VLOGA MOLEKULARNE DIAGNOSTIKE PRI RAKU JAJČNIKOV
Vida Stegel in Srdjan Novakovič Oddelek za molekularno diagnostiko OIL
g I
5C
g
QC N O
S
-J
0
CQ
S
1
QC CQ
O
CL
S
£ CL
CQ
O O O
NAJPOGOSTEJE SPREMENJENI (MUTIRANI) GENI PRI RAZLIČNIH PODTIPIH EPITELIJSKEGA RAKA JAJČNIKOV
Epitelijski rak jajčnikov (podtipi)		Najpogosteje spremenjeni geni
serozni karcinom visokega gradusa (70-80%)		TP53 (>90%), BRCA1, BRCA2, CDK12, RB1.NF1 RAD 51 C/D, BRIP1, ATM. ATR. CHEK2, HR geni EMSY. CCNE1 amplifikacija N0TCH in F0XM1 signalni poti
se (5	rožni karcinom nizkega gradusa %)	KRAS. NRAS. BRAF. PIK3CA, ERBB2 (30-50%) Mutacije se med seboj izključujejo
endometrioidni karcinom (10%)		ARI01A (30%), CTNNB1, PTEN (20%), PIK3CA (30%) MSI (12.5-19%), okvara MMR genov
svetlocelični karcinom (5-10%)		ARI01A (46-57%), PIK3CA (36-46%), KRAS {11), CTNNB1 (3%), PTEN (10%), BRAF (1%), PP2R1A L0HPTEN (chr10q23) TP53 (15%) okvara MMR genov
mucinozni karcinom (3-5%)		KRAS (60-75%)-kodon 12, ERBB2-amplifikacija(20%) mutacije v genih MUC2, MUC3, MUCU
Kurman RJ, Carcangiu ML, Herrington S, Y. R. (2014) 'WHO Classification of tumors', in Kurman RJ, Carcangiu ML, Herrington S, Y. R. (ed.). IARC Press. Novakovič S.(2020). Molekularnobiološke značilnosti ginekoloških rakov in raka dojk. v Takač I (eds.) Ginekološka onkologija, , Univerza v MB, Univerzitetna založbi Hollis RL and Gourly C, Cancer Biol Med 2016
189
MOLEKULARNO GENETSKE PREISKAVE PRI RAKU JAJČNIKOV
Za namen zdravljenja:
Genotipizacija genov BRCA1 (23 eksonov) in BRCA2 (27 eksonov) V genih BRCA ni ponavljajočih se t.i. "hot spot" mutacij Patogene različice (mutacije) so različne:
>	Male 1-nekaj nukleotidne spremembe (SNV, male delecije/insercije)
>	Večje delecije (celotnih eksonov ali celega gena)
Genotipizacija drugih genov vpletenih v homologno rekombinacijo Določanje mikrosatelitne nestabilnosti (MSI-PCR)
Genotipizacija genov vpletenih v popravljalne mehanizme neujemanja baz (MMR geni)
ZARODNE IN SPORADIČNE NUKLEOTIDNE RAZLIČICE
>	Zarodne različice (so dedne - se prenašajo na potomce) - so prisotne v vseh celicah telesa od rojstva dalje (tudi v tumorju)
>	Sporadične različice (nastanejo tekom razvoja organizma) - so prisotne le v določenih celicah organizma:
> Prisotne v obsežnejšem delu tkiva (somatski mozaicizem - pr. FAP)-se prenesejo naprej le, če je sprememba prisotna tudi v celicah iz katerih nastajajo spolne celice.
Prisotne zgolj v tumorju (omejena prisotnost različice)
MOLEKULARNO GENETSKE PREISKAVE PRI RAKU JAJČNIKOV
Genotipizacija genov, kjer ni ponavljajočih se t.i. "hot spot" mutacij. Sekvenciranje celotnih genov.
Mutacije (patogene različice) pričakujemo v genih z večjim številom eksonov.
Sekvenciranje druge generacije (NGS) - ki omogoča paralelno sekvenciranje večjega števila fragmenov hkrati
METODE DOLOČANJA ZARODNIH IN SPORADIČNIH NUKLEOTIDNIH RAZLIČIC
>	Določanje zarodnih sprememb
>	Izhodni material:
>	kri,
>	drugo netumorsko tkivo
>	Metode:
detekcija različic z alelno frekveco okrog 50%
>	NGS (sekvenciranje druge generacije): kit TruSightCancerali TruSightHereditary
>	sekvenciranje po Sangerju,
>	MLPA (metoda za določanje večjih delecij)
>	Genotipizacija tumorjev
>	Izhodni material:
>	Primarni tumor (FFPE)
>	zasevek (FFPE, ascites)
>	Metode:
detekcija različic z alelno frekveco nad 5% (SNV) oz nad 10% male indel, slabše zaznavanje večjih znotraj genskih delecij
>	NGS (sekvenciranje druge generacije): kit TruSightTumor 170ali TruSightOncology 500
193
TARČNO PREGLEDANI PANELI GENOV
