umivalnikov kot potencialni rezervoar večkratno odpornih bakterij v bolnišničnem okolju Aleksander Mahnič1,2, Urška Ajd3, Sandra Janežič1,2, Marjanca Starčič Erjavec4, Maja Rupnik1,2, Andrej Golle1 Voda in rastni substrat onesnaženi s tobamovirusi - vir okužbe rastlin Nataša Mehle1,2, Irena Bajde1, Jakob Brodarič1, Adrian Fox3,4, Miha Kitek5, Denis Kutnjak1, Maja Ravnikar1, Ana Vučurović1 Raziskovanje transpeptidazne aktivnosti papainu-podobne cisteinske proteaze CrCEP1 iz zelene alge Chlamydomonas reinhardtii Katarina P. van Midden1, Pitter Huesgen2, Renier A. L. van der Hoorn3, Marina Klemenčič1 Človeška črevesna mikrobiota v domačem okolju Urša Miklavčič1, Sandra Janežič1,2, Maja Rupnik1,2 Transkriptomska analiza genskih skupkov za razgradnjo hemiceluloz in pektinov v dveh vampnih vrstah bakterij Prevotella nakazuje na različne substratne preference Urška Murovec, Tomaž Accetto Zmanjševanje emisij metana pri prežvekovalcih: mikrobiomski pogled v učinkovanje rastlinskih izvlečkov kot alternativa antibiotičnim krmnim dodatkom Alen Radolič, Luka Lipoglavšek, Lijana Fanedl, Gorazd Avguštin Anotacija in pan-genomska analiza visokosorodnih sevov Bacillus subtilis iz nabrežja reke Save Eva Stare1, Jasna Kovač2, Ulisses Nunes da Rocha3, Ines Mandić-Mulec1, Polonca Štefanič1 Longitudinalna stabilnost črevesnih profagov pri bakterijski družini Bacteroidaceae Nejc Stopnišek1, Stina Hedžet1, Maja Rupnik1,2, Tomaž Accetto3 Učinki in mehanizmi delovanja potencialnega probiotika Bacillus subtilis PS-216 proti patogeni bakteriji Campylobacter jejuni Katarina Šimunović1, Polonca Štefanič1, Anja Klančnik1, Manuela Di Lorenzo1, Vida Rezar1, Janez Salobir1, Tatjana Pirman1, Maja Šikić Pogačar2, Olga Zorman Rojs3, Uroš Krapež3, Sonja Smole Možina1, Ines Mandić Mulec1 Bakterija Clostridioides difficile v domačih kompostnikih in malih sesalcih Klemen Tršinar1,2, Sabina Mlakar1,3, Franc Janžekovič2, Maja Rupnik1,3, Sandra Janežič1,3 Virulentni potencial sevov rodu Aeromonas s kože človeške ribice in njenega okolja Lea Becner, Nina Gunde-Cimerman, Martina Turk Novi virusi morskih kremenastih alg iz slovenske obale Timotej Turk Dermastia1, Denis Kutnjak2, Katarina Bačnik2 Vpliv lizogenih fagov na genomsko reorganizacijo bakterij na nivoju posameznih celic z uporabo metode CRISPRi-Seq Nina Vesel, Anna Dragoš Raziskovanje viromov makrofitov z uporabo dveh različnih pristopov Lana Vogrinec1,2, Katarina Bačnik1, Martina Bačič3, Zarja Miović1, Denis Kutnjak1 Množičen pogin leščurjev (Pinna nobilis) v slovenskem morju v letu 2020 Urška Zajc1, Mitja Gombač1, Bojan Papić1, Borut Mavrič2, Darja Kušar1 Mikrobi in analitika Phyllosticta citricarpa povzročiteljica bolezni črna pegavost agrumov: razvoj in validacija metode ter spremljanje njene prisotnosti v sredozemskih nasadih agrumov Tjaša Jakomin1, Maja Ferle1, Sara Fišer1, Maja Ravnikar1, Antonio Vicent2, Naima Boughalleb-M'Hamdi3, Neil Boonham4, Polona Kogovšek1 PCR v realnem času za ugotavljanje klonalnih kompleksov bakterije Listeria monocytogenes v kompleksnih vzorcih DNA Maja Kavalič1, Darja Kušar1, Jana Avberšek1, Benjamin Felix2, Bojan Papić1 Rekonstrukcija fitoplazemskih genomov za epidemiološke raziskave s pomočjo sekvenciranja z nanoporami Nataša Mehle1,2, Zala Kogej Zwitter1,3, Denis Kutnjak1 Validacija metode PCR v realnem času za kvantifikacijo bakterije Paenibacillus larvae v čebeljem drobirju Urška Zajc, Jana Avberšek, Maja Kavalič, Tina Pirš, Darja Kušar Kazalo avtorjev