Oznaka poročila: ARRS-RPROG-ZP-2014/18 ZAKLJUČNO POROČILO O REZULTATIH RAZISKOVALNEGA PROGRAMA A. PODATKI O RAZISKOVALNEM PROGRAMU 1.Osnovni podatki o raziskovalnem programu Šifra programa P3-0067 Naslov programa Farmakologija in farmakogenomika Vodja programa 8095 Mojca Kržan Obseg raziskovalnih ur 17000 Cenovni razred B Trajanje programa 01.2009 - 12.2013 Izvajalci raziskovalnega programa (javne raziskovalne organizacije - JRO in/ali RO s koncesijo) 381 Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta 2334 UNIVERZA V MARIBORU, Medicinska fakulteta Raziskovalno področje po šifrantu ARRS 3 MEDICINA 3.03 Nevrobiologija Družbenoekonomski cilj 07. Zdravje Raziskovalno področje po šifrantu FOS 3 Medicinske vede 3.01 Temeljna medicina B. REZULTATI IN DOSEŽKI RAZISKOVALNEGA PROGRAMA 2.Povzetek raziskovalnega programa1 SLO V raziskovalnem programu P3-067: Farmakologija in farmakogenomika smo nadaljevali s preučevanjem mest delovanja zdravil (predvsem histaminskih receptorjev in proteinov, ki sodelujejo pri (ponovnem) privzemu fizioloških mediatorjev - bilitranslokaze in prenašalcev OCT in PMAT, encimov npr. SSAO); signalnih poti in do sedaj neustrezno ovrednotenih odnosov med koncentracijo in toksičnim učinkom zdravil (atropina in skopolamina); ter citotoksičnim delovanjem etanola, acetaldehida in staurosporina. Povzela bi najpomembnejše zaključke raziskav: - V patogenezi kronične bolečine igra pomembno vlogo medsebojni vpliv imunskega sistema in celic glije; - Alkohol, staurosporin in acetaldehid pospešujejo apoptotične procese v glialnih celicah; - Histamin nima lastnega prenašalnega proteina; privzem histamina v astrocite in endotelne celice umbilikalne vene poteka predvsem preko nizko-afinitetnih transporterjev z veliko kapaciteto prenosa (OCT in PMAT); izražanje le teh se spreminja s starostjo poskusne živali in preučevano regijo v osrednjem živčevju; - Antidepresivi se vežejo nam membrano mastocitov, in preko spremenjene znotrajcelične koncentracije kalcijevih ionov inhibirajo sekrecijo aminov iz mastocitov; - Encim amino-oksidaza občutljiva na semikarbazid (SSAO) je prisoten v številnih tkivih v organizmu, vendar ni pričakovano mesto delovanja metformina; - Raziskave toksičnosti alkaloidov volčje češnje (atropina in skopolamina) so pokazale, da se toksični učinki omenjenih alkaloidov pojavijo pri bistveno nižjih koncentracijah kot so referenčne vrednosti za prisotnost teh dveh alkaloidov v hrani. Kritični toksični učinek predstavlja vpliv muskarinskih antagonistov na srčno frekvenco. - Flavonoidi, ki so prisotni v prehrani, že v zelo nizkih odmerkih delujejo protektivno na srčno-žilni sistem. Rezultati raziskav so le delno odgovorili na zastavljena vprašanja, zato bomo večino raziskav nadaljevali v okviru programa P3-067 Farmakologija in farmakogenomika od leta 2014 do 2017. Pri prijavi raziskovalnega programa leta 2008 smo raziskovalno delo razširili s farmakogenomiko. V tem delu je mariborska skupina raziskala izražanje genov, ki lahko vplivajo na izbiro zdravila in uspešnost zdravljenja kronične vnetne črevesne bolezni, celiakije in sklerozirajočega holangitisa. Najpomembnejša ugotovitev raziskav je, da je kronična vnetna črevesna bolezen povezana z izražanjem številnih genov v prebavilih. Izražanje 30 genov se pojavlja le pri bolnikih s crohnovo boleznijo in 23 genov pa pri bolnih z z ulceroznim kolitisom, medtem ko se 110 genov izraža pri obeh podtipih kronične vnetne črevesne bolezni. ANG The research programme P3- 067: Pharmacology and pharmacogenomics contained the research of: sites of drug actions (especially receptors and proteins involved in the (re) uptake of physiological mediators - bilitranslocase and organic cation transporters (OCT) and plasma membrane amine transporter (PMAT), enzymes semicarbazide-sensitive amino-oxidase (SSAO); signalling pathways and so far inadequately evaluated relationship between concentration and drug toxicity (in particular atropine and scopolamine); and cytotoxic action of ethanol, acetaldehyde and staurosporine on glial cells . The main conclusions of the research are summarized as: - The interaction between immune system and glial cells plays an important role in the pathogenesis of chronic pain; - EThanol, staurosporine and acetaldehyde promote apoptotic processes in glial cells; - Histamine is not taken up by selective histamine transporter protein; uptake of histamine in astrocytes and umbilical vein endothelial cells is mediated primarily via low - affinity transporter with high-capacity transmission (OCT and PMAT); the expression of these entities varies with age of animal and central nervous system region studied; - Antidepressants bind to a membrane of mast cells, and thus induce changes in the intracellular calcium ion concentrations by which they inhibit the secretion of amines from mast cells; - Enzyme semicarbazide-sensitive amino - oxidase (SSAO) is present in many tissues within the body, but does not represent the expected site of metformin action; - Research on the toxicity of belladonna alkaloids (atropine and scopolamine ) have shown that the toxicity of these alkaloids occurs at significantly lower concentrations than the reference value for the presence of these alkaloids in food. Critical toxic effect represents the action of muscarinic antagonists on the heart rate. - Flavonoids, present in the diet, showed protective action on the cardiovascular system in very low doses (concentrations). The results of the research gave only a partial answer to the questions we would like to clarify, so most of the research will be continued under the P3- 067 Pharmcology and pharmacogenomics from 2014 to 2017. In the report of the research program in 2008 , we expanded the research pharmacogenomics . In this part of the Maribor team investigated the expression of genes that may influence the choice of drugs and the treatment success rate of chronic inflammatory bowel disease , celiac disease and sclerosing cholangitis . The most important finding of the studies , the inflammatory bowel disease is associated with the expression of numerous genes in the gastrointestinal tract . Expression of the 30 genes are found only in patients with Crohn's disease and 23 genes in diseased but zz ulcerative colitis , while 110 genes expressed in both subtypes of chronic inflammatory bowel disease . 