Oznaka poročila: ARRS-RPROJ-ZP-2011-1/147 ZAKLJUČNO POROČILO O REZULTATIH RAZISKOVALNEGA PROJEKTA A. PODATKI O RAZISKOVALNEM PROJEKTU 1. Osnovni podatki o raziskovalnem projektu Šifra projekta J4-0813 Naslov projekta Proučevanje trsne rumenice in inducirane rezistence na to bolezen na molekularnem nivoju Vodja projekta 12688 Kristina Gruden Tip projekta J Temeljni projekt Obseg raziskovalnih ur 4.167 Cenovni razred D Trajanje projekta 02.2008 - 01.2011 Nosilna raziskovalna organizacija 105 Nacionalni inštitut za biologijo Raziskovalne organizacije -soizvajalke 481 Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta Družbenoekonomski cilj 13. Splošni napredek znanja - RiR financiran iz drugih virov (ne iz splošnih univerzitetnih fondov - SUF) 1.1. Družbeno-ekonomski cilj1 Šifra 08. Naziv Kmetijstvo 2. Sofinancerji2 1. Naziv Naslov 2. Naziv Naslov 3. Naziv Naslov B. REZULTATI IN DOSEŽKI RAZISKOVALNEGA PROJEKTA Zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega projekta - 2011 / 1. rok 3. Poročilo o realizaciji programa raziskovalnega projekta3 UVOD Fitoplazme so brezcelični bakterijski patogeni iz razreda Mollicutes. Povezane so z več kot 1000 boleznimi, vključno z trsnimi rumenicami (GY). Tipična bolezenska znamenja GY so zvijanje listov, razbarvanje listnih žil in listnih ploskev, neenakomerno olesenevanje ali odsotnost olesenevanja trsov, odpadanje cvetov in sušenje jagod. Končno lahko pride do obsežnega propadanja ali celo smrti občutljivih varietet trte, kar se odraža v velikem padcu kakovosti in pridelka. Posledica okužbe so propad rastlin in potencialno smrt občutljivih varietet vinske trte, kar vodi do znatnega zmanjšanja kakovosti pridelka in zmanjšanja letine. RAZVOJ MOLEKULSKE DETEKCIJSKE METODE Glavni fitoplazmi, ki sta v evropskih in slovenskih vinogradih povezani s trsnimi rumenicami, sta fitoplazma 'Flavescence doree' (FDf), ki povzroča uničujočo zlato trsno rumenico; in v Sloveniji epidemična navadna trsna rumenica fitoplazma 'Bois Noir' (BNf), ki povzroča počrnelost lesa. GY povzroča tudi fitoplazma 'Candidatus Phytoplasma asteri' (AYp). Vse tri povzročajo podobna bolezenska znamenja, ki jih na oko ne moremo pripisati posamezni fitoplazmi. Osnova za ločevanje med BNf, FDf in AYf so zanesljive in občutljive molekulske detekcijske metode. K metodam za detekcijo BNf in FDf, ki smo jih predhodno že razvili, smo v okviru tega projekta razvili še metodo za detekcijo AYf na osnovi PCR v realnem času. PROUČEVANJE IZRAŽANJA IZBRANIH GENOV VINSKE TRTE PO OKUŽBI Z BNf Ker fitoplazem ne znamo gojiti na umetnih gojiščih v razmerah in vitro, njihovih fizioloških in genetskih značilnosti ne razumemo dobro. Prav tako le slabo poznamo mehanizme, s katerimi fitoplazme povzročajo bolezni, oziroma mehanizme, vključene v procese okrevanja ali odpornosti proti bolezni. V projektu smo v več zaporednih sezonah v dveh delujočih vinogradih na dveh različnih geografskih lokacijah proučevali interakcije med trtami in fitoplazmo BNf na ravni izražanja genov, oksidativnega stresa in vsebnosti sladkorjev. Na transkriptomski ravni smo v isti interakciji proučevali tudi ozdravitev rastlin. Proučevali smo izražanje 22 genov, ki smo jih izbrali na osnovi predhodne raziskave, v kateri smo s tehnologijo mikromrež pregledali 15000 genov. Izbrani geni so bili povezani s ključnimi metabolnimi potmi, na katere vpliva fitoplazma BNf in druge fitoplazme. To so sladkorni metabolizem, sekundarni metabolizem, metabolizem reaktivnih kisikovih zvrsti, poti vključene v obrambo rastline proti patogenom, fotosinteza in metabolizem rastnih regulatorjev. Med izbranimi geni smo želeli poiskati take, ki bi jih lahko uporabili kot označevalce zgodnjega odkrivanja bolezni ali okrevanja po bolezni; kot označevalce pri dobrih agronomskih praksah, povezanih z izogibanjem okužbi ali vzpodbujanjem okrevanja; ali kot možne tarče pri biološkem nadzoru bolezni. Raziskava je pokazala, da je ne glede na intenziteto bolezenskih znamenj in čas vzorčenja močno povišano izražanje gena za protein osmotin, iz skupine proteinov povezanih s patogenezo iz skupine 5 (Vv_Olp), gena za glukanazo 2 (Vv_Glc2) in gena za flavanon 3-hidroksilazo (Vv_F3h), vključeno v sintezo flavonoidov. Ti geni bi bili lahko možni pokazatelje zdravstvenega stanja rastline pri zgodnjem odkrivanju bolezni. Ugotovili smo, da okužba vinske trte z BNf spremeni vzorec izražanja genov v okuženih rastlinah na primerljiv način, ne glede na geografsko lego vinograda. V vseh analiziranih rastnih sezonah smo opazili pozitivno korelacijo med intenziteto bolezenskih znamenj in številom statistično značilno različno izraženih genov. Diferencialno izražanje je bilo intenzivnejše v času razvitih