Oznaka poročila: ARRS-RPROG-ZP-2014/63 ZAKLJUČNO POROČILO O REZULTATIH RAZISKOVALNEGA PROGRAMA A. PODATKI O RAZISKOVALNEM PROGRAMU 1.Osnovni podatki o raziskovalnem programu Šifra programa P1-0170 Naslov programa Molekulski mehanizmi uravnavanja celičnih procesov v povezavi z nekaterimi boleznimi pri človeku Vodja programa 11711 Vita Dolžan Obseg raziskovalnih ur 28210 Cenovni razred B Trajanje programa 01.2009 - 12.2013 Izvajalci raziskovalnega programa (javne raziskovalne organizacije - JRO in/ali RO s koncesijo) 381 Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta 481 Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta Raziskovalno področje po šifrantu ARRS 1 NARAVOSLOVJE 1.05 Biokemija in molekularna biologija Družbenoekonomski cilj 09. Izobraževanje Raziskovalno področje po šifrantu FOS 3 Medicinske vede 3.01 Temeljna medicina B. REZULTATI IN DOSEŽKI RAZISKOVALNEGA PROGRAMA 2.Povzetek raziskovalnega programa1 SLO V okviru raziskovalnega programa smo proučevali molekularne mehanizme, ki uravnavajo celične procese pri normalnih razmerah, stresu in boleznih. Bazične raziskave na izoliranih encimih, modelnih organizmih, celičnih linijah in človeških tkivih smo nadgradili z aplikativnimi raziskavami in kliničnimi študijami, da bi našli nove potencialne diagnostične in prognostične označevalce, opredelili in raziskali nove tarče zdravljenja in farmakogenetske označevalce odgovora na zdravljenje. Naše delo je potekalo na treh glavnih področjih: 1. Na področju bazične encimatike smo doprinesli k razvoju kinetičnih analitičnih metod za študij kompleksnih reakcijskih mehanizmov. Izjemen dosežek predstavlja izpeljava prve eksplicitne integrirane Michaelis-Mentenove enačbe. Pojasnili smo reakcijske mehanizme fosfoglukomutaze, holinesteraz, s steroidi induciranega glivnega citokroma P450, kratkoverižnih dehidrogenaz-reduktaz in aldo-keto reduktaz. Z različnimi pristopi, tudi z virtualnim rešetanjem knjižnic fragmentov, smo identificirali nove inhibitorje in spojine vodnice za razvoj potencialnih novih zdravilnih učinkovin. 2. S proučevanjem celic CHO in modelnih organizmov smo prispevali k razumevanju signaliziranja preko G-proteinov, MAP in HOG signalne poti. Preučevali smo interakcijo dostavnih peptidov družine Pepfekt z lipidno membrano in tovorom siRNA in povezave med fiziološkimi učinki bioportidov in vezavo na G-proteine. Pri izjemno halotolerantnih (H. werneckii) in obligatno halofilnih (W. ichthyophaga) glivah smo s pomočjo inhibitorjev, sevov z izbitimi geni in z analizo genomov identificirali in okarakterizirali komponente HOG signalne poti prilagajanja na slanostni stres. Posebaj odmevna je bila objava genomov obeh modelnih organizmov. Analiza genomov je že pokazala na v celoti podvojen genom in multiple kopije genov za prenašalce kationov pri H. werneckii za razliko od obligatno halofilne W. ichthyophaga, pri kateri so prisotne multiple kopije hidrofibinov, proteinov v celični steni. 3. Na področju translacijskih raziskav smo pri raku endometrija pokazali, da je v predrakavem tkivu metabolizem estrogenov lahko vodi do nastanka genotoksičnih estrogen kinonov, v rakavem tkivu pa sinteza estradiola stimulira proliferacijo že spremenjenega endometrija. Ugotovili smo, da sta pri endometriozi moteni biosinteza in metabolizem estrogenov in progesterona. Prvi smo ugotovili, da agonisti receptorjev za progesteron - progestini, ki se že več kot 40 let uporabljajo za zdravljenje endometrioze, delujejo tudi na pred-receptorski ravni, saj inhibirajo delovanje nekaterih encimov metabolizma progesterona. Identificirali smo tudi potencialne biokemijske označevalce endometrioze jajčnika. S farmakogenomskimi raziskavami smo pri revmatoidnem artritisu, akutni limfoblastni levkemiji pri otrocih in mladostnikih in pri malignem mezoteliomu identificirali številne potencialno klinično uporabne označevalce odgovora na zdravljenje. ANG Within the research program we combined basic research on isolated enzymes, model organisms, cell lines and human tissues with applied research to better understand molecular mechanisms that regulate cellular processes in health, stressful conditions and in disease. The goal was to identify and investigate new potential diagnostic and prognostic biomarkers, novel targets for treatment and pharmacogenomic markers of treatment response. Our research was focused on three levels: 1. At the level of basic enzymatics we developed new tools for kinetic studies of complex reaction mechanisms. An outstanding result is the derivation of the first explicit integrated form of classical Michaelis-Menten equation. We solved reaction mechanisms of fungal phosphoglucomutase, several cholinesterases, steroid-inducible fungal cytochrome P450, short chain dehydrogenses/reductases (SDR) and aldo-keto reductases. We employed different approaches, including virtual screening of fragment libraries to find structurally different inhibitors and potential lead compounds for novel therapeutic compounds. 2. In the field of celullar signalization we studied signalling via G-proteins, HOG andMAP kinasepathway in CHO cells and model organisms. We characterized the interaction of cell-penetrating peptides of the Pepfect family with lipid membrane and cargo (siRNA) and the physiological activity of bioportides upon their binding to G-proteins. Employing the corresponding inhibitors, knock out strains and whole genome data, we characterized the components of HOG signalling patway in adaptation to salt stress in obligate halophyle H.werneckii and in extremely adaptable and halotolerant W. ichtyophaga. We published whole genomes of both model organisms. Bioinformatic analysis of these genomes indicates difference in the mechanisms of adaptation: whole genome duplication and multiple copies of cation transporters are present in halotolerant H. werneckii, while multiple cocpies of cell wall proteins, hidrofibins are present in the genome of W. ichthyophaga. 3 Third focus was on translational research. We have shown in endometrial cancer that in pre-cancerous tissue estrogen metabolism may lead to genotoxic estrogen quinones,while in cancer tissue estradiol synthesis stimulates proliferation of already altered endometrium. Our data also revealed disturbed estrogen biosynthesis and metabolism and progesterone metabolism in endometriosis.We were the first to show that progesterone receptor agonists -progestins that have been used for treatment of endometriois for the last 40 years, act at the pre-receptor level as they inhibit several progesterone metabolic enzymes. Our studies also led to identification of potential biomarkers of ovarian endometriosis. Pharmacogenomic studies in rheumatoid arthritis, acute lymphoblastic leukemia in children and in malignant mesothelioma identified a number of potentially clinically useful markers of response to treatment. 3.Poročilo o realizaciji predloženega programa dela na raziskovalnem programu2 SLO Programska skupina je v obdobju 2009-2013 dosegla in celo presegla zastavljene cilje na vseh treh področjih raziskovanja, kar se kaže v več kot 150 izvirnih znastvenih člankov, več kot 8000 citatov in 24 zaključenih doktorskih nalog. 1. Na področju bazične encimatike velik napredek pri razvoju metod predstavlja izpeljava prve eksplicitne integrirane Michaelis-Mentenove enačbe, ki sovpada s 100 obletnico originalnega dela. Rešitev omogoča zelo enostavno kinetično karakterizacijo encimov, ki je v praksi možna že iz samo eno meritve časovnega poteka spreminjanja koncentracije substrata ali produkta. Na področju bazične encimatike smo proučevali izolirane in rekombinantne encime, potencialne nove tarče zdravljenja, da bi pojasnili reakcijske mehanizme in omogočili razvoj novih inhibitorjev. Preučevali smo mehanizme delovanja različnih encimov: fosfoglukomutaze, več vrst holinesteraz, s steroidi induciranega glivnega citokroma P450, kratkoverižnih dehidrogenaz-reduktaz in človeških aldo-keto reduktaz . Pri fosfofruktomutazi smo indentificirali MgF kot analog prehodnega stanja, ki je obstojen le v aktivnem centru encima s specifično arhitekturo. Pri holinesterazah smo razložili sterične ovire in z njimi povezano neproduktivno vezavo, pokazali vezavo aflatoksina na periferno mesto acetilholinesteraze (AChE), lokalizacijo holinesteraz v rakcu Palaemon serratus, delovanje repelenta DEET-a kot holinesteraznega inhibitorja, interakcijo med butirilholinesterazo in specifičnim kiralnim inhibitorjem etopropazinom. Razložili smo dogodke v interakciji AChE s karbamatnim insekticidom in njegovim razgradnim produktom, naravo specifične dvofazne počasne pretvorbe butiriltioholina z istim encimom ter začeli razvijati programska orodja za visoko zmogljivo analizo pri iskanju novih encimskih inhibitorjev. Proučevali smo tudi encime, ki predstavljajo pomembne tarče za razvoj novih zdravilnih učinkovin: človeške aldo-keto reduktaze (AKR1C1-AKR1C3) in encim 17beta-hidroksisteroid dehidrogenaza tipa 1 (17HSDB1). Za AKR1C encime je značilna 3-keto-, 17-keto- in 20-ketosteroid reduktazna aktivnost in s tem njihova vpletenost v uravnavanje aktivnosti spolnih hormonov. Encim 17HSDB1 in vivo deluje kot 17-ketosteroid reduktaza in predstavlja glavni encim biosinteze najaktivnejšega estrogena estradiola. Moteno izražanje genov AKR1C1-AKR1C3 in 17HSDB1 povezujejo z vrsto hormonsko odvisnih bolezni, med drugim z rakom prostate, rakom dojk in endometriozo. V sodelovanju s FFA smo inhibitorje teh encimov iskali z različnimi pristopi. V knjižnici fragmentov smo izvedli virtualno rešetanje in našli 24 strukturno različnih spojin, ki so imele nizke mikroM Ki vrednosti za AKR1C1 in/ali AKR1C3, med njimi tudi spojine povsem novega tipa, ki predstavljajo odlično osnovo za nadaljnjo optimizacijo spojin vodnic. Kot dobri inhibitorji AKR1C encimov so se izkazali tudi derivati N-Benzoil antranilne kisline in antranilne kisline, 2, 3-diarilpropenojske kisline, derivati ciklopentanov in nekatere druge spojine. Inhibitorje encima HSD17B1 smo našli med strukturnimi mimetiki substrata: kumarini in indoli in med flavonoidi. Inhibitorje pa smo našli tudi s pristopom virtualnega rešetanja. Te študije smo nadgradili z vključitvijo inhibitorjev v nanodelce. 