Določanje zarodnih sprememb v genih povezanih s sindromom dednega raka dojk in/ali jajčnikov:
TruSightCancer ali TruSight Hereditary (reagent):
►	Geni vpleteni v homologno rekombinacijo (HR): ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CHEK2, PALB2, RAD51 C, RAD5ID,
►	Geni vpleteni v "mismatch repair" (MMR): EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2,
►	Drugi sindromi dednih rakov: NF1, PTEN, STK11, CDH1, TP53.
► Določanje klinično pomembni različic v tumorjih epitelijskih rakov jajčnikov:
>► TruSight Tumor 170:
►	ATR, ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, BAP1, BLM, CDK12, CHEK1, CHEK2, ERCC1, MRE11, NBN,PALB2, RAD51B, RAD51 C, RAD51D, SLX4,
►	MLH1, MSH2, MSH6, PMS2,
►	CDH1, NF1, PTEN, STK11, TP53,
►	AKTI, ARID 1 A, BRAF, KRAS, NOTCH3, FOXL2,
>► TruSight Oncology 500:
►	ATR, ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, BAP1, BLM, CDK12, CHEK1, CHEK2, ERCC1, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, MRE11, NBN, PALB2, RAD51B, RAD51 C, RAD5ID, SLX4
►	MLH1, MSH2, MSH6, PMS2,
►	CDH1, NF1, PTEN, STK11, TP53,
►	AKTI, ARID 1 A, BRAF, KRAS, NOTCH3, FOXL2,
REZULTATI TESTIRANJ TUMORJEV JAJČNIKOV
Neselekcionirani tumorji jajčnikov (večina HGS, LGS, EC, CC):
► BRCAl ali BRCA2 - cca 22%
► TP53
►	KRAS
►	NRAS
►	BRAF
►	NF1
►	ARID1A
►	ERBB2
►	NOTCH3
►	Drugi HR geni
195
UPORABNA VREDNOST NUKLEOTIDNIH RAZLIČIC ZA OBRAVNAVO BOLNIKA
Nukleotidna različica ^ klinično pomembna različica za določeno (preiskovano) vrsto raka
Zarodne klinično pomembne različice (patogene in verjeno patogene različice):
>	nosilci teh različic so bolj ogroženi, da zbolijo za rakom
>	različica je napovedni dejavnik odgovora na zdravljenje
Klinično pomembne različice detektirane v tumorskem tkivu
>	napovedni dejavnik odgovora na zdravljenje
>	prognostični dejavnik
>	diagnostični dejavnik
>	potencialno zarodne različice - pomembne za zgodnje odkrivanje raka
KATERE RAZLICICE POROČAMO NA IZVIDU?
Smernice:
>	NCCN smernice
>	ESMO smernice
v
>	Članki
Preverjanje kliničnega pomena različic v bazah podatkov:
>	OnkoKB
>	MetaKB
>	ClinicalTrials v HGMD
>	ClinVar
>	In druge baze podatkov
KLASIFIKACIJA RAZLIČIC GLEDE NA NJIHOV KLINIČNI POMEN
SMERNICE ZA KLASIFIKACIJO ZARODNIH RAZLIČIC
© American College of Medical Genetics and Genomics
Genetics
ACMG STANDARDS AND GUIDELINES inMedicine
Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology
Sue Richards, PhD1, Nazneen Aziz, PhD216, Sherri Bale, PhD3, David Bick, MD4, Soma Das, PhD5, Julie Gastier-Foster, PhD67'8, Wayne W. Grody, MD, PhD9'10", Madhuri Hegde, PhD12, Elaine Lyon, PhD'3, Elaine Spector, PhD14, Karl Voelkerding, MD13 and Heidi L. Rehm, PhD15; on behalf of the ACMG Laboratory Quality Assurance Committee
1
benigne različice
2
verjetno benigne različice
3
Različice nejasnega kliničnega pomena
Klinično nepomembne različice:
Benigne in verjetno benigne različice -ne povišajo ogroženosti za nastanek raka
Različice nejasnega kliničnega pomena: Ni dovolj podatkov, da bi jih uvrstili med klinično pomembne ali nepomembne različice.
•	5 razredov patogenosti
•	Zbiranje dokazov v prid patogenosti ali benignosti
verjetno patogene
Klinično pomembne različice:
Patogene in verjetno patogene različice ovzročijo okvaro proteina. Če je ugotovljena klinično pomembna različica se pacientu ponudijo:
•	preventivni ukrepi in nadaljnje spremljanje
•	tarčno zdravljenje (če je okvarjen gen predpogoj za zdravljenje npr. BRCA1 & PARPi)
198
IZVID GENOTIPIZACIJE ZARODNIH/DEDNIH SPREMEMB
g 5C
g
QC N O
S
-J
0
CQ
S