bolezenskih znamenj v drugem delu rastne sezone. Geni Vv_Olp, Vv_Glc2 in Vv_F3h so bili v okuženih rastlinah diferencialno izraženi tudi pred razvojem bolezenskih znamenj. Statistično značilno diferencialno izražanje proučevanih genov smo zasledili med okuženimi in zdravimi. Prav tako se je vzorec izražanja genov pri ozdravljenih rastlinah razlikoval od zdravih in okuženih rastlin. Kljub temu je bil profil izražanja genov pri ozdravljenih rastlinah bolj podoben profilu zdravih kot okuženih rastlin, oz. profilu okuženih rastlin pred razvojem bolezenskih znamenj. To nakazuje na možno prikrito prisotnost fitoplazem v rastlini. PROUČEVANJE OKSIDATIVNEGA STRESA V VINSKI TRTI PO OKUŽBI Z BNf V vinskih trtah, okuženih z BNf smo ocenjevali stopnjo oksidativnega stresa, ki naj bi ga sprožila okužba. Posredno z nastankom malodialdehida (MDA), ki je stranski produkt lipidne peroksidacije in reagira s tiobarbiturično kislino, smo ocenjevali lipidno peroksidacijo. Analizirali smo tudi specifično aktivnost antioksidativnih encimov glutation reduktaze (GR, EC 1.6.4.2) in guaiakol peroksidaze (G-POD, EC 1.11.1.7). Analize nmiso pokazale razlik med zdravimi in okuženimi arstlinami, kar je verjetno povezano z ustaljenostjo okužbe, saj do oksidativnega stresa praviloma pride zelo hitro po okužbi. ANALIZA SLADKORJEV V skladu z opaženimi spremembami izražanja genov, vključenih v sladkorni metabolizem v vinski trti, okuženi z BNf in FDf smo v okuženih rastlinah določili povečano koncentracijo glukoze, fruktoze in saharoze. ANALIZA CITOKININOV Ker bolezenska znamenja rastlin okuženih s fitoplazmami spominjajo na učinke spremenjene koncentracije rastlinskih hormonov citokininov, smo vzpostavili modelni sistem za njihovo detekcijo. Sistem smo preizkusili na modelni rastlini za študije fitoplazem, madagaskarskem zimzelenu (Catharanthus roseus), okuženem z različnimi fitoplazmami (fitoplazma filodije boba, fitoplazma brinjalovega malega lista, fitoplazma zelenih venčnih listov jagod). To je bila obenem prva študija citokininov pri tej rastlinski vrsti. Analiza citokininov je pokazala podobne količine v zdravem zimzelenu in okuženem s fitoplazmo zelenih venčnih listov jagod, medtem ko so bile koncentracije v zimzelenu, okuženem z drugima dveam fitoplazmama rahlo nižje. V steblih in listih vseh okuženih rastlin so koncentracije aktivnih citokinov iPA, DHZR in ZR presegle koncentracije neaktivnih N9-glukozidov, vendar ne vemo, ali je bilo to povezano z opaženim bolezenskim znamenjem čarovniških metel. Zaradi majhnega števila testiranih vzorcev tudi ne moremo sklepati ali je spremenjena koncentracija citokininov v okuženih FBP in BLL rastlinah posledica okužbe. Ne glede na okužbe je daleč največji delež citokininov v koreninah pripadal N9-glukozidom, ki so neaktivne citokininske oblike, kar je zanimivo, saj so korenine glavno mesto sinteze citokininov. 4. Ocena stopnje realizacije zastavljenih raziskovalnih ciljev4 SPECIFIČNI CILJI PREDLAGANE RAZISKAVE Glavni cilj zaključenega projekta je bil profiliranje izražanja genov, ki so specifično vključeni v razvoj bolezni trsnih rumenic, okrevanja po bolezni ali odpornosti proti bolezni in z integracijo podatkov, pridobljenih z orodji bioinformatike bolje razumeti fiziologijo interakcije med gostiteljsko rastlino in patogenom in po možnosti najti ustrezne označevalce za zgodnje odkrivanje bolezni oz. okrevanja/odpornosti. Vse podatke, ki smo jih pridobili z analizo interakcij med vinsko trto in fitoplazmami, smo organizirali v podatkovno zbirko, ki je bila osnova za integriranje podatkov, kot tudi za odlaganje podatkov v javne baze kot sta NCBI GEO ali EMBL-EBI in omogoča izmenjavo podatkov med različnimi laboratoriji znotraj konzorcija za vinsko trto. Različni tipi podatkov so povezani, integrirarni in vizualizirani z različnimi orodji bioinformatike. Za dosego cilja smo na primeru profila izražanja genov vinske trte po okužbi z glivo Eutypa lata, izboljšali in razširili obstoječo ontologijo MapMan za uporabo na vinski trti. Orodje smo nato uporabili pri analizi vinske trte okužene z BNf. Nabor genov, ki smo jih vključili v raziskavo na osnovi analize mikromrež, in natančno analizirali z metodo PCR v realnem času, se je pokazal kot ustrezen. Izbrani geni so bili statistično značilno diferencialno izraženi v zdravih in okuženih rastlinah. Med 22 izbranimi geni so bili trije, ki so bili diferencialno izraženi tudi v času, ko bolezenska znamenja še niso bila zelo izrazita. Nabor genov je imel drugačen profil v zdravih, okuženih in ozdravljenih rastlinah. HIPOTEZA V projektu smo testirali raziskovalni hipotezi, da so vidna bolezenska znamenja vinske trte, okužene z BNp na encimski ravni rezultat spremenjena delovanja encimov, ki so vključeni v sladkorni metabolizem in drugih procesov, ki so vključeni v napredovanje bolezni in/ali v okrevanje rastline po bolezni. Naša analiza je odkrila komplet diferencialno izraženih genov, ki kodirajo encime, povezane s sladkornim metabolizmom, kot tudi številne gene za encime povezane s fotosintezo, obrambnimi odgovori in sekundarnim metabolizmom. Na tej osnovi smo sestavili model delovanja fitoplazem na rastlino. 