1UVOD 
 
Topoizomeraze so skupina esencialnih encimov, ki nadzirajo 
spremembo terciarne ali kvartarne strukture DNA in so pri-
BOJ PROTI 
BAKTERIJSKI 
ODPORNOSTI: ALI 
SO BAKTERIJSKE 
TOPOIZOMERAZE 
TIPA II šE 
ZANIMIVE TARČE? 
ThE FIghT AgAINST BACTERIAL 
RESISTANCE: ARE BACTERIAL 
TyPE II TOPOISOMERASES 
STILL INTERESTINg TARgETS? 
 
AVTORJI / AUThORS: 
Maša Zorman, mag. ind. farm.1,2 
dr. Nikola Minovski, mag. farm.1 
prof. dr. Marko Anderluh, mag. farm.2 
prof. dr. Stanislav Gobec, mag. farm.2 
izr. prof. dr. Martina Hrast Rambaher, mag. farm.2 
 
1 Kemijski inštitut, Laboratorij za kemijsko informatiko,  
Teoretični odsek,  
Hajdrihova 19, 1001 Ljubljana  
2 Univerza v Ljubljani, Fakulteta za farmacijo, 
Aškerčeva 7, 1000 Ljubljana 
 
NASLOV ZA DOPISOVANJE / CORRESPONDENCE: 
E-mail: martina.hrast-rambaher@ffa.uni-lj.si 
 
POVZETEK 
Topoizomeraze tipa II so pomembne tarče za proti -
bakterijsko terapijo. Prvi zaviralci topoizomeraz tipa 
II, kinoloni in aminokumarini, so se na trgu pojavili 
že pred desetletji, vendar njihova uporabnost po-
stopoma upada zaradi nizke učinkovitosti, neželenih 
učinkov in pojava bakterijske rezistence. Za prema-
govanje odpornosti in ohranjanje topoizomeraz kot 
zanimivih tarč, so ključne inovacije na tem področju 
– izboljšanje dosedanjih razredov učinkovin in od-
krivanje novih tipov zaviralcev. V članku so pred-
stavljeni različni razredi zaviralcev bakterijskih topo-
izomeraz, njihove prednosti in slabosti ter obeti za 
prihodnost. 
 
KLJUČNE BESEDE:  
aminokumarini, kinoloni, novi zaviralci bakterijskih 
topoizomeraz, protibakterijska terapija, zaviralci to-
poizomeraze tipa II 
 
ABSTRACT 
Type II topoisomerases are important targets for 
antibacterial therapy. The first inhibitors of type II 
topoisomerases, quinolones and aminocoumarins, 
emerged more than half a century ago, but their 
use is now in slow decline due to toxic side effects, 
low effectiveness and emergence of bacterial re-
sistance. Innovations in this field – improvement of 
already existing classes of antibacterials and dis-
covery of novel classes of compounds, are essential 
for overcoming resistance and maintaining topoi-
somerases as viable targets. In this paper, we pres-
ent various classes of bacterial topoisomerase in-
hibitors, their advantages and shortcomings, as well 
as future perspectives.  
 
KEy wORDS:  
aminocoumarins, antibacterial therapy, novel bac-
terial topoisomerase inhibitors, quinolones, type II 
topoisomerase inhibitors
10
B
O
J 
P
R
O
TI
 B
A
K
TE
R
IJ
S
K
I O
D
P
O
R
N
O
S
TI
: A
LI
 S
O
 B
A
K
TE
R
IJ
S
K
E
 T
O
P
O
IZ
O
M
E
R
A
ZE
 T
IP
A
 II
 š
E
 Z
A
N
IM
IV
E
 T
A
R
Č
E
?
Farm Vestn 2025; 76
ki omogočata cepitev in ponovno združitev dvovijačne 
DNA, se nahajata na podenoti gyrA/ParC, delno pa ju se-
stavlja tudi C-terminalni konec gyrB/ParE. Cepitev ade-
nozin trifosfata (ATP) in s tem zagotavljanje energije za en-
cimsko reakcijo izvajata ATPazni domeni, ki se nahajata 
na N-terminalnem koncu podenot gyrB/ParE. C-terminalni 
domeni encima, ki sta odgovorni za zvijanje DNA, se na-
hajata na C-terminalnem koncu gyrA/ParC. heterotetra-
merni encim oblikuje troje “vrat”, ki nadzirajo katalitski cikel 
encima preko vezave DNA in uravnavajo prehajanje posa-
meznih verig (8). N-vrata se nahajajo na N-terminalnem 
koncu encima, na stičišču dveh podenot gyrB/ParE v 
 ATPazni domeni encima. DNA-vrata so v bližini katalitskega 
mesta, na stičišču obeh podenot gyrA/ParC in obeh po-
denot gyrB/ParE. C-vrata pa se nahajajo na distalnem 
koncu encima, na ponovnem stičišču dveh podenot 
gyrA/ParC (slika 1). 
Katalitski cikel encima poteka v več korakih (slika 2). g-
segment dvovijačne DNA se najprej veže na DNA-vrata, 
medtem ko se drugi segment dvovijačne DNA, t. i. T-seg-
ment, veže na odprta N-vrata. Ob vezavi dveh molekul 
gyrB/ParE dimerizira in N-vrata se zaprejo, ob enem pa 
se g-segment cepi. hidroliza prve molekule ATP povzroči 
razprtje DNA-vrat in prečkanje T-segmenta skozi razce-
pljeno DNA. Ligacija g-segmenta poteče ob sprostitvi ade-
nozin difosfata (ADP) iz ATPazne domene, T-segment pa 
lahko zapusti encim skozi C-vrata. Ob hidrolizi druge mo-
lekule ATP nazadnje pride do sprostitve g-segmenta iz 
encima (2, 5, 8). Posamezni tipi topoizomeraznih zaviralcev 
delujejo na različne korake v katalitskem ciklu in s tem pre-
kinejo delovanje encima v enem izmed vmesnih stanj. Za-
viranje delovanja encima in s tem ključnih celičnih procesov, 
kot je npr. prepisovanje DNA, v bakterijskih celicah sproži 
signal za celično smrt. 
 