2. Na področju raziskav celične signalizacije smo na celicah CHO in na modelnih organizmih proučevali prenose z G-proteini, prenose po HOG signalni poti in po steroidni signalni kaskadi. Na celicah CHO smo raziskovali prenos signala preko podganjega receptorja za glukagonu podobni peptid-1 (RGP-1) na mono-ADP-riboziltransferazo (ART) in s pomočjo modelnih peptidov tretje znotrajcelične zanke RGP-1 določali ključne aminokisline za sklopitev z ART. Da bi razvili dostavne peptide z manj stranskimi učinki smo preučevali interakcije peptidov iz družine Pepfekt (PF3, PF6 in TP-10)z lipidno membrano in tovorom siRNA. Proučevali smo tudi dva biološko učinkovita dostavna peptida, bioportida camptide in nosangiotide. Prvi je analog dela tretje znotrajcelične zanke človeškega receptorja za kalcitonin tipa1, drugi pa dela zanke endotelijske sintaze dušikovega oksida, ki veže kalmodulin. Pomemben prispevek je bil določitev molekularnega mehanizma delovanja camptida: po vstopu v celico se neposredno veže na G-proteine in jih aktivira, čemur sledijo fiziološki učinki. V okviru raziskav mehanizmov adaptacij na ekstremne pogoje smo uporabljali dva modelna organizma: izjemno halotolerantno črno kvasovkio Hortatea werneckii in obligatno halofilno glivo Wallemia ichthyophaga. Pri obeh smo se osredotočili na signalno pot HOG, ki zaznava spremembe osmolarnosti, npr.različne konc.NaCl in je ključna za ustrezen odgovor in prilagoditev celic. Pri obeh organizmih smo identificirali in okarakterizirali komponente HOG poti: senzorske proteine Sho 1 in vse 3 kinaze, ki so značilne za prenos signala po principu delovanja MAP kinazne kaskade. Pomen HOG poti za H.werneckii smo pokazali z uporabo inhibitorja končne MAP kinase te poti HwHog1, ki je preprečil rast in transkripcijo tarčnih genovHwHog1. Vlogo HOG poti pri W.ichthyophaga smo študirali s pripravo seva z izbitim genom za MAP kinase kinazo WiPbs2. Z analizo sekvenc celotnih genomov smo dokazali prisotnost ostalih komponent HOG signalne poti , homologov S.cerevisia . Rezultate analiz celotnih genomov H.werneckii in W.ichthyophaga smo objavili v letu 2013. Objava genoma H.werneckii je bila prva objava genoma izjemno halotolerantne glive nasploh in je zelo odmevala tudi v tujini (blog The Tree of Life). Pokazali smo, da je genom H.werneckii v celoti podvojen in da so geni za prenašalce kationov prisotni v multiplih kopijah. Analiza genoma W.ichthyophaga pa kaže, da imajo pri prilagoditvi na visoke slanosti večjo vlogo celična stena in hidrofibini, proteini, ki so umeščeni v celično steno in so prisotni v več kopijah. Proučevali smo tudi tarčne gene HOG poti in iskali potencialne kandidate za transgene, ki bi izboljšali toleranco na sol pri rastlinah oz. industrijsko pomembnih kvasovkah, ki so občutljive na povišane koncentracije NaCl. Pokazali smo, da vključitev posebne sekvence proteina Hal2 iz halotolerantne črne kvasovke H.werneckii, ki je vključena v halotoleranco, v homologni rastlinski gen, pri transgeni rastlini poveča toleranco na sol. S poznavanjem molekularnih mehanizmov adaptacije na ekstremne pogoje in s pridobitvijo sekvence genomov gliv, ki jih preučujemo v okviru programa, nam je uspelo identificirati nekatere gene, ki so ključni za halo/osmo toleranco. Nadaljevali smo tudi delo na identifikaciji novih ekstremofilnih gliv in uspeli identificirati nove glive iz okolij z ekstremno nizkimi temperaturami. Pokazali smo tudi, da izbrane halotolerantne in halofilne glive v pogojih visoke slanosti sintetizirajo specifične bioaktivne metabolite z antibakterijsko in hemolitično aktivnostjo. 3. Na področju medicinsko diagnostičnih aplikacij smo preučevali metabolizem in signaliziranje steroidnih hormonov kot novih biokemijskih označevalcev in tarč za zdravljenje hormonsko odvisnih bolezni, ter farmakogenomske označevalce odgovora na zdravljenje za prenos v klinično prakso. Pri raku endometrija smo proučevali lokalno sintezo in metabolizem estrogenov. V smo proučevali tako izražanje genov vpletenih v te procese (PCR v realnem času), kakor tudi prisotnost proteinov (prenos Western). Na parafinskih rezinah tkiva smo prisotnost izbranih proteinov potrdili tudi na ravni celic z imunohistokemijskim barvanjem. Naše študije na ravni mRNA in proteinov v vzorcih tkiva kažejo, da je v okolnem endometriju (predrakavem tkivu) pomemben metabolizem estrogenov, ki lahko vodi do nastanka genotoksičnih estrogen kinonov, v rakavem tkivu pa je bolj pomembna sinteza estradiola, ki stimulira proliferacijo že spremenjenega endometrija. Proučili smo tudi vlogo encimov AKR1B1 in AKR1B10 v rakavem endometriju. Naše študije na ravni mRNA, proteinov in celic kažejo, da sta oba proteina prisotna v večji količini v pred-rakavem tkivu kar nakazuje njuno vlogo v kancerogenezi. Biosintezo in metabolizem estrogenov in progesterona smo proučevali tudi pri ginekološki bolezni endometriozi. Ugotovili smo, da sta pri tej bolezni moteni biosinteza in metabolizem estrogenov in progesterona. Za zdravljenje endometrioze se že več kot 40 let uporabljajo progestini, agonisti receptorjev za progesteron; kljub temu pa njihov mehanizem delovanja še ni povsem pojasnjen. V okviru programa smo na modelni celični linji endometrioze proučili vpletenost progestinov, ki se trenutno uporabljajo v terapiji, v metabolizem progesterona in lokalno sintezo estrogenov. Naše študije kažejo, da se progestini med seboj razlikujejo in na metabolizem progesterona in sintezo estrogenov vplivajo v različni meri. Prvi smo ugotovili, da progestini delujejo tudi na pred-receptorski ravni, saj inhibirajo delovanje nekaterih encimov metabolizma progesterona. V zadnjem letu programa smo proučevali tudi potencialne biokemijske označevalce endometrioze jajčnika. V sodelovanju z University of Berne (prof. dr. Bersinger) smo preverili prisotnost izbranih proteinov, potencialnih biokemijskih označevalcev, pri bolnicah in zdravih ženskah. Ugotovili smo, da je protein glikodelin A prisoten v večji koncentraciji v serumu bolnic v primerjavi s serumom zdravih žensk oziroma kontrolne skupine. Na področju farmakogenetike smo preučevali vpliv genetske variabilnosti encimov za presnovo zdravil, prenašalcev in molekularnih tarč zdravil na odgovor na zdravljenje z leflunomidom in metotreksatom (MTX) pri revmatoidnem artritisu (RA) in pri zdravljenju raka. Prvi v svetu smo pokazali, da na plazemske koncentracije aktivnega metabolita leflunomida vplivajo tudi polimorfizmi citokromov P450, in da le-ti skupaj s polimorfizmi tarčnega encima DHODH povečajo tveganje za hude neželene učinke leflunomida pri bolnikih z RA. Na področju zdravljenja z MTX, antagonistom folata, smo prvi v svetovni literaturi smo opisali časovno odvisnost vpliva genetskih polimorfizmov in haplotipov reduciranega prenašalca folata SLCO19A1 na opustitev zdravljenja zaradi toksičnosti MTX pri bolnikih z RA. Identificirali smo številne polimorfizme v folatni in adenozinski poti, ki bi bili v klinični praksi uporabni kot označevalci odgovora na zdravljenje z MTX in bi lahko pomagali pri izbiri najbolj primernega temeljnega zdravila za posameznega pacienta. Pokazali smo tudi, da polimorfizmi v folatni poti pomembno vplivajo na toksičnost zdravljenja z visokimi odmerki MTX in na preživetje otrok in mladostnikov z ALL. Na toksičnost zdravljenja s kemoterapijo in na raven poškodb na DNA pa je pomembno vplivala tudi genetska variabilnost mehanizmov za popravljanje napak na DNA. Največji doprinos na področju znanosti pa predstavljajo naše raziskave na področju farmakogenetike zdravljenja malignega mezotelioma. Prvi v svetu smo identificirali genetske dejavnike v poti presnove in delovanja gemcitabina, ki vplivajo na odgovor na zdravljenje tega prognostično izredno neugodnega raka. Pokazali smo tudi, da pri bolnikih z malignim mezoteliomom polimorfizmi v poti detoksifikacije cisplatina in v poteh popravljanja napak na DNA vplivajo na toksičnost zdravljenja in na preživetje bolnikov z malignim mezoteliomom. Potrebne pa so nadaljnje aplikativne raziskave, s katerimi bi razvili ustrezne klinično-farmakogenetske modele za uporabo v klinični praksi in prospektivne študije za validacijo teh modelov. 4.Ocena stopnje realizacije programa dela na raziskovalnem programu in zastavljenih raziskovalnih ciljev3 SLO Uspešno smo realizirali vse zastavljene cilje in jih celo presegli. Naše delo na raziskovalnem programu je rezultiralo v pomembnih in zelo kvalitetnih raziskovalnih dosežkih na vseh treh področjih raziskovanja: na področju bazične encimatike smo doprinesli k razvoju kinetičnih analitičnih metod za študij zelo kompleksnih reakcijskih mehanizmov; s proučevanjem signalnih poti v celičnih sistemih in na modelnih organizmih smo prispevali k razumevanju procesov celičnega komuniciranja in adaptacije na stres; s proučevanjem bolezenskih procesov in odgovora na zdravljenje pa smo prispevali k boljšemu razumevanju molekularnih mehanizmov v zdravju in v bolezni in identificirali nove diagnostične in prognostične označevalce ter nove tarče za zdravljenje. V evaluacijskem obdobju smo sodelavci programske skupine sodelovali pri objavi preko 150 izvirnih znanstvenih člankov; od tega se jih več kot dve tretjini uvršča med pomembne dosežke, tretjina med zelo kvalitetne dosežke. Na kakovost in pomen naših raziskav kaže tudi več kot 8000 citatov, na njihovo izvirnost in novost pa kar 24 zaključenih doktorskih nalog. Takšno realizacijo lahko smatramo za izjemno, še zlasti če upoštevamo, da so bili vsi raziskovalci na programu pedagoško polno obremenjeni, poleg tega pa jim je ob največ 20-procentni dodatni zaposlitvi na raziskvalnem programu pripadal temu ustrezno majhen delež sredstev za materialne stroške in opremo. Čeprav so raziskave na področju biokemije in molekularne biologije zelo drage in smo sedaj v cenovni kategoriji B izdatno podfinancirani, smo na enoto FTE dosegli izjemne rezultate, ki ne zaostajajo za dosežki raziskovalnih inštitutov. Podfinanciranje na področju raziskovalne opreme in materialnih sredstev pa se kaže predvsem v tem, da je ob tretjini objav v kategoriji zelo kvalitetnih dosežkov (A') le 3,3 % naših člankov objavljenih v najvišje rangiranih revijah na področju (A''). 