5. Utemeljitev morebitnih sprememb programa raziskovalnega projekta oziroma sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave projektne skupine5 V letu 2010 v projektni skupini ni več sodelovala dr. Maja Kovač, zaradi upokojitve. 6. Najpomembnejši znanstveni rezultati projektne skupine6 Znanstveni rezultat 1. Naslov SLO Kako poiščemo diferencialno izražene gene v naboru podatkov iz dovkanalne DNA mikromreže ANG Finding differentially expressed genes in two-channel DNA microarray datasets Opis SLO V dveh neodvisnih poskusih z dvokanalnimi mikromrežami in javno dostopnimi bazami podatkov smo proučevali vpliv izbire predprocesiranih metod na odkritje diferencialno izraženih genov. Pokazali smo, da sta tako seznam takih genov kot njihove ekspresijske vrednosti odvisne od izbarnega pristopa predprocesiranja. Največji vpliva na rezultate ima izbor normalizacijske metode. V članku smo predlagali enostavne, a učinkovit pristop, s katerim povečamo zanesljivost rezultatov. ANG Two independent two-channel inhouse microarray experiments as well as a publicly available dataset were used to investigate the influence of the selection of preprocessing methods on the discovery of differentially expressed genes. We showed that both the list of differentially expressed genes and the expression values of selected genes depend significantly on the preprocessing approach applied. The choice of normalization method to be used had the highest impact on the results. We propose a simple but efficient approach to increase the reliability of obtained results. Objavljeno v ROTTER, Ana, HREN, Matjaž, BAEBLER, Špela, BLEJEC, Andrej, GRUDEN, Kristina. Finding differentially expressed genes in two-channel DNA microarray datasets: how to increase reliability of data preprocessing. Omics (Larchmt. N.Y.), 2008, vol. 12, no. 3, str. 171-182. http://dx.doi.org/10.1089/omi.2008.0032, doi: doi:10.1089/omi.2008.0032. Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 1888847 2. Naslov SLO Listni transkriptom vinske trte, okužene z BNf ANG Leaf transcriptome of grapevine infected with phytoplasma "Bois noir" Opis SLO Raziskali smo listni transkriptom vinske trte, okužene s fitoplazmo, ki povzroča počrnelost lesa. Ugotovili smo, da je okužba povezana z značilnimi spremembami genov, ki so vključeni v fotosintezo, biotski stres in sladkorni metabolizem. Na osnovi rezultatov smo pripravili tudi model interakcije. Članek je v bazi revij BMC označen kot 'Highly Accessed'. ANG We investigated a leaf transcriptome of grapevine infected with phytoplasma "Bois noir". The results show that many genes involved in photosynthesis, biotic stress and sugar signaling are diffrentially expressed. Based on the results we designed a model of interaction between "Bois noir" and grapvine plant. The resulted paper is marked as 'Highly Accessed'. Objavljeno v HREN, Matjaž, NIKOLIČ, Petra, ROTTER, Ana, BLEJEC, Andrej, TERRIER, Nancy, RAVNIKAR, Maja, DERMASTIA, Marina, GRUDEN, Kristina. 'Bois noir' phytoplasma induces significant reprogramming of the leaf transcriptome in the field grown grapevine. BMC Genomics, 2009, vol. 10, no. 460, 38 str. http://www.biomedcentral.com/1471-2164/10/460/abstract, doi: 10.1186/1471-2164-10-460. Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 2103375 3. Naslov SLO Izboljšava aplikacije MapMan ANG Improvemnet of MapMan application Opis SLO Na primeru profila izražanja genov vinske trte po okužbi z glivo Eutypa lata, smo [zboljšali in razširili obstoječo otologijo MapMan za uporabo na vinski trti. Članek je v bazi revij BMC označen kot 'Highly Accessed'. ANG Using the example of the gene expression profile of grapevine during the infection with a pathogenic fungus Eutypa lata, we improved and extended the MapMan ontology for its use in grapevine. The resulted paper is marked as 'Highly Accessed'. Objavljeno v ROTTER, Ana, HREN, Matjaž, GRUDEN, Kristina. Gene expression profiling in susceptible interaction of grapevine with its fungal pathogen Eutypa lata : extending MapMan ontology for grapevine. BMC plant biol. (Online), 2009, vol. 9, no. 104, str. 1-14. http://dx.doi.org/10.1186/1471-2229-9-104, doi: 10.1186/1471-2229-9-104. Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 2058319 4. Naslov SLO Povezava med bolezenskimi znamenji in genskim izražanjem ANG Association among disease symptoms and gene expression Opis SLO Analiza trt v sezoni, ko so bila bolezenska znamenja zelo izrazita je pokazala, da se statistično značilno poveča izražanje genov za saharoza sintazo in alkohol dehidrogenazo. In the growing season, when the disease symptoms were very strong, we also detected a significantly increased expression of genes encoding sucrose | ANG synthase and alcohol dehydrogenase. Objavljeno v HREN, Matjaž, RAVNIKAR, Maja, BRZIN, Jernej, ERMACORA, Paolo, CARRARO, Luigi, BIANCO, P.A., CASATI, P., BORGO, M., ANGELINI, E., ROTTER, Ana, GRUDEN, Kristina. Induced expression of sucrose synthase and alcohol dehydrogenase I genes in phytoplasma-infected grapevine plants grown in the field. Plant Pathol., 2009, vol. 58, str. 170-180. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-3059.2008.01904.x, doi: doi:10.1111/j.1365-3059.2008.01904.x. Tipologija 1.01 Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID 1888335 5. Naslov SLO Nove metode v raziskavah vinske trte ANG New methods in grapevine reserach Opis SLO V dveh poglavjih v znanstveni monografiji smo pokazali nove protokole za detekcijo nekaterih bakterij, ki okužujeo vinsko trto, vključno s fitoplazmami, na osnovi PCR v realnem času ter nove načine vizualizacije transkriptomskih podatkov v metabolnih poteh. ANG Two chapters of the scientific monograph describes new protocols for bacterial detection including phytoplasmas based on the real-time PCR, and new approaches for the visualisation of transcriptomics data in metabolic pathways. Objavljeno v HREN M, DREO T, ERJAVEC J, NIKOLIC P, BOBEN J, GRUDEN K, DERMASTIA M, CAMLOH M, RAVNIKAR M. Real-time PCR detection methods for economically important grapevine related bacteria. V: DELROT S, et al (eds.). Methodologies and results in grapevine research. Springer, 2010,229246. ROTTER A, HREN M, USADEL B, GRUDEN K. Visualisation of transcriptomics data in metabolic pathways. V: DELROT S, et al (eds.). Methodologies and results in grapevine research. Springer, 2010, 335-342. Tipologija 1.16 Samostojni znanstveni sestavek ali poglavje v monografski publikaciji COBISS.SI-ID 27756761 7. Najpomembnejši družbeno-ekonomsko relevantni rezultati projektne skupine6 Družbeno-ekonomsko relevantni rezultat 1. Naslov SLO Povabilo k prikazu raziskav s področja trsnih rumenic ANG Invitation to present the results on grapevine yellows Opis SLO Na srečanju o virusnih in virusom podobnih boleznih vinske trte v Dijonu smo v obliki vabljenega predavanja predstavili naše raziskovalno delo. ANG We were invited to present our work in a form of invited lecture at the meeting in Dijon on virus and virus-like diseases of grapevine . Šifra B.04 Vabljeno predavanje Objavljeno v DERMASTIA, Marina, HREN, Matjaž, NIKOLIC, Petra, ROTTER, Ana, TERRIER, Nancy, RAVNIKAR, Maja, GRUDEN, Kristina. 'Bois noir' phytoplasma induces significant reprogramming of genes involved in carbohydrate metabolism and photosynthesis in the field-grown grapevine. Prog. Agric. Vitic., 2009, vol. 126, str. 149-150. Tipologija 1.06 Objavljeni znanstveni prispevek na konferenci (vabljeno predavanje) COBISS.SI-ID 26052825 2. Naslov SLO Ustanovitev spin-out podjetja Biosistemika d.o.o. ANG Founding of spin-out company Biosistemika d.o.o. Opis SLO V letu 2010 smo ustanovili odcepleno podjetje Biosistemika d.o.o., ki je usmerjeno k zagotavljanju celostnih rešitev za uporabnike zahtevnih laboratorijskih analiz s področja molekularne biologije. Podjetje je dobilo prvo nagrado za poslovni načrt na tekmovanju tehnološkega parka ter se uvrstilo v finalni izbor STARTUP 2010. Svojo inovacijo "Ekspertni sistem za molekularno diagnostiko" je predstavilo na Slovenskem forumi Inovacij ter zanjo prejelo bronasto priznanje OZ GZS. ANG In 2010 we establised a spin-out company, Biosistemika d.o.o., whic services and products are aimed at providing complete solutions for users of complex laboratory analyses in the field of molecular biology. Company was awarded first prize for its business plan at Technology Park Ljubljana and was one of the 5 finalists of the STARTUP 2010 competition. Its innovation "Expert system for molecular diagnostics" was presented at Slovenian Innovations Forum and received a bronze award by the local Chamber of Commerce. Šifra F.20 Ustanovitev novega podjetja ("spin off") Objavljeno v ZUPANČIČ, Klemen, RAVNIKAR, Maja, URLEP, Mateja, GRUDEN, Kristina, BAEBLER, Špela, KNEŽEVIČ, Miomir, HREN, Matjaž. Ekspertni sistem za molekularno diagnostiko = Expert system for molecular diagnostics. V: 5. slovenski forum za inovacije, 2. in 3. december 2010. Imamo