3.Poročilo o realizaciji predloženega programa dela na raziskovalnem programu2 SLO Raziskava 1. Farmakološka modulacija imunskega odziva in apoptotičnih procesov v astrocitih. Nadaljevali smo s proučevanjem mehanizmov interakcij histamina in nekaterih protivnetnih citokinov na primarnih kulturah astrocitov možganske skorje podgane; citotoksičnim delovanjem etanola in acetaldehida na astrocite možganske skorje (Arh Hig Rada Toksikol 2009; Hum Exp Toxicol, 2011, Acta Medico-Biotecnica 2012) ter citotoksičnim delovanjem staurosporina na astrocite (Radiol Oncol 2012; Drug Chem toxicol 2012. V bilateralnem programu z Bolgarijo smo razširili raziskave na vlogo histamina pri kronični bolečini (Mediat Inflamm 2013 in Biotechnol Biotechnol Equip 2013). Raziskava 2. Pomen astrocitov pri inaktivaciji histamina. Ugotvili smo, da je privzem histamina aktiven, nasitljiv, časovno in koncentracijsko odvisen proces (J Mol Model 2010),odvisen od starosti poskusne živali (Inflam Res 2009 in Neurochem Int 2012) ter možganske regije iz katere izhajajao astrociti (Neurochem Res 2013). Izražanje nizkoafinitetnih transporterjev je tako kot izražanje podtipov serotoninskih receptorjev gensko pogojeno (Perid Biol 2009) ter odvisno od starosti poskusne živali in možganske regije. Raziskava 3. Vloga in odziv vaskularnega sistema pri nekaterih fizioloških in patoloških stimulih. Preučuli smo vpliv razmer značilnh za transport histamina v HUVEC s pomočjo hOCT3 in/ali hPMAT (nekaterih ionov, pH, prisotnost monoaminov in hormonov). Privzem poteka preko več mehanizmov na katere vpliva prisotnost seruma in eksogene diaminooksidaze. Pri preučevanju čebeljega strupa smo ugotovili, da melitin povzroči relaksacijo koronarne arterije, pri višjih koncentracijah pa kontrakcijo Ugotovili smo časovno-odvisen citotoksičen učinek melitina na HUVEC. Ker so HUVEC adherentna celična kultura smo ugotovili, da priprava celične suspenzije vpliva na rezultat. Raziskava 4. Vpliv psihoaktivnih snovi na histaminski sistem. Z dodatkom radioaktivnega substrata in merjenjem nastalega produkta smo določili aktivnost encima SSAO v štirinajstih različnih tkivih morskega prašička. Ugotovili smo, da se encim SSAO pojavlja v skoraj vseh preiskovanih tkivih. V največji meri je bil prisoten v gastrointestinalnem traktu in parenhimskih organih, kot so jetra, vranica in ledvice. Naši rezultati so tudi pokazali, da peroralni hipoglikemik metformin ne spremeni aktivnosti tega encima v razmerah in vitro. Raziskava 5. Mehanizmi sproščanja histamina iz mastocitov peritonealne votline podgane. Na izoliranih mastocitih podgane triciklični antidepresivi in selektivni inhibitorji privzema serotonina zavrejo proces sproščanja histamina in serotonina, ki ga povzročimo s spojino 48/80. Inhibitorni učinek antidepresivov je manj izražen ob prisotnosti tapsigargina, ki vpliva na znotrajcelično prosto koncentracijo kalcijevih ionov. Iz dobljenih rezultatov lahko sklepamo, da je inhibitorni učinek antidepresivov posledica njihove interakcije s kalcijevimi ioni vezanimi na mastocitni membrani. Vezava antidepresivov na površino mastocitne membrane lahko spremeni intracelularno koncentracijo prostih kalcijevih ionov in tako vpliva na sekrecijo aminov iz mastocitov (Mediat Inflamm 2013). Raziskava 6.Raziskave snovi, ki delujejo na želodčno sekrecijo. Ker so zaviralci protonske črpalke izpodrinili rabo antagonistov histaminskih receptorjev H2, smo raziskave usmerili v preučevaje toksikoloških lastnosti antagonistov muskarinskih receptorjev. Opisali smo učinke akutne zastrupitve (J Appl Toxicol 2012) in oceno tveganja akutne zastrupitve z atrpinom, skopolaminom - kontaminanti v hrani (Food Addit Contam 2012). Raziskava 7 - Antioksidativno delovanje flavonoidov na celičnih modelih in vloga transmembranskega prenašalca bilitranslokaze pri znotrajceličnem antioksidativnem delovanju in pri vazodilataciji izoliranih žil. Raziskali smo mehanizem transmembranskega prehoda cianidin 3-glukozida, ki je pomemben prehranski flavonoid, v endotelijske celice in njegovo znotrajcelično antioksidativno delovanje (Free Radical Biology & Medicine, 2012). Prav tako smo prikazali znotrajcelično antikosidatvno delovanje antocianov, ki so bili izolirani iz borovnic, na različnih celičnih modelih. Raziskava potrdi, da imajo antociani zaščitno delovanje že v nizkih koncentracijah, kar je pomembno iz vidika zdrave prehrane, saj je biološka uporabnost teh snovi zelo nizka. Objavljeno v vodilni reviji iz področja prehranske kemije Food Chemistry (IF=3.65) v letu 2012. Ugotovili smo, da je za znotrajcelično učinkovitost pomembna vloga transmembranskega prenašalca bilitranslokaze (FRBM, 2012), prav tako za vazodilatatorno delovanje antocianov iz borovnic (NMCD, 2012) in bioaktivnih molekul rdečega vina (Food&Function, 2013). V slednji raziskavi smo pokazali tudi vpletenost membranskega prenašalca in znotrajcelično signalno potjo v endoteliju. V toksikološki raziskavi so opisane toksične lastnosti polimerne alkilpiridinijeve soli (polyAPS) izolirane iz vodnega ekstrakta kruhaste spužve (Reniera sarai) na srčnožilni sistem. Objavljeno v toskikološki reviji Toxicon (IF=2.51). Raziskava 8 - Farmakogenetika kronične vnetne črevesne bolezni Metastatistična analiza rezultatov GWA študije z iCHIPom pri slovenskih bolnikih in bolnikih iz 18 drugih populacij vključenih v mednarodno konzorcijsko študijo »International Inflammatory Bowel Disease Genetics Consortium - IIBDGC« (skupno 75000 bolnikov in kontrol) je povezala 163 genskih lokusov s KVČB s statistično značilnostjo (p<1.00E-08), od tegaje bilo potrjenih 92 dosedanjih kandidatnih genov in na novo odkrili 71 genov, ki jih prej nismo povezovali z nastankom kronične vnetne črevesne bolezni. Ugotovljeno je bilo, da je od že omenjenih 163 identificiranih genov 110 takih, ki so povezani z obema podtipoma bolezni, 30 genov pa je povezanih samo s crohnovo boleznijo in 23 samo z ulceroznim kolitisom. Asociacijska analiza pri slovenskih bolnikih s podtipom refraktorne CB je izpostavila polimorfizme v področju genov TNFRSF6B in PTPN22. Analiza z z metodo strojnega učenja na osnovi podpornih vektorjev je pokazala genetski profil sestavljen 59 polimorfizmov SNP, ki najbolj učnkovito definira skupino CB refrakornih bolnikov. 4.Ocena stopnje realizacije programa dela na raziskovalnem programu in zastavljenih raziskovalnih ciljev3 SLO Farmakologija: realizirali smo večino ciljev, ki smo si jih zastavili v prijavi raziskovalnega programa leta 2008. Nekaj raziskav smo razširili (glej Raziskava 6 - raziskave zdravil, ki regulirajo želodčno sekrecijo). Farmakogenetika: V časovnem obdobju 2008-13 smo v celoti realizirali vse zastavljene cilje. Z analizo slovenskih 250 bolnikov s KVČB z iCHIPom smo dosegli glavni cilj projekta, saj smo odkrili večino polimofizmov SNP povezanih s povečanim tveganjem za KVČB. Za polimorfizme, ki so pokazali največjo povezavo s pri slovenskih bolnikih s KVČB smo dodatno preverili preverili v replikacijski študiji pri dodatnih 400 bolnikih, ki so vključeni v našo študijo in biobanko in večino povezav potrdili. Rezultate raziskav smo objavili v 88 znanstvenih člankih.; v kategoriji A" v kategoriji A' v kategorij A2 na kongresih je bilo predstavljeno: 175 prispevkov. 