1
QC CQ
O
CL
S
£ CL
CQ
O O O
VgT iS «<.
Diagnoza: Razlog napotitve:
■.....klT i	6 a
Oddelek za onkološko klinično genetiko maligna neoplazma dojke, neopredeljena Potrditev rezultata 2842/20
»•-'la'' t T i i bV " '
Datum odvzema vzorca: 03.05.2021 Datum prejema vzorca: 03.05.2021 Vrafa vzorca:	kri
Rezultati:
©
Klinično pomembna različica je dokazana.
»Klinično pomembna različica« je definirana kot genetska sprememba, ki je povezana s povečano ogroženostjo za nastanek raka.
Gen	Patogena različica
BRCA1 (LRG_292tl) c.5266dupC p.(Gln1756Profs*74)
heterozigot
Interpretacija
Visoka ogroženost za nastanek rakov povezanih s sindromom dednega raka dojk in jajčnikov. Različica je lahko pomembna za
nafrtnvaniP 7rlravlionia
Obrazložitev:
Patogena različica c.5266dupC p.(Gln1756Profs*74) v genu BRCA1 povzroči premik bralnega okvira In nastanek prezgodnjega stop kodona ter posledično nastanek okrnjenega ali spremenjenega proteina. Nosilci patogenih In verjetno patogenih različic (PR/VPR) v genu BRCA1 so bolj ogroženi, da zbolijo za raki, povezanimi s sindromom dednega raka dojk in/ali jajčnikov, kot splošna populacija (NCCN, 2021). Po smernicah NCCN In ESMO so bolniki z rakom jajčnikov, prostate, dojke ali trebušne slinavke ter dokazano PR/VPR v genih BRCA1 ali BRCA2 primerni za zdravljenje z zaviralci PARP protelnov (NCCN, 2020,2021 a, 2021 b, 2021 c; ESMO, 2020; Mosele et al., 2020). Dokazane PR/VPR v zgoraj navedenih genih so lahko vzrok za okvaro homologne rekombinacije. Svetujemo posvet s specialistom klinične genetike In lečečlm onkologom, ki opredeli pomen različice za načrtovanje zdravljenja.
Opombe:
Svetujemo vam, da se o rezultatu molekularno genetske preiskave in nadaljnjih priporočilih posvetujete s specialistom klinične genetike, ki bo podal dokončno oceno ogroženosti za nastanek raka. Rezultat testa je lahko pomemben tudi za vaše sorodnike.
Vsi sorodniki preiskovanca/-ke v prvem kolenu imajo 50 % verjetnost, da so nosilci enake zgoraj navedene patogene različice. Svetujemo jim posvet s specialistom klinične genetike.
Obrazložitev različic po razredih je podana na hrbtni strani izvida.
Različica je pomembna za načrtovanje zdravljenja
Analizo izvedel:	Izvid avtorizirai:	Vodja Oddelka za molekularno diagnostiko:
210 x 297 mm <
i iT i H 9,	© © <_" k © 0 © a» • ra- T ^ t &
POZOR!
Različice navedene pod dodatnimi ugotovitvami NIMAJO pomena za načrtovanje zdravljenja
Ambulanta za genetsko svetovanje OIL Diagnoza:	maligna neoplazma zgornjega-zunanjega
kvadranta dojke
Razlog napotitve: pozitivna družinska anamneza za sindrom dednega raka dojk in/aH jajčnikov,osebna anamneza za sindrom dednega raka dojk in/ali _jajčnikov_
Rezultati:
Klinično pomembna različica ni dokazana.
»Klinično pomembna različica« je definirana kot genetska sprememba, ki je povezana s povečano ogroženostjo za nastanek raka.
Obrazložitev:
V preiskovanih genih so lahko prisotne genske spremembe, ki jih zaradi omejitev uporabljenih metod ni možno zaznati. Klinično pomembne i ¿¿litim bu idliKuprisotne luili;Uiugili ganili, ki nibu Uili preteteranr
Dodatne ugotovitve:					
Gen		Različica		Razred	Interpretacija
BRC Al	(LRG_292t1)	c.-86C>T p.?	heterozigot	3	Neznan vpliv na ogroženost za nastanek raka.
BRCA2	{LRG 293t1)	c.9976A>T p.(Lys3326*)	heterozigot	3	Neznan vpliv na ogroženost za nastanek raka.
PALB2	(LRG_306t1)	c.1597A>G p.(Thr533Ala)	heterozigot	3	Neznan vpliv na ogroženost za nastanek raka.
STK11	(LRG_319t1)	c.918C>T p.(His306=)	heterozigot	3	Neznan vpliv na ogroženost za nastanek raka.