5.Utemeljitev morebitnih sprememb programa raziskovalnega programa oziroma sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave programske skupine4 V ocenjevalnem obdobju je delo potekalo skladno z načrtovanim programom na vseh treh področjih, ki so predstavljala jedro raziskovalnega programa. Nova spoznanja pa so pogosto vodila v razvoj novih aktualnih raziskovalnih tematik v okviru temeljnih, aplikativnih in podoktorskih projektov ter v tehnološke in industrijske projekte. Ta nova področja so bila zanimiva tudi za izvedbo doktorskih in diplomskih nalog., kar je zagotavljalo ustrezen pretok dodiplomskih, doktorskih in podoktorskih študentov. Na ta način je programska skupina omogočila izobraževanje kvalitetnega podmladka za obnovo programske skupine in pedagoškega kadra ob upokojitvi sodelavke leta 2012. 6.Najpomembnejši znanstveni rezultati programske skupine5 Znanstveni dosežek 1. COBISS ID 26007001 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Kinetična analiza beta-fosfoglukomutaze in njena inhibicija z magnezijevim fluoridom ANG Kinetic analysis of beta-phosphoglucomutase and its inhibition by magnesium fluoride Prenos fosfatne skupine igra osrednjo vlogo v metabolizmu, regulaciji in signalizaciji na molekularni ravni živih organizmov. Ker so fosfatni estri pri fizioloških pogojih kinetično izredno stabilni, je učinkovita kataliza prenosa Opis SLO fosfatne skupine ključnega pomena za omenjene procese. Najboljše razumevanje učinkovite katalize bi omogočil 'posnetek' strukture encimov v trenutku prenosa fosfatne skupine, ko je ta v prehodnem stanju. Slednje je nemogoče, ker so takšni intermediati zaradi svoje kratke življenske dobe 'neulovljivi'. Zaradi tega lahko približno sliko katalitičnega procesa omogočijo le analogi prehodnih stanj, ki se z veliko afiniteto vežejo na aktivno mesto encimov in posnemajo strukturne in energijske razmere encimske katalize. MgF3 je kot izjemno dober analog prehodnega stanja encimov, ki katalizirajo prenos fosfatne skupine, zanimiva sonda za študij strukture in lastnosti aktivnih mest teh encimov. Za razliko od ostalih kovinskih fluoridov se namreč MgF3 ne tvori v raztopini, ker ima premajhno tvorbeno konstanto, in se lahko posledično stabilizira le v aktivnih mestih teh encimov. V tem delu smo na podlagi tega preučevali kinetiko beta-fosfoglukomutaze in analizirali in okarakterizirali inhibicijo tega encima z magnezijevim fluoridom. ANG Phosphate transfer reactions play a central role in metabolism, regulation and signaling. As phosphate esters are kinetically extremely stable, efficient catalysis is crucial for the control of these cellular processes. A snapshot of an enzyme in a high-energy state would be immensely useful, as it would allow the very interactions that bring about catalysis to be observed. However, high-energy intermediates and transition states are extremely elusive species, and hence, transition state analogues that bind tightly in an enzyme active site have been of paramount importance in defining the structural and energetic framework for catalysis. MgF3 is particularly interesting to characterize as a potentially highly accurate transition state analog (TSA). The kinetic analysis of an MgF3 adduct is difficult as compared to other metal fluoride TSAs, because it does not exist in solution because of its low formation constant and must be assembled and stabilized in the active site. In this article, we provided a kinetic analysis of fluoride inhibition of beta-phosphoglukomutase that allowed us to measure the stability constant and characteristics of the formation of the TSA. Objavljeno v American Chemical Society; Journal of the American Chemical Society; 2009; Letn. 131, št. 4; str. 1575-1588; Impact Factor: 8.580;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 2.488; A'': 1;A': 1; WoS: DY; Avtorji / Authors: Goličnik Marko, Olguin Luis F., Feng Guoqiang, Baxter Nikola J., Waltho Jonathan P., Williams Nicholas H., Holfelder Florian Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 2. COBISS ID 28926169 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Prikaz subtilnih sprememb konformacije v vezavni zanki za substrat pri glivni 7ß-hidroksisteroid-dehidrogenazi ANG Insights into subtle conformational differences in the substrate-binding loop of fungal 17ß-hydroxysteroid dehydrogenase Opis SLO 17ß-hidroksisteroid-dehidrogenaza iz nitaste glive Cochliobolus lunatus (17ß-HSDcl)) je trenutno edini opisan encim med glivnimi hidroksisteroid-dehidrogenazami. Natančne strukturne analize kristalnih struktur apo in holo oblike encima, s kumestrolom inhibiranega ternarnega kompleksa in Y167F mutiranega encima so razkrile manjše konformacijske spremembe v vezavni zanki za substrat, ki bi lahko vplivale na encimsko aktivnost 17ß-HSDcl. V vseh kristalnih oblikah ima 17ß-HSDcl tetramerno zgradbo z 222 simetrijo. Povezave med monomernimi enotami preko Q osi so močnejše kot povezave preko P osi. NADPH se veže v aktivno mesto 17ß-HSDcl v iztegnjeni konformaciji. Kumestrol, nesteroidni rastlinski derivat z estrogensko aktivnostjo, zavira delovanje 17ß-HSDcl (2,8 pM IC50; 100 pM [4-estren-3,17-dion]) z vezavo v domnevno vezavno mesto steroida. Njegova vezava je poleg številnih vodikovih vezi dodatno stabilizirana s n-n interakcijami s Tyr212. Hitre kinetične analize so jasno pokazale, da je disociacija koencima najpočasnejša stopnja reakcije. To je poleg slabe topnosti steroida razlog, da se ternarni kompleks encim-koencim-steroid ne more kopičiti. ANG 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase from the filamentous fungus Cochliobolus lunatus (17beta-HSDcl) is currently the only fungal HSD member that has been described and represents one of the model enzymes of the cP1 classical subfamily of NADPH dependent SDR enzymes. A thorough crystallographic analysis has been performed to better understand the structural aspects of this subfamily and provided insights into the evolution of the HSD enzymes. The crystal structures of the 17beta-HSDcl apo, holo and coumestrol-inhibited ternary complex, and the active site Y167F mutant reveal subtle conformational differences in the substrate-binding loop that likely modulate the catalytic activity of 17beta-HSDcl. Coumestrol, a plant-derived non-steroidal compound with estrogenic activity, inhibits 17beta-HSDcl (IC50, 2.8 mM; at 100 muM substrate š4-estrene-3,17-dioned) by occupying the putative steroid-binding site. In addition to an extensive hydrogen-bonding network, coumestrol binding is further stabilized by pi-pi stacking interactions with Tyr-212. A stopped-flow kinetic experiment clearly showed the coenzyme dissociation as the slowest step of the reaction and in addition to the low steroid solubility it prevents the accumulation of enzyme-coenzyme-steroid ternary complex formation. Objavljeno v Biochemical Society; Biochemical journal; 2012; Vol. 441, part 1; str. 151160; Impact Factor: 4.654;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 3.761; A': 1; WoS: CQ; Avtorji /Authors: Cassetta Alberto, Krastanova Ivet, Kristan Katja, Brunskole Švegelj Mojca, Lamba Doriano, Lanišnik-Rižner Tea, Stojan Jure Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 3. COBISS ID 2514255 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Genetski viri ekstremnotolerantnih gliv ANG Genetic resources of extremotolerant fungi Opis SLO Razvili smo učinkovito metodo za identifikacijo biotehnološko zanimivih genov iz ekstremotolerantnih gliv. Metodo smo preizkusili s pripravo cDNA knjižnice izražene v S.cerevisiae, pri čemer je kot donor genov služila halotolerantna kvasovka Rhodotorula mucilaginosa. ANG An efficient highthroughput method for the identification of biotechnologically interesting genes of extremotolerant fungi was developed by constructing a cDNA expression library in Saccharomyces cerevisiae and screening for gainoffunction transformants under stress conditions. The method was demonstrated with the identification genes from the halotolerant yeast Rhodotorula mucilaginosa that increased the halotolerance of S. cerevisiae and might also be useful for the improvement of halotolerance in other industrial microorganisms or genetically modified crops. Objavljeno v Elsevier Applied Science; Bioresource technology; 2012; Vol. 111; str. 360367; Impact Factor: 4.750;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 1.504; A'': 1;A': 1; WoS: AE, DB, ID; Avtorji / Authors: Gostinčar Cene, Gunde-Cimerman Nina, Turk Martina Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 4. COBISS ID 30078937 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Selektivni inhibitorji aldo-keto reduktaz AKR1C1 in AKR1C3: identifikacija z virtualnim rešetanjem knjižnic fragmentov ANG Selective inhibitors of aldo-keto reductases AKR1C1 and AKR1C3 discovered by virtual screening of a fragment library Človeške aldo-keto reduktaze 1C1-1C4 (AKR1C1-AKR1C4) delujejo in vivo Opis SLO kot 3-keto-, 17-keto- in 20-ketosteroid reduktaze in uravnavajo aktivnost androgenov, estrogenov in progesterona in s tem zasedenost in trans-aktivacijo receptorjev za androgene, estrogene in progesteron. Spremembe v izražanju genov AKR1C in delovanju encimov AKR1C so povezane s patofiziološkimi spremembami, zato encimi AKR1C predstavljajo pomembne tarče za razvoj novih zdravilnih