5.Utemeljitev morebitnih sprememb programa raziskovalnega programa oziroma sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave programske skupine4 Do sprememb je prišlo pri izvajanju raziskav 3 in 6: V raziskavalne metode smo vključili pretočno citometrijo, ker smo kupili nov instrument. Zaradi težav z infekcijo HUVEC z mikoplazmo in visoke cene rastnega faktora, smo v raziskavo vključili žilno adhezijsko molekulo-1 (VCAM-1), ki je izražena na HUVEC in igra pomembno vlogo pri razvoju novih žil v onkogenezi. Njeno topno obliko lahko smo določamo v telesnih tekočinah s pretočno citometrijo pri bolnicah za rakom jajčnika. Raziskave zdravil, ki regulirajo izločanje želodčno kislino. Ker so predpisovanje in rabo zdravil, ki zavirajo receptorje H2 nadomestili s predpisovanjem inhibitorjev protonske črpalke, smo raziskave H2 receptorjev v želodcu opustili in se usmerili v toksikološke študije muskarinskih antagonistov, ki lahko zaidejo v hrano. Zaradi odhoda Sonje Rozman in Lovra Stanovnika v pokoj ter odpovedi Simone Rajtar-Osredkar, smo na programu P3-067 Farmakologija in farmakogenomika zaposlili dr. Lovra Žiberno in dr. Tomaža Zupanca. 6.Najpomembnejši znanstveni rezultati programske skupine5 Znanstveni dosežek 1. COBISS ID 512280376 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Genotipizacija genskih regij povezanih s tveganjem za nastanek bolezni imunskega sistema opredeljuje devet novih lokusov kot tveganje za nastanek primarnega sklerozirajočega holangitisa ANG Dense genotyping of immune-related disease regions identifies nine new risk loci for primary sclerosing cholangitis Opis SLO Primarni sklerozirajoči holangitis (PSH) je huda bolezen jeter neznanega izvora, ki vodi do fibroze žolčnih vodov. V končni fazi bolezni je potrebna presaditev jeter. V raziskavi smo primerjali 3789 vzorcev bolnikov evropskega porekla s PSH z 25.079 kontrolnimi vzorci z uporabo Immunochip4. Določili smo 12 novih področij, od teh je 9 na novo določenih, ki so povezani s povečanim tveganjem za nastanek PSH. Vseh področij je zdaj 16. Kljub dejstvu, da je obstajala 27% povezava pojavljanja PSH in kronične vnetne črevesne boezni (KČVB) je 6 od 12 določenih področij pokazalo na bistveno močnejšo povezavo z nastankom PSC kot KVČB, kar kaže na prekrivajočo, a vseeno gentsko ločeno arhitekturo teh dveh boelzni. V nadaljevanju smo analizirali še genetsko sliko 7 bolezni, ki se pojavljajo hkrati s PSH in ugotovil, da obstaja še dodatnih 33plei tropičnih lokusov povezanih s tveganjem za PSH. Te ugotovitve so razširile zemljevid genetskih tveganj za PSH in pojasnile odnos med PSHO in drugimi boleznimi imunskega sistema. ANG Primary sclerosing cholangitis (PSC) is a severe liver disease of unknown etiology leading to fibrotic destruction of the bile ducts and ultimately to the need for liver transplantation. We compared 3,789 PSC cases of European ancestry to 25,079 population controls across 130,422 SNPs genotyped using the Immunochip4. We identified 12 genome-wide significant associations outside the human leukocyte antigen (HLA) complex, 9 of which were new, increasing the number of known PSC risk loci to 16. Despite comorbidity with inflammatory bowel disease (IBD) in 72% of the cases, 6 of the 12 loci showed significantly stronger association with PSC than with IBD, suggesting overlapping yet distinct genetic architectures for these two diseases. We incorporated association statistics from 7 diseases clinically occurring with PSC in the analysis and found suggestive evidence for 33 additional pleiotropic PSC risk loci. Together with network analyses, these findings add to the genetic risk map of PSC and expand on the relationship between PSC and other immune-mediated diseases. Objavljeno v Nature Pub. Co.; Nature genetics; 2013; 79 str.; Impact Factor: 35.209;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 3.702; A'': 1;A': 1; WoS: KM; Avtorji / Authors: Liu Jimmy Z, Mitrovič Mitja, Potočnik Uroš Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 2. COBISS ID 1237883 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Magnetni delci s spremenjeno površino za imunogenetsko zdravljenje raka ANG Surface modified magnetic nanoparticles for immuno-gene therapy of murine mammary adenocarcinoma Opis SLO Princip imuno-genetskega zdravljenja raka temelji na uvedbi nukleinskih kislin, ki kodirajo imunostimulatorne beljakovine npr. interlevkin 12 (IL-12) v somatske celice. S tem se ojači imunski odgovor proti tumorju. Za vnos nukleinskihkislin v celice lahko uporabo manetofekcijo, vnos nukleinskih kislin na magnetne annodelce, ki jih potem izpostavimo zunanjemu magnetnemu polju. V tej raziskavi smo dokazali varnost in učinkovitost nanodelcev SPION-PAA-PEI, ki se jih uporablja kot nosilce za magnetofekcijo tumorjev ter učinkovito protitumorsko aktivnost plazmidne DNA, ki kodira IL-12 in je vezana na nanodelce SPION-PAA-PEI. ANG Cancer immuno-gene therapy is an introduction of nucleic acids encoding immunostimulatory proteins, such as cytokine interleukin 12 (IL-12), into somatic cells to stimulate an immune response against a tumor. Various methods can be used for the introduction of nucleic acids into cells; magnetofection involves binding of nucleic acids to magnetic nanoparticles with subsequent exposure to an external magnetic field. Here we show that surface modified superparamagnetic iron oxide nanoparticles (SPIONs) with a combination of polyacrylic acid (PAA) and polyethylenimine (PEI) (SPIONs-PAA-PEI) proved to be safe and effective for magnetofection of cells and tumors in mice. Magnetofection of cells with plasmid DNA encoding reportergene using SPIONs-PAA-PEI was superior in transfection efficiency to commercially available SPIONs. Magnetofection of murine mammary adenocarcinoma with plasmid DNA encoding IL-12 using SPIONs-PAA-PEI resulted insignificant antitumor effect and could be further refined for cancer immuno-gene therapy. Objavljeno v Butterworth Scientific Limited; Biomaterials; 2012; Vol. 33, iss. 17; str. 4379-4391; Impact Factor: 7.604;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 1.961; A'': 1;A': 1; WoS: IG, QE; Avtorji / Authors: Prijič Sara, Prosen Lara, Čemažar Maja, Ščančar Janez, Romih Rok, Lavrenčak Jaka, Bregar Vladimir Boštjan, Cör Andrej, Kržan Mojca, Žnidaršič Andrej, Serša Gregor Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 3. COBISS ID 512172344 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Odkritje in lokalizacija več skupnih in redkih variant genov povezanih celiakijo s pomočjo gosotne genotipizacije ANG Dense genotyping identifies and localizes multiple common and rare variant association signals in celiac disease Opis SLO S pomočjo genskih variant izvirajočih iz podatkovne baze 1000 genome project in dodatnih podatkov iz resekvenčnih študij smo s pomočjo gostotne gentipizacije določili 183 ne- HLA lokusov povezanih s tveganjem za imunske bolezni pri 12041 posameznikih s celiakijo in 12228 kontrolnimi preiskovanci. Identificirali smo 13 novih lokusov povezanih s tveganjem za celiakijo. S tem se je število za s celiakijo povezanih lokusov povečalo na 40. Na več kot tretjini lokusov smo našli več neodvisnih signalov, kar klahko pripišemo kombinaciji pogostih in redkih genetskih variant. Rezultati, pridobljeni z našo metodo pridobljeni na večjem vzorcu, so bolj natančni, ker je metoda bolj občutljiva. 