 
3ZAVIRALCI TOPOIZOMERAZ TIPA II 
 
Zaviralce bakterijskih topoizomeraz delimo v več skupin, 
ki se med seboj razlikujejo po mehanizmu delovanja in 
mestu vezave na encim. V grobem delimo zaviralce v dve 
skupini: topoizomerazne strupe in katalitske zaviralce to-
poizomeraz (6). Topoizomerazni strupi interagirajo tako z 
encimom kot z DNA in stabilizirajo vmesno razcepljeno 
stanje DNA. Delujejo kot fizična prepreka, ki onemogoča 
ponovno povezavo (re-ligacijo) DNA. To v bakterijah sproži 
sotni tako v evkariontskih kot v prokariontskih celicah (1). 
Udeležene so pri uravnavanju dodatnega zvijanja in razvi-
janja DNA med podvojevanjem in prepisovanjem DNA. 
glede na prehodno stanje jih delimo v dve skupini – DNA-
topoizomeraze tipa I, ki v prehodnem stanju cepijo eno 
samo verigo DNA, in DNA-topoizomeraze tipa II, ki naen-
krat cepijo obe verigi dvovijačne DNA (2). Zaradi udeleže-
nosti v osnovnih celičnih procesih so človeške topoizome-
raze tipa II zanimive kot tarče za kemoterapijo rakavih 
obolenj, strukturne razlike med evkariontskimi in proka-
riontskimi topoizomerazami tipa II pa omogočajo selektivno 
ciljanje bakterij (2). 
Prve protibakterijske učinkovine, usmerjene proti bakterij-
skim topoizomerazam tipa II, aminokumarini, so bile odkrite 
pred skoraj 75 leti (3). Tako kinoloni, najuspešnejši razred 
bakterijskih topoizomeraznih zaviralcev, kot aminokumarini 
so bili prvič registrirani v šestdesetih letih 20. stoletja. Ta 
dva razreda predstavljata doslej edina dva odobrena ra-
zreda zaviralcev bakterijskih topoizomeraz (4–6). Zaradi 
pomanjkljivosti učinkovin iz obeh razredov, kot so vprašljiv 
varnostni profil ter pojav odpornih bakterijskih sevov, se je 
njihova uporaba močno zmanjšala. Inovacije na področju 
zaviralcev tipa II so zato ključne za premagovanje bakterij-
ske odpornosti in pri ohranjanju bakterijskih topoizomeraz 
kot zanimivih tarč v protibakterijski terapiji. V nadaljevanju 
bomo predstavili zgradbo in delovanje bakterijskih topo-
izomeraz ter obravnavali posamezne skupine zaviralcev, 
njihove prednosti, slabosti in obete pri razvoju novih učin-
kovin. 
 
 
2BAKTERIJSKE TOPOIZOMERAZE TIPA II 
 
Pri prokariontih poznamo dva podtipa topoizomeraze tipa 
II – DNA-girazo in topoizomerazo IV (topoIV); in čeprav sta 
si encima po strukturi zelo podobna, opravljata v celici ne-
koliko drugačne vloge (2, 6). Oba encima sta sposobna 
sproščati dodatno zvitje, vendar DNA-giraza poleg tega 
uvaja tudi negativno dodatno zvitje, kar je ključno za shra-
njevanje DNA v bakterijski celici. Po drugi strani je topoIV 
ključna za razvijanje sestrskih kromatid med podvojevanjem 
DNA (7). Oba encima imata heterotetramerno strukturo in 
sta si topološko zelo podobna. DNA-giraza je sestavljena 
iz dveh podenot gyrA in dveh podenot gyrB, topoIV pa iz 
dveh podenot ParC in dveh podenot ParE, ki sta po struk-
turi analogni gyrA in gyrB (slika 1). Katalitski mesti encima, 
11 Farm Vestn 2025; 76
P
R
E
g
LE
D
N
I Z
N
A
N
S
TV
E
N
I Č
LA
N
K
I  
12
B
O
J 
P
R
O
TI
 B
A
K
TE
R
IJ
S
K
I O
D
P
O
R
N
O
S
TI
: A
LI
 S
O
 B
A
K
TE
R
IJ
S
K
E
 T
O
P
O
IZ
O
M
E
R
A
ZE
 T
IP
A
 II
 š
E
 Z
A
N
IM
IV
E
 T
A
R
Č
E
?
Farm Vestn 2025; 76
obrambni odziv, inducira nastajanje reaktivnih kisikovih 
zvrsti, povzroči razgradnjo DNA in vodi v celično smrt (6). 
Katalitski zaviralci topoizomeraz so učinkovine, ki zavirajo 
delovanje encima, ne da bi poviševale koncentracijo en-
cimskih kompleksov s cepljeno DNA (5). Delujejo v različnih 
stopnjah katalitskega cikla topoizomeraz, npr. pri vezavi 
DNA, vezavi ATP ali cepitvi DNA (5). 
 