učinkovin. V okviru te študije smo v knjižnici fragmentov izvedli virtualno rešetanje visoke zmogljivosti in aktivnost izbranih spojin preverili z biokemijskimi metodami. Našli smo 24 strukturno različnih spojin, ki so imele nizke mikroM Ki vrednosti za AKR1C1 in AKR1C3 ali oba encima. Te spojine so vključevale salicilate in N-fenilantranilne kisline, pa tudi povsem nove spojine. Najboljša selektivna inhibitorja encima AKR1C3 sta imela Ki vrednosti 0,1 mikroM in 2,7 mikroM. Spojine, ki smo jih identificifrali v tej študiji predstavljajo odlično osnovo za nadaljnjo optimizacijo spojin vodnic. ANG Human aldo-keto reductases 1C1-1C4 (AKR1C1-AKR1C4) function in vivo as 3-keto-, 17-keto- and 20-ketosteroid reductases, and regulate the activity of androgens, estrogens and progesterone and the occupancy and transactivation oftheir corresponding receptors. Aberrant expression and action of AKR1C enzymes can lead to different pathophysiological conditions. AKR1C enzymes thus represent important targets for development of new drugs. We performed a virtual high-throughput screen of a fragment library that was followed by biochemical evaluation on AKR1C1-AKR1C4 enzymes. Twenty-four structurally diverse compounds were discovered with low muM Ki values for AKR1C1, AKR1C3, or both. Two structural series included the salicylates and the N-phenylanthranilic acids and additionally a series of inhibitors with completely novel scaffolds was discovered. Two of the best selective AKR1C3 inhibitors had Ki values of 0.1 muM and 2.7 muM, exceeding expected activity for fragments. The compounds identified represent an excellent starting pointfor further hit-to-lead development. Objavljeno v American Chemical Society; Journal of medicinal chemistry; 2012; Vol. 55, iss. 17; str. 7417-7424; Impact Factor: 5.614;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 2.567; A': 1; WoS: DX; Avtorji / Authors: Brožič Petra, Turk Samo, Adeniji Adegoke O., Konc Janez, Janežič Dušanka, Penning Trevor M., Lanišnik-Rižner Tea, Gobec Stanislav Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 5. COBISS ID 28755417 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Vpliv polimorfizmov v poteh presnove in delovanja spojin platine na izid zdravljenja pri bolnikih z malignim mezoteliomom ANG The influence of platinum pathway polymorphisms on the outcome in patients with malignant mesothelioma Opis SLO Pri zdravljenju raka ključen problem v klinični praksi predstavljata pojav neželenih učinkov oziroma neodzivnost tumorja na zdravljenje. Znano je, da na odgovor na zdravljenje vpliva genetska variabilnost encimov, ki so udeleženi pri presnovi zdravil, so tarče njihovega delovanja ali popravljajo poškodbe DNA, nastale kot posledica genotoksičnosti zdravila. Namen naše raziskave je bil določiti vpliv polimorfizmov v poti delovanja spojin platine na izid zdravljenja pri bolnikih z malignim mezoteliomom (MM). Ugotovili smo, da polimorfizmi genov GST niso vplivali na izid zdravljenja pri bolnikih z MM. V skupini bolnikov, ki so bili zdravljeni s spojinami platine je genotip ERCC1 8092C/C vplival na preživetje brez ponovitve bolezni. Genotipa XPD 312Asp/Asp in ERCC1 8092C/C sta bila povezana z večjim tveganjem za pojav neželenih učinkov in daljšim preživetjem brez ponovitve bolezni. Naši rezultati kažejo na to, da polimorfizmi mehanizma popravljanja napak DNA vplivajo na učinkovitost in toksičnost spojin platine pri bolnikih z MM. Če bodo nadaljne farmakogenetske študije potrdile njihovo vlogo označevalcev izida zdravljenja, bi analiza teh polimorfizmov lahko pripomogla k individualizaciji zdravljenja malignega mezotelioma. ANG The occurrence of adverse events and resistance to treatment is one of the major clinical problems in cancer treatment. It has been well established that genetic variability in drug pathways or DNA repair mechanisms might influence treatment outcome. In addition, genetic polymorphisms in DNA repair mechanisms may influence the risk of malignant disease. The aim of our study was to evaluate theinfluence of platinum pathway polymorphisms on treatment outcome in patients with MM. GST polymorphisms were not associated with treatment outcome in patients with MM. In the group of platinum-treated patients with MM, ERCC1 8092C/C genotype significantly influenced progression-free survival (PFS). XPD 312Asp/Asp and ERCC1 8092C/C wild-type genotypes also increased the odds of treatment-related toxic effects and of better PFS. Our results suggest that polymorphisms in RNA repair pathway influence platinum-treatment efficacy and toxicity. If confirmed as markers of clinical outcome in further pharmacogenetics studies, the analysis of these polymorphisms may contribute to the individualisation of cancer treatment. Objavljeno v Kluwer Academic Publishers; Annals of oncology; 2012; Vol. 23, no. 4; str. 961-967; Impact Factor: 7.384;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 4.341; A': 1; WoS: DM; Avtorji / Authors: Erčulj Nina, Kovač Viljem, Hmeljak Julija, Dolžan Vita Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 7.Najpomembnejši družbeno-ekonomski rezultati programske skupine6 Družbeno-ekonomski dosežek 1. COBISS ID 26258393 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Uvod v peptide in proteine ANG Introduction to peptides and proteins Opis SLO Knjiga je namenjena do- in podiplomskim študentom predmetov, ki obravnavajo strukturo in funkcijo peptidov in proteinov. Obsega 424 strani in je razdeljena v pet delov. Prvi del pokriva aminokisline kot gradnike peptidov in proteinov, biosintezo in zvijanje proteinov ter njihovo razgradnjo. Drugi del je prikaz metodologije za študij strukture in funkcije proteinov. V tretjem delu govorimo o proteinskem inženirstvu, pristopih k proteinski bioinformatiki in proteomiki. Četrti del je posvečen različnim razredom proteinov (encimi, receptorji, DNA vezavni protein, membranski protein, protitelesa, fibrilarni protein in bioaktivni peptidi). V petem delu se posvečamo na proteinskih napakah osnovanim boleznim in peptidom in proteinom kot zdravilnim učinkovinam. Knjiga je izšla pri založbi CRC Press (Francis & Taylor division), ki je prvo leto po izidu knjigo uvrstila med svoje best-sellerje. Poleg navedene knjige so raziskovalci programske skupine tudi avtorji 15 poglavij v knjigah in monografijah, ki so izšle pri mednarodnih založbah. ANG The book is aimed to graduate and post graduate students interested in structure and function of peptides and proteins. It has 424 pages and consists of five parts. The first one covers the fate of peptides and proteins from the synthesis to degradation, including structural and folding aspects. Second part covers methods for protein studies. Protein engineering, protein bioinformatics and proteomics are the focus of the third part. In the forth part different classes of proteins and peptides are described in more detail. Finally, the last part focuses on diseases as the consequence of misstructured proteins and describes peptides and proteins used as drugs. The book was published by CRC Press (Taylor and Francis division) and the publisher rated it as a best-seller the first year after print. The researchers of the programme group also contributed 15 chapters to books and monographs published by international publishers. T Šifra C.01 Uredništvo tujega/mednarodnega zbornika/knjige Objavljeno v CRC Press; 2010; XIV, 424 str.; A'': 1;A': 1; Avtorji / Authors: Langel Ülo, Cravatt Benjamin F., Gräslund Astrid, Heijne Gunnar von, Land Tiit, Niessen Sherry, Zorko Matjaž Tipologija 2.01 Znanstvena monografija 2. COBISS ID 29395673 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Gostujoči urednik posebne izdaje revije »The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology« in »Chemico Biological Interactions« ANG Guest Editor of Special Issue of »The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology« and »Chemico Biological Interactions« Opis SLO Tea Lanišnik Rižner je bila vabljena gostujoča urednica posebnih izdaj revij: The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology, 2013, vol. 137, 2-174, z naslovom »2nd Congress on Steroid Research« in (COBISS.SI-ID 29395673) in Chemico Biological Interactions, 2013, vol. 202, 1-3, z naslovom »Enzymology and Molecular Biology of Carbonyl Metabolism 16« (COBISS.SI-ID 30520281). Tudi sicer vodja in člani programske skupine sodelujejo v uredniških odborih številnih mednarodnih znanstvenih revij s faktorjem citiranosti: Dolžan, Vita: članica uredniškega odbora European Journal of Clinical Pharmacology (IF 2,845, COBISS.SI-ID 25427712), Archives of industrial hygiene and toxicology (IF 1.048, COBISS.SI-ID 3833858) in področna urednica Acta dermatovenerologica APA (COBISS.SI-ID 31649024); Gunde-Cimerman, Nina: FEMS microbiology letters (IF 2.044, COBISS.SI-ID 25455104), International journal of medicinal mushrooms (IF 0.895, COBISS.SI-ID 1979418); Goličnik, Marko: Acta chimica slovenica (IF 1.328, COBISS.SI-ID 14086149). ANG Tea Lanišnik Rižner was a Guest Editor of the special issues of the Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology, 2013, Vol. 137, 2-174, entitled »2nd Congress on Steroid Research« (COBISS.SI-ID 29395673) and a Guest Editior of a Special Issue of Chemico Biological Interactions 2013, Vol. 202, 1-3, entitled »Enzymology and Molecular Biology of Carbonyl Metabolism 16« (COBISS.SI-ID 30520281). Also PI and other group members act in editorial boards of several scientific journals with IF: Dolžan, Vita: member of the editorial board of the European Journal of Clinical Pharmacology (IF 2,845, COBISS.SI-ID 25427712), Archives of industrial hygiene and toxicology (IF 1.048, COBISS.SI-ID 3833858) and field editor of Acta dermatovenerologica APA (COBISS.SI-ID 31649024); Gunde-Cimerman, Nina: FEMS microbiology letters (IF 2.044, COBISS.SI-ID 25455104), International journal