Oznaka poročila: ARRS-RPROJ-ZP-2011-1/64 ZAKLJUČNO POROČILO O REZULTATIH RAZISKOVALNEGA PROJEKTA A. PODATKI O RAZISKOVALNEM PROJEKTU 1. Osnovni podatki o raziskovalnem projektu Šifra projekta L3-0206 Naslov projekta PRIONI V HUMANI MEDICINI:OD STRUKTURNIH ŠTUDIJ DO APLIKACIJ. Vodja projekta 5236 Vladka Čurin Šerbec Tip projekta L Aplikativni projekt Obseg raziskovalnih ur 4.173 Cenovni razred D Trajanje projekta 02.2008 - 01.2011 Nosilna raziskovalna organizacija 311 Zavod Republike Slovenije za transfuzijsko medicino Raziskovalne organizacije -soizvajalke 103 Univerza v Ljubljani, Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo 481 Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta Družbenoekonomski cilj 13. Splošni napredek znanja - RiR financiran iz drugih virov (ne iz splošnih univerzitetnih fondov - SUF) 1.1. Družbeno-ekonomski cilj1 Šifra 13.03 Naziv Medicinske vede - RiR financiran iz drugih virov (ne iz SUF) 2. Sofinancerji2 1. Naziv DiaMed Benelux N.V. Naslov Raadsherenstraat 3, 2300 Turnhout, Belgium 2. Naziv Naslov 3. Naziv Naslov B. REZULTATI IN DOSEŽKI RAZISKOVALNEGA PROJEKTA 3. Poročilo o realizaciji programa raziskovalnega projekta3 V času izvajanja projekta je raziskovalna skupina Biomedicina na Zavodu Republike Slovenije za transfuzijsko medicino nadaljevala s strukturnimi študijami epitopa, ki ga prepoznava za PrPSc specifično monoklonsko protitelo V5B2 (mAb V5B2). Prišli smo do zelo zanimivih zaključkov. Pri tem smo uporabili nabor sintetskih peptidov, kjer smo v originalnem peptidu P1 zamenjali določene aminokislinske ostanke, spremenjene rekombinantne prionske proteine, kartiranje epitopov s fagi ter vzorce možganov transgenskih mišk, okuženih z govejimi in človeškimi prioni (del raziskav smo opravili v sodelovanju z univerzama v Trstu in v Milanu ter SISSa v Bazovici pri Trstu). Določili smo mesto (epitop), ki ga prepoznava s patentom zaščiteno monoklonsko protitelo (mAb) V5B2. To je skrajšana oblika prionskega proteina PrP226, ki je značilno prisotna v s TSE okuženih možganih in smo jo opisali prvi na svetu. Naša dognanja tako odpirajo nove razsežnosti v raziskavah, diagnostiki in terapiji prionskih bolezni. Rezultate smo objavili v drugem letu trajanja projekta in ob njegovem zaključku (Koren S., doktorska disertacija, 2009; Kosmač M. in sod., Mol. Immunol., 2011). Objavili smo rezultate raziskav, ki vključujejo pripravo in opredelitev anti-idiotipskih monoklonskih protiteles proti omenjenemu protitelesu (članek je izšel v drugem letu trajanja projekta - Colja Venturini A. in sod., BMC Immunology, 2009; Colja Venturini A., doktorska disertacija, 2010) in pokazali nov pristop v raziskavah prionov ter enega od možnih načinov zdravljenja prionskih bolezni. Naš članek je bil v letu 2009 drugi najbolj obiskan prispevek v reviji BMC Immunology. Proučevali smo tudi celični odziv različnih variant peptida P1. Na povabilo ugledne ameriške revije smo napisali pregledni članek o možni uporabi prionskih peptidov za vakcinacijo (Ghielmetti M. in sod., Mini Reviews in Medicinal Chemistry, 2009). Objavili smo tudi pregledni članek o metabolizmu prionov (Vranac T. in Bresjanac M., Current Drug Targets, 2010). Prisotnost obeh izooblik prionskega proteina (PrPC in PrPSc) na celicah ter izražanje različnih epitopov smo proučevali s panelom monoklonskih protiteles na modelu intravenozno inficiranih makakov s TSE (BSE, vCJB) v CEA v Parizu (podoktorsko usposabljanje T. Vranac), ki je evropski center za delo s prioni in eden od dveh centrov na svetu, kjer se tovrstni eksperimenti lahko izvajajo. Model, ki smo ga uporabili, je zelo pomemben za proučevanje prenosa bolezni s transfuzijo krvi (članek v pripravi). S pomočjo panela lastnih monoklonskih protiteles (med njimi so tudi mAbs proti PrP) in hibridomskih celičnih linij, ki ta protitelesa proizvajajo, smo razvili metodologijo za identifikacijo celičnih linij. Delo smo objavili v reviji Appl. Microbiol. Biotechnol. (Koren S. in sod., 2008) in na osnovi objave dobili povabilo, da napišemo poglavje za knjigo Molecular Biology Research Horizons (Kosmač M. in sod., 2010). V okviru projekta smo pripravili tudi panel monoklonskih protiteles proti mišjemu peptidu P1, tako da smo imunizirali miši z izbitim genom za prionski protein ter miši BALB/c (slednje izražajo PrP). Žal nismo uspeli pripraviti mAbs z lastnostmi, kot jih ima V5B2. Nadaljevali smo tudi s proučevanjem drugih mAbs, ki smo jih pripravili v preteklih letih proti humanemu rekombinantnemu PrP po imunizaciji miši z izbitim genom za PrP. V sodelovanju s SISSA smo uspeli dokazati, da mAbs proti N - koncu PrP pozdravijo celične linije, okužene s prioni in nekatera med njimi predstavljajo potencialna zdravila (članek v pripravi). Na Fakulteti za kemijo in kemijsko tehnologijo smo pripravili prokariontski ekspresijski vektor za pripravo enoverižnih fragmentov protiteles, sestavljenih po načelu variabilna regija 1 - povezovalni peptid - variabilna regija 2 (Škrlj N. in sod., Protein Expression and Purification, 2009). Na osnovi pripravljenih konstruktov smo zapise za enoverižne fragmente, ki predstavljajo povezani variabilni regiji (scFv) mAb V5B2, na enak način pa še štirih humaniziranih oblik tega protitelesa, prenesli v