3.1 KINOLONI 
 
Nalidiksna kislina, ki je predhodnica kinolonskih protibak-
terijskih učinkovin, je bila leta 1962 naključno odkrita pri 
proizvodnji kinina in le nekaj let kasneje odobrena za zdra-
vljenje bakterijskih okužb (slika 3A) (5, 10). Sprva so imeli 
kinoloni zelo omejeno terapevtsko uporabnost, predvsem 
so se uporabljali za zdravljenje okužb urinarnega trakta, ki 
so jih povzročale Escherichia coli in nekaj drugih gramne-
gativnih bakterij. Z uvedbo fluora na mesto 6 v osrednjem 
kinolonskem skeletu in bazičnega dušikovega heterocikla 
na mesto 7 (slika 3B), se je njihova terapevtska uporabnost 
močno povečala. Nova generacija kinolonskih protimikrob-
nih učinkovin, katere prvi predstavnik, norfloksacin, ki je 
leta 1983 pridobil dovoljenje za promet, je tako dobila ime 
fluorokinoloni. Strukturne spremembe fluorokinolonov so 
privedle do izboljšanja njihovih farmakokinetičnih in farma-
kodinamičnih lastnosti, biološke uporabnosti, znatnega po-
večanja protimikrobnega učinka in razširile spekter delo-
vanja spojin tudi na nekatere grampozitivne bakterije in 
mikobakterije (4, 10, 11). Ciprofloksacin je bil prvi pred-
stavnik skupine, ki je izkazoval dobro sistemsko uporabnost 
in je spodbudil razvoj še naprednejših in široko uporabnih 
kinolonov (slika 3C). Predstavniki tretje in četrte generacije 
kinolonskih antibiotikov (npr. levofloksacin in moksifloksacin) 
vsebujejo še dodatne spremembe na mestih 7 in 8, ki 
Slika 1: Prikaz strukture heterotetramera DNA-giraze iz Escherichia coli z vezanim fragmentom DNA (PDB ID: 6RKW) (8). Monomer GyrA je 
prikazan v svetlo sivi barvi, monomer GyrB pa v svetlo modri barvi. Posamezne domene encima so označene z različnimi barvami – ATPazna 
domena (modro), ki jo sestavlja N-terminalni del GyrB, in katalitska domena (temno modro), ki jo sestavljata C-terminalni del GyrB in N-
terminalni del GyrA, ter C-terminalna domena (temno sivo). ATP – adenozin trifosfat 
Figure 1: Heterotetrameric structure of Escherichia coli DNA gyrase with bound DNA fragment (PDB ID: 6RKW) (8). A GyrA monomer is 
shown in light grey and a GyrB monomer in light blue. Individual domains are labeled with different colors – ATPase domain (blue), catalytic 
domain (dark blue), and C-terminal domain (dark grey). ATP – adenosine triphosphate
13 Farm Vestn 2025; 76
P
R
E
g
LE
D
N
I Z
N
A
N
S
TV
E
N
I Č
LA
N
K
I  
omogočajo dodatno izboljšanje aktivnosti na grampozitivne 
bakterije in, v primeru spojin četrte generacije, tudi delo-
vanje na anaerobne organizme (slika 3C) (11). 
Kinoloni se vežejo na encim v bližini katalitskega mesta na 
vsako izmed dveh podenot gyrA/ParC na območju DNA-
vrat in se hkrati umestijo med bazne pare DNA tik ob 
mestu cepitve DNA ter s tem stabilizirajo kompleks med 
cepljeno DNA in encimom (slika 3D) (12). Interakcija med 
kinoloni, DNA in proteinom prepreči nadaljnje delovanje 
encima, ustavi dodatno zvijanje ali sproščanje DNA ter za-
vre podvojevanje in prepisovanje DNA. 
Fluorokinoloni so bili nekaj desetletji med najpogosteje pred-
pisanimi antibiotiki. Med letoma 1995 in 2002 so bili celo 
najpogosteje predpisani antibiotiki v ZDA s kar 7 do 22 mi-
lijoni izdanih receptov (13). Nepravilno postavljene diagnoze 
in neustrezen izbor antibiotikov pri približno 42 % predpisanih 
receptov sta najverjetneje pomembno prispevala k pojavu 
in širjenju na kinolone odpornih bakterijskih sevov. Najpo-
gostejši in klinično najpomembnejši mehanizem odpornosti 
na kinolone je pojav specifičnih mutacij v tarčnem encimu, 
ki oslabijo vezavo učinkovin. Do odpornosti lahko pride tudi 
zaradi pridobitve genov, ki vplivajo na metabolizem kinolonov, 
povečajo izražanje izlivnih črpalk ali porinov (14). Vedno več 
dokazov predvsem iz veterinarske in kmetijske stroke kaže 
na to, da kinoloni sami spodbujajo razvoj odpornosti na 
druge vrste protimikrobnih učinkovin, kar lahko vodi v razvoj 
multiple odpornosti (12). Indukcija mehanizma popravljanja 
DNA pri subletalnih koncentracijah kinolonov naj bi povečala 
stopnjo mutageneze in rekombinacije ter povzročila nastanek 
odpornosti tudi proti drugim vrstam protimikrobnih učinkovin 
(15). Zaradi pojava hudih neželenih učinkov, kot so bolečine 
v sklepih, možnost rupture aorte in teratogenost, je predpi-
sovanje kinolonov omejeno pri določenih skupinah bolnikov, 
otrocih, starejših in nosečnicah (11,16). 
Slika 2: Katalitski cikel bakterijskih topoizomeraz tipa II s prikazanimi mesti delovanja posameznih skupin protibakterijskih učinkovin (2, 8). 1 – 
prost encim; 2 – vezava G-segmenta na DNA-vrata in T-segmenta na N-vrata; 3 – vezava adenozin trifostata (ATP), dimerizacija GyrB/ParE, 
cepitev G-segmenta; 4 – prehod T-segmenta skozi G-segment, cepitev ATP in nastanek adenozin difostata (ADP) in fosfata (Pi); 5 – 
sprostitev T-segmenta skozi N-vrata. NBTI – novi zaviralci bakterijskih topoizomeraz 
Figure 2: Catalytic cycle of bacterial type II topoisomerases with indicated sites of action for different groups of antibacterial agents (2, 8). 1 
– free enzyme; 2 – binding of the G-segment to the DNA gate and the T-segment to the N-gate; 3 – binding of adenosine triphosphate 
(ATP), dimerization of GyrB/ParE, cleavage of the G-segment; 4 – passage of the T-segment through the G-segment, ATP hydrolysis, and 
formation of adenosine diphosphate (ADP) and phosphate (Pi); 5 – release of the T-segment through the N-gate. NBTI – novel bacterial 
topoisomerase inhibitor
14
B
O
J 
P
R
O
TI
 B
A
K
TE
R
IJ
S
K
I O
D
P
O
R
N
O
S
TI
: A
LI
 S
O
 B
A
K
TE
R
IJ
S
K
E
 T
O
P
O
IZ
O
M
E
R
A
ZE
 T
IP
A
 II
 š
E
 Z
A
N
IM
IV
E
 T
A
R
Č
E
?
Farm Vestn 2025; 76
3.2 AMINOKUMARINI 
 
Aminokumarini, kamor uvrščamo novobiocin (slika 4A), 
klorobiocin in kumermicin A1, so ATP-kompetitivni zaviralci 
topoizomeraz tipa II, ki jih proizvaja rod bakterij Strepto-
myces. Poleg kinolonov so aminokumarini edina skupina 
zaviralcev topoizomeraz tipa II, ki so bili kdaj odobreni za 
klinično uporabo. Čeprav v pogojih in vitro izkazujejo boljšo 
zaviralno delovanje na aktivnost kot kinoloni, pa njihovo 
uporabo omejuje slaba topnost in toksičnost v evkariontskih 
celicah (2). Prvič so bili registrirani v šestdesetih letih 20. 
stoletja za zdravljenje okužb, ki jih povzročajo grampozitivne 
bakterije (4). Njihovo delovanje na gramnegativne bakterije 
je omejeno, predvsem zaradi slabega prehajanja skozi zu-
nanjo membrano ali delovanja izlivnih črpalk (17). Amino-
kumarinski antibiotiki delujejo kot katalitski zaviralci, ki z 
vezavo v ATP-vezavni žep v ATPazni domeni encima pre-
prečujejo delovanje encima (slika 4C). V grampozitivnih 
bakterijah primarno delujejo na DNA-girazo, kjer izkazujejo 
za nekaj velikostnih razredov močnejše zaviralno delovanje 
kot na topo IV (17). 
DNA-giraza, glavna tarča amniokumarinov, spada v družino 
encimov ghKL, ki imajo podobno ATP-vezavno domeno. 
S tem lahko pojasnimo vezavo aminokumarinov na protein 
toplotnega šoka 90, encim iz družine ghKL, kar je lahko 
vzrok za pojav neželenih učinkov pri ljudeh (4). Tudi pri 
uporabi aminokumarinskih antibiotikov se je pojavila od-
pornost določenih bakterijskih sevov. Večinoma gre za po-
jav odpornosti zaradi specifičnih mutacij encima v ATP ve-
zavnem mestu, kar pa privede tudi do znižanja katalitske 
aktivnosti mutiranega encima (6). 
 