of medicinal mushrooms (IF 0.895, COBISS.SI-ID 1979418); Goličnik, Marko: Acta chimica slovenica (IF 1.328, COBISS.SI-ID 14086149). Šifra C.03 Vabljeni urednik revije (guest-associated editor) Objavljeno v Pergamon Press; Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology; 2012; Vol. 129, iss. 1/2; str. 1-3; Impact Factor: 3.984;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 3.278; WoS: CQ, IA; Avtorji / Authors: Maser Edmund, Lanišnik-Rižner Tea Tipologija 1.20 Predgovor, spremna beseda 3. COBISS ID 29981657 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Prijava EU patenta: Nova metoda za diagnostiko endometrioze ANG EU patent application: A novel method for the diagnosis of endometriosis V okviru patenta predstavljamo nov pristop neinvazivne diagnostike Opis SLO endometrioze jajčnikov z določanjem metabolitov v krvi bolnic. S tandemsko masno spektrometrijo smo našli 8 metabolitov značilnih za bolnice. S postopno logistično regresijo smo izbrali najboljšo kombinacijo biomarkerjev. Gre za skupen patent Univerze v Ljubljani in Helmholtz Zentrum Munchen. Poleg citiranega patenta so člani programske skupine avtorji 4 Evropskih in 2 ameriških patentnih prijav, zavedenih pod COBISS.SI-ID 29981657, 2424911, 25581273, 26729177,1349980, 24196057, 22736857. ANG This patent presents a new approach in noninvasive diagnostics of ovarian endometriosis by determining metabolites in blood of patients. The analytes were quantified by electrospray ionization tandem mass spectrometry and eight lipid metabolites were identified as endometriosis-associated biomarkers. A stepwise logistic regression procedure was used for selecting the best combination of biomarkers. lnventors of this patent are from University of Ljubljana and Helmholtz Zentrum Munich. Besides the cited patent the members of the programme group hold 4 European and 2 USA patent applications, cited under COBISS.SI-ID 29981657, 2424911, 25581273, 26729177,1349980, 22736857. Šifra F.32 Mednarodni patent Objavljeno v Europäisches Patentamt; 2013; 1 listina; Avtorji / Authors: Vouk Katja, Lanišnik-Rižner Tea, Adamsky Jerzy, Prehn Cornelia, Ribič-Pucelj Martina Tipologija 2.23 Patentna prijava 4. COBISS ID 259014656 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Biokemija ustne votline ANG Biochemistry of the oral cavity Opis SLO Knjiga je pregledno in sistematično napisan dopolnilni učbenik za študente dentalne medicine in celovito predstavlja najnovejša spoznanja na področju biokemije ustne votline, ki niso predstavljena v drugih splošnih biokemijskih učbenikih ali učbenikih biokemije za študente medicine. Poudariti je potrebno, da so vsi raziskovalci v programski skupini pedagoško polno obremenjeni učitelji in asistenti, katerih raziskovalna obremenitev predstavlja le 20% dopolnilne obremenitve. Vsi raziskovalci so vrhunski strokovnjaki na svojih področjih in s prenašanjem novih znanstvenih spoznanj, pridobljenih z lastnim raziskovalnim delom in sledenjem raziskavam v svetu, dvigajo kvaliteto pouka na dodiplomskem in podiplomskem študiju. Poleg navedene knjige so raziskovalci programske skupine v zadnjih 5 letih pripravili 6 univerzitetnih učbenikov z recenzijo, 6 laboratorijskih praktikumov in navodil za vaje in 4 srednješolske učbenike z recenzijo. ANG The book is a systematically written supplementary textbook for students of dentistry. It brings the latest knowledge on the selected topics of biochemistry of the oral cavity that are not presented in other general biochemistry textbooks or biochemistry textbooks for medicine students. It should be noted that all the researchers in the programme group have a full teaching load as lecturers or teaching assistants, with only an additional 20% of employment for research. All the researchers are leading experts in their fields. We incorporate new scientific insights gained from our own research work and from keeping up-to-date with the latest scientific literature in our teaching, thus raising the quality of education at the undergraduate and postgraduate level. In addition to this book, in the past 5 years researchers of the programme group published 6 university textbooks, 6 laboratory and practicum instruction manuals and 4 highschool textboks approved by the Ministry of education. Šifra D.10 Pedagoško delo Objavljeno v Študentska založba; 2011; 123 str.; Avtorji / Authors: Črešnar Bronislava, Plemenitaš Ana, Zorko Matjaž, Žakelj-Mavrič Marija Tipologija 2.03 Univerzitetni, visokošolski ali višješolski učbenik z recenzijo 5. COBISS ID 262270208 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Molekularna medicina in biotehnologija ANG Molekularna medicina in biotehnologija Opis SLO Programska skupina je sodelovala pri organizaciji simpozija z mednarodno udeležbo z naslovom Molekularna medicina in biotehnologija, ki je potekal na Medicinski fakulteti Univerze v Ljubljani Ljubljana 27.-29. junija 2012. Prof. dr. Ana Plemenitaš je bila predsednica Programskega odbora. Simpozij je bil organiziran ob počastitvi 40. obletnice delovanja Inštituta za biokemijo in 20. obletnice delovanja Medicinskega centra za molekularno biologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani. Inštitut za biokemijo je raziskovalna ustanova, ki je v svoji 40-letni zgodovini prispevala k razvoju in prenosu novih metod in znanj v klinično prakso. V tem času je uspešno sodeloval s številnimi vrhunskimi raziskovalnimi ustanovami po svetu in tako prispeval v zakladnico znanj ved o življenju. Je tudi izobraževalna ustanova, kjer prenos znanja poteka na dveh ravneh, na dodiplomskem študiju, kjer se izobražujejo bodoči zdravniki in zobozdravniki, ter na doktorskem študiju, kjer sodelujejo študenti različnih naravoslovnih in bioloških ved. Simpozij smo oblikovali tako, da so odlični in uveljavljeni mednarodni in domači predavatelji, s katerimi imamo dolgoletna sodelovanja, seznanili našo medicinsko in znanstveno-raziskovalno skupnost s stanjem, izzivi in obeti na področju molekularne medicine in z njo povezane biotehnologije. Predstavili so nekaj »vročih« oz. »trendovskih« tem, zanimivih za vse, ki raziskujemo ali strokovno delamo na področju medicine in z njo povezanih ved. Ker je srečanje bilo organizirano ob 40. obletnici Inštituta za biokemijo Medicinske fakultete v Ljubljani in 20. obletnici Medicinskega centra za molekularno biologijo, so bili med domačimi predavatelji tudi profesorji omenjenih ustanov, vabljena krajša predavanja pa so imeli tudi naši alumni - raziskovalci in zdravniki, ki so se v preteklih letih usposabljali na obeh ustanovah in danes vodijo naše ugledne medicinske diagnostične laboratorije. ANG Members of the programme group contributed to the organization of the International symposium Molecular Medicine and Biotechnology which took place at the Faculty of Medicine, University of Ljubljana, Slovenia, from 27th to 29th June 2012. Prof. dr. Ana Plemenitaš was the chair od the Programme committee. Symposium was organized to honor the 40th anniversary of the Institute of Biochemistry and 20th anniversary of the Medical Centre for Molecular Biology of the Faculty of Medicine. Institute of Biochemistry is a research institute which has in its 40-year history contributed to development and transfer of new methods and skills in clinical practice. During this time it has established successful cooperation with many top research institutes from around the world and thereby contributed to wealth of knowledge in medical and life sciences. Institute is also an educating establishment where knowledge transfer takes place on two levels: at undergraduate level, where future medical doctors and dentists are educated, and graduate studies, which involves students from various natural and biological sciences. The symposium brought together established and top-quality international and national experts, with whom we have long-standing collaboration. They presented "hot" or "trendy" topics interesting to all researchers in the field of medicine and life sciences. Since symposium was organized for the celebration of the 40th anniversary of the Institute of Biochemistry and 20th anniversary of the Medical Centre for Molecular Biology we have invited also professors from both institutes, and alumni researchers and medical doctors who have been trained over the years and are today running eminent medical diagnostic laboratories. Šifra B.01 Organizator znanstvenega srečanja Objavljeno v Inštitut za biokemijo, Medicinska fakulteta = Institute of Biochemistry, Faculty of Medicine; 2012; XXI, 139 str.; Avtorji / Authors: Hudler Petra, Videtič Alja, Juvan Peter Tipologija 2.25 Druge monografije in druga zaključena dela 8.Drugi pomembni rezultati programske skupine7 A.05 Citiranost programske skupine: citati: 7406/8238, čisti citati: 6001/6805 (vir SICRIS). A.07, D.09, F.03 Člani programske skupine so bili mentorji/somentorji 24 doktoratov (15 MRje). Prejeli so 4 Krkine nagrade, 4 nagrade UNESCO-L'Oreal za ženske v znanosti, 2 nagradi Zlati znak IJS, 1 nagrado Ad Futura in eno nagrado Maksa Samca za najboljši doktorat na področju Biokemije. D.10, G.01 Vsi raziskovalci v programski skupini so pedagoško polno obremenjeni učitelji in asistenti, katerih raziskovalna obremenitev predstavlja le 20% dopolnilne obremenitve. So vrhunski strokovnjaki na svojih področjih in s prenašanjem novih znanstvenih spoznanj, pridobljenih z lastnim raziskovalnim delom in sledenjem raziskavam v svetu dvigajo kvaliteto pouka na dodiplomskih in podiplomskih študijih Univerze v Ljubljani. E.01 Prof.Viti Dolžan je leta 2013 Slovensko biokemijsko društvo podelilo Lapanjetovo nagrado za izjemne raziskovalne dosežke na področju biokemije in za uspešen prenos raziskovalnih dosežkov v klinično prakso. F.18, G.04, G.08 Z organizacijo znanstvenih in strokovnih srečanj, ter z intervjuji in sodelovanjem v televizijskih in radijskih oddajah in s strokovnimi in poljudnimi časopisi skrbimo za popularizacijo znanosti in za seznanjanje zdravstvenih delavcev in širše javnosti z napredkom na področju znanosti. Oktobra 2013 smo organizirali tudi mednarodni simpozij »11th Golden Helix Pharmacogenomics Day« , delavnico »Pharmacogenetics in higher education" in »Dan odprtih vrat Laboratorija za farmakogenetiko«. Sodelovali smo pri ustvarjanju dokumentarne oddaje Zdravje Slovencev - Farmakogenetika (režija Ita Obersnu) premierno prikazane na Televiziji Slovenija novembra 2013. F. 17, F.21, F.22, G.04. Ob raziskovalnem delu skrbimo tudi za prenos novih spoznanj in metod v klinično prakso, Poleg izboljšanja diagnostičnih postopkov in bolj racionalnem in bolniku prilagojenem zdravljenju s tem doprinašamo tudi k dvigu kvalitete življenja bolnikov. 