Oznaka poročila: ARRS-RPROJ-ZP-2011-1/41 ZAKLJUČNO POROČILO O REZULTATIH RAZISKOVALNEGA PROJEKTA A. PODATKI O RAZISKOVALNEM PROJEKTU 1. Osnovni podatki o raziskovalnem projektu Šifra projekta Jl-0185 Naslov projekta Proteomska identifikacija izvenceličnih substratov cisteinskih proteaz Vodja projekta 18801 Marko Fonovic Tip projekta J Temeljni projekt Obseg raziskovalnih ur 4.170 Cenovni razred D Trajanje projekta 02.2008 - 01.2011 Nosilna raziskovalna organizacija 106 Institut "Jožef Stefan" Raziskovalne organizacije -soizvajalke Družbenoekonomski cilj 13. Splošni napredek znanja - RiR financiran iz drugih virov (ne iz splošnih univerzitetnih fondov - SUF) . Družbeno-ekonomski cilj1 Šifra 07. Naziv Zdravje 2. Sofinancerji2 1. Naziv Naslov 2. Naziv Naslov 3. Naziv Naslov B. REZULTATI IN DOSEŽKI RAZISKOVALNEGA PROJEKTA 3. Poročilo o realizaciji programa raziskovalnega projekta3 Proteaze imajo pomembno vlogo pri urejanju signalnih poti na celični površini in pri preurejanju izvenceličnega matriksa. Proteine na celični površini lahko aktivirajo, inaktivirajo ali pa kako drugače vplivajo na njihovo delovanje. Cisteinski katepsini so skupina papainu sorodnih cisteinskih proteaz, ki se pri številnih rakastih obolenjih prenesejo na zunanji del celične membrane in v zunajcelični prostor. Tam cepijo membranske proteine in izvencelični matriks, s čimer pripomorejo k napredovanju tumorja. Mikrookolje tumorja poleg tumorskih celic sestavljajo tudi normalne epitelijske celice in imunske celice, vse prisotne celice pa izločajo proteaze in njihove substrate, ki omogočijo napredovanje rakastega tkiva. Do sedaj je bilo znanih le malo izvenceličnih proteinskih substratov katepsinov, zato smo v okviru našega dela izvedli sistematično proteomsko identifikacijo membranskih substratov katepsinov z uporabo masne spektrometrije. Fiziološki pomen odkritih cepitev smo preverili tudi na celičnih in živalskih modelih. Naše delo je bilo razdeljeno v štiri sklope: 1. Tretiranje celic z rekombinantnimi katepsini 2. Identifikacija odcepljenih proteinov z masno spektrometrijo 3. Validacija substratov v celičnih kulturah 4. Detekcija procesiranja substratov v živalskih modelih 1. Tretiranje celic z rekombinantnimi katepsini V naši študiji smo uporabili človeške katepsine B, L in S za katere je znano, da imajo povišano izražanje v tumorjih in da sodelujejo pri procesu tumorigeneze. Omenjeni katepsini so bili pri številnih vrstah raka detektirani tudi v izvencelični obliki. Katepsine smo pridobili v rekombinantni obliki. Človeški katepsin B smo izrazili v bakteriji E. coli, katepsina L in S pa v kvasovki P. pastoris. Katepsine smo izolirali s kromatografskimi metodami in njihovo aktivnost preverili s titracijo aktivnega mesta. Izvencelični katepsini v tumorskem mikrookolju ne izvirajo le iz rakastih celic, ampak tudi iz lokalnih epitelijskih in imunskih celic. V raziskavo smo zato poleg rakastih vključili tudi endotelijske, epitelijske in imunske celice. Celice smo gojili v kulturi in jih po spiranju ločili od podlage z raztopino za disociacijo celic brez encimov (Millipore). Potem smo jih resuspendirali v puferski raztopini, ki je vsebovala 1uM koncentracijo katepsina in jih inkubirali eno uro pri 37°C. Čas inkubacije in koncentracijo katepsina smo predhodno optimizirali. Cepitve s katepsini smo izvajali pri kislem pH (pH=6), ker je pH v okolici tumorja pogosto rahlo kisel. Kasneje smo cepitve testirali tudi pri pH=7 in ugotovili, da so bili identificirani substrati cepljeni tudi pri nevtralnem pH. Po inkubaciji smo supernatant z odcepljenimi peptidi pripravili za analizo z masno spektrometrijo. Kot negativno kontrolo smo uporabili celice tretirane s katepsinom ,ki je bil predhodno inhibiran s splošnim ireverzibilnim inhibitorjem cisteinskih proteaz (E-64). V okviru našega dela smo s katepsini testirali naslednje celične linije: MDA-MB-231 (rak dojke), MCF-7 (rak dojke), HeLa (rak materničnega vratu), CaCo2 (kolorektalni adenokarcinom), T-98 (glioblastom), HT-144 (melanom), SY5Y(neuroblastom), HaCaT (keratinociti) in HL-60 (monociti). 