rešitve!. [S.l]: Javna agencija Republike Slovenije za podjetništvo in tuje investicije, 2010, str. 16. Tipologija 1.12 Objavljeni povzetek znanstvenega prispevka na konferenci COBISS.SI-ID 2363215 3. Naslov SLO Nagrada Miroslava Zeia za izjemne dosežke na področju raziskovalne dejavnosti Nacionalnega inštituta za biologijo ANG Miroslav Zei Award for the exceptional achievements in the research filed of the National institute of biology Opis SLO Nagrado Miroslava Zei, ki je bila v letu 2010 podeljena prvič' je prejela prof. dr. Kristina Gruden za svoje izjemne raziskovalne dosežke v azdnjih petih letih. ANG In 2010 the National institute of biology has honored the first three recipients with the Miroslav Zei award. Among them was a member of the program Dr. Kristina Gruden for her exceptional research work in last 5 years. Šifra E.01 Domače nagrade Objavljeno v http://www.delo.si/clanek/126609 Tipologija 1.05 Poljudni članek COBISS.SI-ID 229564928 4. Naslov SLO Strokovno svetovanje fitosanitarnim upravam ANG Professional consulting to the Phytosanitary Administrations Opis SLO Člani projektne skupine svetujejo fitosanitarnim službam Slovenije in Avstrije ter jim pomagajo pri pripravi ukrepov za zatiranje zlate trsne rumenice. ANG The members of the project team consult to the phytosanitary administrations of Slovenia nad Austria and help them in preparation of the measures against Flavescenece doree. Šifra B.04 Vabljeno predavanje Objavljeno v DERMASTIA, Marina. Molecular diversity of FD associated phytoplasmas in Slovenian grapevine, Clematis and other potential hosts or vectors : [predavanje na srečanju Technical consulation on implementation of phytosanitary measures against Grapevine Flavescence Doree Phytoplasma, Maribor, 22 February 2010]. Maribor, 2010. Tipologija 1.07 Objavljeni strokovni prispevek na konferenci (vabljeno predavanje) COBISS.SI-ID 2206287 5. Naslov SLO Članstvo v uredniškem odboru National Geographic Slovenija ANG Editorial board member of the National Geographic Slovenija Opis SLO Članica programske skupine je tudi članica uredniške odbora revije National Geographic Slovenija od začetka njenega izhajanja v slovenskem jeziku. V odboru je odgovorna za področje rastlin. Poleg strokovnih pregledov prevodov, je dejavna tudi pri pripravi dodatnih slovenskih vsebin. ANG A member of the program team is also an editorial board member of the National Geographic Slovenija from its first issues in Slovene . She is responsible for the field of plants. Besides her professional work as a board member, she also prepares new articles from her field of expertise for the Slovenian edition. Šifra C.06 Članstvo v uredniškem odboru Objavljeno v National geographic. Dermastia, Marina (član uredniškega odbora 2006-). Ljubljana: Rokus, 2006-. ISSN 1854-4851. Tipologija 4.00 Sekundarno avtorstvo COBISS.SI-ID 225874688 8. Drugi pomembni rezultati projetne skupine8 9. Pomen raziskovalnih rezultatov projektne skupine9 9.1. Pomen za razvoj znanosti10 SLO_ Naša raziskava v delujočih vinogradih je odkrila zapletene interakcije med vinsko trto in fitoplazmo BNf. Z raziskavo smo pommebno prispevali k razumevanju precej neznanih mehanizmov patogenosti fitoplazem. Naši rezultati kažejo, da okužba s fitoplazmami sproži tako reprogramiranje primarnih metaboličnih poti, kot tudi aktivacijo sekundarnih, verjetno tistih, ki so povezane z obrambnimi mehanizmi. S tem je bila podprta hipoteza, da je metabolično reprogramiranje ena od rastlinskih obrambnih strtegij v boju s patogeni. Spremembe izražanja genov kot odgovor na okužbo s fitoplazmami podpirajo idejo, da fitoplazme kot hranila izrabljajo sladkorje, ki jih pridobijo s spremembami gostiteljskega sladkornega metabolizma. Sprožitev obrambnih poti v gostitelju je v skladu s hipotezo, da se sinteza obrambnih spojin sproži tako v odpornih kot tudi občutljivostnih reakcijah. Glavna razlika med njimi je v hitrosti in intenzivnosti odgovora. Rezultati raziskave bodo prispevali k osnovnemu znanju o interakcijah med fitoplazmami in vinsko trto, kot tudi k izboljšavi sort in izboljšani diagnostiki fitoplazem. Splošno razširjeno fitoplazmo BNf povzroča enaka bolezenska znamenja kot uničujoča fitoplazma FDf, domnevno s podobnimi vplivi na rastlinski metabolizem. S to predpostavko smo jo v raziskavi uporabili kot model za raziskave fitoplazem FDf. Te so še dodatno otežene zaradi karantenskega statusa FDf, ki je povezan z zakonskim uničenjem vseh obolelih rastlin. ANG_ Our field conducted study revealed complex interactions among grapevine cv. 