9.Pomen raziskovalnih rezultatov programske skupine8 9.1.Pomen za razvoj znanosti9 SLO Rezultati naše programske predstavljajo vrhunske raziskovalne dosežke, ki sooblikujejo razvoj na vseh treh področjih, kjer delujemo: na področju bazične encimatike smo doprinesli k razvoju kinetičnih analitičnih metod za študij zelo kompleksnih reakcijskih mehanizmov; s proučevanjem signalnih poti v celičnih sistemih in na modelnih organizmih smo prispevali k razumevanju procesov celičnega komuniciranja in adaptacije na stres; s proučevanjem bolezenskih procesov in odgovora na zdravljenje pa smo prispevali k boljšemu razumevanju molekularnih mehanizmov v zdravju in v bolezni in identificirali nove diagnostične in prognostične označevalce ter nove tarče za zdravljenje. Na pomemben prispevek naših raziskav v svetovno zakladnico znanja kaže več kot 150 objavljenih izvirnih znanstvenih člankov v obdobju izvajanja programa; od tega se jih več kot dve tretjini uvršča med pomembne dosežke, tretjina med zelo kvalitetne dosežke. Na pomen naših objav za razvoj znansti kaže tudi več kot 8000 citatov, na izvirnost in novost naših raziskav pa kar 24 zaključenih doktorskih nalog. Člani programske skupine so v obdobju izvajanja programa nova znanstvena spoznanja predstavili v okviru več kot 50 predavanj in 280 prispevkov na mednarodnih srečanjih. Znanstvena področja na katerih delujejo pomembno sooblikujejo tudi kot uredniki in člani uredniških odborov znanstvenih revij. Na vpetost programske skupine v tehnološke in klinične raziskave kažejo temeljni, aplikativni in podoktorski raziskovalni projekti sodelavcev programske skupine. Večina kliničnih sodelovanj pa zaradi omejenega nabora raziskovalnih ur poteka neformalno in se izkazuje s skupnimi objavami in somentorstvom pri doktorskih nalogah. ANG The results of our research group made a major impact in the fields of our interest: in the field of basic enzymology we developed new kinetic methods for the analysis of complex reaction mechanisms; our studies of signal pathways in cell systems and model organisms helped to improved the current understanding of signal transduction and adaptation to stress; while studies of molecular mechanisms in health and diseases lead to identification of new diagnostic and prognostic biomarkers and new targets for treatment. The important contribution of our research for science is evident from over 150 original scientific papers published in the evaluation period. More than two-thirds of these papers were rated as important achievements, one third as very important achievements. The impact of our publications on the respective research fileds is reflected in over 8000 citations and the originality and novelty of our research topics is reflected in 24 completed doctoral theses. Members of the program group presented over 50 lectures and 280 contributions at international meetings. They also help to shape their respective scientific fields by serving as editors and members of editorial boards of scientific journals. High potential for dissemination and translation of our novel findings into technological processes and clinical studies is reflected in several basic, applied and postdoctoral research projects of the group members. However, most of the clinical collaborations occurs outside formal research projects due to a limited set of research hours and is reflected only in joint publications and co-mentorship of doctoral theses. 9.2.Pomen za razvoj Slovenije10 SLO Med raziskovalci programske skupine je kar 7 rednih profesorjev, kar kaže na njihove izjemne dosežke tako na področju znanstvene ustvarjalnosti, kot tudi pri pedagoškem in strokovnem delu. So nosilci več temeljnih in izbirnih predmetov s področja biokemije in molekularne biologije na dodiplomskem in podiplomskem študiju, v zadnjih 5 letih pa so bili mentorji 19 doktoratov in somentorji 6 doktoratov. Upoštevajoč dejstvo, da na Medicinski fakulteti ni diplom, 21 mentorstev in 18 somentorstev pri diplomskih delih kaže, da so naši učitelji zelo vpeti tudi v pouk na drugih fakultetah. S tem pomembno vplivajo tako na razvoj izobraževanja na Univerzi v Ljubljani, kot tudi na razvoj področja biokemije in molekularne biologije v Sloveniji. Z vidika polne pedagoške obremenjenosti pa raziskovalci programske skupine dosegajo nadpovprečne rezultate na enoto FTE. Poleg razvoja visokega šolstva je raziskovalni program pomembeno doprinesel k prepoznavnosti Slovenije. Preučevani halofilni organizmi so bili prvič izolirani v Sečoveljskih solinah, zato slovenski raziskovalci na tem področju dosegli izjemno mednarodno prepoznavnost, kar je zelo pomembno za promocijo Slovenije. Objavljeni so že tudi prvi izsledki raziskav celotnih genomov teh organizmov, ki bodo nedvomno vodili v nove patentne prijave in lahko imajo tudi velik pomen za gospodarstvo, saj so organizmi z izboljšano toleranco na sol zanimivi za bioremediacijo, biotehnologijo in agronomijo. Naš program je tudi pomembno vplival k razvoju novih diagnostičnih in zdravstvenih postopkov, saj je pomemben del programa predstavljala translacija temeljnih raziskav v reševanje aktualnih kliničnih problemov. S kliničnimi raziskavami na področju hormonskih motenj, raka in revmatoidnega artritisa smo že identificirali nove potencialne diagnostične in prognostične označevalce, nove tarče za zdravljenje in farmakogenetske označevalce odgovora na zdravljenje. Nadaljevanje naših raziskav bo omogočilo prehod iz dosedanjega načina zdravljenja, ki je temeljilo na značilnosti celotne populacije bolnikov, v prediktivno, preventivno in personalizirano zdravljenje. Translacija našega raziskovalnega dela v klinično prakso ima zato tudi velik družbeno-ekonomski vpliv, saj učinkovitejše zdravljenje pomeni velik prihranek za zdravstvo, boljša pa je tudi kvaliteta življenja bolnikov. ANG The fact that 7 researchers in the programme group are full professors, speaks for our outstanding achievements in terms of research excellence, and teaching and professional quality. We lectured several core and elective courses in the field of biochemistry and molecular biology at the undergraduate and post-graduate studies and mentored 19 PhD theses and comentored 6 PhD theses in the last 5 years. We also mentored 21 and comentored 18 graduation theses. Considering the fact that students at the Faculty of Medicine do not have graduation theses, these numbers show that we also actively participate in teaching at other faculties. Thus we significantly contribute to the quality of the undergraduate and graduate education at the University of Ljubljana, as well as to the development of the field of biochemistry and molecular biology in Slovenia. When taking into account our full-time teaching load, our programme group achieved outstanding results per FTE unit. In addition to the development of higher education, the research program had significant impact on the international recognition of Slovenia. As the studied halophilic organisms were first isolated in Sečovlje salterns, Slovenian researchers in this field achieved unprecedented international recognition, which is very important for the promotion of Slovenia. The first results of studies on the genome of these organisms were already published, but the emerging results may lead to new patent applications and may also have a great importance for the economy, because organisms with enhanced tolerance to salt are interesting for bioremediation, biotechnology and agronomy. Our research programme also had a big impact on health care. Translation of basic research to clinical applications constituted an important part of our programme. In the course of our clinical studies in the field of hormone-related disorders, cancer and rheumatoid arthritis, we have identified new potential diagnostic and prognostic markers, new targets for treatment as well as pharmacogenetic markers of response to treatment. When supported by replication and multicenter studies, our research may support the transition from the current treatments, based on the characteristics of the total patient population, to the predictive, preventive and personalized medicine. In addition to more effective treatment, which means big savings for health care system, also patients' quality of life of will significantly improve. 