3.3 SIMOCIKLINONI 
 
Podobno kot aminokumarini so tudi simociklinoni biosin-
tezni produkti bakterij iz rodu Streptomyces. Simociklinoni 
strukturno spominjajo na aminokumarine, saj vsebujejo 
aminokumarinsko ogrodje, manjka pa jim deoksi-sladkorna 
Slika 3: Kinoloni (11). A) Struktura nalidiksne kisline. B) Splošna struktura kinolonskih antibiotikov. Spremembe na mestih R1, R5, R6, R7 in 
R8 omogočajo izboljšanje delovanja in fizikalno-kemijskih lastnosti spojin. C) Predstavniki različnih generacij kinolonov. D) Kokristaliziran 
ciprofloksacin (rumena) z DNA-girazo iz Staphylococcus aureus (PDB ID: 2XCT), posamezni podenoti označeni s svetlo in temno sivo. 
Kinoloni stabilizirajo cepljeno DNA na obeh mestih cepitve in tvorijo interakcije z encimom v bližini katalitskega centra GyrA. 
Figure 3: Quinolones (11). A) Structure of nalidixic acid. B) General structure of quinolone antibiotics. Modifications at positions R1, R5, R6, 
R7 and R8 allow for improved activity and physicochemical properties of the compounds. C) Representatives of different generations of 
quinolones. D) Cocrystallized ciprofloxacin (yellow) with DNA gyrase from Staphylococcus aureus (PDB ID: 2XCT), with individual subunits 
marked in light and dark gray. Quinolones stabilize cleaved DNA at both cleavage sites and form interactions with the enzyme near the 
catalytic center of GyrA.
15 Farm Vestn 2025; 76
P
R
E
g
LE
D
N
I Z
N
A
N
S
TV
E
N
I Č
LA
N
K
I  
Slika 4: Aminokumarini in simociklinoni (2, 17). A) Strukturna predstavitev novobiocina z označimi pomembnimi strukturnimi deli. B) 
Strukturna reprezentacija simociklinona D8 z označenimi pomembnimi deli za interakcijo z encimom. C) Novobiocin (roza), adenozin trifosfat 
(ATP) (zelena) in SD8 (rumena) v DNA-girazi iz Escherichia coli, slika je bila narejena s prekrivanjem treh kristalnih struktur (PDB ID: 6RKW, 
4URO in 4CKL). Posamezni podenoti sta prikazani s svetlo/temno sivo, podenoti pa s svetlo/temno modro. Novobiocin je vezan v podenoti 
GyrB, opazimo lahko prekrivanje z ATP, kar ilustrira ATP-kompetitivno zaviranje aminokumarinskih antibiotikov. SD8 interagira s prvo 
podenoto GyrA preko aminokumarinskega dela in preprečuje vezavo DNA ter stabilizacijo kompleksa DNA-encim, tetraciklični del SD8 se 
veže preko DNA-vrat in interagira z sosednjo podenoto GyrA.  
Figure 4: Aminocoumarins and Simocyclinones (2, 17). A) Structural representation of novobiocin with important structural parts labeled. B) 
Structural representation of simocyclinone D8 with labeled key regions for interaction with the enzyme. C) Novobiocin (pink), adenosine 
triphosphate (ATP) (green), and SD8 (yellow) in DNA gyrase from Escherichia coli; the image was created by overlaying three crystal 
structures (PDB ID: 6RKW, 4URO, and 4CKL). Individual subunits are shown in light/dark gray, while additional subunits are displayed in 
light/dark blue. Novobiocin is bound to the GyrB subunit, with observable overlap with ATP, illustrating the ATP-competitive inhibition of 
aminocoumarin antibiotics. SD8 interacts with the first GyrA subunit via its aminocoumarin portion, preventing DNA binding and stabilizing 
the DNA-enzyme complex, while the tetracyclic part of SD8 binds across the DNA gate and interacts with an adjacent GyrA subunit.
16
B
O
J 
P
R
O
TI
 B
A
K
TE
R
IJ
S
K
I O
D
P
O
R
N
O
S
TI
: A
LI
 S
O
 B
A
K
TE
R
IJ
S
K
E
 T
O
P
O
IZ
O
M
E
R
A
ZE
 T
IP
A
 II
 š
E
 Z
A
N
IM
IV
E
 T
A
R
Č
E
?
Farm Vestn 2025; 76
skupina (4). Kljub strukturni podobnosti med aminokumarini 
in simociklinoni je med njimi ključna razlika v mehanizmu 
delovanja (2, 3). Simociklinon D8 (SD8) (slika 4B), nedavno 
odkrit predstavnik skupine simociklinonov, izkazuje močno 
zaviranje dodatnega zvitja in relaksacije DNA s strani DNA-
giraze in vitro (slika 4) (2, 17). Ne veže se na običajno ve-
zavno mesto za aminokumarine in ne zavira ATPazne aktiv-
nosti encima, ampak deluje kot zaviralec v zgodnji fazi 
katalitskega cikla s preprečitvijo vezave DNA na encim 
(18). Kristalna struktura SD8 z DNA-girazo je razkrila, da 
se spojina veže na N-terminalno domeno v obeh podeno-
tah gyrA preko DNA-vrat in s tem prepreči vezavo DNA 
na encim (slika 4C) (19). Vezavno mesto za SD8 je sicer 
zelo blizu, ampak se ne prekriva z vezavnim mestom za 
kinolone, kar odpira možnosti za razvoj bifunkcionalnih 
spojin, ki bi se vezale na obe mesti hkrati (4, 18). Poleg 
vezave na N-terminalno domeno gyrA se SD8 delno veže 
tudi na C-terminalno domeno gyrB, vendar pomen te ve-
zave še ni popolnoma razjasnjen (20). Težave pri razvoju 
novih simociklinonskih antibiotikov so podobne kot pri ami-
nokumarinih – zaradi slabega prehajanja ne delujejo na 
gramnegativne bakterije, slaba topnost in toksičnost, ki se 
izkazuje pri evkariontih, pa onemogočata klinično uporabo 
pri ljudeh (4). 
 