Opombe:
Svetujemo vam, da se o rezultatu molekularno genetske preiskave in nadaljnjih priporočilih posvetujete s specialistom klinične genetike. Rezultat testa je lahko pomemben tudi za vaše sorodnike.
Obrazložitev različic po razredih je podana na hrbtni strani izvida. Analizo izvedel:	Izvid avtorizirai:	Vodja Oddelka za molekularno diagnostik o.
21Q.j97mm <_>
Prejeto iz:	Oddelek za laboratorijsko dejavnost, OIL
Datum odvzema vzorca:	04.03.2014
Datum prejema vzorca:	04.03.2014 13:10:00
Vrsta vzorca:	kri
Vzorec odvzet iz:	iz odvzema 212/14
©
NAPOTITEV NA GENOTIPIZACIJO ZARODNIH MUTACIJ
Preko napotitve na genetsko svetovanje:
> Klinična pot genetske obravnave bolnic z epitelijskim nemucinoznim rakom jajčnikov/jajcevodov/primarnim peritonealnim seroznim karcinomom
200
KLASIFIKACIJA RAZLIČIC GLEDE NA NJIHOV KLINIČNI POMEN
SMERNICE ZA KLASIFIKACIJO RAZLIČIC (GENOTIPIZACIJA TUMORJEV)
►	NAMEN
►	Omogočiti razlikovanje med najdbami, ki so dokazano klinično pomembne, najdbami z možnim kliničnim pomenom in najdbami, ki so brez znanega kliničnega pomena.
The Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 19, No. 1, January 2017
ELSEVIER
the Journal of Molecular
jmd.amjpathol.org
CrossMark
SPECIAL ARTICLE
Standards and Guidelines for the Interpretation Q and Reporting of Sequence Variants in Cancer
A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists
END=
SPECIAL ARTICLE
Annals of Oncotogy29: " 3Sf dci:' D.1093/anncnc'mdy25 Published online 21 August
A framework to rank genomic alterations as targets for cancer precision medicine: the ESMO Scale for Clinical Actionability of molecular Targets (ESCAT)
J. Mateo1, D. Chakravarty2, R. Dienstmann \ 5. Jezdic3, A, Gonzalez-Perez4, N, Lopez-Bigas4,5, C. K. Y. Ng°, P. L. Bedard', G.Tortora**, J.-Y. Douillard^, E. M. Van Allen10, N. Schultz2, C. Swanton'1 F. André12* & L Pusztai13
Vali d'He
of Oncology OHO), Barcelona, Spain; Memorial Sloan Kettering Can
Lugano, Switzerland; Institute for teearch in Bicmedicine (1KB), Barcelona; Jlns;¡tució Cata Husfilal Bdiel, Bdsel, SwiUerlaiiü; 'Primesi Margare! Canter Cerilre, Tururito, OH Canada; pLnK'í=ibiLy uf Gemelli, IRCCS, Rom?, Italy; '"Harvard Medical School Dann Färber Gnrcr Cerner and Bead Irainit?, Be ^Institut Gustave Roussy, Villeiuif, France; "Yale Cancer Center, New Haven. ISA
!w York, USA; European Society for Medial Oncology, i i tstudis Avançais (K.REA), Barcelona, Spain; \lniversny »ona, Verona; 'Furidadune Polidinio) Unlversilaiio A. in, USA; "The Franci"; Crick Inllnite, I nndsn, UK;
20,2019 a
različica/biomarker, ki napove odziv ali rezistenco na zdravilo
diagnostični /prognistični biomarkerji
potencialno zarodne različice povezane z dednimi sindromi
različica/biomarker, ki napove odziv na zdravilo
različica/biomarker, ki napove odziv ali rezistenco na zdravilo
201
JOINT CONSENSUS RECOMMENDATION BY AMR ASCO AND CAP
Različice, ki imajo vpliv na izbiro zdravljenja, prognostični ali diagnostični
pomen
Tier I: Variants of Strong Clinical Significance
Therapeutic, prognostic & diagnostic
Tier II: Variants of Potential Clinical Significance
Therapeutic, prognostic & diagnostic
Tier III: Variants of Unknown Clinical Significance
Tier IV: Benign or Likely Benign Variants
FDA-approved therapy
Included in professional guidelines
Well-powered studies with consensus from experts in the field
Različica/biomarker, ki napove odziv ali rezistenco na EMA /FDA ali v strokovnih smernicah odobreno zdravilo pri preiskovanem tipu raka