10.Zaključena mentorstva članov programske skupine pri vzgoji kadrov v obdobju 1.1.2009-31.12.2013— 10.1. Diplome12 vrsta usposabljanja število diplom bolonjski program - I. stopnja 4 bolonjski program - II. stopnja 0 univerzitetni (stari) program 39 10.2. Magisterij znanosti in doktorat znanosti13 Šifra raziskovalca Ime in priimek Mag. Dr. MR 29474 Maja Anko O ® 0 25438 Petra Bohanec Grabar O 0 0 28395 Matej Kastelic O ® 0 30705 Nina Erčulj o 0 0 23759 Alenka Franko o 0 □ 30749 Anja Korenčič o 0 0 31946 Nataša Beranič o 0 0 29240 Neli Hevir Kene o 0 0 27575 Petra Brožič o 0 0 25593 Tina Šmuc o 0 0 33507 Vida Kocbek O ® □ 28887 Špela Petrič o ® □ 31947 Tilen Konte o ® 0 29348 Martin Fettich o ® 0 0 Kristina Žumer o ® □ 29599 Rok Tkavc o ® 0 25974 Cene Gostinčar o ® 0 28662 Domen Jaklič o ® □ 29324 Mark Stanojevic © o □ 35916 Barbara Faganel Kotnik o ® □ 28352 Jure Acimovic o ® 0 0 Štefan Starčevic o ® □ 28343 Mojca Brunskole Švegelj o ® 0 31457 Katja Kavkler o ® □ 28193 Marjetka Kralj Kunčič o ® □ Legenda: Mag. - Znanstveni magisterij Dr. - Doktorat znanosti MR - mladi raziskovalec ll.Pretok mladih raziskovalcev - zaposlitev po zaključenem usposabljanju14 Šifra raziskovalca Ime in priimek Mag. Dr. Zaposlitev 29474 Maja Anko o ® A - raziskovalni zavodi 25438 Petra Bohanec Grabar O 0 C - Gospodarstvo 28395 Matej Kastelic o 0 A - raziskovalni zavodi 30705 Nina Erčulj O 0 C - Gospodarstvo 30749 Anja Korenčič o 0 A - raziskovalni zavodi 31946 Nataša Beranič o ® C - Gospodarstvo H 29240 Neli Hevir Kene o 0 A - raziskovalni zavodi 27575 Petra Brožič O 0 C - Gospodarstvo 25593 Tina Šmuc o 0 C - Gospodarstvo 31947 Tilen Konte O 0 B - Družbene dejavnosti ^J 29348 Martin Fettich O 0 C - Gospodarstvo 29599 Rok Tkavc O 0 C - Gospodarstvo 25974 Cene Gostinčar o 0 A - raziskovalni zavodi 28352 Jure Acimovic O ® A - raziskovalni zavodi d 28343 Mojca Brunskole Švegelj o ® C - Gospodarstvo d Legenda zaposlitev: A - visokošolski in javni raziskovalni zavodi B - gospodarstvo C - javna uprava D - družbene dejavnosti E - tujina F - drugo 12.Vključenost raziskovalcev iz podjetij in gostovanje raziskovalcev, podoktorandov ter študentov iz tujine, daljše od enega meseca, v obdobju 1.1.2009-31.12.2013 Šifra raziskovalca Ime in priimek Sodelovanje v programski skupini Število mesecev 0 Kamila Bujko C - študent - doktorand 5 Legenda sodelovanja v programski skupini: A - raziskovalec/strokovnjak iz podjetja B - uveljavljeni raziskovalec iz tujine C - študent - doktorand iz tujine D - podoktorand iz tujine 13.Vključevanje v raziskovalne programe Evropske unije in v druge mednarodne raziskovalne in razvojne programe ter drugo mednarodno sodelovanje v obdobju 1.1.2009-31.12.2013 z vsebinsko obrazložitvijo porabe dodeljenih sredstev iz naslova dodatnega letnega sofinanciranja mednarodnega sodelovanja na podlagi pozivov za EU vpetost.15 SLO Helena Lenasi, EU 7.okvirni program: Z MAP kinaznimi kaskadami kontrolirana virulenca pri glivah: od signalov do bolezenskih odzivov (Signalpath) Ana Plemenitaš in Nina Gunde-Cimerman, EU 7.FP: Novi visoko zmogljivi encimi in mikro organizmi za pretvorbe lignoceluloznih biomas do bioetanola (NEMO) Tea Lanišnik Rižner, ICGEB CRP/SLO11-Q3 Vloga metabolizma progesterona pri endometriozi 14.Vključenost v projekte za uporabnike, ki v so obdobju trajanja raziskovalnega programa (1. 1. 2009 - 31. 12. 2013), potekali izven financiranja ARRS16 SLO ZAKLJUČENI INDUSTRIJSKI PROJEKTI: 1. Študije ekspresije transporterjev zdravilnih učinkovin v celičnih linijah (T.L. Rizner): Lek farmacevtksa družba, Ljubljana, Slovenija 10.5.2012-30.11.2012 2. Študije ekspresije transporterjev zdravilnih učinkovin z uporabo PCR mrež II (T.L. Rizner): Lek farmacevtksa družba, Ljubljana, Slovenija 8.3.2011-31.11. 2011. 3. Študije ekspresije transporterjev zdravilnih učinkovin z uporabo PCR mrež I (T.L. Rizner): Lek farmacevtksa družba, Ljubljana, Slovenia 25.5.2010-31.3. 2011. 4. Kloniranje in ekspresija genov v bakteriji E.coli in izolacija encimov (T.L. Rizner): Lek farmacevtksa družba, Ljubljana, Slovenia 15.11.2007-15.11. 2008. 5. Kloniranje in ekspresija genov v bakteriji E.coli in priprava usmerjeno mutiranih encimov (T.L. Rizner): Lek farmacevtksa družba, Ljubljana, Slovenia 1.10.2006-30.9. 2007. 6. Proučevanje vloge 17beta-HSD pri endometriozi (T.L. Rizner): Bayer Schering Pharma AG Berlin, Nemčija 13.8. 2009-12.8.2010 7. Proučevanje vloge AKR1C1 pri endometriozi (T.L. Rizner): Bayer Schering Pharma AG Berlin, Nemčija 18.11. 2009-19.11. 2010 8. Proučevanje inhibitornih lastnosti progestinov (T.L. Rizner): Solvay Pharmaceuticals, Hannover, Nemčija 11.11. 2008- 10.11.2009 15.Ocena tehnološke zrelosti rezultatov programa in možnosti za njihovo implementacijo v praksi (točka ni namenjena raziskovalnim programom s področij humanističnih ved)17 SLO Številna področja našega raziskovanja so zelo zanimiva za farmacevtsko industrijo. Na to kaže osem že zaključenih industrijskih projektov in 6 prijavljenih patentov. Tudi dostavni peptidi so tehnološko zanimivi za farmacevtsko industrijo, patenti so v pripravi. Farmakogenetika se v svetu že uveljavlja tudi v klinični praksi. Določanje polimorfizmov metabolnih genov bi lahko pomagalo bolj zgodaj prepoznati bolnike, ki imajo večje tveganje za pojav neželenih učinkov zdarvil in s tem pripomoglo k bolj učinkovitemu zdravljenju. Metodologija že zrela za prenos v klinično prakso, v okviru mednarodnega konzorcija za klinično implementacijo farmakogenetike, v katerem sodelujemo, smo za nekatera zdravila že pripravili smernice za prilagoditev zdravljenja, vendar pa se je potrebno dogovoriti, kdo bo plačnik takšnih storitev. Laboratorij za farmakogenetiko ima potenciale, da bi lahko prerastel v novo strokovno in tržno dejavnost v okviru Medicinske fakultete. Za takšno dejavnost pa bo potrebna ustrezna infrastruktura in zagonska sredstva za ustrezno opremo, materialna sredstva in za registracijo in certifikacijo laboratorija. Potreben bi bil tudi dodaten visoko usposobljen strokovni kader. 16.Ocenite, ali bi doseženi rezultati v okviru programa lahko vodili do ustanovitve spin-off podjetja, kolikšen finančni vložek bi zahteval ta korak ter kakšno infrastrukturo in opremo bi potrebovali možnost ustanovitve spin-off podjetja DA NE potrebni finančni vložek ocena potrebne infrastrukture in opreme18 17.Izjemni dosežek v 201319 17.1. Izjemni znanstveni dosežek Ekstremno halotolerantna gliva Hortaea werneckii je pomemben model za proučevanje mehanizmov tolerance za sol pri eukariontih, razumevanje kompleksne ekologije pa razkriva tudi vlogo pri patogenezi tinea nigre. Razrešili smo genom seva H. werneckii iz hiperslanih voda Sečoveljskih solin. Genom obsega 51.6 Mb in je večji od genomov večine filogenetsko sorodnih gliv. Večina genov je prisotna v dveh zelo podobnih kopijah, ki kodirajo dvakrat več proteinov kot običajno (23333). Velika genetska redudanca in pomnožitve genov za kationske prenašalce tekom evolucije sta najverjetneje povezani s halotolerantnostjo.To predstavlja velik biotehnološki potencial za izboljšavo odpornosti na sol pri neodpornih industrijsko pomembnih vrstah. Proučevanje tolerance H. werneckii ne bo le doprineslo k razumevanju življenja v hiperslanih okoljih, ampak bo identificiralo tudi pomembne tarče za izboljšave ekonomsko pomembnih rastlin in mikroorganizmov. 17.2. Izjemni družbeno-ekonomski dosežek Članica programske skupine je bila vabljena gostujoča urednica dveh posebnih izdaj revije The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology (IF2012 3,984): „Special Issue on Steroids and Microorganisms" (2012) in „2nd Congress on Steroid Research" (2013) ter gostujoča urednica posebne izdaje revije Chemico Biological Interactions (IF2012 2,967), „Enzymology and Molecular Biology of Carbonyl Metabolism 16" (2013). S svojim uredniškim delom ter s sodelovanjem s farmacevtsko industrijo je prispevala k prepoznavnosti in aplikativnemu razvoju raziskovalnega področja. Vodi Laboratorij za proučevanje molekularnih osnov in biokemijskih označevalcev hormonsko odvisnih bolezni, edini laboratorij v Sloveniji, ki proučuje diagnostične označevalce hormonsko odvisnih bolezni. Čeprav ta deluje šele drugo leto, so v sodelovanju z University of Berne in Helmholtz Zentrum Munchen že našli nove označevalce endometrioze, ti rezultati pa so vodili tudi v patentno prijavo (WO 20137178794 A1). C. IZJAVE Podpisani izjavljam/o, da: • so vsi podatki, ki jih navajamo v poročilu, resnični in točni • se strinjamo z obdelavo podatkov v skladu z zakonodajo o varstvu osebnih podatkov za potrebe ocenjevanja in obdelavo teh podatkov za evidence ARRS • so vsi podatki v obrazcu v elektronski obliki identični podatkom v obrazcu v papirnati obliki • so z vsebino poročila seznanjeni in se strinjajo vsi izvajalci raziskovalnega programa Podpisi: zastopnik oz. pooblaščena oseba JRO . vodja raziskovalnega programa: in/ali RO s koncesijo: i Univerza v Ljubljani, Medicinska Vita Dolžan fakulteta ŽIG Kraj in datum: Ljubljana, |14.4.2014 Oznaka prijave: ARRS-RPROG-ZP-2014/63 1 Napišite povzetek raziskovalnega programa v slovenskem jeziku (največ 3.000 znakov vključno s presledki -približno pol strani, velikost pisave 11) in angleškem jeziku (največ 3.000 znakov vključno s presledki - približno pol strani, velikost pisave 11). Nazaj 2 Napišite kratko vsebinsko poročilo, v katerem predstavite raziskovalno hipotezo in opis raziskovanja. Navedite ključne ugotovitve, znanstvena spoznanja, rezultate in učinke raziskovalnega programa in njihovo uporabo ter sodelovanje s tujimi partnerji. Največ 12.000 znakov vključno s presledki (približno dve strani, velikosti pisave 11). Nazaj 3 Realizacija raziskovalne hipoteze. Največ 3.000 znakov vključno s presledki (približno pol strani, velikosti pisave 11). Nazaj 4 V primeru bistvenih odstopanj in sprememb od predvidenega programa dela raziskovalnega programa, kot je bil zapisan v predlogu raziskovalnega programa oziroma v primeru sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave programske skupine v zadnjem letu izvajanja raziskovalnega programa, napišite obrazložitev. V primeru, da sprememb ni bilo, to navedite. Največ 6.000 znakov vključno s presledki (približno ena stran, velikosti pisave 11). Nazaj 5 Navedite znanstvene dosežke (največ pet), ki so nastali v okviru tega programa. Raziskovalni dosežek iz obdobja izvajanja programa (do oddaje zaključnega poročila) vpišete tako, da izpolnite COBISS kodo dosežka - sistem nato sam izpolni naslov objave, naziv, IF in srednjo vrednost revije, naziv FOS področja ter podatek, ali je dosežek uvrščen v A'' ali A'. Nazaj 6 Navedite družbeno-ekonomske dosežke (največ pet), ki so nastali v okviru tega programa. Družbeno-ekonomski dosežek iz