Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 Oznaka poročila: ARRS_ZV_RPROG_ZP_2008/304 ZAKLJUČNO POROČILO O REZULTATIH RAZISKOVALNEGA PROGRAMA V OBDOBJU 2004-2008 A. PODATKI O RAZISKOVALNEM PROGRAMU 1. Osnovni podatki o raziskovalnem programu Šifra programa P4-0165 Naslov programa Biotehnologija in sistemska biologija rastlin Vodja programa 5229 Maja Ravnikar Obseg raziskovalnih ur 36.550 Cenovni razred D Trajanje programa 01.2004 - 12.2008 Izvajalke programa (raziskovalne organizacije in/ali koncesionarji) 105 Nacionalni inštitut za biologijo 1540 Univerza v Novi Gorici B. REZULTATI IN DOSEŽKI RAZISKOVALNEGA PROGRAMA 2. Poročilo o realizaciji programa raziskovalnega programa1 V okviru programa "Rastlinska fiziologija in biotehnologija" smo proučevali odziv rastlin na okužbo s patogenimi mikroorganizmi in rastlinojedimi škodljivci. Pridobljeno znanje je osnova za aplikativne raziskave na področju detekcije rastlinskih patogenih mikrobov in gensko spremenjenih organizmov, za razvoj visoko specializiranih razvojnih raziskav za biotehnološka podjetja ter podpora pedagoški dejavnosti, ki jo izvajajo člani programske skupine. Predlagani program je bil izveden v celoti. Rezultate raziskav smo že objavili, večinoma v odličnih znanstvenih publikacijah. V drugi polovici leta 2008, ki je tudi zaključno obdobje programa, bomo za objavo pripravili še preostale rezultate. V času programa smo za potrebe naših raziskav razvili nove metode in raziksovalne koncepte, ki smo jih predstavili na mednarodni poletni šoli »Plant genomics and Bioinformatics«, ki smo jo organizirali v Ljubljani v letu 2005. Odličnost naših raziskav se poleg znanstvenih člankov odraža tudi v mednarodnih standardih, patentu, članstvih v odborih mednarodnih združenj in sodelovanju z industrijo (Lek-Sandoz, Bia Sep in drugi) ter vlado, med drugim tudi v okviru slovenskega predsedovanja EU v letu 2008. Naše raziskovalno delo je vpeto v številna mednarodna sodelovanja in EU projekte. Raziskave so bile osredotočene na dve glavni področji: 1. fiziologija interakcij med rastlinami in škodljivimi organizmi ter biologija mikroorganizmov 2. razvoj modernih molekulskih pristopov v biotehnologiji kot sta diagnostika nukleinskih kislin in produkcija sekundarnih metabolitov v tkivni kulturi. Fiziologija interakcij rastline- patogeni mikroorganizmi in rastline- rastlinski škodljivci ter biologija mikroorganizmov Obrambni mehanizmi rastlin proti škodljivim organizmom so zelo zapleteni, zato jih, kljub številnim raziskavam, še slabo poznamo. V okviru raziskovalnega programa smo proučevali odziv agronomsko pomembnih rastlin (krompir, vinska trta, koruza) na okužbo s patogenimi mikroorganizmi kot so virusi, bakterije vključno s fitoplazmami ter odziv rastlin na napad škodljivih insektov. Raziskave so potekale na genski, biokemijski in histološki ravni. Mehanizem odziva rastlin na virusno okužbo smo proučevali pri rastlinah krompirja (Solanum Program P4-0165 Stran 1 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 tuberosum L.) okuženih s krompirjevim virusom YNTN (PVYNTN), ki povzroča prstanasto nekrozo gomoljev krompirja. Za študij kompatibilnih in nekompatibilnih interakcij med rastlino in virusom smo uporabili različno dovzetne sorte krompirja, na katerih smo, na ravni spremenjenega izražanja genov, proučevali zapletene metabolne in signalizacijske poti. Odziv krompirja na okužbo s PVYNTN smo proučevali z metodo genskih mikromrež in s subtrakcijskimi knjižnicami. Spremembe v izražanju posameznih izbranih genov smo spremljali s kvantitativnim PCR v relanem času. Za obdelavo in vizualizacijo podatkov, ki smo jih pridobili z molekulskimi metodami, smo uvajali in tudi na novo razvijali primerne statistične metode. Največje spremembe v izražanju genov pri občutljivi sorti Igor smo zasledili pri rastlinah vzgojenih iz okuženih gomoljev ali 14 dni po okužbi z virusom. Značilno se je spremenilo izražanje genov, ki so povezani s stresom (npr. geni, ki kodirajo »heat shock« proteine, katalazo 1, ß-2,3-glukanazo, geni udeleženi v odziv na ranitev in fotosintezo). To kaže na njihovo vlogo v razvoju bolezni, ki jo povzroča PVYNTN. Opazili smo tudi spremembe v izražanju genov, ki kodirajo proteine povezane s patogenezo (npr. cisteinski proteinazni inhibitorji), kar je lahko povezano z odpornostno rekacijo krompirja na PVYNTN. Med signalnimi molekulami, ki naj bi bile povezane z odpornostjo krompirja na okužbo s PVYNTN, smo proučevali salicilno (SA) in gentisko (GA) kislino. Ugotovili smo, da osnovna endogena količina merjenih snovi ni povezana z odpornostjo krompirja na omenjeni virus, kot so predhodno poročali pri nekaterih drugih rastlinsko - mikrobnih interakcijah. Pri odporni gensko spremenjeni sorti krompirja sprememb v koncentraciji SA in GA nismo zaznali. Iz tega sklepamo, da je pri občutljivi sorti krompirja Igor povečanje SA in GA posledica odziva na stres, ki ga povzroči virusna okužba. Raziskave o vpletenosti peroksidaz v zgodnji odziv rastlin krompirja z različno odpornostjo na PVYNTN kažejo, da bi lahko sortno značilne spremembe v aktivnosti encimov, ki smo jih zasledili že 3 h po okužbi, bile odločilne za uspešno obrambo pred virusno okužbo. Širjenje virusa PVYNTN po rastlinah sort krompirja, ki so različno dovzetne za virusno okužbo, smo proučevali z encimsko imunološkim testom DAS-ELISA, odtisom tkiva, imunsko-serološko elektronsko mikroskopijo in PCR v realnem času. Rezultati raziskav so pokazali, da je za natančne študije interakcije virus-rastlina, predvsem pri nizkih koncentracijah virusa, potrebno kombinirati različne metode, še posebno kadar se virus nahaja v rastlini v nizki koncentraciji. V okviru FW5 EU projekta TRANSVIR smo raziskovali viruse vinske trte s poudarkom na genomski raznolikosti RSaV (virus razbrazdanosti stebel rupestrisa) in GFLV (virus pahljačavosti vinske trte). V sodelovanju s podjetjem BIA Separation smo razvili metodo za koncentracijo in čiščenje virusov na monolitnih kromatografskih nosilcih (CIM) ter jo uspešno uporabili za koncentriranje virusov CMV in ToMV. Fitoplazme so agronomsko pomembni in zelo razširjeni rastlinski patogeni mikroorganizmi. V zadnjih letih so fitoplazme, ki povzročajo rumenice vinske trte, dosegle epidemični obseg in prvič smo jih v Sloveniji identificirali prav člani našega programa. Za njihovo detekcijo smo razvili občutljivo in zanesljivo detekcijsko metodo z uporabo PCR v realnem času. V sodelovanju z Univerzo v Leidnu, Nizozemska, smo ugotovili, da okužba madagaskarskega zimzelena (Catharantus roseus) s fitoplazmami pospeši sintezo sekundarnih metabolitov kot so alkaloidi in fenilpropanoidi. Interakcijo med koruzo in fitoplazmami, ki povzročajo grmičasto pritlikavost koruze, smo proučevali na ravni proteinov. S proučevanjem encima saharoza sintaza, ki cepi saharozo v fruktozo in glukozo, smo proučevali vpliv fitoplazem na energetski metabolizem celic transportnega sistema rastlin. Predpostavili smo, da je povečana količina encima sharoza sintaze, ki smo jo zasledili v celicah spremljevalkah okuženih rastlin, rezultat tekmovanja fitoplazem za heksoze, ki jih ti patogeni mikroorganizmi potrebujejo za svojo rast. Iinterakcije med vinsko trto in fitoplazmami smo proučevali na ravni izražanja genov. V okuženem tkivu se je med drugimi geni induciral gen za alkohol dehidrogenazo, kar kaže na lokalno anoksijo in z njo povezane metabolne spremembe (Hren s sod., v tisku, Plant Pathology). Med številnimi patogenimi mikroorganizmi vinsko trto ogroža tudi Xanthomonas ampelinus, ki je ena od najtežje določljivih bakterij. Njeno prisotnost smo v okviru programa potrdili v Sloveniji in za njeno detekcijo ter kvantifikacijo razvili metodo PCR v realnem času. Interakcije gostitelj-škodljivec. Koloradski hrošč je eden od največjih škodljivcev krompirja tako v Sloveniji kot tudi drugod. V okviru naših raziskav smo proučevali procese prilagajanja koloradskega hrošča obrambnim molekulam v krompirju - prebavnim