3.4 NOVI ZAVIRALCI BAKTERIJSKIh 
TOPOIZOMERAZ 
 
Novi zaviralci bakterijskih topoizomeraz (angl. novel bacterial 
topoisomerase inhibitor; NBTI) so relativno nov razred za-
viralcev, ki je zanimiv tako za farmacevtsko industrijo kot 
tudi za akademsko okolje. NBTI-ji se strukturno razlikujejo 
od prej omenjenih razredov spojin, saj se vežejo na drugo 
vezavno mesto in imajo drugačen mehanizem delovanja 
(21–23). Vezavno mesto za NBTI-je leži centralno med 
dvema podenotama gyrA/ParC in je ločeno od vezavnega 
mesta za kinolone. Zaviralci tvorijo interakcije tako z 
 encimom kot tudi z DNA in stabilizirajo ternarni kompleks 
Slika 5: Novi zaviralci bakterijskih topoizomeraz (NBTI) (24, 25, 31). A) Strukturi: Kemijski strukturi gepotidacina in BWC0977 z označenimi 
deli, ključnimi za interkalacijo in vezavo na encim. B) Struktura NBTI -ja AMK12, razvitega na Fakulteti za farmacijo Univerze v Ljubljani in 
Kemijskem Inštitutu, (rumena) v girazi iz Staphylococcus aureus (PDB ID: 6Z1A). Interkalatorski levi del molekule, vezan med centralni bazni 
par v DNA (svetlo rjava), desni del, usidran med dve podenoti (prikazano s svetlo in temo sivo). 
Figure 5: Novel bacterial topoisomerase inhibitors (NBTI) (24, 25, 31). A) Structures – Chemical structures of gepotidacin and BWC0977 
with labeled regions crucial for intercalation and enzyme binding. B) Structure of the NBTI AMK12, developed at the Faculty of Pharmacy 
and the National Institute of Chemistry (yellow), in gyrase from Staphylococcus aureus (PDB ID: 6Z1A). The intercalating left part of the 
molecule is bound between the central base pair in DNA (light brown), while the right part is anchored between two subunits (shown in light 
and dark gray).
17 Farm Vestn 2025; 76
P
R
E
g
LE
D
N
I Z
N
A
N
S
TV
E
N
I Č
LA
N
K
I  
(slika 5). Sestavljeni so iz treh delov: levega dela, osrednjega 
distančnika in desnega dela. Levi del spojin je ključen za 
interkalacijo DNA in se umesti med centralna bazna para 
molekule DNA. Desni del se veže v globok hidrofobni ve-
zavni žep, ki ga tvorita obe podenoti encima, distančnik 
pa povezuje levi in desni del ter zagotavlja ustrezno pro-
storsko usmerjenost in fizikalno-kemijske lastnosti (23, 24). 
NBTI-ji imajo širokospektralno delovanje. V grampozitivnih 
bakterijah se primarno vežejo na DNA-girazo, v gramne-
gativnih bakterijah pa na topo IV. Z ustreznimi strukturnimi 
spremembami je mogoč tudi enakomeren učinek na obe 
tarči, kar pripomore k zmanjševanju verjetnosti pojava bak-
terijske odpornosti. 
Kljub dokazanim močnim terapevtskim učinkom NBTI-jev 
trenutno na tržišču še ni nobene spojine iz tega razreda. 
Vikvidacin je bil prvi predstavnik razreda, ki je vstopil v prvo 
fazo kliničnih preskušanj, vendar so bila ta prekinjena zaradi 
kardiotoksičnosti, ki je bila posledica vezave na hERg (ka-
lijev ionski kanal, ki ga kodira človeški gen, povezan z Et-
her-a-go-go fenotipom) (26). številna farmacevtska podjetja 
in akademske raziskovalne skupine so skušale zmanjšati 
kardiotoksičnost teh spojin, kar pa je večinoma vodilo do 
Slika 6: Albicidini (2, 32). A) Struktura: Kemijska struktura albicidina z označenimi pomembnimi deli za interakcijo z DNA in z encimom. B) 
Albidicin (rumena) v girazi iz Escherichia coli (PDB ID: 7z9c) (33). C-terminalni interkalatorski del zaviralca je vezan med fragmente DNA v eni 
izmed področji cepitev, N-terminalni del je usidran med dve podenoti (prikazano s svetlo in temo sivo). 
Figure 6: Albicidins (2, 32). A. Structure: Chemical structure of albicidin with labeled key regions for interaction with DNA and the enzyme. B. 
Albicidin (yellow) in gyrase from Escherichia coli (PDB ID: 7Z9C) (33). The C-terminal intercalating part of the inhibitor is bound between DNA 
fragments at one of the cleavage sites, while the N-terminal part is anchored between two subunits (shown in light and dark gray).
18
B
O
J 
P
R
O
TI
 B
A
K
TE
R
IJ
S
K
I O
D
P
O
R
N
O
S
TI
: A
LI
 S
O
 B
A
K
TE
R
IJ
S
K
E
 T
O
P
O
IZ
O
M
E
R
A
ZE
 T
IP
A
 II
 š
E
 Z
A
N
IM
IV
E
 T
A
R
Č
E
?
Farm Vestn 2025; 76
šibkejšega protibakterijskega delovanja (27–29). Kljub temu 
je podjetju gSK uspelo razviti učinkovino gepotidacin s 
primernim varnostnim profilom in dobro protibakterijsko 
učinkovitostjo. gepotidacin je uspešno zaključil tretjo fazo 
kliničnih preskušanj za zdravljenje nezahtevnih okužb uri-
narnega trakta in gonoreje ter je na dobri poti, da postane 
prvi predstavnik razreda NBTI-jev na tržišču (30, 31). V 
prvi fazi kliničnega preskušanja je tudi spojina BwC0977, 
ki je namenjena zdravljenju resnejših bolnišničnih okužb, 
za katere trenutno ni primerne terapije. 
 