obdobja izvajanja programa (do oddaje zaključnega poročila) vpišete tako, da izpolnite COBISS kodo dosežka - sistem nato sam izpolni naslov objave, naziv, IF in srednjo vrednost revije, naziv FOS področja ter podatek, ali je dosežek uvrščen v A'' ali A'. Družbeno-ekonomski dosežek je po svoji strukturi drugačen kot znanstveni dosežek. Povzetek znanstvenega dosežka je praviloma povzetek bibliografske enote (članka, knjige), v kateri je dosežek objavljen. Povzetek družbeno-ekonomskega dosežka praviloma ni povzetek bibliografske enote, ki ta dosežek dokumentira, ker je dosežek sklop več rezultatov raziskovanja, ki je lahko dokumentiran v različnih bibliografskih enotah. COBISS ID zato ni enoznačen, izjemoma pa ga lahko tudi ni (npr. prehod mlajših sodelavcev v gospodarstvo na pomembnih raziskovalnih nalogah, ali ustanovitev podjetja kot rezultat programa ... - v obeh primerih ni COBISS ID). Nazaj 7 Navedite rezultate raziskovalnega programa iz obdobja izvajanja programa (do oddaje zaključnega poročila) v primeru, da katerega od rezultatov ni mogoče navesti v točkah 6 in 7 (npr. ker se ga v sistemu COBISS ne vodi). Največ 2.000 znakov vključno s presledki (približno 1/3 strani, velikost pisave 11). Nazaj 8 Pomen raziskovalnih rezultatov za razvoj znanosti in za razvoj Slovenije bo objavljen na spletni strani: http://sicris.izum.si/ za posamezen program, ki je predmet poročanja. Nazaj 9 Največ 4.000 znakov vključno s presledki. Nazaj 10 Največ 4.000 znakov vključno s presledki. Nazaj 11 Upoštevajo se le tiste diplome, magisteriji znanosti in doktorati znanosti (zaključene/i v obdobju 1. 1. 2009 - 31. 12. 2013), pri katerih so kot mentorji sodelovali člani programske skupine. Nazaj 12 Vpišite število opravljenih diplom v času trajanja raziskovalnega programa glede na vrsto usposabljanja. Nazaj 13 Vpišite šifro raziskovalca in/ali ime in priimek osebe, ki je v času trajanja raziskovalnega programa pridobila naziv magister znanosti in/ali doktor znanosti ter označite doseženo izobrazbo. V primeru, da se je oseba usposabljala po programu Mladi raziskovalci, označite MR. Nazaj 14 Za mlade raziskovalce, ki ste jih navedli v tabeli 11.2. točke (usposabljanje so uspešno zaključili v obdobju od 1. 1. 2009 do 31. 12. 2013), ustrezno označite, kje so se zaposlili po zaključenem usposabljanju. Nazaj 15 Navedite naslove projektov in ime člana programske skupine, ki je bil vodja/koordinator navedenega projekta. Točko izpolnijo tudi izvajalci raziskovalnega programa, prejemniki sredstev iz naslova dodatnega letnega sofinanciranja raziskovalnega programa zaradi mednarodnega sodelovanja (sodelovanja v projektih okvirnih programov Evropske unije). Izvajalec, ki je na podlagi pogodbe prejel sredstva iz navedenega naslova, vsebinsko opiše porabo prejetih sredstev za financiranje stroškov blaga in storitev ter amortizacije, nastalih pri izvajanju tega raziskovalnega programa. V primeru, da so bili v okviru raziskovalnega programa prejemniki sredstev različni izvajalci, vsak pripravi vsebinsko poročilo za svoj delež pogodbenih sredstev. Vodja raziskovalnega programa poskrbi, da je vsebinsko poročilo, ločeno za vsakega izvajalca, vključeno v navedeno točko poročila. Največ 6.000 znakov vključno s presledki (približno ena stran, velikosti pisave 11). Nazaj 16 Navedite naslove projektov, ki ne sodijo v okvir financiranja ARRS (npr: industrijski projekti, projekti za druge naročnike, državno upravo, občine idr.) in ime člana programske skupine, ki je bil vodja/koordinator navedenega projekta. Največ 3.000 znakov vključno s presledki (približno pol strani, velikosti pisave 11). Nazaj 17 Opišite možnosti za uporabo rezultatov v praksi. Opišite izdelke oziroma tehnologijo in potencialne trge oziroma tržne niše, v katere sodijo. Ocenite dodano vrednost izdelkov, katerih osnova je znanje, razvito v okviru programa oziroma dodano vrednost na zaposlenega, če jo je mogoče oceniti (npr. v primerih, ko je rezultat izboljšava obstoječih tehnologij oziroma izdelkov). Največ 3.000 znakov vključno s presledki (približno pol strani, velikosti pisave 11). Nazaj 18 Največ 1.000 znakov vključno s presledki (približno 1/6 strani, velikost pisave 11) Nazaj 19 Navedite en izjemni znanstveni dosežek in/ali en izjemni družbeno-ekonomski dosežek raziskovalnega programa v letu 2013 (največ 1000 znakov, vključno s presledki, velikost pisave 11). Za dosežek pripravite diapozitiv, ki vsebuje sliko ali drugo slikovno gradivo v zvezi z izjemnim dosežkom (velikost pisave najmanj 16, približno pol strani) in opis izjemnega dosežka (velikost pisave 12, približno pol strani). Diapozitiv/-a priložite kot priponko/-i k temu poročilu. Vzorec diapozitiva je objavljen na spletni strani ARRS http://www.arrs.gov.si/sl/gradivo/, predstavitve dosežkov za pretekla leta pa so objavljena na spletni strani http://www.arrs.gov.si/sl/analize/dosez/. Nazaj Obrazec: ARRS-RPROG-ZP/2014 v1.00a D0-96-F6-15-AD-82-3B-B4-CC-F8-52-B3-F9-FE-9C-28-67-E7-CF-67 Priloga 1 BIOKEMIJA IN MOLEKULARNA BIOLOGIJA - P1-0170 Dosežek 1: Sekvenciran prvi genom ekstremno halotolerantne glive Hortaea werneckii iz Sečoveljskih solin Vir: PLoS ONE 8(8): e71328. doi:10.1371/journal.pone.0071328 OPEN © ACCESS Freely available online '.<3>'PLOS IONE Whole Genome Duplication and Enrichment of Metal Cation Transporters Revealed by De Novo Genome // \ y Sequencing of Extremely Halotolerant Black Yeast \ / Hortaea werneckii / Metka Lenassi1'2*1, Cene Gostinca!"2'31, Shaun Jackman4, Martina Turk3, Ivan Sadowski5, Corey Nislow6, Ekstremno halotolerantna gliva Hortaea werneckii je pomemben model za proučevanje mehanizmov tolerance za sol pri eukariontih, razumevanje kompleksne ekologije pa razkriva tudi vlogo pri patogenezi tinea nigre. Razrešili smo genom seva H. werneckii iz hiperslanih voda Sečoveljskih solin. Genom obsega 51.6 Mb in je večji od genomov večine filogenetsko sorodnih gliv. Večina genov je prisotna v dveh zelo podobnih kopijah, ki kodirajo dvakrat več proteinov kot običajno (23333). Velika genetska redudanca in pomnožitve genov za kationske prenašalce tekom evolucije sta najverjetneje povezani s halotolerantnostjo.To predstavlja velik biotehnološki potencial za izboljšavo odpornosti na sol pri neodpornih industrijsko pomembnih vrstah. Proučevanje tolerance H. werneckii ne bo le doprineslo k razumevanju življenja v hiperslanih okoljih, ampak bo identificiralo tudi pomembne tarče za izboljšave ekonomsko pomembnih rastlin in mikroorganizmov. BIOKEMIJA IN MOLEKULARNA BIOLOGIJA Achievement 1: Genome sequencing of the first extremely halotolerant fungus Hortaea werneckii from Sečovelje solar salterns Vir: PLoS ONE 8(8): e71328. doi:10.1371/journal.pone.0071328 OPEN 9 ACCESS Freely available online PLOS I Whole Genome Duplication and Enrichment of Metal Cation Transporters Revealed by De Novo Genome Sequencing of Extremely Halotolerant Black Yeast Hortaea werneckii Metka Lenassi1,2*', Cene Gostiriear2'3"', Shaun Jaekman4, Martina Turk3, Ivan Sadowskis, Corey Nislowe, Steven Jones4, Inane Birol4, Nina Gunde Cimerman2,3, Ana Plemenitaš1 Extremely halotolerant Hortaea werneckii is one of the fungal species that are able to thrive in environments with high concentrations of salt. It is an important model for studying the mechanisms of eukaryotic salt tolerance, and understanding the complex ecology also sheds some light on the role in human pathogenesis (H. werneckii is a causative agent of the superficial human skin infection tinea nigra). To investigate this unusual phenotype we obtained a draft genomic sequence of a H. werneckii strain isolated from hypersaline water of the Sečovlje solar salterns. Two of its most striking characteristics that may be associated with a halotolerant lifestyle are the large genetic redundancy and the expansion of genes encoding metal cation transporters. The total assembly size of the genome is 51.6 Mb, larger than most phylogenetically related fungi, coding for almost twice the usual number of predicted genes (23333). The genome contains two highly identical gene copies of almost every protein. The analysis of predicted metal cation transporters showed that most types of transporters experienced several gene duplications at various points during their evolution. The resulting diversity of transporters presents interesting biotechnological opportunities for improvement of halotolerance of saltsensitive species. Studying the extreme halotolerance of H. werneckii will not only contribute to our understanding of life in hypersaline environments, but should also identify targets for improving the salt and osmotolerance of economically important plants and microorganisms. Priloga 2 NARAVOSLOVNO MATEMATIČNE VEDE 1.05 Biokemija in molekularna biologija P1-0170 Dosežek: Gostujoče uredništvo Vir: J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 2012, 129, 1-2 in 2013, 137, 2-174; Chem. Biol. Interact. 2013, 202, 1-3 Članica programske skupine je bila vabljena gostujoča urednica dveh posebnih izdaj revije The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology (IF2012 3,984): „Special Issue on Steroids and Microorganisms" (2012) in „2nd Congress on Steroid Research" (2013) ter gostujoča urednica posebne izdaje revije Chemico Biological Interactions (IF2012 2,967), „Enzymology and Molecular Biology of Carbonyl Metabolism 16" (2013). S svojim uredniškim delom ter s sodelovanjem s farmacevtsko industrijo je prispevala k prepoznavnosti in aplikativnemu razvoju raziskovalnega področja. Vodi Laboratorij za proučevanje molekularnih osnov in biokemijskih označevalcev hormonsko odvisnih bolezni, edini laboratorij v Sloveniji, ki proučuje diagnostične označevalce hormonsko odvisnih bolezni. Čeprav ta deluje šele drugo leto, so v sodelovanju z University of Berne in Helmholtz Zentrum München že našli nove označevalce endometrioze, ti rezultati pa so vodili tudi v patentno prijavo (WO 20137178794 A1).