ekspresijski vektor pMD204, ki smo ga pripravili predhodno (Škrlj N. in sod., Protein Expression and Purification, 2009). Optimirali smo pogoje gojenja mišjega fragmenta scFv v E. coli in določili njegove lastnosti (Škrlj N. in sod, Applied Biochemistry and Biotechnology, 2010). Fragment naj bi bil sorazmerno obstojen v pogojih in vivo. Pripravili smo tudi humanizirano obliko scFv in ugotovili, da je obdržala vezalne lastnosti originalnega mAb V5B2 (Škrlj N. in sod., PLosOne, 2011; Škrlj N., doktorska disertacija, 2011 ). Delo je potekalo v naslednjem zaporedju: Iz mišjih hibridomskih celic, ki so izražale protitelo V5B2, specifično za patološko izoobliko prionskega proteina, smo izolirali mRNA in jo pretvorili v cDNA. Določili smo nukleotidna zaporedja segmentov, ki zapisujejo za protitelo in s PCR pomnožili regiji z zapisoma za variabilni domeni težke in lahko verige. Nato smo pripravili strukturni model monoklonskega protitelesa, kjer smo izhajali iz aminokislinskega zaporedja in prostorskih struktur po zaporedju podobnih protiteles. Preverili smo, kateri aminokislinski ostanki v mišjem monoklonskem protitelesu so izpostavljeni in hkrati različni pri mišjem in strukturno najbolj podobnih človeških protitelesih ter naredili načrt zamenjave aminokislinskih ostankov. Mutagenezo smo izvedli večinoma s PCR ob uporabi termostabilne ligaze. Vsem mutiranim konstruktom smo preverili nukleotidna zaporedja in jih vstavili v ekspresijski vektor pMD203, ki smo ga konstruirali prav z namenom izražanja večdomenskih proteinov, kakršna so tudi protitelesa oziroma njihovi enoverižni fragmenti (scFv), pri katerih sta dve domeni povezani s peptidnim linkerjem. Rekombinantne vektorje smo vnesli v bakterije Escherichia coli in inducirali izražanje genskih vključkov. Na primeru mišjega scFv smo ugotavljali, ali je orientacija obeh variabilnih domen pomembna za raven izražanja in imunološke lastnosti. Analizirali smo topnost proteinskih produktov in ugotavljali njihovo lokalizacijo. Pri tem smo ugotovili, da je protein večinoma prisoten v bakterijski periplazmi, čemur smo prilagajali tudi izolacijske pogoje. Vzporedno smo optimizirali pogoje gojenja bakterij ter ugotovili, da je rekombinantni protein pri standardnih pogojih netopen, topnost pa lahko izboljšamo z gojenjem mikroorganizmov pri suboptimalni temperaturi za rast (16 °C). Pridobljene scFv smo izolirali iz bakterijskih celic z afinitetno kromatografijo na imobiliziranih nikljevih ionih. Določili smo tudi stabilnost mišjega scFv v serumu in s tem ugotovili, da bi tak protein bil sorazmerno obstojen v pogojih in vivo. Imunohistokemijske analize patoloških vzorcev možganov so pokazale, da se rekombinantni mišji scFv uspešno vežejo na proteinske agregate, ki so značilni za bolnike s prionskimi boleznimi. Na enak način smo pripravili tudi humanizirane oblike, pri čemer smo imeli več do različne stopnje humaniziranih konstruktov. Ugotovili smo, da je mogoče prilagajanje površine le do določene mere, nadaljevanje postopka pa privede do nestabilnega in/ali neaktivnega proteina. Humanizacija je bila mogoča do zamenjave 13 ostankov v strukturi mišjega protitelesa. Imunološke in imunohistokemijske analize so pokazale, da je humanizirani scFv obdržal specifičnost izhodiščnega protitelesa, njegova afiniteta do osnovnega antigena pa je nekoliko nižja v primerjavi s fragmenti Fab, dobljenimi s proteolitično cepitvijo monoklonskega protitelesa V5B2. Glede na ugotovljene možnosti biotehnološke proizvodnje scFv in lastnosti humaniziranih verzij protitelesa sklepamo, da pripravljeni konstrukti predstavljajo dobro izhodišče za pripravo diagnostičnih in/ali terapevtskih proteinov, specifičnih za patološko izoobliko prionskega proteina. Na Biotehniški fakulteti UL smo pripravili ekspresijske vektorje brez in s signalno sekvenco za izražanje rekombinantnega encima Ape263.1 v E. coli in Streptomyces rimosus. Encim je citotoksičen za E. coli. Pri S. rimosus M4018 je prišlo do povečane ekstracelularne in intracelularne proteolitične aktivnosti nekaterih klonov. Za encimske teste smo uporabili prirejen azokazeinski test in zimogramski test aktivnosti na poliakrilamidnem gelu. Skupina je prijavila evropski patent (Poklar Ulrih N. in Vilfan T., Composition and methods for degradation of protein deposites and prions. EP09913171, 2009). Optimizirali smo tudi čiščenje proteaze na sistemih FPLC z uporabo gelske filtracije in ionsko-izmenjevalne kromatografije. Uspeli smo identificirati encim z MS/MS, N-terminalna identifikacija ni bila uspešna. Za nativno obliko pernizina smo izvedli osnovne teste karakterizacije proteaze: določitev Mr, identifikacija z MS/MS, vpliv inhibitorjev, denaturantov, ionske jakosti, pH, dodatka CaCl2 in kvalitativno določitev proteolitične aktivnosti s cimografijo. Določili smo fizikalno termostabilnost proteaze pri različnih vrednostih pH s fluorescenčno spektroskopijo. Prilagodili smo standardni encimski test na osnovi azokazeina za PCR napravo. Za encimsko detekcijo smo uporabljajo tudi sintetičen kromogen substrat N-Suc-AAPF-pNa, ki je primeren za serinske proteaze. Nemodificiran gen smo vstavili v različne verzije vektorja pMCSG z različnimi vključki (GST, His, maltoza vezalni protein). Izražanje v E. coli ni