3.5 ALBICIDINI 
 
Albicidin je peptidni fitotoksin, ki ga izločajo rastlinski pa-
togeni Xanthomonas albilineans (2) (slika 6A). Albicidin de-
luje baktericidno na gramnegativne in grampozitivne bak-
terije v nizkih nanomolarnih koncentracijah in ne izkazuje 
toksičnosti na sesalskih celicah v koncentraciji pod 8 µg/mL 
(32). Albicidin se z enim delom molekule veže med frag-
mente razcepljene DNA, drugi del pa tvori interakcije z en-
cimom na stičišču obeh podenot gyrA/ParC (slika 6B). Na 
ta način stabilizira razcepljeno intermediarno stanje DNA, 
prepreči njeno ponovno povezavo in sklenitev verig DNA 
ter sproži bakterijsko smrt. Albicidin tvori kompleks z DNA 
in encimom ob prisotnosti ATP, kar je tudi ena izmed razlik 
med delovanjem albicidinov in kinolonov (2). Za razliko od 
kinolonov, ki se vežejo na kompleks simetrično ob cepit-
venem mestu DNA in tvorijo interakcije z eno izmed pod -
enot gyrA/ParC, se albicidin prednostno veže v eno izmed 
mest cepitve in tvori interakcije z obema podenotama 
gyrA/ParC. Albicidin se najverjetneje veže na encim v tre-
nutku, ko je T-segment DNA že prešel skozi g-segment, a 
se ta še ni sklenil (33). Ob spremembi enega izmed ami-
nokislinskih ostankov, ki povzroča rezistenco na kinolone, 
so že opazili navzkrižno odpornost s kinoloni (32). Sintetični 
derivati albicidina s krajšo strukturo se lahko simetrično 
vežejo v vezavna žepa v obeh podenotah in so manj ob-
čutljivi na spremembe v regiji proteina, ki so povezane z 
odpornostjo na kinolone. Nekateri sintetični derivati albi-
dacina so bili dokazano varni in učinkoviti v živalskih mo-
delih in vivo ter so izkazovali celo boljšo protibakterijsko 
učinkovitost kot NBTI-ji (34). 
 
3.6 SPIROPIRIMIDINTRIONI 
 
Spiropirimidintrioni podobno kot kinoloni stabilizirajo kom-
pleks med DNA in tarčo ter se vežejo med cepljene bazne 
pare DNA. Za razliko od kinolonov, ki tvorijo interakcije z 
podenoto gyrA/ParC, se spiropirimidintrioni vežejo na pod -
enoto gyrB/ParE (slika 7B) (35). Znano je, da mutacije, ki 
privedejo do odpornosti bakterij na kinolone, ne vplivajo 
na učinkovitost delovanja spiropirimidintrionov, kar potrjuje 
drugačen mehanizem delovanja kljub podobnemu vezav-
nemu mestu. Spiropirimidintrioni so učinkoviti tako proti 
Slika 7: Spiropirimidintrioni (35). A) Struktura: Kemijska struktura zoliflodacina. B) Prekrivanje zoliflodacina (rumena) in ciprofloksacina 
(oranžna) v girazi iz Staphylococcus aureus (PDB ID: 8BP2, 2XCT). Posamezni podenoti sta prikazani v svetlo in temno sivi, dela podenot pa 
v svetlo in temno modri. 
Figure 7: Spiropyrimidinetriones (35). A) Structure: Chemical structure of zoliflodacin. B) Overlay of zoliflodacin (yellow) and ciprofloxacin 
(orange) in gyrase from Staphylococcus aureus (PDB ID: 8BP2, 2XCT). Individual subunits are shown in light and dark gray, with parts of the 
subunits displayed in light and dark blue.
19 Farm Vestn 2025; 76
P
R
E
g
LE
D
N
I Z
N
A
N
S
TV
E
N
I Č
LA
N
K
I  
Slika 8: Ne-aminokumarinski ATP-kompetitivni zaviralci bakterijskih topoizomeraz (3, 36, 37). A) Struktura imidazolamidne učinkovine 
DS2969. B) Struktura pirolamidne učinkovine AZN5099. C) Struktura predzdravila SPR720 in aktivnega metabolita SPR719. D) Prekrivanje 
pirolamidne spojine 07N (roza), novobiocina (rumena) ATP (zelena) v ATP-vezavnem DNA-giraze iz Escherichia coli, slika je bila narejena s 
prekrivanjem treh kristalnih struktur (PDB ID: 6RKW, 4URO in 3TTZ). ATP – adenozin trifosfat 
Figure 8: Non-aminocoumarin ATP-competitive inhibitors of bacterial topoisomerases (3, 36, 37). A) Structure of the imidazolamide 
compound DS2969. B) Structure of the pyrrolamide compound AZN5099. C) Structure of the prodrug SPR720 and its active metabolite 
SPR719. D) Overlay of the pyrrolamide compound 07N (pink), novobiocin (yellow), and ATP (green) in the ATP-binding site of DNA gyrase 
from Escherichia coli. The image was created by overlaying three crystal structures (PDB ID: 6RKW, 4URO, and 3TTZ). ATP – adenosine 
triphosphate
20
B
O
J 
P
R
O
TI
 B
A
K
TE
R
IJ
S
K
I O
D
P
O
R
N
O
S
TI
: A
LI
 S
O
 B
A
K
TE
R
IJ
S
K
E
 T
O
P
O
IZ
O
M
E
R
A
ZE
 T
IP
A
 II
 š
E
 Z
A
N
IM
IV
E
 T
A
R
Č
E
?
Farm Vestn 2025; 76
grampozitivnim kot tudi gramnegativnim bakterijam. Zolif-
lodacin (slika 7A), ki je že uspešno zaključil tretjo fazo klini-
čnih preskušanj za zdravljenje okužb z Neisseria gonorr-
hoeae, trenutno čaka na odobritev s strani ameriške uprave 
za hrano in zdravila (FDA) (35). 
 
3.7 NE-AMINOKUMARINSKI  
ATP-KOMPETITIVNI ZAVIRALCI 
BAKTERIJSKIh TOPOIZOMERAZ  
TIPA II 
 
Ne-aminokumarinski ATP-kompetitivni zaviralci bakterijskih 
topoizomeraz tipa II so heterogena skupina zaviralcev v 
katero uvrščamo spojine iz različnih strukturnih razredov. 
Skupno tovrstnemu tipu zaviralcev je, da tako kot amino-
kumarini ciljajo ATP-vezavno mesto encima, vendar so 
strukturno drugačni. V ta razred spojin spadajo med drugim 
tudi triazinski, azaindolni, arilaminopirimidinski, imidazol -
amidni, pirolamidni in aminobenzimidazolni zaviralci, izmed 
katerih so v klinične študije prišli samo predstavniki zadnjih 
treh strukturnih skupin (3). DS2969 je imidazolamidna učin-
kovina, ki je uspešno zaključila 1. fazo kliničnih preskušanj, 
vendar se njen razvoj ni nadaljeval (slika 8A) (3, 36). Pirol -
amidna učinkovina AZD5099 je prav tako zaključila 1. fazo 
kliničnih preskušanj, vendar je bil njen nadaljnji razvoj usta-
vljen zaradi težav z učinkovitostjo in varnostjo (slika 8B) 
(3). Ena izmed najbolj zanimivih učinkovin iz tega razreda 
spojin je zagotovo SPR720 oz. fobrepodacin (slika 8C), 
aminobenzimidazolno predzdravilo, ki je trenutno v drugi 
fazi kliničnih preskušanj za zdravljenje pljučnih obolenj, ki 
jih povzroča Mycobacterium avium. Status zdravila sirote 
za SPR720 je FDA dodelil za zdravljenje netuberkuloznih 
okužb z mikobakterijami (37). 
 