2. Identifikacija odcepljenih proteinov z masno spektrometrijo Supernatant z odcepljenimi peptidi smo denaturirali v prisotnosti uree, reducirali z DTT in alkilirali z jodoacetamidom. Prvotno smo vzorce cepili s tripsinom v raztopini in jih identificirali s tehniko MudPIT LC-MS/MS (Washburn in sod., 2001). Kasneje smo postopek spremenili tako, da smo namesto na dvodimenzionalno kromatografijo vzorce nanesli na SDS-PAGE. Iz akrilamidnega gela smo potem izrezali proteinske lise celotnega vzorca in ga pripravili za analizo z "in gel" razgradnjo s tripsinom. Z uporabo SDS-PAGE gelov smo olajšali tehnično izvedbo eksperimentov, ter zvišali občutljivost detekcije proteinov v vzorcih. Identifikacijo proteinov smo opravili z masnima spektrometroma Agilent MSD Trap XCT Ultra (Agilent, ZDA) in LTQ Orbitrap Velos ETD (Thermo, ZDA). Za iskanje po bazah podatkov smo uporabili programske pakete Spectrum Mill (Agilent, ZDA), Mascot (Matrix Science, VB) in Sequest (Thermo, ZDA), končno statistično evaluacijo rezultatov pa smo opravili s programom Scaffold (Proteome Software, ZDA). V posameznem eksperimentu smo identificirali 400-500 proteinov. Njihovo relativno količino (glede na negativno kontrolo) smo ocenili z metodo spektralnega štetja. Po pričakovanju so v posamezni analizi večino identificiranih proteinov (90%) predstavljali znotrajcelični proteini (citosolni, citoskeletni in jedrni), ki so izhajali iz celic poškodovanih med pripravo vzorca. Pri celicah tretiranih s katepsinoma L in S smo opazili skupino ekstracelularnih domen (ektodomen) membranskih proteinov, ki je bila prisotna izključno v tretiranih vzorcih in ne v negativni kontroli. Ti membranski proteini so bili izbrani za nadaljno delo kot možni substrati katepsinov. Ob uporabi katepsina B teh substratov nismo detektirali. Vsako identifikacijo smo izvedli s tremi biološkimi ponovitvami in vsi identificirani substrati so imeli 100% ponovljivost. Tako smo identificirali 8 substratov, katere lahko razdelimo v dve skupini: - receptorji (TfR1, neuropilin 1, CD44, EphRA2) - adhezijski proteini (ALCAM, NrCAM, CD109, L1CAM) Identificirane substrate v supernatantu celic tretiranih s katepsini smo detektirali tudi imunološko s protitelesi specifičnimi proti ekstracelularnim domenam substratov. Imunološka detekcija je pokazla, da katepsina L in S pri vseh identificiranih substratih cepita segmente ekstracelularnih domen in substratov ne razgrajujeta nespecifično. Pri uporabi katepsina B cepitev ekstracelularnih domen nismo opazili, kar je v skladu z njegovo eksopeptidazno aktivnostjo. Katepsin B zato ne more cepiti posameznih proteinskih domen, lahko jih le razgradi s C-terminalnega konca. Ti eksperimenti kažejo, da podobno kot metaloproteinaze tudi katepsini lahko odcepljajo ekstracelularne domene membranskih proteinov, kar do sedaj se ni bilo opisano v literaturi. Taksna fiziološka aktivnost katepsinov bi lahko pojasnila številna objavljena opažanja o vplivu izvenceličnih katepsinov na fiziologijo celic. Za vse naše identificirane substrate je tudi znano, da sodelujejo pri procesih kancerogeneze. Njihova proteolitska cepitev bi zato lahko bistveno vplivala na nekatere pomembne celične procese. 3. Validacija substratov v celičnih kulturah V naslednji stopnji našega dela smo na celičnih modelih preverili kako prisotnost izvenceličnega katepsina vpliva na fiziologijo celic. Celice smo za kratek čas (10 min) tretirali s rekombinantnimi katepsini B, L in S in spremljali spremembo proliferacije in migracije. Kot negativno kontrolo smo uporabili katepsin inhibiran z inhibitorjem E-64. Pri celični proliferaciji nismo opazili signifikantnih sprememb med tretiranimi celicami in negativno kontrolo. Sprememb nismo opazili pri nobenem izmed treh uporabljenih katepsinov. Popolnoma drugačen rezultat smo dobili pri testih migracije, kjer je prisotnost katepsina bistveno zvišala migracijo celic. Zvišanje koncentracije dodanega katepsina je sorazmerno zvišalo tudi migracijo. Sprememba migracije celic bi lahko bila povezana s cepitvijo CAM proteinov (ALCAM, NrCAM, L1CAM), ki uravnavajo celično adhezijo. To smo potrdili s pomočjo legumaina. Legumain je cisteinska proteaza sorodna katepsinom, ki pa se od njih razlikuje po tem da ima bolj specifičen spekter delovanja. Peptidno verigo lahko cepi le za aspagarinom. S proteomsko in imunološko detekcijo smo pokazali, da legumain ne cepi CAM proteinov, cepi pa nekatere druge substrate (CD44, neuropilin 1, TfR1). S testi migracije celic smo tudi pokazali, da legumain v nasprotju s katepsini ne vpliva na celično migracijo. Naši eksperimenti tako nakazujejo, da katepsini lahko vplivajo na celično migracijo preko cepitev CAM proteinov, kar do sedaj še ni bilo znano. 