29 od 54 označenih signalov je lociranih na posameznem genu, v nekaterih primerih pa le na regulatornih elementih gena. Če povzamemo, smo opredeliti kompleksno genetsko strukturo regij, povezanih s tveganjem za celiakijo innaredili pomemben korak pri odkrivanju vzročnih mehanizmov bolezni. ANG Using variants from the 1000 Genomes Project pilot European CEU dataset and data from additional resequencing studies, we densely genotyped 183 non-HLA risk loci previously associated with immune-mediated diseases in 12,041 individuals with celiac disease (cases) and 12,228 controls. We identified 13 new celiac disease risk loci reaching genome-wide significance, bringing the number of known loci (including the HLA locus) to 40. We found multiple independent association signals at over one-third of these loci, a finding that is attributable to a combination of common, low-frequency and rare genetic variants. Compared to previously available data such as those from HapMap3, our dense genotyping in a large sample collection provided a higher resolution of the pattern of linkage disequilibrium and suggested localization of many signals to finer scale regions. In particular, 29 of the 54 fine-mapped signals seemed to be localized to single genes and, in some instances, to gene regulatory elements. Altogether, we define the complex genetic architecture of the risk regions of and refine the risk signals for celiac disease, providing the next step toward uncovering the causal mechanisms of the disease. Objavljeno v Nature Pub. Co.; Nature genetics; 2011; Vol. 43, no. 12; str. 1193-1201; Impact Factor: 35.532;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 3.627; A'': 1;A': 1; WoS: KM; Avtorji / Authors: Trynka Gosia, Mitrovič Mitja Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 4. COBISS ID 15421974 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Globoko resekvenciranje GWAs lokusov odkriva neodvisne redke variante povezane s kronično vnetno črevesno boleznijo ANG Deep resequencing of GWAS loci identifies independent rare variants associated with inflammatory bowel disease Opis SLO V okviru študije smo z metodo sekvenciranje naslednje generacije določili nukleotidno zaporedje 56 genov, ki so se v predhodnih GWAs študijah izkazali najbolj statisično značilno povezani z kronično vnetno črevesno boleznijo (KVČB) in odkrili nove redke mutacije, ki so najverjetneje vzročne za nastanek KVČB in vključujejo gene NOD2/CARD15, IL23R, CARD9, IL18RAP, CUL2, C1orf106, PTPN22 in MUC19. Te redke mutacije smo nato preverili z neodvisno GWA analizo na več kot 12 000 bolnikih z KVČB in več kot 10 000 zdravimi kontrolami. V potrditveni skupini je bilo vključenih tudi 250 slovenskih KVČB bolnikov in 250 slovenskih kontrol. Novo odkrite vzročne mutacije bodo omogočile funkcijske študije in izdelavo napovednih modelov za testiranje genetsko pogojenega tveganja za KVČB. ANG Genome-wide association studies and follow-up meta-analyses in Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC) have recently identified 163 disease-associated loci that meet genome-wide significance for these two inflammatory bowel diseases (IBD). These discoveries have already had a tremendous impact on our understanding of the genetic architecture of these diseases and have directed functional studies that have revealed some of the biological functions that are important to IBD (e.g. autophagy). Nonetheless, these loci can only explain a small proportion of disease variance (~14% in CD and 7.5% in UC), suggesting that not only are additional loci to be found but that the known loci may contain high effect rare risk variants that have gone undetected by GWAS. To test this, we have used a targeted sequencing approach in 200 UC cases and 150 healthy controls (HC), all of French Canadian descent, to study 55 genes in regions associated with UC. We performed follow-up genotyping of 42 rare non-synonymous variants in independent case-control cohorts (totaling 14,435 UC cases and 20,204 HC). Our results confirmed significant association to rare non-synonymous coding variants in both IL23R and CARD9, previously identified from sequencing of CD loci, as well as identified a novel association in RNF186. With the exception of CARD9 (OR = 0.39), the rare non-synonymous variants identified were of moderate effect (OR = 1.49 for RNF186 and OR = 0.79 for IL23R). RNF186 encodes a protein with a RING domain having predicted E3 ubiquitin-protein ligase activity and two transmembrane domains. Importantly, the disease-coding variant is located in the ubiquitin ligase domain. Finally, our results suggest that rare variants in genes identified by genome-wide association in UC are unlikely to contribute significantly to the overall variance for the disease. Rather, these are expected to help focus functional studies of the corresponding disease loci. Objavljeno v Nature Pub. Co.; Nature genetics; 2011; Vol. 43, no. 11; str. 1066-1073; Impact Factor: 35.532;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 3.627; A'': 1;A': 1; WoS: KM; Avtorji/ Authors: Rivas Manuel A, Mitrovič Mitja, Potočnik Uroš Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 5. COBISS ID 512230968 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Interakcija gostiteljskih mikrobov vpliva na genetsko arhitekturo vnetne črevesne bolezni ANG Host-microbe interactions have shaped the genetic architecture of inflammatory bowel disease Opis SLO Izvedli smo asociacijsko študijo v celotnem genomu pri skupno 75000 bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo (KVČB) in kontrolami iz 18 različnih populacij in odkrili skupno 163 genov povezanih z boleznijo, od tega 71 novih genov. Ugotovljeno je bilo, da je od že omenjenih 163 identificiranih genov 110 takih, ki so povezani z obema podtipoma bolezni, 30 genov pa je povezanih samo s crohnovo boleznijo in 23 samo z ulceroznim kolitisom. Mnogi geni povezani s KVČB so povezani tudi z ostalimi kroničnimi imunskimi boleznimi, predvsem z ankilozirajočim spondilitisom in luskavico. Z bioinformatsko analizo molekularno-genetskih mrež vzporednega izražanja in razvrščanja genov v hierarhične skupine po funkcijski podobnosti je študija ugotovila, da je večina genov in bioloških poti, po katerih poteka patogeneza te bolezni, enakih tistim, ki jih celice uporabljajo za odziv na okužbo z mikrobi, kar nakazuje, da so na razvoj genetske nagnjenosti za kronično vnetno črevesno bolezen v preteklosti močno vplivale okužbe z mikrobi. ANG