proteolitičnim encimom. Molekulsko smo karakterizirali družino prebavnih cisteinskih proteinaz in našli tri skupine strukturno različnih encimov. Na osnovi njihove 3D zgradbe smo ocenili možno vlogo posameznega encima pri neobčutljivosti na proteinazne inhibitorje, ki jih proizvaja krompir. Njihovo povezanost z adaptacijo smo potrdili z metodo genskih mikročipov in s PCR v realnem času. Program P4-0165 Stran 2 od 19 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 Razvoj modernih molekulskih pristopov v biotehnologiji kot sta diagnostika nukleinskih kislin in produkcija sekundarnih metabolitov v tkivni kulturi Pomemben cilj naših raziskav sta izpopolnitev metod DNA mikročipov in PCR v realnem času za molekulsko diagnostiko ter kvalitativno in kvantitativno sledenje izražanja genov v različnih sistemih (rastlina, mikroorganizmi, nevretenčarji, vretenčarji). Pri analizi transformacije v transgenih linijah rastlin je nujna določitev ravni izražanja transgena. Za kvantitativno določitev te ravni v transgenih rastlinah krompirja smo uvedli metodo PCR v realnem času z uporabo zunanje kontrole. Metodo smo razvili tudi za razločevanje različkov virusa PVY in za splošno določanje vseh izolatov PVY in bi lahko rabila za fitosanitarno analizo rastlin in gomoljev. Določanje gensko spremenjenih organizmov je zapleteno, saj so metode šele v razvoju in analize potekajo na različnih vzorcih kot so živila in krma. V naših raziskavah smo proučevali dejavnike, ki pomembno vplivajo na učinkovitost pomnoževanja DNA (npr. različni postopki izolacije DNA, značilnosti različnih vrst vzorcev hrane in krme) in njihov vpliv na končno kvantifikacijo GMO. Razvili smo metodo PCR v realnem času za detekcijo plaščnega proteina virusa mozaika cvetače (CaMV), ki lahko služi za sledenje virusov v okuženih rastlinah in za preverjanje lažnih pozitivnih rezultatov pri presejalni analizi vzorcev gensko spremenjenih organizmov. V okviru EU FP6 projekta COEXTRA smo proučevali razvoj novih pristopov v molekulski diagnostiki. Osredotočili smo se na primerjavo različnih kemij pri PCR v realnem času ter na alternativne metode pomnoževanja DNA. Ovrednotili smo štiri alternativne kemije, Lux™, Plexor™, Cycling Probe Technology,LNA®, in jih primerjali s kemijo TaqMan® kot referenčnim sistemom. Kljub mnogim prednostim ima PCR tehnologija nekatere omejitve kot je pomanjkanje pravih multipleksnih lastnosti. Zaradi tega so v razvoju različne nove alternativne metode pomnoževanja nukleinskih kislin, ki smo jih s prednostmi in pomanjkljivostmi predstavili v preglednem članku. Za detekcijo neavtoriziranih GSO smo vpeljali nov pristop, diferencialni kvantitativni PCR, ki temelji na kvantitativni razliki v prisotnosti različnih skupnih elementov v vzorcu (npr. promotorjev, tarčnih genov). Tkivne in celične suspenzijske kulture so pomemben vir sekundarnih metabolitov. Suspenzijska kultura tise (Taxus x media Rhed) je alternativni vir protirakavih snovi kot so paklitaksel in drugi taksani, katerih proizvodnjo smo izboljševali v naših raziskavah. Pri tem sta bili pomembni začetna količina taksanov v kulturah in stabilnost kultur. Slednjo smo sledili s pretočno citometrijo. Sintezo taksanov povečuje jasmonska kislina; proučevali smo njen vliv na permeabilnsot plazmaleme celic v kulturi. Korenine pomladanskega jegliča (Primula veris L.) vsebujejo večje količine triterpenov saponinov, ki se v medicini uporabljajo kot ekspektoranti. Za alternativno pridobivanje saponinov smo vzpostavili kulturo poganjka in kalusa, ter suspenzijsko in koreninsko kulturo. V kulturah smo izmerili količino primula kisline I, prevladujočega saponina pri vrsti Primula, ter jo primerjali s količino v rastlinah gojenih v zemlji. Pri tkivni kulturi bolhača (Chrysantemum sp.), ki je vir naravnih insekticidov piretrinov, smo imeli težave s prikritimi bakterijskimi okužbami, zato smo razvili molekulski test za njihovo sledenje pri nizkih koncentracijah ter z uporabo antibiotikov uspeli odstraniti okužbo. V poglavju v knjigi z naslovom »Floriculture, ornamental and plant biotechnology: advances and topical issues« smo kot primeren model za razvojne in fiziološke študije predstavili tkivno kulturo praproti Platycerium bifurcatum, s katero imamo dolgoletne izkušnje. 3. Ocena stopnje realizacije zastavljenih raziskovalnih ciljev2 Raziskovalni cilji programa so bili v celoti realizirani. Programska skupina je v preteklem obdobju objavila 83 znanstvenih člankov, od tega 60 v revijah, ki jih citira SCI ( 22 člankov v kategoriji A1, 22 člankov v A2, 13 člankov v A3 in 3 članke v A4). Pripravila je dve samostojni monografski publikaciji in 8 poglavij v monografijah. Raziskovalno delo so člani programske skupine predstavili na 265 mednarodnih in domačih znanstvenih srečanjih. Sprejet je bil en mednarodni patent. Strokovno delo skupine je bilo predstavljeno v 4 strokovnih člankih in šriši javnosti na poljuden Program P4-0165 Stran 3 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 način v 3 poljudnih člankih, 5 prispevkih na televiziji in v 4 intervjujih. Člani skupine so bili mentorji/somentorji 11 doktorskim nalogam, 1 magistrski in 19 diplomskim delom. 4. Utemeljitev morebitnih sprememb programa raziskovalnega programa3 Sprememb programa ni nilo. 5. Najpomembnejši znanstveni rezultati programske skupine4 Znanstveni rezultat 1. Naslov SLO NOVI PRISTOPI V KAVANTITATIVNI MOLEKULSKIi BIOLOGIJI ANG NEW APPROACHES IN QUANTITATIVE MOLECULAR BIOLOGY Opis SLO V različnih komplementarnih raziskavah smo proučevali kritične točke kvantifikacije DNA in ocenili učinke različnih ekstrakcijskih metod DNA in sestave vzorca na kvantifikacijo gensko spremenjenih organzmov (GSO) in mikroorganizmov. Za detekcijo GSO v hrani in krmi, ki pa ima široko možnost uporabe, smo razvili novo metodo NAIMA za multipleksno, kvantitativno in na DNA temelječo ciljno za detekcijo tarč DNA z nizkim številom kopij. ANG In several complementary studies the critical points during DNA quantification were studied and the effects of DNA extraction methods as well as sample matrix on quantification of genetically modified organisms (GMOs) and microorganisms were evaluated.For detection of GMOs in in food and feed we developed a novel multiplex quantitative DNA-based target amplification method suitable for sensitive, specific and quantitative detection on microarray - NAIMA. This method can be extended to all fields of biology requiring simultaneous detection of low copy number DNA targets. Objavljeno v MORISSET, Dany, DOBNIK, David, HAMELS, Sandrine, ŽEL, Jana, GRUDEN, Kristina. NAIMA: target amplification strategy allowing quantitative on-chip detection of GMOs. Nucleic acids res., 2008, issue 18, vol. 36, 11 str. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkn524, doi: doi:10.1093/nar/gkn524. JCR IF (2007): 6.954 Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 1888847 2. Naslov SLO UPORABA ORODIJ SISTEMSKE BIOLOGIJE ZA BOLJŠE RAZUMEVANJE INTERAKCIJ MED RASTLINAMI IN PATOGENI ANG TOWARD THE UNDERSTANDING OF PLANT-PATHOGEN INTERACTIONS USING TOOLS OF SYSTEMS BIOLOGY Opis SLO S pristopi sistemske biologije proučujemo gene, proteine in signalne molekule, ki imajo ključno vlogo v mehanizmih odpornosti rastlin proti različnim povzročiteljem bolezni. Poseben poudarek je na občutljivih in odpornih (vključno z gensko spremenjenimi) kultivarjih agronomsko pomembnih rastlin (krompir, vinska trta), okuženih z virusi in fitoplazmami. Naše pristope smo predstavili v poglavju zanstvene monografije, ki je šestem mestu najbolj prodajanih knjig s področja molekulske biologije rastlin na Amazon.com. ANG The genes, proteins and signal molecules with a key role in the mechanisms of resistance with an emphasis on the susceptible and resistant (including the genetically modified) varieties of agronomical important crops (i. e. potato, grapevine) infected by viruses and phytoplasmas were studied by systems biology approaches. Our approaches has been demonstrated in chapter of the scientific monograph, which is at Amazon.com a Number 6 best selling book among plant molecular biology books. Objavljeno v GRUDEN, Kristina, POMPE NOVAK, Maruša, BAEBLER, Špela, KREČIČ STRES, Hana, TOPLAK, Nataša, HREN, Matjaž, KOGOVŠEK, Polona, GOW, Lisa, FOSTER, Gary D., BOONHAM, Neil, RAVNIKAR, Maja. Expression microarrays in plant-virus interaction. V: FOSTER, Gary D. (ur.). Plant virology protocols : from viral sequence to protein function, (Methods in molecular Program P4-0165 Stran 4 od 19 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 biology, 451). 