5. Detekcija procesiranja substratov v živalskih modelih Za in vivo detekcijo cepitev substratov smo uporabili mišji model raka trebušne slinavke Rip1Tag2. Ta model je bil v preteklosti uporabljen za številne študije vloge cisteinskih katepsinov v procesih tumorigeneze, njegova velika prednost pa je, da je na voljo tudi v kombinaiciji z genotipom z izbitimi katepsinskimi geni. Preko sodelave z raziskovalno skupino prof. dr. Johanne Joyce (Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, ZDA) smo dobili Rip1Tag2 tumorje iz WT miši, pa tudi Rip1Tag2 tumorje miši z izbitimi geni za katepsina S in B. Prisotnost cepljenih oblik substratov smo imunološko detektirali v topnem lizatu tumorjev. Cepljene oblike substratov so bile prisotne pri WT tumorjih, ne pa pri catS -/- tumorjih, kar pomeni, da jih katepsin S cepi in vivo. Pri catB -/- tumorjih smo opazili le rahlo zmanjšanje prisotnosti cepljenih substratov. Naši rezultati kažejo, da v tumorskem mikrookolju in vivo dejansko pride do cepitev izvenceličnih domen identificiranih membranskih substratov. Zaključimo lahko, da smo uspešno dokazali našo hipotezo, da katepsini cepijo izvencelične domene (ektodomene) membranskih proteinov in na ta način vplivajo na fiziološke lastnosti celic. Potrdili smo tudi domnevo, da so ti procesi še posebej pomembni pri razvoju raka, kar uvršča ta projekt med visoko kompetitivne raziskave. Z odkritjem novih substratov cisteinskih katepsinov, smo odprli tudi nove možnosti za nadaljne raziskave mehanizmov delovanja njihovih proteolitskih cepitev. 4. Ocena stopnje realizacije zastavljenih raziskovalnih ciljev4 Ocenjujemo, da smo izpolnili zadane raziskovalne cilje. V okviru predlaganega dela je bilo potrebno uvesti številne nove eksperimentalne tehnike, ki v Sloveniji še niso bile uporabljene. Kljub tehnični zahtevnosti je delo večinoma potekalo brez zastojev, določene eksperimentalne težave so se pojavile pri kemijskem označevanju N- in C- terminalnih peptidov. Zaradi tega je bilo potrebno eksperimentalni pristop večkrat modificirati in optimizirati, kar je upočasnilo izvajanje eksperimenta. Zaradi zastoja pri uvajanju te metodologije identifikacija mest cepitev še vedno poteka. Posledično smo se pri uporabi katepsinov omejili predvsem na tiste z endopeptidazno aktivnostjo. Z realizacijo projekta in kvaliteto pridobljenih rezultatov smo izjemno zadovoljni. Znanstveni članek o opravljenem delu je trenutno v pripravi. 5. Utemeljitev morebitnih sprememb programa raziskovalnega projekta oziroma sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave projektne skupine5 V programu raziskovalnega projekta ni bilo bistvenih odstopanj, prav tako ni bilo sprememb v sestavi projektne skupine. 6. Najpomembnejši znanstveni rezultati projektne skupine6 Znanstveni rezultat 1. Naslov SLO Zmanjšanje proliferacije rakastih celic in tvorbe metastaz pri karcinomu mlečne žleze miši brez katepsina B ANG Reduced tumour cell proliferation and delayed development of high-grade mammary carcinomas in cathepsin B-deficient mice. Opis SLO Testirali smo vpliv izbitja gena za katepsin B na razvoj raka pri PyMT mišjem modelu raka. Izbitje katepsina B je znižalo število metastaz in proliferacijo celic karcinoma mlečne žleze. ANG Influence of cathepsin B knockout on cancer progression of PyMT mouse cancer model was tested. It was observed that deletion of cathepsin B reduced metastatic burden and cell proliferation in mammary carcinomas. Objavljeno v Oncogene (Basingstoke), 2008, vol. 27, no. 30, str. 4191-4199. Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 21554983 2. Naslov SLO Nasprotujoča vloga cisteinskih katepsinov pri razvoju raka: apoptoza proti tumorski invaziji. ANG Dual contrasting roles of cysteine cathepsins in cancer progression : apoptosis versus tumour invasion. Opis SLO Pripravili smo pregledni članek v katerem smo predstavili mehanizme preko katerih cisteinski katepsini vplivajo na apoptozo in invazijo tumorskih celiic. ANG This mini review provides an insight into the mechanisms by which cysteine cathepsins modulate apoptosis and participate in tumor invasion. Objavljeno v Biochimie (Paris), 2008, vol. 90, no.2, str. 380-386. Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 21287207 3. Naslov SLO Sinergijski antitumorski vpliv odsotnosti katepsinov B in Z na razvoj raka dojke in tvorbo metastaz v miših. ANG Synergistic antitumor effects of combined cathepsin B and cathepsin Z deficiencies on breast cancer progression and metastasis in mice. Opis SLO Določili smo vpliv odsotnosti katepsinov B in Z na napredovanje raka dojke in tvorbo metastaz. Opazili smo, da odsotnost obeh katepsinov vodi do bistvenega zastoja pri tvorbi tumorjev in zmanjšanja števila metastaz. Odsotnost obeh katepsinov ima tako sinergijski efekt na inhibicijo kancerogeneze. ANG We have studied the effects of cathepsin B and cathepsin Z double knockout on breast cancer progression and methastasis formation was studied. It was found that combined loss of both cathepsins resulted in significant delay of tumor formation and the number of lung methastases. It was concluded, that double deficiency exerts synergistic anticancer effects Objavljeno v Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2010, vol. 107, no. 6, str. 2497-2502. Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 23396391 4. Naslov SLO ANG Opis SLO ANG Objavljeno v Tipologija COBISS.SI-ID 5. Naslov SLO ANG Opis SLO ANG Objavljeno v Tipologija COBISS.SI-ID 7. Najpomembnejši družbeno-ekonomsko relevantni rezultati projektne skupine6 Družbeno-ekonomsko relevantni rezultat 1. Naslov SLO Proteomska identifikacija izvenceličnih substratov cisteinskih proteaz ANG Proteomic identification of extracellular substrates of cysteine proteases Opis SLO Marko Fonovic je kot vabljeni predavatelj predstavil delo na področju proteomske identifikacije novih substratov cisteinskih katepsinov na mednarodni konferenci posvečeni proteomiki. ANG Marko Fonovic was invited to present his work on proteomic identification of novel substrates of cysteine cathepsins on a proteomics conference in Greece. Šifra B.04 Vabljeno predavanje Objavljeno v 1st International Proteomics Conference, 7 October 2010, Crete, Hellas. 2010 3.16 Vabljeno predavanje na konferenci brez natisa Tipologija COBISS.SI-ID 24072999 2. Naslov SLO Shedazna aktivnost cisteinskih katepsinov ANG Sheddase activity of cysteine cathepsins. Opis SLO Marko Fonovič je kot vabljeni predavatelj predstavil delo na področju identifikacije in validacije izvenceličnih membranskih substratov cisteinskih katepsinov. Delo je bilo predstavljeno na uglednem mednarodnem znanstvenem srečanju posvečenemu proteazam. ANG As an invited speaker, Marko Fonovic presented his work on identification and validation of extracellular membrane substrates of cysteine cathepsins. Work was presented on a scientific meeting dedicated to proteases. Šifra B.04 Vabljeno predavanje Objavljeno v XIIth Symposium on Proteases, Inhibitors and Biological Control, Portorož, Slovenia, September 25-29, 2010. Book of abstracts. Ljubljana: Jožef Stefan Institute, 2010, str. 17. Tipologija 1.12 Objavljeni povzetek znanstvenega prispevka na konferenci COBISS.SI-ID 24059687 3. Naslov SLO Biological chemistry. Turk, Boris (član uredniškega odbora 2003-2008, urednik 2008-). ANG Biological chemistry. Turk, Boris (member of editorial board 2003-2008, editor 2008-). Opis SLO Boris Turk je bil član uredniškega odbora od 2003-2008 in je urednik od leta 2008. ANG Boris Turk was a member of editorial board from 2003 to 2008 and is editor from 2008. Šifra C.06 Članstvo v uredniškem odboru Objavljeno v Biological chemistry. Berlin; New York: Walter de Gruyter. ISSN 1431-6730. Tipologija 4.00 Sekundarno avtorstvo COBISS.SI-ID 1541908 4. Naslov SLO XII Simpozij o proteazah, inhibitorjih in biološki kontroli, Portorož, Slovenia, September 25-29, 2010 ANG XIIth Symposium on Proteases, Inhibitors and Biological Control, Portorož, Slovenia, September 25-29, 2010 Opis SLO Boris Turk je bil član organizacijskega odbora simpozija posvečenega proteazam, ki je vsaki dve leti organiziran v Portorožu. Znanstvenega srečanja se redno udeležujejo vrhunski raziskovalci s tega področja. ANG Boris Turk was a member of organizing committee of biannual symposium dedicated to proteases, which is held at Portorož. The meeting ir regularly attended by the most prominent scientists from the field. Šifra B.01 Organizator znanstvenega srečanja Objavljeno v Book of abstracts. Ljubljana: Jožef Stefan Institute, 2010. 