bilo uspešno. Pripravili smo tudi konstrukte, ki imajo uvedeno mutacijo v predvidenem aktivnem mestu S355A ter gen za pernizin, ki je prilagojen bakterijskemu translacijskemu sistemu ter konstrukte za izražanje v Streptomyces rimosus. Uporabili smo nemodificiran gen in gen s prilagojeno kodonsko sestavo za Streptomyces sp.. Za lažjo identifikacijo smo dodali His-vključek in naredili konstrukte, kjer je pred genom uvedeno signalno zaporedje SerT, ki se je izkazalo za uspešno pri izražanju drugih rekombinantnih proteinov v Streptomyces sp. Izražanje in analiza, kjer uporabljamo vektorje s prilagojeno kodonsko sestavo in oznako His6, je v teku. 4. Ocena stopnje realizacije zastavljenih raziskovalnih ciljev4 V času izvajanja projekta smo uspešno nadaljevali z raziskavami, ki smo jih začeli v času trajanja prejšnjih dveh projektov (L3-3435 in L3-6006), kar kaže število objavljenih del s področja pričujočega projekta (7), prijavljenih in podeljenih patentov (2), zaključenih doktorskih disertacij (3), predvsem pa povabilo za pisanje preglednih člankov (Mini Reviews in Medicinal Chemistry) ter poglavja v knjigi (Molecular Biology Research Horizons). Za preverjanje raziskovalnih hipotez, ki smo si jih zastavili, ter za doseganje ciljev, smo razvili ustrezna orodja, povezali pa smo se tudi z uglednimi raziskovalnimi inštitucijami v tujini na tem področju (CEA, SISSA, Univerzi v Trstu in Milanu), kjer smo opravili del raziskav, ki jih v Ljubljani ne moremo izvajati. Postavili smo tudi nekaj novih hipotez, do katerih so nas privedli naši rezultati. O tem, da imajo naše raziskave poleg znanstvenega pomena tudi uporabno vrednost, priča zanimanje tuje industrije za sofinanciranje projekta ter za uporabo rezultatov v industrijskih procesih. 5. Utemeljitev morebitnih sprememb programa raziskovalnega projekta oziroma sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave projektne skupine5 V času izvajanja projekta ni bilo bistvenih odstopanj od predvidenega programa raziskovalnega projekta in njegovih ciljev, postavili pa smo nekaj novih hipotez, do katerih so nas privedli rezultati raziskav. 6. Najpomembnejši znanstveni rezultati projektne skupine6 Znanstveni rezultat 1. Naslov SLO Peptidi prionskega proteina kot cepiva ANG Prion Protein Peptides as Vaccines Opis SLO Raziskave, povezane z imunogenostjo prionskega proteina (PrP), so pomembne za razumevanje imunskega odziva na omenjen protein. Velik izziv v raziskavah prionov predstavlja inhibicija patološke izooblike PrP, PrPSc, vendar tako, da ne poškodujemo celične oblike omenjenega proteina (PrPC). V članku povzemamo raziskave (vključno z našimi), v katerih so za imunizacijo uporabili sintetske peptide in ugotavljamo, kateri deli PrP so imunogeni. ANG Investigations into the immunogenicity of the prion protein are ongoing. To combat its pathological isoform without affecting the cellular prion protein is a challenge in prion research. We here summarize the studies in which prion protein peptides have been used for immunization, to thus determine the most immunogenic parts of the prion protein. Objavljeno v GHIELMETTI, Mascia, VRANAC, Tanja, CURIN-SERBEC, Vladka. Mini Rev. Med. Chem., 2009, letn. 9, št. 4, str. 470-480. [COBISS.SI-ID 25501145] Tipologija 1.02 Pregledni znanstveni članek COBISS.SI-ID 25501145 2. Naslov SLO Anti-idiotipska protitelesa: nov pristop v raziskavah prionov ANG Anti-idiotypic antibodies: a new approach in prion research Opis SLO Clanek opisuje pripravo anti-idiotipskih (Ab2) protiteles proti mAb V5B2, specifičnem za patološko izoobliko prionskega proteina, PrPSc, v ksenogenskem (kokoši) in singenskem (miši BALB/c) sistemu. S pomočjo ustrezne imunizacije (celotno protitelo oz. Fab fragmenti) ter selekcije s panelom monoklonskih protiteles, ki smo jih na ZTM pripravili v preteklih letih, smo pokazali ne le, da je z dobro načrtovano strategijo možno pripraviti Ab2, temveč da je takšen pristop mogoče uporabiti pri načrtovanju terapije prionskih bolezni. ANG The article describes the production of anti-idiotypic antibodies (Ab2) against mAb V5B2, which selectively recognizes pathological isoform of PrP, PrPSc, in xenogeneic (hen) and syngeneic (BALB/c mice) experimental system. With adequate immunisation procedure following well-planned selection with mAbs, prepared in our laboratory in previous years, we were able not only to show that it was possible to produce Ab2, but also to use this approach in prion research. Objavljeno v COLJA VENTURINI, Anja, BRESJANAC, Mara, VRANAC, Tanja, KOREN, Simon, NARAT, Mojca, POPOVIČ, Mara, ČURIN-ŠERBEC, Vladka. BMC Immunol, 2009, vol. 10, article 16, on line. http://www.biomedcentral.com/1471-2172/10/16, doi: 10.1186/1471-2172-10-16. Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 2440072 3. Naslov SLO Sekvenciranje variabilnih regij protiteles za identifikacijo hibridomov ANG Antibody variable-region sequencing for hybridoma authentication Opis SLO Zamenjava in navzkrižna kontaminacija celičnih linij, ki se uporabljajo v raziskavah in v biotehnoloških procesih, predstavljata velik in resen problem. Zaradi tega moramo pri delu uporabljati dobro opredeljene celične kulture. V publikaciji predlagamo in opisujemo metode, ki naj bi jih laboratoriji v raziskovalnih inštitucijah in v industriji uporabljali za opredelitev hibridomskih celičnih linij in s tem zagotovili preverljive rezultate in kakovostno izvajanje procesov. Za naše delo se zanimajo industrijski partnerji, ki želijo naše dosežke uporabiti v svoji proizvodnji. ANG Cross-contamination of the cell lines, which are used in research and in biotechnological processes, represents a huge problem and for this reason, the cell lines must be well defined. The methods, which must be used in the research work as well as in industry to assure a quality measures as well as the accurate and reproducible results, are proposed and described in our paper. Industrial partners have expressed their intent to implement our technology for the characterisation of the cell lines, which are used in their production. Objavljeno v KOSMAČ, Miha, KOREN, Simon, SKRLJ, Nives, DOLINAR, Marko, CURIN-ŠERBEC, Vladka. v: OVESEN, Kresten (ur.), MATTHIESEN, Ulrich (ur.). DNA : Properties and Modifications, Functions and Interactions, Recombination and Applications Series : [Fingerprinting, Sequencing and Chips]. New York: Nova Science Publishers, 2009, str. 33-54, ilustr. [COBISS.SI-ID 27431385] Tipologija 1.16 Samostojni znanstveni sestavek ali poglavje v monografski publikaciji COBISS.SI-ID 27431385 4. Naslov SLO Specifična vezava patološke izooblike prionskega proteina: razvoj in opredelitev humaniziranega enoverižnega fragmenta Fv protitelesa ANG Specific binding of the pathogenic prion isoform: Development and characterization of a humanized single-chain variable antibody fragment Opis SLO V članku opisujemo pripravo in lastnosti humanizirane oblike enoverižnega fragmenta monoklonskega protitelesa V5B2, ki selektivno prepoznava patološko obliko prionskega proteina. V mišjem enoverižnem fragmentu smo zamenjali 13 aminokislin, ki smo jih določili z računalniškim modeliranjem. Humanizirani enoverižni fragment smo izrazili v bakterijskem sistemu in očistili s kelatno kromatografijo. S pomočjo imunoloških metod smo ugotovili, da je fragment obdržal vezalne lastnosti prvotnega protitelesa in tako predstavlja potencialno diagnostično in/ali terapevtsko orodje. ANG We humanized a single-chain V5B2 antibody, using variable domain resurfacing approach guided by computer modelling. Design based on sequence alignments and computer modelling resulted in a humanized version bearing 13 mutations compared to initial murine scFv. The humanized scFv was expressed in bacterial system and purified by metal-affinity chromatography. Unaltered binding affinity to the original antigen was demonstrated by ELISA and maintained binding specificity was proven by Western blotting and immunohistochemistry. Described humanized scFv might become a potential therapeutic reagent. Objavljeno v Nives Škrlj, Tanja Vranac, Mara Popovic, Vladka Curin Šerbec, Marko Dolinar, PlosOne 2011, 6(1) (COBISS.Si-ID 34754053) Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 34754053 5. Naslov SLO Kartiranje epitopa za PrPSc-specifično monoklonsko protitelo: Določitev novega, na C-koncu skrajšanega fragmenta ANG Epitope mapping of a PrPSc-specific monoclonal antibody: Identification of a novel C-terminally truncated prion fragment Opis SLO V članku opisujemo določitev epitopa za PrPSc-specifičnega monoklonskega protitelesa V5B2. Ugotovili smo, da omenjeno protitelo ne prepoznava razlike v konformaciji med celično (PrPC) in patološko (PrPSc) izoobliko prionskega proteina, kot smo predvidevali, temveč skrajšano obliko PrPSc, PrP226, ki je značilno prisotna v s TSE okuženih vzorcih. V raziskavi smo uporabili metodo kartiranja epitopov z izražanjem peptidov na fagih ter tehnologijo rekombinantne DNA. ANG The article describes epitope mapping of a PrPSc-specific monoclonal antibody, which does not discriminate a conformational change between cellular (PrPC) and pathological (PrPSc) prion protein isoform, as described previously. By using phage display technology and molecular biology methods, a new C-terminally truncated fragment, PrP226, was determined in TSE infected samples. Objavljeno v KOSMAČ, Miha, KOREN, Simon, GIACHIN, Gabriele, CURIN-ŠERBEC, Vladka. Mol. Immunol. [Print ed.], 2011, vol. 48, iss. 5, str. 746-750, ilustr. [COBISS.SI-ID 27952345] Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 27952345 7. Najpomembnejši družbeno-ekonomsko relevantni rezultati projektne skupine6 Družbeno-ekonomsko relevantni rezultat 1. Naslov SLO Mednarodna povabila vodji projekta ANG International invitations to the head of the project Opis SLO Povabilo Švedske Kraljeve akademije znanosti V. Curin Šerbec, da predlaga kandidata za Nobelovo nagrado za kemijo za leto 2010 (pismo odbora je zaupne narave). Povabilo Svetovne imunološke zveze (IUIS), da V. Curin Šerbec sestavi in vodi mednarodno Komisijo za standardizacijo in oceno kakovosti medicinskih imunoloških laboratorijev pri IUIS (pismo prof. Valente v imenu IUIS). The Royal Swedish Academy of Science has invited V. Curin Šerbec to nominate a candidate for the Nobel prize for chemistry in 2010 (a letter form the Nobel Committee) ANG International Union of Immunological Societies (IUIS) has invited V. Curin Šerbec to form and lead an international IUIS Subcommittee