2nd ed. Totowa: Humana Press, 2008, 2008, str. 583-613. Tipologija 2.01 Znanstvena monografija COBISS.SI-ID 1859407 3. Naslov SLO OD ANALIZE PRILAGODITVE ŽUŽELK RASTLINSKIM OBRAMBNIM MEHANIZMOM DO ODPORNOSTI RASTLIN PROTI ŽUŽELKAM ANG FROM THE ANALYSIS OF THE INSECT ADAPTATION TO THE PLANT DEFENSE MECHANISMS TOWARD THE PLANT RESISTANCE AGAINST INSECTS Opis SLO Prebavne cisteinske proteinaze - intestaini so del prilagoditvenih mehanizmov koloradskega hrošča na obrambne mehanizme krompirja. Bili so okarakterizirani na ravni proteina in za posamezne encimske skupine so bili določeni profile učinkovitih proteinaznih inhibitorjev. Rezultati sestavljajo že odkupljen mednarodni patent. ANG The digestive cysteine proteinases -intestains contribute to the Colorado potato beetle adaptation to the potato defense mechanisms. The enzymes were characterized at the protein level and a profile of efficient proteinase inhibitors was determined for each enzyme group. Results comprise an international patent, which has been already successfully commercialized. Objavljeno v JONGSMA, Maarten Anthonie, ŠTRUKELJ, Borut, LENARČIČ, Brigita, GRUDEN, Kristina, TURK, Vito, BOSCH, Hendrik J., STIEKEMA, Willem J. Johannes. Method for plant protection against insects or nematodes by transformations with a nucleic acid encoding equistatin : Patent number: WO98/58068 : United States Patent 6,861,578. [S.l.: s.n.], March 1, 2005. 80 str. Tipologija 2.24 Patent COBISS.SI-ID 1746033 4. Naslov SLO RAZISKAVE BIOLOGIJE RASTLINSKIH VIRUSOV ANG STUDIES OF VIRAL BIOLOGY Opis SLO Rezultati FP5 EU projekta Transvir o najnevarnejšem virusu vinske trte GFLY so bili osnova za odobritev EU gensko spremenjene vinske trte. ANG The results of the EU project Transvir on the most harmful grapevine virus GFLY are the basis for the approval of the genetically modified grapevine. Objavljeno v FUCHS, Marc, CAMBRA, M., CAPOTE, N., JELKMANN, W., KUNDU, J., LAVAL, V., MARTELLI, G. P., MINAFRA, A., PETROVIČ, Nataša, PFEIFFER, P., POMPE NOVAK, Maruša, RAVELONANDRO, M., SALDARELLI, P., STUSSI-GARAUD, C, VIGNE, Emmanuelle, ZAGRAI, I. Safety assessment of transgenic plums and grapevines expressing viral coat protein genes: new insights into real environmental impact of perennial plantsengineered for virus resistance. J. plant pathol., 2007, letn. 89, št. 1, str. 5-12. JCR IF: 0.974 Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 22583001 5. Naslov SLO RAZVOJ IN APLIKACIJA PCR V REALNEM ČASU V DIAGNOSTIKI BAKTERIJ ANG DEVELOPMENT AND APPLICATION OF THE REAL-TIME PCR METHOD FOR THE DIAGNOSTICS OF BACTERIA Opis SLO Metoda za določanje bakterije Xylophilus ampelinus je v postopku odobritve kot uradna metoda s strani Panela za bakteriologijo pri EPPO. ANG Method for determination of the bacterium Xylophilus ampelinus is in the approval process as an official method at the Panel of Bacteriology of EPPO. Objavljeno v DREO, Tanja, GRUDEN, Kristina, MANCEAU, Charles, JANSE, Jaap D., RAVNIKAR, Maja. Development of real-time PCR based method for detection of Xylophilus ampelinus. Plant Pathol., 2007, vol. 56, no. 1, str. 9-16. JCR IF: 2.012, SE Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 1626959 6. Najpomembnejši družbeno-ekonomsko relevantni rezultati programske skupine5 Družbeno-ekonomsko relevantni rezultat Program P4-0165 Stran 5 od 19 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 1. Naslov SLO ANG IZOBRAŽEVALNI, PEDAGOŠKI IN MENTORSKI PROGRAMI EDUCATIONAL, PEDAGOGICAL AND MENTORING PROGRAMS Opis SLO ANG Člani skupine so bili mentorji 1 magistrske, 11 doktorskih in 20 diplomskih nalog na Univerzi v Ljubljani in Univerzi v Novi Gorici. Doktorsko nalogo mlade raziksovalke Katarine Cankar, ki se je izobraževala v okviru programa, je fundacija Ad Futura nagradila kot eno od 10 najboljših slovenskih disertacij v zadnjih petih letih. Program members supervised one 20 bachelor, 1 master and 11 Ph.D. theses at the University of Ljubljana and University of Nova Gorica. Doctoral thesis of the young researcher Katarina Cankar, which was done in the course of the program, was awarded by the foundation Ad Futura as one of the 10 best thesis in Slovenia in last 5 years. Šifra D.09 Mentorstvo doktorandom Objavljeno v CANKAR, Katarina. Razvoj visoko zmogljivih molekularnih metod za analizo gensko spremenjenih rastlin : doktorska disertacija. Ljubljana: [K. Cankar], 2006. XVI, 161 f., ilustr. Tipologija 2.08 Doktorska disertacija COBISS.SI-ID 2970900 2. Naslov SLO ANG AKREDITACIJA LABORATORIJA ZA DETEKCIJIO GSO Z DELNO FLEKSIBILNIM OBSEGOM IN NACIONALNI REFERENČNI LABORATORIJ ZA DETEKCIJO GSO V HRANI IN KRMI ACCREDITATION OF A LABORATORY FOR THE DETECTION OF GMOs WITH A PARTLY FLEXIBLE SCOPE AND THE NATIONAL REFERENCE LABORATORY FOR GMO DETECTION Opis SLO ANG Laboratorij je nacionalni referenčni laboratorij za detekcijo GSO v hrani in krmi, z akreditacijo z delno fleksibilnim obsegom. We are the national reference laboratory for GMO detection in food and feed with a partly flexible scope of accreditation. Šifra D.05 Akreditacija laboratorija Objavljeno v Accreditation document (LP-28) with 30 accredited methods ŽEL, Jana, CANKAR, Katarina, RAVNIKAR, Maja, CAMLOH, Marjana, GRUDEN, Kristina. Accreditation of GMO detection laboratories: improving the reliability of GMO detection. Accredit. qual. assur., 2006, letn. 10, str. 531-536. JCR IF: 0.64 Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 1561935 3. Naslov SLO ANG SODELOVANJE S PODJETJI PRI PRENOSU VRHUNSKEGA ZNANJA THE COOPERATION WITH COMPANIES FOR THE TRANSFER OF HIGH-TECHNOLOGY Opis SLO ANG Pri izmenjavi kadrov, znanja in raziskovalne opremes smo sodelovali z več kot 70 industrijskimi partnerji in petimi vladnimi ministrstvi. Cooperation with over 70 industrial partners and 5 governmental ministries included an exchange of human resources, expertise and research equipment. Šifra F.17 Prenos obstoječih tehnologij, znanj, metod in postopkov v prakso Objavljeno v RAVNIKAR, Maja, MEHLE, Nataša, DREO, Tanja, BOBEN, Jana, TUŠEK-ŽNIDARIČ, Magda, PIRC, Manca, SKUBIC, Jana, PRIJATELJ-NOVAK, Špela, BLATNIK, Aleš, MATIČIČ, Lidija, SLOVNIK UDOVČ, Marija, MIHEVC, Ana, CAMLOH, Marjana, NIKOLIĆ, Petra. Program strokovnih nalog s področja zdravstvenega varstva rastlin : končno poročilo o opravljenem delu na strokovni nalogi : diagnosticiranje bakterijskih in virusnih bolezni : za leto 2007. Ljubljana: Nacionalni inštitut za biologijo, 2008. 