130 str. ISBN 978-961-264-022-4. Tipologija 4.00 Sekundarno avtorstvo COBISS.SI-ID 252579328 5. Naslov SLO Current pharmaceutical design. Turk, Boris (gostujoči urednik 2007-) ANG Current pharmaceutical design. Turk, Boris (guest editor 2007-) Opis SLO Boris Turk deluje kot gostujoči urednik revije od leta 2007. ANG Boris Turk is appointed as a guest editor of the journal since the year 2007. Šifra C.03 Vabljeni urednik revije (guest-associated editor) Objavljeno v Current pharmaceutical design. Schiphol: Bentham Science Publishers. ISSN 1381-6128. Tipologija 4.00 Sekundarno avtorstvo COBISS.SI-ID 16094247 8. Drugi pomembni rezultati projetne skupine8 9. Pomen raziskovalnih rezultatov projektne skupine9 9.1. Pomen za razvoj znanosti10 SLO_ Katepsini imajo pomembno vlogo pri procesu razvoja raka. Znano je, da pospešujejo invazijo, proliferacijo, apoptozo in angiogenezo, vendar pa njihovo delovanje na molekularnem nivoju še ni popolnoma razjasnjeno. Opravljena raziskava predstavlja prvo identifikacijo izvenceličnih membranskih substratov cisteinskih katepsinov z uporabo proteomike. Identifikacija novih substratov in njihova validacija v celičnih in živalskih modelih bo omogočila boljše razumevanje fiziološke vloge katepsinov, še posebej pa njihove vloge pri razvoju rakastih obolenj. Pridobljeni rezultati so nam odprli izjemne možnosti za nadaljne mednarodno kompetitivne raziskave na prodročju kancerogeneze. Rezultati tega projekta bodo v oporo tudi drugim raziskavam na našem odseku, v prihodnosti pa bi lahko prispevali tudi k razvoju novih pristopov zdravljenja raka. Proteomika je postala nepogrešljivo orodje v modernih biomedicinskih raziskavah in brez tega znanja bi slovenska znanost zaostala za razvitim svetom. V okviru opravljenega raziskovalnega dela smo pridobili številne izkušnje na področju proteomske analize in uvedli metodologije, katerih do sedaj v Sloveniji še ni bilo. S pridobljenim znanjem bomo prispevali k boljši uveljavitvi proteomike v slovenskem raziskovalnem prostoru, kar bo izboljšalo tudi kvaliteto biomedicinskih raziskav v Sloveniji. ANG_ Cathepsins have been identified as important players in the process of cancer progression. They are known to promote invasion, proliferaton, apoptosis and angiogenesis. Despite that, their exact mode of action on molecular level still remains largely unknown. Research performed within this project was the first large scale proteomic identification of extracellular cathepsin substrates. Identification of those substrates and their validation on cellular and animal models will provide a better understanding of cathepsin physiological function and especially their role in tumor progression. Results obtained in this project have opened numerous possibilities for further competitive research in the field of cancerogenesis. Obtained results will also promote other cancer related projects within our department and could open the way toward new approaches in cancer treatment. Proteomics has became an indispensible tool for advancement of biomedical research in the modern world and without this know-how, Slovenian research would start lagging behind. While working on this project we have expanded our experience in proteomic analysis. We have introduced methodologies which are completely novel in slovenian research community. With this experience, we will be able to introduce proteomics technology to Slovenian research community. This advancement will be beneficial for the quality of all biomedical and biological research in Slovenia. 9.2. Pomen za razvoj Slovenije11 SLO_ Kot prvi proteomski laboratorij v državi naše znanje in storitve delimo tudi z drugimi slovenskimi raziskovalnimi institucijami in gospodarskimi družbami. Proteomika ni pomembna le za osnovne biomedicinske raziskave, temveč je postala tudi nepogrešljiv del moderne facmacavtske industrije. Izdelava rekombinantnih zdravil zahteva natančno poznavanje primarne strukture in posttranslacijskih modifikacij proteina, to pa je mogoče doseči le z proteomsko analizo. Razvoj metodologij protoemske analize povezan z opravljenim projektom je razširil obseg naših analitskih storitev, okrepil pa je tudi naše sodelovanje s farmacevtsko in biotehnološko industrijo. S proteomiko naš odsek sodeluje z industrijo tudi preko centra odličnosti CIPKEBIP in centra kompetentnosti Brin. Prepričani smo, da bodo naši raziskovalni rezultati imeli velik vpliv na področju raziskav raka ter, da bodo promovirali