Crohn's disease and ulcerative colitis, the two common forms of inflammatory bowel disease (IBD), affect over 2.5 million people of European ancestry, withrising prevalence in other populations1. Genome-wide association studies and subsequent meta-analyses of these two diseases2, 3 as separate phenotypes have implicated previously unsuspected mechanisms, such as autophagy4, in their pathogenesis and showed that some IBD loci are shared with other inflammatory diseases5. Here we expand on the knowledge of relevant pathways by undertaking a meta-analysis of Crohn's disease and ulcerative colitis genome-wide association scans, followed by extensive validation of significantfindings, with a combined total of more than 75,000 cases and controls. We identify 71 new associations, for a total of 163 IBD loci, that meet genome-wide significance thresholds. Most loci contribute to both phenotypes, and both directional (consistently favouring one allele over the course of human history) and balancing (favouring the retention of both alleles within populations) selection effects are evident. Many IBD loci are also implicated in other immune-mediated disorders, most notably with ankylosing spondylitis and psoriasis. We also observe considerable overlap between susceptibility loci for IBD and mycobacterial infection. Gene co-expression network analysis emphasizes this relationship, with pathways shared between host responses to mycobacteria and those predisposing to IBD. Objavljeno v Nature Publishing Group, a division of Macmillan Publishers; Nature; 2012; Vol. 491, no. 7422; str. 119-124; Impact Factor: 38.597;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 2.514; A'': 1;A': 1; WoS: RO; Avtorji / Authors: Jostins Luke, Mitrovič Mitja, Potočnik Uroš Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 7.Najpomembnejši družbeno-ekonomski rezultati programske skupine6 Družbeno-ekonomski dosežek 1. COBISS ID 71104257 Vir: COBISS.SI 1 Naslov SLO Genetika 2012 ANG Genetics 2012 Opis SLO Uroš Potočnik je bil predsednik organizacijskega odbora 6. kongresa slovenskega genetskega društva in 6. srečanjja slovenskega društva za humano genetiko. Poleg uglednih znanstvenikobv iz tujine se je kongresa se je udeležilo 160 genetikov iz Slovenije. ANG Uroš Potočnik was a president of the organizing committee of the 6th congress of the Slovenian Genetic Society and 6th meeting of the Slovenian Society of Human Genetics. More than 160 slovenian genetesists and distinguished scientiss from abroad have attended this meeting. Šifra B.01 Organizator znanstvenega srečanja Objavljeno v Genetic Society of Slovenia; 2012; 204 str.; Avtorji / Authors: Potočnik Uroš Tipologija 2.25 Druge monografije in druga zaključena dela 2. COBISS ID 3495546 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Zgodba o dopingu ANG The story about doping Opis SLO V radijski oddaji do bili predstavljeni doping, seznam prepovedanih snovi in načini določanja prepovedanih snovi pri športnikih. ANG In the radio broadcast doping, the list of prohibited substances and analytical options were presentes. Šifra F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference) Objavljeno v Radio Slovenija; 2012; 30 min; Avtorji / Authors: Dupona Mojca, Malovrh Tadej, Osredkar Joško, Žiberna Lovro Tipologija 2.19 Radijska ali televizijska oddaja 3. COBISS ID 512259384 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Genetika in zdravljenje Chronove bolezni ANG Genetics and therapy of Crohn disease Opis SLO Predstavitev Crohnove bolezni širši javnosti. ANG Information of general public about Crohn disease. Šifra F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference) Objavljeno v 2012; Avtorji / Authors: Potočnik Uroš Tipologija 2.19 Radijska ali televizijska oddaja 4. COBISS ID 29211609 Vir: COBISS.SI Naslov SLO Astrociti in mehanizmi nastanka kronične bolečine ANG Astrocytes and chronic pain mechanisms Opis SLO V prispevku je bila predstavljena vloga astrocitov pri nastanku kronične bolečine. ANG The role of astrocytes in the chronic pain mechanisms was presented. Šifra B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci Objavljeno v Medicina i fizkultura.; Scripta scientifica medica; 2011; Vol. 43, issue 3; str. 222; Avtorji / Authors: Lipnik-Štangelj Metoda, Surcheva S., Vlaskovska M. Tipologija 1.10 Objavljeni povzetek znanstvenega prispevka na konferenci (vabljeno predavanje) 5. COBISS ID 15127062 |Vir: COBISS.SI Naslov SLO Analiza talilne krivulje z visoko ločljivostjo za hitro in učinkovito gensko tipizacijo mutacij v genu NOD2/CARD15 in porazdelitev teh mutacij slovenskih bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo ANG High-resolution melting curve analysis for high-throughput genotyping of NOD2/CARD15 mutations and distribution of these mutations in Slovenian inflammatory bowel diseases patients Opis SLO Za hitro, zanesljivo in cenovno ugodno genotipizacijo mutacij v najpomembnejšem KVČB genu NOD2/CARD15 smo razvili metodo analize talilne krivulje visoke ločljivosti (ang. HRM za High-resolution melting). S kombinacijo dveh algoritmov za analizo HRM podatkov, »Tm calling« in »gene scanning«, smo določili genotipe za 640 vzorcev in ugotovili 98% skladnost z genotipi v genu NOD2/CARD15, ki so bili določeni z referenčno metodo RFLP na istih vzorcih. ANG Inflammatory bowel diseases (IBD) are usually classified into Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC). NOD2/CARD15 was the first identified CD-susceptibility gene and was confirmed as the most potent disease gene in CD pathogenesis. Three NOD2/CARD15 variants, namely two missense polymorphisms R702W (rs2066844) and G908R (rs2066845), and a frame shift polymorphism L1007fs (rs2066847), were associated with CD in Caucasian populations. High resolution melting analysis (HRMA) with saturation LCGreen dyes was previously reported as a simple, inexpensive, accurate and sensitive method for genotyping and/or scanning of rare variants. For this reasons we used qPCR-HRMA for genotyping NOD2/CARD15 variants in 588 Slovenian IBD patients and 256 healthy controls. PCR-RFLP was used as a reference method for genotyping of clinical samples. The optimization of an HRM experiment required careful design and adjustment of main parameters, such as primer concentration, MgCl_{2} concentration, probe design and template DNA concentration. Different HRMA approaches were tested and used to develop a reliable and low-cost SNP genotyping assays for polymorphisms in NOD2/CARD15 gene. Direct HRMA was the fastest and cheapest HRMA approach for L1007fs and R702W polymorphisms, yet for G908R polymorphism sufficient reliability was achieved after introduction of unlabeled probe. In association analysis, we found statistically significant association of L1007fs (p =0.001, OR=3.011, CI95% = 1.494-6.071) and G908R (p=2.62 * 