147 str. Tipologija 2.12 Končno poročilo o rezultatih raziskav COBISS.SI-ID 1839439 4. Naslov SLO NOVE METODE ZA DETEKCIJO; ČIŠČENJE; KONCENTRACIJO IN KVANTIFIKACIJO VIRUSOV V OKOLJSKIH VODAH Program P4-0165 Stran 6 od 19 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 ANG A NEW METHOD FOR DETECTION, PURIFICATION, CONCENTRATION AND QUANTIFICATION OF VIRUSES FROM THE ENVIRONMENTAL WATERS Opis SLO Sodelovanje z BIA Separation pri razvoju detekcijske metode za viruse v okoljskih vodah je vodilo do novih aplikacij podjetja. ANG Cooperation with BIA separation on development of virus detection method from environmental waters led to new applications of the company. Šifra F.09 Razvoj novega tehnološkega procesa oz. tehnologije Objavljeno v KRAMBERGER, Petra, PETERKA, Matjaž, BOBEN, Jana, RAVNIKAR, Maja, ŠTRANCAR, Aleš. Short monolithic columns - a breakthrough in purification and fast quantification of tomato mosaic virus. J. chromatogr., 2007, issue 1, vol. 1144, str. 143-149. JCR IF: 3.641 KRAMBERGER, Petra, PETROVIČ, Nataša, ŠTRANCAR, Aleš, RAVNIKAR, Maja. Concentration of plant viruses using monolithic chromatographic supports. J. virol. methods. [Print ed.], 2004, letn. 120, str. 51-57. JCR IF: 1.729 Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 22582745 5. Naslov SLO VODJE RAZISKAV V MEDNARODNIH PROJEKTIH IN SODELAVCI V MEDNARODNIH STROKOVNIH TELESIH ANG PRINCIPAL INVESTIGATORS OF THE INTERNATIONAL PROJECTS AND ASSOCIATES IN THE INTERNATIONAL PROFESSIONAL BODIES Opis SLO Člani programske skupine so vključeni v integrirani FP6 EU projekt CO-EXTRA, v katerem dr. Gruden vodi enega od delovnih paketov. Člani programa so sodelovali in še sodelujejo na treh projektih iz FP5 in FP6: Transvir, Portcheck in Pepeira. Smo člani v upravnem odboru in strokovnih telesih Evropske mreže laboratorijev za detekcijo GSO. Smo slovenski predstavniki v upravnih odborih več projektov COST. Dr. Pompe Novak je slovenska predstavnica v European Plant Science Organization. Dr.Ravnikar je slovenska predstavnica v panelu za bakterilogijo pri EPPO in soustanoviteljica EFA. ANG The members of the program team are involved in the integrated FP6 EU Co-Extra project and Dr. Gruden coordinates one of the work packages. We participated in three additional FP5 and FP6 EU projects Transvir, Portcheck and Pepeira and are members of the board of management of the European network of laboratories for GMO detection and its professional bodies. We are Slovene representatives in the boards of management in several COST projects. Dr. Pompe Novak is a Slovene representative in the European Plant Science Organization and Dr. Ravnikar at EPPO. The latter is a co-founder of EFA. Šifra D.01 Vodenje/koordiniranje (mednarodnih in domačih) projektov Objavljeno v www.coextra.org; www.biotechnology-gmo.gov.si/, www.epsoweb.org/about/members.htm POMPE NOVAK, Maruša, GUTIERREZ-AGUIRRE, Ion, VOJVODA, Jana, BLAS, Marjanca, TOMAŽIČ, Irma, VIGNE, Emmanuelle, FUCHS, Marc, RAVNIKAR, Maja, PETROVIČ, Nataša. Genetic variability within RNA2 of grapevine fanleaf virus. Eur. j. plant pathol., 2007, vol. 117, str. 307-312. JCR IF: 1.482 Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 1687119 7. Pomen raziskovalnih rezultatov programske skupine6 7.1. Pomen za razvoj znanosti2 SLO Mehanizmi odziva rastlin na biotske stresne dejavnike so slabo poznani, kljub številnim razsikavam doma in v svetu. Poznavanje teh mehanizmov, skupaj s poznavanjem zapletenih ineterakcij med rastlinskimi patogenimi organizmi in njihovimi gostitelji pa je ključno za Program P4-0165 Stran 7 od 19 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 učinkovitejše reševanje problemov pri proizvodnji gospodarsko pomembnih rastlin. V programu smo take procese proučevali s sodobnimi molekulskimi tehnikami, povezanimi z biokemijskimi raziskavami. Glede na objavljene rezultate in njihovo odmevnost zaključujemo, da so naše raziskave že pomembno prispevale v zakladnico znanja na področju interakcij rastlina-škodljivi organizmi ter odpornosti rastlin. To znanje je osnova za vzgojo odpornih kmetijskih rastlin, kar omogoča boljši pridelek ob manjši uporabi kemijskih sredstev. Kompleksni pristopi k raziskavam izražanja genov z uporabo mikročipov so bili v raziskavi pionirsko uporabljeni za študij bolezni, ki jih povzročajo rastlinski virusi. V programu smo naredili pomemben korak k razvoju diagnostičnih metod patogenov z uporabo PCR v realnem času in CIM diskov. Z razvijanjem ustreznih metod za določanje gensko spremenjenih organizmov se enakopravno vključujemo v mrežo evropskih laboratorijev za določanje GSO (ENGL s sedežem v Ispri, Italija), zlasti pri pripravi standardnih referenčnih materialov in določanju nedovoljenih GSO. ANG_____________________________________________________________________________________________________________ Although knowledge of mechanisms of plant response to biotic stress factors and that of complex interactions between plant pathogenic organisms and their hosts is key to effective production of economically important plants, it is poorly understood. In the program, we studied such interactions with modern molecular biology approaches. Based on the already published results and their citation we can conclude that the impact of our research is high. The obtained knowledge of interactions between plants and their pests is essential for the production of disease resistant agronomically important plants leading to better yields with the minimal usage of pesticides. Our study of diseases caused by plant viruses including the use of microchips was a very pioneering one. With this program we have made an important step towards the development of diagnostic methods of pathogens through the use of real-time PCR and CIM disks. By developing appropriate methods for the determination of genetically modified organisms we are equally include in the European Network of GMO Laboratories (ENGL located in Ispra, Italy), in particular in the preparation of standard reference materials and the determination of illegal GMOs. 7.2. Pomen za razvoj Slovenije8 SLO_____________________________________________________________________________________________________________ Naše raziskave interakcij med gospodarsko pomembnimi rastlinami in patogenimi organizmi so bile izvedene na slovenskih sortah rastlin, kar povečuje pomen dobljenih rezultatov za Slovenijo. Sodobne metode za detekcijo rastlinskih povzročiteljev bolezni, ki smo jih razvijali in vpeljevali za potrebe znanstvenih raziskav, smo v nadaljevanju v veliki meri prilagodili potrebam naročnikov - pridelovalcev, trgovcev in inšpekcijskijskih služb. Svoje znanje na področju molekulske biologije smo posredovali kot ekspertize za potrebe državne uprave, zlasti za Minsitrstvo za okolje in prostor ter za Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano in Fitosanitarno upravo. Zelo smo bili vpeti v projekte EU, tako raziskovalno kot tudi pri pomoči ustreznim službam pri implementaciji zakonodaje ob vstopu Slovenije v EU. Sodelovali smo pri pripravi zakonodaje in podrejenih predpisov na področju varstva rastlin in gensko spremenjenih organizmov. Na področju razvoja sistema biološke varnosti v Sloveniji smo nudili strokovno podporo Ministrstvu za okolje in prostor ter drugim pristojnim vladnim telesom. Člani oddelka so vključeni v znanstvene odbore za oceno tveganja za gensko spremenjene organizme. Poznavanje tehnologije transformacije rastlin je bilo osnova za razvoj akreditiranega laboratorija za določanje gensko spremenjenih organizmov, katerega dejavnost služi tako inšpekcijskemu nadzoru kot različnim podjetjem. Nekatere analize, ki uporabljajo sodobne molekulske metode (npr. mikročipi, PCR v realnem času) in so neposredno uporabne za analize industrijskih mikroorganizmov, smo v okviru programa že uporabili za uporabnike iz industrije iz vrst večjih farmacevtskih podjetij, kot tudi manjših biotehnoloških podjetij. Ob raziskavah izobražujemo študente na do- in podiplomski stopnji različnih študijev, predvsem biologije, mikrobiologije, agronomije in biotehnologije. Intenziven je tudi pretok naših raziskovalcev do različnih uporabnikov. ANG Our research of interaction between the economically important plants and pathogenic organisms included Slovenian varieties of plants, which increases the importance of the results for Slovenia. Modern molecular biology methods for the detection of plant pathogens that have been developed or introduced by our research team, have been largely adapted to the needs of different users, e.g. food producers and traders, and inspectorates. We have provided the expertise to the needs of the public administration, particularly for the Ministry of the Environment and Spatial Planning and the Ministry of Agriculture, Forestry and Food, and Phytosanitary Administration of the Republic