slovensko znanost na številnih mednarodnih kongresih in preko objav v visoko rangiranih znanstvenih revijah. Okrepili smo tudi naše sodelovanje z nekaterimi elitnimi svetovnimi raziskovalnimi institucijami. Te povezave nam bodo omogočile nadaljno sodelovanje pri vodilnih mednarodnih raziskovalnih projektih, preko tega pa bo Slovenija še naprej ostala v stiku z vrhunsko svetovno znanostjo. ANG Being the first proteomic laboratory in the country, our services and know-how is also available to other research and development oriented institutions and companies in Slovenia. Proteomics is important part of basic biological and medical research but it is even more crucial in modern pharmaceutical industry. Production of recombinant drugs requires the exact knowledge of the protein sequence and its posttranslational modifications. This can only be achieved through proteomic analysis. While working on this project, we have expanded our experimental knowledge and introduced new methodologies in our workflow. This will enable us to provide better service to other Slovenian research institutions and it will also further our collaborations with pharmaceutical and biotech industry. By proteomics, our department has also established beneficial collaborations with industrial partners through Centre of excellence CIPKEBIP and Centre of competence Brin. We are confident, that research results obtained from this project will have significant impact in the field of cancer research and will promote Slovenian science through many international research conference participations and publications in high impact scientific journals. They have also tighten our connections with some of the worlds top research institutions. Those connections will increase our possibilities for participation in leading international research projects and will keep Slovenia in touch with worlds cutting edge science. 10. Samo za aplikativne projekte! Označite, katerega od navedenih ciljev ste si zastavili pri aplikativnem projektu, katere konkretne rezultate ste dosegli in v kakšni meri so doseženi rezultati uporabljeni Cilj F.01 Pridobitev novih praktičnih znanj, informacij in veščin Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.03 Večja usposobljenost raziskovalno-razvojnega osebja Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.04 Dvig tehnološke ravni Zastavljen cilj .> DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.05 Sposobnost za začetek novega tehnološkega razvoja Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.06 Razvoj novega izdelka Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.07 Izboljšanje obstoječega izdelka Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.08 Razvoj in izdelava prototipa Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.09 Razvoj novega tehnološkega procesa oz. tehnologije Zastavljen cilj .) DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.10 Izboljšanje obstoječega tehnološkega procesa oz. tehnologije Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.11 Razvoj nove storitve Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.12 Izboljšanje obstoječe storitve Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.13 Razvoj novih proizvodnih metod in instrumentov oz. proizvodnih procesov Zastavljen cilj ') DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.14 Izboljšanje obstoječih proizvodnih metod in instrumentov oz. proizvodnih procesov Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.15 Razvoj novega informacijskega sistema/podatkovnih baz Zastavljen cilj .) DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.16 Izboljšanje obstoječega informacijskega sistema/podatkovnih baz Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.17 Prenos obstoječih tehnologij, znanj, metod in postopkov v prakso Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference) Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.19 Znanje, ki vodi k ustanovitvi novega podjetja ("spin off") Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.20 Ustanovitev novega podjetja ("spin off") Zastavljen cilj D DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.21 Razvoj novih zdravstvenih/diagnostičnih metod/postopkov Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.22 Izboljšanje obstoječih zdravstvenih/diagnostičnih metod/postopkov Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.23 