diagnostično/prognostično pomemben biomarker opisan v smernicah
FDA-approved therapies for different tumor types or investigational therapies
Multiple small published studies with some consensus
Preclinical trials or a few case reports without consensus
Not observed at a significant allele frequency in the general or specific subpopulation databases, or pan-cancer or tumor-specific variant databases
No convincing published evidence of cancer association
Različica/biomarker, ki napove odziv ali rezistenco na FDA, EMEA, NCCN odobreno zdravilo za drugo lokalizacijo tumorja,
vključevanje v klinične študije faze 2 in 3.
Observed at significant allele frequency in the general or specific subpopulation databases
No existing published evidence of cancer association
Različice z neznanim kliničnim pomenom
202
o
onkološki
Inštitut
Ljubljana
Oddelek u
mul*fcul»rm> ctiacniiMlk«
institute of Oncology Ljubljana
Deportment of MotauUr [Nagnottln
LAB. ŠT. VZORCA
M Z SH000 lnN|ju>
Ttl: 01 S 879 S4fc Ol 587"! Jb7; Fn: Ol SB Vi 4t0 fa»t>. tniMUartu^inliia»
NAPOTNICA ZA MOLEKULARNO GENETSKO PREISKAVO - GENOZ1PIZACUA SOMATSKIH MUTACIJ IZ TUMORSKEGA TKIVA
PODATKI O BOLNIKU
Priimek in ime: Datum rojstva: št. popisa: KZZ/št.ka rtiče
Spol:
□ ženski □ moški
Klinična diagnoza: Raztog napotitve:
Prednostna obravnava:
□ da
Datum napotnice: | i | i | i i i
PODATKI O VZORCU
Ct MATERIAL NI SHARNlEN NA CM L, NAPOTNICI Mbt02m KOPIJO MSTOf ATOLOSrtOA IZVttAl
Vrsta vzorca:
Vzorec odvzet iz (lofcalizacija):
it. biopsije:
DeteitumonttV Vrrmm|cnh ccic
v
Datum odvzema vzorca:
Ustanova, k|er ft shranjen vzorec:
□	parafinski blok
□	aspiracijska
□	punktat kostnega
□	tal
□ dago:
□	primarni ti*ror.
□	zasevek.
□	netumorskotMva
ZAHTEVANE PREISKAVE
DOLOČANJE GENOTIPOV
Rak debelega črevesa m	Maligni metanom	Grs T	Rak do/k	Rokjafčntkov	Rak trebušne slmavke
□ KRAS	□ BRAf	□ UT	□ PtKJCA	O BRCA1	□ BRCAJ
□ BRAf	□ MtAS	□ POGfRA	□ BRCAI	□ Bit CA J	□ BRCAJ
□ HRAS	□ KIT	□ BRAf	□ BRCAJ	□ drugo:	□ drugo:
□ HIR2	□ druigo.	□ drugo:	□ drugo:		
□ drugo:					
Druge neoplazme
Q Sarkom m druge mehkatkivne tvorbe Q Rak materničnega teleta Q Rak prostate
Q Rak ledvic, nodl žleze.. nevroendak. tum. □ Hak ičitmee
[H Vfangrw novotvorbe neznanega izvora
IZPOLNI NAPOTNI ZDRAVNIK
ZA MDCtK. OUGMOSTIKOl
Podatki o bolniku
Klinična diagnoza bolnika zaradi katere je napoten na molekularno genetsko preiskavo
Podatki o testiranem tkivu:
•	Vrsta vzorca in lokalizacija
v
•	Številka biopsije
•	Datum odvzema vzorca
•	Ustanova, kjer je vzorec shranjen
Ime in priimek napotnega zdravnika, ustanove in oddelka
Napotni zdravnik (ime, šifra, ustanova, telefon}:		Podpis napotnega zdravnika (itempiljka):
DMum prrpfrru njpota**:	(Mum ftfm	t iMWUk IZHXMODOafitZAMOUKUtMNODlACMOSTtKO
OPOZORILO: Dokumenti so obvladovanj elektronsko. Veljavnost dokumenta preverite v aplikaciji GovernmentConnect.
Samo za interno uporabo.
OBR- 849- 1070 -MD-STO Verzija 9/01.07.2020	1/1
Delovni nalog -ZZZS
V primeru, da je napotni zdravnik izven OIL
203
i^-jiHaČkBsez?
SODOBNI PRISTOP K OBRAVNAVI BOLNIC Z RAKOM JAJČNIKOV
z
a>
o
o<
cn	cn
^	O
CD	3
3	£
(D	Cfi
3	E3
0-30
p t—i*
N
P ^
O ¡3
3
(D
225
883 55 *>
m J t
2S.3
m
ih S 2
2	a
n
i a
C s
N2
3	N
y o a
i
n
o C
sis
S5 5*
— M
0	a»
S*
SI j *
Ž2
1	i
0
SS Si
¡n
2*
1	2 S 8
o
diii 8 Ž ri t
si
mm,
|||gi|i I
911
Pl!! il! i
5
K
z
O
m
i f5
t
S 3 * i m
!
1
15
<s> OO "D
Mil
s
es
II
It
O
O m z
O
m
</> O
(/> Tj Z
z
C
H >
O <_
R
H C S
O 73
</>
m
O >
H
<
>
CTQ hd
a> o
3
cd
3
cd
3
d	o
rt
O	rt
<	^
p	cd
cd	p
ro o
«9
i -
5?
8S&
U!