of Slovenia. We were embedded in different EU projects, both as researchers, as well as assistance to different government bodies in the implementation of laws on entry of Slovenia into the EU and during its presidency to EU. We Program P4-0165 Stran 8 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 have participated in the preparation of laws and subordinate regulations on plant protection and genetically modified organisms. In development of the bio-safety system in Slovenia, we provided professional support to the Ministry of Environment and Spatial Planning, and other competent government bodies. Members of the program group are involved in the work of scientific committees for risk assessment of genetically modified organisms. Our knowledge of plant transformation technology has been the basis for the accreditation of our laboratory for the determination of genetically modified organisms. In cooperation with a major Slovenian pharmaceutical company and some smaller biotech companies, we have implemented our knowledge on molecular biology techniques (e.g. microchips and real-time PCR) for the analysis of industrial microorganisms. Members of the program team are also involved in training of students at undergraduate and postgraduate levels of various studies, especially biology, microbiology, agriculture and biotechnology. 8. Zaključena mentorstva članov programske skupine pri vzgoji kadrov9 Vrsta izobraževanja Število mentorstev Od tega mladih raziskovalcev - magisteriji 1 - doktorati 11 8 - specializacije Skupaj: 12 8 9. Zaposlitev vzgojenih kadrov po usposabljanju Organizacija zaposlitve Število doktorjev Število magistrov Število specializantov - univerze in javni raziskovalni zavodi 6 1 - gospodarstvo 4 - javna uprava - drugo 2 Skupaj: 12 1 0 10. Opravljeno uredniško delo, delo na informacijskih bazah, zbirkah in korpusih v obdobju10 Ime oz. naslov publikacije, podatkovne informacijske baze, korpusa, zbirke z virom (ID, spletna stran) Število * 1. Članica uredniškega odbora: Maja Ravnikar, International Journal of Virology, Academic Journals Inc. 2. Članica uredniškega odbora: Jana Žel, Food Analytical Methods, Springer 3. Članica uredniškega odbora: Maja Ravnikar, Sodobno kmetjistvo, Kmečki glas 4. Uredniško delo: Irma Tomažič, New reserach trends in mediterranian agriculture, zbornik 5. Uredniško delo: Irma Tomažič, priprava Visokošolskega strokovnega študijskega programa Vinogradništvo in vinarstvo 6. 7. 8. Program P4-0165 Stran 9 od 19 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 9. 10. *Število urejenih prispevkov (člankov) /število sodelavcev na zbirki oz. bazi /povečanje obsega oz. število vnosov v zbirko oz. bazo v obdobju 11. Vključenost raziskovalcev iz podjetij in gostovanje raziskovalcev, podoktorandov ter študentov iz tujine, daljše od enega meseca Sodelovanje v programski skupini Število - raziskovalci-razvijalci iz podjetij 3 - uveljavljeni raziskovalci iz tujine - podoktorandi iz tujine 3 - študenti, doktorandi iz tujine 4 Skupaj: 10 12. Vključevanje v raziskovalne programe Evropske unije in v druge mednarodne raziskovalne in razvojne programe ter drugo mednarodno sodelovanje v obravnavanem obdobju11_________________________________________________________________________________ 1. EU projekt 6. okvirni program "Portcheck"; Razvoj molekularnih metod detekcije za karantenske povzročitelje bolezni na terenu, Maja Ravnikar, 2004-2007 2. EU projekt 6. okvirni program, "Pepeira", Pepino Mosaic Virus: epidemiologija, ekonomski vpliv in ocena tveganja nevarnosti škodljivih organizmov, Maja Ravnikar, 2006-2009 3. EU projekt, 6. okvirni program," Co-extra": Predelovalne verige po vstopu GS rastlin na tržišče - soobstoj in sledljivost , NIB član Izvršnega odbora (koordinator WP5 in 6), Kristina Gruden, 2005-2009 4. EU Projekt, 5. okvirni program, "Transvir" QLK3-CT-2002-02140 Ocena okoljskega vpliva transgene vinske trte in sliv na raznolikost in dinamiko populacij virusov, Nataša Petrovič in Maruša Pompe Novak, 2003-2006 5. Mednarodni projekt slo-it GIAVI Trsna rumenica: omejujoč dejavnik za pridelavo grozdja, Kristina Gruden, 2005-2008 6. "INREMOS SYSTHER", št. Pogodbe 3211-06-000539, Slovensko-Nemški projekt- virtualni institut za Industrijsko pomembne molekularne znanosti o življenju, Kristina Gruden in Maja Ravnikar, 2006-2011 7. Mednarodni projekt COST 858 Vitikultura: biotski in abiotski stres - obrambni mehanizmi in razvoj vinske trte, Kristina Gruden, 2003-2009 8. Mednarodni projekt COST 853 Biološki markerji za tehnologijo mikromrež v kmetijstvu, Maruša Pompe Novak, 2001-2007 9. Mednarodni projekt COST 864, Zdravje pečkarjev: kombiniranje tradicionalnih in naprednih postopkov zdravstvenega varstva pri gojenju pečkarjev, Tanja Dreo, 2006-2011 10. Mednarodni projekt COST 873, Bakterijske bolezni koščičarjev in lupinarjev, Tanja Dreo, 2006-2011 11. Mednarodni projekt COST 929 Evropska mreža na področju virologije hrane in okoljevarstva, (ENVIRONET), Ion Gutierrez, 2007-2010 12. Bilateralni projekt SLO-CRO, Rastlinski hormoni v razvoju rastlin in odzivu na biotski stres: biokemijski in molekularni pristop, Maja Kovač, 2007-2008 13. Bilateralni projekt PSP 19/2005 SLO GB VSL; Molecular Basis of Symptoms Expression in Potato after Virus Infection, Maja Ravnikar, 2005 14. Bilateralni projekt SLO-GB, PSP 15/2006 Razvoj polimerazne verižne reakcije v realnem času z a določanje različkov krompirjevega virusa Y, Maja Ravnikar, 2006 15. Bilateralni projekt SKI-P-87/01-04 Detekcija gensko modificiranih rastlin, Jana Žel, 2001-2004 16. Bilateralni projekt BI-FR/04-013 Razvoj metode detekcije neavtoriziranih gensko spremenjenih organizmov (GSO) s kvantitativnim PCR, Jana Žel, 2004 17. Bilateralni projekt BI-GB/04-023 Sekveniranje in primerjava različnih PVY virusov, z namenom načrtovanja rastlin odpornih na viruse s pomočjo transformacije, Jana Žel, 2004 18. Bilateralni projekt PSP 11/2005, SLO GB VSL, Detekcija genov vpletenih v obrambni odziv krompirja na virusno okužbo, Maja Kovač, 2005 19. Bilateralni projekt BI-CZ/06-07-012, Okužba s krompirjevim virusom Y (PVY) biotski stres v transgenih netransgenih rastlinah, Maja Kovač, 2006-2008 Program P4-0165 Stran 10 od Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 20. Bilateralni projekt BI-ES/04-05-011, Določanje gensko spremenjenih organizmov, SLO-ES-GSO, Kristina Gruden, 2004-2006 21. Bilateralni BI-US/05-06/024, SLO-USA. Biološka raznovrstnost naravnih populacij virusa pahljačavosti listov vinske trte GFLV, Nataša Petrovič, 2005-2006 22. Bilateralni projekt SLO ZDA BI US/03-04/26, Gospodarski pomen in obvladovanje virusnih bolezni borovnic in brusnic, Nataša Petrovič, 2003-2004 23. BI projekt SLO-P-8/01-04, Uporaba molekularnih tehnik za rutinsko določanje virusa rastlin, Nataša Petrovič, 2004 24. PHARE EU Twining projekt s Španijo SI04/AG02-TL; Učinkoviti fitosanitarni kontrolni sistemi, Department of Agriculture, Livestock and Fisheries of Generalitat of Catalonia, Maja Ravnikar, 2006 25. Sodelovanje z Institute of Food Safety RIKILT, Wageningen University and Research, Nizozemska: Izmenjava študenta na doktorskem študiju v okviru šestega okvirnega programa, projekt SAFEFOODs - Povečanje varnosti hrane z integriranimi analizami tveganja, 2005 26. Mednarodni projekt C43141.X0 Študija "Število kopij DNA v certificiranem referenčnem materialu (IRMM), IRMM, Joint Research Centre, Jana Žel, 2005-2008 27. Mednarodni projekt COST FA0603, Plant proteomics in Europe (EUPP), Kristina Gruden, 2007-2011 28. Bilateralni projekt SLO-IZRAEL, Ugotavljanje vpliva onesnaženja na morske ribe z analizo izražanja biomarkerskih genov z DNA Mikromrežami, Kristina Gruden, 2007-2008 29. Biološka varnost, Izdelava navodil za različne uporabnike informacijskega sistema biološke varnosti (ISBV) pri prijavah zaprtih sistemov gensko spremenjenih organizmov kot dela slovenske posredovalnice informacij (BCH) Jana Žel, Mojca Milavec, 2007-2008 30. Mednarodno sodelovanje AMECO Environmental Services, NL, Izdelava Priročnika za vodenje postopkov za prijavo GSO, Jana Žel, Mojca Milavec, 2006 31. Mednarodno sodelovanje IRMM - Homogeneity measurements for candidate Certified Reference material based on ground seeds containing Roundup Ready soybeans, Jana Žel, 2007-2008 32. Mednarodno sodelovanje EC DG JRC, Ispra, Udeležba "expertov" na delavnici za pripravo dokumentov CRL-GMFF, Jana Zel, Marjana Camloh, 2007 33. Pogodba 2005/017-462.01.08, oprema v okviru projekta PHARE Transition Facility "Izboljšanje upravljanja z varno hrano", Jana Žel, 2007-2008 34. SI04-AG-02 "Učinkovit fitosanitarni kontrolni sistem", št 2004/016-710.01.02 v povezavi s projektom PHARE Twinning light" financiran s strani Transition Facility 2004, Laboratorijska oprema, Maja Ravnikar, 2006/2007 35. Centralni Referenčni labortorij (CRL). Validacije, European Commission DG Joint Research Centre Institute for Health and Consumer Protection Management Support Unit ISPRA, Jana Žel, 2007-2008 36. 