 
4 SKLEP 
 
Iz števila različnih skupin zaviralcev bakterijskih topoizoi-
meraz, raznolikih vezavnih mest in unikatnih mehanizmov 
delovanje je razvidno, da so topoizomeraze tipa II resnično 
ustrezne tarče za razvoj novih protibakterijskih zdravilnih 
učinkovin, kljub vedno manjši klinični uporabi trenutno do-
stopnih zaviralcev. V članku smo se osredotočili samo na 
nizkomolekularne zaviralce topoizomeraz. Poleg njih so v 
različnih stopnjah razvoja tudi nekateri peptidni in proteinski 
zaviralci. S poglabljanjem znanja o topoizomerazah kot 
tarčah se možnosti za njihovo raziskovanje širijo. Na Fa-
kulteti za farmacijo Univerze v Ljubljani se z razvojem za-
viralcev bakterijskih topoizomeraz ukvarjata kar dve razi-
skovalni skupini – ena svoj čas posveča zaviralcem 
gyrA/ParC, druga pa raziskuje zaviralce gyrB/ParE (38, 
39). glede na velikost in kompleksnost bakterijskih topo-
izomeraz kot tarč smo verjetno šele na začetku odkrivanja 
vseh potencialnih načinov, kako jih učinkovito izkoristiti 
pri ciljanju bakterij. S svojim lastnim doprinosom želimo 
tudi v bodoče širiti znanje na tem področju in pustiti pečat 
v svetovni znanstveni skupnosti. 
 