'Chardonnay' and 'BN' phytoplasma and thus substantially contribute to the understanding of still largely unknown mechanisms of phytoplasma patogenicity. The obtained results indicate that the phytoplasma infection induced both, the reprogramming of the primary metabolic pathways, as well as the activation of the secondary ones, possibly related to the defense mechanisms, and thus support the hypothesis that metabolic reprogramming is one of the plants' defense strategies against their pathogens. The gene expression changes in response to infection by phytoplasmas may support phytoplasma nutrition by promoting alterations in host's sugar metabolism. In addition, the induction of defense related pathways is in line with the hypothesis that defense compounds are induced in resistant as well as in susceptible interactions, with the main difference being in the speed and intensity of the response. The outcome of this study will likely impact not only the fundamental aspects of grapevine interactions with its pathogens, but also grape improvement, for example by yielding marker genes that can be used in new diagnostic assays for phytoplasmas or by identifying candidate genes that contribute to the improved properties of grape. The widespread BNf causes the same symptoms as a devastating one FDf. In accordance with this assumption we use it as a model for the FDf studies. These are exceptionally difficult because of the quarantine status of FDf, which requires an immediate destruction of all infected plants. 9.2. Pomen za razvoj Slovenije11 SLO_ Z aplikacijo pristopov, razvitih v raziskavi prispevamo k boljšemu razumevanju patogeneze in bolj zdravim agronomsko pomebnim rastlinam, kot je vinska trta. Posledično bomo tako prispevali k zmanjšanju stroškov uničevanja okuženih vinogradov in izboljšanemu pridelku ter kakovosti vina. Izsledke raziskave že sedaj uporabljamo pri diganostiki fitoplazem kot referenčni laboartorij pri uradnem nadzoru fitopalzemskih bolezni pri Fitosaniarni upravi Slovenije. Njej kot tudi inšpekcijskim službam svetujemo pri pripravi ukrepov za zatiranje trsnih rumenic. S predvanji in poljudnimi prispevki v javnih občilih pa s težavami trsnih rumenic seznanjamo tudi širšo javnost. ANG_ The application of approaches developed in this study will contribute not only to better understanding of pathogenesis, but also to healthier agronomical important crops, like grapevine, and consequently to lowering the expenses for eradication of infected vineyards and improved yield and quality of wine. As a reference laboratory of the Phytosanitary Administration of Republic of Slovenia we already carry out the phytoplasma diagnostic as a part of the official phytopalsma survey. We are also advisors for the Phytosanitary Administration and inspectorates in cases of phytoplasma outbreaks and in preparation of the sanitary measures against grapevine yellows. With public lectures, broadcasts and popular papers we inform the general public with the problems of grapevine yellows. 10. Samo za aplikativne projekte! Označite, katerega od navedenih ciljev ste si zastavili pri aplikativnem projektu, katere konkretne rezultate ste dosegli in v kakšni meri so doseženi rezultati uporabljeni Cilj F.01 Pridobitev novih praktičnih znanj, informacij in veščin Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj Zastavljen cilj .) DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.03 Večja usposobljenost raziskovalno-razvojnega osebja Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.04 Dvig tehnološke ravni Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.05 Sposobnost za začetek novega tehnološkega razvoja Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.06 Razvoj novega izdelka Zastavljen cilj ') DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.07 Izboljšanje obstoječega izdelka Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.08 Razvoj in izdelava prototipa Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.09 Razvoj novega tehnološkega procesa oz. tehnologije Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.10 Izboljšanje obstoječega tehnološkega procesa oz. tehnologije Zastavljen cilj .) DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.11 Razvoj nove storitve Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.12 Izboljšanje obstoječe storitve Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.13 Razvoj novih proizvodnih metod in instrumentov oz. proizvodnih procesov Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.14 Izboljšanje obstoječih proizvodnih metod in instrumentov oz. proizvodnih procesov Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.15 Razvoj novega informacijskega sistema/podatkovnih baz Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.16 Izboljšanje obstoječega informacijskega sistema/podatkovnih