10^{-4}, OR=14.117, CI95%= 1.884-105.799) polymorphisms with CD patients. At least one of NOD2/CARD15 polymorphisms was found in 78/354 (22.03% (12.69%) in UC patients and in 26/256 (10.15%) in healthy controls. We have successfully implemented NOD2/CARD15 HRMA assays, which may contribute to the development of genetic profiles for risk prediction of developing CD and for differential diagnosis of CD vs. UC. Šifra F.21 Razvoj novih zdravstvenih/diagnostičnih metod/postopkov Objavljeno v Wiley;ASFRA;IOS Press; Disease markers; 2011; Vol. 30, no. 5; str. 265274; Impact Factor: 1.642;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 2.44; WoS: DB, KM, QA, TM; Avtorji / Authors: Mitrovič Mitja, Potočnik Uroš Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek 8.Drugi pomembni rezultati programske skupine7 V poročilu bi izpostavili pomembni mednarodni sodelovanji: - v letu 2012 smo nadaljevali intenzivno sodelovanje v okviru Mednarodnega konzorcija za genetiko kronično vnetne črevesne bolezni (IIBDGC) in mednarodnega projekta Immunochip. Predvsem tesno smo sodelovali s partnerji na Nizozemskem, Department of Medical Genetics and Department of Gastroenterology, University Medical Center Groningen, (Dr. R.K.Weersma) , ki je eden izmed glavnih koordinatorjev konzorcija IIBDGC in projekta iCHIP. V okviru tega sodelovanja je bilo v letu 2012 izvedeno tudi 6 mesečno gostovanje člana naše programske skupine Mitja Mitroviča na sodelujoči instituciji na Nizozemskem, za kar smo pridobili dodatna finančna sredstva. - član programske skupine, mladi raziskovalec Mitja Mitrovič se je po končanem doktorskem usposabljanju pod mentorskim vodstvom prof. Uroša Potočnika kot postdoktorski raziskovalec zaposlil na vrhunski menarodni raziskovalni inštituciji Yale University Medical School, New Heaven, ZDA. 9.Pomen raziskovalnih rezultatov programske skupine8 9.1.Pomen za razvoj znanosti9 SLO Programska skupina povezuje raziskovalce dveh komplementarnih področij - farmakologije in farmakogenomike. Povezava je že in bo omogočila hitrejši razvoj obeh področij. ter posledično hitrejši razvoj novih zdravil, bioloških zdravil, novih diagnostičnih sredstev in načinov zdravljenja. Rezultati predlaganega raziskovalnega programa bodo pojasnili učinke in mehanizme delovanja endogenih in eksogenih preiskovanih snovi: nevrotransmitorjev (npr. histamin), imunomodulatorjev (histamin, citokini) in toksinov (melitin, etanol) na organizem v različnih stanjih ali fizioloških oziroma patofizioloških razmerah. Nekateri od rezultatov bodo pokazali nove možnost uporabe že znanih farmakološko aktivnih substanc v klinični praksi (nesteroidna protivnetna zdravila, psihoaktivna zdravila), drugi na možnost razvoja novih zdravil z določenim, želenim učinkom (nootropiki). Interdisciplinarno povezovanje farmakologije in farmakogenomike predstavlja novo dodano vrednost za učinkovitost in raziskovalne rezultate obeh področij. Precejšen del farmakoloških raziskav je usmerjen v preučevanje mest delovanja zdravil v osrednjem živčevju in zdravil, ki učinkujejo v osrednjem živčevju (psihoaktivna zdravila, nootropiki) , kar je v skladu z evropsko prioriteto raziskav »Brain Research. ANG Research programme group connects researchers two complementary areas - pharmacology and pharmacogenomics . The link has been and will enable faster development of both fields . and consequently faster development of new drugs, biologics , new diagnostic tools and treatments . The results of the research program will explain the effects and mechanisms of action of endogenous and exogenous substances investigated : neurotransmitters (eg, histamine ) , immunomodulators ( histamine , cytokines ) and toxins ( melittin , ethanol) on the human body in various states or physiological or pathophysiological conditions. Some of the results will show new applications of known pharmacologically active substance in clinical practice ( non-steroidal anti-inflammatory drugs , psychotropic medication ) , the other on the possibility of developing new drugs with specific , desired effect ( nootropic ) . Interdisciplinary integration of pharmacology and pharmacogenomics represents a new value-added efficiency and research results in both fields. A significant part of the pharmacological research is focused on studying the sites of drug action in the central nervous system and drugs that affect the central nervous system ( psychotropic medication , nootropic ) , which is in line with European research priority " Brain Research . 9.2.Pomen za razvoj Slovenije10 SLO Farmakologija predstavlja most med temeljnimi biomedicinskimi (molekularno biologijo, biokemijo in fiziologijo) in kliničnimi vejami medicine. Farmakologija se na Univerzi v Ljubljani poučuje na medicinski fakulteti, fakulteti za farmacijo, biotehniški fakuteti, fakulteti za kemijo in kemijsko tehnologijo ter zdravstveni fakulteti. Optimalen pouk predmeta na univerzitetni ravni mora biti podprt z ustreznim bazičnim raziskovanjem. Preučevanje snovi z biološkim učinkom, mest delovanja in učinkom omogoča farmakologom, da znajo prevesti rezultate predkliničnih raziskav v racionalni razvoj in varno uporabo zdravil. Zanje bazične farmakologije je nujno za svetovanje pri registraciji novih zdravil; zato je znanje framakologije nujno za vse, ki sodelujajo v strokovnih komisijah Javne agencije za zdravila in medicinske pripomočke, zdravstvenih zavarovalnic. strokovnih komisijah, ki obravnavajo racionalno rabo zdravil v klinični praksi. V sodobnem svetu pa se ne moremo izogniti zlorabi zdravil v rekreativne namene, zato je znanje farmakologije nujno potrebno tudi pri ugotavljanju zlorabe snovi z biološkim delovanjem v rekreativne namene (doping pri profesionalnih in rekreativnih športnikih, (zlo)raba snovi z nootropičnih učinkom. ANG Pharmacology as a bridge between basic biomedical ( molecular biology , biochemistry and physiology ) and clinical branches of medicine . Pharmacology at the University of Ljubljana teaches at the Faculty of Medicine , Faculty of Pharmacy, Biotechnology Faculties , Faculty of Chemistry and Chemical Engineering and the Faculty of Health Sciences . Optimal instruction course at the university level must be supported by appropriate alkaline survey. The study of substances with similar biological effect , places of operation and effect allows farmakologom to know how to translate the results of preclinical studies in the development of a rational and safe use of medicines. They are basic pharmacology is essential to provide advice on the registration of new drugs , and therefore the knowledge framakologije essential for anyone who sodelujajo specialized commissions of the Public Agency for Medicinal Products and Medical Devices health insurance . expert committees dealing with rational use of drugs in clinical practice . In the modern world , we can not avoid abusing drugs for recreational purposes , so the knowledge of pharmacology is also essential in identifying substance abuse with biological activities for recreational purposes ( doping in professional and recreational athletes ( ab) use of substances with nootropic effect . 