Razvoj novih sistemskih, normativnih, programskih in metodoloških rešitev Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.24 Izboljšanje obstoječih sistemskih, normativnih, programskih in metodoloških rešitev Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.25 Razvoj novih organizacijskih in upravljavskih rešitev Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.26 Izboljšanje obstoječih organizacijskih in upravljavskih rešitev Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.27 Prispevek k ohranjanju/varovanje naravne in kulturne dediščine Zastavljen cilj D DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.28 Priprava/organizacija razstave Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.29 Prispevek k razvoju nacionalne kulturne identitete Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.30 Strokovna ocena stanja Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.31 Razvoj standardov Zastavljen cilj .) DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.32 Mednarodni patent Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.33 Patent v Sloveniji Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.34 Svetovalna dejavnost Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.35 Drugo Zastavljen cilj .) DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov ZJ Komentar 11. Samo za aplikativne projekte! Označite potencialne vplive oziroma učinke vaših rezultatov na navedena področja Vpliv Ni vpliva Majhen vpliv Srednji vpliv Velik vpliv G.01 Razvoj visoko-šolskega izobraževanja G.01.01. Razvoj dodiplomskega izobraževanja O o o o G.01.02. Razvoj podiplomskega izobraževanja o o o o G.01.03. Drugo: o o o o G.02 Gospodarski razvoj G.02.01 Razširitev ponudbe novih izdelkov/storitev na trgu O O O O G.02.02. Širitev obstoječih trgov o o o o G.02.03. Znižanje stroškov proizvodnje o o o o G.02.04. Zmanjšanje porabe materialov in energije O O O O G.02.05. Razširitev področja dejavnosti o o o o G.02.06. Večja konkurenčna sposobnost o o o o G.02.07. Večji delež izvoza o o o o G.02.08. Povečanje dobička o o o o G.02.09. Nova delovna mesta o o o o G.02.10. Dvig izobrazbene strukture zaposlenih o o o o G.02.11. Nov investicijski zagon o o o o G.02.12. Drugo: o o o o G.03 Tehnološki razvoj G.03.01. Tehnološka razširitev/posodobitev dejavnosti O O O O G.03.02. Tehnološko prestrukturiranje dejavnosti o o o o G.03.03. Uvajanje novih tehnologij o o o o G.03.04. Drugo: o o o o G.04 Družbeni razvoj G.04.01 Dvig kvalitete življenja o o o o G.04.02. Izboljšanje vodenja in upravljanja o o o o G.04.03. Izboljšanje delovanja administracije in javne uprave O O O O G.04.04. Razvoj socialnih dejavnosti o o o o G.04.05. Razvoj civilne družbe O o o o G.04.06. Drugo: o o o o G.05. Ohranjanje in razvoj nacionalne naravne in kulturne dediščine in identitete O O O O G.06. Varovanje okolja in trajnostni razvoj o o o o G.07 Razvoj družbene infrastrukture G.07.01. Informacijsko-komunikacijska infrastruktura O O O O G.07.02. Prometna infrastruktura o o o o G.07.03. Energetska infrastruktura o o o o G.07.04. Drugo: o o o o G.08. Varovanje zdravja in razvoj zdravstvenega varstva O O O O G.09. Drugo: o o o o Komentar 12. Pomen raziskovanja za sofinancerje, navedene v 2. točki12 1. Sofinancer Vrednost sofinanciranja za celotno obdobje trajanja projekta je znašala: EUR Odstotek od utemeljenih stroškov projekta: % Najpomembnejši rezultati raziskovanja za sofinancerja Šifra 1. 2. 3. 4. 5. Komentar Ocena 2. Sofinancer Vrednost sofinanciranja za celotno obdobje trajanja projekta je znašala: EUR Odstotek od utemeljenih stroškov projekta: % Najpomembnejši rezultati raziskovanja za sofinancerja Šifra 1. 2. 3. 4. Komentar Ocena 3. Sofinancer Vrednost sofinanciranja za celotno obdobje trajanja projekta je znašala: EUR Odstotek od utemeljenih stroškov projekta: % Najpomembnejši rezultati raziskovanja za sofinancerja Šifra 2. 3. 4. 