3211-05-000110, Evropska poletna šola, bilateralni projekt med Nemčijo in Slovenijo "Genomika in bioinformatika: Uporaba mikročipov v rastlinski fiziologiji", vodja projekta Kristina Gruden in Maruša Pompe Novak, 2005 13. Vključenost v projekte za uporabnike, ki potekajo izven financiranja ARRS12 Industrijski projekti 1. Testiranje karantenskih bakterij in virusov za različna podjetja, 02POGOD2, Maja Ravnikar, 2004 - 2008 2. Pogodba 802/2006 z BIA d.o.o., analize na transmisijskem elektronskem mikroskopu, Maruša Pompe Novak, 2006, 2007, 2008 3. TP MIR 4, Projekt "Tia Misis" - Mikroizvidniški sistem MISIS, Maja Ravnikar, 2006-2008, nosilec Fotona - Optotek 4. Pogodba: 5-057/2003 Pogodba s področja molekularne biologije LEK - čipi , Kristina Gruden , 2001 - 2007 5. Pogodba LEK RU-125/2006, Raziskave učinkovin, Kristina Gruden, 2006-2007 6. Pogodba LEK BIO 6/2006, Uvedba uporabe DNA čipov pri preučevanju transkriptoma bakterije Escherichia coli, Kristina Gruden, 2006 7. Pogodbe za izvedbo GSO analiz - trg, 020GSO00, 02GSOANA, Jana Žel, 2002-2006 8. Pogodba z BiaSeparations, 1145/2007, Analize PCR Real Time, Maja Ravnikar, 2007-2008 9. KRKA, sodelovanje na področju Določanja rezidualne DNA v bakterijskem produktu, Kristina Gruden, 2007 Projekti za državno upravo - ministrstva 10. Pogodbe 2321-07-210023 Strokovna naloga s področja zdravstvenega varstva rastlin, Maja Ravnikar (2004 - 2008) 11. Pogodbe 2314-07-000022 Varstvo rastlin - inšpektorat RS, Maja Ravnikar, 2004-2008 12. Pogodbe 2511-07-200132 Referenčni laboratorij, Monitoring, analiziranje in testiranje Program P4-0165 Stran 11 od Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 odvzetih vzorcev ter razvoj analitičnih testnih metod kot referenčnega preskusnega laboratorija za določanje gensko spremenjenih organizmov, Jana Žel, 2006-2008 13. GSO Krma - Izvajanje analize gensko spremenjenih organizmov v krmi za potrebe certifikacijskega organa, 022-361/2003/9, 2004/2005, : Jana Žel, 2005-2007 14. Pogodbe 2314-07-000010, MKGP GSO HRANA, Jana Žel, 2004-2007 15. Pogodbe 2314-07-000006, MKGP GSO KRMA, , Jana Žel, 2004-2007 16. Pogodbe 2311-07-000200, MKGP GSO Monitoring, Jana Žel, 2005-2007 17. Pogodbe 2311-07-000170, MKGP Metode, Jana Žel, 2005-2007 18. Pogodba 2711-07Y000228, Ministrstvo za zdravje- Referenčni laboratorij, Jana Žel, 2007 19. Pogodba 2511-07-200235 MOP, Strokovno svetovanje v času slovenskega predsedovanja v postopku pogajanj v okviru Kartagenskega protokola o biološki varnosti, Jana Žel, 2007-2008 20. Pogodbe 4300-102/, MORS, Sofinanciranje organizacijskih, materialnih in kadrovskih priprav v Nacionalnem inštitutu za biologijo, za strokovno svetovanje in ukrepanje v primeru napada z orožji ali sredstvi za množično uničevanje ter s klasičnimi sredstvi, Jana Boben, 2005-2008 21. Priprava in vodenje izobraževanja-delavnice: "Razlaga analiznih izvidov GSO", Jana Žel, 2008 CRP projekti 22. V4-0313, Diagnostika povzročiteljev bolezni vinske trte, Maja Ravnikar, 2006-2008 23. V4-0314, Harmonizacija tehnologij za celovito sledljivost gensko spremenjenih organizmov v produkciji kmetijskih pridelkov in živil ter njihov soobstoj s konvencialno in ekološko pridelavo, Jana Žel, 2006-2008 24. V4 0872, Povzročitelji novih in manj znanih bolezni vinske trte, Maja Ravnikar, 2003-2006 25. V4-0343, "Razvoj izboljšanega sistema za gojenje matičnih rastlin koščičastih sadnih vrst-pridelava cepičev v mrežniku, da ali ne?", Maja Ravnikar, 2006-2008 26. V1-0879, Razvoj metod za določanje in spremljanje gensko spremenjenih organizmov (GSO) v krmi in nekaterih potvorb v kmetijskih pridelkih oz. živilih, Jana Žel, 2003-2006 27. M1-0145 Razvoj metod za določanje virusov v pitnih vodah v primeru terorističnega napada in naravnih nesrečah, Kristina Gruden, 2006-2008 28. M1-0152 Varstvo pred nenadzorovanim sproščanjem gensko spremenjenih organizmov in drugih biotskih agensov (fitopatogenih mikroorganizmov) v okolje, Jana Žel, 2006-2008 Drugo 29. Strukturni skladi 3311-04-855023 Načrtovanje, pridobivanje in karakterizacija biofarmacevtikov, Center odličnosti , Maja Ravnikar, 2004-2008 30. Ad FUTURA, Sofinanciranje znanstvenega sodelovanja v RS, Ion Gutierrez, 2006-2007 14. Dolgoročna sodelovanja z uporabniki, sodelovanje v povezavah gospodarskih in drugih organizacij (grozdi, mreže, platforme), sodelovanje članov programske skupine v pomembnih gospodarskih in državnih telesih (upravni odbori, svetovalna telesa, fundacije, itd.) Mednarodna sodelovanja 1. ERA-NET PLANT HEALTH EUPHRESCO, Maja Ravnikar, vključena kot znanstveni ekspert (Nosilna inštitucija MAF, GB. S Slovenske strani je glavni sodelujoči Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano. 2. ERA-NET SYSBIO, Kristina Gruden, vključena kot ekspert na področju sistemske biologije, s Slovenske strani nosilno Ministrstvo za visoko šolstvo, znanost in tehnologijo 3. Maja Ravnikar , članica panela - delovne skupine - Panela za bakteriologijo, Evropskega združenja za varstvo rastlin (EPPO). 4. Maja Ravnikar, članica iniciativnega odbora za ustanovitev Evropskega združenja za fitobakteriologijo (European Association of Phytobacteriology) 5. Maja Ravnikar, članica delovne skupine za izvajanje Twining light projekta "Effective Phytosanitary Control Sistem 6. American Plant Pathology Society - članica, International Working Groups on Legume (IWGLV) and Vegetable Viruses (IWGVV) _ organizacija simpozija Ljubljana 2008 Maja Ravnikar 7. Maja Ravnikar, slovenska predstavnica v Odboru zuanjjih strokovnjakov (External Advisory Board - EAB) mednarodne iniciative ERA SYSBIO 8. Jana Žel, članica CEN/TC 275/WG 11 genetsko modificirani organizmi 9. Jana Žel, članica upravnega odbora Evropske mreže laboratorijev, ki določajo GSO (ENGL-European Network of GMO laboratories) sedež v ISPRI 10. Jana Žel, članica znanstvenega odbora za namerno sproščanje GSO v okolje in dajanje izdelkov na trg, pri Ministrstvu za okolje in prostor 11. Jana Žel, članica delovne skupine za merilno negotovost pri ENGL 12. Jana Žel, vodja delovne skupina za analize GSO pri ENGL Program P4-0165 Stran 12 od Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 Sodelovanja v RS Sloveniji 13. Maja Ravnikar članica upravnega odbora Centra za funkcijsko genomiko in bio-čipe, Kristina Gruden namestnica 14. Kristina Gruden in Maja Ravnikar, članici upravnega odbora Centra odličnosti s področja farmacije in biotehnologije 15. Maja Ravnikar, članica Znanstveno-raziskovalnega sveta za naravoslovje ARRS 16. Maja Ravnikar, članica Strokovnega sveta ciljnih raziskovalnih programov MIR 17. Maja Ravnikar, članica Strokovne skupine za zdravstveno varstvo rastlin v sadjarstvu, vinogradništvu in hmeljarstvu pri MKGP 18. Maja Ravnikar, članica Komisije za varstvo rastlin pri MKGP 19. Maja Ravnikar, članica 1. razvojne skupine "za življenje in zdravje" v Svetu vlade RS za konkurenčnost 20. Maja Ravnikar, dolgoletna članica skupščine družbenikov Tehnološkega