for the Standardisation and Quality Assesment of Immunological diagnostics (a letter of prof. Valenta in the name of IUIS). Šifra D.03 Članstvo v tujih/mednarodnih odborih/komitejih Objavljeno v Osebna pisma. Tipologija 2.15 Izvedensko mnenje, arbitražna odločba COBISS.SI-ID 000 2. Naslov SLO Mednarodna povabila vodji projekta ANG International invitations to the head of the project Opis SLO Povabilo ameriške založbe Bentham Science Publishers V. Curin Šerbec za članico urednikovega svetovalnega odbora (pismo urednika). ANG The invitation to V. Curin Šerbec to be a member of the editor's advisory board of Bentham Science Publishers. Šifra C.06 Clanstvo v uredniškem odboru Objavljeno v Osebna pisma. Tipologija 2.15 Izvedensko mnenje, arbitražna odločba COBISS.SI-ID 000 3. Naslov SLO Ocena možnosti za okužbo celične linije CHO s prioni ANG Overwiev of potentials for the infection of CHO cell line with prions Opis SLO V elaboratu na osnovi lastnega znanja, pridobljenega v okviru nacionalnih raziskovalnih projektov ter pregleda znanstvene in strokovne literature ocenjujemo možnost okužbe CHO celic, ki jih uporabljajo v biofarmacevtski proizvodnji, s prioni. ANG On the basis of the knowledge, obtained during national research projects and the overwiev of the existing literature, the authors made the analyses of the potentials for the infection of CHO cell line, which is used in biopharmaceutical production, with prions. Šifra D.08 Upravljanje in razvoj raziskovalnega dela Objavljeno v Simon Koren in Vladka Curin Šerbec, Ekspertno mnenje za Lek-Novartis Tipologija 2.15 Izvedensko mnenje, arbitražna odločba COBISS.SI-ID 000 4. Naslov SLO Uporaba inovativnih strukturno-funkcionalnih korelacij za pripravo hrane za zdravje, dobro počutje in zadovoljstvo. ANG "The application of innovative fundamental food-structure-property relationships to the design of foods for health, wellness and pleasure" Opis SLO Fenolne spojine sintetizirajo rastline in jih zato najdemo v sadju, zelenjavi, čajih, kavi, vinu itd. v različnih količinah. Fenolne spojine imajo velik vpliv na prehranske in organoleptične lastnosti živil rastlinskega izvora. Razumevanje delovanja fenolnih spojin je problem, ki ga želimo rešiti v okviru COST projekta. Učinek fenolnih spojin na človeški ali živalski organizem je odvisen od absorpcije in biološke razpoložljivosti v tkivu in celicah. Phenolic compounds are synthesized in plants and found in fruits, ANG vegetables, tea, coffee, wine etc. in different amount. They influence dietary and sensory characteristics of plant foods. It is generally accepted that they have positive effect on human health because of their antioxidative, antimicrobial, cardioprotective and anticancerogenic activity. The aim of this project is for better understanding of phenolic compounds activity. Šifra D.01 Vodenje/koordiniranje (mednarodnih in domačih) projektov Objavljeno v COST projekt, FA1001, vodja N. Poklar Ulrih Tipologija 2.14 Projektna dokumentacija (idejni projekt, izvedbeni projekt) COBISS.SI-ID 000 5. Naslov SLO Poučevanje na univerzi ANG Teaching at the university Opis SLO Vladka Čurin Šerbec, Nataša Poklar Ulrih in Marko Dolinar smo profesorji na Univerzi v Ljubljani, kjer poučujemo na dodiplomski in podiplomski stopnji, smo nosilci predmetov in mentorji pri diplomskih in doktorskih delih ter nagradah za študente, ki svoje znanje uspešno prenašamo na mlade generacije. ANG Vladka Čurin Šerbec, Nataša Poklar Ulrih and Marko Dolinar are teaching undergraduate and postgraduate students at the Univerity of Ljubljana and are mentors to students, transferring their knowledge to younger generations. Šifra D.10 Pedagoško delo Objavljeno v Sprejeti programi visokošolskega študija (dodiplomskega in podiplomskega) Univerze v Ljubljani. Tipologija 2.25 Druge monografije in druga zaključena dela COBISS.SI-ID 000 8. Drugi pomembni rezultati projetne skupine8 V okviru projekta so uspešno končali podiplomsko usposabljanje mladi raziskovalci dr. Simon Koren (ZTM, končal 2009, zaposlen v Omega d.o.o.), dr. Anja Colja Venturini (ZTM, končala 2010, zaposlena v Lek Novartis d.d.) in dr. Nives Škrlj (FKKT UL, končala 2011), vsi so končali univerzitetni podiplomski študij biomedicine na Medicinski fakulteti UL. Marko Šnajder (BF UL) je vpisan v drugi letnik podiplomskega študija Biomedicina. 9. Pomen raziskovalnih rezultatov projektne skupine9 9.1. Pomen za razvoj znanosti10 SLO_ Sodelujoči na projektu smo v preteklih letih s svojimi rezultati dokazali, da znamo uspešno izvajati in zaključiti zahtevne znanstvene in aplikativne projekte. V okviru pričujočega projekta smo preverjali zastavljene znanstvene hipoteze. V svoje raziskave smo vpeljali nova orodja in tehnologije, mnoge od njih je mogoče uporabiti tudi v diagnostične in/ali terapevtske namene, ne le na področju prionov, temveč tudi na drugih področjih medicine. Na področju biotehnologije želimo poiskati možnosti za dekontaminacijo odpadkov ob istočasni izrabi energije, ki bo v tem procesu nastala. Število znanstvenih objav in njihova citiranost, število del, poslanih oz. sprejetih v tisk, povabila k pisanju preglednih člankov in poglavja v knjigi, podeljeni ter prijavljeni patenti ter sofinanciranje tuje industrije