 
5 LITERATURA 
 
  1. Schoeffler AJ, Berger JM. DNA topoisomerases: harnessing 
and constraining energy to govern chromosome topology. Q 
Rev Biophys. 2008 Feb;41(1):41–101. 
  2. Bush NG, Evans-Roberts K, Maxwell A, Lovett ST. DNA 
Topoisomerases. Lovett ST, editor. EcoSal Plus. 2015 Apr 
17;6(2).  
  3. Bisacchi GS, Manchester JI. A New-Class Antibacterial-Almost. 
Lessons in Drug Discovery and Development: A Critical Analysis 
of More than 50 Years of Effort toward ATPase Inhibitors of DNA 
Gyrase and Topoisomerase IV. ACS Infect Dis. 2015 Jan 
9;1(1):4–41.  
  4. Heide L. New aminocoumarin antibiotics as gyrase inhibitors. 
International Journal of Medical Microbiology. 2014 Jan 
1;304(1):31–6.  
  5. Bisacchi GS. Origins of the Quinolone Class of Antibacterials: 
An Expanded “Discovery Story.” J Med Chem. 2015 Jun 
25;58(12):4874–82. 
  6. Collin F, Karkare S, Maxwell A. Exploiting bacterial DNA gyrase 
as a drug target: current state and perspectives. Appl Microbiol 
Biotechnol. 2011 Nov;92(3):479. 
  7. Kato J ichi, Nishimura Y, Imamura R, Niki H, Hiraga S, Suzuki H. 
New topoisomerase essential for chromosome segregation in E. 
coli. Cell. 1990 Oct 19;63(2):393–404.  
  8. Vanden Broeck A, Lotz C, Ortiz J, Lamour V. Cryo-EM structure 
of the complete E. coli DNA gyrase nucleoprotein complex. 
Nature Communications 2019 10:1. 2019 Oct 30;10(1):1–12.  
  9. Basu A, Parente AC, Bryant Z. Structural dynamics and 
mechanochemical coupling in DNA gyrase. J Mol Biol. 2016 
May 5;428(9 Pt B):1833. 
10. Lesher GY, Froelich EJ, Gruett MD, Bailey JH, Brundage RP. 
1,8-Naphthyridine Derivatives. A New Class of 
Chemotherapeutic Agents. J Med Pharm Chem. 1962 Sep 
1;5(5):1063–5. 
11. Pham TDM, Ziora ZM, Blaskovich MAT. Quinolone antibiotics. 
Medchemcomm. 2019 Oct 10;10(10):1719. 
12. Bush NG, Diez-Santos I, Abbott LR, Maxwell A. Quinolones: 
Mechanism, Lethality and Their Contributions to Antibiotic 
Resistance. Molecules 2020, Vol 25, Page 5662. 2020 Dec 
1;25(23):5662. 
21 Farm Vestn 2025; 76
P
R
E
g
LE
D
N
I Z
N
A
N
S
TV
E
N
I Č
LA
N
K
I  
13. Linder JA, Huang ES, Steinman MA, Gonzales R, Stafford RS. 
Fluoroquinolone prescribing in the United States: 1995 to 2002. 
Am J Med. 2005 Mar 1;118(3):259–68.  
14. Aldred KJ, Kerns RJ, Osheroff N. Mechanism of quinolone 
action and resistance. Biochemistry. 2014 Mar 18;53(10):1565–
74. 
15. Kohanski MA, DePristo MA, Collins JJ. Sublethal antibiotic 
treatment leads to multidrug resistance via radical-induced 
mutagenesis. Mol Cell. 2010 Feb 12;37(3):311–20. 
16. Fluoroquinolone antibiotics: reminder of measures to reduce the 
risk of long-lasting, disabling and potentially irreversible side 
effects | European Medicines Agency. [cited 2024 Jul 2]. 
Available from: 
https://www.ema.europa.eu/en/news/fluoroquinolone-
antibiotics-reminder-measures-reduce-risk-long-lasting-disablin
g-potentially-irreversible-side-effects 
17. Alt S, Mitchenall LA, Maxwell A, Heide L. Inhibition of DNA 
gyrase and DNA topoisomerase IV of Staphylococcus aureus 
and Escherichia coli by aminocoumarin antibiotics. Journal of 
Antimicrobial Chemotherapy. 2011 Sep 1;66(9):2061–9. 
18. Flatman RH, Howells AJ, Heide L, Fiedler HP, Maxwell A. 
Simocyclinone D8, an inhibitor of DNA gyrase with a novel 
mode of action. Antimicrob Agents Chemother. 2005 
Mar;49(3):1093–100. 
19. Hearnshaw SJ, Edwards MJ, Stevenson CE, Lawson DM, 
Maxwell A. A new crystal structure of the bifunctional antibiotic 
simocyclinone D8 bound to DNA gyrase gives fresh insight into 
the mechanism of inhibition. J Mol Biol. 2014 May 
15;426(10):2023–33.  
20. Sissi C, Vazquez E, Chemello A, Mitchenall LA, Maxwell A, 
Palumbo M. Mapping simocyclinone D8 interaction with DNA 
gyrase: Evidence for a new binding site on GyrB. Antimicrob 
Agents Chemother. 2010 Jan;54(1):213–20. 
21. Bax BD, Chan PF, Eggleston DS, Fosberry A, Gentry DR, 
Gorrec F, et al. Type IIA topoisomerase inhibition by a new class 
of antibacterial agents. Nature. 2010 Aug 19;466(7309):935–
40.  
22. Tse-Dinh YC. Targeting bacterial topoisomerases: how to 
counter mechanisms of resistance. Future Med Chem. 2016 
Jun 1;8(10):1085–100.  
23. Charrier C, Salisbury AM, Savage VJ, Duffy T, Moyo E, Chaffer-
Malam N, et al. Novel Bacterial Topoisomerase Inhibitors with 
Potent Broad-Spectrum Activity against Drug-Resistant 
Bacteria. Antimicrob Agents Chemother. 2017 May 1;61(5).  
24. Kolarič A, Anderluh M, Minovski N. Two Decades of Successful 
SAR-Grounded Stories of the Novel Bacterial Topoisomerase 
Inhibitors (NBTIs). J Med Chem. 2020 Jun 11;63(11):5664–74. 
25. Kokot M, Anderluh M, Hrast M, Minovski N. The Structural 
Features of Novel Bacterial Topoisomerase Inhibitors That 
Define Their Activity on Topoisomerase IV. J Med Chem. 2022 
May 5;65(9):6431. 
26. Black MT, Coleman K. New inhibitors of bacterial 
topoisomerase GyrA/ParC subunits. Curr Opin Investig Drugs. 
2009 Aug 1;10(8):804–10. 
27. Reck F, Alm RA, Brassil P, Newman J V., Ciaccio P, McNulty J, 
et al. Novel N-linked aminopiperidine inhibitors of bacterial 
topoisomerase type II with reduced p K a: Antibacterial agents 
with an improved safety profile. J Med Chem. 2012 Aug 
9;55(15):6916–33.  
28. Li L, Okumu AA, Nolan S, English A, Vibhute S, Lu Y, et al. 1,3-
Dioxane-Linked Bacterial Topoisomerase Inhibitors with 
Enhanced Antibacterial Activity and Reduced hERG Inhibition. 
ACS Infect Dis. 2019 Jul 12;5(7):1115–28.  
29. Kokot M, Weiss M, Zdovc I, Anderluh M, Hrast M, Minovski N. 
Diminishing hERG inhibitory activity of aminopiperidine-
naphthyridine linked NBTI antibacterials by structural and 
physicochemical optimizations. Bioorg Chem. 2022 Nov 1;128. 
30. Scangarella-Oman NE, Hossain M, Hoover JL, Perry CR, Tiffany 
C, Barth A, et al. Dose Selection for Phase III Clinical Evaluation 
of Gepotidacin (GSK2140944) in the Treatment of 
Uncomplicated Urinary Tract Infections. Antimicrob Agents 
Chemother. 2022 Mar 1;66(3).  
31. Ali ASM, Anderson CS. Gepotidacin, a new first-in-class 
antibiotic for treating uncomplicated urinary tract infection. The 
Lancet. 2024 Feb 24;403(10428):702–3.  
32. Hashimi SM. Albicidin, a potent DNA gyrase inhibitor with 
clinical potential. The Journal of Antibiotics 2019 72:11. 2019 
Aug 26;72(11):785–92.  
33. Michalczyk E, Hommernick K, Behroz I, Kulike M, Pakosz-
Stępień Z, Mazurek L, et al. Molecular mechanism of 
topoisomerase poisoning by the peptide antibiotic albicidin. 
Nature Catalysis 2023 6:1. 2023 Jan 23;6(1):52–67.  
34. Zborovsky L, Kleebauer L, Seidel M, Kostenko A, von 
Eckardstein L, Gombert FO, et al. Improvement of the 
antimicrobial potency, pharmacokinetic and pharmacodynamic 
properties of albicidin by incorporation of nitrogen atoms. Chem 
Sci. 2021 Nov 10;12(43):14606–17.  
35. Morgan H, Lipka-Lloyd M, Warren AJ, Hughes N, Holmes J, 
Burton NP, et al. A 2.8 Å Structure of Zoliflodacin in a DNA 
Cleavage Complex with Staphylococcus aureus DNA Gyrase. 
Int J Mol Sci. 2023 Jan 1;24(2):24. 
36. Dennie J, Vandell AG, Inoue S, Gajee R, Pav J, Zhang G, et al. 
A Phase I, Single-Ascending-Dose Study in Healthy Subjects to 
Assess the Safety, Tolerability, Pharmacokinetics, and 
Pharmacodynamics of DS-2969b, a Novel GyrB Inhibitor. The 
Journal of Clinical Pharmacology. 2018 Dec 1;58(12):1557–65.  
37. Stokes SS, Vemula R, Pucci MJ. Advancement of GyrB 
Inhibitors for Treatment of Infections Caused by Mycobacterium 
tuberculosis and Non-tuberculous Mycobacteria. ACS Infect 
Dis. 2020 Jun 12;6(6):1323–31. 
38. Durcik M, Tomašič T, Zidar N, Zega A, Kikelj D, Mašič LP, et al. 
ATP-competitive DNA gyrase and topoisomerase IV inhibitors 
as antibacterial agents. Expert Opin Ther Pat. 2019 Mar 
4;29(3):171–80. 
39. Zorman M, Hrast Rambaher M, Kokot M, Minovski N, Anderluh 
M. The overview of development of novel bacterial 
topoisomerase inhibitors effective against multidrug-resistant 
bacteria in an academic environment: From early hits to in vivo 
active antibacterials. European Journal of Pharmaceutical 
Sciences. 2024 Jan 1;192:106632.