iii

Ill
gn
?!i

se


11
«8
S« ¡iS


i*
ii n
Vi
II»

n
n
ii
IH
ii
i
IS
II!
m
?



3§
Hi
ii
Mi

; J s
m
s 5
m
i'
iti

■ ■
M

i i
!H
s <
i i
i
kil
ii
Ui
in
m
C?

S!

i

' J
»I*
Hi
m
Hi
Yi\
III

3s?
8 i!
-
Mil
«•i»
z J.
; '
' m
'i f*
if H
n
s*
t»
jj! s s
Ii
n i
s! t*
« i
II
GENOTIPIZACIJA ZARODNIH RAZLIČIC VS. GENOTIPIZACIJA TUMORJEV
Genotipizacija tumorja ni bila mogoča/uspešna pri
3,5% vzorcev
Od leta 2019 do sredine 2020pregled zaporedni bolnic z napredovalim epitelijskim rakom jajčnikov, ki so bile napotene na genetsko svetovanje in testiranje, sočasno je bila naročena genotipizacija tumorjev.
Z genotipizacijo zaročnih sprememb ne zaznamo somatskih različic
v
Ce bi izvedli zgolj genotipizacijo zaročnih sprememb, bi ostalo nezaznanih 12 mutacij v BRCA genih.
Z genotipizacijo tumorjev slabše zaznamo večje znotrajgenske delecije
v
Ce bi izvedli zgolj genotipizacijo tumorjev, bi zgrešili 1 zaročno mutacijo v BRC Al genu.
205
POVZETEK
Genotipizacijo pri bolnicah z rakom jajčnikov izvajamo za določanje zarodnih in somatskih sprememb
Določamo spremembe, ki napovedujejo ogroženost za rak jajčnikov (genetsko svetovanje)
Določamo spremembe, ki napovedujejo odgovor na zdravljenje
Osnovna metoda NGS
206