potrjujejo kakovostno delo projektne skupine na področju nevrodegenerativnih bolezni, ki velja za enega zahtevnejših v biomedicini. ANG The project team has shown with the results in the past years to be capable to carry out demanding research and applicative projects. In the scope of this project, some still unsolved problems in the field of prion biology are studied with new tools, which we have developed. Some of them are implemented in diagnostic and/or therapeutic purposes not only in the field of prions, but also in other medical fields. We would also like to explore the possibility for decontamination of waste , containing infective protein aggregates and consequent use of energy, released in this process. The number of publications and their citations, articles in press or sent for publication, the invitation to write a review article and a book chapter, granted and filled patents as well as co-financing of from the foreigh industrial partner confirm the quality of our work in the field of neurodegenerative disorders, which is supposed to be one of the most difficult in biomedicine. 9.2. Pomen za razvoj Slovenije11 SLO_ Slovenija na svoji poti med najrazvitejše evropske države potrebuje tudi skupine, ki so poleg tega, da objavljajo znanstvene članke, sposobne izvajati uporabne raziskave ter rezultate razvojno-raziskovalnega dela prenašati v prakso. Področje biomedicine, kjer se prepletajo naravoslovne znanosti (biokemija in molekularna biologija) z medicinskimi znanostmi (imunologija, transfuzijska medicina) in biotehnologijo, je eden od značilnih primerov. Osvajanje novih tehnologij in orodij je tista osnova za moderno in uspešno evropsko državo, ki lahko na dolgi rok zagotavlja blagostanje svojim državljanom. Pridobljeno znanje nam omogoča, da se vključujemo v svet in predstavljamo Slovenijo v najvplivnejših mednarodnih strokovnih in znanstvenih inštitucijah. V procesu raziskovalnega dela usposabljamo kakovostne kadre za gospodarstvo in javni sektor ter postavljamo osnove za oblikovanje novih delovnih mest ter za nastanek novih podjetij. ANG_ On its progress among the most developed European countries, Slovenia needs groups, which are able to carry out applicative projects and implement the results into routine use besides publishing research articles in renowned journals. The field of biomedicine, which brings together life sciences (biochemistry and molecular biology), medical sciences (immunology, transfusion medicine) and biotechnology, is a good example. Development of new tools and new technologies is the basis for a modern and successful European country, which in the long term assures well-being of its citizens. It also enables equal involvement in global issues and representation of the country in the world's most important professional and scientific organisations. Last, but not least, highly educated professionals for industry and other public institutions are raised during our research processes. The gained knowledge also represents the basis for new employments and start up of new companies. 10. Samo za aplikativne projekte! Označite, katerega od navedenih ciljev ste si zastavili pri aplikativnem projektu, katere konkretne rezultate ste dosegli in v kakšni meri so doseženi rezultati uporabljeni Cilj F.01 Pridobitev novih praktičnih znanj, informacij in veščin Zastavljen cilj © DA O NE Rezultat Dosežen d Uporaba rezultatov V celoti d F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj Zastavljen cilj t> DA O NE Rezultat Dosežen d Uporaba rezultatov V celoti d F.03 Večja usposobljenost raziskovalno-razvojnega osebja Zastavljen cilj © DA O NE Rezultat Dosežen d Uporaba rezultatov V celoti d F.04 Dvig tehnološke ravni Zastavljen cilj © DA O NE Rezultat | Dosežen d Uporaba rezultatov V celoti d F.05 Sposobnost za začetek novega tehnološkega razvoja Zastavljen cilj © DA O NE Rezultat Dosežen bo v naslednjih 3 letih d Uporaba rezultatov Delno d F.06 Razvoj novega izdelka Zastavljen cilj D DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.07 Izboljšanje obstoječega izdelka Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.08 Razvoj in izdelava prototipa Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.09 Razvoj novega tehnološkega procesa oz. tehnologije Zastavljen cilj © DA O NE Rezultat Dosežen d Uporaba rezultatov Uporabljen bo v naslednjih 3 letih d F.10 Izboljšanje obstoječega tehnološkega procesa oz. tehnologije Zastavljen cilj t> DA O NE Rezultat Dosežen d Uporaba rezultatov V celoti d F.11 Razvoj nove storitve Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.12 Izboljšanje obstoječe storitve Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.13 Razvoj novih proizvodnih metod in instrumentov oz. proizvodnih procesov Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.14 Izboljšanje obstoječih proizvodnih metod in instrumentov oz. proizvodnih procesov Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.15 Razvoj novega informacijskega sistema/podatkovnih baz Zastavljen cilj .> DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.16 Izboljšanje obstoječega informacijskega sistema/podatkovnih baz Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.17 Prenos obstoječih tehnologij, znanj, metod in postopkov v prakso Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference) Zastavljen cilj © DA O NE Rezultat Dosežen ^J Uporaba rezultatov V celoti ^J F.19 Znanje, ki vodi k ustanovitvi novega podjetja ("spin off") Zastavljen cilj © DA O NE Rezultat Dosežen ^J Uporaba rezultatov Ni uporabljen d F.20 Ustanovitev novega podjetja ("spin off") Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.21 Razvoj novih zdravstvenih/diagnostičnih metod/postopkov Zastavljen cilj *> DA O NE Rezultat Dosežen ^J Uporaba rezultatov Delno ^J F.22 Izboljšanje obstoječih zdravstvenih/diagnostičnih metod/postopkov Zastavljen cilj © DA O NE Rezultat Dosežen ^J Uporaba rezultatov Delno ^J F.23 Razvoj novih sistemskih, normativnih, programskih in metodoloških rešitev Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.24 Izboljšanje obstoječih sistemskih, normativnih, programskih in metodoloških rešitev Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.25 Razvoj novih organizacijskih in upravljavskih rešitev Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.26 Izboljšanje obstoječih organizacijskih in upravljavskih rešitev Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.27 Prispevek k ohranjanju/varovanje naravne in kulturne dediščine Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.28 Priprava/organizacija razstave Zastavljen cilj DA NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.29 Prispevek k razvoju nacionalne kulturne identitete Zastavljen cilj D DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.30 Strokovna ocena stanja Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.31 Razvoj standardov Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.32 Mednarodni patent Zastavljen cilj © DA O NE Rezultat Dosežen ^J Uporaba rezultatov Delno ^J F.33 Patent v Sloveniji Zastavljen cilj © DA O NE Rezultat Dosežen ^J Uporaba rezultatov Ni uporabljen ^J F.34 Svetovalna dejavnost Zastavljen cilj .> DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.35 Drugo Zastavljen cilj O DA © NE Rezultat d Uporaba rezultatov d Komentar 11. Samo za aplikativne projekte! Označite potencialne vplive oziroma učinke vaših rezultatov na navedena področja Vpliv Ni vpliva Majhen vpliv Srednji vpliv Velik vpliv G.01 Razvoj visoko-šolskega izobraževanja G.01.01. Razvoj dodiplomskega izobraževanja O O O 0 G.01.02. Razvoj podiplomskega izobraževanja o o o 0 G.01.03. Drugo: o o o o G.02 Gospodarski razvoj G.02.01 Razširitev ponudbe novih izdelkov/storitev na trgu O O O 0 G.02.02. Širitev obstoječih trgov o o o 0 G.02.03. Znižanje stroškov proizvodnje o o o 0 G.02.04. Zmanjšanje porabe materialov in energije O O O 0 G.02.05. Razširitev področja dejavnosti o o o 0 G.02.06. Večja konkurenčna sposobnost o o o 0 G.02.07. Večji delež izvoza o o o 0 G.02.08. Povečanje dobička o o o 0 G.02.09. Nova delovna mesta o o o 0 G.02.10. Dvig izobrazbene strukture zaposlenih O O O 0 G.02.11. Nov investicijski zagon o o o 0 G.02.12. Drugo: o o o O G.03 Tehnološki razvoj G.03.01. Tehnološka razširitev/posodobitev dejavnosti O O O 0 G.03.02. Tehnološko prestrukturiranje dejavnosti O o o 0 G.03.03. Uvajanje novih tehnologij o o o 0 G.03.04. Drugo: o o o o G.04 Družbeni razvoj G.04.01 Dvig kvalitete življenja o o o 0 G.04.02. Izboljšanje vodenja in upravljanja o o 0 o G.04.03. Izboljšanje delovanja administracije in javne uprave ® o o o G.04.04. Razvoj socialnih dejavnosti 0 o o o G.04.05. Razvoj civilne družbe o o 0 o G.04.06. Drugo: o o o o G.05. Ohranjanje in razvoj nacionalne naravne in kulturne dediščine in identitete 0 O O O G.06. Varovanje okolja in trajnostni razvoj 0 O O O G.07 Razvoj družbene infrastrukture G.07.01. Informacijsko-komunikacijska infrastruktura 0 O O O G.07.02. Prometna infrastruktura 0 o o o G.07.03. Energetska infrastruktura 0 o o o G.07.04. Drugo: O o o o G.08. Varovanje zdravja in razvoj zdravstvenega varstva o o o 0 G.09. Drugo: O o o o Komentar 12. Pomen raziskovanja za sofinancerje, navedene v 2. točki— 1. Sofinancer DiaMed Benelux N.V. Vrednost sofinanciranja za celotno obdobje trajanja projekta je znašala: 52.995,00 EUR Odstotek od utemeljenih stroškov projekta: 25,00 % Najpomembnejši rezultati raziskovanja za sofinancerja Šifra 1. Poglavje v knjigi, ki smo ga napisali na povabilo urednika, opisuje metodo, ki je zelo pomembna za sofinancerja, saj omogoča identifikacijo celičnih linij, ki jih uporablja v industrijskem procesu. A.03 2. Vodenje in koordiniranje domačega projekta s tujim sofinancerjem je odličen primer sodelovanja akademskega okolja in industrije. D.01 3. Upravljanje in razvoj raziskovalnega dela v sodelovanju z industrijskim partnerjem je dragocena izkušnja za obe inštituciji. D.08 V okviru projekta smo pridobili nova praktična znanja, F.01 4. informacije in veščine. 5. Razvoj novega tehnološkega procesa oz. tehnologije omogoča v prihodnosti pripravo novega produkta z omenjeno tehnologijo. F.09 Komentar V okviru izvajanja in sofinanciranja pričujočega projekta je izvajalec projekta s soizvajalci razvil nove metode in tehnologije, ki imajo praktični pomen za sofinancerja. Nekatere od njih je mogoče uporabiti v kontroli kakovosti procesov, ki jih izvaja, druge pa za razvoj novih produktov. Ocena Sodelovanje ocenjujemo kot uspešno. 