5. Komentar Ocena C. IZJAVE Podpisani izjavljam/o, da: • so vsi podatki, ki jih navajamo v poročilu, resnični in točni • se strinjamo z obdelavo podatkov v skladu z zakonodajo o varstvu osebnih podatkov za potrebe ocenjevanja, za objavo 6., 7. in 8. točke na spletni strani http://sicris.izum.si/ ter obdelavo teh podatkov za evidence ARRS • so vsi podatki v obrazcu v elektronski obliki identični podatkom v obrazcu v pisni obliki • so z vsebino zaključnega poročila seznanjeni in se strinjajo vsi soizvajalci projekta Podpisi: Marko Fonovic in podpis vodje raziskovalnega projekta zastopnik oz. pooblaščena oseba RO Kraj in datum: Ljubljana 19.4.2011 Oznaka poročila: ARRS-RPROJ-ZP-2011-1/41 1 Zaradi spremembe klasifikacije družbeno ekonomskih ciljev je potrebno v poročilu opredeliti družbeno ekonomski cilj po novi klasifikaciji. Nazaj Samo za aplikativne projekte. Nazaj 3 Napišite kratko vsebinsko poročilo, kjer boste predstavili raziskovalno hipotezo in opis raziskovanja. Navedite ključne ugotovitve, znanstvena spoznanja ter rezultate in učinke raziskovalnega projekta. Največ 18.000 znakov vključno s presledki (približno tri strani, velikosti pisave 11). Nazaj 4 Realizacija raziskovalne hipoteze. Največ 3.000 znakov vključno s presledki (približno pol strani, velikosti pisave 11). Nazaj 5 V primeru bistvenih odstopanj in sprememb od predvidenega programa raziskovalnega projekta, kot je bil zapisan v predlogu raziskovalnega projekta oziroma v primeru sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave projektne skupine v zadnjem letu izvajanja projekta (obrazložitev). V primeru, da sprememb ni bilo, to navedite. Največ 6.000 znakov vključno s presledki (približno ena stran, velikosti pisave 11). Nazaj 6 Navedite največ pet najpomembnejših znanstvenih rezultatov projektne skupine, ki so nastali v času trajanja projekta v okviru raziskovalnega projekta, ki je predmet poročanja. Za vsak rezultat navedite naslov v slovenskem in angleškem jeziku (največ 150 znakov vključno s presledki), rezultat opišite (največ 600 znakov vključno s presledki) v slovenskem in angleškem jeziku, navedite, kje je objavljen (največ 500 znakov vključno s presledki), izberite ustrezno šifro tipa objave po Tipologiji dokumentov/del za vodenje bibliografij v sistemu COBISS ter napišite ustrezno COBISS.SI-ID številko bibliografske enote. Navedeni rezultati bodo objavljeni na spletni strani http://sicris.izum.si/. PRIMER (v slovenskem jeziku): Naslov: Regulacija delovanja beta-2 integrinskih receptorjev s katepsinom X; Opis: Cisteinske proteaze imajo pomembno vlogo pri nastanku in napredovanju raka. Zadnje študije kažejo njihovo povezanost s procesi celičnega signaliziranja in imunskega odziva. V tem znanstvenem članku smo prvi dokazali... (največ 600 znakov vključno s presledki) Objavljeno v: OBERMAJER, N., PREMZL, A., ZAVAŠNIK-BERGANT, T., TURK, B., KOS, J.. Carboxypeptidase cathepsin X mediates 62 - integrin dependent adhesion of differentiated U-937 cells. Exp. Cell Res., 2006, 312, 2515-2527, JCR IF (2005): 4.148 Tipopologija: 1.01 - Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID: 1920113 Nazaj 7 Navedite največ pet najpomembnejših družbeno-ekonomsko relevantnih rezultatov projektne skupine, ki so nastali v času trajanja projekta v okviru raziskovalnega projekta, ki je predmet poročanja. Za vsak rezultat navedite naslov (največ 150 znakov vključno s presledki), rezultat opišite (največ 600 znakov vključno s presledki), izberite ustrezen rezultat, ki je v Šifrantu raziskovalnih rezultatov in učinkov (Glej: http://www.arrs.gov.si/sl/gradivo/sifranti/sif-razisk-rezult.asp), navedite, kje je rezultat objavljen (največ 500 znakov vključno s presledki), izberite ustrezno šifro tipa objave po Tipologiji dokumentov/del za vodenje bibliografij v sistemu COBISS ter napišite ustrezno COBISS.SI-ID številko bibliografske enote. Navedeni rezultati bodo objavljeni na spletni strani http://sicris.izum.si/. Nazaj 8 Navedite rezultate raziskovalnega projekta v primeru, da katerega od rezultatov ni mogoče navesti v točkah 6 in 7 (npr. ker se ga v sistemu COBISS ne vodi). Največ 2.000 znakov vključno s presledki. Nazaj 9 Pomen raziskovalnih rezultatov za razvoj znanosti in za razvoj Slovenije bo objavljen na spletni strani: http://sicris.izum.si/ za posamezen projekt, ki je predmet poročanja. Nazaj 10 Največ 4.000 znakov vključno s presledki Nazaj 11 Največ 4.000 znakov vključno s presledki Nazaj 12 Rubrike izpolnite/prepišite skladno z obrazcem "Izjava sofinancerja" (http://www.arrs.gov.si/sl/progproj/rproj/gradivo/), ki ga mora izpolniti sofinancer. Podpisan obrazec "Izjava sofinancerja" pridobi in hrani nosilna raziskovalna organizacija - izvajalka projekta. Nazaj Obrazec: ARRS-RPROJ-ZP/2011-1 v1.01 85-08-01-B5-E8-A0-D9-E9-C9-41-A6-24-CD-EF-3B-96-D4-13-92-0C