Parka Ljubljana, zastopnik za NIB 21. Maja Ravnikar, članica senata Visoke šole za vinogradništvo in vinarstvo Nova Gorica 22. Maja Ravnikar, članica senata Fakultete za okolje Nova Gorica 23. Maja Ravnikar, članica delovne skupine za pripravo "Meril za izvolitve v nazive visokošolskih učiteljev Univerze v Novi Gorici" 24. Maja Ravnikar, članica komisije za ocenjevanje mladih raziskovalcev iz gospodarstva, 2006 25. Kristina Gruden, Maruša Pompe Novak, Marina Dermastia, članice znanstvenega odbora za delo z GSO v zaprtih sistemih, MOPE 26. Jana Žel, članica platforme "Food for Health" pri GZS Slovenije 27. Maruša Pompe Novak, v okviru Nacionalnega inštituta za biologijo, Oddelka za biotehnologijo in sistemsko biologijo vodenje Instrumentalnega Center Planta v sodelovanju z Instrumentalnim Centrom za funkcijsko genomiko in bio-čipe in z Centrom odličnosti s področja farmacije in biotehnologije 28. Marina Dermastia (nova članica PS), predsednica Društva rastlinsko fiziologijio Slovenije 1998-2007 29. Marina Dermastia(nova članica PS), znanstvena recenzentka za področje biotehniških ved pri Strokovnem telesu za znanstveni tisk ARRS 30. Marina Dermastia (nova članica PS), vodja delovne skupine za bolonjsko prenovo na UL, BF 31. Marina Dermastia (nova članica PS), članica programskega sveta študija Biomedicina, UL 32. Marina Dermastia (nova članica PS), članica delovne skupine za pripravo bolonjskih programov Bioinformatika in Sistemska biologija, Univerza na Primorskem in NIB 15. Skrb za povezavo znanja s slovenskim prostorom in za slovensko znanstveno terminologijo (Cobiss tip 1.04, 1.06, 1.07, 1.08, 1.09, 1.17, 1.18, 2.02, 2.03, 2.04, 2.05, 2.06)13 Naslov Strokovno delo na področju gensko spremenjenih organizmov Opis Člani programske skupine so objavili 3 strokovne prsipevke s področja gensko spremenjenih rastlin. Svoje raziskovalno delo s tega področja so predsatvili v obliki vabljenih predavanj na petih znanstvenih srečanjih in v 36 prispevkih na domačih in mednarodnih konferencah. Področje je bilo predstavljeno tudi v dveh strokovnih monografijah in enem priročniku. Objavljeno v TRAPMANN, S., BURNS, M., BROLL, H., MACARTHUR, R., WOOD, R. K. S., ŽEL, Jana. Guidance document on measurement uncertainty for GMO testing laboratories, (EUR - Scientific and technical research series). Luxembourg: Office for official publications of the European communities, 2007. 41 str., tabele, graf.prikazi. ISBN 978-92-79-05566-9. COBISS.SI-ID 22877401 16. Skrb za popularizacijo znanstvenega področja (Cobiss tip 1.05, 1.21, 1.22, 2.17, 2.19, 3.10, 3.11, 3.12)14 Naslov (Gensko spremenjene) rastline in rastlinski patogeni na poljuden način Opis Tematiko so člani programske skupine predstavili v dveh poljudnih člankih, štirih intervjujih, petih televizijskih in enem radijskem prispevku tern a eni fotografski razstavi. Objavljeno v ŽEL, Jana. Uporaba gensko spremenjenih rastlin : prispevek za RA Slovenija dne 13.01.2004. Program P4-0165 Stran 13 od 19 99 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 COBISS.SI-ID 1369679 17. Vpetost vsebine programa v dodiplomske in podiplomske študijske programe na univerzah in samostojnih visokošolskih organizacijah v letih 2004 – 2008 1. Naslov predmeta Rastlinska biokemija (Gruden) Vrsta študijskega programa univerzitetni, biokemija Naziv univerze/ fakultete UL, FKKT 2. Naslov predmeta Patologija rastlin Rastlinska fiziologija in biotehnologija/Izbrana poglavja rastlinske fiziologije in biotehnologije (Ravnikar, Pompe Novak) Rastlinska fiziologija in biotehnologija (Ravnikar, Gruden, Pompe Novak, Žel) Izbrana poglavja iz rastlinske fiziologije in biotehnologije (Ravnikar, Žel, Gruden, Pompe Novak) Vrsta študijskega programa univerzitetni, vinogradništvo in vinarstvo/okolje univerzitetni, vinogradništvo in vinarstvo Univerzitetni, okolje Naziv univerze/ fakultete UNG 3. Naslov predmeta Osnove rastlinske in živalske biotehnologije (Žel, Ravnikar, Pompe Novak) Rastlinska biokemija (Kovač, Gruden) Virologija (Ravnikar, Žel) Sanitarna mikrobiologija (Žel) (Mikrob in patogeneza, Dermastia - predmet nove članice programa) Vrsta študijskega programa univerzitetni, biologija univerzitetni, biologija univerzitetni, mikrobiologija univerzitetni, mikrobiologija univerzitetni, mikrobiologija Naziv univerze/ fakultete UL, BF Naslov predmeta Interakcije organizmov z mikrobi (Ravnikar, Kovač) Virologija (Ravnikar) Program P4-0165 Stran 14 od 19 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 4. Rastlinska biotehnologija (Ravnikar, Žel) (Biologija celice, Dermastia - predmet nove članice programa) Vrsta študijskega programa podiplomski, biološke in biotehniške znanosti Naziv univerze/ fakultete UL, BF 5. Naslov predmeta Mikrobiologija in parazitologija (Ravnikar) Vrsta študijskega programa podiplomski, biomedicina Naziv univerze/ fakultete UL 6. Naslov predmeta Rastlinska biokemija (Kovač) Vrsta študijskega programa univerzitetni, biologija Naziv univerze/ fakultete UL, BF 7. Naslov predmeta Virologija (Ravnikar, Žel) Vrsta študijskega programa univerzitetni, mikrobiologija Naziv univerze/ fakultete UL, BF 18. Označite potencialne vplive oziroma učinke vaših rezultatov na navedena področja: Vpliv Ni vpliva Majhen vpliv Srednji vpliv Velik vpliv G.01 Razvoj visoko-šolskega izobraževanja G.01.01. Razvoj dodiplomskega izobraževanja r r r a G.01.02. Razvoj podiplomskega izobraževanja r r r (S G.01.03. Drugo: r r r r G.02 Gospodarski razvoj G.02.01 Razširitev ponudbe novih izdelkov/storitev na trgu r r r (S G.02.02. Širitev obstoječih trgov r r r C G.02.03. Znižanje stroškov proizvodnje r <• r r G.02.04. Zmanjšanje porabe materialov in energije r r (S r G.02.05. Razširitev področja dejavnosti r r r (S G.02.06. Večja konkurenčna sposobnost r r r (S G.02.07. Večji delež izvoza r r r C G.02.08. Povečanje dobička r r r (S Program P4-0165 Stran 15 od 19 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 G.02.09. Nova delovna mesta C r r (S G.02.10. Dvig izobrazbene strukture zaposlenih r r r (S G.02.11. Nov investicijski zagon r r r (S G.02.12. Drugo: r r r r G.03 Tehnološki razvoj G.03.01. Tehnološka razširitev/posodobitev dejavnosti r r r (S G.03.02. Tehnološko prestrukturiranje dejavnosti r r a r G.03.03. Uvajanje novih tehnologij r r r (S G.03.04. Drugo: r r r r G.04 Družbeni razvoj G.04.01 Dvig kvalitete življenja r r r a G.04.02. Izboljšanje vodenja in upravljanja r a r r G.04.03. Izboljšanje delovanja administracije in javne uprave r r C (S G.04.04. Razvoj socialnih dejavnosti (S r r r G.04.05. Razvoj civilne družbe r r (S r G.04.06. Drugo: r r r r G.05. Ohranjanje in razvoj nacionalne naravne in kulturne dediščine in identitete (S r r r G.06. Varovanje okolja in trajnostni razvoj r r C (S G.07 Razvoj družbene infrastrukture G.07.01. Informacijsko-komunikacijska infrastruktura r r r (S G.07.02. Prometna infrastruktura (S r r r G.07.03. Energetska infrastruktura a r r r G.07.04. Drugo: r r r r G.08. Varovanje zdravja in razvoj zdravstvenega varstva r r r (S G.09. Drugo: r r r r Komentar^ Program je izredno pomemben za razvoj visokošolskega izobraževanja, saj so vse starejše raziskovalke habilitirane na Univerzi v Ljubljani, ali Univerzi v Mariboru in Univerzi Nova Gorica. Vodijo ali sodelujejo pri 14 podiplomskih in dodiplomskih predmetih ter opravljajo mentorstva s področja rastlinske biotehnologije, mikrobiologije, biokemije in fiziologije. V letu 2005 se je na Univerzi Nova Gorica pričel novi bolonjski študij Vinogradništvo in vinarstvo. Program je strokovno v veliki meri pripravljala sodelavka našega programa; v njegovo izvajanje pa smo vključeni tudi drugi raziskovalci programa. Tvorno smo se vključili tudi v bolonjsko prenovo študijev na vseh treh visokošolskih ustanovah. Vpliv programa na gospodarski in tehnološki razvoj se kaže zlasti v sodelovanju z industrijo, saj Program P4-0165 Stran 16 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 smo sodelavci programa v preteklih petih