baz Zastavljen cilj .) DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.17 Prenos obstoječih tehnologij, znanj, metod in postopkov v prakso Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference) Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.19 Znanje, ki vodi k ustanovitvi novega podjetja ("spin off") Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.20 Ustanovitev novega podjetja ("spin off") Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.21 Razvoj novih zdravstvenih/diagnostičnih metod/postopkov Zastavljen cilj D DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.22 Izboljšanje obstoječih zdravstvenih/diagnostičnih metod/postopkov Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.23 Razvoj novih sistemskih, normativnih, programskih in metodoloških rešitev Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.24 Izboljšanje obstoječih sistemskih, normativnih, programskih in metodoloških rešitev Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.25 Razvoj novih organizacijskih in upravljavskih rešitev Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.26 Izboljšanje obstoječih organizacijskih in upravljavskih rešitev Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.27 Prispevek k ohranjanju/varovanje naravne in kulturne dediščine Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.28 Priprava/organizacija razstave Zastavljen cilj D DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.29 Prispevek k razvoju nacionalne kulturne identitete Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.30 Strokovna ocena stanja Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.31 Razvoj standardov Zastavljen cilj DA NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.32 Mednarodni patent Zastavljen cilj .) DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.33 Patent v Sloveniji Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.34 Svetovalna dejavnost Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d F.35 Drugo Zastavljen cilj O DA O NE Rezultat d Uporaba rezultatov d Komentar 11. Samo za aplikativne projekte! Označite potencialne vplive oziroma učinke vaših rezultatov na navedena področja Vpliv Ni vpliva Majhen vpliv Srednji vpliv Velik vpliv G.01 Razvoj visoko-šolskega izobraževanja G.01.01. Razvoj dodiplomskega izobraževanja O o o o G.01.02. Razvoj podiplomskega izobraževanja o o o o G.01.03. Drugo: o o o o G.02 Gospodarski razvoj G.02.01 Razširitev ponudbe novih izdelkov/storitev na trgu O O O O G.02.02. Širitev obstoječih trgov o o o o G.02.03. Znižanje stroškov proizvodnje o o o o G.02.04. Zmanjšanje porabe materialov in energije o o o o G.02.05. Razširitev področja dejavnosti o o o o G.02.06. Večja konkurenčna sposobnost o o o o G.02.07. Večji delež izvoza o o o o G.02.08. Povečanje dobička o o o o G.02.09. Nova delovna mesta o o o o G.02.10. Dvig izobrazbene strukture zaposlenih O O O O G.02.11. Nov investicijski zagon o o o o G.02.12. Drugo: o o o o G.03 Tehnološki razvoj G.03.01. Tehnološka razširitev/posodobitev dejavnosti O O O O G.03.02. Tehnološko prestrukturiranje dejavnosti O O O O G.03.03. Uvajanje novih tehnologij o o o o G.03.04. Drugo: o o o o G.04 Družbeni razvoj G.04.01 Dvig kvalitete življenja o o o o G.04.02. Izboljšanje vodenja in upravljanja o o o o G.04.03. Izboljšanje delovanja administracije in javne uprave O O O O G.04.04. Razvoj socialnih dejavnosti o o o o G.04.05. Razvoj civilne družbe o o o o G.04.06. Drugo: o o o o G.05. Ohranjanje in razvoj nacionalne naravne in kulturne dediščine in identitete O O O O G.06. Varovanje okolja in trajnostni razvoj O o o o G.07 Razvoj družbene infrastrukture G.07.01. Informacijsko-komunikacijska infrastruktura o o o o G.07.02. Prometna infrastruktura o o o o G.07.03. Energetska infrastruktura o o o o G.07.04. Drugo: o o o o G.08. Varovanje zdravja in razvoj zdravstvenega varstva O O O O G.09. Drugo: o o o o Komentar 12. Pomen raziskovanja za sofinancerje, navedene v 2. točki12 1. Sofinancer Vrednost sofinanciranja za celotno obdobje trajanja projekta je znašala: EUR Odstotek od utemeljenih stroškov projekta: % Najpomembnejši rezultati raziskovanja za sofinancerja Šifra 1. 2. 3. 4. 5. Komentar Ocena 2. Sofinancer Vrednost sofinanciranja za celotno obdobje trajanja projekta je znašala: EUR Odstotek od utemeljenih stroškov projekta: % Najpomembnejši rezultati raziskovanja za sofinancerja Šifra 1. 2. 3. Komentar Ocena 3. Sofinancer Vrednost sofinanciranja za celotno obdobje trajanja projekta je znašala: EUR Odstotek od utemeljenih stroškov projekta: % Najpomembnejši rezultati raziskovanja za sofinancerja Šifra 2. 3. 4. 