10.Zaključena mentorstva članov programske skupine pri vzgoji kadrov v obdobju 1.1.2009-31.12.2013— 10.1. Diplome12 vrsta usposabljanja število diplom bolonjski program - I. stopnja 7 bolonjski program - II. stopnja 35 univerzitetni (stari) program 75 10.2. Magisterij znanosti in doktorat znanosti13 Šifra raziskovalca Ime in priimek Mag. Dr. MR 25783 David Osredkar O 0 0 29467 Katja Perdan Pirkmajer O 0 0 29750 Janez Šimenc o 0 □ 27888 Lucija Šarc o 0 □ 30953 Mitja Mitrovič o 0 □ 33666 Vojko Berce o 0 □ 29429 Katarina Rajapakse 0 O □ Legenda: Mag. - Znanstveni magisterij Dr. - Doktorat znanosti MR - mladi raziskovalec ll.Pretok mladih raziskovalcev - zaposlitev po zaključenem usposabljanju14 Šifra raziskovalca Ime in priimek Mag. Dr. Zaposlitev 25783 David Osredkar o ® D - Javni zavod 29467 Katja Perdan Pirkmajer o ® A - raziskovalni zavodi Legenda zaposlitev: A - visokošolski in javni raziskovalni zavodi B - gospodarstvo C - javna uprava D - družbene dejavnosti E - tujina F - drugo 12.Vključenost raziskovalcev iz podjetij in gostovanje raziskovalcev, podoktorandov ter študentov iz tujine, daljše od enega meseca, v obdobju 1.1.2009-31.12.2013 Šifra raziskovalca Ime in priimek Sodelovanje v programski skupini Število mesecev 33666 Vojko Berce A - 12 29416 Lovro Žiberna D - podoktorand iz tujine ^J 12 Legenda sodelovanja v programski skupini: A - raziskovalec/strokovnjak iz podjetja B - uveljavljeni raziskovalec iz tujine C - študent - doktorand iz tujine D - podoktorand iz tujine 13.Vključevanje v raziskovalne programe Evropske unije in v druge mednarodne raziskovalne in razvojne programe ter drugo mednarodno sodelovanje v obdobju 1.1.2009-31.12.2013 z vsebinsko obrazložitvijo porabe dodeljenih sredstev iz naslova dodatnega letnega sofinanciranja mednarodnega sodelovanja na podlagi pozivov za EU vpetost.15 SLO Lovro Žiberna, ki je trenutno postodoktorski raziskovalec na Oddelku za vede o življenju na Univerzi v Trstu, Italija, je vključen v Trans2care projekt. Trans2care (Transregional Network for Innovation and Technology Transfer to Improve Health Care. je medregijski strateški projekt, financiran iz sredstev EU. Povezava: www.tran2care.eu. 14.Vključenost v projekte za uporabnike, ki v so obdobju trajanja raziskovalnega programa (1. 1. 2009 - 31. 12. 2013), potekali izven financiranja ARRS16 SLO Lovro Žiberna, ki je trenutno postodoktorski raziskovalec na Oddelku za vede o življenju na Univerzi v Trstu, Italija, je vključen v Trans2care projekt. Trans2care (Transregional Network for Innovation and Technology Transfer to Improve Health Care. je medregijski strateški projekt, financiran iz sredstev EU. Povezava: www.tran2care.eu. Simona Rajtar-Osredkar je od marca 2010 članica Upravnega odbora management Committe programa COST: Action BM0806: Recent advances in histamine H4R reserch. Metoda Lipnik-Štangelj je vodja bilateralnega projekta Slovenija-Bolgarija BIBG/1112010: Vloga glije in imunskega sistema pri razvoju in vzdrževanju bolečine (The role of glia andthe immune system in the development and maintenance of chronic pain.) Tomaž Zupanc je vodja bilateralnega projekta Slovenija-Bosna in Hercegovina BI-BA12-13-021: Identifikacija žrtev pobojev v času vojne. Uroš Potočnik vodi in je vključen v raziskovalni projekt SFRH/79804/2011 The endocannabinoid system in asthma patients and the effect of cannabinoids in the modulation of inflammatory response" vir financiranja: Mininstrstvo za zdravstvo portugalske. Mojca Kržan je gostila raziskovalca z Univerze v Trstu Stefana Fornasara; 1. oktober - 31. december 2013. 15.Ocena tehnološke zrelosti rezultatov programa in možnosti za njihovo implementacijo v praksi (točka ni namenjena raziskovalnim programom s področij humanističnih ved)17 SLO Večina raziskav v okviru raziskovalnega program P3-067 je s področja temeljne medicine. Rezultati bodo nekoč lahko olajšali in izboljšali diagnostične postopke in zdravljenje. 16.Ocenite, ali bi doseženi rezultati v okviru programa lahko vodili do ustanovitve spin-off podjetja, kolikšen finančni vložek bi zahteval ta korak ter kakšno infrastrukturo in opremo bi potrebovali možnost ustanovitve spin-off podjetja DA NE potrebni finančni vložek ocena potrebne infrastrukture in opreme18 17.Izjemni dosežek v 201319 17.1. Izjemni znanstveni dosežek Povezave med izražanjem gena ORMDL3, polimorfizmom 17q21 in odgovorom na zdravljenje z ihalacijskimi glukokortikoidi pri otrocih z astmo. V študiji smo dokazali vpliv funkcionalnega polimorfizma SNP rs2872507 v področju gena ORMDL3 na odziv bolnikov z otroško astmo na zdravljenje z inhalacijskimi kortikosteroidi in na izražanje gena ORMDL3. Prisilni volumen izdihanega zraka v 1s se je znatno povečal za 13,3% predvidene vrednosti po terapiji pri bolnikih z atopijsko astmo in genotipom AA, v primerjavi z 7,0% pri heterozigotih AG in 4,9% povečanje pri GG homozigotih (P = 0,0176). BERCE, Vojko, PINTO KOZMUS, Carina, POTOČNIK, Uroš. Association among ORMDL3 gene expression, 17q21 polymorphism and response to treatment with inhaled corticosteroids in children with asthma. Pharmacogenomics journal, ISSN 1470-269X, Dec. 2013, vol. 13, iss. 6. http://www.nature.com/tpj/journal/vaop/ncurrent/full/tpj201236a.html, doi: 10.1038/tpj.2012.36. [COBISS.SI-ID 4406079] 17.2. Izjemni družbeno-ekonomski dosežek Gentski dejavniki tveganja in farmakogenomika kronično vnetne črevesne bolezni Analiza talilne krivulje z visoko ločljivostjo za hitro in učinkovito gensko tipizacijo mutacij v genu NOD2/CARD15 in porazdelitev teh mutacij slovenskih bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo Za hitro, zanesljivo in cenovno ugodno genotipizacijo mutacij v najpomembnejšem KVČB genu NOD2/CARD15 smo razvili metodo analize talilne krivulje visoke ločljivosti (ang. HRM za Highresolution melting). S kombinacijo dveh algoritmov za analizo HRM podatkov, »Tm calling« in »gene scanning«, smo določili genotipe za 640 vzorcev in ugotovili 98% skladnost z genotipi v genu NOD2/CARD15, ki so bili določeni z referenčno metodo RFLP na istih vzorcih. Bibliografska referenca (COBISS.SI-ID): 15127062 F.21 - razvoj novih zdravstvenih/diagnostičnih metod/postopkov C. IZJAVE Podpisani izjavljam/o, da: • so vsi podatki, ki jih navajamo v poročilu, resnični in točni • se strinjamo z obdelavo podatkov v skladu z zakonodajo o varstvu osebnih podatkov za potrebe ocenjevanja in obdelavo teh podatkov za evidence ARRS • so vsi podatki v obrazcu v elektronski obliki identični podatkom v obrazcu v papirnati obliki • so z vsebino poročila seznanjeni in se strinjajo vsi izvajalci raziskovalnega programa Podpisi: zastopnik oz. pooblaščena oseba JRO i vodja raziskovalnega programa: in/ali RO s koncesijo: in Univerza v Ljubljani, Medicinska Mojca Kržan fakulteta ŽIG Kraj in datum: Ljubljana |11.4.2014~ Oznaka prijave: ARRS-RPROG-ZP-2014/18 1 Napišite povzetek raziskovalnega programa v slovenskem jeziku (največ 3.000 znakov vključno s presledki -približno pol strani, velikost pisave 11) in angleškem jeziku (največ 3.000 znakov vključno s presledki - približno pol strani, velikost pisave 11). Nazaj 2 Napišite kratko vsebinsko poročilo, v katerem predstavite raziskovalno hipotezo in opis raziskovanja. Navedite ključne ugotovitve, znanstvena spoznanja, rezultate in učinke raziskovalnega programa in njihovo uporabo ter sodelovanje s tujimi partnerji. Največ 12.000 znakov vključno s presledki (približno dve strani, velikosti pisave 11). Nazaj 3 Realizacija raziskovalne hipoteze. Največ 3.000 znakov vključno s presledki (približno pol strani, velikosti pisave 11). Nazaj 4 V primeru bistvenih odstopanj in sprememb od predvidenega programa dela raziskovalnega programa, kot je bil zapisan v predlogu raziskovalnega programa oziroma v primeru sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave programske skupine v zadnjem letu izvajanja raziskovalnega programa, napišite obrazložitev. V primeru, da sprememb ni bilo, to navedite. Največ 6.000 znakov vključno s presledki (približno ena stran, velikosti pisave 11). Nazaj 5 Navedite znanstvene dosežke (največ pet), ki so nastali v okviru tega programa. Raziskovalni dosežek iz obdobja izvajanja programa (do oddaje zaključnega poročila) vpišete tako, da izpolnite COBISS kodo dosežka - sistem nato sam izpolni naslov objave, naziv, IF in srednjo vrednost revije, naziv FOS področja ter podatek, ali je dosežek uvrščen v A'' ali A'. Nazaj 6 Navedite družbeno-ekonomske dosežke (največ pet), ki so nastali v okviru tega programa. Družbeno-ekonomski dosežek iz obdobja izvajanja programa (do oddaje zaključnega poročila) vpišete tako, da izpolnite COBISS kodo dosežka - sistem nato sam izpolni naslov objave, naziv, IF in srednjo vrednost revije, naziv FOS področja ter podatek, ali je dosežek uvrščen v A'' ali A'. Družbeno-ekonomski dosežek je po svoji strukturi drugačen kot znanstveni dosežek. Povzetek znanstvenega dosežka je praviloma povzetek bibliografske enote (članka, knjige), v kateri je dosežek objavljen. Povzetek družbeno-ekonomskega dosežka praviloma ni povzetek bibliografske enote, ki ta dosežek dokumentira, ker je dosežek sklop več rezultatov raziskovanja, ki je lahko dokumentiran v različnih bibliografskih enotah. COBISS ID zato ni enoznačen, izjemoma pa ga lahko tudi ni (npr. prehod mlajših sodelavcev v gospodarstvo na pomembnih raziskovalnih nalogah, ali ustanovitev podjetja kot rezultat programa ... - v obeh primerih ni COBISS ID). Nazaj 7 Navedite rezultate raziskovalnega programa iz obdobja izvajanja programa (do oddaje zaključnega poročila) v primeru, da katerega od rezultatov ni mogoče navesti v točkah 6 in 7 (npr. ker se ga v sistemu COBISS ne vodi). Največ 2.000 znakov vključno s presledki (približno 1/3 strani, velikost pisave 11). Nazaj 8 Pomen raziskovalnih rezultatov za razvoj znanosti in za razvoj Slovenije bo objavljen na spletni strani: http://sicris.izum.si/ za posamezen program, ki je predmet poročanja. Nazaj 9 Največ 4.000 znakov vključno s presledki. Nazaj 10 Največ 4.000 znakov vključno s presledki. Nazaj 11 Upoštevajo se le tiste diplome, magisteriji znanosti in doktorati znanosti (zaključene/i v obdobju 1. 1. 2009 - 31. 12. 2013), pri katerih so kot mentorji sodelovali člani programske skupine. Nazaj 12 Vpišite število opravljenih diplom v času trajanja raziskovalnega programa glede na vrsto usposabljanja. Nazaj 13 Vpišite šifro raziskovalca in/ali ime in priimek osebe, ki je v času trajanja raziskovalnega programa pridobila naziv magister znanosti in/ali doktor znanosti ter označite doseženo izobrazbo. V primeru, da se je oseba usposabljala po programu Mladi raziskovalci, označite MR. Nazaj 14 Za mlade raziskovalce, ki ste jih navedli v tabeli 11.2. točke (usposabljanje so uspešno zaključili v obdobju od 1. 1. 2009 do 31. 12. 2013), ustrezno označite, kje so se zaposlili po zaključenem usposabljanju. Nazaj 15 Navedite naslove projektov in ime člana programske skupine, ki je bil vodja/koordinator navedenega projekta. Točko izpolnijo tudi izvajalci raziskovalnega programa, prejemniki sredstev iz naslova dodatnega letnega sofinanciranja raziskovalnega programa zaradi mednarodnega sodelovanja (sodelovanja v projektih okvirnih programov Evropske unije). Izvajalec, ki je na podlagi pogodbe prejel sredstva iz navedenega naslova, vsebinsko opiše porabo prejetih sredstev za financiranje stroškov blaga in storitev ter amortizacije, nastalih pri izvajanju tega raziskovalnega programa. V primeru, da so bili v okviru raziskovalnega programa prejemniki sredstev različni izvajalci, vsak pripravi vsebinsko poročilo za svoj delež pogodbenih sredstev. Vodja raziskovalnega programa poskrbi, da je vsebinsko poročilo, ločeno za vsakega izvajalca, vključeno v navedeno točko poročila. Največ 6.000 znakov vključno s presledki (približno ena stran, velikosti pisave 11). Nazaj 16 Navedite naslove projektov, ki ne sodijo v okvir financiranja ARRS (npr: industrijski projekti, projekti za druge naročnike, državno upravo, občine idr.) in ime člana programske skupine, ki je bil vodja/koordinator navedenega projekta. Največ 3.000 znakov vključno s presledki (približno pol strani, velikosti pisave 11). Nazaj 17 Opišite možnosti za uporabo rezultatov v praksi. Opišite izdelke oziroma tehnologijo in potencialne trge oziroma tržne niše, v katere sodijo. Ocenite dodano vrednost izdelkov, katerih osnova je znanje, razvito v okviru programa oziroma dodano vrednost na zaposlenega, če jo je mogoče oceniti (npr. v primerih, ko je rezultat izboljšava obstoječih tehnologij oziroma izdelkov). Največ 3.000 znakov vključno s presledki (približno pol strani, velikosti pisave 11). Nazaj 18 Največ 1.000 znakov vključno s presledki (približno 1/6 strani, velikost pisave 11) Nazaj 19 Navedite en izjemni znanstveni dosežek in/ali en izjemni družbeno-ekonomski dosežek raziskovalnega programa v letu 2013 (največ 1000 znakov, vključno s presledki, velikost pisave 11). Za dosežek pripravite diapozitiv, ki vsebuje sliko ali drugo slikovno gradivo v zvezi z izjemnim dosežkom (velikost pisave najmanj 16, približno pol strani) in opis izjemnega dosežka (velikost pisave 12, približno pol strani). Diapozitiv/-a priložite kot priponko/-i k temu poročilu. Vzorec diapozitiva je objavljen na spletni strani ARRS http://www.arrs.gov.si/sl/gradivo/, predstavitve dosežkov za pretekla leta pa so objavljena na spletni strani http://www.arrs.gov.si/sl/analize/dosez/. Nazaj Obrazec: ARRS-RPR0G-ZP/2014 v1.00a 9F-5B-82-9B-76-1F-90-18-3D-1E-D6-B8-C7-C1-1E-94-A9-25-B9-77