2. Sofinancer Vrednost sofinanciranja za celotno obdobje trajanja projekta je znašala: EUR Odstotek od utemeljenih stroškov projekta: % Najpomembnejši rezultati raziskovanja za sofinancerja Šifra 1. 2. 3. 4. 5. Komentar Ocena 3. Sofinancer Vrednost sofinanciranja za celotno obdobje trajanja projekta je znašala: EUR Odstotek od utemeljenih stroškov projekta: % Najpomembnejši rezultati raziskovanja za sofinancerja Šifra 1. 2. 3. 4. 5. Komentar Ocena C. IZJAVE Podpisani izjavljam/o, da: • so vsi podatki, ki jih navajamo v poročilu, resnični in točni • se strinjamo z obdelavo podatkov v skladu z zakonodajo o varstvu osebnih podatkov za potrebe ocenjevanja, za objavo 6., 7. in 8. točke na spletni strani http://sicrls.lzum.sl/ ter obdelavo teh podatkov za evidence ARRS • so vsi podatki v obrazcu v elektronski obliki identični podatkom v obrazcu v pisni obliki • so z vsebino zaključnega poročila seznanjeni in se strinjajo vsi soizvajalci projekta Podpisi: Vladka Čurin Šerbec in podpis vodje raziskovalnega projekta zastopnik oz. pooblaščena oseba RO Kraj in datum: Ljubljana 21.4.2011 Oznaka poročila: ARRS-RPROJ-ZP-2011-1/64 1 Zaradi spremembe klasifikacije družbeno ekonomskih ciljev je potrebno v poročilu opredeliti družbeno ekonomski cilj po novi klasifikaciji. Nazaj 2 Samo za aplikativne projekte. Nazaj Napišite kratko vsebinsko poročilo, kjer boste predstavili raziskovalno hipotezo in opis raziskovanja. Navedite ključne ugotovitve, znanstvena spoznanja ter rezultate in učinke raziskovalnega projekta. Največ 18.000 znakov vključno s presledki (približno tri strani, velikosti pisave 11). Nazaj 4 Realizacija raziskovalne hipoteze. Največ 3.000 znakov vključno s presledki (približno pol strani, velikosti pisave 11). Nazaj 5 V primeru bistvenih odstopanj in sprememb od predvidenega programa raziskovalnega projekta, kot je bil zapisan v predlogu raziskovalnega projekta oziroma v primeru sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave projektne skupine v zadnjem letu izvajanja projekta (obrazložitev). V primeru, da sprememb ni bilo, to navedite. Največ 6.000 znakov vključno s presledki (približno ena stran, velikosti pisave 11). Nazaj 6 Navedite največ pet najpomembnejših znanstvenih rezultatov projektne skupine, ki so nastali v času trajanja projekta v okviru raziskovalnega projekta, ki je predmet poročanja. Za vsak rezultat navedite naslov v slovenskem in angleškem jeziku (največ 150 znakov vključno s presledki), rezultat opišite (največ 600 znakov vključno s presledki) v slovenskem in angleškem jeziku, navedite, kje je objavljen (največ 500 znakov vključno s presledki), izberite ustrezno šifro tipa objave po Tipologiji dokumentov/del za vodenje bibliografij v sistemu COBISS ter napišite ustrezno COBISS.SI-ID številko bibliografske enote. Navedeni rezultati bodo objavljeni na spletni strani http://sicris.izum.si/. PRIMER (v slovenskem jeziku): Naslov: Regulacija delovanja beta-2 integrinskih receptorjev s katepsinom X; Opis: Cisteinske proteaze imajo pomembno vlogo pri nastanku in napredovanju raka. Zadnje študije kažejo njihovo povezanost s procesi celičnega signaliziranja in imunskega odziva. V tem znanstvenem članku smo prvi dokazali... (največ 600 znakov vključno s presledki) Objavljeno v: OBERMAJER, N., PREMZL, A., ZAVAŠNIK-BERGANT, T., TURK, B., KOS, J.. Carboxypeptidase cathepsin X mediates 62 - integrin dependent adhesion of differentiated U-937 cells. Exp. Cell Res., 2006, 312, 2515-2527, JCR IF (2005): 4.148 Tipopologija: 1.01 - Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID: 1920113 Nazaj 7 Navedite največ pet najpomembnejših družbeno-ekonomsko relevantnih rezultatov projektne skupine, ki so nastali v času trajanja projekta v okviru raziskovalnega projekta, ki je predmet poročanja. Za vsak rezultat navedite naslov (največ 150 znakov vključno s presledki), rezultat opišite (največ 600 znakov vključno s presledki), izberite ustrezen rezultat, ki je v Šifrantu raziskovalnih rezultatov in učinkov (Glej: http://www.arrs.gov.si/sl/gradivo/sifranti/sif-razisk-rezult.asp), navedite, kje je rezultat objavljen (največ 500 znakov vključno s presledki), izberite ustrezno šifro tipa objave po Tipologiji dokumentov/del za vodenje bibliografij v sistemu COBISS ter napišite ustrezno COBISS.SI-ID številko bibliografske enote. Navedeni rezultati bodo objavljeni na spletni strani http://sicris.izum.si/. Nazaj 8 Navedite rezultate raziskovalnega projekta v primeru, da katerega od rezultatov ni mogoče navesti v točkah 6 in 7 (npr. ker se ga v sistemu COBISS ne vodi). Največ 2.000 znakov vključno s presledki. Nazaj 9 Pomen raziskovalnih rezultatov za razvoj znanosti in za razvoj Slovenije bo objavljen na spletni strani: http://sicris.izum.si/ za posamezen projekt, ki je predmet poročanja. Nazaj 10 Največ 4.000 znakov vključno s presledki Nazaj 11 Največ 4.000 znakov vključno s presledki Nazaj Rubrike izpolnite/prepišite skladno z obrazcem "Izjava sofinancerja" (http://www.arrs.gov.si/sl/progproj/rproj/gradivo/), ki ga mora izpolniti sofinancer. Podpisan obrazec "Izjava sofinancerja" pridobi in hrani nosilna raziskovalna organizacija - izvajalka projekta. Nazaj Obrazec: ARRS-RPROJ-ZP/2011-1 v1.01 FB-7E-25-F0-22-33-B5-97-E9-2C-D1-FE-39-AE-B4-CC-A8-47-60-41