5. Komentar Ocena C. IZJAVE Podpisani izjavljam/o, da: • so vsi podatki, ki jih navajamo v poročilu, resnični in točni • se strinjamo z obdelavo podatkov v skladu z zakonodajo o varstvu osebnih podatkov za potrebe ocenjevanja, za objavo 6., 7. in 8. točke na spletni strani http://sicris.izum.si/ ter obdelavo teh podatkov za evidence ARRS • so vsi podatki v obrazcu v elektronski obliki identični podatkom v obrazcu v pisni obliki • so z vsebino zaključnega poročila seznanjeni in se strinjajo vsi soizvajalci projekta Podpisi: Kristina Gruden in podpis vodje raziskovalnega projekta zastopnik oz. pooblaščena oseba RO Kraj in datum: Ljubljana 19.4.2011 Oznaka poročila: ARRS-RPROJ-ZP-2011-1/147 1 Zaradi spremembe klasifikacije družbeno ekonomskih ciljev je potrebno v poročilu opredeliti družbeno ekonomski cilj po novi klasifikaciji. Nazaj 2 Samo za aplikativne projekte. Nazaj 3 Napišite kratko vsebinsko poročilo, kjer boste predstavili raziskovalno hipotezo in opis raziskovanja. Navedite ključne ugotovitve, znanstvena spoznanja ter rezultate in učinke raziskovalnega projekta. Največ 18.000 znakov vključno s presledki (približno tri strani, velikosti pisave 11). Nazaj 4 Realizacija raziskovalne hipoteze. Največ 3.000 znakov vključno s presledki (približno pol strani, velikosti pisave 11). Nazaj 5 V primeru bistvenih odstopanj in sprememb od predvidenega programa raziskovalnega projekta, kot je bil zapisan v predlogu raziskovalnega projekta oziroma v primeru sprememb, povečanja ali zmanjšanja sestave projektne skupine v zadnjem letu izvajanja projekta (obrazložitev). V primeru, da sprememb ni bilo, to navedite. Največ 6.000 znakov vključno s presledki (približno ena stran, velikosti pisave 11). Nazaj 6 Navedite največ pet najpomembnejših znanstvenih rezultatov projektne skupine, ki so nastali v času trajanja projekta v okviru raziskovalnega projekta, ki je predmet poročanja. Za vsak rezultat navedite naslov v slovenskem in angleškem jeziku (največ 150 znakov vključno s presledki), rezultat opišite (največ 600 znakov vključno s presledki) v slovenskem in angleškem jeziku, navedite, kje je objavljen (največ 500 znakov vključno s presledki), izberite ustrezno šifro tipa objave po Tipologiji dokumentov/del za vodenje bibliografij v sistemu COBISS ter napišite ustrezno COBISS.SI-ID številko bibliografske enote. Navedeni rezultati bodo objavljeni na spletni strani http://sicris.izum.si/. PRIMER (v slovenskem jeziku): Naslov: Regulacija delovanja beta-2 integrinskih receptorjev s katepsinom X; Opis: Cisteinske proteaze imajo pomembno vlogo pri nastanku in napredovanju raka. Zadnje študije kažejo njihovo povezanost s procesi celičnega signaliziranja in imunskega odziva. V tem znanstvenem članku smo prvi dokazali... (največ 600 znakov vključno s presledki) Objavljeno v: OBERMAJER, N., PREMZL, A., ZAVAŠNIK-BERGANT, T., TURK, B., KOS, J.. Carboxypeptidase cathepsin X mediates 62 - integrin dependent adhesion of differentiated U-937 cells. Exp. Cell Res., 2006, 312, 2515-2527, JCR IF (2005): 4.148 Tipopologija: 1.01 - Izvirni znanstveni članek COBISS.SI-ID: 1920113 Nazaj 7 Navedite največ pet najpomembnejših družbeno-ekonomsko relevantnih rezultatov projektne skupine, ki so nastali v času trajanja projekta v okviru raziskovalnega projekta, ki je predmet poročanja. Za vsak rezultat navedite naslov (največ 150 znakov vključno s presledki), rezultat opišite (največ 600 znakov vključno s presledki), izberite ustrezen rezultat, ki je v Šifrantu raziskovalnih rezultatov in učinkov (Glej: http://www.arrs.gov.si/sl/gradivo/sifranti/sif-razisk-rezult.asp), navedite, kje je rezultat objavljen (največ 500 znakov vključno s presledki), izberite ustrezno šifro tipa objave po Tipologiji dokumentov/del za vodenje bibliografij v sistemu COBISS ter napišite ustrezno COBISS.SI-ID številko bibliografske enote. Navedeni rezultati bodo objavljeni na spletni strani http://sicris.izum.si/. Nazaj 8 Navedite rezultate raziskovalnega projekta v primeru, da katerega od rezultatov ni mogoče navesti v točkah 6 in 7 (npr. ker se ga v sistemu COBISS ne vodi). Največ 2.000 znakov vključno s presledki. Nazaj 9 Pomen raziskovalnih rezultatov za razvoj znanosti in za razvoj Slovenije bo objavljen na spletni strani: http://sicris.izum.si/ za posamezen projekt, ki je predmet poročanja. Nazaj 10 Največ 4.000 znakov vključno s presledki Nazaj 11 Največ 4.000 znakov vključno s presledki Nazaj 12 Rubrike izpolnite/prepišite skladno z obrazcem "Izjava sofinancerja" (http://www.arrs.gov.si/sl/progproj/rproj/gradivo/), ki ga mora izpolniti sofinancer. Podpisan obrazec "Izjava sofinancerja" pridobi in hrani nosilna raziskovalna organizacija - izvajalka projekta. Nazaj Obrazec: ARRS-RPROJ-ZP/2011-1 v1.01 C9-2D-E9-85-3C-15-20-B5-25-06-D6-8A-E5-D6-D8-49-F0-79-E8-54