letih izvajali projekte za večino biotehnoloških in večjih farmacevtskih podjetij pri nas. Ob tem velja poudariti, da za potrebe podjetij izobražujemo kadre; prek skupnih projektov pa vanje prenašamo vrhunsko znanje in najmodernejše tehnološke rešitve molekulske biologije. Slednje pomagajo pri razvoju novih produktov in aplikacij. Skrbimo za delo z najnovejšo raziskovalno opremo, ki jo združujemo v instrumentalnem Centru Planta. Ta deluje v okviru našega Oddelka za rastlinsko fiziologijo in biotehnologijo ter v okviru Slovenskega konzorcija za tehnologijo biočipov (sedež na Medicinski fakulteti) in Centra odličnosti: Biotehnologija s farmacijo. Z izvajanjem tehnološko izjemno zahtevnih analiz in ekspertiz s področja gensko spremenjenih organizmov in diagnostike mikroorganizmov smo postali center znanja v regiji in se kot tak vklapljamo v glavna mednarodna dogajanja. Z delom za podjetja in različna ministrstva ter inšpekcijske službe, se vključujemo poleg gospodarskega tudi v družbeni razvoj. S svojim delom na področjih gensko spremenjenih organizmov in varstva rastlin strokovno podpiramo ministrstva pristojna za kmetijstvo, okolje in zdravstvo ter civilno zaščito. Z našo vključenostjo v odbore različnih mednarodnih združenj (European Plant Protection Organisation, Joint Research Center, ENGL in CRN) je Republika Slovenija dejavno vključena v mednarodne tokove na naših ekspertnih področjih. Predvsem na področju gensko spremenjenih organizmov ali v primeru naravnih nesreč kot je bila epidemnija hruševega ožiga, kljer smo kot pooblaščeni diagnostični laboratorij aktivno sodelovali pri obvladovanju te bolezni, smo pogosto v dialogu tudi s predstavniki civilne družbe. Naše dosežke redno predstavljamo laični javnosti, s sodelovanjem v radijskih in televizijskih oddajah ter v poljudnem tisku (TV Pika, TV Slovenija, Večer, DELO, Radio Slovenija, Proteus itd). C. IZJAVE Podpisani izjavljam/o, da: • so vsi podatki, ki jih navajamo v poročilu, resnični in točni • se strinjamo z obdelavo podatkov v skladu z zakonodajo o varstvu osebnih podatkov za potrebe ocenjevanja, za objavo 5., 6. in 7. točke na spletni strani http://sicris.izum.si/ ter obdelavo teh podatkov za evidence ARRS • so vsi podatki v obrazcu v elektronski obliki identični podatkom v obrazcu v pisni obliki Podpisi: vodja raziskovalnega programa zastopniki oz. pooblaščene osebe raziskovalnih organizacij in/ali koncesionarjev Maja Ravnikar in/ali Nacionalni inštitut za biologijo Univerza v Novi Gorici Program P4-0165 Stran 17 od 19 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 Kraj in datum: Ljubljana 25.3.2009 Oznaka poročila: ARRS_ZV_RPROG_ZP_2008/304 1 Napišite kratko vsebinsko poročilo, kjer boste predstavili raziskovalno hipotezo in opis raziskovanja. Navedite ključne ugotovitve, znanstvena spoznanja ter rezultate in učinke raziskovalnega programa. Največ 21.000 znakov vključno s presledki (približno tri in pol strani, velikosti pisave 11). Nazaj 2 Največ 3000 znakov vključno s presledki (približno pol strani, velikosti pisave 11). Nazaj 3 Samo v primeru bistvenih odstopanj in sprememb od predvidenega programa raziskovalnega programa, kot je bil zapisan v predlogu raziskovalnega programa. Največ 3.000 znakov vključno s presledki (približno pol strani, velikosti pisave 11). Nazaj 4 Navedite največ pet najpomembnejših znanstvenih rezultatov programske skupine, ki so nastali v času trajanja programa v okviru raziskovalnega programa, ki je predmet poročanja. Za vsak rezultat navedite naslov v slovenskem in angleškem jeziku (največ 150 znakov vključno s presledki), rezultat opišite (največ 600 znakov vključno s presledki) v slovenskem in angleškem jeziku, navedite, kje je objavljen (največ 500 znakov vključno s presledki), izberite ustrezno šifro tipa objave po Tipologiji dokumentov/del za vodenje bibliografij v sistemu COBISS ter napišite ustrezno COBISS.SI-ID številko bibliografske enote. Navedeni rezultati bodo objavljeni na spletni strani http://sicris.izum.si/. PRIMER (v slovenskem jeziku): Naslov: Regulacija delovanja beta-2 integrinskih receptorjev s katepsinom X; Opis: Cisteinske proteaze imajo pomembno vlogo pri nastanku in napredovanju raka. Zadnje študije kažejo njihovo povezanost s procesi celičnega signaliziranja in imunskega odziva. V tem znanstvenem članku smo prvi dokazali… (največ 600 znakov vključno s presledki) Objavljeno v: OBERMAJER, N., PREMZL, A., ZAVAŠNIK-BERGANT, T., TURK, B., KOS, J.. Carboxypeptidase cathepsin X mediates ß2 - integrin dependent adhesion of differentiated U-937 cells. Exp. Cell Res., 2006, 312, 2515-2527, JCR IF (2005): 4.148 Tipopologija: 1.01 - Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID: 1920113 Nazaj 5 Navedite največ pet najpomembnejših družbeno-ekonomsko relevantnih rezultatov programske skupine, ki so nastali v času trajanja programa v okviru raziskovalnega programa, ki je predmet poročanja. Za vsak rezultat navedite naslov v slovenskem in angleškem jeziku (največ 150 znakov vključno s presledki), rezultat opišite (največ 600 znakov vključno s presledki) v slovenskem in angleškem jeziku, izberite ustrezen rezultat, ki je v Šifrantu raziskovalnih rezultatov in učinkov (Glej: http://www.arrs.gov.si/sl/gradivo/sifranti/sif-razisk-rezult.asp), navedite, kje je rezultat objavljen (največ 500 znakov vključno s presledki), izberite ustrezno šifro tipa objave po Tipologiji dokumentov/del za vodenje bibliografij v sistemu COBISS ter napišite ustrezno COBISS.SI-ID številko bibliografske enote. Navedeni rezultati bodo objavljeni na spletni strani http://sicris.izum.si/. Nazaj 6 Pomen raziskovalnih rezultatov za razvoj znanosti in za razvoj Slovenije bo objavljen na spletni strani: http://sicris.izum.si Nazaj 7 Največ 4.000 znakov vključno s presledki Nazaj 8 Največ 4.000 znakov vključno s presledki Nazaj 9 Za raziskovalce, ki niso habilitirani, so pa bili mentorji mladim raziskovalcem, se vpiše ustrezen podatek samo v stolpec MR Nazaj 10 Vpisuje se uredništvo revije, monografije ali zbornika v skladu s Pravilnikom o kazalcih in merilih znanstvene in strokovne uspešnosti (Uradni list RS, št. 39/2006,106/2006 in 39/2007), kar sodi tako kot mentorstvo pod sekundarno avtorstvo, in delo (na zlasti nacionalno pomembnim korpusu ali zbirki) v skladu z 3. in 9. členom istega pravilnika. Največ 1000 znakov (ime) oziroma 150 znakov (število) vključno s presledki. Nazaj 11 Navedite oziroma naštejte konkretne projekte. Največ 12.000 znakov vključno s presledki. Nazaj 12 Navedite konkretne projekte, kot na primer: industrijski projekti, projekti za druge naročnike, državno upravo, občine ipd. in ne sodijo v okvir financiranja pogodb ARRS. Največ 9.000 znakov vključno s presledki. Nazaj 13 Navedite objavo oziroma prevod (soobjavo) članov programske skupine strokovnega prispevka v slovenskem jeziku, ki se nanaša na povezavo znanja s slovenskim prostorom in za slovensko znanstveno terminologijo (Cobiss tip 1.04, 1.06, 1.07, 1.08, 1.09, 1.17, 1.18, 2.02, 2.03, 2.04, 2.05, 2.06). Napišite naslov (največ 150 znakov vključno s presledki), kratek opis (največ 600 znakov vključno s presledki), navedite, kje je objavljen/a (največ 500 znakov vključno s presledki) ter napišite ustrezno COBISS.SI-ID številko bibliografske enote. Nazaj 14 Navedite objavo oziroma prevod (soobjavo) članov programske skupine, povezano s popularizacijo znanosti (Cobiss tip 1.05, 1.21, 1.22, 2.17, 2.19, 3.10, 3.11, 3.12). Napišite naslov (največ 150 znakov vključno s presledki), kratek opis (največ 600 znakov vključno s presledki), navedite, kje je objavljen/a (največ 500 znakov vključno s presledki), ter napišite ustrezno COBISS.SI-ID številko bibliografske enote. Nazaj Program P4-0165 Stran 18 od 19 Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega programa v obdobju 2004-2008 Komentar se nanaša na 18. točko in ni obvezen. Največ 3.000 znakov vključno s presledki. Nazaj Obrazec: ARRS-ZV-RPROG-ZP/2008 v1.00 Program P4-0165 Stran 19 od 19